Large scale identification of protein SUMOylation by mass spectrometry in HEK293 cells

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The Political and Artistic Program of Prince Petru Rares of Moldavia (1527-1538 and 1541-1546) and the Fresco Series Depicting the “Life of the Mother of God” in the Church of Humor Monastery

En 1993, l’église du monastère Humor et six autres églises du nord de la Moldavie (Roumanie) ont été classifiés comme patrimoine de l'UNESCO, en particulier en raison de leurs caractéristiques iconographiques et architecturales uniques. Construit au seizième siècle, le monastère Humor est devenu un riche centre religieux et culturel sous le patronage du prince Petru Rares de Moldavie. Ce centre a encouragé les innovations architecturales ecclésiales, ainsi qu’un programme très prolifique de fresques, extérieures et intérieures, exprimant une créativité au-delà du canon de la peinture de l'époque. La présente thèse est concentrée sur ces innovations architecturales et iconographiques, comprises à la lumière du contexte historique de ce moment unique dans l'histoire de la Moldavie, dans le siècle qui suivit la chute de Constantinople (1453). Tandis que la première partie de la thèse est concentrée sur ces circonstances historiques, et plus précisément sur l'impact du patronage du Prince Rares, la deuxième partie de la recherche est concentrée sur l'analyse des sources littéraires et de la théologie d’une série unique de fresques, placé dans la gropnita (chambre funéraire) de l’église monastique d’Humor, évoquant la vie de la Mère de Dieu. La série est un exemple extraordinaire d’interaction des textes, le Protévangile de Jacques et le Synaxarion, avec l'iconographie. Une attention particulière à l'iconographie du monastère Humor démontre le besoin de la corrélation entre texte et icône d'une part, ainsi que la nécessité d’une corrélation entre les études théologiques, l'art et l’histoire d’autre part. Un autre avantage de la recherche est de contribuer à une appréciation plus riche des trésors culturels et religieux des communautés chrétiennes de l'Europe de l'Est aux points de vue religieux et culturel, en réponse à leur reconnaissance comme patrimoine de l’UNESCO.

Assessment of Tandem Mass Spectrometry and High Resolution Mass Spectrometry for the Analysis of Bupivacaine in Plasma

Triple quadrupole mass spectrometers coupled with high performance liquid chromatography are workhorses in quantitative bioanalyses. It provides substantial benefits including reproducibility, sensitivity and selectivity for trace analysis. Selected Reaction Monitoring allows targeted assay development but data sets generated contain very limited information. Data mining and analysis of non-targeted high-resolution mass spectrometry profiles of biological samples offer the opportunity to perform more exhaustive assessments, including quantitative and qualitative analysis. The objectives of this study was to test method precision and accuracy, statistically compare bupivacaine drug concentration in real study samples and verify if high resolution and accurate mass data collected in scan mode can actually permit retrospective data analysis, more specifically, extract metabolite related information. The precision and accuracy data presented using both instruments provided equivalent results. Overall, the accuracy was ranging from 106.2 to 113.2% and the precision observed was from 1.0 to 3.7%. Statistical comparisons using a linear regression between both methods reveal a coefficient of determination (R2) of 0.9996 and a slope of 1.02 demonstrating a very strong correlation between both methods. Individual sample comparison showed differences from -4.5% to 1.6% well within the accepted analytical error. Moreover, post acquisition extracted ion chromatograms at m/z 233.1648 ± 5 ppm (M-56) and m/z 305.2224 ± 5 ppm (M+16) revealed the presence of desbutyl-bupivacaine and three distinct hydroxylated bupivacaine metabolites. Post acquisition analysis allowed us to produce semiquantitative evaluations of the concentration-time profiles for bupicavaine metabolites.

Development of Imaging Mass Spectrometry Analysis of Lipids in Biological and Clinically Relevant Applications

