Extensive characterization of Campylobacter jejuni chicken isolates to uncover genes involved in the ability to compete for gut colonization

Background: Campylobacter jejuni is responsible for human foodborne enteritis. This bacterium is a remarkable colonizer of the chicken gut, with some strains outcompeting others for colonization. To better understand this phenomenon, the objective of this study was to extensively characterize the phenotypic performance of C. jejuni chicken strains and associate their gut colonizing ability with specific genes. Results: C. jejuni isolates (n = 45) previously analyzed for the presence of chicken colonization associated genes were further characterized for phenotypic properties influencing colonization: autoagglutination and chemotaxis as well as adhesion to and invasion of primary chicken caecal cells. This allowed strains to be ranked according to their in vitro performance. After their in vitro capacity to outcompete was demonstrated in vivo, strains were then typed by comparative genomic fingerprinting (CGF). In vitro phenotypical properties displayed a linear variability among the tested strains. Strains possessing higher scores for phenotypical properties were able to outcompete others during chicken colonization trials. When the gene content of strains was compared, some were associated with different phenotypical scores and thus with different outcompeting capacities. Use of CGF profiles showed an extensive genetic variability among the studied strains and suggested that the outcompeting capacity is not predictable by CGF profile. Conclusion: This study revealed a wide array of phenotypes present in C. jejuni strains, even though they were all recovered from chicken caecum. Each strain was classified according to its in vitro competitive potential and its capacity to compete for chicken gut colonization was associated with specific genes. This study also exposed the disparity existing between genetic typing and phenotypical behavior of C. jejuni strains.

Chicken Caecal Microbiome Modifications Induced by Campylobacter jejuni Colonization and by a Non-Antibiotic Feed Additive

Campylobacter jejuni is an important zoonotic foodborne pathogen causing acute gastroenteritis in humans. Chickens are often colonized at very high numbers by C. jejuni, up to 109 CFU per gram of caecal content, with no detrimental effects on their health. Farm control strategies are being developed to lower the C. jejuni contamination of chicken food products in an effort to reduce human campylobacteriosis incidence. It is believed that intestinal microbiome composition may affect gut colonization by such undesirable bacteria but, although the chicken microbiome is being increasingly characterized, information is lacking on the factors affecting its modulation, especially by foodborne pathogens. This study monitored the effects of C. jejuni chicken caecal colonization on the chicken microbiome in healthy chickens. It also evaluated the capacity of a feed additive to affect caecal bacterial populations and to lower C. jejuni colonization. From day-0, chickens received or not a microencapsulated feed additive and were inoculated or not with C. jejuni at 14 days of age. Fresh caecal content was harvested at 35 days of age. The caecal microbiome was characterized by real time quantitative PCR and Ion Torrent sequencing. We observed that the feed additive lowered C. jejuni caecal count by 0.7 log (p<0.05). Alpha-diversity of the caecal microbiome was not affected by C. jejuni colonization or by the feed additive. C. jejuni colonization modified the caecal beta-diversity while the feed additive did not. We observed that C. jejuni colonization was associated with an increase of Bifidobacterium and affected Clostridia and Mollicutes relative abundances. The feed additive was associated with a lower Streptococcus relative abundance. The caecal microbiome remained relatively unchanged despite high C. jejuni colonization. The feed additive was efficient in lowering C. jejuni colonization while not disturbing the caecal microbiome.

Étude des interactions entre Haemophilus parasuis et des cellules endothéliales et épithéliales porcines: implications d’une composante bactérienne, le lipooligosaccharide (LOS)

