Étude du mécanisme du changement programmé -1 du cadre de lecture par le ribosome

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Caractérisation du décalage du cadre de lecture de la protéine ataxine-3

Les expansions du codon CAG (polyQ) sont impliquées dans neuf maladies neurodégénératives. Notre groupe a démontré que, lors de la traduction de la protéine ataxine-3 (Atx3) mutée qui est impliquée dans l’ataxie spinocérébelleuse de type 3 (SCA3), un changement du cadre de lecture vers un cadre décalé -1 (GCA) se produit. La traduction dans ce nouveau cadre de lecture entraine la production de polyalanine et ceci amplifierait la toxicité des polyQ. Le changement de cadre de lecture (ccl) ribosomique peut se produire des virus aux mammifères mais peu de choses sont connues sur son impact chez l’humain. Afin d’étudier ce phénomène dans la protéine Atx3 avec expansion de polyQ, nous avons établi un modèle de Drosophile transgénique et testé si c’était l’ARNm ou la protéine mutée qui était toxique. Nous avons aussi employé un essai de toeprinting (TP) afin d’identifier l’emplacement précis où les ribosomes changent de cadre de lecture sur l’ARNm. Nos résultats indiquent que la toxicité est due à la présence de polyalanines faisant suite au ccl et que l’ARNm en soi n’est pas la cause directe de la toxicité. De plus, nous avons observé que les ribosomes s’arrêtent au 48ième codon glutamine et que cet arrêt est spécifique aux polyQ. L’arrêt des ribosomes a d’ailleurs aussi été observé dans d’autres maladies avec expansions de polyQ. Puisque ces maladies ont des caractéristiques communes, un blocage de ce ccl pourrait atténuer les symptômes des patients SCA3 et d’autres maladies à expansions de polyQ

Sélection de peptides altérant le changement de cadre de lecture -1 programmé du VIH-1

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Influence de l'initiation de la traduction sur le changement programmé du cadre de lecture en -1 responsable de la synthèse des enzymes du virus de l’immunodéficience humaine de type 1

Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est responsable du syndrome de l’immunodéficience acquise (SIDA). Il faut identifier de nouvelles cibles pour le développement d’agents anti-VIH-1, car ce virus développe une résistance aux agents présentement utilisés. Notre but est d’approfondir la caractérisation de l’étape du changement de cadre de lecture ribosomique en -1 (déphasage -1) nécessaire à la production du précurseur des enzymes du VIH-1. Ce déphasage est programmé et effectué par une minorité de ribosomes lorsqu’ils traduisent la séquence dite glissante à un endroit spécifique de l’ARN messager (ARNm) pleine-longueur du VIH-1. L’efficacité de déphasage est contrôlée par le signal stimulateur de déphasage (SSF), une tige-boucle irrégulière située en aval de la séquence glissante. La structure du SSF est déroulée lors du passage d’un ribosome, mais elle peut se reformer ensuite. Nous avons montré que des variations de l’initiation de la traduction affectent l’efficacité de déphasage. Nous avons utilisé, dans des cellules Jurkat-T et HEK 293T, un rapporteur bicistronique où les gènes codant pour les luciférases de la Renilla (Rluc) et de la luciole (Fluc) sont séparés par la région de déphasage du VIH-1. La Rluc est produite par tous les ribosomes traduisant l’ARNm rapporteur alors que la Fluc est produite uniquement par les ribosomes effectuant un déphasage. L’initiation de ce rapporteur est coiffe-dépendante, comme pour la majorité des ARNm cellulaires. Nous avons examiné l’effet de trois inhibiteurs de l’initiation et montré que leur présence augmente l’efficacité de déphasage. Nous avons ensuite étudié l’effet de la tige-boucle TAR, qui est présente à l’extrémité 5’ de tous les ARNm du VIH-1. TAR empêche la liaison de la petite sous-unité du ribosome (40S) à l’ARNm et module aussi l’activité de la protéine kinase dépendante de l’ARN double-brin (PKR). L’activation de PKR inhibe l’initiation en phosphorylant le facteur d’initiation eucaryote 2 (eIF2) alors que l’inhibition de PKR a l’effet inverse. Nous avons étudié l’effet de TAR sur la traduction et le déphasage via son effet sur PKR en utilisant TAR en trans ou en cis, mais à une certaine distance de l’extrémité 5’ afin d’éviter l’interférence avec la liaison de la 40S. Nous avons observé qu’une faible concentration de TAR, qui active PKR, augmente l’efficacité de déphasage alors qu’une concentration élevée de TAR, qui inhibe PKR, diminue cette efficacité. Nous avons proposé un modèle où des variations de l’initiation affectent l’efficacité de déphasage en modifiant la distance entre les ribosomes parcourant l’ARNm et, donc, la probabilité qu’ils rencontrent un SSF structuré. Par la suite, nous avons déterminé l’effet de la région 5’ non traduite (UTR) de l’ARNm pleine-longueur du VIH-1 sur l’efficacité de déphasage. Cette 5’UTR contient plusieurs régions structurées, dont TAR à l’extrémité 5’, qui peut interférer avec l’initiation. Cet ARNm a une coiffe permettant une initiation coiffe-dépendante ainsi qu’un site d’entrée interne des ribosomes (IRES), permettant une initiation IRES-dépendante. Nous avons introduit cette 5’UTR, complète ou en partie, comme 5’UTR de notre ARNm rapporteur bicistronique. Nos résultats démontrent que cette 5’UTR complète inhibe l’initiation coiffe dépendante et augmente l’efficacité de déphasage et que ces effets sont dus à la présence de TAR suivie de la tige-boucle Poly(A). Nous avons aussi construit un rapporteur tricistronique où les ribosomes exprimant les luciférases utilisent obligatoirement l’IRES. Nous avons observé que cette initiation par l’IRES est faible et que l’efficacité de déphasage correspondante est également faible. Nous avons formulé une hypothèse pour expliquer cette situation. Nous avons également observé que lorsque les deux modes d’initiation sont disponibles, l’initiation coiffe dépendante est prédominante. Finalement, nous avons étudié l’effet de la protéine virale Tat sur l’initiation de la traduction et sur l’efficacité de déphasage. Nous avons montré qu’elle augmente l’initiation de la traduction et que son effet est plus prononcé lorsque TAR est située à l’extrémité 5’ des ARNm. Nous proposons un modèle expliquant les effets de Tat sur l’initiation de la traduction par l’inhibition de PKR ainsi que par des changements de l’expression de protéines cellulaires déroulant TAR. Ces résultats permettent de mieux comprendre les mécanismes régissant le déphasage du VIH-1, ce qui est essentiel pour le développement d’agents anti-déphasage.

Déficit familial de la LCAT au Québec : description d’une première mutation et contribution du génotype de l’APO E sur le phénotype lipoprotéique

Le déficit familial de LCAT (FLD) est une maladie caractérisée par un défaut de l’activité de l’enzyme lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT). Ce défaut résulte en une concentration plasmatique de C-HDL extrêmement basse, des opacités cornéennes prématurées, la présence d’anémie, de protéinurie et d’insuffisance rénale. Nous avons identifié les premiers patients canadiens-français atteints de déficit familial de LCAT. Deux frères, présentant les signes classiques de FLD étaient homozygotes pour une nouvelle mutation du gène de la LCAT: la mutation c.102delG. Cette mutation se traduit au niveau protéique par un changement du cadre de lecture au niveau du codon His35 et l’insertion d’un codon stop en position 61 entraînant une abolition de l’activité LCAT in vitro et in vivo. La présence de cette mutation cause une réduction importante du C-HDL chez les hétérozygotes (22%) et les homozygotes (88%) ainsi qu’une baisse du C-LDL chez les hétérozygotes (35%) et les homozygotes (58%). De plus, le profil lipidique différait de manière importante entre les deux frères atteints de FLD qui présentaient des génotypes APOE différents. Nous suggérons que APOE est un gène qui modifie le phénotype du FLD et pourrait expliquer l’hétérogénéité des profils lipidiques chez les patients atteints de FLD. Nos résultats suggèrent également que l’association du génotype LCAT-/- a un allèle APOE ε2 est un nouveau mécanisme conduisant à la dysbétalipoproteinemie. Finalement nous avons montré des différences importantes dans les sous-populations des HDL chez les deux sujets atteints de FLD. Le porteur de l’allèle APOE ε2 présentait une proportion beaucoup plus importante de HDL immatures (preβ discoïdaux) par rapport a son frère (77.9% vs. 31.0%).

