Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression

La technologie des microarrays demeure à ce jour un outil important pour la mesure de l'expression génique. Au-delà de la technologie elle-même, l'analyse des données provenant des microarrays constitue un problème statistique complexe, ce qui explique la myriade de méthodes proposées pour le pré-traitement et en particulier, l'analyse de l'expression différentielle. Toutefois, l'absence de données de calibration ou de méthodologie de comparaison appropriée a empêché l'émergence d'un consensus quant aux méthodes d'analyse optimales. En conséquence, la décision de l'analyste de choisir telle méthode plutôt qu'une autre se fera la plupart du temps de façon subjective, en se basant par exemple sur la facilité d'utilisation, l'accès au logiciel ou la popularité. Ce mémoire présente une approche nouvelle au problème de la comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle. Plus de 800 pipelines d'analyse sont appliqués à plus d'une centaine d'expériences sur deux plateformes Affymetrix différentes. La performance de chacun des pipelines est évaluée en calculant le niveau moyen de co-régulation par l'entremise de scores d'enrichissements pour différentes collections de signatures moléculaires. L'approche comparative proposée repose donc sur un ensemble varié de données biologiques pertinentes, ne confond pas la reproductibilité avec l'exactitude et peut facilement être appliquée à de nouvelles méthodes. Parmi les méthodes testées, la supériorité de la sommarisation FARMS et de la statistique de l'expression différentielle TREAT est sans équivoque. De plus, les résultats obtenus quant à la statistique d'expression différentielle corroborent les conclusions d'autres études récentes à propos de l'importance de prendre en compte la grandeur du changement en plus de sa significativité statistique.

Le déconditionnement en oncologie pédiatrique : l’approche physiothérapique basée sur les évidences scientifiques

Travail d'intégration réalisé dans le cadre du cours PHT-6113.

Amélioration de la prise de greffe hématopoïétique par une thérapie cellulaire à base de cellules souches mésenchymateuses

Le traitement du cancer à l’aide d’une exposition aux radiations ionisantes peut mener au développement de plusieurs effets secondaires importants, dont un retard de réparation et de régénération du tissu hématopoïétique. Les mécanismes responsables de ces effets demeurent encore inconnus, ce qui limite le développement de nouvelles approches thérapeutiques. À l’aide d’un modèle murin de prise de greffe, nos résultats démontrent que l’endommagement du microenvironnement par l’irradiation a un impact limitant sur le nichage hématopoïétique. Parce que le microenvironnement est composé principalement de cellules dérivées des cellules souches mésenchymateuses (CSM), nous avons évalué le potentiel des CSM à régénérer le tissu hématopoïétique par la reconstitution de la niche osseuse. Cette thérapie a mené à une augmentation remarquable du nichage hématopoïétique chez les souris irradiées. Les causes moléculaires impliquées dans le nichage hématopoïétiques sont encore inconnues, mais nous avons remarqué l’augmentation de la sécrétion de la cytokine « granulocyte-colony stimulating factor » (G-CSF) dans l’espace médullaire suite à l’irradiation. Le G-CSF est impliqué dans la mobilisation cellulaire et est fort possiblement nuisible à une prise de greffe. Nous avons évalué le potentiel d’une thérapie à base de CSM sécrétant le récepteur soluble du G-CSF afin de séquestrer le G-CSF transitoirement et les résultats obtenus démontrent que le blocage du G-CSF favorise le nichage hématopoïétique. Globalement, les données présentées dans ce mémoire démontrent que le microenvironnement osseux et le niveau de G-CSF dans la moelle sont importants dans le processus de nichage hématopoïétique et que la baisse du potentiel de régénération du tissu hématopoïétique suite à l’irradiation peut être renversée à l’aide d’une thérapie cellulaire de CSM génétiquement modifiées ou non.

