AutoFACT: An Automatic Functional Annotation and Classification Tool

Affiliation: Centre Robert-Cedergren de l'Université de Montréal en bio-informatique et génomique & Département de biochimie, Université de Montréal

Characterization of the unfolding of a weak focus and modulus of analytic classification

La thèse présente une description géométrique d’un germe de famille générique déployant un champ de vecteurs réel analytique avec un foyer faible à l’origine et son complexifié : le feuilletage holomorphe singulier associé. On montre que deux germes de telles familles sont orbitalement analytiquement équivalents si et seulement si les germes de familles de difféomorphismes déployant la complexification de leurs fonctions de retour de Poincaré sont conjuguées par une conjugaison analytique réelle. Le “caractère réel” de la famille correspond à sa Z2-équivariance dans R^4, et cela s’exprime comme l’invariance du plan réel sous le flot du système laquelle, à son tour, entraîne que l’expansion asymptotique de la fonction de Poincaré est réelle quand le paramètre est réel. Le pullback du plan réel après éclatement par la projection monoidal standard intersecte le feuilletage en une bande de Möbius réelle. La technique d’éclatement des singularités permet aussi de donner une réponse à la question de la “réalisation” d’un germe de famille déployant un germe de difféomorphisme avec un point fixe de multiplicateur égal à −1 et de codimension un comme application de semi-monodromie d’une famille générique déployant un foyer faible d’ordre un. Afin d’étudier l’espace des orbites de l’application de Poincaré, nous utilisons le point de vue de Glutsyuk, puisque la dynamique est linéarisable auprès des points singuliers : pour les valeurs réels du paramètre, notre démarche, classique, utilise une méthode géométrique, soit un changement de coordonée (coordonée “déroulante”) dans lequel la dynamique devient beaucoup plus simple. Mais le prix à payer est que la géométrie locale du plan complexe ambiante devient une surface de Riemann, sur laquelle deux notions de translation sont définies. Après avoir pris le quotient par le relèvement de la dynamique nous obtenons l’espace des orbites, ce qui s’avère être l’union de trois tores complexes plus les points singuliers (l’espace résultant est non-Hausdorff). Les translations, le caractère réel de l’application de Poincaré et le fait que cette application est un carré relient les différentes composantes du “module de Glutsyuk”. Cette propriété implique donc le fait qu’une seule composante de l’invariant Glutsyuk est indépendante.

Apprentissage automatique pour la détection de relations d'affaire

Les documents publiés par des entreprises, tels les communiqués de presse, contiennent une foule d’informations sur diverses activités des entreprises. C’est une source précieuse pour des analyses en intelligence d’affaire. Cependant, il est nécessaire de développer des outils pour permettre d’exploiter cette source automatiquement, étant donné son grand volume. Ce mémoire décrit un travail qui s’inscrit dans un volet d’intelligence d’affaire, à savoir la détection de relations d’affaire entre les entreprises décrites dans des communiqués de presse. Dans ce mémoire, nous proposons une approche basée sur la classification. Les méthodes de classifications existantes ne nous permettent pas d’obtenir une performance satisfaisante. Ceci est notamment dû à deux problèmes : la représentation du texte par tous les mots, qui n’aide pas nécessairement à spécifier une relation d’affaire, et le déséquilibre entre les classes. Pour traiter le premier problème, nous proposons une approche de représentation basée sur des mots pivots c’est-à-dire les noms d’entreprises concernées, afin de mieux cerner des mots susceptibles de les décrire. Pour le deuxième problème, nous proposons une classification à deux étapes. Cette méthode s’avère plus appropriée que les méthodes traditionnelles de ré-échantillonnage. Nous avons testé nos approches sur une collection de communiqués de presse dans le domaine automobile. Nos expérimentations montrent que les approches proposées peuvent améliorer la performance de classification. Notamment, la représentation du document basée sur les mots pivots nous permet de mieux centrer sur les mots utiles pour la détection de relations d’affaire. La classification en deux étapes apporte une solution efficace au problème de déséquilibre entre les classes. Ce travail montre que la détection automatique des relations d’affaire est une tâche faisable. Le résultat de cette détection pourrait être utilisé dans une analyse d’intelligence d’affaire.