La spectrométrie de masse mesure la masse des ions selon leur rapport masse sur charge. Cette technique est employée dans plusieurs domaines et peut analyser des mélanges complexes. L’imagerie par spectrométrie de masse (Imaging Mass Spectrometry en anglais, IMS), une branche de la spectrométrie de masse, permet l’analyse des ions sur une surface, tout en conservant l’organisation spatiale des ions détectés. Jusqu’à présent, les échantillons les plus étudiés en IMS sont des sections tissulaires végétales ou animales. Parmi les molécules couramment analysées par l’IMS, les lipides ont suscité beaucoup d'intérêt. Les lipides sont impliqués dans les maladies et le fonctionnement normal des cellules; ils forment la membrane cellulaire et ont plusieurs rôles, comme celui de réguler des événements cellulaires. Considérant l’implication des lipides dans la biologie et la capacité du MALDI IMS à les analyser, nous avons développé des stratégies analytiques pour la manipulation des échantillons et l’analyse de larges ensembles de données lipidiques. La dégradation des lipides est très importante dans l’industrie alimentaire. De la même façon, les lipides des sections tissulaires risquent de se dégrader. Leurs produits de dégradation peuvent donc introduire des artefacts dans l’analyse IMS ainsi que la perte d’espèces lipidiques pouvant nuire à la précision des mesures d’abondance. Puisque les lipides oxydés sont aussi des médiateurs importants dans le développement de plusieurs maladies, leur réelle préservation devient donc critique. Dans les études multi-institutionnelles où les échantillons sont souvent transportés d’un emplacement à l’autre, des protocoles adaptés et validés, et des mesures de dégradation sont nécessaires. Nos principaux résultats sont les suivants : un accroissement en fonction du temps des phospholipides oxydés et des lysophospholipides dans des conditions ambiantes, une diminution de la présence des lipides ayant des acides gras insaturés et un effet inhibitoire sur ses phénomènes de la conservation des sections au froid sous N2. A température et atmosphère ambiantes, les phospholipides sont oxydés sur une échelle de temps typique d’une préparation IMS normale (~30 minutes). Les phospholipides sont aussi décomposés en lysophospholipides sur une échelle de temps de plusieurs jours. La validation d’une méthode de manipulation d’échantillon est d’autant plus importante lorsqu’il s’agit d’analyser un plus grand nombre d’échantillons. L’athérosclérose est une maladie cardiovasculaire induite par l’accumulation de matériel cellulaire sur la paroi artérielle. Puisque l’athérosclérose est un phénomène en trois dimension (3D), l'IMS 3D en série devient donc utile, d'une part, car elle a la capacité à localiser les molécules sur la longueur totale d’une plaque athéromateuse et, d'autre part, car elle peut identifier des mécanismes moléculaires du développement ou de la rupture des plaques. l'IMS 3D en série fait face à certains défis spécifiques, dont beaucoup se rapportent simplement à la reconstruction en 3D et à l’interprétation de la reconstruction moléculaire en temps réel. En tenant compte de ces objectifs et en utilisant l’IMS des lipides pour l’étude des plaques d’athérosclérose d’une carotide humaine et d’un modèle murin d’athérosclérose, nous avons élaboré des méthodes «open-source» pour la reconstruction des données de l’IMS en 3D. Notre méthodologie fournit un moyen d’obtenir des visualisations de haute qualité et démontre une stratégie pour l’interprétation rapide des données de l’IMS 3D par la segmentation multivariée. L’analyse d’aortes d’un modèle murin a été le point de départ pour le développement des méthodes car ce sont des échantillons mieux contrôlés. En corrélant les données acquises en mode d’ionisation positive et négative, l’IMS en 3D a permis de démontrer une accumulation des phospholipides dans les sinus aortiques. De plus, l’IMS par AgLDI a mis en évidence une localisation différentielle des acides gras libres, du cholestérol, des esters du cholestérol et des triglycérides. La segmentation multivariée des signaux lipidiques suite à l’analyse par IMS d’une carotide humaine démontre une histologie moléculaire corrélée avec le degré de sténose de l’artère. Ces recherches aident à mieux comprendre la complexité biologique de l’athérosclérose et peuvent possiblement prédire le développement de certains cas cliniques. La métastase au foie du cancer colorectal (Colorectal cancer liver metastasis en anglais, CRCLM) est la maladie métastatique du cancer colorectal primaire, un des cancers le plus fréquent au monde. L’évaluation et le pronostic des tumeurs CRCLM sont effectués avec l’histopathologie avec une marge d’erreur. Nous avons utilisé l’IMS des lipides pour identifier les compartiments histologiques du CRCLM et extraire leurs signatures lipidiques. En exploitant ces signatures moléculaires, nous avons pu déterminer un score histopathologique quantitatif et objectif et qui corrèle avec le pronostic. De plus, par la dissection des signatures lipidiques, nous avons identifié des espèces lipidiques individuelles qui sont discriminants des différentes histologies du CRCLM et qui peuvent potentiellement être utilisées comme des biomarqueurs pour la détermination de la réponse à la thérapie. Plus spécifiquement, nous avons trouvé une série de plasmalogènes et sphingolipides qui permettent de distinguer deux différents types de nécrose (infarct-like necrosis et usual necrosis en anglais, ILN et UN, respectivement). L’ILN est associé avec la réponse aux traitements chimiothérapiques, alors que l’UN est associé au fonctionnement normal de la tumeur.