Haemophilus parasuis est un pathogène porcin causant la maladie de Glässer caractérisée par de la polysérosite fibrineuse, polyarthrite, méningite et septicémie. La pathogenèse de l’infection et les facteurs de virulence sont encore mal connus. Le site de colonisation de Haemophilus parasuis dans le tractus respiratoire supérieur est controversé. Pour accéder à la circulation sanguine, H. parasuis doit envahir la muqueuse. H. parasuis adhère à des cellules épithéliales porcines de trachée (NPTr). Pour accéder au système nerveux central et causer la méningite, H. parasuis doit traverser la barrière hémato-méningée. H. parasuis adhère à et envahit des cellules endothéliales porcines de microvaisseaux cérébraux (PBMEC) provenant de la BBB. Le but de cette étude était d’étudier certaines interactions entre H. parasuis et son lipooligosccharide (LOS), et des cellules endothéliales et épithéliales porcines. Les résultats démontrent que l’adhésion de H. parasuis Nagasaki aux NPTr et aux PBMEC est en partie médiée par son LOS. H. parasuis induit l’apoptose des NPTr et des PBMEC, mais le LOS ne semble pas impliqué. H. parasuis, et à un niveau moindre son LOS, stimulent la sécrétion d’interleukine- (IL) 6 et d’IL-8. Différentes souches de H. parasuis sérotypes 4 et 5 (sérotypes les plus prévalents en Amérique du Nord) stimulent également les NPTr et PBMEC à produire IL-6 et IL-8. Les résultats suggèrent que le LOS de H. parasuis joue un certain rôle dans la pathogenèse de l’infection, mais d’autres composantes bactériennes sont également impliquées.

Détermination des effets de l'administration des probiotiques sur l'attachement d'Escherichia Coli Entérotoxinogène F4 et l'expression de cytokines chez le porcelet sevré

Les diarrhées post-sevrages causées par des infections à Escherichia coli entérotoxinogène positif pour le fimbriae F4 (ETEC F4), entraînent des pertes économiques importantes chez les producteurs de porc. Depuis quelques années, l’utilisation de probiotiques, comme additif alimentaire pour prévenir ce type d’infection entérique et réduire les traitements aux antimicrobiens, suscite un intérêt grandissant en production porcine. Le but du présent travail est de déterminer l’influence de l’administration des probiotiques Pediococcus acidilactici (PA) et Saccharomyces cerevisiae boulardii (SCB) sur la colonisation et l’attachement des ETEC F4, l’accumulation de fluide intestinal et l’expression de cytokines dans l’iléon de porcelets sevrés. Dès la naissance, différentes portées de porcelets ont été affectées aux traitements suivants : PA, SCB, PA + SCB, témoin et témoin avec antibiotiques (ATB). Une dose quotidienne de probiotiques (1 × 109 UFC) a été administrée aux porcelets des groupes probiotiques durant la lactation et après le sevrage. Sept jours après le sevrage, à 28 jours d’âge, des porcelets positifs pour le récepteur intestinal spécifique pour F4 ont été infectés oralement avec une souche ETEC F4. Les porcelets ont été euthanasiés 24 heures après l’infection (jour 29) et différents échantillons intestinaux ont été prélevés. Chez les porcelets recevant des probiotiques, l’attachement des ETEC F4 à la muqueuse iléale était significativement diminué chez les groupes PA ou SCB en comparaison avec le groupe ATB. Finalement, l’expression de cytokines intestinales était plus élevée chez les porcs du groupe PA + SCB en comparaison avec les porcelets témoins. En conclusion, les résultats de cette étude suggèrent que l’administration de probiotiques pourrait être une alternative pour limiter les infections à ETEC F4 chez le porc.

La ferme du Bas-de-la-Baie, 1673-1759 : contribution zooarchéologique à l'étude des sites ruraux

Ce mémoire présente les résultats d'une recherche zooarchéologique portant sur deux occupations d'un site du début de la colonisation à Baie-Saint-Paul (XVIIe-XVIIIe siècle). L'analyse de leurs assemblages fauniques, totalisant 1175 restes osseux, a démontré le caractère diamétralement opposé des deux occupations. Le site d'habitation des goudronniers a révélé une exploitation des ressources sauvages visant à suppléer un élevage déficient et fournir un revenu d'appoint par le commerce des fourrures. Pour sa part, le site de la ferme établie par le Séminaire de Québec a révélé une alimentation basée sur les produits de l'élevage, mais supplée par la chasse de gibier disponible dans les environs immédiats du site. La différence d'exploitation faunique soulignée par l'étude zooarchéologique du site de la ferme du Bas-de-la-Baie a également permis de confirmer le rôle central de l'élevage pour les sites ruraux de la vallée laurentienne tout en soulignant leur variabilité, visible au sein de l'élevage et dans l'apport supplémentaire fourni par la chasse et la pêche.

