Analyse de motifs d'ARN

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

La mise en oeuvre interculturelle de LibQUAL+MC : le cas du français

Traduit de l'anglais par Jimmy Légaré et Olivier Paradis (Direction des bibliothèques de l'UdeM).

Exact Tests for Contemporaneous Correlation of Disturbances in Seemingly Unrelated Regressions.

This paper proposes finite-sample procedures for testing the SURE specification in multi-equation regression models, i.e. whether the disturbances in different equations are contemporaneously uncorrelated or not. We apply the technique of Monte Carlo (MC) tests [Dwass (1957), Barnard (1963)] to obtain exact tests based on standard LR and LM zero correlation tests. We also suggest a MC quasi-LR (QLR) test based on feasible generalized least squares (FGLS). We show that the latter statistics are pivotal under the null, which provides the justification for applying MC tests. Furthermore, we extend the exact independence test proposed by Harvey and Phillips (1982) to the multi-equation framework. Specifically, we introduce several induced tests based on a set of simultaneous Harvey/Phillips-type tests and suggest a simulation-based solution to the associated combination problem. The properties of the proposed tests are studied in a Monte Carlo experiment which shows that standard asymptotic tests exhibit important size distortions, while MC tests achieve complete size control and display good power. Moreover, MC-QLR tests performed best in terms of power, a result of interest from the point of view of simulation-based tests. The power of the MC induced tests improves appreciably in comparison to standard Bonferroni tests and, in certain cases, outperforms the likelihood-based MC tests. The tests are applied to data used by Fischer (1993) to analyze the macroeconomic determinants of growth.

Providing Genetic Testing Through the Private Sector: A View From Canada

Genetic testing technologies are rapidly moving from the research laboratory to the market place. Very little scholarship considers the implications of private genetic testing for a public health care system such as Canada’s. It is critical to consider how and if these tests should be marketed to, and purchased by, the public. It is also imperative to evaluate the extent to which genetic tests are or should be included in Canada’s public health care system, and the impact of allowing a two-tiered system for genetic testing. A series of threshold tests are presented as ways of clarifying whether a genetic test is morally appropriate, effective and safe, efficient and appropriate for public funding and whether private purchase poses special problems and requires further regulation. These thresholds also identify the research questions around which professional, public and policy debate must be sustained: What is a morally acceptable goal for genetic services? What are the appropriate benefits? What are the risks? When is it acceptable that services are not funded under health care? And how can the harms of private access be managed?

Autocrine loop in the purinergic control of airway surface liquid volume : monitoring with a novel side-view imaging technique

La Fibrose Kystique (FK) est une maladie dégénérative qui entraine une dégénération des poumons dû au problème de clairance mucociliaire (CMC). Le volume de surface liquide (SL) couvrant les cellules pulmonaires est essentiel à la clairance de mucus et au combat contre les infections. Les nucléotides extracellulaires jouent un rôle important dans la CMC des voies aériennes, en modifiant le volume de la SL pulmonaire. Cependant, les mécanismes du relâchement de l’ATP et de leurs déplacements à travers la SL, restent inconnus. Des études ultérieures démontrent que l’exocytose d’ATP mécano-sensible et Ca2+-dépendant, dans les cellules A549, est amplifié par les actions synergétiques autocrine/paracrine des cellules avoisinantes. Nous avions comme but de confirmer la présence de la boucle purinergique dans plusieurs modèles de cellules épithéliales et de développer un système nous permettant d’observer directement la SL. Nous avons démontrés que la boucle purinergique est fonctionnelle dans les modèles de cellules épithéliales examinés, mis appart les cellules Calu-3. L’utilisation de modulateur de la signalisation purinergique nous a permis d’observer que le relâchement d’ATP ainsi que l’augmentation du [Ca2+]i suivant un stress hypotonique, sont modulés par le biais de cette boucle purinergique et des récepteurs P2Y. De plus, nous avons développé un système de microscopie qui permet d’observer les changements de volume de SL en temps réel. Notre système permet de contrôler la température et l’humidité de l’environnement où se trouvent les cellules, reproduisant l’environnement pulmonaire humain. Nous avons démontré que notre système peut identifier même les petits changements de volume de SL.

