L'obligation de non-concurrence dans les sociétés de professionnels : vers une théorie de liberté de choix contractuelle

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maître en droit (LL.M.)"

L'évolution de la réglementation internationale des investissements directs étrangers dans les Amériques : vers de nouvelles perspectives ?

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de LL.M. Droit Dans le cadre du programme de Maîtrise en droit(LL.M.) 2-325-1-0 en option recherche et droit des affaires"

Approche cognitive de la traduction dans les langues de spécialité : vers une systématisation de la description de la conceptualisation métaphorique

Département de linguistique et de traduction

Plasticité intermodale chez le hamster énucléé à la naissance : Études de la distribution des interneurones CaBPir dans les cortex visuel et auditif primaires.

La période postnatale et l’expérience sensorielle sont critiques pour le développement du système visuel. Les interneurones inhibiteurs exprimant l’acide γ-aminobutyrique (GABA) jouent un rôle important dans le contrôle de l’activité neuronale, le raffinement et le traitement de l’information sensorielle qui parvient au cortex cérébral. Durant le développement, lorsque le cortex cérébral est très susceptible aux influences extrinsèques, le GABA agit dans la formation des périodes critiques de sensibilité ainsi que dans la plasticité dépendante de l’expérience. Ainsi, ce système inhibiteur servirait à ajuster le fonctionnement des aires sensorielles primaires selon les conditions spécifiques d’activité en provenance du milieu, des afférences corticales (thalamiques et autres) et de l’expérience sensorielle. Certaines études montrent que des différences dans la densité et la distribution de ces neurones inhibiteurs corticaux reflètent les caractéristiques fonctionnelles distinctes entre les différentes aires corticales. La Parvalbumine (PV), la Calretinine (CR) et la Calbindine (CB) sont des protéines chélatrices du calcium (calcium binding proteins ou CaBPs) localisées dans différentes sous-populations d’interneurones GABAergiques corticaux. Ces protéines tamponnent le calcium intracellulaire de sorte qu’elles peuvent moduler différemment plusieurs fonctions neuronales, notamment l’aspect temporel des potentiels d’action, la transmission synaptique et la potentialisation à long terme. Plusieurs études récentes montrent que les interneurones immunoréactifs (ir) aux CaBPs sont également très sensibles à l’expérience et à l’activité sensorielle durant le développement et chez l’adulte. Ainsi, ces neurones pourraient avoir un rôle crucial à jouer dans le phénomène de compensation ou de plasticité intermodale entre les cortex sensoriels primaires. Chez le hamster (Mesocricetus auratus), l’énucléation à la naissance fait en sorte que le cortex visuel primaire peut être recruté par les autres modalités sensorielles, telles que le toucher et l’audition. Suite à cette privation oculaire, il y a établissement de projections ectopiques permanentes entre les collicules inférieurs (CI) et le corps genouillé latéral (CGL). Ceci a pour effet d’acheminer l’information auditive vers le cortex visuel primaire (V1) durant le développement postnatal. À l’aide de ce modèle, l’objectif général de ce projet de thèse est d’étudier l’influence et le rôle de l’activité sensorielle sur la distribution et l’organisation des interneurones corticaux immunoréactifs aux CaBPs dans les aires sensorielles visuelle et auditive primaires du hamster adulte. Les changements dans l’expression des CaBPs ont été déterminés d’une manière quantitative en évaluant les profils de distribution laminaire de ces neurones révélés par immunohistochimie. Dans une première expérience, nous avons étudié la distribution laminaire des CaBPs dans les aires visuelle (V1) et auditive (A1) primaires chez le hamster normal adulte. Les neurones immunoréactifs à la PV et la CB, mais non à la CR, sont distribués différemment dans ces deux cortex primaires dédiés à une modalité sensorielle différente. Dans une deuxième étude, une comparaison a été effectuée entre des animaux contrôles et des hamsters énucléés à la naissance. Cette étude montre que le cortex visuel primaire de ces animaux adopte une chimioarchitecture en PV similaire à celle du cortex auditif. Nos recherches montrent donc qu’une suppression de l’activité visuelle à la naissance peut influencer l’expression des CaBPs dans l’aire V1 du hamster adulte. Ceci suggère également que le type d’activité des afférences en provenance d’autres modalités sensorielles peut moduler, en partie, une circuiterie corticale en CaBPs qui lui est propre dans le cortex hôte ou recruté. Ainsi, nos travaux appuient l’hypothèse selon laquelle il serait possible que certaines de ces sous-populations d’interneurones GABAergiques jouent un rôle crucial dans le phénomène de la plasticité intermodale.