À la convergence des savoirs : la transmission des connaissances entre des Atikamekw et des archéologues

Ce mémoire s’intéresse à la relation entre des archéologues et des Atikamekw de la communauté de Wemotaci, située en Haute-Mauricie. Cette relation est abordée sous l’angle de la transmission des savoirs. En effet, archéologues et Amérindiens possèdent des systèmes de connaissances distincts et c’est de la dynamique de rencontre entre ces deux corpus de savoirs dont il est ici question. Contrairement à ce que décrit généralement la littérature, les différences de conceptions à divers niveaux comme le rapport au passé, au territoire ou à l’objet n’empêchent pas une reconnaissance mutuelle des savoirs entre les archéologues et les Atikamekw. Chacun des groupes acquiert et intègre même les connaissances de l’autre selon ses préoccupations et ses besoins. Cette transmission des connaissances ne se limite pas à l’échange entre les archéologues et les Atikamekw, elle a également eu lieu entre les différentes générations amérindiennes. À travers une histoire où se conjuguent colonisation, éducation et sédentarisation, les savoirs des Atikamekw se trouvent au cœur du changement. C’est ainsi que la pratique archéologique peut devenir un moyen pour mettre en valeur des connaissances autochtones en permettant une rencontre intergénérationnelle sur un terrain de fouilles archéologiques. Enfin, dans un contexte où les nations autochtones désirent participer à tout ce qui concerne la protection de leur patrimoine culturel, l’archéologie peut également devenir un outil de réappropriation culturelle.

Impact des polluants agricoles sur la génétique des populations d’une espèce sentinelle : le ouaouaron (Rana catesbeiana)

L’expansion agricole ne cesse d’agir sur la perte d’habitats essentiels et nécessaires au développement des espèces. Bien que plusieurs espèces réussissent à survivre dans ces habitats peu adéquats, la persistance et la santé de plusieurs populations semblent compromises par l’utilisation souvent intensive de polluants chimiques agricoles et de fertilisants. Cette étude a pour but de déterminer l’impact des contaminants et de l’écologie du paysage sur la diversité génétique des populations de ouaouarons retrouvées en milieu agricole. Notre hypothèse de départ stipule qu’une exposition chronique aux polluants agricoles induira des différences génétiques au niveau des populations exposées. Le bassin versant de la rivière Yamaska a été désigné comme site d’étude puisqu’il fait partie de la région agricole la plus importante du Québec et parce qu’on y retrouve un gradient d’utilisation des terres pour l’agriculture (faible, moyen, élevé). Le ouaouaron a été choisi à titre de modèle biologique puisque ses caractéristiques physiologiques et écologiques en font une espèce sentinelle capable de rendre compte de l’état de santé global des écosystèmes. La caractérisation génétique des populations a été effectuée à partir de marqueurs d’AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Les résultats montrent que la diversité génétique est liée à la colonisation à partir de l’embouchure de la rivière Yamaska et que quelques populations sont génétiquement différenciées. De plus, nous avons démontré une relation positive entre le nombre de locus polymorphes et l’atrazine, l’indice de contamination et le métolachlore et la concentration en azote ainsi qu’entre l’hétérozygotie attendue et la concentration en phosphate.

