La danse des fantômes à la cour Suprême du Canada: les droits autochtones pendant le premier quart de siècle de l'article 35 de la loi constitutionnelle, 1982

Titre de la page de titre additionnel: Ghost dancing at the Supreme Court of Canada : indigenous rights during the First quarter century of s.35.of Canada's Constitution Act, 1982.

Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique

La bio-informatique est un champ pluridisciplinaire qui utilise la biologie, l’informatique, la physique et les mathématiques pour résoudre des problèmes posés par la biologie. L’une des thématiques de la bio-informatique est l’analyse des séquences génomiques et la prédiction de gènes d’ARN non codants. Les ARN non codants sont des molécules d’ARN qui sont transcrites mais pas traduites en protéine et qui ont une fonction dans la cellule. Trouver des gènes d’ARN non codants par des techniques de biochimie et de biologie moléculaire est assez difficile et relativement coûteux. Ainsi, la prédiction des gènes d’ARNnc par des méthodes bio-informatiques est un enjeu important. Cette recherche décrit un travail d’analyse informatique pour chercher des nouveaux ARNnc chez le pathogène Candida albicans et d’une validation expérimentale. Nous avons utilisé comme stratégie une analyse informatique combinant plusieurs logiciels d’identification d’ARNnc. Nous avons validé un sous-ensemble des prédictions informatiques avec une expérience de puces à ADN couvrant 1979 régions du génome. Grace à cette expérience nous avons identifié 62 nouveaux transcrits chez Candida albicans. Ce travail aussi permit le développement d’une méthode d’analyse pour des puces à ADN de type tiling array. Ce travail présente également une tentation d’améliorer de la prédiction d’ARNnc avec une méthode se basant sur la recherche de motifs d’ARN dans les séquences.

Du littéraire sans littérature : la logique de la parole dans l’œuvre de Pierre Perrault

Ce mémoire prend comme point de départ le paradoxe central qui marque l’écriture de Pierre Perrault : le fait qu’en dehors de son travail cinématographique, il écrit des textes littéraires alors qu’il refuse à la fois le statut d’écrivain et la catégorie même de « littérature ». L’analyse du discours des poèmes du recueil Gélivures et des essais du recueil De la parole aux actes permet de montrer que Perrault arrive, grâce à tout un imaginaire de la parole, à écrire en se dégageant symboliquement de la littérature, dont il critique la volonté de conquête. Ce mémoire fait appel à une critique où la réflexion sur la langue joue un grand rôle, à la croisée de l’histoire et du social. Le premier chapitre traite de ce que signifie la parole chez Perrault et de ce qu’elle implique. Sont abordés en particulier le champ sémantique qui entoure ce motif omniprésent dans son œuvre ainsi que les rapprochements métaphoriques entre parole, mémoire et identités. Le deuxième chapitre porte sur les manifestations plus directes de la parole, soit le don que fait Perrault de la parole à travers son œuvre. Sont étudiés l’intertextualité, la mise en page et le travail de la citation. La volonté de prise de parole de Perrault lui-même est étudiée au dernier chapitre. Son écriture est alors envisagée comme un combat pour la défense d’une parole qui est d’ailleurs étroitement liée à sa quête identitaire, laquelle inspire un style foncièrement polémique et la recherche d’une énonciation qu’on pourrait qualifier de performative.

Camp et Forêt suivi de Quatre objets de mémoire

Camp met en présence un officier nazi et ses Juifs : une petite fille s’appuyant sur sa vie d’avant afin de survivre dans sa vie d’après, une jeune femme d’une cinglante liberté intérieure et un groupe de prisonniers, la masse grise. Ce récit se déroule en quelques jours dans un camp d’extermination, en Pologne. Il y est question d’un projet insensé, imaginé et mis en œuvre par le Nazi dont le discours s’apparente à de confuses et dérisoires logorrhées. La recherche d’une humanité déniée, à la base du dévoilement de l’individualité des personnages (prisonniers), émane de la grâce, de l’authenticité et de la force vitale de la protagoniste, la petite fille, tendue vers son plan-de-quand-même-vie. Forêt, écrit en parallèle, puis à la fin de Camp, n’est pas sa suite, mais l’est aussi… Court récit poétique, il raconte la traversée d’une forêt par une femme à la recherche de ses édens. Le lieu, interpellé et très souvent conspué pour ce qu’il est devenu, devient un actant. Forêt, se servant de ses restes mythiques, contraint le pas-à-pas de la femme, perdue d’avance. L’essai, Quatre objets de mémoire, porte sur l’appropriation et la transmission de la mémoire de la Shoah, à partir de restes, de détails, de petits riens, perçus ici comme d’imaginables traces. J’interroge les signes singuliers d’improbables objets (feuillets administratifs du Troisième Reich, clichés fragmentaires d’Auschwitz-Birkenau et photographies de ses bois et de ses latrines) afin d’y débusquer de petits morceaux du caché, du secret et de l’innommable de la Solution finale. L’affect ressenti en présence de ces objets, par ce que je nomme, le nécessaire abandon, y est analysé dans le dessein d’en saisir leurs douleurs et de les rendre miennes. L’œuvre de l’artiste de la photo, Marie-Jeanne Musiol, sur Auschwitz-Birkenau, est à la base de ce désir de mémoire pérenne.

