Positionality and Comparisons: Critical Views on Qualitative Research across Asia

Ce cahier est basé sur la réflexion autobiographique de deux chercheuses ayant effectué des recherches qualitatives et ethnographiques, de 2008 à 2014, en Asie centrale et du Sud-­‐Est. Les expériences sur le terrain constituent des moyens de comparaisons dans le présent document. En mettant l’accent sur le positionnement sur le terrain, l’étude montre que, d’abord, il est essentiel de détenir une poste intermédiaire et de parler une langue locale afin de garantir un accès et de mener des activités de recherche sur le terrain. Deuxièmement, différentes régions prédéterminent des contextes culturels et politiques ponctuels qui, à leur tour, façonneraient la recherche en sciences sociales. Troisièmement, le fait d’être une femme présente à la fois des avantages et des inconvénients. Enfin, en termes de méthodologie, les stages et les entrevues se sont avérés des méthodes fiables pour la collecte des données empiriques sur les régions ci-­‐dessus mentionnées, sans pour autant permettre de bâtir la confiance.

The Development, Validation and Implementation of a Broad-Based ADME Genotyping Assay into Research and Clinical Trials

Afin d’adresser la variabilité interindividuelle observée dans la réponse pharmacocinétique à de nombreux médicaments, nous avons créé un panel de génotypage personnalisée en utilisant des méthodes de conception et d’élaboration d’essais uniques. Celles-ci ont pour but premier de capturer les variations génétiques présentent dans les gènes clés impliqués dans les processus d'absorption, de distribution, de métabolisme et d’excrétion (ADME) de nombreux agents thérapeutiques. Bien que ces gènes et voies de signalement sont impliqués dans plusieurs mécanismes pharmacocinétiques qui sont bien connues, il y a eu jusqu’à présent peu d'efforts envers l’évaluation simultanée d’un grand nombre de ces gènes moyennant un seul outil expérimental. La recherche pharmacogénomique peut être réalisée en utilisant deux approches: 1) les marqueurs fonctionnels peuvent être utilisés pour présélectionner ou stratifier les populations de patients en se basant sur des états métaboliques connus; 2) les marqueurs Tag peuvent être utilisés pour découvrir de nouvelles corrélations génotype-phénotype. Présentement, il existe un besoin pour un outil de recherche qui englobe un grand nombre de gènes ADME et variantes et dont le contenu est applicable à ces deux modèles d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé un panel d’essais de génotypage de 3,000 marqueurs génétiques ADME qui peuvent satisfaire ce besoin. Dans le cadre de ce projet, les gènes et marqueurs associés avec la famille ADME ont été sélectionnés en collaboration avec plusieurs groupes du milieu universitaire et de l'industrie pharmaceutique. Pendant trois phases de développement de cet essai de génotypage, le taux de conversion pour 3,000 marqueurs a été amélioré de 83% à 97,4% grâce à l'incorporation de nouvelles stratégies ayant pour but de surmonter les zones d'interférence génomiques comprenant entre autres les régions homologues et les polymorphismes sous-jacent les régions d’intérêt. La précision du panel de génotypage a été validée par l’évaluation de plus de 200 échantillons pour lesquelles les génotypes sont connus pour lesquels nous avons obtenu une concordance > 98%. De plus, une comparaison croisée entre nos données provenant de cet essai et des données obtenues par différentes plateformes technologiques déjà disponibles sur le marché a révélé une concordance globale de > 99,5%. L'efficacité de notre stratégie de conception ont été démontrées par l'utilisation réussie de cet essai dans le cadre de plusieurs projets de recherche où plus de 1,000 échantillons ont été testés. Nous avons entre autre évalué avec succès 150 échantillons hépatiques qui ont été largement caractérisés pour plusieurs phénotypes. Dans ces échantillons, nous avons pu valider 13 gènes ADME avec cis-eQTL précédemment rapportés et de découvrir et de 13 autres gènes ADME avec cis eQTLs qui n'avaient pas été observés en utilisant des méthodes standard. Enfin, à l'appui de ce travail, un outil logiciel a été développé, Opitimus Primer, pour aider pour aider au développement du test. Le logiciel a également été utilisé pour aider à l'enrichissement de cibles génomiques pour d'expériences séquençage. Le contenu ainsi que la conception, l’optimisation et la validation de notre panel le distingue largement de l’ensemble des essais commerciaux couramment disponibles sur le marché qui comprennent soit des marqueurs fonctionnels pour seulement un petit nombre de gènes, ou alors n’offre pas une couverture adéquate pour les gènes connus d’ADME. Nous pouvons ainsi conclure que l’essai que nous avons développé est et continuera certainement d’être un outil d’une grande utilité pour les futures études et essais cliniques dans le domaine de la pharmacocinétique, qui bénéficieraient de l'évaluation d'une longue liste complète de gènes d’ADME.

