Implication de l'endosome de recyclage dans la migration cellulaire in vivo

Au cours de l’ovogenèse chez la mouche du vinaigre: Drosophila melanogaster, un groupe de cellules folliculaires appelées cellules de bord, migrent à travers les cellules nourricières pour atteindre l’ovocyte. Cet événement, nécessitant la transition épithélio- mésenchymateuse (TEM), la réorientation, puis l’arrêt, ressemble à la formation de métastases. L’endocytose est un régulateur clé de plusieurs événements polarisés, y compris la migration cellulaire. En effet, différentes protéines impliquées dans la migration, comme les intégrines et les E-cadhérines (cadhérines épithéliales), sont régulées par transport à travers les endosomes. De même, l’endocytose restreint au front de migration l’activité des récepteurs tyrosine kinases (RTKs) qui guident les cellules de bord dans leur mouvement. Cependant les mécanismes moléculaires de cette restriction spatiale de l’activité des RTKs demeurent largement inconnus. Nous avons testé l’implication du trafic vésiculaire à travers la machinerie d’endocytose, dans la migration dirigée des cellules de bord, car ce système est facilement accessible pour l’expression de protéines et l’analyse de mutants. Nous avons commencé par confirmer une observation précédente du rôle de l’endosome précoce dans la migration des cellules de bord. Ensuite, nous avons identifié l’endosome de recyclage (ER) comme un régulateur clé de cette migration. En effet, nous avons démontré que l’expression dans les cellules de bord d’une forme dominante négative de Rab11, la petite GTPase régulant le transport vésiculaire à travers l’ER, bloque la migration ou entraîne de sévères défauts de migration dans environ 80% des chambres d’œufs examinées. De plus, nous observons par immunofluorescence une relocalisation de l’activité des RTKs alors que d’autres protéines de migration ne sont pas affectées par Rab11 dominant négatif. Ce résultat a été par la suite confirmé par une interaction génétique entre Rab11 et les RTKs. D’autre part, nous avons montré que le complexe exocyste, un effecteur de Rab11, est impliqué dans la migration des cellules de bord. Nous avons trouvé par microscopie confocale en tissu fixé et par microscopie en temps réel que Sec15, un composant de ce complexe, est polarisé, de façon Rab11- dépendante, dans des vésicules qui s’accumulent au front de migration tout au long du mouvement des cellules de bord. De plus, la perte de l’activité de Sec15 perturbe à son tour la migration. Ainsi, toutes ces données démontrent le rôle fondamental d’un cycle d’endo- exocytose dans le maintien des RTKs actifs au niveau du front de migration des cellules de bord le long de leur mouvement.

Characterization of the mammalian homologs of the Drosophila Melanogaster Endocytic protein lethal (2) giant discs 1

Endocytose joue un rôle dans l'activation du récepteur Notch. Des mutations dans le gène drosophilien lethal giant discs (lgd), provoque une prolifération cellulaire en perturbant l'endocytose de Notch. Les orthologues murins mlgd1 et 2 peuvent sauver ce phénotype, démontrant une fonction conservée. Cependant, des publications récentes suggèrent que les orthologs humains de lgd (hgd1/2) sont nucléaires. Dans cette étude, il est démontré que chez la Drosophile, le mutant dlgd(08) provoque l'accumulation de Notch dans des vésicules et une surprolifération de neuroblastes . Ceci suggère que Notch est activé a l'intérieur des endosomes dans les neuroblastes. L'immunohistochimie de cellules Hela indique que hlgd1 et 2 ne sont pas nucléaires, mais associés à des strctures endosomales. Enfin, la baisse d'expression par shRNA des gènes murins mlgd1 et mlgd2 provoque une différenciation accélérée des cellules souches hématopoïétiques dans la lignée lymphopoïèse T et bloque la transition DN3 / CD4+CD8+, suggérant une suractivation de Notch.