Is there more to restorative justice than mere compliance to procedural justice? : a qualitative reflection from the victims' point of view

Une multitude de recherches évaluatives ont démontré que les victimes de crime, qu’elles soient victimes d’un crime contre les biens ou contre la personne, apprécient l’approche réparatrice. Cependant, nous sommes toujours à la recherche des facteurs théoriques qui expliqueraient la satisfaction des victimes en ce qui concerne leur expérience avec les interventions réparatrices. La recherche décrite dans cette thèse concerne l’exploration des facteurs contribuant à la satisfaction des victimes de crime avec l’approche réparatrice ainsi que ses liens avec la théorie de justice procédurale. Selon la théorie de justice procédurale, la perception de justice n’est pas uniquement associée à l’appréciation du résultat d’une intervention, mais également à l’appréciation de la procédure, et que la procédure et le résultat peuvent être évalués de façon indépendante. Les procédures qui privilégient la confiance, la neutralité et le respect, ainsi que la participation et la voix des parties sont plus appréciées. Notre objectif de recherche était d’explorer l’analogie entre l’appréciation de la justice réparatrice et le concept de justice procédurale. En outre, nous avons voulu déterminer si la justice réparatrice surpasse, en termes de satisfaction, ceux prévus par la théorie de justice procédurale. Nous avons également examiné la différence dans l’appréciation de l’approche réparatrice selon le moment de l’application, soit avant ou après adjudication pénale. Ainsi, nous avons exploré le rôle d’une décision judiciaire dans l’évaluation de l’approche réparatrice. Pour répondre à nos objectifs de recherche, nous avons consulté des victimes de crime violent au sujet de leur expérience avec l’approche réparatrice. Nous avons mené des entrevues semi-directives avec des victimes de crime violent qui ont participé à une médiation auteur-victime, à une concertation réparatrice en groupe ou aux rencontres détenus-victimes au Canada (N=13) et en Belgique (N=21). Dans cet échantillon, 14 répondants ont participé à une intervention réparatrice avant adjudication judiciaire et 14 après adjudication. Nous avons observé que l’approche réparatrice semble être en analogie avec la théorie de justice procédurale. D’ailleurs, l’approche réparatrice dépasse les prémisses de la justice procédurale en étant flexible, en offrant de l’aide, en se concentrant sur le dialogue et en permettant d’aborder des raisons altruistes. Finalement, le moment de l’application, soit avant ou après adjudication, ne semble pas affecter l’appréciation des interventions réparatrices. Néanmoins, le rôle attribué à l’intervention réparatrice ainsi que l’effet sur l’évaluation du système judiciaire diffèrent selon le moment d’application. Les victimes suggèrent de continuer à développer l’approche réparatrice en tant que complément aux procédures judiciaires, plutôt qu’en tant que mesure alternative. Les témoignages des victimes servent la cause de l’offre réparatrice aux victimes de crime violent. L’offre réparatrice pourrait aussi être élargie aux différentes phases du système judiciaire. Cependant, la préférence pour l’approche réparatrice comme complément aux procédures judiciaires implique la nécessité d’investir également dans la capacité du système judiciaire de répondre aux besoins des victimes, tant sur le plan de la procédure que sur le plan du traitement par les autorités judiciaires.

