Structure-function analysis of SOCSI mediated Growth arrest

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

A maximum likelihood framework for protein design

Affiliation: Claudia Kleinman, Nicolas Rodrigue & Hervé Philippe : Département de biochimie, Faculté de médecine, Université de Montréal

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel, c’est-à-dire pas uniquement entre deux paires de bases adjacentes. Le nombre de séquences générées par la grammaire de graphes est plus petit que ceux des méthodes basées sur la structure secondaire classique. Cela suggère l’importance du contexte pour la relation entre la séquence et la structure, d’où l’utilisation d’une grammaire de graphes contextuelle plus expressive que les grammaires hors-contexte. Les grammaires de graphes que nous avons développées ne tiennent compte que de la structure tertiaire et négligent les interactions de groupes chimiques spécifiques avec des éléments extra-moléculaires, comme d’autres macromolécules ou ligands. Dans un deuxième temps et pour tenir compte de ces interactions, nous avons développé un modèle qui tient compte de la position des groupes chimiques à la surface des structures tertiaires. L’hypothèse étant que les groupes chimiques à des positions conservées dans des séquences prédéterminées actives, qui sont déplacés dans des séquences inactives pour une fonction précise, ont de plus grandes chances d’être impliqués dans des interactions avec des facteurs. En poursuivant avec l’exemple de la boucle E, nous avons cherché les groupes de cette boucle qui pourraient être impliqués dans des interactions avec des facteurs d'élongation. Une fois les groupes identifiés, on peut prédire par modélisation tridimensionnelle les séquences qui positionnent correctement ces groupes dans leurs structures tertiaires. Il existe quelques modèles pour adresser ce problème, telles que des descripteurs de molécules, des matrices d’adjacences de nucléotides et ceux basé sur la thermodynamique. Cependant, tous ces modèles utilisent une représentation trop simplifiée de la structure d’ARN, ce qui limite leur applicabilité. Nous avons appliqué notre modèle sur les structures tertiaires d’un ensemble de variants d’une séquence d’une instance du Sarcin-Ricin d’un ribosome bactérien. L’équipe de Wool à l’université de Chicago a déjà étudié cette instance expérimentalement en testant la viabilité de 12 variants. Ils ont déterminé 4 variants viables et 8 létaux. Nous avons utilisé cet ensemble de 12 séquences pour l’entraînement de notre modèle et nous avons déterminé un ensemble de propriétés essentielles à leur fonction biologique. Pour chaque variant de l’ensemble d’entraînement nous avons construit des modèles de structures tertiaires. Nous avons ensuite mesuré les charges partielles des atomes exposés sur la surface et encodé cette information dans des vecteurs. Nous avons utilisé l’analyse des composantes principales pour transformer les vecteurs en un ensemble de variables non corrélées, qu’on appelle les composantes principales. En utilisant la distance Euclidienne pondérée et l’algorithme du plus proche voisin, nous avons appliqué la technique du « Leave-One-Out Cross-Validation » pour choisir les meilleurs paramètres pour prédire l’activité d’une nouvelle séquence en la faisant correspondre à ces composantes principales. Finalement, nous avons confirmé le pouvoir prédictif du modèle à l’aide d’un nouvel ensemble de 8 variants dont la viabilité à été vérifiée expérimentalement dans notre laboratoire. En conclusion, les grammaires de graphes permettent de modéliser la relation entre la séquence et la structure d’un élément structural d’ARN, comme la boucle E contenant le motif Sarcin-Ricin du ribosome. Les applications vont de la correction à l’aide à l'alignement de séquences jusqu’au design de séquences ayant une structure prédéterminée. Nous avons également développé un modèle pour tenir compte des interactions spécifiques liées à une fonction biologique donnée, soit avec des facteurs environnants. Notre modèle est basé sur la conservation de l'exposition des groupes chimiques qui sont impliqués dans ces interactions. Ce modèle nous a permis de prédire l’activité biologique d’un ensemble de variants de la boucle E du ribosome qui se lie à des facteurs d'élongation.

