La nécessité d'une multiplicité de concepts de gène en biologie

Le concept de gène est central en biologie. Certains ont avancé (Ruse (1971, 1976)) que la génétique classique pouvait être réduite à la génétique moléculaire. Dans le même ordre d'idée, Richard Dawkins, dans The Extended Phenotype, offre une double définition de son concept de gène qui présuppose qu'il soit possible d'opérer cette réduction. Nous comptons montrer que la génétique moléculaire et la génétique des populations ont chacune leurs problématiques propres en reconstituant l'histoire de la génétique depuis Darwin. Ensuite, nous expliciterons la position de Dawkins et soulignerons les contradictions auxquelles il parvient en raison de cette réduction infondée. À la suite de quoi, nous nous attarderons aux nouvelles découvertes moléculaires qui montrent qu'il n'est pas possible d'opérer la réduction d'un des concepts à l'autre. Nous terminerons en soulignant que la thèse génocentriste de Dawkins n'est pas mise en péril par l'abandon de la réduction, mais qu'il est nécessaire de tempérer ces prétentions. La conclusion globale de ce mémoire est qu'il est possible d'admettre le concept de Dawkins, mais pas la manière dont il l'utilise. Le concept est bon, il n'est tout simplement pas dans le bon cadre théorique.

Caractérisation de nouveaux mécanismes transcriptionnels impliqués dans la biologie osseuse

Le développement et l'homéostasie des os requièrent l'orchestration spatio-temporelle d'un grand nombre de signaux moléculaires. Ces signaux entraînent l'activation ou l'inhibition de différents facteurs de transcription, lesquels sont en mesure de contrôler la prolifération et la différenciation des ostéoblastes et des chondrocytes. L'intégrité de ces différents mécanismes se doit d'être maintenu tout au long de la vie. Ainsi, une anomalie dans l'un de ces mécanismes conduit à l'apparition de pathologies osseuses et métaboliques telles qu’une hypophosphatémie, l'ostéoporose ou l'ostéoarthrite (OA). Afin d'en apprendre davantage sur la biologie osseuse, le projet décrit dans cette thèse a pour objectif de caractériser de nouveaux mécanismes de régulation transcriptionnelle pour deux gènes importants dans le développement des os et le maintien de leur intégrité. Il s’agit du Paired-like Homeodomain Transcription Factor 1 (PITX1) et du Phosphate-regulating gene with homology to endopeptidase on the X chromosome (PHEX). Le premier mécanisme présenté dans cette thèse concerne la régulation transcriptionnelle du gène PITX1, un facteur de transcription à homéodomaine nécessaire, notamment, au développement des os des membres inférieurs et au maintien de l'intégrité du cartilage articulaire chez l'adulte. Ainsi, dans les chondrocytes articulaires, on note que l'expression de PITX1 est assurée par le recrutement du facteur de transcription E2F1 à deux éléments de réponse présents dans la région proximale du promoteur de PITX1. Aussi, dans les chondrocytes articulaires de patients souffrant d'OA, dans lesquels l'expression de PITX1 est fortement diminuée, un mécanisme de répression transcriptionnelle, lequel implique la protéine multifonctionnelle Prohibitin (PHB1), semble être activé. En effet, dans ces chondroytes, on note une forte accumulation nucléaire de PHB1 comparativement aux chondrocytes articulaires de sujets sains. Le second mécanisme présenté dans cette thèse concerne la répression transcriptionnelle de PHEX, la peptidase mutée dans le syndrome d'hypophosphatémie lié au chromosome X (X-Linked Hypophosphatemia, XLH), lequel se caractérise par une hypophosphatémie et une ostéomalacie. Le traitement d'ostéoblastes à la Parathyroid hormone-related protein (PTHrP) permet d’observer la répression de PHEX. Afin de caractériser le mécanisme responsable de cette répression, des expériences de gènes rapporteurs ont révélé la présence de deux éléments de réponse pour le répresseur transcriptionnel E4BP4 dans le promoteur de PHEX. La suppression de l'expression d'E4BP4 par l'utilisation d'ARN d'interférence a permis de valider que ce facteur de transcription est responsable de la répression de PHEX suite au traitement d'ostéoblastes à la PTHrP. En somme ces nouveaux mécanismes de régulation transcriptionnelle permettent de mieux comprendre la régulation de l'expression de PITX1 et de PHEX. Aussi, cette nouvelle implication de PHB1 dans la pathogenèse de l'OA offre de nouvelles possibilités de traitement et pourrait servir pour le diagnostic précoce de cette pathologie. Enfin, la caractérisation d'E4BP4 en tant que médiateur pour la répression de PHEX par la PTHrP suggère que ce répresseur transcriptionnel pourrait être impliqué dans le contrôle de la minéralisation des os et des niveaux de phosphate sanguin.

