Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique

La bio-informatique est un champ pluridisciplinaire qui utilise la biologie, l’informatique, la physique et les mathématiques pour résoudre des problèmes posés par la biologie. L’une des thématiques de la bio-informatique est l’analyse des séquences génomiques et la prédiction de gènes d’ARN non codants. Les ARN non codants sont des molécules d’ARN qui sont transcrites mais pas traduites en protéine et qui ont une fonction dans la cellule. Trouver des gènes d’ARN non codants par des techniques de biochimie et de biologie moléculaire est assez difficile et relativement coûteux. Ainsi, la prédiction des gènes d’ARNnc par des méthodes bio-informatiques est un enjeu important. Cette recherche décrit un travail d’analyse informatique pour chercher des nouveaux ARNnc chez le pathogène Candida albicans et d’une validation expérimentale. Nous avons utilisé comme stratégie une analyse informatique combinant plusieurs logiciels d’identification d’ARNnc. Nous avons validé un sous-ensemble des prédictions informatiques avec une expérience de puces à ADN couvrant 1979 régions du génome. Grace à cette expérience nous avons identifié 62 nouveaux transcrits chez Candida albicans. Ce travail aussi permit le développement d’une méthode d’analyse pour des puces à ADN de type tiling array. Ce travail présente également une tentation d’améliorer de la prédiction d’ARNnc avec une méthode se basant sur la recherche de motifs d’ARN dans les séquences.

Les multiples trajectoires d’activité physique supervisée et non supervisée chez les enfants du primaire au Québec : un modèle écologique

Contexte : L’activité physique est une composante centrale du développement physique, psychologique et social de l'enfant, particulièrement au sein d'une société où l'impact de la sédentarité et de l'obésité devient de plus en plus important. Cependant, les trajectoires d’activité physique hors école et leurs déterminants sont peu étudiés et les connaissances sur ce sujet sont limitées. Il est également notoire que les types d’activité physique sont rarement pris en considération. Objectif : Ce mémoire a pour but (a) de déterminer les trajectoires de pratique d’activité physique au cours du développement des enfants (b) de valider l’association entre l’activité physique supervisée et l’activité non supervisée et (c) d’identifier les déterminants au niveau du quartier, de la famille et des caractéristiques individuelles associés aux trajectoires de pratique d’activité physique supervisée et non supervisée. Participants : 1 814 enfants (51% garçons) nés en 1998 ayant participé à l’Étude Longitudinale du Développement des Enfants du Québec (ELDEQ). Les données récoltées proviennent uniquement de leur mère. Mesures : La fréquence de l’activité physique supervisée et non supervisée a été mesurée à quatre reprises alors que les enfants étaient âgés entre 5 et 8 ans. Les déterminants ainsi que les variables contrôles ont été mesurés alors que les enfants avaient 4 ou 5 ans. Résultats : Trois trajectoires d’activité physique supervisée et non supervisée ont été identifiées. Les résultats suggèrent que les trajectoires d’activité physique supervisée, représentant respectivement 10%, 55.3% et 34.7% de la population, sont relativement stables même si elles subissent une légère augmentation avec le temps. Des trois trajectoires d’activité physique non supervisée représentant respectivement 14.1%, 28.1% et 57.8% de la population, une augmente considérablement avec le temps alors iv que les deux autres sont stables. Ces deux séries de trajectoires ne sont pas associées significativement entre elles. L’éducation de la mère, l’entraide dans le quartier de résidence ainsi que la prosocialité des enfants déterminent les deux types d’activité physique. La suffisance de revenu et la pratique sportive de la mère sont associées seulement aux trajectoires d’activité physique supervisée. La famille intacte discrimine l’appartenance aux trajectoires d’activité physique non supervisée. Conclusion : Premièrement, la pratique de l’activité physique est relativement stable entre 5 et 8 ans. Deuxièmement, l’activité physique supervisée ainsi que l’activité physique non supervisée sont deux pratiques qui se développent différemment et qui possèdent leurs propres déterminants. Troisièmement, une approche écologique permet de mieux saisir la complexité de ces deux processus.

A new avalanche model for solar flares

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Construction de méthodes de volumes finis tridimensionnelles sans solveur de Riemann pour les systèmes hyperboliques non-linéaires

Thèse diffusée initialement dans le cadre d'un projet pilote des Presses de l'Université de Montréal/Centre d'édition numérique UdeM (1997-2008) avec l'autorisation de l'auteur.

