Parent-youth associations of physical activity and the influence of family and neighbourhood social factors

Objectif: Examiner le lien entre la participation des parents aux activités physiques (AP) de leur enfant et les habitudes de vie et le statut pondéral de ces derniers. Méthode: Les données proviennent de l’Enquête Sociale et Santé des Enfants et des Adolescent Québécois (1999), comprenant des échantillons représentatifs de jeunes de 9, 13 et 16 ans (n=2511). L’implication des parents est définie par aucun, 1 seul, ou 2 parents faisant de l’AP avec leur enfant ≥1/semaine. Un rappel 7 jours a servi à classer les jeunes selon leur niveau d’AP, soit faible, modéré ou élevé. Le temps d’écran a été défini par: ≤14 vs. >14 heures/semaine. Le statut pondéral a été défini selon les critères de Cole. Résultats: Lorsque les deux parents participent aux AP du jeune, le niveau d’AP des adolescents de 13 (OR 3.89, IC 95%: 1.85-8.18) et 16 ans (OR 3.45, IC 95%: 1.32-9.01) est davantage élevé, et le temps d’écran moindre (OR 2.36, IC 95%: 1.30-4.25) chez ceux de 13 ans. Des analyses secondaires montrent que le lien entre l’implication des parents et le niveau d’AP des jeunes est présent chez les familles biparentales seulement; le lien avec le temps d’écran est présent dans les quartiers sécuritaires seulement. Aucune association n’est observée pour le statut pondéral. Conclusion: Les stratégies de promotion de la santé ciblant la participation des parents aux AP de leurs enfants pourraient réduire le fardeau des maladies chroniques, étant donné l’association favorable entre leur implication et les habitudes de vie des jeunes.

The relationship between parental practices and suicidal behaviors in Québec adolescents

Sommaire Cette thèse examine les liens entre la présence de risques suicidaires chez les adolescents et leur perception des pratiques de chacun de leurs parents. L’étude a examiné l’association entre le comportement suicidaire et différents aspects des pratiques parentales incluant l’affection, l’exercice du contrôle comportemental et psychologique ainsi que les conflits entre parent et adolescents. La thèse a également examiné l’effet du statut matrimonial des parents sur le comportement suicidaire chez les jeunes. Le dernier objectif de l’étude a été d’explorer le rôle du sexe de l’adolescent comme facteur de vulnérabilité face au suicide. L’échantillon de l’étude était composé 1096 adolescents Montréalais, âgés de 11 à 18 ans. L’échantillon était également réparti entre filles et garçons, fréquentant deux écoles secondaires de la région de Montréal, dans la province du Québec au Canada. Il y avait deux groupes à l’étude : le groupe suicidaire et le groupe non-suicidaire. Le premier groupe incluait les sujets présentant des idéations suicidaires et ceux ayant fait une ou plusieurs tentatives de suicide. Un questionnaire auto-rapporté fut administré à chaque sujet pour évaluer les dimensions suivantes auprès de la mère et du père : le niveau de proximité affective, le niveau de supervision parentale, le contrôle comportemental et le contrôle psychologique, la tolérance à l’égard des amis, ainsi que la fréquence et l’impact émotionnel des conflits. Une échelle a également évalué la présence éventuelle de comportements suicidaires chez les jeunes. Dans le but de tester l’hypothèse de base de l’étude, une série d’analyses descriptives et une MANCOVA ont été réalisées. L’hypothèse générale de la thèse postulant que les adolescents ayant des risques suicidaires présenteraient des relations plus problématiques avec leurs parents fut confirmée. En contrôlant l’effet de la détresse psychologique des adolescents, les analyses ont mené à la conclusion que, dans les familles biparentales, un faible niveau de proximité affective avec la mère, une fréquence plus élevée de conflits avec la mère, un excès du contrôle psychologique et un plus faible niveau de supervision maternelle, présentaient des liens significatifs avec le comportement suicidaire chez les adolescents. Indépendamment de la structure familiale, les caractéristiques suivantes du père étaient respectivement perçues par l’adolescent comme ayant des liens significatifs avec le comportement suicidaire des adolescents: faible proximité affective, impact émotionnel et fréquence élevée des conflits ainsi que le manque de supervision. Ces résultats ont été interprétés à la lumière des théories de la socialisation qui mettent l’accent sur le rôle central de la qualité des liens affectifs entre parents et adolescents, comme facteur de protection contre les risques suicidaires. Les résultats ont aussi révélé que les filles adolescentes sont plus exposées aux risques suicidaires tels que tentatives et idéations suicidaires. Les conclusions de cette étude soulignent le besoin urgent de recherches plus poussées sur le comportement suicidaire des adolescents et leurs liens avec les facteurs familiaux, en tenant compte du statut matrimonial des parents. La thèse met également l’accent sur la nécessité de mettre en place des programmes de prévention auprès des adolescents présentant des risques suicidaires élevés.

