AnaBench: a Web/CORBA-based workbench for biomolecular sequence analysis

Affiliation: Département de biochimie, Faculté de médecine, Université de Montréal

Analyse multi-échelle des champs magnétiques dans des nuages moléculaires à structures filmentaires

Associée à d'autres techniques observationnelles, la polarimétrie dans le visible ou dans le proche infrarouge permet d'étudier la morphologie des champs magnétiques à la périphérie de nombreuses régions de formation stellaire. A l'intérieur des nuages molécualires la morphologie des champs est connue par polarimétrie submillimétrique, mais rarement pour les mêmes régions. Habituellement, il manque une échelle spatiale intermédiaire pour pouvoir comparer correctement la morphologie du champ magnétique galactique avec celle située à l'intérieur des nuages moléculaires. -- Cette thèse propose les moyens nécessaires pour réaliser ce type d'analyse multi-échelle afin de mieux comprendre le rôle que peuvent jouer les champs magnétiques dans les processus de formation stellaire. La première analyse traite de la région GF 9. Vient ensuite une étude de la morphologie du champ magnétique dans les filaments OMC-2 et OMC-3 suivie d'une analyse multi-échelle dans le complexe de nuages moléculaires Orion A dont OMC-2 et OMC-3 font partie. -- La synthèse des résultats couvrant GF 9 et Orion A est la suivante. Les approches statistiques employées montrent qu'aux grandes échelles spatiales la morphologie des champs magnétiques est poloïdale dans la région GF 9, et probablement hélicoïdale dans la région Orion A. A l'échelle spatiale des enveloppes des nuages moléculaires, les champs magnétiques apparaissent alignés avec les champs situés à leur périphérie. A l'échelle spatiale des coeurs, le champ magnétique poloïdal environnant la région GF 9 est apparemment entraîné par le coeur en rotation, et la diffusion ambipolaire n'y semble pas effective actuellement. Dans Orion A, la morphologie des champs est difficilement détectable dans les sites actifs de formation d'OMC-2, ou bien très fortement contrainte par les effets de la gravité dans OMC-1. Des effets probables de la turbulence ne seont détectés dans aucune des régions observées. -- Les analyses multi-échelles suggèrent donc qu'indépendamment du stade évolutif et de la gamme de masse des régions de formation stellaires, le champ magnétique galactique subit des modifications de sa morphologie aux échelles spatiales comparables à celles des coeurs protostellaires, de la même façon que les propriétés structurelles des nuages moléculaires suivent des lois d'autosimilarité jusqu'à des échelles comparables à celles des coeurs.

Développement d’une nouvelle méthode d’analyse multi-résidus par LDTD/APCI-MS/MS pour la quantification de pesticides et de produits pharmaceutiques dans les eaux usées

Une nouvelle méthode d'extraction en phase solide (SPE) couplée à une technique d'analyse ultrarapide a été développée pour la détermination simultanée de neuf contaminants émergents (l'atrazine, le déséthylatrazine, le 17(béta)-estradiol, l'éthynylestradiol, la noréthindrone, la caféine, la carbamazépine, le diclofénac et le sulfaméthoxazole) provenant de différentes classes thérapeutiques et présents dans les eaux usées. La pré-concentration et la purification des échantillons a été réalisée avec une cartouche SPE en mode mixte (Strata ABW) ayant à la fois des propriétés échangeuses de cations et d'anions suivie d'une analyse par une désorption thermique par diode laser/ionisation chimique à pression atmosphérique couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LDTD-APCI-MS/MS). La LDTD est une nouvelle méthode d'introduction d'échantillon qui réduit le temps total d'analyse à moins de 15 secondes par rapport à plusieurs minutes avec la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem traditionnelle (LC-MS/MS). Plusieurs paramètres SPE ont été évalués dans le but d'optimiser l'efficacité de récupération lors de l'extraction des analytes provenant des eaux usées, tels que la nature de la phase stationnaire, le débit de chargement, le pH d'extraction, le volume et la composition de la solution de lavage et le volume de l'échantillon initial. Cette nouvelle méthode a été appliquée avec succès à de vrais échantillons d'eaux usées provenant d'un réservoir de décantation primaire. Le recouvrement des composés ciblés provenant des eaux usées a été de 78 à 106%, la limite de détection a été de 30 à 122 ng L-1, alors que la limite de quantification a été de 88 à 370 ng L-1. Les courbes d'étalonnage dans les matrices d'eaux usées ont montré une bonne linéarité (R2 > 0,991) pour les analytes cibles ainsi qu’une précision avec un coefficient de variance inférieure à 15%.