Approches transcriptomiques dans l’étude de la fibrose kystique

Les avancées en biotechnologie ont permis l’identification d’un grand nombre de mécanismes moléculaires, soulignant également la complexité de la régulation génique. Néanmoins, avoir une vision globale de l’homéostasie cellulaire, nous est pour l’instant inaccessible et nous ne sommes en mesure que d’en avoir qu’une vue fractionnée. Étant donné l’avancement des connaissances des dysfonctionnements moléculaires observés dans les maladies génétiques telles que la fibrose kystique, il est encore difficile de produire des thérapies efficaces. La fibrose kystique est causée par la mutation de gène CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), qui code pour un canal chlorique transmembranaire. La mutation la plus fréquente (ΔF508) induit un repliement incorrect de la protéine et sa rétention dans le réticulum endoplasmique. L’absence de CFTR fonctionnel à la membrane a un impact sur l’homéostasie ionique et sur l’hydratation de la muqueuse respiratoire. Ceci a pour conséquence un défaut dans la clairance mucocilliaire, induisant infection chronique et inflammation excessive, deux facteurs fondamentaux de la physiopathologie. L’inflammation joue un rôle très important dans l’évolution de la maladie et malgré le nombre important d’études sur le sujet, la régulation du processus inflammatoire est encore très mal comprise et la place qu’y occupe le CFTR n’est pas établie. Toutefois, plusieurs autres facteurs, tels que le stress oxydatif participent à la physiopathologie de la maladie, et considérer leurs impacts est important pour permettre une vision globale des acteurs impliqués. Dans notre étude, nous exploitons la technologie des puces à ADN, pour évaluer l’état transcriptionnel d’une cellule épithéliale pulmonaire humaine fibro-kystique. Dans un premier temps, l’analyse de notre expérience identifie 128 gènes inflammatoires sur-exprimés dans les cellules FK par rapport aux cellules non FK où apparaissent plusieurs familles de gènes inflammatoires comme les cytokines ou les calgranulines. L’analyse de la littérature et des annotations suggèrent que la modulation de ces transcripts dépend de la cascade de NF-κB et/ou des voies de signalisation associées aux interférons (IFN). En outre, leurs modulations pourraient être associées à des modifications épigénétiques de leurs loci chromosomiques. Dans un second temps, nous étudions l’activité transcriptionnelle d’une cellule épithéliale pulmonaire humaine FK en présence de DMNQ, une molécule cytotoxique. Notre but est d’identifier les processus biologiques perturbés par la mutation du gène CFTR en présence du stress oxydatif. Fondé sur une analyse canonique de redondance, nous identifions 60 gènes associés à la mort cellulaire et leur variance, observée dans notre expérience, s’explique par un effet conjoint de la mutation et du stress oxydatif. La mesure de l’activité des caspases 3/7, des effecteurs de l’apoptose (la mort cellulaire programmée), montre que les cellules porteuses de la mutation ΔF508, dans des conditions de stress oxydatif, seraient moins apoptotiques que les cellules saines. Nos données transcriptomiques suggèrent que la sous-activité de la cascade des MAPK et la sur-expression des gènes anti-apoptotiques pourraient être impliquées dans le déséquilibre de la balance apoptotique.

Elenchos standard : le cas négligé de l’Alcibiade

Depuis une trentaine d’années environ, les études sur la réfutation, ou elenchos (ἔλεγχος), se sont multipliées. Cet engouement n’est pas étranger à la publication d’un article de Gregory Vlastos, intitulé « The Socratic Elenchus », dans lequel sont abordées des thèses qui tranchent avec les théories généralement acceptées jusqu’alors. Or, il est intéressant de noter que Vlastos a complètement écarté l’Alcibiade de son étude, le jugeant apocryphe, et ce, même si les arguments apportés par les tenants de l'inauthenticité de l'Alcibiade sont loin d'être convaincants. Dans le cadre de ce mémoire, nous comptons mener une analyse détaillée du texte de Vlastos et de l’Alcibiade, en nous attachant particulièrement aux questions suivantes : qu’est-ce que l’Alcibiade nous dit de l’elenchos? Que nous apprend-il de nouveau? En quoi ces révélations originales viennent-elles invalider ou confirmer les théories de Vlastos ou notre conception traditionnelle de la réfutation socratique? Le premier chapitre s’intéressera principalement aux thèses présentées dans la dernière version de « The Socratic Elenchus », parue en 1994 dans Socratic Studies. Nous en ferons un résumé critique et nous intéresserons aux réactions de différents commentateurs. Le deuxième chapitre se concentrera quant à lui sur l’Alcibiade. Nous proposerons une analyse de ce dialogue en nous concentrant principalement sur le thème de l’elenchos, puis confronterons les principales thèses de Vlastos aux résultats de notre analyse. Notre mémoire montrera que la description de l'elenchos donnée par Vlastos ne correspond pas à celle fournie dans l’Alcibiade.