Influences des structures familiales sur les connaissances et comportements de prévention du VIH/SIDA chez les adolescents et les jeunes au Cameroun

En dépit de nombreuses interventions en santé reproductive en Afrique subsaharienne, la trilogie « IST/VIH/SIDA - grossesses précoces - avortements » persiste à des niveaux très élevés par rapport aux autres parties du monde. Cela indique que les nombreuses interventions en santé reproductive auprès des adolescents et des jeunes ont enregistré peu de succès en ce qui concerne le changement des comportements sexuels. Ces interventions se focalisent souvent sur l’individu, et négligent les environnements sociaux et culturels dans lesquels se forge le vécu de la sexualité chez les jeunes. Un de ces agents de socialisation est la famille, où les individus naissent, grandissent, et sont socialisés selon les valeurs et normes en vigueur. Fort de ce constat, l’objectif principal de la présente thèse est de resituer l’environnement familial au cœur des débats en santé reproductive chez les adolescents et les jeunes en Afrique subsaharienne. Trois questions spécifiques sont examinées dans cette thèse. Premièrement, elle aborde les associations entre les structures familiales et l’entrée en sexualité. Deuxièmement, elle analyse leurs influences sur les connaissances des modes de transmission et des moyens de prévention du VIH/SIDA. Troisièmement, elle cherche à déterminer les forces potentielles dans les familles dites « à risque » (ayant au plus un parent biologique) à partir de la théorie de résilience selon laquelle des facteurs familiaux et contextuels peuvent atténuer les comportements sexuels à risque chez les adolescents et jeunes. Cette thèse démontre substantiellement que vivre avec ses deux parents biologiques, la nature des relations entre parents/tuteurs et le jeune et un niveau élevé du contrôle parental sont significativement associés à de faibles risques des rapports sexuels prémaritaux. Par contre, les unions polygamiques, un statut socioéconomique élevé du ménage, et le fait d’être orphelin augmentent significativement le risque de rapports sexuels prémaritaux. L’étude démontre aussi que l’environnement familial et la communication sur la sexualité, aussi bien avec les parents/tuteurs qu’avec les pairs, jouent un rôle fondamental dans l’acquisition des connaissances correctes des modes de transmission et de prévention du VIH/SIDA. Néanmoins, le rôle des parents/tuteurs sur l’acquisition des connaissances sur le VIH/SIDA s’avère indirect puisqu’elle repose sur une hypothèse implicite. Seule une mesure directe des connaissances des parents sur les modes de transmission et les moyens de prévention peut mieux rendre compte de cette association. Les résultats obtenus à partir de la théorie de résilience indiquent, dans chaque type de familles, que la qualité des relations entre les parents/tuteurs et le jeune est significativement associée à une faible probabilité de comportement sexuel à risque, défini comme étant la cooccurrence de plusieurs partenaires sexuels au cours de 12 derniers mois et de non-utilisation du condom. Par contre, le contrôle parental est associé à une faible probabilité de comportement sexuel à risque seulement dans les familles à deux parents biologiques. Ce résultat suggère que l’influence du contrôle parental baisse une fois que les jeunes ont eu une expérience sexuelle. Les interventions en santé reproductive devraient promouvoir chez les parents/tuteurs les facteurs familiaux susceptibles de réduire les comportements sexuels à risque.

Dieu, le capitalisme et le développement local : conflits sociaux et enracinement territorial : étude monographique d'un village québécois

Inscrite dans la tradition monographique en sociologie et en anthropologie, cette thèse prend pour objet la diversité des pratiques et des idéologies caractéristiques des différents types de populations rurales distingués en fonction de l'enracinement territorial, afin d'apporter un nouvel éclairage sur les conflits sociaux actuels dans tous les milieux ruraux québécois qui surgissent notamment de l'accroissement du nombre des néo-ruraux dont les visions du monde s'opposent à celles des agriculteurs, dont le nombre diminue sans cesse. Prenant un village comme observatoire, il s'agit de rendre compte du mouvement totalisant de l'expérience de la vie en société à la fois dans ses dimensions « matérielles » et « symboliques ». L'étude des principales formes de vie sociale (religieuse, économique et politique) se fait grâce à des méthodes diversifiées: l'observation participante, l'analyse statistique, l'analyse du discours, le travail sur les archives municipales et l'histoire orale. L'analyse des différentes formes de vie sociale montre que leur organisation est structurée par deux principaux modèles. Le modèle public et communautaire comprend les personnes qui valorisent l'implication de l'État et des professionnels dans la gestion collective de la redistribution des richesses et dans le développement des milieux ruraux. Ces personnes occupent une position économique « marginale » à l'intérieur de la localité et sont plus près des milieux urbains tant par leurs positions que par leurs visions du monde. Quant au modèle privé et familial, il comprend les personnes défendant le rôle prépondérant des réseaux familiaux dans le développement local et la fermeture de la localité face à la concurrence des marchés extérieurs et aux interventions politiques exogènes. Les représentants de ce modèle occupent une position économique locale dominante, mais se sentent de plus en plus dominés politiquement face aux interventions extérieures des représentants politiques régionaux et des professionnels ainsi qu'économiquement à l'échelle mondiale où ils occupent une position dominée. Les oppositions sous-jacentes à ces deux modèles s'inscrivent dans une histoire ancienne qui met en scène d'une part les élites traditionnelles liées à l'Église et les notables francophones scolarisées et d'autre part les élites industrielles et commerciales qui succèdent aux anglophones dès les années 1920. Le sens et le contenu des modèles varient légèrement avec les transformations récentes de la structure familiale et la régionalisation des pouvoirs politiques et religieux.