Grothendieck et les topos : rupture et continuité dans les modes d'analyse du concept d'espace topologique

La thèse présente une analyse conceptuelle de l'évolution du concept d'espace topologique. En particulier, elle se concentre sur la transition des espaces topologiques hérités de Hausdorff aux topos de Grothendieck. Il en ressort que, par rapport aux espaces topologiques traditionnels, les topos transforment radicalement la conceptualisation topologique de l'espace. Alors qu'un espace topologique est un ensemble de points muni d'une structure induite par certains sous-ensembles appelés ouverts, un topos est plutôt une catégorie satisfaisant certaines propriétés d'exactitude. L'aspect le plus important de cette transformation tient à un renversement de la relation dialectique unissant un espace à ses points. Un espace topologique est entièrement déterminé par ses points, ceux-ci étant compris comme des unités indivisibles et sans structure. L'identité de l'espace est donc celle que lui insufflent ses points. À l'opposé, les points et les ouverts d'un topos sont déterminés par la structure de celui-ci. Qui plus est, la nature des points change: ils ne sont plus premiers et indivisibles. En effet, les points d'un topos disposent eux-mêmes d'une structure. L'analyse met également en évidence que le concept d'espace topologique évolua selon une dynamique de rupture et de continuité. Entre 1945 et 1957, la topologie algébrique et, dans une certaine mesure, la géométrie algébrique furent l'objet de changements fondamentaux. Les livres Foundations of Algebraic Topology de Eilenberg et Steenrod et Homological Algebra de Cartan et Eilenberg de même que la théorie des faisceaux modifièrent profondément l'étude des espaces topologiques. En contrepartie, ces ruptures ne furent pas assez profondes pour altérer la conceptualisation topologique de l'espace elle-même. Ces ruptures doivent donc être considérées comme des microfractures dans la perspective de l'évolution du concept d'espace topologique. La rupture définitive ne survint qu'au début des années 1960 avec l'avènement des topos dans le cadre de la vaste refonte de la géométrie algébrique entreprise par Grothendieck. La clé fut l'utilisation novatrice que fit Grothendieck de la théorie des catégories. Alors que ses prédécesseurs n'y voyaient qu'un langage utile pour exprimer certaines idées mathématiques, Grothendieck l'emploie comme un outil de clarification conceptuelle. Ce faisant, il se trouve à mettre de l'avant une approche axiomatico-catégorielle des mathématiques. Or, cette rupture était tributaire des innovations associées à Foundations of Algebraic Topology, Homological Algebra et la théorie des faisceaux. La théorie des catégories permit à Grothendieck d'exploiter le plein potentiel des idées introduites par ces ruptures partielles. D'un point de vue épistémologique, la transition des espaces topologiques aux topos doit alors être vue comme s'inscrivant dans un changement de position normative en mathématiques, soit celui des mathématiques modernes vers les mathématiques contemporaines.

Mécanismes et fonctions du prologue dans les romans en vers écrits entre 1170 et 1230

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La dialectique paradoxale chez Kierkegaard : étude du paradoxe dans les sphères existentielles

L’œuvre philosophique de Kierkegaard s’apparente à une dialectique du paradoxe. De fait, dans son cheminement existentiel, l’individu parcourt trois sphères d’existence – l’esthétique, l’éthique et le religieux –, chacune d’elle étant une modalité de l’activité humaine qui comporte un paradoxe particulier. Il s’agit d’un itinéraire de l’intériorité qui vise, dans l’existence, le télos qu’est le devenir soi-même. Ainsi l’esthéticien est-il déchiré entre les idées et la réalité dans la réalité immédiate, tandis que l’éthicien, par la médiation du langage, préfère s’affirmer comme individu dans l’immanence concrète, ignorant toutefois qu’il intériorise des règles sociales qui lui sont impersonnelles. Quant au religieux, non seulement découvre-t-il que la vérité vers laquelle il tend ne se trouve pas en son sein, mais il fait face au plus élevé des paradoxes, fondé sur la transcendance – à savoir le paradoxe absolu, où l’éternité se temporalise sous la forme de l’Homme-Dieu. Du reste, le présent mémoire se penche spécifiquement sur le concept du paradoxe, mis de l’avant par Kierkegaard afin de brosser un portrait du devenir individuel de chaque existant.