'Are We Now Equal?' Recent experiences and perceptions of South American migrants in Argentina under MERCOSUR

De manière générale, ma thèse examine les mécanismes des processus sociaux, économiques et politiques ayant contribué, souvent de manière contradictoire, à la (re)définition des critères d’adhésion au sein de la nation et de l’Etat. Elle le fait par le dialogue au sein de deux grands corps de littérature intimement liés, la citoyenneté et le transnationalisme, qui se sont penchés sur les questions d’appartenance, d’exclusion, de mobilité et d’accès aux droits chez les migrants transnationaux tout en soulignant la capacité accrue de l’Etat à réguler à la fois les déplacements de personnes et l’accès des migrants aux droits. Cette thèse remet en question trois principes qui influencent la recherche et les programmes d’action publique ayant trait au transnationalisme et à la citoyenneté des migrants, et remet en cause les approches analytiques hégémoniques et méthodologiques qui les sous-tendent. L’étude a été menée à deux niveaux distincts d’analyse empirique et analytique. D’une part, nous examinons les « technologies de la citoyenneté » (Ong 2003, Fujiwara 2008) qui ont été développées par le gouvernement pour transformer l’Argentine en une nation latino-américaine diverse et inclusive pendant la dernière décennie, en nous intéressant particulièrement à la création, par le Kirchnerisme, d’une « nouvelle légalité » pour les Paraguayens, les Boliviens et les Péruviens résidant dans le pays. D’autre part, nous analysons la « dimension horizontale des processus de citoyenneté » (Neveu 2005, Pickus and Skerry 2007, Gagné and Neveu 2009) chez ces migrants dans des aires urbaines, périphériques et rurales du partido de La Plata. Plus spécifiquement, nous examinons dans quelle mesure les conditions socioéconomiques des migrants ont changé suite à leur nouveau statut légal (en tant que ressortissants du MERCOSUR en Argentine, dont les droits sont égaux à ceux des citoyens) et aux politiques de « citoyenneté inclusive » déployées par le gouvernement. Cette thèse se penche particulièrement sur les fondations et l’incarnation (« embodiment ») des droits en examinant comment le nouveau statut légal des migrants se manifeste au quotidien en fonction de a) où ils vivent et travaillent, et b) leur statut social perçu par les autres migrants et non-migrants. D’une part, nous examinons les aires urbaines, périphériques et rurales de La Plata en tant que « zones de souveraineté graduée » (Ong 1999), où des régimes de gouvernementalité locaux spécifiques se sont développés en lien avec l’installation de groupes ethniques souvent distincts, et dont les droits et devoirs diffèrent de ceux d’autres zones. D’autre part, nous étudions la façon dont le statut social est produit à travers les interactions sociales quotidiennes en transposant des distinctions construites socialement telles que race, classe, genre et origine nationale, en systèmes d’exclusion formels (Gregory 2007). Notre analyse ethnographique de ce que nous appelons les « expériences de légalité » des migrants démontre que leur égalité formelle vis-à-vis des Argentins, loin d’être simplement donnée comme un nouveau statut légal uniformément garanti pour tous, est à la fois inégalement vécue par les divers migrants, et différemment respectée dans les zones géographiques dirigées par divers régimes de gouvernementalité (Foucault 1978).

Asymmetric cell division intersects with cell geometry : a method to extrapolate and quantify geometrical parameters of sensory organ precursors

La division cellulaire asymétrique (DCA) consiste en une division pendant laquelle des déterminants cellulaires sont distribués préférentiellement dans une des deux cellules filles. Par l’action de ces déterminants, la DCA générera donc deux cellules filles différentes. Ainsi, la DCA est importante pour générer la diversité cellulaire et pour maintenir l’homéostasie de certaines cellules souches. Pour induire une répartition asymétrique des déterminants cellulaires, le positionnement du fuseau mitotique doit être très bien contrôlé. Fréquemment ceci génère deux cellules filles de tailles différentes, car le fuseau mitotique n’est pas centré pendant la mitose, ce qui induit un positionnement asymétrique du sillon de clivage. Bien qu’un complexe impliquant des GTPases hétérotrimériques et des protéines liant les microtubules au cortex ait été impliqué directement dans le positionnement du fuseau mitotique, le mécanisme exact induisant le positionnement asymétrique du fuseau durant la DCA n'est pas encore compris. Des études récentes suggèrent qu’une régulation asymétrique du cytosquelette d’actine pourrait être responsable de ce positionnement asymétrique du faisceau mitotique. Donc, nous émettons l'hypothèse que des contractions asymétriques d’actine pendant la division cellulaire pourraient déplacer le fuseau mitotique et le sillon de clivage pour créer une asymétrie cellulaire. Nos résultats préliminaires ont démontré que le blebbing cortical, qui est une indication de tension corticale et de contraction, se produit préférentiellement dans la moitié antérieure de cellule précurseur d’organes sensoriels (SOP) pendant le stage de télophase. Nos données soutiennent l'idée que les petites GTPases de la famille Rho pourraient être impliqués dans la régulation du fuseau mitotique et ainsi contrôler la DCA des SOP. Les paramètres expérimentaux développés pour cette thèse, pour étudier la régulation de l’orientation et le positionnement du fuseau mitotique, ouvrirons de nouvelles avenues pour contrôler ce processus, ce qui pourrait être utile pour freiner la progression de cellules cancéreuses. Les résultats préliminaires de ce projet proposeront une manière dont les petites GTPases de la famille Rho peuvent être impliqués dans le contrôle de la division cellulaire asymétrique in vivo dans les SOP. Les modèles théoriques qui sont expliqués dans cette étude pourront servir à améliorer les méthodes quantitatives de biologie cellulaire de la DCA.

