Semisynthetic aminoglycoside antibiotics : toward biomimetic synthesis, evasion of bacterial resistance and reduced toxicity

Les antibiotiques aminoglycosidiques sont des agents bactéricides de grande valeur et d’efficacité à large spectre contre les pathogènes Gram-positifs et Gram-négatifs, dont plusieurs membres naturels et semisynthétiques sont importants dans l’histoire clinique depuis 1950. Des travaux crystallographiques sur le ribosome, récompensés par le prix Nobel, ont démontré comment leurs diverses structures polyaminées sont adaptées pour cibler une hélice d’ARN dans le centre de codage de la sous-unité 30S du ribosome bactérien. Leur interférence avec l’affinité et la cinétique des étapes de sélection et vérification des tARN induit la synthèse de protéines à basse fidélité, et l’inhibition de la translocation, établissant un cercle vicieux d’accumulation d’antibiotique et de stress sur la membrane. En réponse à ces pressions, les pathogènes bactériens ont évolué et disséminé une panoplie de mécanismes de résistance enzymatiques et d’expulsion : tels que les N acétyltransférases, les O phosphotransférases et les O nucleotidyltransférases qui ciblent les groupements hydroxyle et amino sur le coeur des aminoglycosides; des méthyl-transférases, qui ciblent le site de liaison ribosomale; et des pompes d’expulsion actives pour l’élimination sélective des aminoglycosides, qui sont utilisés par les souches Gram-négatives. Les pathogènes les plus problématiques, qui présentent aujourd’hui une forte résilience envers la majorité des classes d’antibiotiques sur le bord de la pan-résistance ont été nommés des bactéries ESKAPE, une mnémonique pour Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa et Enterobacteriaceae. La distribution globale des souches avec des mécanismes de résistance envers les standards cliniques aminoglycosides, tels que la tobramycine, l’amikacine et la gentamicine, est comprise entre 20 et 60% des isolées cliniques. Ainsi, les aminoglycosides du type 4,6-disubstitués-2-deoxystreptamine sont inadéquats comme thérapies anti-infectieuses à large spectre. Cependant, la famille des aminoglycosides 4,5-disubstitués, incluant la butirosine, la neomycine et la paromomycine, dont la structure plus complexe, pourrait constituter une alternative. Des collègues dans le groupe Hanessian et collaborateurs d’Achaogen Inc. ont démontré que certains analogues de la paraomomycine et neomycine, modifiés par désoxygénation sur les positions 3’ et 4’, et par substitution avec la chaîne N1-α-hydroxy-γ-aminobutyramide (HABA) provenant de la butirosine, pourrait produire des antibiotiques très prometteurs. Le Chapitre 4 de cette dissertation présente la conception et le développement d’une stratégie semi-synthétique pour produire des nouveaux aminoglycosides améliorés du type 4,5 disubstitués, inspiré par des modifications biosynthétiques de la sisomicine, qui frustrent les mécanismes de résistance bactérienne distribuées globalement. Cette voie de synthèse dépend d’une réaction d’hydrogénolyse de type Tsuji catalysée par palladium, d’abord développée sur des modèles monosaccharides puis subséquemment appliquée pour générer un ensemble d’aminoglycosides hybrides entre la neomycine et la sisomicine. Les études structure-activité des divers analogues de cette nouvelle classe ont été évaluées sur une gamme de 26 souches bactériennes exprimant des mécanismes de résistance enzymatique et d’expulsion qui englobe l’ensemble des pathogènes ESKAPE. Deux des antibiotiques hybrides ont une couverture antibacterienne excellente, et cette étude a mis en évidence des candidats prometteurs pour le développement préclinique. La thérapie avec les antibiotiques aminoglycosidiques est toujours associée à une probabilité de complications néphrotoxiques. Le potentiel de toxicité de chaque aminoglycoside peut être largement corrélé avec le nombre de groupements amino et de désoxygénations. Une hypothèse de longue date dans le domaine indique que les interactions principales sont effectuées par des sels des groupements ammonium, donc l’ajustement des paramètres de pKa pourrait provoquer une dissociation plus rapide avec leurs cibles, une clairance plus efficace et globalement des analogues moins néphrotoxiques. Le Chapitre 5 de cette dissertation présente la conception et la synthèse asymétrique de chaînes N1 HABA β substitutées par mono- et bis-fluoration. Des chaînes qui possèdent des γ-N pKa dans l’intervalle entre 10 et 7.5 ont été appliquées sur une neomycine tétra-désoxygénée pour produire des antibiotiques avancés. Malgré la réduction considérable du γ N pKa, le large spectre bactéricide n’a pas été significativement affecté pour les analogues fluorés isosteriques. De plus, des études structure-toxicité évaluées avec une analyse d’apoptose propriétaire d’Achaogen ont démontré que la nouvelle chaîne β,β difluoro-N1-HABA est moins nocive sur un modèle de cellules de rein humain HK2 et elle est prometteuse pour le développement d’antibiotiques du type neomycine avec des propriétés thérapeutiques améliorées. Le chapitre final de cette dissertation présente la proposition et validation d’une synthèse biomimétique par assemblage spontané du aminoglycoside 66-40C, un dimère C2 symétrique bis-imine macrocyclique à 16 membres. La structure proposée du macrocycle a été affinée par spectroscopie nucléaire à un système trans,trans-bis-azadiène anti-parallèle. Des calculs indiquent que l’effet anomérique de la liaison α glycosidique entre les anneaux A et B fournit la pré-organisation pour le monomère 6’ aldéhydo sisomicine et favorise le produit macrocyclique observé. L’assemblage spontané dans l’eau a été étudié par la dimérisation de trois divers analogues et par des expériences d’entre croisement qui ont démontré la généralité et la stabilité du motif macrocyclique de l'aminoglycoside 66-40C.