Role of nucleotides on lung epithelial cells : mechanism of release and development of a side-view microscopic chamber to study nucleotide-dependent airway surface liquid height

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Looking at The Future of Canadian Copyright in The Rear View Mirror

"L’auteur présente une analyse générale de l’évolution historique et des développements récents du régime des droits d’auteur au Canada. Avec le développement des nouvelles technologies de l’information, et plus spécifiquement de l’Internet, le régime canadien des droits d’auteur nécessiterait d’importantes réformes. L’auteur déplore toutefois les modifications récentes issues de la loi C-60. En effet, selon lui, ces changements ne correspondent pas au régime international proposé par l’Organisation Mondiale de Propriété Intellectuelle. En fait, ceux-ci cadrent beaucoup plus avec la perspective américaine de protection limitative des droits d’auteur. Michael Geist trace d’abord l’historique du développement du régime de protection des droits d’auteur au Canada. Il souligne notamment les modifications législatives importantes de la fin des années 1980 et 1990 qui visaient à renforcer les règles de reconnaissance et de protection des droits que les auteurs canadiens possèdent sur leurs œuvres. Parallèlement, à ces modifications législatives, la Cour Suprême du Canada s’est aussi prononcée sur la question des droits d’auteur en interprétant limitativement la portée de ce régime, facilitant ainsi l’accès des œuvres artistiques au domaine public. L’auteur souligne les divergences et les contradictions entre la conception législative et celle jurisprudentielle de la fonction du régime canadien des droits d’auteur. Le législateur canadien a récemment proposé une nouvelle modification du régime de droits d’auteurs qui consisterait en l’extension des délais obligatoire avant qu’une œuvre couverte par le régime ne soit incluse dans le domaine public. Michael Geist s’oppose à une telle modification et soutient qu’elle entraînerait de nombreuses conséquences négatives pour les auteurs et les artistes canadiens. En effet, cette modification limiterait l’accès des auteurs aux oeuvres antérieures, elle entraverait les opportunités et les capacités commerciales des œuvres canadiennes et restreindrait les domaines de recherche académique. L’auteur aborde par la suite la problématique reliée aux ""Mesures de Protection Techniques"" et à la législation qui les encadre. En analysant les problèmes causés par ces mesures aux États-Unis, il présente leurs effets nuisibles pour les domaines fondamentaux de la liberté de parole et de la recherche académique. Les réformes possibles du régime canadien des droits d’auteur se situent dans une perspective plus ouverte du régime de protection et de promotion des œuvres canadiennes. Ces réformes auraient l’avantage de promouvoir et de protéger les œuvres canadiennes tout en évitant les problèmes causés par les mesures trop limitatives. À ce sujet, l’auteur propose l’établissement d’une bibliothèque digitale nationale, l’abrogation des droits d’auteur de la couronne et un nouveau régime permettant l’utilisation du matériel radiodiffusé de la Société Radio-Canada."

Social movements and environmentalism, a Luhmannian view

Depuis les années cinquante la sociologie a été concernée par le phénomène des mouvements sociaux. Diverses théories ont essayé de les expliquer. Du collective behaviour à la mobilisation des ressources, par l`entremise de processus politiques, et de la perspective de framing jusqu'à la théorie des nouveaux mouvements sociaux, la sociologie a trouvé certains moyens pour expliquer ces phénomènes. Bien que toutes ces perspectives couvrent et saisissent des facettes importantes des angles de l'action collective, ils le font de manière disparate, en regardant un côté et en omettant l'autre. Les différences entre les points de vue proviennent, d'une part, d'un changement dans les contextes sociaux, historiques et scientifiques, et d'autre part du fait que les différentes approches ne posent pas les mêmes questions, même si certaines questions se chevauchent. Poser des questions différentes amène à considérer des aspects différents. En conséquence, ce n'est pas seulement une question de donner une réponse différente à la même question, mais aussi une question de regarder le même objet d'étude, à partir d'un angle différent. Cette situation réside à la base de la première partie de ma thèse principale: le champ de la théorie des mouvements sociaux n'est pas suffisant, ni suffisamment intégré pour expliquer l'action collective et nous avons besoin d'une théorie plus complète afin d'obtenir une meilleure compréhension des mouvements et la façon dont ils remplissent leur rôle de précurseurs de changement dans la société. Par conséquent, je considère que nous avons besoin d'une théorie qui est en mesure d'examiner tous les aspects des mouvements en même temps et, en outre, est capable de regarder au-delà de la forme de l'objet d’étude afin de se concentrer sur l'objet lui-même. Cela m'amène à la deuxième partie de l'argument, qui est l'affirmation selon laquelle la théorie générale des systèmes telle que formulée par Niklas Luhmann peut contribuer à une meilleure compréhension de l'action collective. Il s'agit d'une théorie intégrale qui peut compléter le domaine de la théorie de l`action collective en nous fournissant les outils nécessaires pour rechercher dynamiquement les mouvements sociaux et de les comprendre dans le contexte social en perpétuel changement. Une analyse du mouvement environnementaliste sera utilisé pour montrer comment les outils fournis par cette théorie nous permettent de mieux comprendre non seulement les mouvements sociaux, mais également le contexte dans lequel ils fonctionnent, comment ils remplissent leur rôle, comment ils évoluent et comment ils changent aussi la société.