The relationship between fructose consumption and risk of obesity in two Aboriginal populations

Résumé La prédominance de l'obésité qui touche les enfants et les adultes a augmenté dans le monde entier ces dernières décennies. Les différentes études épidémiologiques ont prouvé que l'obésité est devenue une préoccupation profonde de santé aux États-Unis et au Canada. Il a été montré que l'obésité a beaucoup d’effets sur la santé ainsi il serait important de trouver différentes causes pour le gain de poids. Il est clair que l'obésité soit la condition de multiples facteurs et implique des éléments génétiques et environnementaux. Nous nous concentrons sur les facteurs diététiques et particulièrement le fructose où sa consommation a parallèlement augmenté avec l'augmentation du taux d'obésité. La forme principale du fructose est le sirop de maïs à haute teneur en fructose (HFCS) qui est employé en tant qu'édulcorant primordial dans la plupart des boissons et nourritures en Amérique du Nord. Il a été suggéré que la prise du fructose serait probablement un facteur qui contribue à l’augmentation de la prédominance de l'obésité. L'objectif de cette étude était d'évaluer s'il y a un rapport entre la consommation du fructose et le risque d'obésité. Nous avons travaillé sur deux bases de données des nations Cree et Inuit. Nous avons eu un groupe de 522 adultes Cree, (263 femmes et 259 hommes) dans deux groupes d'âge : les personnes entre 20 et 40 ans, et les personnes de 40 à 60 ans. Nous les avons classés par catégorie en quatre groupes d'indice de masse corporelle (IMC). L'outil de collecte de données était un rappel de 24 heures. En revanche, pour la base de données d'Inuit nous avons eu 550 adultes (301 femmes et 249 hommes) dans deux groupes d'âge semblables à ceux du Cree et avec 3 catégories d’indice de masse corporelle. Les données dans la base d'Inuit ont été recueillies au moyen de deux rappels de 24 heures. Nous avons extrait la quantité de fructose par 100 grammes de nourriture consommés par ces deux populations et nous avons créé des données de composition en nourriture pour les deux. Nous avons pu également déterminer les sources principales du fructose pour ces populations. Aucun rapport entre la consommation du fructose et l’augmentation de l’indice de masse corporelle parmi les adultes de Cree et d'Inuit n’a été détecté. Nous avons considéré l’apport énergétique comme facteur confondant potentiel et après ajustement, nous avons constaté que l'indice de masse corporelle a été associé à l’apport énergétique total et non pas à la consommation du fructose. Puisque dans les études qui ont trouvé une association entre la consommation de fructose et l’obésité, le niveau de la consommation de fructose était supérieure à 50 grammes par jour et comme dans cette étude ce niveau était inférieur à cette limite (entre 20.6 et 45.4 g/jour), nous proposons que des effets negatifs du fructose sur la masse corporelle pourraient être testés dans des populations à plus haute consommation. Les essais cliniques randomisés et éventuelles études cohortes avec différents niveaux de consommation de fructose suivis à long terme pourraient aussi être utiles. Mots clés : fructose, sirop de maïs à haute teneur en fructose (HFCS), obésité et poids excessif

“This wasn’t supposed to happen” : making sense of emotions in the face of expectation breach

Des recherches antérieures sur les émotions en contexte organisationnel, notamment autour des notions de travail émotionnel, de contrat psychologique et d'équité, ont souvent soulevé la question de la rationalité et du caractère approprié ou non des manifestations émotionnelles, ainsi que sur les mécanismes utilisés pour contrôler et modérer celles-ci. Cependant, peu de recherche empirique a été effectuée sur la façon dont les employés eux-mêmes font sens de leurs émotions au travail et le processus par lequel ils parviennent à rendre celle-ci compréhensibles et légitimes, à la fois pour eux-mêmes et pour autrui. Au cours des dernières années, un courant de recherche émergent tend toutefois à mettre de côté la perspective normative / rationaliste pour soulever ce type de questions. Ainsi, au lieu d'être considérées comme des expériences strictement subjectives, privées, voire inaccessibles, les émotions y sont envisagées à travers les discours et les mises en récits dont elles font l’objet. Les émotions apparaissent ainsi non seulement exprimées dans le langage et la communication, mais construites et négociées à travers eux. La recherche présente développe empiriquement cette perspective émergente, notamment en faisant appel aux théories du sensemaking et de la narration, à travers l’analyse détaillée des récits de quatre employés chargés du soutien à la vente pour un revendeur de produits informatiques. En demandant à mes sujets de parler de leurs expériences émotionnelles et en analysant leurs réponses selon une méthodologie d’analyse narrative, cette recherche explore ainsi la façon dont les employés parviennent à construire le sens et la légitimité de leurs expériences émotionnelles. Les résultats suggèrent entre autres que ces processus de construction de sens sont très étroitement liés aux enjeux d’identité et de rôle.