Individual and social determinants of multiple chronic disease behavioural risk factors in Canadian children and adolescents

Contexte: Les facteurs de risque comportementaux, notamment l’inactivité physique, le comportement sédentaire, le tabagisme, la consommation d’alcool et le surpoids sont les principales causes modifiables de maladies chroniques telles que le cancer, les maladies cardiovasculaires et le diabète. Ces facteurs de risque se manifestent également de façon concomitante chez l’individu et entraînent des risques accrus de morbidité et de mortalité. Bien que les facteurs de risque comportementaux aient été largement étudiés, la distribution, les patrons d’agrégation et les déterminants de multiples facteurs de risque comportementaux sont peu connus, surtout chez les enfants et les adolescents. Objectifs: Cette thèse vise 1) à décrire la prévalence et les patrons d’agrégation de multiples facteurs de risque comportementaux des maladies chroniques chez les enfants et adolescents canadiens; 2) à explorer les corrélats individuels, sociaux et scolaires de multiples facteurs de risque comportementaux chez les enfants et adolescents canadiens; et 3) à évaluer, selon le modèle conceptuel de l’étude, l’influence longitudinale d’un ensemble de variables distales (c’est-à-dire des variables situées à une distance intermédiaire des comportements à risque) de type individuel (estime de soi, sentiment de réussite), social (relations sociales, comportements des parents/pairs) et scolaire (engagement collectif à la réussite, compréhension des règles), ainsi que de variables ultimes (c’est-à-dire des variables situées à une distance éloignée des comportements à risque) de type individuel (traits de personnalité, caractéristiques démographiques), social (caractéristiques socio-économiques des parents) et scolaire (type d’école, environnement favorable, climat disciplinaire) sur le taux d’occurrence de multiples facteurs de risque comportementaux chez les enfants et adolescents canadiens. Méthodes: Des données transversales (n = 4724) à partir du cycle 4 (2000-2001) de l’Enquête longitudinale nationale sur les enfants et les jeunes (ELNEJ) ont été utilisées pour décrire la prévalence et les patrons d’agrégation de multiples facteurs de risque comportementaux chez les jeunes canadiens âgés de 10-17 ans. L’agrégation des facteurs de risque a été examinée en utilisant une méthode du ratio de cas observés sur les cas attendus. La régression logistique ordinale a été utilisée pour explorer les corrélats de multiples facteurs de risque comportementaux dans un échantillon transversal (n = 1747) de jeunes canadiens âgés de 10-15 ans du cycle 4 (2000-2001) de l’ELNEJ. Des données prospectives (n = 1135) à partir des cycle 4 (2000-2001), cycle 5 (2002-2003) et cycle 6 (2004-2005) de l’ELNEJ ont été utilisées pour évaluer l’influence longitudinale des variables distales et ultimes (tel que décrit ci-haut dans les objectifs) sur le taux d’occurrence de multiples facteurs de risque comportementaux chez les jeunes canadiens âgés de 10-15 ans; cette analyse a été effectuée à l’aide des modèles de Poisson longitudinaux. Résultats: Soixante-cinq pour cent des jeunes canadiens ont rapporté avoir deux ou plus de facteurs de risque comportementaux, comparativement à seulement 10% des jeunes avec aucun facteur de risque. Les facteurs de risque comportementaux se sont agrégés en de multiples combinaisons. Plus précisément, l’occurrence simultanée des cinq facteurs de risque était 120% plus élevée chez les garçons (ratio observé/attendu (O/E) = 2.20, intervalle de confiance (IC) 95%: 1.31-3.09) et 94% plus élevée chez les filles (ratio O/E = 1.94, IC 95%: 1.24-2.64) qu’attendu. L’âge (rapport de cotes (RC) = 1.95, IC 95%: 1.21-3.13), ayant un parent fumeur (RC = 1.49, IC 95%: 1.09-2.03), ayant rapporté que la majorité/tous de ses pairs consommaient du tabac (RC = 7.31, IC 95%: 4.00-13.35) ou buvaient de l’alcool (RC = 3.77, IC 95%: 2.18-6.53), et vivant dans une famille monoparentale (RC = 1.94, IC 95%: 1.31-2.88) ont été positivement associés aux multiples comportements à risque. Les jeunes ayant une forte estime de soi (RC = 0.92, IC 95%: 0.85-0.99) ainsi que les jeunes dont un des parents avait un niveau d’éducation postsecondaire (RC = 0.58, IC 95%: 0.41-0.82) étaient moins susceptibles d’avoir de multiples facteurs de risque comportementaux. Enfin, les variables de type social distal (tabagisme des parents et des pairs, consommation d’alcool par les pairs) (Log du rapport de vraisemblance (LLR) = 187.86, degrés de liberté = 8, P < 0,001) et individuel distal (estime de soi) (LLR = 76.94, degrés de liberté = 4, P < 0,001) ont significativement influencé le taux d’occurrence de multiples facteurs de risque comportementaux. Les variables de type individuel ultime (âge, sexe, anxiété) et social ultime (niveau d’éducation du parent, revenu du ménage, structure de la famille) ont eu une influence moins prononcée sur le taux de cooccurrence des facteurs de risque comportementaux chez les jeunes. Conclusion: Les résultats suggèrent que les interventions de santé publique devraient principalement cibler les déterminants de type individuel distal (tel que l’estime de soi) ainsi que social distal (tels que le tabagisme des parents et des pairs et la consommation d’alcool par les pairs) pour prévenir et/ou réduire l’occurrence de multiples facteurs de risque comportementaux chez les enfants et les adolescents. Cependant, puisque les variables de type distal (telles que les caractéristiques psychosociales des jeunes et comportements des parents/pairs) peuvent être influencées par des variables de type ultime (telles que les caractéristiques démographiques et socioéconomiques), les programmes et politiques de prévention devraient également viser à améliorer les conditions socioéconomiques des jeunes, particulièrement celles des enfants et des adolescents des familles les plus démunies.