Calculs de modèles d'atmosphères hors-ETL avec métaux pour les étoiles de type sdO : le cas particulier de SDSS J1600+0748

Nous présentons nos grilles de modèles d'atmosphères pour les étoiles sous-naines chaudes de type O (sdO) soit : des modèles classiques hors-ETL H, He, des modèles hors-ETL avec, en plus, du C, N, O et finalement des modèles incluant C, N, O, Fe. En utilisant les raies de Balmer et d'hélium dans le domaine du visible, nous avons fait des comparaisons entre les spectres théoriques de nos différentes grilles afin de caractériser les effets des métaux. On trouve que ces effets dépendent à la fois de la température et de la gravité. De plus, l'abondance d'hélium a une influence importante sur les effets des métaux; une abondance d'hélium faible (log N(He)/N(H) < -1,5) occasionne des effets assez importants alors qu'une abondance plus élevée tend à réduire ces mêmes effets. Nous avons aussi trouvé que l'ajout du fer (en abondance solaire) ne cause que des changements relativement faibles à la structure en température et, par le fait même, aux profils des raies d'hydrogène et d'hélium, par rapport aux changements déjà produits par le C, N, O (en abondance solaire). Nous avons utilisé nos grilles pour faire une analyse spectroscopique du spectre à haut signal sur bruit (180) et basse résolution (9 Å) de SDSS J160043.6+074802.9 obtenu au télescope Bok. Notre meilleure ajustement a été obtenu avec notre grille de spectres synthétiques incluant C, N, O et Fe en quantité solaire, menant aux paramètres suivants : Teff = 68 500 ± 1770 K, log g = 6,09 ± 0,07, and log N(He)/N(H) = -0,64 ± 0,05, où les incertitudes proviennent uniquement de la procédure d'ajustement. Ces paramètres atmosphériques, particulièrement la valeur de l'abondance d'hélium, placent notre étoile dans une région où les effets des métaux ne sont pas très marqués.

Statistical potentials for evolutionary studies

Les séquences protéiques naturelles sont le résultat net de l’interaction entre les mécanismes de mutation, de sélection naturelle et de dérive stochastique au cours des temps évolutifs. Les modèles probabilistes d’évolution moléculaire qui tiennent compte de ces différents facteurs ont été substantiellement améliorés au cours des dernières années. En particulier, ont été proposés des modèles incorporant explicitement la structure des protéines et les interdépendances entre sites, ainsi que les outils statistiques pour évaluer la performance de ces modèles. Toutefois, en dépit des avancées significatives dans cette direction, seules des représentations très simplifiées de la structure protéique ont été utilisées jusqu’à présent. Dans ce contexte, le sujet général de cette thèse est la modélisation de la structure tridimensionnelle des protéines, en tenant compte des limitations pratiques imposées par l’utilisation de méthodes phylogénétiques très gourmandes en temps de calcul. Dans un premier temps, une méthode statistique générale est présentée, visant à optimiser les paramètres d’un potentiel statistique (qui est une pseudo-énergie mesurant la compatibilité séquence-structure). La forme fonctionnelle du potentiel est par la suite raffinée, en augmentant le niveau de détails dans la description structurale sans alourdir les coûts computationnels. Plusieurs éléments structuraux sont explorés : interactions entre pairs de résidus, accessibilité au solvant, conformation de la chaîne principale et flexibilité. Les potentiels sont ensuite inclus dans un modèle d’évolution et leur performance est évaluée en termes d’ajustement statistique à des données réelles, et contrastée avec des modèles d’évolution standards. Finalement, le nouveau modèle structurellement contraint ainsi obtenu est utilisé pour mieux comprendre les relations entre niveau d’expression des gènes et sélection et conservation de leur séquence protéique.

Academic and social adjustment of teenagers in social rehabilitation : the role of intrinsic need satisfaction and autonomy support