Étude du mécanisme de décalage de phase de lecture en-1 du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 et de son importance dans la réplication du virus

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Nouvelle vague d'OGM dans nos assiettes : Qu'en est-il du cadre législatif canadien à l'égard du saumon transgénique ?

Marie-Ève Couture-Ménard, Étudiante à la maîtrise (Faculté de droit, Université de Montréal, Directrice de recherche : T. Leroux)

La détermination du cadre juridictionnel et législatif applicable aux contrats de cyberconsommation

Un résumé en anglais est également disponible.

L’influence de la gouvernance sur la capacité de changement du système de soins : l’exemple de l’implantation des groupes de médecine de famille

Cette thèse s’intéresse à la gouvernance de changements en contextes pluralistes. Nous souhaitons mieux comprendre l’exercice de gouvernance déployé pour développer et implanter un changement par le biais d’une politique publique visant la transformation d’organisations pluralistes. Pour ce faire, nous étudions l’émergence et l’implantation de la politique encadrant la création de groupes de médecine de famille (GMF) à l’aide d’études de cas correspondant à cinq GMF. Les cas sont informés par plus de cents entrevues réalisées en deux vagues ainsi que par une analyse documentaire et des questionnaires portant sur l’organisation du GMF. Trois articles constituent le cœur de la thèse. Dans le premier article, nous proposons une analyse de l’émergence et de l’implantation de la politique GMF à l’aide d’une perspective processuelle et contextuelle développée à partir du champ du changement organisationnel, tel qu’étudié en théorie des organisations. Les résultats démontrent que la gestion du changement en contexte pluraliste est liée à de multiples processus prescrits et construits. Nous avons qualifié ce phénomène de régulation de l’action social (regulation of collective action). La conceptualisation développée et les résultats de l’analyse permettent de mieux comprendre les interactions entre les processus, le contexte et la nature du changement. Le deuxième article propose une conceptualisation de la gouvernance permettant l’étude de la gouvernance en contextes pluralistes. La conceptualisation de la gouvernance proposée tire profit de plusieurs courants des sciences politiques et de l’administration publique. Elle considère la gouvernance comme un ensemble de processus auxquels participent plusieurs acteurs détenant des capacités variables de gouvernance. Ces processus émergent des actions des acteurs et des instruments qu’ils mobilisent. Ils permettent la réalisation des fonctions de la gouvernance (la prospective, la prise de décisions ainsi que la régulation) assurant la coordination de l’action collective. Le troisième article propose, comme le premier, une analyse de l’émergence et de l’implantation de la politique mais cette fois à l’aide de la conceptualisation de la gouvernance développée dans l’article précédent. Nos résultats permettent des apprentissages particuliers concernant les différentes fonctions de la gouvernance et les processus permettant leur réalisation. Ils révèlent l’influence du pluralisme sur les différentes fonctions de gouvernance. Dans un tel contexte, la fonction de régulation s’exerce de façon indirecte et est étroitement liée aux fonctions de prospective et de prise de décisions. Ces fonctions rendent possibles les apprentissages et le développement de consensus nécessaires à l’action collective. L’analyse des actions et des instruments a permis de mieux comprendre les multiples formes qu’ils prennent, en lien avec les contextes dans lesquels ils sont mobilisés. Les instruments indirects permettent les interactions (p. ex. commission d’étude, comité ou réunion) et la formalisation d’ententes entre acteurs (p. ex. des contrats ou des protocoles de soins). Ils se sont révélés fondamentaux pour coordonner les différents acteurs participant à la gouvernance, et ce tant aux niveaux organisationnel qu’inter organisationnel. Les résultats démontrent que les deux conceptualisations contribuent à l’étude de la gouvernance du changement. Nous avons développé deux perspectives inspirées par les sciences politiques, l’administration publique et la théorie des organisations et les analyses qu’elles ont permises ont révélé leur complémentarité. Les résultats permettent de mieux comprendre les processus impliqués dans un tel changement ainsi que leur lien avec les efforts déployés aux différents niveaux par les acteurs mobilisant leurs capacités de gouvernance pour influencer et construire la politique GMF.

