Phylogénomique des Archées

Les transferts horizontaux de gènes (THG) ont été démontrés pour jouer un rôle important dans l'évolution des procaryotes. Leur impact a été le sujet de débats intenses, ceux-ci allant même jusqu'à l'abandon de l'arbre des espèces. Selon certaines études, un signal historique dominant est présent chez les procaryotes, puisque les transmissions horizontales stables et fonctionnelles semblent beaucoup plus rares que les transmissions verticales (des dizaines contre des milliards). Cependant, l'effet cumulatif des THG est non-négligeable et peut potentiellement affecter l'inférence phylogénétique. Conséquemment, la plupart des chercheurs basent leurs inférences phylogénétiques sur un faible nombre de gènes rarement transférés, comme les protéines ribosomales. Ceux-ci n'accordent cependant pas autant d'importance au modèle d'évolution utilisé, même s'il a été démontré que celui-ci est important lorsqu'il est question de résoudre certaines divergences entre ancêtres d'espèces, comme pour les animaux par exemple. Dans ce mémoire, nous avons utilisé des simulations et analyser des jeux de données d'Archées afin d'étudier l'impact relatif des THG ainsi que l'impact des modèles d'évolution sur la précision phylogénétique. Nos simulations prouvent que (1) les THG ont un impact limité sur les phylogénies, considérant un taux de transferts réaliste et que (2) l'approche super-matrice est plus précise que l'approche super-arbre. Nous avons également observé que les modèles complexes expliquent non seulement mieux les données que les modèles standards, mais peuvent avoir un impact direct sur différents groupes phylogénétiques et sur la robustesse de l'arbre obtenu. Nos résultats contredisent une publication récente proposant que les Thaumarchaeota apparaissent à la base de l'arbre des Archées.

"Lines of Descent" d'Anthony K. Appiah : un regard oblique sur le panafricanisme.

Sur les traces de l’auteur afro-américain W.E.B. Du Bois, le philosophe Anthony Kwame Appiah se préoccupe dans son Lines of Descent (2014) de l’articulation entre identité personnelle, nationalisme culturel et universel cosmopolitique, à la lumière du signifiant social de la race. Appiah se penche spécifiquement sur l’influence qu’a exercée la pensée allemande de la fin du 19e siècle sur le développement de la pensée de Du Bois. Dans la foulée de travaux antérieurs 1, il s’y intéresse à la question de l’identité raciale et à la place qu’elle occupe dans sa théorisation du panafricanisme. Après un survol biographique des auteurs abordés, cette note de lecture s’intéressera à ces trois thèses fortes en les soumettant à quelques réflexions critiques.

Quand l’action surpasse la perception : rôle de la vision et de la proprioception dans la perception et le contrôle en temps réel de l’orientation spatiale de la main