Les études antérieures ont démontré les bénéfices de la satisfaction des besoins intrinsèques et du soutien à l’autonomie dans le domaine de l’éducation. Or, l’applicabilité des tenants principaux de la Théorie de l’Auto-Détermination (TAD; Deci & Ryan, 2000) n’a pas été investiguée auprès d’une population clinique d’adolescents. L’objectif de cette thèse doctorale est de faire la lumière sur la façon dont l'adaptation scolaire et sociale peut être favorisée par les agents de socialisation dans le contexte de la réadaptation sociale. Cette thèse est composée de deux études s’intéressant à l’application des tenants clés de la TAD auprès de deux échantillons d’adolescents vivant des problèmes d’adaptation et recevant des services d’éducation spécialisée et de réadaptation sociale. Les relations entre les concepts motivationnels de base sont étudiés afin de déterminer si, comme la TAD le propose, la satisfaction des besoins intrinsèques des jeunes peut être soutenue par le style interpersonnel des agents de socialisation (c.-à-d., le soutien à l’autonomie, l’implication et la structure). Il est aussi vérifié si ces concepts motivationnels améliorent la motivation ainsi que d’autres conséquences qui résultent de leur expérience, proposées par la TAD. La première étude a évalué si le style interpersonnel des enseignants peut favoriser la satisfaction des besoins des élèves, leur style de motivationl, tout comme leur ajustement scolaire. Les élèves en difficulté d’adaptation (N = 115) inscrits aux écoles internes des Centres de Réadaptation en raison de leurs problématiques émotionnelles et comportementales ont rempli les questionnaires à deux reprises, au début et à la fin de l’année scolaire. Les analyses de modèles d’équations structurelles révèlent que l’augmentation du soutien à l’autonomie et de l’implication (mais pas de la structure) des enseignants pendant l’année est associée à une augmentation de la satisfaction des besoins des élèves qui, conséquemment, conduit à une motivation scolaire plus auto-déterminée et à une diminution d’intentions de décrochage à la fin de l’année scolaire. De plus, l’amélioration de la satisfaction des besoins mène directement à une meilleure expérience affective à l’école. La deuxième étude consiste en une recherche expérimentale conduite auprès d’adolescentes en difficulté d’adaptation (N = 29). Le devis expérimental a permis de comparer l’impact de la présence (c. absence) du soutien à l’autonomie sur l’internalisation d’une tâche et sur les conséquences motivationnelles et expérientielles des jeunes. La tâche, fastidieuse mais importante, consistait à de la résolution de problèmes interpersonnels (activité clinique). Les résultats suggèrent qu’un style interpersonnel soutenant l’autonomie a augmenté la motivation auto-déterminée, la perception de la valeur de la tâche et son appréciation, ainsi que diminué les affects négatifs comparativement à la condition sans soutien à l’autonomie. Les résultats sont discutés en lien avec les implications théoriques et pratiques d’étendre la portée de la TAD à une population clinique d’adolescents aux prises avec des difficultés d’adaptation.

Professions réglementées et détresse psychologique : regards croisés avec la population en emploi au Canada.