Le «travail du négatif» comme purification dans les Leçons sur la philosophie de la religion de Hegel

La purification est une métaphore désignant le moteur de la philosophie de la religion de Hegel. Elle est d’abord à l’œuvre dans la création de la Nature qui se consume pour produire la conscience de soi divine à travers l'esprit humain. En second lieu, elle s’opère dans l’objectivation des productions spirituelles de l’homme qui sont purifiées jusqu'à ce que l’Esprit soit auprès de soi dans le christianisme. La troisième purification est morale et trouve son fondement dans la Genèse, le judaïsme étant le premier à avoir identifié l'unité des natures humaine et divine. Le mythe témoignera également de la culpabilité en tant que l'homme n'exprime pas immédiatement sa divinité, mais sa finitude. La réalisation du divin impliquera donc la purification de la naturalité au profit de la substantialité. Le christianisme explicitera cette tâche par l’héroïsme de Jésus et cet héroïsme se perpétuera jusqu’à ce qu’émergent un individualisme moderne et une religion assurant la cohésion sociale : le protestantisme luthérien. Cet individualisme sera toutefois défectueux puisqu’il produira éventuellement davantage d’égoïsme que de réconciliation, ce qui donnera lieu à certaines critiques de l’analyse hégélienne du christianisme. En effet, Hegel croit toujours que la vitalité religieuse est nécessaire au fonctionnement de l’État, bien qu’elle soit dorénavant incapable de diffuser les sentiments de culpabilité et de responsabilité dans le corps social. Néanmoins, comme les valeurs du christianisme ont été épurées de leur contingence en passant dans les mœurs et dans l’État, il s’avérera que le corps social peut se passer d’une tradition religieuse vivante

Décisions et perspectives : de la théorie de l'utilité à la philosophie de la volonté.

Les implications philosophiques de la Théorie de la Perspective de 1979, notamment celles qui concernent l’introduction d’une fonction de valeur sur les résultats et d’un coefficient de pondération sur les probabilités, n’ont à ce jour jamais été explorées. Le but de ce travail est de construire une théorie philosophique de la volonté à partir des résultats de la Théorie de la Perspective. Afin de comprendre comment cette théorie a pu être élaborée il faut étudier la Théorie de l’Utilité Attendue dont elle est l’aboutissement critique majeur, c’est-à-dire les axiomatisations de la décision de Ramsey (1926), von Neumann et Morgenstern (1947), et enfin Savage (1954), qui constituent les fondements de la théorie classique de la décision. C’est entre autres la critique – par l’économie et la psychologie cognitive – du principe d’indépendance, des axiomes d’ordonnancement et de transitivité qui a permis de faire émerger les éléments représentationnels subjectifs à partir desquels la Théorie de la Perspective a pu être élaborée. Ces critiques ont été menées par Allais (1953), Edwards (1954), Ellsberg (1961), et enfin Slovic et Lichtenstein (1968), l’étude de ces articles permet de comprendre comment s’est opéré le passage de la Théorie de l’Utilité Attendue, à la Théorie de la Perspective. À l’issue de ces analyses et de celle de la Théorie de la Perspective est introduite la notion de Système de Référence Décisionnel, qui est la généralisation naturelle des concepts de fonction de valeur et de coefficient de pondération issus de la Théorie de la Perspective. Ce système, dont le fonctionnement est parfois heuristique, sert à modéliser la prise de décision dans l’élément de la représentation, il s’articule autour de trois phases : la visée, l’édition et l’évaluation. À partir de cette structure est proposée une nouvelle typologie des décisions et une explication inédite des phénomènes d’akrasie et de procrastination fondée sur les concepts d’aversion au risque et de surévaluation du présent, tous deux issus de la Théorie de la Perspective.

Éclatement des repères artistiques : la philosophie face à la crise de l'art contemporain

L’effondrement des repères artistiques (que plusieurs associent aux premiers ready-made de Marcel Duchamp) dévoile les symptômes d’une crise de l’art. Comme l’histoire de l’art est en quelque sorte la représentation de ce que nous sommes, on peut raisonnablement penser que la crise s’étend bien au-delà de l’art. Toutefois, l’art possède un éclairage puissant, car il illustre, littéralement, plusieurs problèmes notamment au niveau du jugement et de la raison. Faute de repères, le monde contemporain manquerait-il de discernement ? Cette question est tout à fait légitime dans le contexte actuel où tout et n’importe quoi semblent pouvoir être élevés au rang de l’Art. Le culte que l’on voue à l’individu paraît être l’une des causes du problème. On observe qu’en régime de singularité (pour reprendre l’expression de la sociologue de l’art, Nathalie Heinich) les relations du monde de l’art sont de plus en plus conflictuelles : lorsqu’on demande à un artiste de justifier son propre travail, la rationalité devient nécessairement instrumentale ; on rend également caduc le rôle du critique et des institutions. Ce mémoire s’intéresse à analyser, dans une perspective philosophique, les différentes manifestations de la crise de l’art et ses enjeux dans le monde actuel.