Perceptions infirmières quant à la réalisation de la collecte des données auprès de la clientèle à l'urgence, étape préalable à la formulation du jugement clinique infirmier

Depuis l’adoption de la Loi 90 en 2002, la Loi sur les infirmières et infirmiers (LII, article 36) confère une autonomie élargie aux infirmières en reconnaissant, notamment, leur compétence et leur responsabilité à l’égard de l’évaluation clinique qui est représentée dans cette loi comme l’assise de l’exercice infirmier (Pellerin, 2009; OIIQ, 2010). La collecte des données constitue une étape fondamentale du processus d’évaluation clinique (Dillon, 2007; Doyon, Brûlé & Cloutier, 2002; Pellerin, 2009; Weber & Kelley, 2007). L’infirmière d’urgence a une responsabilité majeure à l’égard de la collecte des données. En effet, elle œuvre auprès de clientèles de tous âges qui présentent des problèmes de santé variés, aigus et parfois urgents et doit souvent intervenir, sur la base de son évaluation clinique, avant qu’un diagnostic n’ait été établi ou que le patient n’ait été vu par le médecin (Newberry & Criddle, 2005). Or, malgré toute l’importance que revêtent dorénavant l’évaluation clinique et la collecte des données au sens de la loi, ce rôle de l’infirmière semble tarder à s’actualiser dans la pratique clinique. Le but de cette étude qualitative descriptive consiste à explorer les perceptions d’infirmières, de gestionnaires en soins infirmiers et d’infirmières ressources cliniques d’urgence relativement à la réalisation de la collecte des données. La norme clinique « collecte des données » (assessment) de l’Emergency Nurses Association (1999) constitue le cadre de référence de l’étude. Cinq entrevues individuelles semi-dirigées de 60 minutes ainsi qu’un groupe de discussion de 90 minutes ont été réalisés auprès d’infirmières d’urgence. Un deuxième groupe de discussion a également réuni deux gestionnaires en soins infirmiers et deux infirmières ressources cliniques de l’urgence. Les données recueillies ont été analysées selon l’approche proposée par Miles et Huberman (2003). Les résultats obtenus démontrent que les infirmières considèrent la collecte des données comme un aspect fondamental de leur pratique à l’urgence, qui contribue à améliorer la qualité et la sécurité des soins dispensés. Or, les résultats révèlent également que leur compréhension de la collecte des données est variable, que leur pratique est aléatoire et largement influencée par le modèle biomédical. Plusieurs facteurs influencent la pratique des infirmières relativement à la collecte des données notamment : la conception individuelle de la collecte des données et du rôle infirmier, les relations et l’interaction avec les membres de l’équipe des soins infirmiers et les autres professionnels ainsi que le soutien de l’organisation et des gestionnaires en soins infirmiers. Ce dernier facteur semble prépondérant dans le contexte de l’urgence et démontre que le soutien des gestionnaires et des infirmières ressources cliniques influence de façon importante la pratique dans les milieux cliniques. Cette étude propose des pistes de réflexion sur la formation académique, la formation continue, l’administration des soins infirmiers et la collaboration interprofessionnelle qui pourraient faciliter l’actualisation du rôle des infirmières à l’égard de la collecte des données et de l’évaluation clinique afin d’améliorer la qualité des soins dispensés à l’urgence.

Identification d’une architecture à base de composants dans une application orientée objets à l’aide d’une analyse dynamique

Un système, décrit avec un grand nombre d'éléments fortement interdépendants, est complexe, difficile à comprendre et à maintenir. Ainsi, une application orientée objet est souvent complexe, car elle contient des centaines de classes avec de nombreuses dépendances plus ou moins explicites. Une même application, utilisant le paradigme composant, contiendrait un plus petit nombre d'éléments, faiblement couplés entre eux et avec des interdépendances clairement définies. Ceci est dû au fait que le paradigme composant fournit une bonne représentation de haut niveau des systèmes complexes. Ainsi, ce paradigme peut être utilisé comme "espace de projection" des systèmes orientés objets. Une telle projection peut faciliter l'étape de compréhension d'un système, un pré-requis nécessaire avant toute activité de maintenance et/ou d'évolution. De plus, il est possible d'utiliser cette représentation, comme un modèle pour effectuer une restructuration complète d'une application orientée objets opérationnelle vers une application équivalente à base de composants tout aussi opérationnelle. Ainsi, La nouvelle application bénéficiant ainsi, de toutes les bonnes propriétés associées au paradigme composants. L'objectif de ma thèse est de proposer une méthode semi-automatique pour identifier une architecture à base de composants dans une application orientée objets. Cette architecture doit, non seulement aider à la compréhension de l'application originale, mais aussi simplifier la projection de cette dernière dans un modèle concret de composant. L'identification d'une architecture à base de composants est réalisée en trois grandes étapes: i) obtention des données nécessaires au processus d'identification. Elles correspondent aux dépendances entre les classes et sont obtenues avec une analyse dynamique de l'application cible. ii) identification des composants. Trois méthodes ont été explorées. La première utilise un treillis de Galois, la seconde deux méta-heuristiques et la dernière une méta-heuristique multi-objective. iii) identification de l'architecture à base de composants de l'application cible. Cela est fait en identifiant les interfaces requises et fournis pour chaque composant. Afin de valider ce processus d'identification, ainsi que les différents choix faits durant son développement, j'ai réalisé différentes études de cas. Enfin, je montre la faisabilité de la projection de l'architecture à base de composants identifiée vers un modèle concret de composants.