Cette thèse doctorale poursuit l’objectif de mieux comprendre le rôle joué par la profession réglementée en tant que déterminant de la détresse psychologique de la population en emploi au Québec et au Canada. Ceci, dans un contexte où plusieurs ordres professionnels représentant des professions réglementées, s’inquiètent de la santé mentale de leurs membres et de la pression considérable exercée sur eux dans une économie caractérisée par des pénuries de main-d’oeuvre importantes. Cette thèse fut également inspirée par les nombreuses limites constatées à la suite d’une revue de la littérature sur la santé mentale au travail, alors que les risques différenciés auxquels seraient soumis ces professionnels, comparativement à l’ensemble de la population en emploi, demeurent largement à documenter. La profession réglementée s’associe-t-elle directement à l’expérience de détresse psychologique? Quelles sont les conditions de travail susceptibles de conduire au développement ou à l’aggravation de la détresse psychologique pour ces professions? Dans le but de mieux comprendre le rôle joué par la profession réglementée en matière de détresse psychologique, nous avons eu recours à un modèle théorique multidimensionnel qui postule que les contraintes et les ressources découlent d’un ensemble de structures sociales incluant la profession, le travail, la famille, le réseau social hors-travail et les caractéristiques personnelles. Ce modèle découle des théories micro et macro en sociologie (Alexander et al., 1987; Ritzer, 1996), de l’approche agent-structure(Archer, 1995; Giddens, 1987) ainsi que de la théorie du stress social (Pearlin,1999). Trois hypothèses sont soumises à l’étude à travers ce modèle. La première hypothèse, est à l’effet que la profession réglementée, les conditions de travail, la famille ainsi que le réseau social hors-travail et les caractéristiques individuelles, contribuent directement et conjointement à l’explication du niveau de détresse psychologique. La seconde hypothèse induite par le modèle proposé, pose que le milieu de travail médiatise la relation entre la profession réglementée et le niveau de détresse psychologique. La troisième et dernière hypothèse de recherche, postule enfin que la relation entre le milieu de travail et le niveau de détresse psychologique est modérée par les caractéristiques individuelles ainsi que par la famille et le réseau social hors-travail. Ces hypothèses de recherche furent testées à partir des données longitudinales de l’Enquête nationale sur la santé de la population (ENSP) (cycles 1 à 7). Les résultats obtenus sont présentés sous forme de 3 articles, soumis pour publication, lesquels constituent les chapitres 5 à 7 de cette thèse. Dans l’ensemble, le modèle théorique proposé obtient un soutien empirique important et tend à démontrer que la profession réglementée influence directement les chances de vivre de la détresse psychologique au fil du temps, ainsi que le niveau de détresse psychologique lui-même. Les résultats indiquent que les professions réglementées sont soumises à des risques différenciés en termes de conditions de travail susceptibles de susciter de la détresse psychologique. Notons également que la contribution du milieu de travail et de la profession réglementée s’exerce indépendamment des autres dimensions du modèle (famille, réseau social hors-travail, caractéristiques personnelles). Les résultats corroborent l’importance de considérer plusieurs dimensions de la vie d’un individu dans l’étude de la détresse psychologique et mettent à l’ordre du jour l’importance de développer de nouveaux modèles théoriques, mieux adaptés aux contextes de travail au sein desquels oeuvrent les travailleurs du savoir. Cette thèse conclue sur les implications de ces résultats pour la recherche, et sur les retombées qui en découlent pour le marché du travail ainsi que pour le développement futur du système professionnel québécois et canadien.

D’un système à l’autre : facteurs de risque d’incidence LSJPA chez les jeunes pris en charge en protection de la jeunesse en raison de troubles de comportement

Le but premier des services de protection de la jeunesse est de mettre fin à une situation de compromission et d’éviter que celle-ci ne se reproduise. Cependant, une meilleure connaissance des facteurs de risque d’incidence LSJPA chez les jeunes pris en charge en raison de leurs comportements problématiques permettrait de mieux identifier et ainsi, d’adapter les interventions chez ceux se révélant être les plus à risque de délinquance juvénile. La présente étude propose donc de décrire l’ampleur et le risque d’incidence c’est-à-dire, l’application d’une sanction ou d’une mesure en vertu de la LSJPA chez ces jeunes et de déterminer, parmi les facteurs associés au jeune et ceux inhérents à l’intervention, quels en sont les meilleurs prédicteurs. Pour ce faire, des données clinico-administratives des 16 centres jeunesse du Québec ont été utilisées. Ainsi, tous les enfants et adolescents dont le dossier a été fermé à la suite d’une première intervention en protection de la jeunesse en raison de troubles de comportement entre le 1er janvier 2005 et le 31 décembre 2009 ont été observés (N = 6 630). Des analyses de survie (modèle Kaplan-Meier) ainsi que des régressions de Cox ont été effectuées. Les résultats indiquent qu’un jeune pris en charge en raison de troubles de comportement a 39,7% de risque de migrer vers les services judiciaires pour adolescents dans les cinq années qui suivent la fermeture de son dossier. Sans grande surprise, les garçons présentent un plus grand risque que leurs homologues féminins. Il appert également que le risque d’incidence varie en fonction du sexe et de la présence de maltraitance lors de la prise en charge initiale. De plus, les facteurs associés à l’usager lui-même semblent avoir un impact plus important sur l’incidence que ceux associés à la prise en charge. Aussi, la récurrence dans les services de protection en raison de troubles de comportement mais également en raison de nouveaux éléments liés à la maltraitance sont au nombre des éléments à surveiller avec beaucoup d’attention puisqu’ils sont fortement liés à une migration vers la LSJPA. Les implications cliniques sont discutées et une ouverture sur de futurs travaux est faite.