La réalisation des devoirs par les enfants québécois de la 6e année du primaire : variations de la participation parentale selon les caractéristiques familiales, personnelles et scolaires des enfants

Plusieurs recherches traitent de la thématique des devoirs et de son importance dans la scolarisation des enfants. En particulier, des études portent sur l’impact de la participation parentale dans l’aide aux devoirs sur le rendement scolaire des enfants. Cependant, les conclusions de ces études sont souvent contradictoires (Pattal, Cooper et Robinson, 2008). Compte tenu de la difficulté à démontrer l’existence d’une relation positive entre la participation parentale à la réalisation des devoirs à la maison et le rendement scolaire, il apparaît important de mieux comprendre le phénomène de la participation parentale. En ce sens, selon certains chercheurs, la variation de l’effet de la participation parentale sur le rendement scolaire serait due principalement à certaines caractéristiques familiales, personnelles et scolaires de l’enfant. Dans ce contexte, et pour une meilleure compréhension des facteurs associés à la participation parentale, notre étude examine la participation parentale à la réalisation des devoirs à la maison en tenant compte des caractéristiques familiales, personnelles et scolaires des enfants du primaire En premier lieu, la situation de la réalisation des devoirs à la maison est traitée et la participation parentale aux devoirs est analysée en fonction de sa fréquence, de sa durée et du climat relationnel entre l’enfant et le parent lors de ces activités à la maison. En second lieu, la participation des parents à la réalisation des devoirs est examinée en relation avec les caractéristiques familiales (scolarité des parents, revenu et structure de la famille), les caractéristiques personnelles de l’enfant (genre et rendement) et les exigences des enseignants à l’égard des devoirs. Cette recherche utilise une base de données constituée lors de deux enquêtes par questionnaire. La première concerne 192 écoles et 457 enseignants, la deuxième est menée dans 51 écoles auprès de 49 enseignants, 848 élèves de la 6e année du primaire et 521 parents. À l’aide d’analyses descriptives et inférentielles, il est possible de rendre compte des conditions de la participation parentale aux devoirs chez les élèves du primaire et d’identifier les variables familiales, personnelles et scolaires associées à la participation parentale à la réalisation des devoirs de leur enfant. Les résultats de cette étude confirment que la participation des parents à la réalisation des devoirs pourrait varier en fonction des caractéristiques familiales de l’enfant au primaire. De plus, ils montrent que le rendement scolaire de l’enfant est un facteur important à considérer pour juger de la participation parentale aux devoirs.

Exploring food choice as social practice : appreciating the context of family feeding in Kahnawake, Québec, Canada

De nous jours, les modèles se référant aux comportements individuels représentent la pensée dominante pour comprendre les choix alimentaires dans le domaine de la nutrition en santé publique. Ces modèles conceptualisent les choix alimentaires comme un comportement de consommation décidé de façon rationnelle par des individus, en réponse aux multiples déterminants personnels et environnementaux. Même si ces modèles sont utiles pour décrire les déterminants des comportements individuels d’alimentation, ils ne peuvent expliquer les choix alimentaires en tant que processus social façonné en fonction des individus et des lieux, dans des contextes diversifiés. Cette thèse élabore le Cadre Conceptuel sur la Pratique des Choix Alimentaires afin d’explorer les choix alimentaires comme phénomène social. En utilisant le concept de pratique sociale, les choix alimentaires des individus symbolisent une relation récursive entre la structure sociale et l’agence. Ce cadre conceptuel nous donne un moyen d’identifier les choix alimentaires comme des activités sociales modelées sur la vie de tous les jours et la constituant. Il offre des concepts pour identifier la manière dont les structures sociales renforcent les activités routinières menant aux choix alimentaires. La structure sociale est examinée en utilisant les règles et les ressources de Giddens et est opérationnalisée de la façon suivante : systèmes de significations partagées, normes sociales, ressources matérielles et ressources d'autorité qui permettent ou empêchent les choix alimentaires désirés. Les résultats empiriques de deux études présentées dans cette thèse appuient la proposition que les choix alimentaires sont des pratiques sociales. La première étude examine les pratiques de choix alimentaires au sein des familles. Nous avons identifié les choix alimentaires comme cinq activités routinières distinctes intégrées dans la vie familiale de tous les jours à partir d’analyses réalisées sur les activités d’alimentation habituelles de 20 familles avec de jeunes enfants. Notre seconde étude a élaboré les règles et les ressources des pratiques alimentaires à partir des familles de l’étude. Ensuite, nous avons analysé la façon dont les règles et les ressources pouvaient expliquer les pratiques de choix alimentaires qui sont renforcées ou limitées au sein des familles lors de la routine spécifique à la préparation des repas et de la collation. Les ressources matérielles et d'autorité suffisantes ont permis d’expliquer les pratiques de choix alimentaires qui étaient facilitées, alors que les défis pouvaient être compris comme etant reliés à des ressources limitées. Les règles pouvaient empêcher ou faciliter les pratiques de choix alimentaires par l’entremise de normes ou de significations associées à la préparation de repas. Les données empiriques provenant de cette thèse appuient les choix alimentaires comme étant des activités routinières qui sont structurées socialement et qui caractérisent les familles. Selon la théorie de la structuration de Giddens, les pratiques routinières qui persistent dans le temps forment les institutions sociales. Ainsi, les pratiques routinières de choix alimentaires façonnent les styles d’habitudes alimentaires familiales et contribuent par ailleurs à la constitution des familles elles-mêmes. Cette compréhension identifie de nouvelles directions concernant la façon dont les choix alimentaires sont conceptualisés en santé publique. Les programmes de promotion de la santé destinés à améliorer la nutrition sont des stratégies clés pour prévenir les maladies chroniques et pour améliorer la santé populationnelle. Les choix alimentaires peuvent être abordés comme des activités partagées qui décrivent des groupes sociaux et qui sont socialement structurés par des règles et des ressources présentes dans les contextes de pratiques de choix alimentaires.