Une signature du polymorphisme structural d’acides ribonucléiques non-codants permettant de comparer leurs niveaux d’activités biochimiques

Des évidences expérimentales récentes indiquent que les ARN changent de structures au fil du temps, parfois très rapidement, et que ces changements sont nécessaires à leurs activités biochimiques. La structure de ces ARN est donc dynamique. Ces mêmes évidences notent également que les structures clés impliquées sont prédites par le logiciel de prédiction de structure secondaire MC-Fold. En comparant les prédictions de structures du logiciel MC-Fold, nous avons constaté un lien clair entre les structures presque optimales (en termes de stabilité prédites par ce logiciel) et les variations d’activités biochimiques conséquentes à des changements ponctuels dans la séquence. Nous avons comparé les séquences d’ARN du point de vue de leurs structures dynamiques afin d’investiguer la similarité de leurs fonctions biologiques. Ceci a nécessité une accélération notable du logiciel MC-Fold. L’approche algorithmique est décrite au chapitre 1. Au chapitre 2 nous classons les impacts de légères variations de séquences des microARN sur la fonction naturelle de ceux-ci. Au chapitre 3 nous identifions des fenêtres dans de longs ARN dont les structures dynamiques occupent possiblement des rôles dans les désordres du spectre autistique et dans la polarisation des œufs de certains batraciens (Xenopus spp.).

Multi-view 3D reconstruction using virtual cameras

Ce mémoire s'intéresse à la reconstruction d'un modèle 3D à partir de plusieurs images. Le modèle 3D est élaboré avec une représentation hiérarchique de voxels sous la forme d'un octree. Un cube englobant le modèle 3D est calculé à partir de la position des caméras. Ce cube contient les voxels et il définit la position de caméras virtuelles. Le modèle 3D est initialisé par une enveloppe convexe basée sur la couleur uniforme du fond des images. Cette enveloppe permet de creuser la périphérie du modèle 3D. Ensuite un coût pondéré est calculé pour évaluer la qualité de chaque voxel à faire partie de la surface de l'objet. Ce coût tient compte de la similarité des pixels provenant de chaque image associée à la caméra virtuelle. Finalement et pour chacune des caméras virtuelles, une surface est calculée basée sur le coût en utilisant la méthode de SGM. La méthode SGM tient compte du voisinage lors du calcul de profondeur et ce mémoire présente une variation de la méthode pour tenir compte des voxels précédemment exclus du modèle par l'étape d'initialisation ou de creusage par une autre surface. Par la suite, les surfaces calculées sont utilisées pour creuser et finaliser le modèle 3D. Ce mémoire présente une combinaison innovante d'étapes permettant de créer un modèle 3D basé sur un ensemble d'images existant ou encore sur une suite d'images capturées en série pouvant mener à la création d'un modèle 3D en temps réel.