Les intellectuels chrétiens face au Talmud : l’antijudaïsme chez Eudes de Châteauroux lors du procès du Talmud à Paris (1240-1248)

Ce mémoire porte sur l’évolution de l’antijudaïsme chez les intellectuels chrétiens parisiens, particulièrement chez Eudes de Châteauroux, lors du procès du Talmud, c’est-à-dire, entre les années 1240 – année où commence le procès – et 1248, année de la condamnation finale des textes talmudiques. Avec la création des universités au XIIe siècle prend place une curiosité intellectuelle croissante et un désir d’apprendre davantage. Parallèlement à cet essor, l’Église se renforce et une orthodoxie doctrinale commence à s’implanter, avec le désir toujours plus fort de contrôler et d’encadrer les fidèles. Lorsque Nicolas Donin dénonce le Talmud au souverain pontife, en 1239, Grégoire IX demande aux savants chrétiens de l’étudier et de l’analyser. Après examen, ces textes sont condamnés et les juifs accusés de se détourner de l’Ancien Testament pour suivre le Talmud, un livre rempli d’erreurs. Ainsi, ce que nous allons démontrer dans ce travail est que l’antijudaïsme virulent chez Eudes de Châteauroux, lors du procès du Talmud, vient d’une incompréhension des livres talmudiques.

La petite GTPase Rab11 et ses interacteurs orchestrent la migration cellulaire collective et la cytocinèse chez la Drosophile

Le trafic vésiculaire permet un échange coordonné de molécules entre les différents organites de la cellule et dépend largement des petites GTPases de la famille des Rabs dont le nombre varie entre 27 chez la Drosophile et 70 chez l’Homme. Un des prochains défis consiste donc à élucider les mécanismes cellulaires qui coordonnent l’activité de ces Rabs, laquelle garantit un transport vésiculaire ordonné au sein de la cellule. Les Rabs agissent comme des interrupteurs moléculaires grâce à leur capacité à cycler entre un état actif et inactif. L’activité des Rabs est contrôlée par des protéines régulatrices puis des effecteurs en aval coordonnent leurs différentes fonctions. La petite GTPase Rab11 est essentielle au développement de plusieurs organismes incluant la Drosophile, C. elegans et la souris puisqu’elle se retrouve au cœur de différentes voies de transport. D’ailleurs, le trafic de molécules dépendant de Rab11 est perturbé dans plusieurs pathologies. Malgré son rôle central dans le trafic vésiculaire, la régulation de Rab11 reste peu comprise in vivo. Cette thèse se penche sur les mécanismes moléculaires contrôlant les fonctions de Rab11 et de ses effecteurs lors de la migration cellulaire collective et lors de la cytocinèse. Nous avons identifié Evi5 comme un nouvel acteur clé de la migration cellulaire collective, et nous montrons qu’elle possède une activité Rab11-GAP essentielle pour maintenir les récepteurs de guidance actifs de façon polarisée au front de migration. Nous avons ensuite déterminé que Rab11 régule la communication cellulaire lors de la migration collective par l’entremise de son interaction avec la Moésine. Une question reste toutefois en suspens : sachant que Rab11 compte plus de 13 effecteurs, quels sont les mécanismes assurant la spécificité de l’interaction entre cette GTPase et un effecteur particulier? Une partie de la réponse provient peut-être de nos observations que les membres des Rab11-FIPs de classe I, une famille d’effecteurs de Rab11, interagissent avec les protéines d’échafaudage 14-3-3. Chez la Drosophile, Rip11 est le seul représentant des Rab11-FIPs de classe I et nous montrons que Rip11 aurait des fonctions inattendues durant la cytocinèse qui seraient coordonnées par 14-3-3. Nos recherches permettent de dresser un portrait plus authentique des mécanismes moléculaires régulant les différentes fonctions de Rab11 et de ses effecteurs in vivo.