Évolution des émotions, des obsessions et des compulsions chez les personnes souffrant de Trouble obsessionnel-compulsif au cours d’une thérapie basée sur les inférences

L’approche cognitive du trouble obsessionnel-compulsif (TOC) propose un lien bidirectionnel entre les émotions et les cognitions. Cependant, même si des études montrent une association entre les émotions et le TOC, aucune étude ne s’est attardée à la relation entre les émotions, les cognitions et les comportements au cours d’une thérapie cognitive. La présente étude a pour but d’examiner la relation entre les processus cognitif, béhavioral et émotionnel au cours d’une thérapie basée sur les inférences (TBI) chez des personnes souffrant du TOC. Plus précisément, nous avons observé comment les émotions et les symptômes du TOC s’influencent et comment ils s’influencent à travers le temps. Les patients ont rempli un journal de bord tout au long du processus thérapeutique, notant (de 0 à 100) des émotions clés, ainsi que les croyances et les comportements ciblés durant la thérapie. Des analyses à mesures répétées ont été utilisées afin de maximiser le potentiel des données longitudinales. Les résultats montrent que l’anxiété, la tristesse et la joie ont des trajectoires similaires aux croyances et aux comportements au cours de la thérapie. Les forces et limites de l’étude sont discutées. Les implications des résultats pour le traitement des émotions et des pensées à différents moments de la thérapie sont aussi discutées.

Construction et validation de filtres de recherche bibliographique pour soutenir la prise de décisions basée sur les évidences : le cas de la sécurité des patients.

Les filtres de recherche bibliographique optimisés visent à faciliter le repérage de l’information dans les bases de données bibliographiques qui sont presque toujours la source la plus abondante d’évidences scientifiques. Ils contribuent à soutenir la prise de décisions basée sur les évidences. La majorité des filtres disponibles dans la littérature sont des filtres méthodologiques. Mais pour donner tout leur potentiel, ils doivent être combinés à des filtres permettant de repérer les études couvrant un sujet particulier. Dans le champ de la sécurité des patients, il a été démontré qu’un repérage déficient de l’information peut avoir des conséquences tragiques. Des filtres de recherche optimisés couvrant le champ pourraient s’avérer très utiles. La présente étude a pour but de proposer des filtres de recherche bibliographique optimisés pour le champ de la sécurité des patients, d’évaluer leur validité, et de proposer un guide pour l’élaboration de filtres de recherche. Nous proposons des filtres optimisés permettant de repérer des articles portant sur la sécurité des patients dans les organisations de santé dans les bases de données Medline, Embase et CINAHL. Ces filtres réalisent de très bonnes performances et sont spécialement construits pour les articles dont le contenu est lié de façon explicite au champ de la sécurité des patients par leurs auteurs. La mesure dans laquelle on peut généraliser leur utilisation à d’autres contextes est liée à la définition des frontières du champ de la sécurité des patients.

Évaluation et amélioration du rendement de la formation en entreprise : vers une démarche basée sur la gestion des processus d’affaires.