Le rôle d’une insatisfaction corporelle dans l’adoption de pratiques de maintien et de changement du poids chez des adolescents québécois

L’objectif de recherche principal poursuivi dans cette thèse de doctorat est de mieux comprendre le rôle d’une insatisfaction corporelle dans l’adoption de pratiques de maintien et de changement du poids chez des adolescent(e)s québécois(es). Pour atteindre cet objectif de recherche principal, trois articles scientifiques liés les uns aux autres ont été rédigés. Chaque article poursuit des objectifs spécifiques (1er article: estimer les proportions d’adolescent(e)s québécois(e)s poursuivant un objectif de poids apparié et non-apparié à leur poids actuel et identifier les déterminants des objectifs de poids non-apparié au poids actuel, 2e article: identifier des associations entre un objectif de poids apparié vs. non-apparié au poids actuel et la fréquence d’utilisation de différents comportements liés au poids et à l’alimentation, 3e article: observer des associations entre différents degrés d’insatisfaction corporelle et l’utilisation de divers comportements liés au poids et à l’alimentation et examiner le rôle modérateur d’un objectif de poids apparié vs. non-apparié au poids actuel dans ces associations) permettant de répondre à l’objectif de recherche principal. Ces articles ont tous été élaborés à partir de l’analyse secondaire d’une banque de données quantitatives constituée par l’Institut de la statistique du Québec (ISQ) et nommée: Enquête sociale et de santé auprès des enfants et des adolescents québécois (ESSEA). L’ESSEA a été constitué auprès d’un échantillon populationnel et représentatif d’enfants et d’adolescent(e)s québécois(es) âgé(e)s de neuf, 13 et 16 ans. Les résultats de cette thèse indiquent qu’une insatisfaction corporelle est associée à la poursuite d’un objectif de poids non-apparié au poids actuel, ainsi qu’à l’utilisation de comportements liés au poids et à l’alimentation sains, malsains et déviants. Des associations ont également été observées entre l’objectif de poids poursuivi par un adolescent(e) et divers comportements utilisés pour l’atteindre. En effet, la poursuite d’un objectif de poids non-apparié au poids actuel est associée à l’utilisation de comportements malsains. Cette association n’est cependant pas présente en ce qui à trait à l’utilisation de comportements sains et déviants, ceux-ci étant strictement prédits par une insatisfaction corporelle. Des effets de médiation et de modération ont aussi été identifiés. Une insatisfaction corporelle est une variable de médiation entre une détresse psychologique chez les adolescentes et la poursuite d’un objectif de poids non-apparié au poids actuel. Finalement, un objectif de poids non-apparié au poids actuel est une variable modifiant l’association entre une insatisfaction corporelle et l’utilisation de comportements malsains chez les adolescent(e)s québécois(es). En conclusion, il existe diverses associations entre une insatisfaction corporelle et l’adoption de pratiques de maintien et de changement du poids chez des adolescent(e)s québécois(es). Une insatisfaction corporelle est donc une cible d’intervention pertinente pour la santé publique puisqu’elle peut servir de base à l’élaboration d’interventions visant la promotion d’un poids santé ainsi que de saines stratégies de contrôle du poids.

Les cadres de lectures alternatifs : une approche non-conventionnelle pour le développement de vecteurs vaccinaux