Structure quaternaire des récepteurs de chimiokines CXCR4 et CCR2 et interaction avec leurs effecteurs

Thèse réalisée en cotutelle avec l'université Montpellier2 dans le laboratoire de pharmacologie moléculaire de Jean-Philippe Pin à l'institut de génomique fonctionnelle (IGF), Montpellier, France.

Études de type structure fonction du couplage électromécanique et de la coopérativité sous-unitaire chez les canaux potassiques dépendants du voltage

Les canaux potassiques voltage-dépendants forment des tétramères dont chaque sous-unité comporte six segments transmembranaires (S1 à S6). Le pore, formé des segments S5-S6 de chaque sous-unité, est entouré de quatre domaines responsables de la sensibilité au potentiel membranaire, les senseurs de voltage (VS; S1-S4). Lors d’une dépolarisation membranaire, le mouvement des résidus chargés situés dans le VS entraine un mouvement de charges détectable en électrophysiologie, le courant de « gating ». L’activation du VS conduit à l'ouverture du pore, qui se traduit par un changement de conformation en C-terminal du segment S6. Pour élucider les principes qui sous-tendent le couplage électromécanique entre ces deux domaines, nous avons étudié deux régions présumées responsables du couplage chez les canaux de type Shaker K+, soit la région carboxy-terminale du segment S6 et le lien peptidique reliant les segments transmembranaire S4-S5 (S4-5L). Avec la technique du « cut-open voltage clamp fluorometry » (COVCF), nous avons pu déterminer que l’interaction inter-sous-unitaire RELY, formée par des acides aminés situés sur le lien S4-5L et S6 de deux sous-unités voisines, est impliquée dans le développement de la composante lente observée lors du retour des charges de « gating » vers leur état de repos, le « OFF-gating ». Nous avons observé que l’introduction de mutations dans la région RELY module la force de ces interactions moléculaires et élimine l’asymétrie observée dans les courants de « gating » de type sauvage. D’ailleurs, nous démontrons que ce couplage inter-sous-unitaire est responsable de la stabilisation du pore dans l’état ouvert. Nous avons également identifié une interaction intra-sous-unitaire entre les résidus I384 situé sur le lien S4-5L et F484 sur le segment S6 d’une même sous-unité. La déstabilisation de cette interaction hydrophobique découple complètement le mouvement des senseurs de voltage et l'ouverture du pore. Sans cette interaction, l’énergie nécessaire pour activer les VS est moindre en raison de l’absence du poids mécanique appliqué par le pore. De plus, l’abolition du couplage électromécanique élimine également le « mode shift », soit le déplacement de la dépendance au voltage des charges de transfert (QV) vers des potentiels hyperpolarisants. Ceci indique que le poids mécanique du pore imposé au VS entraine le « mode shift », en modulant la conformation intrinsèque du VS par un processus allostérique.

Structure-fonction de MARCH1, une E3 ubiquitine ligase régulant la présentation antigénique par le CMH II