Cette recherche a pour but d’évaluer le rôle de la vision et de la proprioception pour la perception et le contrôle de l’orientation spatiale de la main chez l’humain. L’orientation spatiale de la main est une composante importante des mouvements d’atteinte et de saisie. Toutefois, peu d’attention a été portée à l’étude de l’orientation spatiale de la main dans la littérature. À notre connaissance, cette étude est la première à évaluer spécifiquement l’influence des informations sensorielles et de l’expérience visuelle pour la perception et le contrôle en temps réel de l'orientation spatiale de la main pendant le mouvement d’atteinte naturel vers une cible stationnaire. Le premier objectif était d’étudier la contribution de la vision et de la proprioception dans des tâches de perception et de mouvement d’orientation de la main. Dans la tâche de perception (orientation-matching task), les sujets devaient passivement ou activement aligner une poignée de forme rectangulaire avec une cible fixée dans différentes orientations. Les rotations de l’avant-bras et du poignet étaient soit imposées par l’expérimentateur, soit effectuées par les sujets. Dans la tâche de mouvement d’orientation et d’atteinte simultanées (letter posting task 1), les sujets ont réalisé des mouvements d’atteinte et de rotation simultanées de la main afin d’insérer la poignée rectangulaire dans une fente fixée dans les mêmes orientations. Les tâches ont été réalisées dans différentes conditions sensorielles où l’information visuelle de la cible et de la main était manipulée. Dans la tâche perceptive, une augmentation des erreurs d’orientation de la main a été observée avec le retrait des informations visuelles concernant la cible et/ou ou la main. Lorsque la vision de la main n’était pas permise, il a généralement été observé que les erreurs d’orientation de la main augmentaient avec le degré de rotation nécessaire pour aligner la main et la cible. Dans la tâche de mouvement d’orientation et d’atteinte simultanées, les erreurs ont également augmenté avec le retrait des informations visuelles. Toutefois, les patrons d’erreurs étaient différents de ceux observés dans la tâche de perception, et les erreurs d’orientation n’ont pas augmenté avec le degré de rotation nécessaire pour insérer la poignée dans la fente. En absence de vision de la main, il a été observé que les erreurs d’orientation étaient plus petites dans la tâche de mouvement que de perception, suggérant l’implication de la proprioception pour le contrôle de l’orientation spatiale de la main lors des mouvements d’orientation et d’atteinte simultanées. Le deuxième objectif de cette recherche était d’étudier l’influence de la vision et de la proprioception dans le contrôle en temps réel de l’orientation spatiale de la main. Dans une tâche d’orientation de la main suivie d’une atteinte manuelle (letter posting task 2), les sujets devaient d’abord aligner l’orientation de la même poignée avec la fente fixée dans les mêmes orientations, puis réaliser un mouvement d’atteinte sans modifier l’orientation initiale de la main. Une augmentation des erreurs initiales et finales a été observée avec le retrait des informations visuelles. Malgré la consigne de ne pas changer l’orientation initiale de la main, une diminution des erreurs d’orientation a généralement été observée suite au mouvement d’atteinte, dans toutes les conditions sensorielles testées. Cette tendance n’a pas été observée lorsqu’aucune cible explicite n’était présentée et que les sujets devaient conserver l’orientation de départ de la main pendant le mouvement d’atteinte (mouvement intransitif; letter-posting task 3). La diminution des erreurs pendant l’atteinte manuelle transitive vers une cible explicite (letter-posting task 2), malgré la consigne de ne pas changer l’orientation de la main pendant le mouvement, suggère un mécanisme de corrections automatiques pour le contrôle en temps réel de l’orientation spatiale de la main pendant le mouvement d’atteinte naturel vers une cible stationnaire. Le troisième objectif de cette recherche était d’évaluer la contribution de l’expérience visuelle pour la perception et le contrôle de l’orientation spatiale de la main. Des sujets aveugles ont été testés dans les mêmes tâches de perception et de mouvement. De manière générale, les sujets aveugles ont présenté les mêmes tendances que les sujets voyants testés dans la condition proprioceptive (sans vision), suggérant que l’expérience visuelle n’est pas nécessaire pour le développement d’un mécanisme de correction en temps réel de l’orientation spatiale de la main basé sur la proprioception.

Facteurs influencing haptic shape perception

Le but de cette étude était de déterminer la contribution de plusieurs facteurs (le design de la tâche, l’orientation d’angle, la position de la tête et du regard) sur la capacité des sujets à percevoir les différences de formes bidimensionnelles (2-D) en utilisant le toucher haptique. Deux séries d'expériences (n = 12 chacune) ont été effectuées. Dans tous les cas, les angles ont été explorés avec l'index du bras tendu. La première expérience a démontré que le seuil de discrimination des angles 2-D a été nettement plus élevé, 7,4°, que le seuil de catégorisation des angles 2-D, 3,9°. Ce résultat étend les travaux précédents, en montrant que la différence est présente dans les mêmes sujets testés dans des conditions identiques (connaissance des résultats, conditions d'essai visuel, l’orientation d’angle). Les résultats ont également montré que l'angle de catégorisation ne varie pas en fonction de l'orientation des angles dans l'espace (oblique, verticale). Étant donné que les angles présentés étaient tous distribués autour de 90°, ce qui peut être un cas particulier comme dans la vision, cette constatation doit être étendue à différentes gammes d'angles. Le seuil plus élevé dans la tâche de discrimination reflète probablement une exigence cognitive accrue de cette tâche en demandant aux sujets de mémoriser temporairement une représentation mentale du premier angle exploré et de la comparer avec le deuxième angle exploré. La deuxième expérience représente la suite logique d’une expérience antérieure dans laquelle on a constaté que le seuil de catégorisation est modifié avec la direction du regard, mais pas avec la position de la tête quand les angles (non visibles) sont explorés en position excentrique, 60° à la droite de la ligne médiane. Cette expérience a testé l'hypothèse que l'augmentation du seuil, quand le regard est dirigé vers l'extrême droite, pourrait refléter une action de l'attention spatiale. Les sujets ont exploré les angles situés à droite de la ligne médiane, variant systématiquement la direction du regard (loin ou vers l’angle) de même que l'emplacement d'angle (30° et 60° vers la droite). Les seuils de catégorisation n’ont démontré aucun changement parmi les conditions testées, bien que le biais (point d'égalité subjective) ait été modifié (décalage aux valeurs inférieurs à 90°). Puisque notre test avec le regard fixé à l’extrême droite (loin) n'a eu aucun effet sur le seuil, nous proposons que le facteur clé contribuant à l'augmentation du seuil vu précédemment (tête tout droit/regard à droite) doit être cette combinaison particulière de la tête/regard/angles et non l’attention spatiale.