Methodology in Economics: the Logic of Appraisal

This Paper Intends to Develop a Coherent Methodological Framework Concerned with the Appraisal of Scientific Theories in Economics, and Which Is Based on a Postulated Aim of Science. We First Define the Scope of a Methodological Inquiry (Precise Definition of What Is Meant by the Logic of Appraisal of Scientific Theories) and Review the Work of Popper and Lakatos in the Philosophy of Science. We Then Use Their Results to Develop a Rational Structure of Scientific Activity. We Identify and Analyse Both a Micro and Macro Framework for the Process of Appraisal and Single Out the Importance of So-Called 'Fundamental Assumptions' in Creating Externalities in the Appraisal Process Which Forces Us to Adop a Multi-Level Analysis. Special Attention Is Given to the Role and Significance of the Abstraction Process and the Use of Assumptions in General. the Proposed Structure of Scientific Activity Is Illustrated with Examples From Economics.

Testing Mean-Variance Efficiency in CAPM with Possibly Non-Gaussian Errors : An Exact Simulation-Based Approach

In this paper we propose exact likelihood-based mean-variance efficiency tests of the market portfolio in the context of Capital Asset Pricing Model (CAPM), allowing for a wide class of error distributions which include normality as a special case. These tests are developed in the frame-work of multivariate linear regressions (MLR). It is well known however that despite their simple statistical structure, standard asymptotically justified MLR-based tests are unreliable. In financial econometrics, exact tests have been proposed for a few specific hypotheses [Jobson and Korkie (Journal of Financial Economics, 1982), MacKinlay (Journal of Financial Economics, 1987), Gib-bons, Ross and Shanken (Econometrica, 1989), Zhou (Journal of Finance 1993)], most of which depend on normality. For the gaussian model, our tests correspond to Gibbons, Ross and Shanken’s mean-variance efficiency tests. In non-gaussian contexts, we reconsider mean-variance efficiency tests allowing for multivariate Student-t and gaussian mixture errors. Our framework allows to cast more evidence on whether the normality assumption is too restrictive when testing the CAPM. We also propose exact multivariate diagnostic checks (including tests for multivariate GARCH and mul-tivariate generalization of the well known variance ratio tests) and goodness of fit tests as well as a set estimate for the intervening nuisance parameters. Our results [over five-year subperiods] show the following: (i) multivariate normality is rejected in most subperiods, (ii) residual checks reveal no significant departures from the multivariate i.i.d. assumption, and (iii) mean-variance efficiency tests of the market portfolio is not rejected as frequently once it is allowed for the possibility of non-normal errors.

Potentiel d’une approche populationnelle orientée vers la reconfiguration des environnements urbains pour améliorer la sécurité des piétons