Définition du mécanisme de localisation des ARNm cen et ik2 aux centrosomes chez la Drosophile

L’organisation cellulaire repose sur une distribution organisée des macromolécules dans la cellule. Deux ARNm, cen et ik2, montrent une colocalisation parfaite aux centrosomes. Ces deux gènes font partie du même locus sur le chromosome 2L de Drosophila melanogaster et leur région 3’ non traduite (3’UTR) se chevauchent. Dans le mutant Cen, le transport de Ik2 est perturbé, mais dans le mutant Ik2, la localisation de cen n’est aucunement affectée. Ces résultats suggèrent que cen est le régulateur principal de la co-localisation de cen et ik2 aux centrosomes et que cette co-localisation se produit par un mécanisme impliquant la région complémentaire au niveau du 3’UTR des deux transcrits. La localisation de cen au niveau des centrosomes dans les cellules épithéliales de l’embryon est conservée dans différentes espèces de Drosophile : D. melanogater, D. simulans, D. virilis et D. mojavensis. Cependant, la localisation de ik2 n’est pas conservée dans D. virilis et D. mojavensis, deux espèces dont les gènes cen et ik2 sont dissociés dans le génome. Ces résultats suggèrent que la proximité de Cen et Ik2 dans le génome est importante afin d’avoir un événement de co-localisation de ces deux transcrits. J’ai généré différentes lignées de mouches transgéniques dans lesquelles un transgène contenant la séquence GFP fusionnée à différentes partie de Cen (partie codante, 3’UTR, Cod+3’UTR) qui sont sous le contrôle du promoteur UAS et qui sont gal4 inductibles. La région codante de l’ARNm cen était suffisante pour avoir un ciblage précis du transcrit aux centrosomes.

Active nuclear import and cytoplasmic retention of activation-induced deaminase

The enzyme activation-induced deaminase (AID) triggers antibody diversification in B cells by catalyzing deamination and consequently mutation of immunoglobulin genes. To minimize off-target deamination, AID is restrained by several regulatory mechanisms including nuclear exclusion, thought to be mediated exclusively by active nuclear export. Here we identify two other mechanisms involved in controlling AID subcellular localization. AID is unable to passively diffuse into the nucleus, despite its small size, and its nuclear entry requires active import mediated by a conformational nuclear localization signal. We also identify in its C terminus a determinant for AID cytoplasmic retention, which hampers diffusion to the nucleus, competes with nuclear import and is crucial for maintaining the predominantly cytoplasmic localization of AID in steady-state conditions. Blocking nuclear import alters the balance between these processes in favor of cytoplasmic retention, resulting in reduced isotype class switching.

Grothendieck et les topos : rupture et continuité dans les modes d'analyse du concept d'espace topologique

La thèse présente une analyse conceptuelle de l'évolution du concept d'espace topologique. En particulier, elle se concentre sur la transition des espaces topologiques hérités de Hausdorff aux topos de Grothendieck. Il en ressort que, par rapport aux espaces topologiques traditionnels, les topos transforment radicalement la conceptualisation topologique de l'espace. Alors qu'un espace topologique est un ensemble de points muni d'une structure induite par certains sous-ensembles appelés ouverts, un topos est plutôt une catégorie satisfaisant certaines propriétés d'exactitude. L'aspect le plus important de cette transformation tient à un renversement de la relation dialectique unissant un espace à ses points. Un espace topologique est entièrement déterminé par ses points, ceux-ci étant compris comme des unités indivisibles et sans structure. L'identité de l'espace est donc celle que lui insufflent ses points. À l'opposé, les points et les ouverts d'un topos sont déterminés par la structure de celui-ci. Qui plus est, la nature des points change: ils ne sont plus premiers et indivisibles. En effet, les points d'un topos disposent eux-mêmes d'une structure. L'analyse met également en évidence que le concept d'espace topologique évolua selon une dynamique de rupture et de continuité. Entre 1945 et 1957, la topologie algébrique et, dans une certaine mesure, la géométrie algébrique furent l'objet de changements fondamentaux. Les livres Foundations of Algebraic Topology de Eilenberg et Steenrod et Homological Algebra de Cartan et Eilenberg de même que la théorie des faisceaux modifièrent profondément l'étude des espaces topologiques. En contrepartie, ces ruptures ne furent pas assez profondes pour altérer la conceptualisation topologique de l'espace elle-même. Ces ruptures doivent donc être considérées comme des microfractures dans la perspective de l'évolution du concept d'espace topologique. La rupture définitive ne survint qu'au début des années 1960 avec l'avènement des topos dans le cadre de la vaste refonte de la géométrie algébrique entreprise par Grothendieck. La clé fut l'utilisation novatrice que fit Grothendieck de la théorie des catégories. Alors que ses prédécesseurs n'y voyaient qu'un langage utile pour exprimer certaines idées mathématiques, Grothendieck l'emploie comme un outil de clarification conceptuelle. Ce faisant, il se trouve à mettre de l'avant une approche axiomatico-catégorielle des mathématiques. Or, cette rupture était tributaire des innovations associées à Foundations of Algebraic Topology, Homological Algebra et la théorie des faisceaux. La théorie des catégories permit à Grothendieck d'exploiter le plein potentiel des idées introduites par ces ruptures partielles. D'un point de vue épistémologique, la transition des espaces topologiques aux topos doit alors être vue comme s'inscrivant dans un changement de position normative en mathématiques, soit celui des mathématiques modernes vers les mathématiques contemporaines.