Promotion de l'activité physique des médecins omnipraticiens auprès de leurs patients

Les maladies non transmissibles sont en forte hausse au Québec. La pratique régulière d’activités physiques (AP) permet d’agir en amont et de contribuer à la prévention de plusieurs de ces maladies. Cependant, une grande proportion de la population québécoise n’est pas suffisamment active pour en retirer des bienfaits pour sa santé. Plusieurs études portant sur l’efficacité des interventions de sensibilisation et de promotion de l’AP(SPAP) ont montré que les médecins omnipraticiens peuvent avoir une influence non négligeable sur le niveau de pratique d’AP de la population. Peu d’études à ce jour ont examiné la pratique de SPAP des médecins omnipraticiens du Québec auprès de leurs patients et quels sont les freins et facteurs facilitants. La présente étude vise à combler en partie cette lacune en documentant leur pratique de SPAP et en examinant dans quelle mesure les attitudes,perceptions, barrières, besoins et caractéristiques sociodémographiques influencent leur pratique. Une enquête anonyme a été retenue comme méthode pour dresser un portrait de la situation. L’échantillon de convenance est composé de 701 questionnaires recueillis lors de formations continues de la Fédération des médecins omnipraticiens du Québec. Les résultats montrent que deux répondants sur cinq (40 %) font de la SPAP auprès de la majorité de leurs patients en contexte de prévention primaire, et ce, bien que la presque totalité d’entre eux (98 %) croit que la SPAP fait partie de leur rôle fondamental. L’analyse de régression multiple a permis d’identifier les facteurs les plus souvent associés à la pratique de la SPAP chez les répondants : les médecins qui pratiquent eux-mêmes de l’AP de façon régulière, ceux qui ont plus de neuf ans d’expérience médicale, ceux qui sont moins affectés par la surcharge de travail et ceux qui ont l’impression d’être relativement efficaces dans leurs interventions de SPAP sont les plus susceptibles d’en faire auprès de leurs patients en contexte de prévention primaire.

Des pères non-agresseurs face au dévoilement de l'agression sexuelle de leur enfant : impact psychologique et soutien paternel

Les agressions sexuelles envers les enfants sont un fléau social important. Elles portent atteinte à l’intégrité physique et psychologique des enfants qui en sont victimes, entraînant des conséquences délétères pour l’enfant et ses parents. Ces derniers sont d’ailleurs considérés comme des personnes clés dans le rétablissement des enfants. Toutefois, les connaissances scientifiques dans ce domaine ont été principalement acquises auprès des mères, reléguant ainsi le père à une place secondaire. Cette thèse a pour objectif général d’élargir notre compréhension du vécu et du rôle des pères ayant à faire face au dévoilement de l’agression sexuelle de leur enfant. La présente thèse est composée de deux articles empiriques. L’objectif du premier article est de décrire le vécu des pères non agresseurs ayant un ou plusieurs enfants victimes d’agression sexuelle extra ou intrafamiliale sous l’angle de leurs réactions émotionnelles, cognitives et comportementales à la suite du dévoilement de l’AS. Pour ce faire, 17 pères provenant soit du Centre d’Expertise Marie-Vincent de Montréal, soit du Centre d’Intervention en Abus Sexuels pour la Famille de Gatineau ou encore soit de la population générale et ayant un ou plusieurs enfants victimes d’agression sexuelle intra ou extra-familiale ont été rencontrés pour une entrevue individuelle semi-dirigée. Les résultats démontrent que les pères rencontrés dans le cadre de cette étude vivent un véritable choc psychologique, s’apparentant à un traumatisme secondaire, à l’annonce du dévoilement. Cette étude a également mis en lumière la mise en place d’un travail de deuil chez les pères qui sont confrontés à la perte de l’innocence de leur enfant. Les objectifs du deuxième article est de décrire les répercussions du dévoilement de l’agression sexuelle sur la façon dont les pères s’engagent auprès de leurs enfants et de dégager les dimensions du soutien paternel offert à l’enfant. L’analyse du discours de 17 pères ayant vécus le dévoilement d’une agression sexuelle par leur(s) enfant(s) suggèrent que le dévoilement peut être considéré comme un élément de rupture dans le lien à l’enfant nécessitant une adaptation à cette nouvelle réalité. Bien que l’ensemble pères rencontrés expriment leurs inquiétudes pour leur(s) enfant(s) et leur désir de le(s) soutenir, les résultats mettent en évidence les difficultés pour certains pères de s’engager auprès de leurs enfants en raison soit d’une détresse psychologique personnelle importante, soit d’une ambivalence à l’égard de l’enfant ou encore en raison d’une sensation d’inconfort ressentie lors des contacts physiques au cours des soins primaires à prodiguer ou des situations de jeu physique. Leurs propos témoignent également de leurs volontés et de leurs capacités à aider l’enfant à composer avec les conséquences de l’agression sexuelle subie. La mise à jour d’une nouvelle dimension spécifiquement paternelle soit la capacité d’ouvrir son enfant victime d’AS sur le monde extérieur et ainsi jouer un rôle dans le développement de sa confiance en soi apparait comme un résultat novateur de la présente thèse. Les implications cliniques concernant les résultats obtenus dans le cadre de cette thèse ainsi que les pistes de recherche sont finalement abordées.