L'influence des marqueurs identitaires du juge dans les décisions relatives à la garde des enfants dans un contexte post-rupture

L’« intérêt de l’enfant » est un concept fondamental en droit de la famille puisqu’il constitue le critère déterminant dans toute décision qui concerne l’enfant. Le Code civil du Québec énonce, au second alinéa de l’article 33, les facteurs qui doivent servir à le déterminer, soit « les besoins moraux, intellectuels, affectifs et physiques de l’enfant, son âge, sa santé, son caractère, son milieu familial et les autres aspects de sa situation ». Les auteurs qui s’y sont intéressés l’ont abordé sous différents angles. Certains se sont intéressés à ses origines et à son évolution. D’autres en ont proposé leur propre définition. En ce qui nous concerne, nous avons choisi d’explorer ledit concept en nous intéressant aux diverses interprétations qu’il reçoit de la part des tribunaux dans les décisions relatives à la garde des enfants dans un contexte post-rupture, et ce, à la lumière du genre et de l’âge du décideur. Le concept d’intérêt de l’enfant étant hautement indéterminé, son interprétation est laissée à l’appréciation du juge qui en précisera le contenu en référence à la loi et aux faits particuliers de chaque cas d’espèce. Or, dans les situations où, une fois considéré le contexte factuel et normatif, le juge se retrouve face à une situation « neutre », c’est-à-dire où la garde exclusive et la garde partagée sont tout aussi envisageables, peut-on prétendre que son l’inclinaison vers l’une ou l’autre de ces modalités de garde est influencée par des facteurs autres que le droit et les faits mis en preuve ? Telle est la question au cœur de notre étude. Reposant sur des théories reconnues et bien établies affirmant l’importance de tenir compte du contexte social et de l’expérience individuelle du décideur dans la démarche interprétative que le droit sous-tend, l’hypothèse que nous soumettons est qu’au-delà des faits mis en preuve et du droit, des éléments indissociables au processus d’interprétation, à savoir les valeurs, les idéologies et les traits caractéristiques dominants que sous-tendent le genre et la génération du décideur, influent sur la teneur des jugements qu’il prononce. Sans admettre que ces éléments suffisent, à eux seuls, pour expliquer le produit judiciaire, nous sommes d’avis qu’on ne peut qualifier d’improbable l’incidence qu’ils exercent sur celui-ci. Nous intéressant au processus cognitif qui préside à la réflexion des décideurs, notre thèse vise à cerner, à travers une analyse interdisciplinaire, les facteurs humains et les forces sociales qui structurent les expériences et qui sont susceptibles d’avoir un impact sur les décisions judiciaires. L’objectif de notre étude n’est pas d’établir un lien de causalité entre le genre et l’âge du juge et les décisions qu’il rend, mais plutôt de vérifier si des corrélations peuvent être établies entre ces paramètres. Désirant aller au-delà des perceptions traditionnelles véhiculées par la doctrine classique, nos travaux se veulent davantage une contribution au développement d’une conception non formaliste du droit plutôt qu’une démonstration que le profil identitaire des décideurs conditionne systématiquement et invariablement leurs décisions. Une étude de ce genre comporte certes des difficultés en ce qu’elle confronte le juriste à des concepts et des théories qui appartiennent à d’autres champs disciplinaires et qui, partant, ne lui sont pas familiers. La compréhension plus fine du processus interprétatif et des décisions qui en résultent en justifie cependant le bien-fondé.