Analyse comparative de l'équivalence terminologique en corpus parallèle et en corpus comparable : application au domaine du changement climatique

Les travaux entrepris dans le cadre de la présente thèse portent sur l’analyse de l’équivalence terminologique en corpus parallèle et en corpus comparable. Plus spécifiquement, nous nous intéressons aux corpus de textes spécialisés appartenant au domaine du changement climatique. Une des originalités de cette étude réside dans l’analyse des équivalents de termes simples. Les bases théoriques sur lesquelles nous nous appuyons sont la terminologie textuelle (Bourigault et Slodzian 1999) et l’approche lexico-sémantique (L’Homme 2005). Cette étude poursuit deux objectifs. Le premier est d’effectuer une analyse comparative de l’équivalence dans les deux types de corpus afin de vérifier si l’équivalence terminologique observable dans les corpus parallèles se distingue de celle que l’on trouve dans les corpus comparables. Le deuxième consiste à comparer dans le détail les équivalents associés à un même terme anglais, afin de les décrire et de les répertorier pour en dégager une typologie. L’analyse détaillée des équivalents français de 343 termes anglais est menée à bien grâce à l’exploitation d’outils informatiques (extracteur de termes, aligneur de textes, etc.) et à la mise en place d’une méthodologie rigoureuse divisée en trois parties. La première partie qui est commune aux deux objectifs de la recherche concerne l’élaboration des corpus, la validation des termes anglais et le repérage des équivalents français dans les deux corpus. La deuxième partie décrit les critères sur lesquels nous nous appuyons pour comparer les équivalents des deux types de corpus. La troisième partie met en place la typologie des équivalents associés à un même terme anglais. Les résultats pour le premier objectif montrent que sur les 343 termes anglais analysés, les termes présentant des équivalents critiquables dans les deux corpus sont relativement peu élevés (12), tandis que le nombre de termes présentant des similitudes d’équivalence entre les corpus est très élevé (272 équivalents identiques et 55 équivalents non critiquables). L’analyse comparative décrite dans ce chapitre confirme notre hypothèse selon laquelle la terminologie employée dans les corpus parallèles ne se démarque pas de celle des corpus comparables. Les résultats pour le deuxième objectif montrent que de nombreux termes anglais sont rendus par plusieurs équivalents (70 % des termes analysés). Il est aussi constaté que ce ne sont pas les synonymes qui forment le groupe le plus important des équivalents, mais les quasi-synonymes. En outre, les équivalents appartenant à une autre partie du discours constituent une part importante des équivalents. Ainsi, la typologie élaborée dans cette thèse présente des mécanismes de l’équivalence terminologique peu décrits aussi systématiquement dans les travaux antérieurs.

Calcul en n-dimensions sur GPU

Le code source de la libraire développée accompagne ce dépôt dans l'état où il était à ce moment. Il est possible de trouver une version plus à jour sur github (http://github.com/abergeron).

Variance in Bioethics Services: Challenges and Opportunities in Canada with a Focus on In-house vs. Outsourced Health Care Ethics Consultations

Étude de cas / Case study

A point-prevalence survey of antimicrobial utilisation within New Brunswick hospitals to focus antimicrobial stewardship efforts and decrease low-value care.

Introduction: Il est important de minimiser le gaspillage et les risques associés aux soins sans valeur. La gestion de l’utilisation des antimicrobiens vise à optimiser leur emploi et doit être adaptée au milieu et à sa population. Objectifs: Évaluer les profiles d’utilisation actuels des antimicrobiens et fixer des objectifs pour les interventions en matière de gestion des antimicrobiens. Méthode: Vingt-et-un hôpitaux du Nouveau-Brunswick offrant des soins de courte durée en médecine générale, en chirurgie et en pédiatrie ont pris part à une enquête sur la prévalence ponctuelle. Tous les patients admis aux hôpitaux participants et ayant reçu au moins un antimicrobien systémique ont été inscrits à l’étude. Les principaux critères d’évaluation étaient le profil d’utilisation, selon l’indication et l’antimicrobien prescrit, le bienfondé de l’utilisation et la durée de la prophylaxie chirurgicale. Des statistiques descriptives et un test d’indépendance 2 furent utilisés pour l’analyse de données. Résultats: L’enquête a été menée de juin à août 2012. Un total de 2244 patients ont été admis pendant la durée de l’étude et 529 (23,6%) ont reçu un antimicrobien. Au total, 691 antimicrobiens ont été prescrits, soit 587 (85%) pour le traitement et 104 (15%) pour la prophylaxie. Les antimicrobiens les plus souvent prescrits pour le traitement (n=587) étaient des classes suivantes : quinolones (25,6%), pénicillines à spectre étendu (10,2%) et métronidazole (8,5%). Les indications les plus courantes du traitement étaient la pneumonie (30%), les infections gastro-intestinales (16%) et les infections de la peau et des tissus mous (14%). Selon des critères définis au préalable, 23% (n=134) des ordonnances pour le traitement étaient inappropriées et 20% (n=120) n’avaient aucune indication de documentée. Les domaines où les ordonnances étaient inappropriées étaient les suivants : défaut de passage de la voie intraveineuse à la voie orale (n=34, 6%), mauvaise dose (n=30, 5%), traitement d’une bactériurie asymptomatique (n=24, 4%) et doublement inutile (n=22, 4%). Dans 33% (n=27) des cas, les ordonnances pour la prophylaxie chirurgicale étaient pour une période de plus de 24 heures. Conclusions: Les résultats démontrent que les efforts de gestion des antimicrobiens doivent se concentrer sur les interventions conventionnelles de gestion de l’utilisation des antimicrobiens, l’amélioration de la documentation, l’optimisation de l’utilisation des quinolones et la réduction au minimum de la durée de la prophylaxie chirurgicale.