La réception du concept d'indépendance de la magistrature à Madagascar

Il est connu que ceux qui ne s’informent pas sur leur passé seront toujours condamnés à répéter les mêmes erreurs et pour déterminer où aller il faut d’abord savoir d’où on vient . La thèse se penche sur l’analyse de plus de deux siècles d’histoire de l’appareil judiciaire malgache à la lumière du concept d’indépendance de la magistrature. L’auteur porte une analyse rétrospective sur une assez longue période qui s’étend de la fin du XVIIIème siècle à nos jours au cours de laquelle il essaie de comprendre l’ensemble des situations ayant prévalu dans le pays témoin, avant, pendant et après la colonisation française. Cette thèse tente d’apporter des argumentaires nouveaux et une méthodologie d’approche nouvelle dans l’analyse de l’appareil judiciaire d’un pays anciennement colonisé. Il s’agit de mettre de côté certaines idées reçues sur les situations des systèmes juridiques des pays anciennement colonisés, notamment malgache et africains. L’étude remet en cause quelques préjugés d’antan qui marquent encore les esprits relativement aux situations précoloniales, à l’arrivée des modèles juridiques occidentaux et plus particulièrement au concept d’indépendance de la magistrature et sa consistance actuelle dans les anciennes colonies, à l’instar de la Grande Île. A travers l'étude du cas particulier de Madagascar, la thèse apporte des réponses à plusieurs questions suscitées par l’acculturation du système juridique des anciennes colonies à partir de leur contact avec les modèles juridiques occidentaux. La question spécifique de recherche consiste à déterminer si le concept d’indépendance de la magistrature est déjà entré dans le système juridique des pays anciennement colonisés comme Madagascar. Pour l’auteur, le concept d’indépendance de la magistrature tel que compris en Occident n’a jamais fait son véritable entrée à Madagascar. Le cadre théorique adopté pour la vérification de l’hypothèse combine le positivisme juridique avec les approches anthropologique et sociologique et se distingue des recherches presque exclusivement positivistes antérieures. Dans la première partie, l’auteur propose le cadre théorique de recherche et rapporte les modes de règlements des conflits à l’époque précoloniale. L’analyse anthropologique de la période a démontré que le concept d’indépendance de la magistrature fut inconnu des traditions judiciaires précoloniales même si une certaine influence occidentale imprégnait le processus de métissage spontanée diligenté par les souverains successifs. Dans la seconde partie, l’auteur livre une analyse de la période coloniale et postcoloniale jusqu’à l’époque contemporaine. Pour la période coloniale, l’ouvrage relate, d’une part, les multiples mesures prises durant les années coloniales, qui éloignèrent le modèle juridique colonial implanté à Madagascar du modèle juridique français original de la métropole. D’autre part, il mesure les impacts de l’instauration du modèle colonial sur les traditions juridiques malgaches précoloniales. Contrairement aux idées reçues, le modèle juridique français et tous ses concepts clés, notamment le concept de séparation des pouvoirs et celui d’indépendance de la magistrature ne furent pas transmis à Madagascar par le fait de la conquête. Ensuite, il a survolé la magistrature des trois républiques successives depuis l’indépendance acquise en 1960. En premier lieu, par une analyse résolument positiviste l’auteur analyse les imperfections initiales des choix et des mesures prises lors de la mise en place du nouveau système juridique de la jeune république durant les premières années de l’indépendance et dont la magistrature malgache est encore tributaire aujourd’hui. En second lieu, par une démarche à la fois positiviste et sociologique, il démontre que les valeurs du concept d’indépendance de la magistrature, reconnues par le système politique et timidement repris par le système juridique, n’ont pas réussi jusqu’ici à pénétrer le cœur de ce dernier

L’émir Abdelkader et la franc-maçonnerie française : de l’engagement (1864) au renoncement (1877)