Influence de la phase d’usage dans les enjeux de la rénovation de bâtiments résidentiels écologiques : vers une approche diachronique

En Amérique du Nord, les pratiques actuelles de conception de l’industrie de la construction suscitent de nombreux et importants problèmes, tant au niveau environnemental, que social et économique. Certaines tendances conceptuelles, telles que l’industrialisation de la construction, le bâtiment vert, l’approche diachronique et la rationalisation spatiale proposent des moyens afin de répondre à cette problématique. La conception synchronique, qui ne se base encore que sur des besoins immédiats, produit des bâtiments statiques qui ne peuvent accommoder l’évolution des besoins. En plus de la phase d’usage qui se révèle la plus coûteuse en termes de consommation d’énergie, d’eau, de matériaux et de génération de déchets, le bâtiment statique est amené à subir de nombreuses rénovations, profondément délétères pour l’environnement et la situation économique des ménages. Dans une perspective d’opérationnalisation du développement durable, la problématique de recherche concerne la considération de la phase d’usage dans le processus conceptuel de l’habitation. Dans l’optique de favoriser une conception plutôt diachronique, 55 projets de rénovation résidentiels ont été analysés et comparés afin de décrire la nature et l’intensité des interventions effectuées. L’examen des plans avant/après rénovation a permis de quantifier le niveau d’intensité des interventions et ainsi, mettre en relief certaines tendances et récurrences des pratiques actuelles. Dans le but de valider si le bâtiment vert est en mesure de répondre aux enjeux environnementaux contemporains de l’habitation, les contenus de trois programmes de certification utilisés en Amérique du Nord, à savoir BOMA-BESt®, LEED®, et Living Building ChallengeTM, sont analysés. Une classification des stratégies proposées montre la répartition des préoccupations envers le bâtiment, les systèmes et l’usager. Une analyse permet de mettre en relief que les considérations semblent, de façon générale, cohérentes avec les impacts associés à l’habitation. Un examen plus ciblé sur la teneur et les objectifs des stratégies considérant l’usager permet l’émergence de deux ensembles thématiques : les cinq sources potentielles d’impacts (énergie, eau, matériaux, déchets et environnement intérieur), ainsi que les quatre thèmes reliés aux objectifs et aux finalités des stratégies (entretien et surveillance; sensibilisation et formation; modélisation et mesurage; comportement et habitude). La discussion a permis d’émettre des pistes d’écoconception pour permettre à l’habitation d’accommoder l’évolution des besoins des occupants, à savoir la « démontabilité », l’aptitude à l’évolution et l’accessibilité. Des recommandations, telles que la nécessité de mieux prendre en compte l’usager comme facteur d’influence des impacts occasionnés par la phase d’usage, sont ensuite proposées. D’autres suggestions appellent à une concrétisation de la performance en suscitant l’implication, l’engagement, la responsabilisation et l’autonomisation des occupants. Enfin, il semble que certaines modifications des programmes de certification et de la législation en vigueur pourraient favoriser l’émergence d’une vision nouvelle concernant la nécessaire réduction de la superficie habitable. Toutes ces opportunités d’amélioration ont le potentiel de mener ce secteur vers une démarche plus globale et systémique, tout en bonifiant de façon majeure les implications environnementales, économiques et sociales de l’habitation.

Politiques du passage de l'individuel au collectif dans Les Années d'Annie Ernaux

Ce travail aborde l’œuvre d'Annie Ernaux en montrant sa préoccupation constante de tendre vers les autres, préoccupation qui découle de la conviction que l'individu est constitué des discours qui le traversent et du monde social qui l'entoure. Influencée par la sociologie de Bourdieu et par sa propre expérience de transfuge de classe, Ernaux fait aussi montre d'une grande sensibilité aux rapports de domination, omniprésents dans l'espace social. Par son œuvre, elle cherche à faire entrer dans la sphère du légitime des expériences reléguées dans l'illégitime, sa démarche se rapprochant en cela de celle de Foucault. Cela inclut le mode de vie et la mémoire des dominés, qui n'entrent généralement ni dans la littérature ni dans les discours dominants. Elle souhaite également montrer que les expériences vécues sur le mode individuel sont en fait largement partagées et ont des origines sociales et politiques. Bien que tous ses livres visent à accomplir ce passage de l'individuel au collectif, ce travail s'attarde plus particulièrement aux Années, qui conjugue des stratégies narratives employées dans ses livres précédents à une nouvelle forme de narration à la troisième personne, lui permettant de livrer un texte encore plus « auto-socio-biographique ».