INTRODUCTION : En milieu urbain, l’amélioration de la sécurité des piétons pose un défi de santé publique. Pour chaque décès attribuable aux collisions routières, il y a des centaines de personnes blessées et, dans les pays riches, la diminution du nombre annuel de piétons décédés s’expliquerait en partie par la diminution de la marche. Les stratégies préventives prédominantes n’interviennent pas sur le volume de circulation automobile, un facteur pourtant fondamental. De plus, les interventions environnementales pour améliorer la sécurité des infrastructures routières se limitent habituellement aux sites comptant le plus grand nombre de décès ou de blessés. Cette thèse vise à décrire la contribution des volumes de circulation automobile, des pratiques locales de marche et de la géométrie des routes au nombre et à la répartition des piétons blessés en milieu urbain, et d’ainsi établir le potentiel d’une approche populationnelle orientée vers la reconfiguration des environnements urbains pour améliorer la sécurité des piétons. MÉTHODE : Le devis est de type descriptif et transversal. Les principales sources de données sont les registres des services ambulanciers d’Urgences-santé (blessés de la route), l’enquête Origine-Destination (volumes de circulation automobile), la Géobase du réseau routier montréalais (géométrie des routes) et le recensement canadien (pratiques locales de marche, position socioéconomique). Les analyses descriptives comprennent la localisation cartographique (coordonnées x,y) de l’ensemble des sites de collision. Des modèles de régression multi-niveaux nichent les intersections dans les secteurs de recensement et dans les arrondissements. RÉSULTATS : Les analyses descriptives démontrent une grande dispersion des sites de collision au sein des quartiers. Les analyses multivariées démontrent les effets significatifs, indépendants du volume de circulation automobile, de la présence d’artère(s) et d’une quatrième branche aux intersections, ainsi que du volume de marche dans le secteur, sur le nombre de piétons blessés aux intersections. L’analyse multi-niveaux démontre une grande variation spatiale de l’effet du volume de circulation automobile. Les facteurs environnementaux expliquent une part substantielle de la variation spatiale du nombre de blessés et du gradient socioéconomique observé. DISCUSSION : La grande dispersion des sites de collision confirme la pertinence d’une approche ne se limitant pas aux sites comptant le plus grand nombre de blessés. Les résultats suggèrent que des stratégies préventives basées sur des approches environnementales et populationnelle pourraient considérablement réduire le nombre de piétons blessés ainsi que les inégalités observées entre les quartiers.

Un análisis del discurso político en el Perú contemporáneo : el caso de Alan García y la cortesía positiva

Alan Garcia, l’actuel président du Pérou, est un des politiciens les plus controversés dans l’histoire péruvienne. Le succès de sa carrière comme candidat est fort opposé aux résultats catastrophiques de sa première gestion présidentielle. Dans la culture populaire, les compétences discursives de Garcia, ainsi que le contraste entre son succès et ses pauvres performances en tant que président, l’ont élevé au rang de mythe. Ce travail de recherche présente une analyse pragmatique linguistique des stratégies discursives utilisées par le président Garcia dans son deuxième mandat (2001-2006). L’analyse sera centrée sur le rapport établi par Steven Pinker (2007) entre politesse positive et solidarité communale. Les travaux de Brown et Levinson (1978, 1987) et d’Alan Fiske (1991) sont notre base théorique. L’exclusion sociale d’une partie de la population électorale péruvienne, selon le point de vue de Vergara (2007), est l’élément clé pour mieux comprendre le succès de la stratégie discursive de Garcia. Vegara présente une analyse diachronique multi-variable de la situation politique péruvienne pour expliquer la rationalité de la population électorale péruvienne. À partir de cet encadrement théorique, nous procéderons à l’analyse lexicométrique qui nous permettra d’identifier les stratégies discursives utilisées dans le corpus des discours de Garcia qui a été choisi pour l’analyse. D’après le schéma de Pinker, les données obtenues seront classifiées selon la définition de politesse positive de Brown et Levinson. Finalement, nous évaluerons le rapport entre les résultats classifiés et le modèle de solidarité communale de Fiske. L’objectif est de démontrer que le style discursif de Garcia est structuré à partir d’une rationalité dont l’objet est de fermer la brèche sociale entre le politicien et l’électorat.