Figure majeure de l’histoire des relations coloniales franco-algériennes, l’émir Abdelkader est généralement présenté par ses compatriotes comme le modèle politique, militaire et religieux du résistant au colonialisme français du 19ième siècle. L’historiographie officielle algérienne en véhicule l’image du chef religieux qui a initié al-jihad de résistance conforme aux règles exotériques de la chari’ia. Il est décrit comme un guerrier loyal et magnanime, fin stratège, dont la défaite militaire a paradoxalement marqué la fondation de l’Algérie moderne en tant que Nation et État. La construction sociopolitique postcoloniale de ce mythe a permis de légitimer les différents régimes politiques, qui se sont succédé dans l’Algérie indépendante et qui ont toujours tenu, dans le cadre d’une lecture littérale de l’Islam. Ceci dans le but de taire la dimension spirituelle d’Abdelkader disciple, héritier et commentateur de l’œuvre du magister Magnus soufi, IbnʻArabî. Fascinés dès le début de l’occupation par cet adversaire hors du commun, les français, de plus en plus sécularisés, en ont érigé une image utilitaire, l’aliénant ainsi de ses compatriotes coreligionnaires et le découplant de sa foi islamique. Les mémoires concurrentes de l’ancienne puissance coloniale et de son ex-colonie, l’Algérie, ont généré plusieurs débats contemporains en ce qui a trait à l’écriture de l’histoire de la colonisation. Le personnage d’Abdelkader a été instrumentalisé par les uns et les autres. Deux évènements controversés de sa biographie sont devenus les objets d’une polémique souvent âpre et amère entre auteurs chercheurs algériens et français : l’adhésion de l’émir à la franc-maçonnerie française et sa séparation d’avec celle-ci. Nous allons présenter que la prémisse d’auteurs algériens, selon laquelle Abdelkader n’aurait pas pu adhérer au Grand Orient de France, pour cause d’incompatibilité doctrinale musulmane, est inconsistante. Nous essayerons de démontrer au contraire, que son initiation à la maçonnerie telle qu’elle s’était présentée à lui était en accord avec sa vision soufie et légaliste du dogme islamique. En nous basant sur le choix de la franc-maçonnerie française pour la laïcité au moment de la réception supposée de l’émir dans la fraternité, nous montrerons qu’il s’en éloigna pour des raisons de doctrine islamique. En effet, l’élimination de toute référence déiste des textes constitutifs du Grand Orient de France fut inacceptable pour le musulman qu’était Abdelkader, vaincu militairement mais raffermi spirituellement par sa proximité grandissante avec son maître spirituel IbnʻArabî. L’humanisme des francs-maçons français avait motivé une refondation basée sur les droits de l’homme issus de la révolution française. Tandis que celui de l’émir Abdelkader prenait sa source dans l’Unicité de l’Être, concept-cadre Akbarien de la compréhension de la relation de Dieu avec ses créatures. Nous allons montrer que les polémiques franco-algériennes sur les relations d’Abdelkader avec la franc-maçonnerie française, masquent un autre débat de fond qui dure depuis des siècles dans le monde musulman. Un débat opposant deux herméneutiques légalistes des textes islamiques, l’une exotérique s’incarnant dans l’œuvre du théologien musulman Ibn Taymiyya et l’autre ésotérique se trouvant au cœur des écrits du mystique IbnʻArabî.

La crise du logement en Algérie : des politiques d'urbanisme mésadaptées

La crise du logement est généralement appréhendée comme une simple disparité entre une disponibilité de logements abordables et les besoins de la population. Ce mémoire a pour objectif de dépasser ce raisonnement en s’interrogeant sur l’adéquation entre la conception des logements publics et les besoins des populations ciblées, qui sont déterminés par les spécificités socioculturelles en évolutions complexes et dynamiques. Des logements sociaux d’une grandeur inadéquate, pour des considérations de rentabilité, entraînant l’apparition d’une surpopulation, ne pouvaient qu’engendrer leur détérioration rapide et leur bidonvilisation. Ce mémoire aborde donc le thème anthropologique de l’influence de l’organisation de l’habitat et des espaces de vies privées et collectives sur les sociétés humaines. Le cas particulier de l’Algérie est intéressant par sa virulence et par l’importation des politiques françaises au moment de la colonisation, politiques visant l’assimilation des Algériens aux habitudes de consommation et aux modes de comportement occidentaux. Ce mémoire tente de démontrer que les différents gouvernements issus de l’indépendance auront réactivé les politiques coloniales en matière d’urbanisme. De plus, l’augmentation de la fréquence des pratiques informelles de captation à la source des biens stratégiques rares à des fins spéculatives, dont les logements sociaux, accélérée par la libéralisation du marché immobilier et la privatisation des logements publics, a fait en sorte que très peu de logements sociaux furent attribués aux familles qui en avaient besoin qui se retrouvèrent donc de plus en plus marginalisées et devaient à leur tour se tourner vers des pratiques informelles pour espérer améliorer leurs conditions de logement.

Diversité des champignons endophytes mycorhiziens et de classe II chez le pois chiche, et influence du génotype de la plante

réalisé en cotutelle avec la Faculté des Sciences de Tunis, Université Tunis El Manar.