La formation est une stratégie clé pour le développement des compétences. Les entreprises continuent à investir dans la formation et le développement, mais elles possèdent rarement des données pour évaluer les résultats de cet investissement. La plupart des entreprises utilisent le modèle Kirkpatrick/Phillips pour évaluer la formation en entreprise. Cependant, il ressort de la littérature que les entreprises ont des difficultés à utiliser ce modèle. Les principales barrières sont la difficulté d’isoler l’apprentissage comme un facteur qui a une incidence sur les résultats, l’absence d’un système d’évaluation utile avec le système de gestion de l’apprentissage (Learning Management System - LMS) et le manque de données standardisées pour pouvoir comparer différentes fonctions d’apprentissage. Dans cette thèse, nous proposons un modèle (Analyse, Modélisation, Monitoring et Optimisation - AM2O) de gestion de projets de formation en entreprise, basée sur la gestion des processus d’affaires (Business Process Management - BPM). Un tel scénario suppose que les activités de formation en entreprise doivent être considérées comme des processus d’affaires. Notre modèle est inspiré de cette méthode (BPM), à travers la définition et le suivi des indicateurs de performance pour gérer les projets de formation dans les organisations. Elle est basée sur l’analyse et la modélisation des besoins de formation pour assurer l’alignement entre les activités de formation et les objectifs d’affaires de l’entreprise. Elle permet le suivi des projets de formation ainsi que le calcul des avantages tangibles et intangibles de la formation (sans coût supplémentaire). En outre, elle permet la production d’une classification des projets de formation en fonction de critères relatifs à l’entreprise. Ainsi, avec assez de données, notre approche peut être utilisée pour optimiser le rendement de la formation par une série de simulations utilisant des algorithmes d’apprentissage machine : régression logistique, réseau de neurones, co-apprentissage. Enfin, nous avons conçu un système informatique, Enterprise TRaining programs Evaluation and Optimization System - ETREOSys, pour la gestion des programmes de formation en entreprise et l’aide à la décision. ETREOSys est une plateforme Web utilisant des services en nuage (cloud services) et les bases de données NoSQL. A travers AM2O et ETREOSys nous résolvons les principaux problèmes liés à la gestion et l’évaluation de la formation en entreprise à savoir : la difficulté d’isoler les effets de la formation dans les résultats de l’entreprise et le manque de systèmes informatiques.

Typage de la classe génotypique du gène PRDM9 à partir de données de séquençage de Nouvelle Génération

Les positions des évènements de recombinaison s’agrègent ensemble, formant des hotspots déterminés en partie par la protéine à évolution rapide PRDM9. En particulier, ces positions de hotspots sont déterminées par le domaine de doigts de zinc (ZnF) de PRDM9 qui reconnait certains motifs d’ADN. Les allèles de PRDM9 contenant le ZnF de type k ont été préalablement associés avec une cohorte de patients affectés par la leucémie aigüe lymphoblastique. Les allèles de PRDM9 sont difficiles à identifier à partir de données de séquençage de nouvelle génération (NGS), en raison de leur nature répétitive. Dans ce projet, nous proposons une méthode permettant la caractérisation d’allèles de PRDM9 à partir de données de NGS, qui identifie le nombre d’allèles contenant un type spécifique de ZnF. Cette méthode est basée sur la corrélation entre les profils représentant le nombre de séquences nucléotidiques uniques à chaque ZnF retrouvés chez les lectures de NGS simulées sans erreur d’une paire d’allèles et chez les lectures d’un échantillon. La validité des prédictions obtenues par notre méthode est confirmée grâce à analyse basée sur les simulations. Nous confirmons également que la méthode peut correctement identifier le génotype d’allèles de PRDM9 qui n’ont pas encore été identifiés. Nous conduisons une analyse préliminaire identifiant le génotype des allèles de PRDM9 contenant un certain type de ZnF dans une cohorte de patients atteints de glioblastomes multiforme pédiatrique, un cancer du cerveau caractérisé par les mutations récurrentes dans le gène codant pour l’histone H3, la cible de l’activité épigénétique de PRDM9. Cette méthode ouvre la possibilité d’identifier des associations entre certains allèles de PRDM9 et d’autres types de cancers pédiatriques, via l’utilisation de bases de données de NGS de cellules tumorales.