Frailty, an Emerging Research and Clinical Paradigm: Issues and Controversies

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Whither Pediatric Research and Predisposition Genetic Testing?

Research in which children undergo genetic testing for predisposition to adult-onset diseases or disorders can lead to a better understanding of these conditions. It can possibly also help encourage early detection and the development of clinical and preventive interventions for those found to be at increased hereditary risk. Increasingly, predisposition testing is becoming part of pediatric genetic research. However, the paucity of normative texts about the conduct of pediatric research using predisposition genetic testing generates complex legal and ethical issues. Drawing on the current texts that govern predisposition genetic testing in research and the norms of pediatric research, we outline points of consensus and divergence as well as recommendations regarding predisposition genetic testing in pediatric research.

Understanding deep architectures and the effect of unsupervised pre-training

Cette thèse porte sur une classe d'algorithmes d'apprentissage appelés architectures profondes. Il existe des résultats qui indiquent que les représentations peu profondes et locales ne sont pas suffisantes pour la modélisation des fonctions comportant plusieurs facteurs de variation. Nous sommes particulièrement intéressés par ce genre de données car nous espérons qu'un agent intelligent sera en mesure d'apprendre à les modéliser automatiquement; l'hypothèse est que les architectures profondes sont mieux adaptées pour les modéliser. Les travaux de Hinton (2006) furent une véritable percée, car l'idée d'utiliser un algorithme d'apprentissage non-supervisé, les machines de Boltzmann restreintes, pour l'initialisation des poids d'un réseau de neurones supervisé a été cruciale pour entraîner l'architecture profonde la plus populaire, soit les réseaux de neurones artificiels avec des poids totalement connectés. Cette idée a été reprise et reproduite avec succès dans plusieurs contextes et avec une variété de modèles. Dans le cadre de cette thèse, nous considérons les architectures profondes comme des biais inductifs. Ces biais sont représentés non seulement par les modèles eux-mêmes, mais aussi par les méthodes d'entraînement qui sont souvent utilisés en conjonction avec ceux-ci. Nous désirons définir les raisons pour lesquelles cette classe de fonctions généralise bien, les situations auxquelles ces fonctions pourront être appliquées, ainsi que les descriptions qualitatives de telles fonctions. L'objectif de cette thèse est d'obtenir une meilleure compréhension du succès des architectures profondes. Dans le premier article, nous testons la concordance entre nos intuitions---que les réseaux profonds sont nécessaires pour mieux apprendre avec des données comportant plusieurs facteurs de variation---et les résultats empiriques. Le second article est une étude approfondie de la question: pourquoi l'apprentissage non-supervisé aide à mieux généraliser dans un réseau profond? Nous explorons et évaluons plusieurs hypothèses tentant d'élucider le fonctionnement de ces modèles. Finalement, le troisième article cherche à définir de façon qualitative les fonctions modélisées par un réseau profond. Ces visualisations facilitent l'interprétation des représentations et invariances modélisées par une architecture profonde.

Multisite Research Ethics Review: Problems and Potential Solutions

Article

Could the Asian Crisis Have Been More Accurately Predicted? Improving and Early Warning System Model.

Rapport de recherche

Impact des services d'animation pédagogique de la Biosphère sur certaines conceptions d'élèves du deuxième cycle du primaire

L’enseignement des sciences est capital dès l’école primaire, mais est souvent délaissé. Les musées scientifiques peuvent palier à cette lacune en offrant des ressources éducatives concrètes, dont les programmes éducatifs. Cette recherche détermine l’impact d’une animation pédagogique de la Biosphère sur certaines conceptions d’élèves du deuxième cycle du primaire. La chercheuse a opté pour une recherche qualitative et la méthode choisie est l’étude de cas, de type exploratoire. Des élèves d’une classe ont participé à l’étude. Ils ont assisté à une visite muséale, insérée au sein d’une séquence didactique. À l’aide de plusieurs outils de collecte de données (questionnaires, entrevues et observations), la chercheuse a été en mesure d’identifier quatre niveaux de modification des conceptions d’élèves (évolution notable, une certaine évolution, stabilité des conceptions, confusion des conceptions). Enfin, elle suggère quelques pistes d’amélioration à la Biosphère afin de maximiser l’impact de la visite sur l’apprentissage des élèves.