Les occupations de fermes commerciales au Zimbabwe : récits, expériences et devenirs des fermiers blancs

Cette thèse propose une ethnographie des devenirs des fermiers blancs saisis sur le long terme de leur présence au Zimbabwe. L’analyse est centrée autour d’un moment de crise, les occupations de fermes en cours, qualifié dans ce travail d’éthique et de critique. Ces occupations s’attaquent symboliquement et réellement aux restes de la colonisation au Zimbabwe. Leur étude nous a conduits à nous interroger sur les manières suivant lesquelles la décolonisation est mise en oeuvre dans le Zimbabwe du Président Mugabe et sur les enjeux qui concernent la forme, notamment sur le plan légale, de la postcolonie. Ces occupations ont provoqué l’expulsion de plus de 90 % des fermiers blancs hors de leur lieu utopique, à savoir la ferme, et les ont poussés dans des espaces d’ambiguïté à l’intérieur desquels les occupants cherchent la confrontation. La question de la corruption (économique et morale) est au coeur de l’expérience des fermiers blancs qui ont été forcés de renoncer à leur intégrité. Certains d’entre eux ont tenté par divers moyens de la maintenir en se préservant de la corruption et en réclamant le respect de leurs « droits »; d’autres ont accepté de vivre dans la zone grise que constitue l’occupation de leur ferme. Cette thèse qui s’ancre dans l’anthropologie postcoloniale est organisée en trois parties. La question centrale de la première partie qui est d’orientation historique interroge la forme que les settlers ont donnée à ce pays et la manière mise de l’avant par les fermiers blancs pour faire de ces terres africaines « leur » lieu. Dans la deuxième partie, l’instauration après 2000 du Fast-track land reform programme et l'expérience quotidienne des occupations du point de vue des fermiers blancs sont analysées dans le détail. Dans la troisième partie, la vie des fermiers dépossédés de leur ferme est abordée à partir d’Harare, la capitale du Zimbabwe et de la Grande-Bretagne où ils ont trouvé refuge. Ceux qui vivent actuellement à Harare se sont réorganisés socialement et économiquement en redéfinissant les limites, notamment morales, de la communauté. Ceux qui, fuyant le Zimbabwe, sont « retournés » en Angleterre sont redevenus des Anglais.

Étude sur le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline chez le porc à l'abattoir au Québec, Canada

Le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) est un pathogène important qui a été identifié comme agent d‟infection chez les animaux d‟élevage et les travailleurs exposés à ces animaux. Au Canada, très peu d‟informations sont disponibles concernant les SARMs d‟origine porcine. L‟objectif de cette étude était de déterminer la prévalence des SARMs provenant de porcs à l‟abattoir, de caractériser leur résistance aux antibiotiques ainsi que d‟évaluer le niveau de séroconversion des porcs envers le S. aureus chez les animaux porteurs ou non du SARM. Un total de 107 isolats ont été identifiés positifs aux SARMs sur 660 échantillons. La prévalence de SARMs à l‟abattoir A était de 30,8% et de 23,8% à l‟abattoir B. La susceptibilité aux antibiotiques a été déterminée en utilisant la méthode de micro-dilution de Sensititre. Tous les isolats ont démontré une sensibilité envers la ciprofloxacine, la gatifloxacine, la gentamicine, la lévofloxacine, le linézolide, la quinupristine/dalfopristine, la rifampicine, la streptomycine, le triméthoprime/sulfaméthoxazole et la vancomycine. De la résistance a été observée envers la daptomycine (0,93%), l‟érythromycine (29%), la clindamycine (29%), la tétracycline (98,1%). De plus, 30% des SARMs isolés étaient résistants à plus de deux antibiotiques autres que les β-lactamines. Par typage, deux clones prédominants ont été obtenus ainsi que deux types de SCCmec (type V et possiblement un nouveau type comprenant les cassettes III et IVb). 15 clones ont été identifiés par typage MLVA, comprenant les clones prédominants VI (40.1%; 43/107) et XI (17.7%; 19/107). Deux souches de SARMs ont été caractérisées par biopuce à ADN et des gènes d‟antibiorésistance, de typage (SCCmec et MLST) et de virulence ont été identifiés. Sans considération pour le site de colonisation, les porcs SA-/MRSA- (n=34) et les porcs SA+ (n=194) montrent, respectivement, des taux de séroconversion de 20.6% et 32.5%. Les porcs colonisés par un SARM à un site de iv prélèvement et non colonisés par un SA à l‟autre site (n=18) montrent une séroconversion (5.6%) significativement (P < 0.05) plus faible comparativement aux porcs colonisés par SA à un ou deux sites de prélèvement et n‟ayant pas de SARM. Nos résultats démontrent que les porcs provenant d‟abattoir peuvent être colonisés par des SARMs multi-résistants aux antibiotiques. De plus, ces SARMs sont possiblement capable de coloniser leurs hôtes sans stimuler la production d‟anticorps et ce par l‟atténuation de la réponse immunitaire ou par la colonisation de porcs qui sont moins immunocompétents.