Gestionnaire de vie privée : un cadre pour la protection de la vie privée dans les interactions entre apprenants

L’évolution continue des besoins d’apprentissage vers plus d’efficacité et plus de personnalisation a favorisé l’émergence de nouveaux outils et dimensions dont l’objectif est de rendre l’apprentissage accessible à tout le monde et adapté aux contextes technologiques et sociaux. Cette évolution a donné naissance à ce que l’on appelle l'apprentissage social en ligne mettant l'accent sur l’interaction entre les apprenants. La considération de l’interaction a apporté de nombreux avantages pour l’apprenant, à savoir établir des connexions, échanger des expériences personnelles et bénéficier d’une assistance lui permettant d’améliorer son apprentissage. Cependant, la quantité d'informations personnelles que les apprenants divulguent parfois lors de ces interactions, mène, à des conséquences souvent désastreuses en matière de vie privée comme la cyberintimidation, le vol d’identité, etc. Malgré les préoccupations soulevées, la vie privée en tant que droit individuel représente une situation idéale, difficilement reconnaissable dans le contexte social d’aujourd’hui. En effet, on est passé d'une conceptualisation de la vie privée comme étant un noyau des données sensibles à protéger des pénétrations extérieures à une nouvelle vision centrée sur la négociation de la divulgation de ces données. L’enjeu pour les environnements sociaux d’apprentissage consiste donc à garantir un niveau maximal d’interaction pour les apprenants tout en préservant leurs vies privées. Au meilleur de nos connaissances, la plupart des innovations dans ces environnements ont porté sur l'élaboration des techniques d’interaction, sans aucune considération pour la vie privée, un élément portant nécessaire afin de créer un environnement favorable à l’apprentissage. Dans ce travail, nous proposons un cadre de vie privée que nous avons appelé « gestionnaire de vie privée». Plus précisément, ce gestionnaire se charge de gérer la protection des données personnelles et de la vie privée de l’apprenant durant ses interactions avec ses co-apprenants. En s’appuyant sur l’idée que l’interaction permet d’accéder à l’aide en ligne, nous analysons l’interaction comme une activité cognitive impliquant des facteurs contextuels, d’autres apprenants, et des aspects socio-émotionnels. L'objectif principal de cette thèse est donc de revoir les processus d’entraide entre les apprenants en mettant en oeuvre des outils nécessaires pour trouver un compromis entre l’interaction et la protection de la vie privée. ii Ceci a été effectué selon trois niveaux : le premier étant de considérer des aspects contextuels et sociaux de l’interaction telle que la confiance entre les apprenants et les émotions qui ont initié le besoin d’interagir. Le deuxième niveau de protection consiste à estimer les risques de cette divulgation et faciliter la décision de protection de la vie privée. Le troisième niveau de protection consiste à détecter toute divulgation de données personnelles en utilisant des techniques d’apprentissage machine et d’analyse sémantique.

Étude du rôle des professionnels de l'information dans les systèmes d'information Web du Gouvernement fédéral canadien

