An ethnolinguistic study of the Yanesha’ (Amuesha) language and speech community in Peru’s Andean Amazon, and the traditional role of Ponapnora, a female rite of passage

Thesis written in co-mentorship with Richard Chase Smith Ph.D, of El Instituto del Bien Comun (IBC) in Peru. The attached file is a pdf created in Word. The pdf file serves to preserve the accuracy of the many linguistic symbols found in the text.

Escherichia coli STb toxin induces apoptosis in intestinal epithelial cell lines

La toxine stable à la chaleur de type b (STb) est une des toxines produites par les souches Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) impliquée dans le développement de la diarrhée. Une étude antérieure par Goncalves et al. (2009) a démontré que les cellules ayant internalisé la toxine STb démontraient une morphologie qui rappelle l’apoptose. Le changement du potentiel membranaire observé par Goncalves et al. (2009) nous a incité à vérifier la capacité de la toxine STb à induire l’apoptose des cellules HRT-18 et IEC-18 par la voie intrinsèque. Les cellules HRT-18 et IEC-18 ont été traitées avec de la toxine purifiée pour une durée de 24 heures puis ells ont été récoltées et examinées pour des caratéristiques de l’apoptose. L’activation des caspases-9 et -3, mais pas de la caspase-8, a été observée dans les deux lignées cellulaires à l’aide des substrats fluorescents spécifiques pour chaque caspase. L’ADN extrait des cellules HRT-18 et IEC-18 a révélé une fragmentation lorsque migré sur gel d’agarose. La condensation et la fragmentation des noyaux ont été observées en microscopie à fluorescence suite à une coloration de l’ADN au Hoechst 33342. Les indices apoptotiques des cellules HRT-18 et IEC-18 traitées avec des quantités croissantes de STb montrent une dose-réponse pour les deux lignées. L’activation de la caspase-9 est une indication que la voie intrinsèque de l’apoptose est activée dans les cellules HRT-18 et IEC-18. L’absence de l’activation de la caspase-8 démontre que la voie extrinsèque n’est pas impliquée dans la mort cellulaire médiée par STb.

Cell lines and animal model in the analysis of pharmacogenomics markers in childhood acute lymphoblastic leukemia

La leucémie aiguë lymphoblastique (LAL) est le cancer pédiatrique le plus fréquent. Elle est la cause principale de mortalité liée au cancer chez les enfants due à un groupe de patient ne répondant pas au traitement. Les patients peuvent aussi souffrir de plusieurs toxicités associées à un traitement intensif de chimiothérapie. Les études en pharmacogénétique de notre groupe ont montré une corrélation tant individuelle que combinée entre les variants génétiques particuliers d’enzymes dépendantes du folate, particulièrement la dihydrofolate réductase (DHFR) ainsi que la thymidylate synthase (TS), principales cibles du méthotrexate (MTX) et le risque élevé de rechute chez les patients atteints de la LAL. En outre, des variations dans le gène ATF5 impliqué dans la régulation de l’asparagine synthetase (ASNS) sont associées à un risque plus élevé de rechute ou à une toxicité ASNase dépendante chez les patients ayant reçu de l’asparaginase d’E.coli (ASNase). Le but principal de mon projet de thèse est de comprendre davantage d’un point de vue fonctionnel, le rôle de variations génétiques dans la réponse thérapeutique chez les patients atteints de la LAL, en se concentrant sur deux composants majeurs du traitement de la LAL soit le MTX ainsi que l’ASNase. Mon objectif spécifique était d’analyser une association trouvée dans des paramètres cliniques par le biais d’essais de prolifération cellulaire de lignées cellulaires lymphoblastoïdes (LCLs, n=93) et d’un modèle murin de xénogreffe de la LAL. Une variation génétique dans le polymorphisme TS (homozygosité de l’allèle de la répétition triple 3R) ainsi que l’haplotype *1b de DHFR (défini par une combinaison particulière d’allèle dérivé de six sites polymorphiques dans le promoteur majeur et mineur de DHFR) et de leurs effets sur la sensibilité au MTX ont été évalués par le biais d’essais de prolifération cellulaire. Des essais in vitro similaires sur la réponse à l’ASNase de E. Coli ont permis d’évaluer l’effet de la variation T1562C de la région 5’UTR de ATF5 ainsi que des haplotypes particuliers du gène ASNS (définis par deux variations génétiques et arbitrairement appelés haplotype *1). Le modèle murin de xénogreffe ont été utilisé pour évaluer l’effet du génotype 3R3R du gène TS. L’analyse de polymorphismes additionnels dans le gène ASNS a révélé une diversification de l’haplotype *1 en 5 sous-types définis par deux polymorphismes (rs10486009 et rs6971012,) et corrélé avec la sensibilité in vitro à l’ASNase et l’un d’eux (rs10486009) semble particulièrement important dans la réduction de la sensibilité in vitro à l’ASNase, pouvant expliquer une sensibilité réduite de l’haplotype *1 dans des paramètres cliniques. Aucune association entre ATF5 T1562C et des essais de prolifération cellulaire en réponse à ASNase de E.Coli n’a été détectée. Nous n’avons pas détecté une association liée au génotype lors d’analyse in vitro de sensibilité au MTX. Par contre, des résultats in vivo issus de modèle murin de xénogreffe ont montré une relation entre le génotype TS 3R/3R et la résistance de manière dose-dépendante au traitement par MTX. Les résultats obtenus ont permis de fournir une explication concernant un haut risque significatif de rechute rencontré chez les patients au génotype TS 3R/3R et suggèrent que ces patients pourraient recevoir une augmentation de leur dose de MTX. À travers ces expériences, nous avons aussi démontré que les modèles murins de xénogreffe peuvent servir comme outil préclinique afin d’explorer l’option d’un traitement individualisé. En conclusion, la connaissance acquise à travers mon projet de thèse a permis de confirmer et/ou d’identifier quelques variants dans la voix d’action du MTX et de l’ASNase qui pourraient faciliter la mise en place de stratégies d’individualisation de la dose, permettant la sélection d’un traitement optimum ou moduler la thérapie basé sur la génétique individuelle.