Évidence génétique de populations sympatriques de la perchaude (Perca flavescens) dans le Lac Saint-Pierre

La perchaude (Perca flavescens) constitue une ressource socioéconomique de grande importance dans le Lac Saint-Pierre (Québec, Canada). Bien que ce lac fluvial soit désigné réserve de la biosphère par l’UNESCO, le statut de la perchaude est préoccupant. Afin de permettre à l’espèce de persister en fonction des diverses pressions anthropiques, il est important de comprendre sa dynamique populationnelle et les mécanismes qui en sont responsables. La perchaude est connue pour sa philopatrie ; le fait de toujours se reproduire à son site de naissance peut entraîner la subdivision d’une espèce en de multiples populations, où chacune pourra être pourvue d’adaptations locales distinctes. Il est possible d’étudier ces processus à l’aide des signaux génétiques associés à la reproduction des individus. Toutefois, une faible différentiation génétique entre les populations du Lac Saint-Pierre est envisagée en raison de la colonisation récente du système (moins de 8000 ans). L’objectif de cette étude est de déterminer s’il existe plusieurs populations de perchaude dans le Lac Saint-Pierre. Les simulations réalisées ont révélé que l’utilisation de marqueurs AFLP (amplified fragment length polymorphism), permettant une analyse globale du génome, affiche une meilleure détection de la différentiation des populations que celle des marqueurs microsatellites. Afin d’associer les individus à leur site de naissance, la méthode d’AFLP et des microsatellites ont été utilisées sur des larves capturées suite à l’éclosion des oeufs. Trois analyses distinctes d’AFLP ont indiqué une corrélation entre la composition génétique des individus et des sites géographiques, confirmant ainsi la présence de plusieurs populations sympatriques dans le Lac Saint-Pierre, découlant vraisemblablement de la philopatrie de l’espèce. L’absence de différentiation génétique relatée par les marqueurs microsatellites vient confirmer l’importance du choix des marqueurs génétiques. Bien que la différentiation génétique observée soit relativement faible, la gestion de la perchaude devrait tenir compte de la dynamique des populations distinctes dans ce système.

Le cèdre blanc (Thuja occidentalis)dans le paysage culturel en amont de Montréal au XIXe siècle. Une approche dendroarchéologique

Ce mémoire porte sur le cèdre blanc (Thuja occidentalis) dans les contextes de colonisation et d’exploitation forestière de l’arrière-pays montréalais au XIXe siècle. Il vise, d’une part, à documenter les stratégies d’exploitation locale du cèdre blanc au XIXe siècle et l’évolution du paysage culturel domestique d’un établissement colonial depuis sa concession initiale. D’autre part, ce mémoire cherche à identifier les réseaux d’échanges du cèdre blanc acheminé à Montréal au XIXe siècle pour la construction des bâtiments et des infrastructures portuaires. En raison de la quasi-absence de documents historiques sur le sujet, il devient évident que seule l’application de la dendrochronologie et de la dendroprovenance permet d’atteindre ces objectifs. Nous vous présentons ici l’analyse détaillée de six sites ruraux situés dans les vallées de l’Outaouais et du haut Saint-Laurent. Les analyses dendrochronologiques effectuées permettent d’aborder l’établissement colonial d’une façon originale. La deuxième partie de ce mémoire se consacre aux analyses de dendroprovenance de sept sites montréalais préalablement étudiés par Poudret-Barré (2007) et le Groupe de recherche en dendrochronologie historique (GRDH). Pour ce faire, les sites ruraux discutés précédemment servent de point d’ancrage géographique afin de déterminer l’origine des pièces de cèdre blanc retrouvées à Montréal. L’étude du cèdre blanc et les résultats des analyses de dendrochronologie et de dendroprovenance réalisées dans le cadre de cette étude permettent d’aborder le patrimoine architectural et archéologique sous un angle nouveau. Venant compléter les données historiques disponibles, il ouvre la voie à de nouvelles recherches de ce genre.