Étude d’impact : comparaison et analyse des données anthropométriques et biologiques d’enfants d’âge scolaire au Burkina Faso

L’ Initiative des Écoles Amies de la Nutrition (IEAN) est une initiative développée par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en 2006 pour contrer le Double Fardeau Nutritionnel (DFN). TRANSNUT est une équipe de professeurs de l’Université de Montréal et Centre collaborateur OMS sur la transition nutritionnelle et le développement. En 2009, il a participé à une étude de base au Burkina Faso, qui a recueilli des données anthropométriques et biologiques des élèves du cours moyen. Cinq ans plus tard, en 2014, de nouvelles données anthropométriques et biologiques ont été recueillies dans les mêmes écoles mais non chez les mêmes élèves. Le but de cette étude est d'analyser les données de 2014 et de comparer les résultats avec ceux de 2009, afin d'évaluer l'impact et l’efficacité de l'initiative. C’est une étude transversale menée dans 12 écoles à Ouagadougou, la capitale du Burkina Faso. Six écoles «intervention» et six écoles «témoin» ont été sélectionnées, en tenant compte de la nature des écoles (privées/publiques) et de leurs zones géographiques (urbaines/périurbaines). L'échantillon total comprenait 651 écoliers (54,7% de filles) âgés de 8 à 14 ans. Des mesures anthropométriques et de la concentration d'hémoglobine ont été effectuées sur tous les enfants, alors que le rétinol sérique a été mesuré dans un sous-échantillon aléatoire de 184 enfants. Le test de t et du Khi Carré ont été utilisés pour la comparaison des moyennes et des proportions. L'âge moyen des enfants était de 11,4 ± 1,1 ans. Les taux d'anémie et de déficience en vitamine A (DVA) étaient respectivement de 35,6% et 26,1%. La prévalence du retard de croissance était de 8,1% et celle de la maigreur, de 8,4%. Chez les filles, 2,8% étaient en surpoids contre 0,9% des garçons (p = 0,036). Moins d'élèves étaient maigres en 2014 (7,2%) par rapport à 2009 (13,7%), et ce résultat était significatif avec p < 0,001. En outre, les carences en micronutriments ont été moins présentes dans les écoles en 2014 par rapport à 2009 (p = 0,007 pour l'anémie, p = 0,044 pour la DVA). Nos résultats ont confirmé une grande amélioration du statut nutritionnel des enfants d’âge scolaire à Ouagadougou. Toutefois, il n’est pas possible présentement d’évaluer jusqu'à quelle mesure l’IEAN a été impliquée dans ces changements, ni d’attribuer ces améliorations à cette initiative uniquement. Les recherches futures doivent être axées sur des études longitudinales pour évaluer de manière plus précise la croissance des mêmes élèves qui font partie des écoles « amies de la nutrition ».

Un modèle de gravité pour le commerce Canada-Etats-Unis et les effets frontières: une approche dynamique appliquée sur les données de panel sur la période 1990-1999.

Rapport de recherche

Approche par la distribution des pertes pour le risque opérationnel: un modèle bayésien de mélange de distribution avec fusion des données internes et externes pour la sévérité des pertes.

Rapport de recherche

Un prêteur de dernier recours ou un marché des titres comme base du développement financier: le cas de la Banque du Liban et d'Outre-Mer.

Rapport de recherche

Exact Tests for Contemporaneous Correlation of Disturbances in Seemingly Unrelated Regressions.

This paper proposes finite-sample procedures for testing the SURE specification in multi-equation regression models, i.e. whether the disturbances in different equations are contemporaneously uncorrelated or not. We apply the technique of Monte Carlo (MC) tests [Dwass (1957), Barnard (1963)] to obtain exact tests based on standard LR and LM zero correlation tests. We also suggest a MC quasi-LR (QLR) test based on feasible generalized least squares (FGLS). We show that the latter statistics are pivotal under the null, which provides the justification for applying MC tests. Furthermore, we extend the exact independence test proposed by Harvey and Phillips (1982) to the multi-equation framework. Specifically, we introduce several induced tests based on a set of simultaneous Harvey/Phillips-type tests and suggest a simulation-based solution to the associated combination problem. The properties of the proposed tests are studied in a Monte Carlo experiment which shows that standard asymptotic tests exhibit important size distortions, while MC tests achieve complete size control and display good power. Moreover, MC-QLR tests performed best in terms of power, a result of interest from the point of view of simulation-based tests. The power of the MC induced tests improves appreciably in comparison to standard Bonferroni tests and, in certain cases, outperforms the likelihood-based MC tests. The tests are applied to data used by Fischer (1993) to analyze the macroeconomic determinants of growth.