Exploración y análisis de las políticas educativas relativas a la educación rural en Centroamérica : casos de Costa Rica y Nicaragua

Différents organismes internationaux se sont penchés sur l’école rurale des pays en émergence. La plupart de ces travaux de recherche montrent que ces écoles n’offrent pas une éducation adaptée au milieu dans lesquelles elles sont situées, du fait essentiellement qu’on y a implanté la structure administrative et pédagogique des écoles urbaines sans tenir compte des caractéristiques de la population infantile des zones rurales. Afin de tenter de remédier aux difficultés identifiées, ces organismes ont proposé diverses solutions ou préconisé des politiques adaptées à ce contexte particulier. Le but de cette recherche est d’étudier comment ces recommandations convergent-elles avec les politiques éducatives et dans le quotidien des écoles en milieu rural de deux pays de l’Amérique centrale, le Costa Rica et le Nicaragua. À cette fin, comme cadre d'analyse, nous avons établi six catégories : condition socio-économique, plan d'études et pédagogie, relation école et communauté, enseignants, technologie et finalement, gestion et gouvernance. Pour ce faire, nous analysons les recommandations globales formulées par diverses organisations internationales et d’autres organismes des pays développés à propos de l'éducation rurale. Nous comparons ensuite ces informations avec les décisions politiques prises ces dernières vingt années, dans les deux pays sélectionnés afin de favoriser le développement éducatif des zones rurales. Pour finir, nous observons sur le terrain le quotidien de quelques écoles rurales des deux pays retenus. En partant de l’hypothèse qu’il existe suffisamment d’information et de recommandations permettant l’élaboration des politiques éducatives appropriées pour améliorer les conditions des écoles rurales, le travail présente une analyse multiniveaux (recommandations globales, politiques nationales et pratiques scolaires) en établissant la convergence ou la divergence dans chacune des catégories. Les principaux résultats de la recherche démontrent qu'il existe une convergence entre les pratiques scolaires et les politiques éducatives émises par les pays étudiés, avec quelques exceptions. Quant à la convergence entre les recommandations globales et les politiques émises par ces pays, on ne peut pas parler de convergence de façon générale. La recherche propose l'élaboration de profil de politiques nationales pour chaque pays, en fonction de la manière par laquelle ils abordent la problématique de l'éducation rurale : soit par l’assignation des ressources pour étendre les services éducatifs normalisés pour tous les enfants, ou en produisant des politiques focalisées, créant des programmes spécifiques, faisant remarquer la différence du monde rural.

Mises à distances. Ethnographie des places publiques centrales de Cluj-« Napoca » (Roumanie) dans le postsocialisme

Cette recherche porte sur le changement social dans la période postsocialiste à Cluj-« Napoca », une ville transylvaine de Roumanie. En mobilisant une approche en termes de rapports sociaux à l’espace, l’étude explore les principes de différenciation tant spatialement que socialement. Les concepts d’« espace public » et de « lieu » ont permis une analyse aux multiples facettes menée selon quatre axes : matérialité et la visibilité des espaces, sphère publique-politique, vie sociale publique, investissements et appropriations individuelles. La thèse examine ainsi les activités qui se déroulent dans les places publiques centrales, les investissements spatiaux, les rituels quotidiens et les manifestations contestataires, les multiples attachements ethniques et religieux des habitants. L’ethnographie des places publiques centrales de Cluj-« Napoca » a mis en évidence une « faible classification des espaces » centraux de la ville, traduite par une grande diversité sociale. Les marques ethnicisantes parsemées à Cluj-« Napoca » renvoient aux groupes ethniques, mais aussi à d’autres enjeux qui relèvent du processus de restructuration du champ politique dans le postsocialisme. Dans le même registre, les stratégies de type ethnique sont mobilisées pour désigner de nouveaux critères de différenciation sociale et pour redéfinir d’anciennes catégories sociales. Oublis, silences et exigences d’esthétisation reflètent des demandes implicites des habitants pour redéfinir les cadres de la politique. Finalement, la thèse montre comment l’espace public à Cluj-« Napoca » pendant la période postsocialiste relève d’un processus continuel de diversification sociale et d’invention des Autres par d’incessantes mises à distance. L’espace public n’est pas la recherche de ce que pourrait constituer le vivre ensemble, mais la quête de ce qui nous menace et qu’il faut mettre à distance.