Les professionnels de l'information traversent actuellement une période de redéfinition de leur profession provoquée par la transformation de l'information et des processus informationnels vers un mode de plus en plus électronique. Les systèmes d'information Web (SIW) — c'est-à-dire des systèmes d'information basés sur les technologies Web tels que les sites Web externes, les intranets, les systèmes de commerce électronique et les extranets — font partie des technologies à l'origine de ces changements. Ces systèmes sont de plus en plus adoptés par les organisations et, en particulier, par les gouvernements dans leur volonté de devenir électroniques. Le gouvernement fédéral canadien est reconnu comme un des plus innovateurs en matière de SIW et doit adapter son environnement informationnel, dont font partie les professionnels de l'information, à l'introduction de ces systèmes. Malgré l'innovation que les SIW représentent, peu d'études empiriques ont été menées pour identifier quels sont les intervenants nécessaires à leur mise en place. Aucun consensus n'émerge de la littérature quant à la nature de l'intervention des professionnels de l'information dans ces systèmes. Cette recherche vise à accroître les connaissances sur l'intervention des professionnels de l'information dans les SIW. Pour les besoins de cette recherche, les professionnels de l'information sont définis comme les personnes ayant une maîtrise en bibliothéconomie et sciences de l'information ou toute autre formulation équivalente. Cette recherche étudie quatre questions de recherche qui portent sur : (1) les rôles des professionnels de l'information décrits dans les politiques d'information pan-gouvernementales liées aux SIW ainsi que ceux des autres intervenants mentionnés en lien direct avec les SIW, (2) les types de SIW dans lesquels les professionnels de l'information interviennent, (3) les tâches des professionnels de l'information dans ces SIW, et (4) les autres intervenants qui travaillent dans ces systèmes. Une approche qualitative a été utilisée pour répondre à ces questions et implique quatre modes de collecte des données : (1) des entrevues en profondeur en personne avec des professionnels de l'information impliqués dans des SIW, (2) une analyse des SIW où interviennent ces professionnels de l'information, (3) une analyse des politiques pan-gouvernementales liées aux SIW, et (4) la documentation pertinente. Les professionnels de l'information rencontrés proviennent de sept ministères du gouvernement fédéral canadien, ministères retenus pour leur implication dans les SIW. Les résultats indiquent que les professionnels de l'information rencontrés interviennent dans les SIW aux niveaux micro et macro, c'est-à-dire dans des SIW spécifiques ainsi que globalement au niveau de l'ensemble des SIW d'un ministère ou du gouvernement fédéral. Ces professionnels de l'information sont impliqués dans toutes les dimensions et les phases de développement des SIW. Les tâches liées au contenu sont prédominantes mais les tâches technologiques sont aussi très présentes. Trois variables se dégagent de cette étude qui ont un impact sur l'intervention des professionnels de l'information dans les SIW : les types de SIW, les types de postes occupés par les professionnels de l'information et les types de gouvernance.

La loi applicable au fond dans les litiges concernant les noms de domaine

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures En vue de l'obtention du grade de Maîtrise en droit (L.L.M.)"

Le motif d’empaquetage le long du sillon: une nouvelle entité structurale récurrente dans les ARN ribosomiques