The accuracy and reliability of plaster vs digital study models : a comparison of three different impression materials

Introduction: Le but de l’étude était d’examiner l’effet des matériaux à empreintes sur la précision et la fiabilité des modèles d’études numériques. Méthodes: Vingt-cinq paires de modèles en plâtre ont été choisies au hasard parmi les dossiers de la clinique d’orthodontie de l’Université de Montréal. Une empreinte en alginate (Kromopan 100), une empreinte en substitut d’alginate (Alginot), et une empreinte en PVS (Aquasil) ont été prises de chaque arcade pour tous les patients. Les empreintes ont été envoyées chez Orthobyte pour la coulée des modèles en plâtre et la numérisation des modèles numériques. Les analyses de Bolton 6 et 12, leurs mesures constituantes, le surplomb vertical (overbite), le surplomb horizontal (overjet) et la longueur d’arcade ont été utilisés pour comparaisons. Résultats : La corrélation entre mesures répétées était de bonne à excellente pour les modèles en plâtre et pour les modèles numériques. La tendance voulait que les mesures répétées sur les modèles en plâtre furent plus fiables. Il existait des différences statistiquement significatives pour l’analyse de Bolton 12, pour la longueur d’arcade mandibulaire, et pour le chevauchement mandibulaire, ce pour tous les matériaux à empreintes. La tendance observée fut que les mesures sur les modèles en plâtre étaient plus petites pour l’analyse de Bolton 12 mais plus grandes pour la longueur d’arcade et pour le chevauchement mandibulaire. Malgré les différences statistiquement significatives trouvées, ces différences n’avaient aucune signification clinique. Conclusions : La précision et la fiabilité du logiciel pour l’analyse complète des modèles numériques sont cliniquement acceptables quand on les compare avec les résultats de l’analyse traditionnelle sur modèles en plâtre.

A (dis)play of traces : trauma, witnessing, and the poetics of implication

Cette thèse se propose de fournir une analyse comparative de la poétique de la rétrospective traumatique et les dispositifs littéraires que trois textes - Fugitive Pieces d’Anne Michaels, Solar Storms de Linda Hogan, et Beloved de Toni Morrison - utilisent pour signifier la nécessité du recul, d'un regard rétrospectif, sur le passé atroce. La thèse étudie les façons dont chaque texte négocie la fragmentation qui caractérise la suite traumatique, notamment en raison du caractère incomplet de l'histoire traumatique inscrite comme l'absence de savoir. La thèse explore également le positionnement d'un tel passé, dans un contexte intersubjectif, qui va au-delà du simple sort individuel pour essayer de comprendre la nécessité d'être un agent moralement responsable de la sauvegarde de la mémoire dans le présent. Cette étude met ainsi l'accent sur la façon dont la mémoire et le témoignage sont intimement liés aux outils langagiers, qui, par implosion poétique, offrent la possibilité de concilier l’intervention imaginative avec le référentiel (oblique).

Rilettura della storia e attivismo politico nei romanzi dei Wu Ming

Ma thèse propose une analyse attentive de la ré-écriture de l'histoire articulée dans trois romans du collectif d'écrivains italiens publiant sous le pseudonyme Wu Ming: "Q", "54" et "Manituana". Partant du pamphlet publié par les Wu Ming en 2008 sur leur conception du roman historique et de l’écriture romanesque en général, the New Italian Epic (NIE), je propose deux angles d’approche pour mettre en évidence la relecture de l’histoire se dessinant dans les romans cités ci-dessus: la notion du regard oblique (qui est mentionnée dans le NIE); et le concept de multitude. La technique du regard oblique implique une réflexivité de la narration, une mise en abîme du processus narratif qui est effectuéé par le biais d’un point de vue insolite. Ce dernier peut provenir d'un animal, d’un objet animé, ou même d’un objet mystérieux comme le flux immatériel. Cette technique a déjà des précédents littéraires dans l’oeuvre d’écrivains tels que Italo Calvino ou Thomas Pynchon, mais dans la nouvelle forme qu’elle acquiert dans les textes des Wu Ming, elle permet l’articulation d’une relecture transversale de l’histoire. Cette relecture transversale émergeant dans les romans des Wu Ming est analysée dans la première partie de la thèse. La conceptualisation du regard oblique que je développe dans cette partie se base sur la théorie de l'anamorphose de Jacques Lacan, ainsi que sur le concept de la "troisième personne" proposé récemment par le philosophe Roberto Esposito. La seconde partie de la thèse aborde la problématique de la confrontation de l'écriture des Wu Ming à la situation socio-politique internationale contemporaine, soit comment leur ré-écriture de l'histoire s'insère dans la situation biopolitique globale. Dans les romans des Wu Ming on voit surgir une interprétation de cette situation globale qui dépasse les notions classiques de l'État et du citoyen. Le concept du biopolitique se prête à diverses interprétations: dans ses écrits des années 1970, Michel Foucault, qui est un des théoriciens majeurs du biopouvoir et de la biopolitique, ne parvient pas à proposer une interprétation unique et précise de ce dernier concept. Plusieurs philosophes italiens ont repris ce discours en le développant chacun à sa manière. Certains, comme Paolo Virno et, un peu plus tard Toni Negri, voient dans la notion de la Multitude une possibilité pour équilibrer le rapport pouvoir/personne et par conséquent pour développer de nouvelles possibilités révolutionnaires pour la déconstruction du biopouvoir. Les Wu Ming semblent suivre la voie positive de la multitude, qui selon leur conception correspond plus à une interprétation néo-marxiste de l’histoire.