Indigenous knowledges and power in friction with human rights and development discourses : the case of the Witoto Ethnic Safeguarding Plan in the Colombian Amazon

Cette thèse analyse les négociations interculturelles des Gens du Centre (groupe amazonien multi-ethnique) avec les discours universels de droits humains et de développement mobilisés par l’État colombien. L’analyse se concentre sur le Plan de sauvegarde ethnique Witoto chapitre Leticia (ESP), qui est un des 73 plans formulés et implémentés par l’État colombien pour reconnaître les droits des peuples autochtones en danger par le déplacement forcé causé par les conflits armés internes. J’analyse l’ESP à travers la notion de friction (Tsing, 2005) qui fait référence aux caractéristiques complexes, inégalitaires et changeantes des rencontres contemporaines entre les différences des savoirs locaux et globaux. Mon analyse se base aussi sur des approches foucaldiennes et/ou subalternes de pouvoir comme la recherche anticoloniale et de la décolonisation, les perspectives critiques et contre-hégémoniques des droits humains, le post-développement, et les critiques du féminisme au développement. L’objectif de la thèse est d’analyser les savoirs (concepts de loi, de justice et de développement); les logiques de pensée (pratiques, épistémologies, rôles et espaces pour partager et produire des savoirs); et les relations de pouvoir (formes de leadership, associations, réseaux, et formes d’empowerment et disempowerment) produits et recréés par les Gens du Centre au sein des frictions avec les discours de droits humains et du développement. La thèse introduit comment la région habitée par les Gens du Centre (le Milieu Amazone transfrontalier) a été historiquement connectée aux relations inégalitaires de pouvoir qui influencent les luttes actuelles de ce groupe autochtone pour la reconnaissance de leurs droits à travers l’ESP. L’analyse se base à la fois sur une recherche documentaire et sur deux terrains ethnographiques, réalisés selon une perspective critique et autoréflexive. Ma réflexion méthodologique explore comment la position des chercheurs sur le terrain influence le savoir ethnographique et peut contribuer à la création des relations interculturelles inclusives, flexibles et connectées aux besoins des groupes locaux. La section analytique se concentre sur comment le pouvoir circule simultanément à travers des échelles nationale, régionale et locale dans l’ESP. J’y analyse comment ces formes de pouvoir produisent des sujets individuels et collectifs et s’articulent à des savoirs globaux ou locaux pour donner lieu à de nouvelles formes d’exclusion ou d’émancipation des autochtones déplacés. Les résultats de la recherche suggèrent que les Gens du Centre approchent le discours des droits humains à travers leurs savoirs autochtones sur la « loi de l’origine ». Cette loi établit leur différence culturelle comme étant à la base du processus de reconnaissance de leurs droits comme peuple déplacé. D’ailleurs, les Gens du Centre approprient les discours et les projets de développement à travers la notion d’abondance qui, comprise comme une habileté collective qui connecte la spiritualité, les valeurs culturelles, et les rôles de genre, contribue à assurer l’existence physique et culturelle des groupes autochtones. Ma thèse soutient que, même si ces savoirs et logiques de pensée autochtones sont liés à des inégalités et à formes de pouvoir local, ils peuvent contribuer à des pratiques de droits humains et de développement plurielles, égalitaires et inclusives.