New insights into the substrate specificities of microbial transglutaminase: a biocatalytic perspective

La transglutaminase microbienne (Microbial transglutaminase : MTG) est fortement exploitée dans l’industrie textile et alimentaire afin de modifier l’apparence et la texture de divers produits. Elle catalyse la formation de liaisons iso-peptidiques entre des protéines par l’entremise d’une réaction de transfert d’acyle entre le groupement γ-carboxamide d’une glutamine provenant d’un substrat donneur d’acyle, et le groupement ε-amino d’une lysine provenant d’un substrat accepteur d’acyle. La MTG est tolérante à un large éventail de conditions réactionnelles, ce qui rend propice le développement de cette enzyme en tant que biocatalyseur. Ayant pour but le développement de la MTG en tant qu’alternative plus soutenable à la synthèse d’amides, nous avons étudié la réactivité d’une gamme de substrats donneurs et accepteurs non-naturels. Des composés chimiquement diversifiés, de faible masse moléculaire, ont été testés en tant que substrats accepteurs alternatifs. Il fut démontré que la MTG accepte une large gamme de composés à cet effet. Nous avons démontré, pour la première fois, que des acides aminés non-ramifiés et courts, tels la glycine, peuvent servir de substrat accepteur. Les α-acides aminés estérifiés Thr, Ser, Cys et Trp, mais pas Ile, sont également réactifs. En étendant la recherche à des composés non-naturels, il fut observé qu’un cycle aromatique est bénéfique pour la réactivité, bien que les substituants réduisent l’activité. Fait notable, des amines de faible masse moléculaire, portant les groupements de forte densité électronique azidure ou alcyne, sont très réactives. La MTG catalyse donc efficacement la modification de peptides qui pourront ensuite être modifiés ou marqués par la chimie ‘click’. Ainsi, la MTG accepte une variété de substrats accepteurs naturels et non-naturels, élargissant la portée de modification des peptides contenant la glutamine. Afin de sonder le potentiel biocatalytique de la MTG par rapport aux substrats donneurs, des analogues plus petits du peptide modèle Z-Gln-Gly furent testés; aucun n’a réagi. Nous avons toutefois démontré, pour la première fois, la faible réactivité d’esters en tant que substrats donneurs de la MTG. L’éventuelle amélioration de cette réactivité permettrait de faire de la MTG un biocatalyseur plus général pour la synthèse d’amides. Mots clés: Lien amide, biocatalyse, biotransformation, transglutaminase, arrimage moléculaire, criblage de substrats, ingénierie de substrats.

Literary meals in Canada : the Food/books of Austin Clarke, Hiromi Goto, Tessa McWatt and Fred Wah

Literary Meals in Canada étudie Pig Tails ’n Breadfruit d'Austin Clarke, Chorus of Mushrooms et The Kappa Child de Hiromi Goto, This Body de Tessa McWatt, ainsi que Diamond Grill de Fred Wah. Cette thèse entreprend d’établir la signification de la nourriture dans ces récits, ce qu'elle permet aux auteur(e)s d'exprimer par rapport à divers thématiques—les structures sociales, la culture, le langage, ou encore la subjectivité—et comment ils/elles établissent des connexions entre elles, et quelles conclusions ils/elles en tirent. En d'autres termes, cette thèse s'interroge sur les stratégies utilisées par ces auteur(e)s lorsqu'ils écrivent de la “nourritéra-ture.” Ma lecture de ces oeuvres est aussi ancrée au sein d'une conversation sur la nourriture au sens large: que ce soit dans les cercles académiques, dans les supermarchés, par l'intermédiaire des étiquettes, ou dans les médias. J'examine comment mon corpus littéraire répond, infirme, ou confirme les discours actuels sur la nourriture. Divisé en quatre chapitres—Production, Approvisionnement, Préparation, et Consommation—ce mémoire précise la signification du “literary supermarket” de Rachel Bowlby, en s'appuyant sur les travaux de Michael Pollan et Hiromi Goto; compare la haute cuisine d'Escoffier à la “hot-cuisine” d'Austin Clarke; recherche les connections entre l’acte de faire la cuisine et celui de l’écrire chez Luce Giard, Austin Clarke, et Fred Wah; confronte les préceptes d'Emily Post concernant les bonnes manières de la table à la cacophonie et aux bruits de mastication chez Hiromi Goto; et relie Tessa McWatt et Elspeth Probyn qui partagent, toutes deux, un intérêt et une approche à la sustentation des corps. Les textes qui composent ce corpus sont des “foodbooks” (“aliment-textes”). La nourriture, et les différentes activités qui y sont associées, y est transcrite. C’est pourquoi cette thèse accorde une grande importance aux particularités de ce moyen d'expression.