La remise en question de la philosophie de la musique classique par d'Alembert

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Étude de la biologie cellulaire du facteur autocrine de motilité et de la fibronectine

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La notion de l’explosion de la coopération et ses implications chez Kim Sterelny.

Le concept de coopération est souvent utilisé dans le domaine de l’éthique et de la politique pour illustrer et comprendre l’alignement des comportements associatifs entre les êtres humains. En lien avec ce concept, notre recherche portera sur la première question de savoir si Kim Sterelny (2003) réussit à produire un modèle théorique permettant d’expliquer les origines et les mécanismes de la coopération humaine. Notre recherche portera aussi sur la deuxième question de savoir s’il arrive à se servir de ce modèle pour infirmer la thèse de la modularité massive. Ainsi, ce mémoire traitera successivement du problème de la coopération, de la théorie de la sélection de groupe, du déclencheur écologique de la coopération des hominidés, des notions de coalition, d’exécution et d’engagement et finalement de la thèse de la modularité massive. Par l’examen de ces sujets, nous souhaitons démontrer que Sterelny n’arrive qu’à fournir une esquisse probable des origines et du développement de la coopération humaine et que sa critique de la thèse de la modularité massive n’arrive pas à infirmer cette dernière.

Strategies of empirical justification in experimental science

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le langage humain est-il une adaptation biologique? : un regard critique sur une explication adaptationniste

Pinker et Bloom (1990), deux représentants de la psychologie évolutionniste, soutiennent que le langage est une adaptation biologique ayant pour fonction la communication. Ils prétendent ainsi jeter un éclairage sur l’origine et l’évolution du langage. Le présent mémoire propose une analyse critique de leur argumentation, et ce, du point de vue de la philosophie de la biologie. D’une part, il tente de dissiper la confusion entourant la conception du langage adoptée par Pinker et Bloom, afin de mieux définir le trait censé constituer une adaptation biologique. Ce faisant, ce mémoire fait ressortir certains présupposés de leur conception du langage et en souligne l’aspect problématique. En ce sens, les concepts d’innéité, de modularité, de grammaire universelle et de systématicité sont abordés de façon critique. D’autre part, ce travail entend expliciter un concept clé de l’argumentation de Pinker et Bloom : celui d’adaptation. L’analyse montre que l’opposition entre adaptationnisme et anti-adaptationnisme tient, dans le cas présent, à une divergence quant à la façon de définir l’adaptation biologique. Une distinction importante doit être faite entre une adaptation résultant exclusivement de la sélection naturelle dans un contexte fonctionnel particulier et une adaptation qui n’exclut pas a priori d’autres facteurs évolutifs, dont l’exaptation. Dans la mesure où l’argumentation de Pinker et Bloom conduit à affirmer que le langage constitue une adaptation seulement au deuxième sens du terme, ce mémoire montre qu’ils ne sont pas à même de rendre compte de l’origine du langage.

Études des notions de compétition et de coopération dans l'oeuvre de Charles Darwin

Dans le domaine de la biologie contemporaine, une attention grandissante est portée aux associations biologiques positives, telles que la symbiose, ce qui vient nuancer la perception traditionnellement « compétitive » de l’évolution. Parallèlement à l’engouement actuel que manifestent les chercheurs pour la coopération biologique, ce mémoire vise à pousser plus avant les recherches historiques concernant l’intégration de tels phénomènes dans l’œuvre de Charles Darwin. Plus spécifiquement, nous souhaitons examiner comment Darwin est parvenu à articuler l’aspect compétitif de l’évolution par sélection naturelle avec l’existence de phénomènes coopératifs. En ce sens, la première partie de ce mémoire aura pour objet le concept darwinien de compétition, et son lien théorique avec la sélection naturelle. La seconde partie concernera l’intégration de la coopération biologique à la théorie de l’évolution par sélection naturelle. Par ces deux moments, nous espérons montrer que Darwin parvient à concilier l’existence d’interactions compétitives et coopératives sans contredire les principes théoriques à la base de l’évolution.