Le bon air et la bonne grâce : attitudes et gestes de la figure noble dans l’art européen (1661-1789)

Cette thèse porte sur les gestes et attitudes qui ont caractérisé la figure aristocratique dans l’art européen entre 1661 et 1789. Cet intervalle correspond à la durée de vie d’un paradigme corporel noble appelé « le bon air et la bonne grâce », de son élaboration à la cour de Louis XIV et de sa diffusion hégémonique en Europe, jusqu’à son rejet définitif à la Révolution française. La société d’Ancien Régime a déployé tout un arsenal de moyens (exercices, instruments orthopédiques,…) pour intérioriser une grâce qui devait paraître innée et prouver la noblesse. Le maître à danser détenait le monopole de l’inculcation de cette grâce et de son élaboration suivant des critères hautement esthétiques. Les gestes et positions inventoriés ici, sont décrits et associés à leurs connotations d’origine, montrant qu’une connaissance approfondie et minutieuse de la gestuelle peut affiner notre compréhension d’un large pan de l’art des XVIIe et XVIIIe siècles. L’auteur démontre que cette hexis corporelle contemporaine transcende tous les domaines concernés par le corps noble (éducation, théâtre, danse, opéra, arts martiaux, etc.) et en vient à infiltrer la majorité des genres picturaux, bousculant les traditions artistiques déjà en place et s’affichant comme une alternative moderne à la grâce des Anciens. Le portrait, la gravure de mode, les figurines de porcelaine, les vues de villes et de jardins sont les plus touchés par ce phénomène. La bonne grâce s’affirme ainsi dans une culture visuelle qui, par ricochet, en vient à renforcer les pratiques sociales dont elle était le reflet. Cet aller-retour des attitudes aristocratiques entre l’art et la vie occasionne la standardisation de la figure et du corps aristocratiques. Dans la pastorale, la peinture d’histoire et la scène de genre, l’idéal aristocratique se manifeste, tantôt en négatif dans la figure du paysan, du Pierrot et de l’Arlequin, tantôt de manière idéalisée dans celles du berger et du héros galants. La substitution de gestes emphatiques et d’expressions faciales explicites par une gestuelle fondée sur la retenue et la dissimulation des passions, fondera une nouvelle historia moins lisible que la traditionnelle, mais plus subtile et insinuée, répondant ainsi mieux au goût et à la sensibilité aristocratique.

Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.

New insights into small molecules inhibitors and protein-protein interactions of VirB8 : a critical conserved component of the type IV secretion system.

Les systèmes bactériens de sécrétion de type IV (T4SS) sont constitués d’un ensemble de 8 à 12 protéines conservées. Ces dernières sont utilisées lors de la translocation de protéines, la translocation de complexes ADN-protéines mais aussi pour le transport de ces derniers au travers de la membrane cellulaire. Les T4SS, en tant que facteurs de virulence pour beaucoup de pathogènes comme Brucella suis, sont donc d’excellents modèles cibles pour le développement de médicaments d’antivirulence. Ces médicaments, en privant le pathogène de son facteur essentiel de virulence : le T4SS, constituent une alternative ou encore une amélioration des traitements antibiotiques utilisés actuellement. VirB8, un facteur d’assemblage conservé dans le T4SS, forme des dimères qui sont importants pour la fonction des T4SS dans ces pathogènes. De par ses interactions multiples, VirB8 est un excellent modèle pour l’analyse des facteurs d’assemblage mais aussi en tant que cible de médicaments qui empêcheraient son interaction avec d’autres protéines et qui, in fine, désarmeraient les bactéries en les privant de leur fonctions essentielles de virulence. À ce jour, nous savons qu’il existe un équilibre monomère-dimère et un processus d’homodimerization de VirB8 dont l’importance est vitale pour la fonctionnement biologique des T4SSs. En se basant sur des essais quantitatifs d’interaction, nous avons identifié (i) des sites potentiels d’interaction avec d’autres protéines VirB du T4SS mais aussi (ii) isolé des petites molécules inhibitrices afin de tester la fonction protéique de VirB8. Afin de déterminer les acides aminés importants pour l’hétérodimérization de VirB8 avec VirB10, nous avons effectué des expériences de mutagenèse aléatoire, de phage display et d’arrimage moléculaire in silico. Ces expériences ont démontré l’importance de trois acides aminés localisés sur le feuillet β : R160, S162, T164 et I165. Ces derniers seraient importants pour l’association de VirB8 avec VirB10 étant donné que leur mutagenèse entraine une diminution de la formation du complexe VirB8-VirB10. L’objectif actuel de notre projet de recherche est de pouvoir mieux comprendre mais aussi d’évaluer le rôle de VirB8 dans l’assemblage du T4SS. Grace à un méthode de criblage adaptée à partir de la structure de VirB8, nous avons pu identifié une petite molécule inhibitrice BAR-068, qui aurait un rôle prometteur dans l’inhibition du T4SS. Nous avons utilisé la spectroscopie par fluorescence, l’essai à deux hybrides, le cross-linking et la cristallographie afin de déterminer le mécanisme d'interaction existant entre VirB8 et BAR-068. Ces travaux pourraient permettre de nombreuses avancées, notamment en termes de compréhension des mécanismes d’inhibition du T4SS. Notre objectif ultime est de pouvoir caractériser la séquence d’évènements essentiels à l’assemblage et au fonctionnement du T4SS. De manière globale, notre projet de recherche permettrait de révéler les grands principes d’assemblage des protéines membranaires, les processus de sécrétion de protéines chez les bactéries mais aussi de proposer une nouvelle stratégie lors du développement de drogues antimicrobiennes.