Craftsmanship as a means of empowerment for the traditional population of Guaraqueçaba : a case study

Cette recherche consiste en une étude de cas sur un groupe d’artisans qui a réussi à transformer sa production artisanale en importante source de revenus. Ces artisans, de culture caiçara, ont formé une coopérative dans la municipalité de Guaraqueçaba, dans l’État du Paraná au Brésil. Caiçara est le nom de la population traditionnelle métisse qui habite dans les zones côtières du Sud et Sud-est du Brésil. La région de Guaraqueçaba abrite des écosystèmes de biodiversité extrêmement riche et précieuse, dont la conservation est une priorité à l’échelle mondiale. Afin de réguler l’utilisation des ressources naturelles de ces écosystèmes, une aire protégée a été créée en 1985. Par la suite, de sévères restrictions entourant les moyens de subsistance ont été imposées aux communautés caiçaras, ayant comme conséquences leur appauvrissement, la discontinuation de leur mode de vie et des dommages à leur culture. Cette étude de cas s’est penchée sur une population traditionnelle luttant pour améliorer ses conditions de vie par le biais du design, activité par laquelle nous créons de la culture matérielle. L’objectif de cette recherche est de comprendre comment la création d’artisanat destiné à la vente peut être un vecteur d’autonomisation et de valorisation de la culture locale. L’approche de la collecte des données sur le terrain, inspiré de l’ethnographie, a utilisé les méthodes suivant : des entrevues (non structurées et semi-dirigées), des observations (participantes et non participantes) et des photos. Ayant un caractère exploratoire, l’étude a exploré des questions liées à l’autonomisation et la culture avec le but d’encourager et de préparer le terrain pour des recherches futures.

Factors that impact the sustainability of wait time management strategies for total joint replacement surgeries in canadian provinces

Pour répondre aux exigences du gouvernement fédéral quant aux temps d’attente pour les chirurgies de remplacement du genou et de la hanche, les établissements canadiens ont adopté des stratégies de gestion des listes d’attentes avec des niveaux de succès variables. Notre question de recherche visait à comprendre Quels facteurs ont permis de maintenir dans le temps un temps d’attente répondant aux exigences du gouvernement fédéral pendant au moins 6-12 mois? Nous avons développé un modèle possédant quatre facteurs, inspiré du modèle de Parsons (1977), afin d’analyser les facteurs comprenant la gouvernance, la culture, les ressources, et les outils. Trois études de cas ont été menées. En somme, le 1er cas a été capable d’obtenir les exigences pendant six mois mais incapable de les maintenir, le 2e cas a été capable de maintenir les exigences > 18 mois et le 3e cas a été incapable d’atteindre les objectifs. Des documents furent recueillis et des entrevues furent réalisées auprès des personnes impliquées dans la stratégie. Les résultats indiquent que l’hôpital qui a été en mesure de maintenir le temps d’attente possède certaines caractéristiques: réalisation exclusive de chirurgie de remplacement de la hanche et du genou, présence d’un personnel motivé, non distrait par d’autres préoccupations et un esprit d’équipe fort. Les deux autres cas ont eu à faire face à une culture médicale moins homogène et moins axés sur l’atteinte des cibles; des ressources dispersées et une politique intra-établissement imprécise. Le modèle d’hôpital factory est intéressant dans le cadre d’une chirurgie surspécialisée. Toutefois, les patients sont sélectionnés pour des chirurgies simples et dont le risque de complication est faible. Il ne peut donc pas être retenu comme le modèle durable par excellence.

