Dissecting cell cycle protein complexes using the pptimized yeast cytosine deaminase protein-fragment complementation assay “You too can play with an edge”

Les protéines sont les produits finaux de la machinerie génétique. Elles jouent des rôles essentiels dans la définition de la structure, de l'intégrité et de la dynamique de la cellule afin de promouvoir les diverses transformations chimiques requises dans le métabolisme et dans la transmission des signaux biochimique. Nous savons que la doctrine centrale de la biologie moléculaire: un gène = un ARN messager = une protéine, est une simplification grossière du système biologique. En effet, plusieurs ARN messagers peuvent provenir d’un seul gène grâce à l’épissage alternatif. De plus, une protéine peut adopter plusieurs fonctions au courant de sa vie selon son état de modification post-traductionelle, sa conformation et son interaction avec d’autres protéines. La formation de complexes protéiques peut, en elle-même, être déterminée par l’état de modifications des protéines influencées par le contexte génétique, les compartiments subcellulaires, les conditions environmentales ou être intrinsèque à la croissance et la division cellulaire. Les complexes protéiques impliqués dans la régulation du cycle cellulaire sont particulièrement difficiles à disséquer car ils ne se forment qu’au cours de phases spécifiques du cycle cellulaire, ils sont fortement régulés par les modifications post-traductionnelles et peuvent se produire dans tous les compartiments subcellulaires. À ce jour, aucune méthode générale n’a été développée pour permettre une dissection fine de ces complexes macromoléculaires. L'objectif de cette thèse est d'établir et de démontrer une nouvelle stratégie pour disséquer les complexes protéines formés lors du cycle cellulaire de la levure Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae). Dans cette thèse, je décris le développement et l'optimisation d'une stratégie simple de sélection basée sur un essai de complémentation de fragments protéiques en utilisant la cytosine déaminase de la levure comme sonde (PCA OyCD). En outre, je décris une série d'études de validation du PCA OyCD afin de l’utiliser pour disséquer les mécanismes d'activation des facteurs de transcription et des interactions protéine-protéines (IPPs) entre les régulateurs du cycle cellulaire. Une caractéristique clé du PCA OyCD est qu'il peut être utilisé pour détecter à la fois la formation et la dissociation des IPPs et émettre un signal détectable (la croissance des cellules) pour les deux types de sélections. J'ai appliqué le PCA OyCD pour disséquer les interactions entre SBF et MBF, deux facteurs de transcription clés régulant la transition de la phase G1 à la phase S. SBF et MBF sont deux facteurs de transcription hétérodimériques composés de deux sous-unités : une protéine qui peut lier directement l’ADN (Swi4 ou Mbp1, respectivement) et une protéine commune contenant un domain d’activation de la transcription appelée Swi6. J'ai appliqué le PCA OyCD afin de générer un mutant de Swi6 qui restreint ses activités transcriptionnelles à SBF, abolissant l’activité MBF. Nous avons isolé des souches portant des mutations dans le domaine C-terminal de Swi6, préalablement identifié comme responsable dans la formation de l’interaction avec Swi4 et Mbp1, et également important pour les activités de SBF et MBF. Nos résultats appuient un modèle où Swi6 subit un changement conformationnel lors de la liaison à Swi4 ou Mbp1. De plus, ce mutant de Swi6 a été utilisé pour disséquer le mécanisme de régulation de l’entrée de la cellule dans un nouveau cycle de division cellulaire appelé « START ». Nous avons constaté que le répresseur de SBF et MBF nommé Whi5 se lie directement au domaine C-terminal de Swi6. Finalement, j'ai appliqué le PCA OyCD afin de disséquer les complexes protéiques de la kinase cycline-dépendante de la levure nommé Cdk1. Cdk1 est la kinase essentielle qui régule la progression du cycle cellulaire et peut phosphoryler un grand nombre de substrats différents en s'associant à l'une des neuf protéines cycline régulatrice (Cln1-3, Clb1-6). Je décris une stratégie à haut débit, voir à une échelle génomique, visant à identifier les partenaires d'interaction de Cdk1 et d’y associer la cycline appropriée(s) requise(s) à l’observation d’une interaction en utilisant le PCA OyCD et des souches délétées pour chacune des cyclines. Mes résultats nous permettent d’identifier la phase(s) du cycle cellulaire où Cdk1 peut phosphoryler un substrat particulier et la fonction potentielle ou connue de Cdk1 pendant cette phase. Par exemple, nous avons identifié que l’interaction entre Cdk1 et la γ-tubuline (Tub4) est dépendante de Clb3. Ce résultat est conforme au rôle de Tub4 dans la nucléation et la croissance des faisceaux mitotiques émanant des centromères. Cette stratégie peut également être appliquée à l’étude d'autres IPPs qui sont contrôlées par des sous-unités régulatrices.

La recherche d'unité dans l'interprétation du droit privé fédéral : cadre juridique et fragments du discours judiciaire

Cette étude est consacrée au droit privé fédéral et à l'interaction entre la législation fédérale et le droit privé des provinces. Elle porte plus précisément sur le rôle des tribunaux dans le cadre de cette interaction. Elle a pour objectif de vérifier comment les juges procèdent à l'unification du droit privé fédéral en évitant de recourir formellement au droit provincial à titre supplétif. Dans un premier temps, elle établit le cadre juridique gouvernant l'interprétation du droit privé fédéral, de même que l'exercice du pouvoir judiciaire dans ce contexte. Dans un deuxième temps, elle analyse à travers un ensemble de jugements les procédés employés par les juges pour réaliser l'unification du droit privé fédéral. Elle conclut que ces procédés peuvent effectivement permettre de réaliser, au plan pratique, une telle unification. Cependant, ces interventions judiciaires sont ponctuelles et sont limitées à certains aspects de la conception ou de l'application des normes de droit privé. Dans les cas plus problématiques, elles peuvent avoir pour effet soit de nier le vide normatif rendant nécessaire le recours aux sources supplétives provinciales, soit de nier la pluralité formelle de ces sources dans le contexte fédéral.