Adolescents agresseurs sexuels : l’alliance thérapeutique et la motivation au changement en contexte d’autorité

La littérature scientifique s’intéressant aux adolescents agresseurs sexuels démontre qu’il s’agit d’une population qui apparait souvent résistante au changement (Rich, 2003). Il importe ainsi d’identifier les facteurs qui favorisent ou compromettent le déroulement de l’intervention auprès de cette clientèle. L’alliance thérapeutique et la motivation au changement figurent d’ailleurs parmi ces facteurs ayant démontré leur influence positive. Toutefois, considérant le caractère dynamique de ces dernières, peu d’études ont documenté les particularités de leur développement respectif, spécialement dans un contexte d’autorité tel que celui des adolescents agresseurs sexuels. La présente recherche permet donc de mieux comprendre la contribution de caractéristiques individuelles et environnementales sur le développement de l’alliance thérapeutique et le processus de changement chez cette clientèle juvénile. Basés sur une collecte de données quantitatives auprès de 166 adolescents agresseurs sexuels suivis dans différents centres de traitement spécialisés en délinquance sexuelle au Québec, les résultats obtenus à partir d’analyses corrélationnelles et multivariées illustrent de nombreuses relations significatives entre un ensemble de caractéristiques individuelles et environnementales et le développement de l’alliance thérapeutique et de la motivation au changement. En effet, différents traits de personnalité, les distorsions cognitives, les habiletés sociales, la détresse post-traumatique et les stratégies de coping sont plus ou moins associés à l’établissement d’une relation d’aide et d’une motivation à changer de comportement. De plus, les caractéristiques de l’environnement institutionnel et la perception du soutien social reçu se veulent des facteurs qui influencent généralement de façon positive les variables à l’étude. L’utilisation du Modèle transthéorique du changement permet de nuancer les résultats en ce sens que les facteurs explicatifs de la motivation peuvent différer d’une étape à l’autre dans le cycle du changement. Ainsi, les services offerts aux adolescents ayant commis une agression sexuelle doivent tenir compte du degré de motivation puisque celui-ci semble être associé à des caractéristiques individuelles et environnementales spécifiques. Finalement, il est important de mentionner que les conclusions de cette étude ne permettent pas d’établir des relations causales entre les variables à l’étude. Néanmoins, les résultats indiquent l’importance de porter attention aux facteurs de changement, qui peuvent différer d’une étape à l’autre dans le cycle du changement, et ceux associés au développement de l’alliance thérapeutique.

Utilisation de systèmes d'information géographique pour l'évaluation des risques liés à la dégradation du pergélisol. Étude de cas : Tasiujaq, Nunavik, Québec

Les régions nordiques à pergélisol seront largement affectées par l'augmentation prévue des températures. Un nombre croissant d’infrastructures qui étaient autrefois construites avec confiance sur des sols gelés en permanence commencent déjà à montrer des signes de détérioration. Les processus engendrés par la dégradation du pergélisol peuvent causer des dommages importants aux infrastructures et entrainer des coûts élevés de réparation. En conséquence, le contexte climatique actuel commande que la planification des projets dans les régions nordiques s’effectue en tenant compte des impacts potentiels de la dégradation du pergélisol. Ce mémoire porte sur l’utilisation de systèmes d’information géographique (SIG) appliqués à l’évaluation du potentiel d’aménagement des territoires situés en milieu de pergélisol. En utilisant une approche SIG, l’objectif est d’élaborer une méthodologie permettant de produire des cartes d'évaluation des risques afin d’aider les collectivités nordiques à mieux planifier leur environnement bâti. Une analyse multi-échelle du paysage est nécessaire et doit inclure l'étude des dépôts de surface, la topographie, ainsi que les conditions du pergélisol, la végétation et les conditions de drainage. La complexité de l'ensemble des interactions qui façonnent le paysage est telle qu'il est pratiquement impossible de rendre compte de chacun d'eux ou de prévoir avec certitude la réponse du système suite à des perturbations. Ce mémoire présente aussi certaines limites liées à l’utilisation des SIG dans ce contexte spécifique et explore une méthode innovatrice permettant de quantifier l'incertitude dans les cartes d'évaluation des risques.