Les molécules classiques du CMH de classe II sont responsables de la présentation de peptides exogènes par les cellules présentatrices d’antigène aux lymphocytes T CD4+. Cette présentation antigénique est essentielle à l’établissement d’une réponse immunitaire adaptative. Cependant, la reconnaissance d’auto-antigènes ainsi que l’élimination des cellules du Soi sont des problèmes à l’origine de nombreuses maladies auto-immunes. Notamment, le diabète et la sclérose en plaque. D’éventuels traitements de ces maladies pourraient impliquer la manipulation de la présentation antigénique chez les cellules dont la reconnaissance et l’élimination engendrent ces maladies. Il est donc primordial d’approfondir nos connaissances en ce qui concerne les mécanismes de régulation de la présentation antigénique. La présentation antigénique est régulée tant au niveau transcriptionnel que post-traductionnel. Au niveau post-traductionnel, diverses cytokines affectent le processus. Parmi celles-ci, l’IL-10, une cytokine anti-inflammatoire, cause une rétention intracellulaire des molécules du CMH II. Son mécanisme d’action consiste en l’ubiquitination de la queue cytoplasmique de la chaîne bêta des molécules de CMH II. Cette modification protéique est effectuée par MARCH1, une E3 ubiquitine ligase dont l’expression est restreinte aux organes lymphoïdes secondaires. Jusqu’à tout récemment, il y avait très peu de connaissance concernant la structure et les cibles de MARCH1. Considérant son impact majeur sur la présentation antigénique, nous nous sommes intéressé à la structure-fonction de cette molécule afin de mieux caractériser sa régulation ainsi que les diverses conditions nécessaires à son fonctionnement. Dans un premier article, nous avons étudié la régulation de l’expression de MARCH1 au niveau protéique. Nos résultats ont révélé l’autorégulation de la molécule par formation de dimères et son autoubiquitination. Nous avons également démontré l’importance des domaines transmembranaires de MARCH1 dans la formation de dimères et l’interaction avec le CMH II. Dans un second article, nous avons investigué l’importance de la localisation de MARCH1 pour sa fonction. Les résultats obtenus montrent la fonctionnalité des motifs de localisation de la portion C-terminale de MARCH1 ainsi que la présence d’autres éléments de localisation dans la portion N-terminale de la protéine. Les nombreux mutants utilisés pour ce projet nous ont permis d’identifier un motif ‘‘VQNC’’, situé dans la portion cytoplasmique C-terminale de MARCH1, dont la valine est requise au fonctionnement optimal de la molécule. En effet, la mutation de la valine engendre une diminution de la fonction de la molécule et des expériences de BRET ont démontré une modification de l’orientation spatiale des queues cytoplasmiques. De plus, une recherche d’homologie de séquence a révélé la présence de ce même motif dans d’autres ubiquitines ligases, dont Parkin. Parkin est fortement exprimée dans le cerveau et agirait, entre autre, sur la dégradation des agrégats protéiques. La dysfonction de Parkin cause l’accumulation de ces agrégats, nommés corps de Lewy, qui entraînent des déficiences au niveau du fonctionnement neural observé chez les patients atteints de la maladie de Parkinson. La valine comprise dans le motif ‘’VQNC’’ a d’ailleurs été identifiée comme étant mutée au sein d’une famille où cette maladie est génétiquement transmise. Nous croyons que l’importance de ce motif ne se restreint pas à MARCH1, mais serait généralisée à d’autres E3 ligases. Ce projet de recherche a permis de caractériser des mécanismes de régulation de MARCH1 ainsi que de découvrir divers éléments structuraux requis à sa fonction. Nos travaux ont permis de mieux comprendre les mécanismes de contrôle de la présentation antigénique par les molécules de CMH II.

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel, c’est-à-dire pas uniquement entre deux paires de bases adjacentes. Le nombre de séquences générées par la grammaire de graphes est plus petit que ceux des méthodes basées sur la structure secondaire classique. Cela suggère l’importance du contexte pour la relation entre la séquence et la structure, d’où l’utilisation d’une grammaire de graphes contextuelle plus expressive que les grammaires hors-contexte. Les grammaires de graphes que nous avons développées ne tiennent compte que de la structure tertiaire et négligent les interactions de groupes chimiques spécifiques avec des éléments extra-moléculaires, comme d’autres macromolécules ou ligands. Dans un deuxième temps et pour tenir compte de ces interactions, nous avons développé un modèle qui tient compte de la position des groupes chimiques à la surface des structures tertiaires. L’hypothèse étant que les groupes chimiques à des positions conservées dans des séquences prédéterminées actives, qui sont déplacés dans des séquences inactives pour une fonction précise, ont de plus grandes chances d’être impliqués dans des interactions avec des facteurs. En poursuivant avec l’exemple de la boucle E, nous avons cherché les groupes de cette boucle qui pourraient être impliqués dans des interactions avec des facteurs d'élongation. Une fois les groupes identifiés, on peut prédire par modélisation tridimensionnelle les séquences qui positionnent correctement ces groupes dans leurs structures tertiaires. Il existe quelques modèles pour adresser ce problème, telles que des descripteurs de molécules, des matrices d’adjacences de nucléotides et ceux basé sur la thermodynamique. Cependant, tous ces modèles utilisent une représentation trop simplifiée de la structure d’ARN, ce qui limite leur applicabilité. Nous avons appliqué notre modèle sur les structures tertiaires d’un ensemble de variants d’une séquence d’une instance du Sarcin-Ricin d’un ribosome bactérien. L’équipe de Wool à l’université de Chicago a déjà étudié cette instance expérimentalement en testant la viabilité de 12 variants. Ils ont déterminé 4 variants viables et 8 létaux. Nous avons utilisé cet ensemble de 12 séquences pour l’entraînement de notre modèle et nous avons déterminé un ensemble de propriétés essentielles à leur fonction biologique. Pour chaque variant de l’ensemble d’entraînement nous avons construit des modèles de structures tertiaires. Nous avons ensuite mesuré les charges partielles des atomes exposés sur la surface et encodé cette information dans des vecteurs. Nous avons utilisé l’analyse des composantes principales pour transformer les vecteurs en un ensemble de variables non corrélées, qu’on appelle les composantes principales. En utilisant la distance Euclidienne pondérée et l’algorithme du plus proche voisin, nous avons appliqué la technique du « Leave-One-Out Cross-Validation » pour choisir les meilleurs paramètres pour prédire l’activité d’une nouvelle séquence en la faisant correspondre à ces composantes principales. Finalement, nous avons confirmé le pouvoir prédictif du modèle à l’aide d’un nouvel ensemble de 8 variants dont la viabilité à été vérifiée expérimentalement dans notre laboratoire. En conclusion, les grammaires de graphes permettent de modéliser la relation entre la séquence et la structure d’un élément structural d’ARN, comme la boucle E contenant le motif Sarcin-Ricin du ribosome. Les applications vont de la correction à l’aide à l'alignement de séquences jusqu’au design de séquences ayant une structure prédéterminée. Nous avons également développé un modèle pour tenir compte des interactions spécifiques liées à une fonction biologique donnée, soit avec des facteurs environnants. Notre modèle est basé sur la conservation de l'exposition des groupes chimiques qui sont impliqués dans ces interactions. Ce modèle nous a permis de prédire l’activité biologique d’un ensemble de variants de la boucle E du ribosome qui se lie à des facteurs d'élongation.