Détermination de l’effet protecteur des liposomes non phospholipidiques à haute teneur en cholestérol

Nous démontrons qu'il est possible de former des bicouches fluides non phospholipides en milieu aqueux avec un mélange d'acide palmitique (PA), cholestérol (Chol) et sulfate de cholestérol (Schol) avec une proportion molaire de 30/28/42. Ces liposomes non phospholipidiques peuvent maintenir un gradient de pH (pHinterne 8 / pHexterne 6) sur une période 100 fois plus longue que les liposomes faits de 1-palmitoyl-2-oléoyl-sn-glycéro-3-phosphocholine (POPC) et de cholestérol (60/40 mol/mol). De plus, ces LUV non phospholipidiques protègent l'acide ascorbique d'un milieu oxydant (1 mM de fer (III)). Une fois piégé dans les liposomes, l'acide ascorbique présente une vitesse de dégradation similaire à celle obtenue en l'absence de fer(III). Ces performances illustrent la perméabilité exceptionnellement limitée de ces liposomes, ce qui implique qu'ils peuvent présenter des avantages comme nanocontenants pour certaines applications. D'autre part, des vésicules unilamellaires géantes (GUV pour Giant Unilamellar Vesicles) ont été formées à partir d'un mélange d'acide palmitique et de cholestérol (30/70 mol/mol). Ces GUV sont stables sur l'échelle de temps de semaines, elles ne s'agrègent pas et elles sont sensibles au pH. Afin d'établir la formation des GUV, l'imagerie par microscopie confocale à balayage laser a été utilisée. Deux sondes fluorescentes ont été utilisées: le rouge du Nile, une sonde hydrophobe qui s'insère dans le cœur hydrophobe des bicouches lipidiques, et la calcéine, une sonde hydrophile qui a été emprisonné dans le réservoir interne des GUV. Cette approche a permis l'observation des parois des GUV ainsi que de leur contenu. Ces résultats montrent la possibilité de former de nouveaux microcontenants à partir d'un mélange d'un amphiphile monoalkylé et de stérol.

Les pratiques culturelles des excisions et des infibulations à Bamako au Mali : la contribution de la dignité humaine au respect de l’intégrité physique des femmes