Prévention de la maladie de Lyme : facteurs sociaux et priorisation des interventions

La maladie de Lyme est la maladie vectorielle la plus fréquente dans les pays tempérés et est en émergence dans plusieurs régions du monde. Plusieurs stratégies de prévention existent et comprennent des interventions qui visent les individus, comme le port de vêtements protecteurs, et d’autres qui sont implantées au niveau collectif, dont des interventions de contrôle des tiques dans l’environnement. L’efficacité de ces stratégies peut être influencée par divers facteurs, dont des facteurs sociaux tels que les connaissances, les perceptions et les comportements de la population ciblée. Elles peuvent également avoir des impacts parallèles non désirés, par exemple sur l’environnement et l’économie, et ces derniers peuvent s’opposer aux bénéfices des interventions jusqu’à remettre en cause la pertinence de leur mise en œuvre. Aussi, ces facteurs sociaux et les impacts des interventions sont susceptibles de varier selon la population ciblée et en fonction du contexte épidémiologique et social. L’objectif de cette thèse était donc d’étudier les principaux facteurs sociaux et enjeux d’importance à considérer pour évaluer l’efficacité et prioriser des interventions de prévention pour la maladie de Lyme dans deux populations exposées à des contextes différents, notamment en ce qui concerne leur situation épidémiologique, soient au Québec, où l’incidence de la maladie de Lyme est faible mais en émergence, et en Suisse, où elle est élevée et endémique depuis plus de trois décennies. L’approche choisie et le devis général de l’étude sont basés sur deux modèles théoriques principaux, soient le modèle des croyances relatives à la santé et celui de l’aide à la décision multicritère. Dans un premier temps, les facteurs associés à la perception du risque pour la maladie de Lyme, c’est-à-dire l’évaluation cognitive d’une personne face au risque auquel elle fait face, ont été étudiés. Les résultats suggèrent que les facteurs significatifs sont différents dans les deux régions à l’étude. Ensuite, l’impact des connaissances, de l’exposition, et des perceptions sur l’adoption de comportements préventifs individuels et sur l’acceptabilité des interventions de contrôle des tiques (acaricides, modifications de l’habitat, contrôle des cervidés) a été comparé. Les résultats suggèrent que l’impact des facteurs varierait en fonction du type du comportement et des interventions, mais que la perception de l’efficacité est un facteur commun fortement associé à ces deux aspects, et pourrait être un facteur-clé à cibler lors de campagnes de communication. Les résultats montrent également que les enjeux relatifs aux interventions de contrôle des tiques tels que perçus par la population générale seraient communs dans les deux contextes de l’étude, et partagés par les intervenants impliqués dans la prévention de la maladie de Lyme. Finalement, un modèle d’analyse multicritère a été développé à l’aide d’une approche participative pour le contexte du Québec puis adapté pour le contexte suisse et a permis d’évaluer et de prioriser les interventions préventives selon les différentes perspectives des intervenants. Les rangements produits par les modèles au Québec et en Suisse ont priorisé les interventions qui ciblent principalement les populations humaines, devant les interventions de contrôle des tiques. L’application de l’aide à la décision multicritère dans le contexte de la prévention de la maladie de Lyme a permis de développer un modèle décisionnel polyvalent et adaptable à différents contextes, dont la situation épidémiologique. Ces travaux démontrent que cette approche peut intégrer de façon rigoureuse et transparente les multiples perspectives des intervenants et les enjeux de la prévention relatifs à la santé publique, à la santé animale et environnementale, aux impacts sociaux, ainsi qu’aux considérations économiques, opérationnelles et stratégiques. L’utilisation de ces modèles en santé publique favoriserait l’adoption d’une approche « Une seule santé » pour la prévention de la maladie de Lyme et des zoonoses en général. Mots-clés : maladie de Lyme, prévention, facteurs sociaux, perception du risque, comportements préventifs, acceptabilité, priorisation des interventions, contrôle des tiques, aide à la décision multicritère, analyse multicritère, Québec, Suisse, « Une seule santé »