Optical imaging and two-photon microscopy study of hemodynamic changes contralateral to ictal focus during epileptiform discharges

Il est relativement bien établi que les crises focales entraînent une augmentation régionale du flot sanguin dans le but de soutenir la demande énergétique en hémoglobine oxygénée des neurones épileptiques. Des changements hémodynamiques précoces ont également été rapportés dans la région homologue controlatérale, bien que ceci ait été moins bien caractérisé. Dans cette étude, notre objectif est de mieux caractériser, lors de crises focales, la nature des changements hémodynamiques précoces dans la région homologue controlatérale au foyer épileptique. L'imagerie optique intrinsèque (IOI) et la microscopie deux-photons sont utilisées pour étudier les changements hémodynamiques dans la région homologue controlatérale au site de crises focales induites par l’injection de 4-aminopyridine (4-AP) dans le cortex somatosensitif ipsilatéral de souris. Dans l'étude d'IOI, des changements de l’oxyhémoglobine (HbO), de la désoxyhémoglobine (HbR) et du débit sanguin cérébral ont été observées dans la région homologue controlatérale au site de crises focales lors de toutes les crises. Toutefois, ces changements étaient hétérogènes, sans patron cohérent et reproduisible. Nos expériences avec la microscopie deux-photons n’ont pas révélé de changements hémodynamiques significatifs dans la région homotopique controlatérale lors de trains de pointes épileptiques. Nos résultats doivent être interprétés avec prudence compte tenu de plusieurs limitations: d’une part absence de mesures électrophysiologiques dans la région d’intérêt controlatérale au foyer simultanément à l’imagerie deux-photons et à l'IOI; d’autre part, lors des expériences avec le deux-photons, incapacité à générer de longues décharges ictales mais plutôt des trains de pointes, couverture spatiale limitée de la région d’intérêt controlatérale, et faible puissance suite au décès prématuré de plusieurs souris pour diverses raisons techniques. Nous terminons en discutant de divers moyens pour améliorer les expériences futures.

The Gandarela Mountain Range and the “resistance space” against iron ore mining threat: a focus on the contrapositions

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Traumatisme craniocérébral, services de santé mentale et suicide de l'enfance à l'âge adulte : une étude épidémiologique et qualitative de la situation québécoise (1987 à 2013)

Introduction et recension des écrits : Récemment, les suicides de vétérans et d’athlètes professionnels ont attiré l’attention sur l’association entre le TCC et le suicide. Les lignes directrices concernant la prise en charge en santé mentale dans cette population demeurent fragmentaires. Les objectifs de cette thèse sont de 1) déterminer si une association existe entre le TCC subi dans l’enfance et le suicide futur, 2) explorer si les personnes qui se sont suicidées ont consulté un psychiatre dans l’année précédant le suicide et évaluer si cela diffère selon que la personne ait eu un TCC ou non, 3) décrire et qualifier l’offre québécoise de santé mentale offerte en réadaptation aux enfants et aux adultes ayant subi un TCC. Méthodologie : Le volet épidémiologique consiste en une étude de cohorte rétrospective sur un échantillon de 135 703 enfants ayant reçu des services médicaux au Québec en 1987 et suivis jusqu’en 2008. Le volet qualitatif comprend un sondage auprès des gestionnaires des programmes de réadaptation TCC du Québec, des groupes de discussion avec des cliniciens et des entrevues avec des survivants de TCC et leurs proches. Résultats : Notre étude épidémiologique confirme une association significative entre le TCC subi dans l’enfance (HR 1,49 IC95% 1,04- 2,14), dans l’adolescence (HR 1,57, IC 95% 1,09-2,26) et à l’âge adulte (HR 2,53, IC95% 1,79-3,59) et le suicide. Malgré un risque de suicide plus élevé, les personnes avec un TCC et qui se sont suicidées n’ont pas consulté de psychiatre plus fréquemment que les personnes sans TCC (OR 1,29, IC 95% 0,75- 2,24). Par ailleurs, notre étude qualitative révèle que les forces du système actuel incluent une bonne qualité des services, mais qu’il existe des faiblesses au niveau de l’accès aux médecins spécialisés, du dépistage systématique et de l’accès aux services à long terme. Nos recommandations incluent le développement d’une approche coordonnée en santé mentale, l’implication automatique d’un gestionnaire de cas et l’amélioration des mécanismes d’accès après le congé.