Une des questions les plus débattues dans le domaine de l’éthique en ce XXIème siècle entre l’Afrique et le monde occidental concerne le respect de l’intégrité physique des femmes. Parmi les actions humaines qui touchent le plus l’intégrité corporelle, les excisions et les infibulations sont les plus dénoncées en Afrique. Longtemps considérées comme des rites d’initiation pubertaire des filles, ces pratiques sont maintenant considérées comme néfastes à la santé, et communément désignées par la communauté internationale de « mutilations sexuelles féminines ». Au cours des dernières décennies, ces pratiques ont été progressivement interdites légalement tant dans la plupart des pays d’Afrique que dans les pays occidentaux. Le Comité Inter-Africain (CIAF) contre les mutilations sexuelles demande la « tolérance zéro » par rapport à ces pratiques. La communauté internationale les combat avec des armes juridiques, en se référant aux conséquences médicales et aux droits de l’homme. Notre thèse est née d’une interrogation sur les raisons pour lesquelles ces rites se poursuivent encore en Afrique et plus spécialement au Mali, alors que dans les pays occidentaux, on élève fortement la voix pour les dénoncer comme sévices infligés aux femmes. Sur le plan international, on hésite à imposer des valeurs universelles à un phénomène perçu dans une large mesure comme une tradition conforme aux normes sociales des communautés qui les maintiennent. Afin de mieux cerner le sujet, notre questionnement a été le suivant : « Comment les pratiques culturelles des excisions et des infibulations, dans la ville de Bamako au Mali, interpellent-elles l’éthique : en quoi l’analyse de ces rites constitue-t-elle un domaine légitime d’application des principes de la bioéthique ? » Notre réflexion part du postulat que la dignité humaine est une norme à l’aune de laquelle se mesurent les défis éthiques liés à ces rites. Un proverbe Bambara dit ceci : « Une seule main ne lave pas proprement un éléphant ». La logique de cette sagesse met en évidence qu’une seule approche disciplinaire ne saurait faire ressortir les enjeux éthiques de ces pratiques. Notre analyse bioéthique se veut une démarche interdisciplinaire, qui permet d’articuler les approches philosophiques, anthropologiques, sociologiques et biomédicales de ces pratiques. Le premier chapitre, à travers la revue des écrits, présente la problématique de ces rites. Le deuxième chapitre présente le cadre théorique basé sur la notion de dignité humaine et délimite « ses contours, ses sources, ses formes et ses conséquences » afin de la rendre plus efficace et opérationnelle comme moyen de protection de l’être humain. Le troisième chapitre présente la méthodologie de la recherche basée sur la méthode qualitative et l’induction analytique et décrit le contexte de l’étude. Le quatrième chapitre présente les résultats de la recherche qui font ressortir que ces pratiques se résument essentiellement au contrôle du désir sexuel féminin. Ces pratiques sont par ailleurs déritualisées, touchent de plus en plus des enfants, comportent des risques et des conséquences sur la santé avec des coûts humains et financiers pour la société. Le cinquième chapitre analyse ces pratiques avec les principes éthiques qui démontrent qu’elles constituent un problème de santé publique malgré leur caractère culturel. Enfin, le sixième chapitre présente la portée et la limite de la thèse. Celle-ci montre qu’il est possible de mener un débat sur les excisions et les infibulations à travers une éthique de discussion. Elle offre un moyen pour y parvenir avec une vision de la notion de dignité humaine comme une « valeur éthique universelle » susceptible d’être utilisée dans toutes les actions impliquant l’être humain et dans tous les contextes socio-culturels. Notre démarche élargit ainsi le champ d’application des principes bioéthiques à des pratiques non-médicales. Par cette thèse, nous souhaitons contribuer à enrichir la réflexion éthique sur les excisions et les infibulations et inspirer les politiques de santé publique dans le respect des diversités culturelles. Nous espérons pouvoir inspirer aussi d’autres recherches en vue de rapprocher la bioéthique des pratiques culturelles traditionnelles afin de trouver des compromis raisonnables qui pourraient renforcer le rôle de protection de la dignité humaine.

Modélisation de séries chronologiques non linéaires et modèles ARMA faibles

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L'intégration des considérations non scientifiques dans le cadre de la réglementation du génie génétique

Présentation audio du 12 février 2008, dans le cadre des séminaires étudiants au CRDP "Sécurité, normativités et mondialisation 2007-2008". Francis Lord, étudiant à la maîtrise en droit à l'Université Laval (Québec)

L'élimination des barrières non tarifaires au commerce interprovincial et l'Accord sur le commerce intérieur du Canada