L’écosystème des crimes de bars de danse érotique québécois

Il existe des associations entre les bars de danse érotique et les activités illicites, dans les écrits journalistiques et scientifiques. Nous avons vérifié ces associations en menant une description des crimes et déviances associés aux bars de danse érotique. Puis, nous avons tenté d’expliquer l’organisation et la structure de ces crimes, en nous appuyant sur l’approche du crime organisant et la théorie de l’écosystème du crime, de Felson (2006). Des entretiens semi-dirigés ont été conduits avec dix femmes danseuses, une femme shooter girl, un propriétaire, un portier et deux clients. Une analyse thématique à deux niveaux a montré que les délits se rapportent aux stupéfiants, à la prostitution, au proxénétisme, aux déviances, et à divers actes de violence. Des distinctions importantes, quant au contrôle selon les établissements sont notées. La structure et l’organisation des crimes peuvent s’expliquer par une logique propre aux relations symbiotiques et interdépendantes, tel que le suggère la théorie de l’écosystème du crime de Felson. Ainsi, la structure des délits peut prendre une forme mutualiste ou parasitaire. L’interrelation propre au neutralisme explique l’organisation générale de ces délits. Le milieu criminogène de la danse érotique offre de multiples opportunités, qui seront saisies par les acteurs motivés, en vue de réaliser un bénéfice personnel. Deux constats étonnants : les données suggèrent que l’implication des organisations criminelles est relativement limitée; et les conséquences occasionnées par les activités du milieu présentent un caractère inquiétant, particulièrement pour les femmes. Des efforts en matière de prévention situationnelle seraient appropriés pour réduire les opportunités.

Trajectoires de résilience chez des mères adolescentes victimes de violence de la part de leur partenaire amoureux : implications théoriques et pratiques pour le domaine de la promotion de la santé