Effets biologiques des fragments carboxyl-terminaux de la parathormone chez le rat parathyroïdectomisé

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Identification et caractérisation des principaux fragments du collagène de type II du cartilage équin, produit in vitro par l'enzyme cathepsine K

La dégradation protéolytique du collagène de type II est considérée comme étant un facteur majeur dans le processus irréversible de dégradation de la matrice cartilagineuse lors d’ostéoarthrose. Outre les collagénases de la famille des métaloprotéinases de la matrice (MMP-1, -8, -13), la cathepsine K est parmi les seules enzymes susceptibles de dégrader la triple hélice intacte du collagène de type II, devenant ainsi un élément pertinent pour les recherches sur l’ostéoarthrose. L’objectif à court terme de notre étude consiste en l’identification et la caractérisation de sites de clivage spécifiques de la cathepsine K sur le collagène de type II équin. La technique d’électrophorèse SDS-PAGE 1D permet la visualisation des produits de digestion et la validation des résultats de la caractérisation moléculaire des fragments protéolytiques. La caractérisation est réalisée en combinant la digestion trypsique précédant l’analyse HPLC-ESI/MS. Les résultats ont permis d’établir les sites, présents sur la carte peptidique de la molécule de collagène de type II équin, des 48 résidus prolines (P) et 5 résidus lysines (K) supportant une modification post-traductionnelle. De plus, 6 fragments majeurs, différents de ceux produits par les MMPs, sont observés par SDS-PAGE 1D puis confirmés par HPLC-ESI/MS, correspondant aux sites suivants : F1 [G189-K190], F2 [G252-P253], F3 [P326-G327], F4 [P428-G429], F5 [P563-G564] et F6 [P824-G825]. Le fragment F1 nouvellement identifié suggère un site de clivage différent de l’étude antérieure sur le collagène de type II bovin et humain. L’objectif à long terme serait le développement d’anticorps spécifiques au site identifié, permettant de suivre l’activité protéolytique de la cathepsine K par immunohistochimie et ÉLISA, dans le cadre du diagnostic de l’ostéoarthrose.

Banalités en séries : fragments de la vie des gens de Régis Jauffret

Les cinquante-sept fragments rassemblés par Régis Jauffret présentent une suite de séquences de la vie de gens quelconques qui subissent l’existence comme un mal lancinant insupportable d’ennui, de solitude ou de promiscuité. Loin de proposer, comme le fait Philippe Delerm, une collection de vignettes des petits bonheurs ordinaires ou de rassembler, à la manière d’Annie Ernaux, des instantanés de la vie quotidienne collective révélateurs d’une époque, Jauffret fait défiler des fragments de vie qui, à force de s’additionner, perdent leurs contours distinctifs, se confondent les uns avec les autres et finissent par former un kaléidoscope monotone, indifférent, de la vie quotidienne des gens. La banalité de ces vies sans relief tient entre autres à la similitude des appartements, des rues, des situations aussi intenables les unes que les autres. Aucune vie, pourtant, n’est pareille aux autres, aucun parcours n’est exactement le même, mais tous sont pareillement ravalés dans l’uniformité de ce qui va, sans but, « quel que soit le chemin ». L’existence est insupportable mais on existe de toute façon, et ce sont toutes ces façons d’exister, sans nécessité, sans joie ni valeur ajoutée, que Jauffret accumule, exhibant jusqu’à saturation les vies banales de gens qui souffrent de toute façon, de toutes les façons. [Introduction]

TRANSHUMANCES, suivi de I ended up being my own trout (jeux de fragments avec Éric Plamondon)

Ce mémoire en recherche-création s’intéresse à la quête identitaire, et / ou au désir de tracer son propre chemin en réinterprétant les événements du passé. Le roman TRANSHUMANCES raconte le pèlerinage d’Alice sur la via Podiensis, qui relie la commune du Puy-en-Velay en France, à Santiago de Compostela en Espagne. Elle marche. Elle marche pour oublier, pour enterrer ses morts, pour avancer, ailleurs. Elle marche et fait de nombreuses rencontres. Par la conversation et la contemplation, elle tente d’apaiser les maux qui la rongent. Elle marche et apprivoise ce chemin mythique, mystique, cette route qui mène le croyant à la rencontre de Dieu et qui pousse l’impie à la rencontre de lui-même. Alice fait la connaissance de John. Ils se racontent des blagues et des secrets, partagent repas et larmes, deviennent frères d’ampoules et rentrent à la maison, changés. L’essai I ended up being my own trout (jeux de fragments avec Éric Plamondon) explore quant à lui à l’écriture fragmentaire, en s’intéressant particulièrement aux effets qu’opèrent les fragments sur la lecture. Éric Plamondon, avec sa trilogie 1984, utilise la forme fragmentaire afin de jouer avec le lecteur : il le fait douter de ses certitudes et le guide vers une vision manipulée de l’Histoire. Le lecteur est alors confronté à la pluralité des interprétations et doit s’imposer comme auteur de sa propre lecture.