Canadian Bioethics Research and Scholarship: A Need for Explicit Leadership and Support by Research Funders

La tribune de l'éditeur / Editor's Soapbox

L'effet de l'allongement de la durée des conventions collectives sur les relations du travail locales en entreprise

Cette recherche s’intéresse au phénomène qu’est l’allongement de la durée des conventions collectives. Avant juin 1994, la durée maximale d’une convention collective était fixée à trois ans. La venue de la mondialisation a chamboulé les entreprises qui, elles, pour s’adapter et survivre à cette nouvelle réalité et demeurer compétitives, ont dû procéder à des investissements majeurs, des restructurations, miser sur des relations de partenariat avec les syndicats, etc. (Boivin, 1998). Pour ce faire, elles devaient s’assurer d’obtenir une stabilité et une paix industrielle (Grant et Paquet, 1998). C’est à ce moment que nous avons vu l’apparition d’ententes qui visaient à prolonger la durée maximale des conventions collectives, fixées à trois ans, sans contrevenir aux différentes dispositions du Code du travail (L.R.Q. c.C-27). Ces « contrats sociaux » devaient compter différentes caractéristiques particulières. C’est le 10 mai 1994 que le législateur québécois a déplafonné la durée des conventions collectives (Mayer, 1999). Tel qu’établi, les transformations au niveau de l’environnement ont poussé les acteurs à revoir leurs façons de faire. Cela a mené à une déconflictualisation des relations du travail (Jalette, Bourque et Laroche, 2008). Les acteurs ont adopté des stratégies de négociation de plus en plus coopératives, ils ont eu un recours accru à la concertation, et ont développé une relation de partenariat (Maschino et coll., 2001). Nous observons en parallèle à une tendance à l’allongement de la durée des conventions collectives. Nous nous questionnons à savoir ce qui a principalement motivé autant les syndicats à négocier ce type d’entente et ainsi, renoncer à leur droit de grève, et aussi quels sont les avantages ou inconvénients pour les employeurs de négocier de telles ententes. De manière plus spécifique, notre question de recherche est la suivante : Quels sont les effets de l’allongement de la durée des conventions collectives sur les relations du travail locales en entreprise? Notre analyse vise à vérifier six propositions de recherche : 1- Les relations du travail sont transformées par la durée d’une convention collective de travail, laquelle est influencée par l’environnement. 2- L’allongement de la durée des conventions collectives de travail amène les parties à davantage recourir à des stratégies de négociation intégrative. 3- L’allongement de la durée des conventions collectives de travail contribue à diminuer le nombre de conflits de travail 4- L’allongement de la durée des conventions collectives de travail change la nature des manifestations du conflit sur le marché du travail. 5- L’allongement de la durée des conventions collectives transforme le contenu des conventions collectives de travail par l’intégration de clauses nouvelles. 6- L’allongement de la durée des CCT diminue le rapport de force du syndicat. Dans le but de répondre à ces différents questionnements, nous avons utilisé une méthodologie qualitative de recherche et plus précisément, l’étude de cas. Cette dernière fut conduite en trois étapes : la préparation, la collecte de données et l’interprétation (Merriam, 1998). Les données de notre étude ont été colligées durant l’été et l’automne 2010. Tout d’abord, nous avons effectué des entretiens semi structuré à l’aide d’une grille d’entrevue. Cette grille d’entrevue fut adaptée en fonction des acteurs rencontrés, et surtout de la partie qu’ils représentent. Nous avons interrogé les acteurs tant patronaux que syndicaux, c’est-à-dire : du côté patronal, nous avons rencontré les responsables des relations du travail oeuvrant au siège social ainsi que les conseillers en relations du travail en charge de négocier ou d’appliquer la convention collective des différents établissements couverts par l’étude. Du côté syndical, nous avons rencontré les conseillers syndicaux en charge également de négocier la convention collective et de veiller à son application. Au total, nous avons mené onze entretiens. En guise de comparaison, nous avons aussi procédé à une analyse de contenu de 139 conventions collectives du secteur de l’alimentation. Nous cherchions à savoir si les conventions collectives de longue durée avaient tendance à comporter majoritairement une plus grande présence de clauses en lien avec les 7 caractéristiques des « contrats sociaux » mentionnées par Mayer (1999). Ces caractéristiques sont les suivantes : transparence économique et de gestion, participation à la gestion, programme de qualité totale, formation, flexibilité dans l’organisation du travail, stabilité de l’emploi et mécanismes de gestion de l’entente. Mots clés : allongement, durée, conventions collectives, relations du travail, loi 116, déplafonnement des conventions collectives, NBI et concertation.

Engaging Ethical Issues Associated with Research and Public Health Interventions During Humanitarian Crises: Review of a Dialogic Workshop

Compte-rendu / Review