Introduction: Les cadres de lectures alternatifs (CLA) sont utilisés par de multiples virus afin de générer plusieurs protéines à partir d'une seule séquence nucléotidique. Les épitopes dits « cryptiques », c’est-à-dire les épitopes dérivés de protéines codées dans des CLAs, ont étés dernièrement l’objet de différentes études portant sur la réponse immunitaire antivirale et les lymphocytes T cytotoxiques. Méthodologie: Afin de vérifier le potentiel immunogène d'épitopes encodés dans des CLAs programmés, trois cassettes ont été construites pour mener à l'expression de trois épitopes bien caractérisés (épitope GAG77–85 du virus de l'immunodéficience humaine de type 1; épitope NS31406-1415 du virus de l'hépatite C; épitope core18-27 du virus de l'hépatite B) à partir de trois cadres de lectures superposés. La première cassette permet une initiation alternative de la traduction, la deuxième comprend deux signaux bipartites en tandem permettant un frameshift ribosomique et la troisième est une cassette contrôle. Ces éléments ont été introduits dans des vecteurs adénoviraux. Les virions générés ont servi à immuniser des souris C57BL/6 transgéniques pour HLA-A*0201 et HLA-DR1. La réponse immunitaire induite une semaine post-immunisation a été mesurée par essai ELISpot IFN . Résultats: Dans le contexte de cassettes vaccinales, les peptides dérivés d'une initiation alternative de traduction et de changement de cadre de lecture ribosomique ribosomal peuvent être exprimés et détectés par le système immunitaire dans un modèle animal. Conclusion: Ces expériences suggèrent la possibilité de développer de nouvelles stratégies vaccinales dans le but de prévenir ou de guérir certaines maladies associées aux infections virales chroniques telles que celles causées par le virus de l’immunodéficience humaine et le virus de l’hépatite C.

Aménagement du cadre dans la psychothérapie de groupe d'orientation analytique auprès des adolescents

Essai doctoral présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l'obtention du grade de Doctorat (D.Psy.) en psychologie clinique

La gestion du cadre bâti dans l'Arrondissement historique et naturel du Mont-Royal

Lorsqu’un site ou un bien est protégé par un statut patrimonial, tant national que local, les règlements d’urbanisme sont un des principaux outils d’encadrement des modifications de l’environnement bâti. Comment ces règlements participent-ils à la conservation des valeurs patrimoniales ? Pour explorer cette question, nous avons choisi le cas de l’arrondissement historique et naturel du Mont-Royal (AHNMR, renommé en 2012 site patrimonial du Mont-Royal), un site majeur pour l’identité de Montréal. Nous avons recensé les valeurs patrimoniales attribuées au site et analysé le processus de gestion des projets dans les quatre arrondissements qui se répartissent la partie montréalaise du territoire de l’AHNMR; nous avons également analysé quelques demandes de permis. Le processus est complexe, d’autant plus que l’évaluation est en bonne partie discrétionnaire, incluant des analyses de fonctionnaires et de comités consultatifs de même que des exercices de consultation publique. La recherche a permis de mettre en lumière que les règlements d’urbanisme ont tendance à se concentrer sur les valeurs dont la matérialité est connue (valeurs architecturales et paysagères notamment) et à délaisser les valeurs immatérielles (valeurs d’usage, valeurs identitaires et emblématiques). La juxtaposition des valeurs peut atténuer ce déséquilibre en protégeant une valeur immatérielle par l’entremise d’une valeur matérielle. La documentation des valeurs patrimoniales et de leur incarnation dans l’aménagement d’un site revêt une importance majeure pour l’application des critères d’évaluation. De plus, l’évaluation discrétionnaire apporte de multiple points de vue sur un projet, des opinions d’acteurs, experts en patrimoine ou non, généralement absents de l’évaluation des projets, ce qui contribue à l’évolution de ces derniers. Les consultations publiques donnent lieu à la réévaluation des valeurs patrimoniales ainsi qu’à l’approfondissement des connaissances.

L'efficacité du cadre légal particulier de la négociation collective visant les pompiers municipaux québécois : le cas des pompiers de Montréal

L’encadrement légal particulier de la négociation collective impliquant les pompiers municipaux québécois, malgré sa soumission à certaines règles prévues par le régime général du Code du travail, présente des spécificités qui pourraient en affecter l’efficacité et ainsi contribuer à l’instauration de relations de travail difficiles. Ce mémoire s’attarde aux difficultés associées à ce régime de négociation collective interdisant le recours à la grève et prévoyant son remplacement par un système d’arbitrage obligatoire. L’étude des relations de travail impliquant les pompiers de Montréal ne permet pas, à elle seule, de qualifier ce régime particulier de négociation collective d’alternative inefficace au régime général. Toutefois, ce mémoire met en évidence les limites d’un cadre légal, alors que des facteurs externes au droit, tels que le caractère public de l’employeur et la nature particulière du métier, semblent jouer un rôle déterminant dans la dynamique conflictuelle des relations de travail impliquant des pompiers municipaux.