Devenir mère à l’adolescence peut représenter une situation d’adversité et est associée à des impacts délétères possibles sur la vie de la jeune mère et de ses enfants. Être victime de violence de la part de son partenaire peut aussi représenter une adversité importante, notamment en regard de ses conséquences préjudiciables sur la santé. Cumulées, ces deux adversités peuvent sérieusement compromettre le parcours de vie d’une jeune femme. Cependant, des jeunes mères surmontent ces adversités. S’appuyant sur un cadre de référence composé par l’approche intersectionnelle et la perspective des parcours de vie, cette thèse permet une meilleure compréhension des différentes composantes d’une trajectoire de résilience en contexte de double adversité. Une part importante de cette thèse permet aussi de mieux documenter le contexte de la maternité précoce vécue dans un contexte de violence conjugale, une situation peu étudiée au Québec. Des jeunes mères ayant donné naissance précocement dans un contexte relationnel adverse qui estiment avoir surmonté ces obstacles et qui sont reconnues comme étant résilientes par les intervenants avec qui elles sont en contact participent à cette étude exploratoire. Ces 19 femmes ont partagé leur histoire par le biais d’entretiens individuels ou d’entretiens de groupe. Des observations participantes échelonnées sur neuf mois complètent cette collecte de données, permettant une meilleure compréhension et contextualisation de la maternité précoce et des défis qui lui sont associés. Leurs propos, retranscris puis analysés de façon séquentielle selon une démarche inspirée des stratégies d’analyse de théorisation ancrée, sont au cœur de l’analyse. Le modèle théorique de la résilience présenté dans cette thèse est constitué de cinq composantes : l’adversité, le point tournant, les processus, les facteurs promoteurs et les facteurs de vulnérabilités. Des indicateurs pouvant témoigner de la présence d’une trajectoire de résilience sont aussi proposés. Parmi les résultats importants de cette étude, notons l’importance de la maternité comme point tournant dans la vie de ces jeunes femmes. En effet, la maternité module la trajectoire de résilience notamment en leur permettant de créer un lien significatif avec leur bébé et de développer un sentiment de responsabilité face à celui-ci. Cette étude permet aussi de mieux cerner les processus permettant le déploiement d’une trajectoire de résilience : 1) Créer un milieu de vie sain pour l’enfant, 2) S’activer face au contexte relationnel adverse, 3) Mobiliser et utiliser les ressources disponibles et 4) Se servir du passé pour aller vers l’avant : (ré)investir les habiletés et ressources développées lors d’adversités antérieures. Les facteurs promoteurs, tout comme les facteurs de vulnérabilité, s’inscrivent dans une lecture systémique et relèvent de différents niveaux écologiques. Alors que les premiers constituent des points d’ancrage sur lesquels peuvent s’appuyer le déploiement et le maintien d’une trajectoire résiliente, les seconds fragilisent cette trajectoire. Les retombées possibles de cette étude pour l’intervention et la recherche dans le domaine de la promotion de la santé sont aussi abordées, notamment sous forme de pistes de réflexion et d’action.

Mutations impliquées dans la progression du cancer épithélial de l'ovaire

Le cancer épithélial de l’ovaire (CEO) est le cancer gynécologique le plus létal. Plus de 70% des patientes diagnostiquées avec une tumeur de stade avancé rechutent suite aux traitements chimiothérapeutiques de première ligne, la survie à cinq ans étant ainsi très faible. Afin de mieux comprendre l’évolution de la maladie, nous avons recherché de nouveaux gènes, responsables de l’initiation et de la progression du CEO. Précédemment, des lignées cellulaires ont été dérivées à partir de la tumeur primaire et récurrente et/ou d’ascites de trois patientes. Le séquençage de l’ARN de ces lignées par la technologie de séquençage de nouvelle génération (TSNG) nous a permis d’identifier des mutations ponctuelles qui pourraient nous indiquer des gènes dérégulés dans le CEO. La TSNG est un bon outil qui permet d’identifier et de cribler à grande échelle des mutations. Nous avons sélectionné PLEC1, SCRIB, NCOR2, SEMA6C, IKBKB, GLCE et ITGAE comme gènes candidats présentant des mutations dans nos lignées et ayant une relation fonctionnelle avérée avec le cancer. Étant donné que la TSNG est une technique à taux de fiabilité limité, nous avons validé ces mutations par séquençage Sanger. Ensuite, nous avons étudié l’effet de ces mutations sur la structure protéique et l’expression de PLEC1, de SCRIB et de SEMA6C. Seules certaines mutations dans les gènes PLEC1, SCRIB et SEMA6C ont pu être confirmées. PLEC1 et SCRIB sont deux protéines d’échafaudage dont la mutation, rapportée dans plusieurs cancers, pourrait induire des changements de leurs conformations et affecter leurs interactions et leurs fonctions. Les conséquences de ces mutations sur la tumorigenèse de l’ovaire devront être étudiées.