Les articulations de l'arabité et du genre à travers les chaines d'équivalence : le cas de Uprising of Women in the Arab World

Ce mémoire de maîtrise s’intéresse aux nouvelles expressions protestataires qui ont émergé après les soulèvements connus sous le « printemps arabe » en prenant, comme objet d’analyse, Uprising of Women in the Arab World (UWAW), une page Facebook qui œuvre pour les droits des femmes à travers le « monde arabe ». Ce travail propose de saisir cette page Facebook à travers les croisements d’enjeux d’arabité et de genre, dans une perspective discursive critique. La notion d’arabité désigne une appartenance commune au « monde arabe » qui reposerait sur la production de référents religieux et linguistiques partagés par l’ensemble des pays arabes. Le genre est abordé comme un langage privilégié pour signifier les rapports de pouvoir (Scott, 1988). Afin de mettre en lumière les différentes intersections de l’arabité et du genre, je propose de recourir au concept d’articulation (Hall, 1980). Ce dernier réfère à l’assemblage de différentes pratiques de production qui constituent un discours. Cette mise en relation, non-nécessaire, s’effectue dans une conjoncture régie par les forces hégémoniques du moment. Ainsi, le concept d’articulation permet d’explorer ce que font dans leur (co)présence les discours hétérogènes par et dans lesquels l’arabité et le genre sont rendus visibles dans et à travers la page UWAW. Ces articulations sont questionnées à partir du concept de chaine d’équivalence de Laclau (2008) qui désigne une condensation de revendications hétérogènes, à travers des relations d’équivalence et de différence. Ces dernières se produisent à travers l’affirmation des particularités des revendications, tandis que les relations d’équivalence sont basées sur la mise en avant de la communalité des revendications. Cette recherche est guidée par la proposition de recherche suivante : UWAW peut être comprise comme un espace discursif traversé par des chaines d’équivalences où les articulations de l’arabité et du genre se matérialiseraient selon des relations d’équivalence et de différence. Elle fait l’objet d’une analyse critique de trois campagnes ayant eu cours sur l’UWAW en 2014. Ces dernières sont abordées comme des lieux de discours, soit des espaces construits dans et par un recours à des discours spécifiques qui participent à la production de savoirs situés dont ils sont aussi, de quelque manière, les produits. Ainsi, l’analyse s’attarde à comprendre comment la production de sens repose sur des discours concurrentiels qui puisent dans des savoirs différents qu’ils contribuent à faire circuler. L’analyse démontre la grande hétérogénéité de l’arabité qui s’est manifestée sous un visage distinct dans chaque campagne. Elle est homogénéisée et universalisée dans Do You know, clivée dans Israël Apartheid Week, et citoyenne dans « Je ne resterai pas silencieuse ». Le genre est davantage stabilisé, puisqu’il agit principalement comme force universalisante dans les trois campagnes.

De episcopis Hispaniarum : agents of continuity in the long fifth century

En année 408 après J.-C., l’Espagne, malgré sa position péninsulaire à la fin de l’Europe, était intégrée à une culture pan-Méditerranéenne qui s’étendait du Portugal jusqu’à la Syrie. Trois décennies n’étaient pas encore passées depuis l’instauration du Christianisme comme religion de l’état romain et l’Eglise Catholique était en pleine croissance. L’année suivante, l’Espagne entra sur une voie de transformation irrémédiable alors que les païens, avec leurs langues barbares Germaniques franchirent les Pyrénées portant la guerre et la misère aux Hispano-Romains et fondant leurs royaumes là où auparavant gouvernait l’état romain. Dans le désarroi du Ve siècle, les évêques Catholiques luttèrent pour imposer leur dominance dans les communautés et dans les coeurs des pieux. À la lumière des progrès dans l’archéologie et la qualité des éditions critiques de nos sources littéraires est venu le moment d’identifier les évêques ibériques avec une attention aux conditions régionales. Ce mémoire caractérise les évêques de l’Espagne et du Portugal et démontre les épreuves auxquelles ils firent face comme intermédiaires entre indigènes et envahisseurs, comme évangélistes parmi les païens, persécuteurs des apostates et gardiens de la romanitas à la fin du monde Antique.