Rôle de l’azote dans la structure et la fonction des communautés de cyanobactéries toxiques

Dans cette étude de trois lacs sujets aux efflorescences de cyanobactéries, nous avons examiné la diversité des bactéries diazotrophes et des cyanobactéries toxiques. Nous avons tenté de définir les facteurs environnementaux influençant la composition des communautés phytoplanctoniques, la concentration ainsi que la composition des microcystines (MCs). Nous avons émis l’hypothèse que l’azote jouerait un rôle majeur dans le façonnement des communautés cyanobactériennes et influencerait la concentration et composition des MCs. Des concentrations de cette toxine ainsi que le gène mcyE codant pour l’enzyme microcystine synthétase ont été détectés à chaque échantillonnage dans tous les lacs. L’azote, particulièrement sous sa forme organique dissoute (AOD) ainsi que la température de l’eau étaient les facteurs environnementaux expliquant le mieux les concentrations des MCs, tandis que la biomasse de Microcystis spp. était globalement le meilleur prédicteur. Le gène nifH codant pour l’enzyme nitrogénase (fixation d’azote) a aussi été détecté dans chaque échantillon. Malgré les concentrations faibles en azote inorganique dissous (AID) et les densités importantes d’hétérocystes, aucun transcrits du gène n’a été détecté par réverse-transcription (RT-PCR), indiquant que la fixation d’azote n’avait pas lieu à des niveaux détectables au moment de l’échantillonnage. De plus, le pyroséquençage révèle que les séquences des gènes nifH et mcyE correspondaient à différents taxons, donc que les cyanobactéries n’avaient pas la capacité d’effectuer les deux fonctions simultanément.

Les dérivées de l’hémoglobine dans la structure rétinienne par la technique de réflectométrie multi-spectrale

L’examen de la rétine par des moyens non invasifs et in vivo a été un objectif de recherche pendant plusieurs années. Pour l’œil comme pour tous les organes du corps humain, un apport soutenu en oxygène est nécessaire pour le maintien de l’homéostasie. La concentration en oxygène du sang des vaisseaux rétiniens peut être déterminée principalement à partir des mesures du spectre de réflexion du fond de l’œil. En envoyant une lumière, à différentes longueurs d’onde, sur la rétine et en analysant la nature de la lumière réfléchie par la rétine, il est possible d’obtenir des informations quantitatives sur le niveau d'oxygène dans les vaisseaux sanguins de la rétine ou sur le flux sanguin. Cependant, la modélisation est compliquée due aux différentes interactions et aux chemins que la lumière prend à travers les tissus oculaires avant de quitter l’œil. L’objectif de cette thèse a été de développer et de valider un modèle mathématique afin de calculer les dérivées d’hémoglobine à partir de mesures spectrales de réflectométrie sur les vaisseaux sanguins de la rétine. L’instrument utilisé pour mesurer la fonction spectrale de réflectométrie a été un spectroréflectomètre multi-canal, une technologie capable de mesurer in vivo et en continu 800 spectres simultanément. L'équation mathématique qui décrit la fonction spectrale de réflectométrie dans la zone spectrale de 480 nm à 650 nm a été exprimée comme la combinaison linéaire de plusieurs termes représentant les signatures spectrales de l'hémoglobine SHb, de l'oxyhémoglobine SOHB, l’absorption et la diffusion des milieux oculaires et une famille de fonctions multigaussiennes utilisées pour compenser l’incompatibilité du modèle et les données expérimentales dans la zone rouge du spectre. Les résultats du modèle révèlent que le signal spectral obtenu à partir de mesures de réflectométrie dans l’œil est complexe, contenant la lumière absorbée, réfléchie et diffusée, mais chacun avec une certaine prédominance spécifique en fonction de la zone spectrale. La fonction spectrale d’absorption du sang est dominante dans la zone spectrale 520 à 580 nm, tandis que dans la zone spectrale de longueurs d’ondes plus grandes que 590 nm, la diffusion sur les cellules rouges du sang est dominante. Le modèle a été utilisé afin de mesurer la concentration d’oxygène dans les capillaires de la tête du nerf optique suite à un effort physique dynamique. L’effort physique a entraîné une réduction de la concentration d’oxygène dans les capillaires, ainsi qu’une réduction de la pression intraoculaire, tandis que la saturation sanguine en oxygène, mesurée au niveau du doigt, restait constante. Le modèle mathématique développé dans ce projet a ainsi permis, avec la technique novatrice de spectroréflectométrie multicanal, de déterminer in vivo et d’une manière non invasive l’oxygénation sanguine des vaisseaux rétiniens.