Qu’est-ce que le bien des écosystèmes? Fondements philosophiques des notions de fonction écologique et de santé écosystémique

L’objectif de cette thèse est de proposer une caractérisation du bien propre des touts écologiques, comme les communautés biotiques et les écosystèmes, dont peut être dérivée une notion de ce qui est bon pour eux. Ceci vise à défendre les deux principales approches holistes en éthique de l’environnement, c’est-à-dire l’approche pragmatiste défendue par Bryan G. Norton et l’approche écocentriste défendue par J. Baird Callicott, contre certaines objections ayant été soulevées contre elles, faisant valoir l’impossibilité pour les écosystèmes d’avoir un bien propre. Cette thèse répond à ces objections en mobilisant plusieurs ressources théoriques issues de la philosophie de la biologie et de la méta-éthique. Ces ressources sont notamment celles fournies par les discussions sur les notions de fonction et de santé en philosophie de la biologie, celles fournies par les conceptions néo-aristotéliciennes de la normativité en méta-éthique, et celles offertes par les discussions de philosophie de l’écologie sur le holisme et le réductionnisme, sur l’idée d’équilibre de la nature, et sur le concept de santé écosystémique. Cette thèse mobilise ces ressources afin d’élaborer les fondements philosophiques des notions de fonction écologique et de santé écosystémique, desquelles est dérivée une caractérisation du bien propre des écosystèmes.

L’analogie de l’hérédité culturelle : fondements conceptuels de la théorie de la double hérédité

Selon la théorie de la double hérédité, les processus de transmission sociale des connaissances permettraient aux cultures humaines d'évoluer de manière darwinienne. On parvient à cette conclusion en inférant que, étant donné qu'une analogie profonde peut être établie entre les mécanismes de transmission génétique et ceux de transmission sociale, on devrait non seulement concevoir que les processus cognitifs d'apprentissage social constituent bel et bien un système d'hérédité distinct du système d'hérédité génétique, mais qu’il est aussi légitime, sur la base de cette même analogie, de transférer les concepts explicatifs et outils formels issus de la biologie évolutionnaire et de les adapter à l'étude des cultures humaines en vue de constituer une théorie darwinienne de l'évolution culturelle. Cette analogie de l’hérédité culturelle fait depuis longtemps l'objet de controverses tant au sein de la littérature scientifique que dans les discussions philosophiques. On ne semble pas s'entendre sur la nature même de cette analogie ni non plus sur la force de justification épistémique qu'une telle analogie donnerait à la mise en place d'une théorie darwinienne de l'évolution culturelle. Néanmoins, à travers plus de quarante années de débats, la structure de cette analogie n'a jamais été examinée en détail et on a rarement examiné l'épistémologie des inférences par analogie dans un tel contexte. L'objectif principal de la présente thèse consistera à offrir une première analyse systématique de la nature, de la structure, de la fonction et de la justification épistémique de l'analogie de l'hérédité culturelle, fondement conceptuel de la théorie de la double hérédité. En portant ici une attention particulière à la structure logique de cette analogie, on pourra constater l'ampleur de sa complexité, complexité passant souvent inaperçue dans les critiques de la théorie de la double hérédité. On défendra ici la thèse selon laquelle l'analogie de l'hérédité culturelle est en fait composée de deux analogies constitutives qui, conjointement, ouvrent la voie à la mise en place et à l’organisation d’un programme de recherche visant à mettre au point une théorie darwinienne de l’évolution culturelle.

Passage du nihilisme biologique au nihilisme moral dans la pensée d'Alex Rosenberg

La biologie évolutionnaire est au cœur des débats contemporains concernant les comportements humains. Les concepts de libre arbitre et de la moralité doivent, par conséquent, être repositionnés par rapport à ce type d’explication. Le consensus actuel concernant le libre arbitre est qu’il se réduit à l’expérience du libre arbitre et que la vraie question est alors d’expliquer comment cette expérience s’inscrit dans le processus darwinien. D’autres, darwiniens, par contre, semblent vouloir offrir une réalité au libre arbitre tout en maintenant un certain déterminisme darwinien. Dans ce mémoire, les arguments d’Alex Rosenberg proposant la position originale d’anti-libre arbitre et d’antidéterminisme seront étudiés. L’étude détaillée du passage du nihilisme biologique vers un nihilisme moral démontré par une position physicaliste et naturaliste, adoptée par Rosenberg, permettra d’illustrer la position anti-libre arbitre et antidéterministe. Pour ce faire, les théories de la deuxième loi de la thermodynamique et de l’évolution par la sélection naturelle seront présentées et analysées afin de démontrer en quoi elles répondent à la position physicaliste et naturaliste d’une part, et d’autre part, comment elles justifient le passage du nihilisme biologique au nihilisme moral selon Rosenberg. Finalement, les arguments et la position d’Alex Rosenberg seront mis en relation avec le domaine de la métaéthique afin d’y déceler une contradiction : le nihilisme moral n’est peut-être pas aussi gentil que Rosenberg l’affirme.