Dynamique saisonnière des communautés nitrifiantes dans un petit lac oligotrophe

Depuis la découverte d’archées capables d’oxyder l’ammoniac en milieu aérobie, de nombreuses études ont mesuré en simultané les taux de nitrification et la diversité des organismes oxydant l’ammoniac dans la colonne d’eau des milieux marins. Malgré l’importance globale des lacs d’eau douce, beaucoup moins d’études ont fait la même chose dans ces milieux. Dans cette étude, nous avons évalué l’importance de la nitrification et caractérisé la communauté microbienne responsable de la première étape limitante de la nitrification dans un lac tempéré durant une année entière. L’utilisation de traceur isotopique 15NH4 nous a permis de mesurer des taux d’oxydation d’ammoniac à deux profondeurs dans la zone photique tout au long de l’année. Les taux d’oxydation d’ammoniac varient de non détectable à 333 nmol L-1 j-1 avec un pic d’activité sous la glace. De toutes les variables environnementales mesurées, la concentration d’ammonium dans la colonne d’eau semble avoir le plus grand contrôle sur les taux d’oxydation d’ammoniac. Nous avons détecté la présence d’archées (AOA) et de bactéries oxydante d’ammoniac (BOA) à l’aide de tests par réaction en chaîne de la polymérase (PCR) ciblant une partie du gène ammoniac monoxygénase (amoA). Les AOA et les BOA ont été détectées dans la zone photique du lac, cependant seules les AOA étaient omniprésentes durant l’année. Le séquençage du gène amoA des archées révèle que la majorité des AOA dans le lac sont membres du groupe phylogénétique Nitrosotalea (également appelé SAGMGC-1 ou groupe I.1a associé), ce qui confirme la pertinence écologique de ce groupe dans les eaux douces oligotrophes. Globalement, nos résultats indiquent l’hiver comme étant un moment propice pour l’oxydation de l’ammoniac dans les lacs tempérés. Cette étude fournit un point de référence pour la compréhension du processus d’oxydation de l’ammoniac dans les petits lacs oligotrophes.

Une mémoire oublieuse : théorie et pratique de l'énonciation de l'acteur chez Larry Tremblay, Daniel Danis et Christian Lapointe

Prenant appui sur l’occultation de la mémoire verbale par la théorie théâtrale actuelle, le présent mémoire questionne l’exercice mémoriel des acteurs contemporains à partir de la dialectique mémoire/oubli dans les théories et pratiques de l’énonciation de Larry Tremblay, de Daniel Danis et de Christian Lapointe. Le premier chapitre s’intéresse aux fondements de l’énonciation privilégiés par les praticiens dans leurs discours théoriques – Le crâne des théâtres (Tremblay), « La mémoire intime au théâtre » (Danis), « Petit guide de l’apparition à l’usage de ceux qu’on ne voit pas » (Lapointe) –, plus précisément à la valeur accordée à la mémorisation verbale. Le deuxième s’attache à montrer que les textes dramatiques des auteurs-metteurs en scène – The Dragonfly of Chicoutimi (Tremblay), Mille anonymes (Danis), Sepsis (Lapointe) – engagent aussi un rapport oblique à l’apprentissage par cœur. Enfin, le troisième cherche à définir la notion de mémoire oublieuse à la lumière de laquelle les théories et les pratiques de Tremblay, de Danis et de Lapointe peuvent être analysées ainsi qu’à en identifier certaines conséquences dans leurs mises en scène.