Étude structure/fonction des cotransporteurs Na+/glucose

Cette thèse porte sur l’étude de la relation entre la structure et la fonction chez les cotransporteurs Na+/glucose (SGLTs). Les SGLTs sont des protéines membranaires qui se servent du gradient électrochimique transmembranaire du Na+ afin d’accumuler leurs substrats dans la cellule. Une mise en contexte présentera d’abord un bref résumé des connaissances actuelles dans le domaine, suivi par un survol des différentes techniques expérimentales utilisées dans le cadre de mes travaux. Ces travaux peuvent être divisés en trois projets. Un premier projet a porté sur les bases structurelles de la perméation de l’eau au travers des SGLTs. En utilisant à la fois des techniques de modélisation moléculaire, mais aussi la volumétrie en voltage imposé, nous avons identifié les bases structurelles de cette perméation. Ainsi, nous avons pu identifier in silico la présence d’une voie de perméation passive à l’eau traversant le cotransporteur, pour ensuite corroborer ces résultats à l’aide de mesures faites sur le cotransporteur Na/glucose humain (hSGLT1) exprimé dans les ovocytes. Un second projet a permis d’élucider certaines caractéristiques structurelles de hSGLT1 de par l’utilisation de la dipicrylamine (DPA), un accepteur de fluorescence dont la répartition dans la membrane lipidique dépend du potentiel membranaire. L’utilisation de la DPA, conjuguée aux techniques de fluorescence en voltage imposé et de FRET (fluorescence resonance energy transfer), a permis de démontrer la position extracellulaire d’une partie de la boucle 12-13 et le fait que hSGLT1 forme des dimères dont les sous-unités sont unies par un pont disulfure. Un dernier projet a eu pour but de caractériser les courants stationnaires et pré-stationaires d’un membre de la famille des SGLTs, soit le cotransporteur Na+/myo-inositol humain hSMIT2 afin de proposer un modèle cinétique qui décrit son fonctionnement. Nous avons démontré que la phlorizine inhibe mal les courants préstationnaires suite à une dépolarisation, et la présence de courants de fuite qui varient en fonction du temps, du potentiel membranaire et des substrats. Un algorithme de recuit simulé a été mis au point afin de permettre la détermination objective de la connectivité et des différents paramètres associés à la modélisation cinétique.

Études de type structure fonction des mutations causant l’ataxie épisodique de type I sur les canaux potassiques dépendants du voltage

Les ataxies épisodiques (EA) d’origine génétique sont un groupe de maladies possédant un phénotype et génotype hétérogènes, mais ont en commun la caractéristique d’un dysfonctionnement cérébelleux intermittent. Les EA de type 1 et 2 sont les plus largement reconnues des ataxies épisodiques autosomiques dominantes et sont causées par un dysfonctionnement des canaux ioniques voltage-dépendants dans les neurones. La présente étude se concentrera sur les mutations causant l'EA-1, retrouvées dans le senseur de voltage (VSD) de Kv1.1, un canal très proche de la famille des canaux Shaker. Nous avons caractérisé les propriétés électrophysiologiques de six mutations différentes à la position F244 et partiellement celles des mutations T284 A/M, R297 K/Q/A/H, I320T, L375F, L399I et S412 C/I dans la séquence du Shaker grâce à la technique du ‘’cut open voltage clamp’’ (COVC). Les mutations de la position F244 situées sur le S1 du canal Shaker sont caractérisées par un décalement des courbes QV et GV vers des potentiels dépolarisants et modifient le couplage fonctionnel entre le domaine VSD et le pore. Un courant de fuite est observé durant la phase d'activation des courants transitoires et peut être éliminé par l'application du 4-AP (4-aminopyridine) ou la réinsertion de l'inactivation de type N mais pas par le TEA (tétraéthylamonium). Dans le but de mieux comprendre les mécanismes moléculaires responsables de la stabilisation d’un état intermédiaire, nous avons étudié séparément la neutralisation des trois premières charges positives du S4 (R1Q, R2Q et R3Q). Il en est ressorti l’existence d’une interaction entre R2 et F244. Une seconde interface entre S1 et le pore proche de la surface extracellulaire agissant comme un second point d'ancrage et responsable des courants de fuite a été mis en lumière. Les résultats suggèrent une anomalie du fonctionnement du VSD empêchant la repolarisation normale de la membrane des cellules nerveuses affectées à la suite d'un potentiel d'action.