La plupart des molécules d’ARN doivent se replier en structure tertiaire complexe afin d’accomplir leurs fonctions biologiques. Cependant, les déterminants d’une chaîne de polynucléotides qui sont nécessaires à son repliement et à ses interactions avec d’autres éléments sont essentiellement inconnus. L’établissement des relations structure-fonction dans les grandes molécules d’ARN passe inévitablement par l’analyse de chaque élément de leur structure de façon individuelle et en contexte avec d’autres éléments. À l’image d’une construction d’immeuble, une structure d’ARN est composée d’unités répétitives assemblées de façon spécifique. Les motifs récurrents d’ARN sont des arrangements de nucléotides retrouvés à différents endroits d’une structure tertiaire et possèdent des conformations identiques ou très similaires. Ainsi, une des étapes nécessaires à la compréhension de la structure et de la fonction des molécules d’ARN consiste à identifier de façon systématique les motifs récurrents et d’en effectuer une analyse comparative afin d’établir la séquence consensus. L’analyse de tous les cas d’empaquetage de doubles hélices dans la structure du ribosome a permis l’identification d’un nouvel arrangement nommé motif d’empaquetage le long du sillon (AGPM) (along-groove packing motif). Ce motif est retrouvé à 14 endroits dans la structure du ribosome de même qu’entre l’ARN ribosomique 23S et les molécules d’ARN de transfert liées aux sites ribosomaux P et E. Le motif se forme par l’empaquetage de deux doubles hélices via leur sillon mineur. Le squelette sucre-phosphate d’une hélice voyage le long du sillon mineur de l’autre hélice et vice versa. Dans chacune des hélices, la région de contact comprend quatre paires de bases. L’empaquetage le plus serré est retrouvé au centre de l’arrangement où l’on retrouve souvent une paire de bases GU dans une hélice interagissant avec une paire de bases Watson-Crick (WC) dans l’autre hélice. Même si la présence des paires de bases centrales GU versus WC au centre du motif augmente sa stabilité, d’autres alternatives existent pour différents représentants du motif. L’analyse comparative de trois librairies combinatoires de gènes d’AGPM, où les paires de bases centrales ont été variées de manière complètement aléatoire, a montré que le contexte structural influence l’étendue de la variabilité des séquences de nucléotides formant les paires de bases centrales. Le fait que l’identité des paires de bases centrales puisse varier suggérait la présence d’autres déterminants responsables au maintien de l’intégrité du motif. L’analyse de tous les contacts entre les hélices a révélé qu’en dehors du centre du motif, les interactions entre les squelettes sucre-phosphate s’effectuent via trois contacts ribose-ribose. Pour chacun de ces contacts, les riboses des nucléotides qui interagissent ensemble doivent adopter des positions particulières afin d’éviter qu’ils entrent en collision. Nous montrons que la position de ces riboses est modulée par des conformations spécifiques des paires de bases auxquelles ils appartiennent. Finalement, un autre motif récurrent identifié à l’intérieur même de la structure de trois cas d’AGPM a été nommé « adenosine-wedge ». Son analyse a révélé que ce dernier est lui-même composé d’un autre arrangement, nommé motif triangle-NAG (NAG-triangle). Nous montrons que le motif « adenosine-wedge » représente un arrangement complexe d’ARN composé de quatre éléments répétitifs, c’est-à-dire des motifs AGPM, « hook-turn », « A-minor » et triangle-NAG. Ceci illustre clairement l’arrangement hiérarchique des structures d’ARN qui peut aussi être observé pour d’autres motifs d’ARN. D’un point de vue plus global, mes résultats enrichissent notre compréhension générale du rôle des différents types d’interactions tertiaires dans la formation des molécules d’ARN complexes.

Représentation et recherche de motifs cycliques et structuraux d’ARN connus dans les structures secondaires

L'acide désoxyribonucléique (ADN) et l'acide ribonucléique (ARN) sont des polymères de nucléotides essentiels à la cellule. À l'inverse de l'ADN qui sert principalement à stocker l'information génétique, les ARN sont impliqués dans plusieurs processus métaboliques. Par exemple, ils transmettent l’information génétique codée dans l’ADN. Ils sont essentiels pour la maturation des autres ARN, la régulation de l’expression génétique, la prévention de la dégradation des chromosomes et le ciblage des protéines dans la cellule. La polyvalence fonctionnelle de l'ARN résulte de sa plus grande diversité structurale. Notre laboratoire a développé MC-Fold, un algorithme pour prédire la structure des ARN qu'on représente avec des graphes d'interactions inter-nucléotidiques. Les sommets de ces graphes représentent les nucléotides et les arêtes leurs interactions. Notre laboratoire a aussi observé qu'un petit ensemble de cycles d'interactions à lui seul définit la structure de n'importe quel motif d'ARN. La formation de ces cycles dépend de la séquence de nucléotides et MC-Fold détermine les cycles les plus probables étant donnée cette séquence. Mon projet de maîtrise a été, dans un premier temps, de définir une base de données des motifs structuraux et fonctionnels d'ARN, bdMotifs, en terme de ces cycles. Par la suite, j’ai implanté un algorithme, MC-Motifs, qui recherche ces motifs dans des graphes d'interactions et, entre autres, ceux générés par MC-Fold. Finalement, j’ai validé mon algorithme sur des ARN dont la structure est connue, tels que les ARN ribosomaux (ARNr) 5S, 16S et 23S, et l'ARN utilisé pour prédire la structure des riborégulateurs. Le mémoire est divisé en cinq chapitres. Le premier chapitre présente la structure chimique, les fonctions cellulaires de l'ARN et le repliement structural du polymère. Dans le deuxième chapitre, je décris la base de données bdMotifs. Dans le troisième chapitre, l’algorithme de recherche MC-Motifs est introduit. Le quatrième chapitre présente les résultats de la validation et des prédictions. Finalement, le dernier chapitre porte sur la discussion des résultats suivis d’une conclusion sur le travail.