Étude de la régulation de l'activité du ligand Delta dans le cadre de la signalisation Notch

La voie de signalisation Notch est conservée au cours de l'évolution. Elle joue un rôle clé dans le développement, et elle est impliquée dans de nombreuses décisions de destin cellulaire, dans le maintien des cellules souches, et dans le contrôle de la prolifération et de la différenciation cellulaires. Une dérégulation de la signalisation Notch est impliquée dans diverses maladies et cancers, y compris les tumeurs solides, comme les cancers du sein et du col de l'utérus, et les leucémies, comme la Leucémie Aiguë Lymphoblastique des cellules T (LAL-T). Notch est un récepteur transmembranaire activé par des ligands transmembranaires de la famille DSL (Delta/Serrate/Lag-2). Bien que plusieurs mutations oncogéniques ont été identifiées au niveau du récepteur Notch, de nombreux cancers modulés par Notch demeurent ligand-dépendants. Étonnamment, les mécanismes moléculaires régulant l'activation du ligand sont encore relativement peu caractérisés par rapport à ceux qui régissent le récepteur Notch lui-même. Utilisant un essai de co-culture avec un rapporteur luciférase de Notch, nous avons effectué le premier crible d'ARNi pan-génomique visant spécifiquement à identifier des régulateurs des ligands de Notch dans la cellule émettrice du signal. Nous avons ainsi pu découvrir de nouvelles classes de régulateurs communs pour les ligands Delta-like1 et 4. Ces régulateurs comprennent des inhibiteurs de protéases, des facteurs de transcription, et des gènes divers à fonction inconnue, tels que Tmem128 « Transmembrane protein 128 », ou à fonction préalablement caractérisée tels que la co-chaperonne moléculaire Cdc37 « Cell division cycle 37 homolog ». Par la suite, nous avons développé des cribles secondaires fonctionnels où nous avons démontré l'importance de ces régulateurs pour des événements Notch-dépendants, comme la différenciation des cellules T normales, et la survie des cellules souches pré-leucémiques isolées à partir d'un modèle murin de LAL-T. En outre, nous avons prouvé que les régulateurs les plus forts du crible de survie sont également nécessaires pour l'activité d'auto-renouvellement des cellules souches pré-leucémiques. Finalement, nous avons entamé une caractérisation moléculaire préliminaire de deux régulateurs nouvellement identifiés; Tmem128 et Cdc37 afin d'étudier leur mécanisme d'action sur les ligands. En conclusion, cette étude nous a permis d'identifier de nouveaux régulateurs de la voie Notch qui pourraient servir de cibles thérapeutiques potentielles dans les cancers; tel qu'illustré par le modèle LAL-T. La compréhension des détails moléculaires sous-jacents aux fonctions de ces régulateurs sera essentielle afin de développer des inhibiteurs pharmacologiques pour bloquer leur action et entraver la signalisation Notch dans le cancer.

Prier à la campagne : art et dévotion dans les chapelles de villas romaines de la Contre-Réforme

Au moment où se poursuit l’établissement des princes de l’Église dans la campagne romaine par la construction de somptueuses villas, le Concile de Trente (1545-1563) adopte une série de décrets qui entendent réaffirmer les dogmes catholiques et réformer les mœurs du clergé, critiqués par les protestants. Puisque la villa est perçue au 16e siècle comme un lieu où le fidèle peut faire l’expérience d’une retraite spirituelle, ce mémoire souhaite lever le voile sur les pratiques dévotionnelles suburbaines post-tridentines. Pour ce faire, les cycles picturaux de trois chapelles de villas romaines dont la décoration a été réalisée à la suite de cet important concile sont examinés : la chapelle du palazzo Farnese à Caprarola, appartenant au cardinal Alessandro Farnese (1520-1589), la chapelle de la villa d’Este à Tivoli, construite pour le cardinal Ippolito II d’Este (1509-1572), et la chapelle de la villa Mondragone à Frascati, commanditée par le cardinal Marco Sittico Altemps (1533-1595) pour le pape Grégoire XIII (1502-1585). Il s’agit de vérifier l’impact des pratiques dévotionnelles sur le choix des décors dans ces lieux de culte privés. S’attarder à la perception du regardeur de l’époque et au rapport spirituel du public à l’image implique que nous analysions notre corpus à l’aide d’un cadre anthropologique.