Innovations pédagogiques et culture disciplinaire en enseignement supérieur

Cette recherche qualitative porte sur les innovations pédagogiques utilisées à l’Université de Montréal en contexte de cultures disciplinaires. La recherche visait à étudier les innovations pédagogiques, entendues comme tout enseignement dispensé de manières différentes de la pratique traditionnelle du cours magistral, proposées par les professeurs dans une université fortement engagée en recherche. ll nous a paru utile de contribuer à compléter les savoirs existants dans ce domaine peu exploré, particulièrement lorsque nous savons que les innovations pédagogiques en contexte de cultures disciplinaires n’ont encore pas été étudiées à l’Université de Montréal. D’un point de vue social, la pertinence de cette recherche réside dans le cadre de la valorisation de l’enseignement universitaire souhaitée tant par les politiques, les institutions et la société que les professeurs et, au-delà, elle invite au rééquilibrage des deux piliers indispensables à l’université centrée sur la recherche qui laisse paraître une relation dichotomique marquée entre enseignement et recherche. Deux modes de cueillettes de données ont été privilégiés : les entrevues individuelles semi-structurées et un entretien de groupe auprès de trente-deux professeurs lauréats du Prix d’excellence en enseignement de l’Université de Montréal. Pour cette recherche, nous avons employé la théorisation ancrée comme méthode d’analyse de données recueillies selon d’autres approches. En d’autres mots, nous avons souhaité utiliser la théorisation ancrée comme un « processus » (Paillé, 1994, p. 149) d’analyse des données avec pour objectif d’approfondir l’objet de notre recherche par-delà la simple analyse descriptive sans pour autant prétendre à une théorisation avancée. En premier lieu, nos résultats nous ont permis de connaître les innovations pédagogiques utilisées dans l’enceinte de notre terrain de recherche, l’Université de Montréal et de dresser un portrait actualisé de leurs innovateurs. Nous avons aussi exploré les raisons qui amènent les professeurs à innover, décrit le processus nécessaire à l’innovation pédagogique et expliqué les freins s’opposant à cette dernière. En second lieu, nos résultats énumèrent les différences liées à la matière d’enseignement, au champ de recherche et soulignent le rapport de la discipline à l’innovation comme critère déterminant à son implication. En dernier lieu, nos résultats révèlent l’existence d’une expertise pédagogique partagée au sein de l’Université de Montréal qui permet de rompre la solitude des professeurs par un soutien entre pairs et favorise la transférabilité des innovations pédagogiques d’une culture disciplinaire à une autre. Finalement, nous présentons une théorisation actualisée des paramètres constituant une innovation pédagogique et détaillons les nouveaux paramètres qui influent sur la construction d’une innovation pédagogique. Nous concluons cette thèse par des recommandations et des pistes de recherches.

Adaptation of agriculture to climate change in Quebec : the co-construction of agricultural policies in the RCM of Haut-Richelieu

Les facteurs climatiques ainsi bien que les facteurs non-climatiques doivent être pris en considération dans le processus d'adaptation de l'agriculture aux changements et à la variabilité climatiques (CVC). Ce changement de paradigme met l'agent humain au centre du processus d'adaptation, ce qui peut conduire à une maladaptation. Suite aux débats sur les changements climatiques qui ont attiré l'attention scientifique et publique dans les années 1980 et 1990, l'agriculture canadienne est devenue un des points focaux de plusieurs études pionnières sur les CVC, un phénomène principalement dû à l’effet anthropique. Pour faire face aux CVC, ce n’est pas seulement la mitigation qui est importante mais aussi l’adaptation. Quand il s'agit de l'adaptation, c'est plutôt la variabilité climatique qui nous intéresse que simplement les augmentations moyennes des températures. L'objectif général de ce mémoire de maîtrise est d'améliorer la compréhension des processus d'adaptation et de construction de la capacité d'adaptation ai niveau de la ferme et de la communauté agricole à travers un processus ascendant, c’est-à-dire en utilisant l'approche de co-construction (qui peut également être considéré comme une stratégie d'adaptation en soi), pour développer une gestion et des outils de planification appropriés aux parties prenantes pour accroître ainsi la capacité d'adaptation de la communauté agricole. Pour y arriver, l'approche grounded theory est utilisée. Les résultats consistent de cinq catégories interdépendantes de codes élargis, conceptuellement distinctes et avec un plus grand niveau d'abstraction. La MRC du Haut-Richelieu a été choisie comme étude de cas en raison de plusieurs de ses dimensions agricoles, à part de ses conditions biophysiques favorables. 15 entrevues ont été menées avec les agriculteurs. Les résultats montrent que si certains agriculteurs ont reconnu les côtés positifs et négatifs des CVC, d’autres sont très optimistes à ce sujet comme se ils ne voient que le côté positif; d'où la nécessité de voir les deux côtés des CVC. Aussi, il y a encore une certaine incertitude liée aux CVC, qui vient de la désinformation et la désensibilisation des agriculteurs principalement en ce qui concerne les causes des CVC ainsi que la nature des événements climatiques. En outre, et compte tenu du fait que l'adaptation a plusieurs caractéristiques et types, il existe de nombreux types d'adaptation qui impliquent à la fois l'acteur privé et le gouvernement. De plus, les stratégies d'adaptation doivent être élaborées conjointement par les agriculteurs en concert avec d'autres acteurs, à commencer par les agronomes, car ils servent en tant que relais important entre les agriculteurs et d'autres parties prenantes telles que les institutions publiques et les entreprises privées.