Choix de portefeuille de grande taille et mesures de risque pour preneurs de décision pessimistes

Cette thèse de doctorat consiste en trois chapitres qui traitent des sujets de choix de portefeuilles de grande taille, et de mesure de risque. Le premier chapitre traite du problème d’erreur d’estimation dans les portefeuilles de grande taille, et utilise le cadre d'analyse moyenne-variance. Le second chapitre explore l'importance du risque de devise pour les portefeuilles d'actifs domestiques, et étudie les liens entre la stabilité des poids de portefeuille de grande taille et le risque de devise. Pour finir, sous l'hypothèse que le preneur de décision est pessimiste, le troisième chapitre dérive la prime de risque, une mesure du pessimisme, et propose une méthodologie pour estimer les mesures dérivées. Le premier chapitre améliore le choix optimal de portefeuille dans le cadre du principe moyenne-variance de Markowitz (1952). Ceci est motivé par les résultats très décevants obtenus, lorsque la moyenne et la variance sont remplacées par leurs estimations empiriques. Ce problème est amplifié lorsque le nombre d’actifs est grand et que la matrice de covariance empirique est singulière ou presque singulière. Dans ce chapitre, nous examinons quatre techniques de régularisation pour stabiliser l’inverse de la matrice de covariance: le ridge, spectral cut-off, Landweber-Fridman et LARS Lasso. Ces méthodes font chacune intervenir un paramètre d’ajustement, qui doit être sélectionné. La contribution principale de cette partie, est de dériver une méthode basée uniquement sur les données pour sélectionner le paramètre de régularisation de manière optimale, i.e. pour minimiser la perte espérée d’utilité. Précisément, un critère de validation croisée qui prend une même forme pour les quatre méthodes de régularisation est dérivé. Les règles régularisées obtenues sont alors comparées à la règle utilisant directement les données et à la stratégie naïve 1/N, selon leur perte espérée d’utilité et leur ratio de Sharpe. Ces performances sont mesurée dans l’échantillon (in-sample) et hors-échantillon (out-of-sample) en considérant différentes tailles d’échantillon et nombre d’actifs. Des simulations et de l’illustration empirique menées, il ressort principalement que la régularisation de la matrice de covariance améliore de manière significative la règle de Markowitz basée sur les données, et donne de meilleurs résultats que le portefeuille naïf, surtout dans les cas le problème d’erreur d’estimation est très sévère. Dans le second chapitre, nous investiguons dans quelle mesure, les portefeuilles optimaux et stables d'actifs domestiques, peuvent réduire ou éliminer le risque de devise. Pour cela nous utilisons des rendements mensuelles de 48 industries américaines, au cours de la période 1976-2008. Pour résoudre les problèmes d'instabilité inhérents aux portefeuilles de grandes tailles, nous adoptons la méthode de régularisation spectral cut-off. Ceci aboutit à une famille de portefeuilles optimaux et stables, en permettant aux investisseurs de choisir différents pourcentages des composantes principales (ou dégrées de stabilité). Nos tests empiriques sont basés sur un modèle International d'évaluation d'actifs financiers (IAPM). Dans ce modèle, le risque de devise est décomposé en deux facteurs représentant les devises des pays industrialisés d'une part, et celles des pays émergents d'autres part. Nos résultats indiquent que le risque de devise est primé et varie à travers le temps pour les portefeuilles stables de risque minimum. De plus ces stratégies conduisent à une réduction significative de l'exposition au risque de change, tandis que la contribution de la prime risque de change reste en moyenne inchangée. Les poids de portefeuille optimaux sont une alternative aux poids de capitalisation boursière. Par conséquent ce chapitre complète la littérature selon laquelle la prime de risque est importante au niveau de l'industrie et au niveau national dans la plupart des pays. Dans le dernier chapitre, nous dérivons une mesure de la prime de risque pour des préférences dépendent du rang et proposons une mesure du degré de pessimisme, étant donné une fonction de distorsion. Les mesures introduites généralisent la mesure de prime de risque dérivée dans le cadre de la théorie de l'utilité espérée, qui est fréquemment violée aussi bien dans des situations expérimentales que dans des situations réelles. Dans la grande famille des préférences considérées, une attention particulière est accordée à la CVaR (valeur à risque conditionnelle). Cette dernière mesure de risque est de plus en plus utilisée pour la construction de portefeuilles et est préconisée pour compléter la VaR (valeur à risque) utilisée depuis 1996 par le comité de Bâle. De plus, nous fournissons le cadre statistique nécessaire pour faire de l’inférence sur les mesures proposées. Pour finir, les propriétés des estimateurs proposés sont évaluées à travers une étude Monte-Carlo, et une illustration empirique en utilisant les rendements journaliers du marché boursier américain sur de la période 2000-2011.