L'Accord sur le commerce intérieur est un accord de libre-échange pancanadien visant l'abaissement des barrières non tarifiaires au commerce interprovincial. La notion de barrières au commerce interprovincial, en soi, suscite maintes controverses. Aucun consensus n'existe à savoir quelles sont les barrières au commerce, quelles en sont leurs coûts, mais surtout, s'il faut les abaisser. La grande majorité des experts concoivent que beaucoup de ces barrières non tarifaires au commerce se retrouvent dans le secteur des produits agroalimentaires. À ce titre, ce domaine est, depuis plusieurs décennies, traditionnellement protectionniste et constitue donc un marché des plus difficiles à intégrer. Cette réalité prévaut tant au niveau international qu'interprovincial. Au Canada, l'outil privilégié après des années de négociations constitutionnelles infructueuses fut l'Accord sur le commerce intérieur. Cet accord, aux allures de traité international, vise l'intégration graduelle du marché interne canadien. La volonté de devenir un marché intégré et compétitif au niveau mondial se heurte à la détermination des provinces de protéger leur souveraineté législative. Ainsi, l'outil d'ouverture du marché que constitue l'Accord sur le commerce intérieur, qui navigue entre ces positions antagonistes, fut rédigé de manière assez complexe et peu accessible. Le contexte politique et constitutionnel particulier dans lequel se sont inscrites les négociations de cet accord a ainsi teinté le texte de l'accord et sa rédaction. En plus de sa simplification, plusieurs solutions intervenant sous plusieurs facettes de l'Accord sur le commerce intérieur permettraient à ce dernier de se voir plus efficace dans sa mission d'intégration du marché interprovincial canadien, en plus d'augmenter sa notoriété, sa crédibilité et de permettre une meilleure mise en œuvre.

Solutions de rang k et invariants de Riemann pour les systèmes de type hydrodynamique multidimensionnels

Dans ce travail, nous adaptons la méthode des symétries conditionnelles afin de construire des solutions exprimées en termes des invariants de Riemann. Dans ce contexte, nous considérons des systèmes non elliptiques quasilinéaires homogènes (de type hydrodynamique) du premier ordre d'équations aux dérivées partielles multidimensionnelles. Nous décrivons en détail les conditions nécessaires et suffisantes pour garantir l'existence locale de ce type de solution. Nous étudions les relations entre la structure des éléments intégraux et la possibilité de construire certaines classes de solutions de rang k. Ces classes de solutions incluent les superpositions non linéaires d'ondes de Riemann ainsi que les solutions multisolitoniques. Nous généralisons cette méthode aux systèmes non homogènes quasilinéaires et non elliptiques du premier ordre. Ces méthodes sont appliquées aux équations de la dynamique des fluides en (3+1) dimensions modélisant le flot d'un fluide isentropique. De nouvelles classes de solutions de rang 2 et 3 sont construites et elles incluent des solutions double- et triple-solitoniques. De nouveaux phénomènes non linéaires et linéaires sont établis pour la superposition des ondes de Riemann. Finalement, nous discutons de certains aspects concernant la construction de solutions de rang 2 pour l'équation de Kadomtsev-Petviashvili sans dispersion.

Étude du transcriptome des cellules non tumorales de l’épithélium de surface de l’ovaire des femmes porteuses d’une mutation des gènes BRCA1 et BRCA2

Nous avons étudié le transcriptome de neuf échantillons d'ARN extraits de cultures primaires de cellules non tumorales de l’épithélium de surface de l’ovaire (NOSE) provenant de quatre donneuses non porteuses de mutation, deux mutées sur BRCA1 et trois sur BRCA2, ainsi que de quatre échantillons d’ARN extraits de cultures primaires de cellules tumorales de l’ovaire (TOV) provenant de trois donneuses porteuses de mutation sur BRCA1 et une sur BRCA2. Nous avons identifié, pour la première fois, les signatures moléculaires associées à la présence d’une mutation de BRCA1 et BRCA2 dans les cellules NOSEs ainsi que la signature associée à la transformation tumorale des cellules NOSEs en TOVs chez les porteuses de mutation de BRCA1. Nous avons également localisé les domaines chromosomiques comportant des gènes corégulés en association avec la présence d’une mutation de BRCA1 dans les cellules NOSEs. Les allèles sauvage et muté de BRCA2 étaient exprimés dans les cellules TOVs provenant des porteuses de la mutation 8765delAG sur BRCA2. Nous avons observé que le niveau d’expression des transcrits de BRCA2 était plus élevé dans les cellules provenant des tumeurs ovariennes les plus agressives chez les femmes porteuses de la mutation 8765delAG sur BRCA2, les transcrits correspondants à l’allèle muté contribuant avec un pourcentage élevé du niveau d’expression total du gène. Le phénotype tumoral observé chez les Canadiennes Françaises porteuses de cette mutation pourrait résulter d’un effet de dosage de l’allèle muté.