Structure-fonction de MARCH1, une E3 ubiquitine ligase régulant la présentation antigénique par le CMH II

Les molécules classiques du CMH de classe II sont responsables de la présentation de peptides exogènes par les cellules présentatrices d’antigène aux lymphocytes T CD4+. Cette présentation antigénique est essentielle à l’établissement d’une réponse immunitaire adaptative. Cependant, la reconnaissance d’auto-antigènes ainsi que l’élimination des cellules du Soi sont des problèmes à l’origine de nombreuses maladies auto-immunes. Notamment, le diabète et la sclérose en plaque. D’éventuels traitements de ces maladies pourraient impliquer la manipulation de la présentation antigénique chez les cellules dont la reconnaissance et l’élimination engendrent ces maladies. Il est donc primordial d’approfondir nos connaissances en ce qui concerne les mécanismes de régulation de la présentation antigénique. La présentation antigénique est régulée tant au niveau transcriptionnel que post-traductionnel. Au niveau post-traductionnel, diverses cytokines affectent le processus. Parmi celles-ci, l’IL-10, une cytokine anti-inflammatoire, cause une rétention intracellulaire des molécules du CMH II. Son mécanisme d’action consiste en l’ubiquitination de la queue cytoplasmique de la chaîne bêta des molécules de CMH II. Cette modification protéique est effectuée par MARCH1, une E3 ubiquitine ligase dont l’expression est restreinte aux organes lymphoïdes secondaires. Jusqu’à tout récemment, il y avait très peu de connaissance concernant la structure et les cibles de MARCH1. Considérant son impact majeur sur la présentation antigénique, nous nous sommes intéressé à la structure-fonction de cette molécule afin de mieux caractériser sa régulation ainsi que les diverses conditions nécessaires à son fonctionnement. Dans un premier article, nous avons étudié la régulation de l’expression de MARCH1 au niveau protéique. Nos résultats ont révélé l’autorégulation de la molécule par formation de dimères et son autoubiquitination. Nous avons également démontré l’importance des domaines transmembranaires de MARCH1 dans la formation de dimères et l’interaction avec le CMH II. Dans un second article, nous avons investigué l’importance de la localisation de MARCH1 pour sa fonction. Les résultats obtenus montrent la fonctionnalité des motifs de localisation de la portion C-terminale de MARCH1 ainsi que la présence d’autres éléments de localisation dans la portion N-terminale de la protéine. Les nombreux mutants utilisés pour ce projet nous ont permis d’identifier un motif ‘‘VQNC’’, situé dans la portion cytoplasmique C-terminale de MARCH1, dont la valine est requise au fonctionnement optimal de la molécule. En effet, la mutation de la valine engendre une diminution de la fonction de la molécule et des expériences de BRET ont démontré une modification de l’orientation spatiale des queues cytoplasmiques. De plus, une recherche d’homologie de séquence a révélé la présence de ce même motif dans d’autres ubiquitines ligases, dont Parkin. Parkin est fortement exprimée dans le cerveau et agirait, entre autre, sur la dégradation des agrégats protéiques. La dysfonction de Parkin cause l’accumulation de ces agrégats, nommés corps de Lewy, qui entraînent des déficiences au niveau du fonctionnement neural observé chez les patients atteints de la maladie de Parkinson. La valine comprise dans le motif ‘’VQNC’’ a d’ailleurs été identifiée comme étant mutée au sein d’une famille où cette maladie est génétiquement transmise. Nous croyons que l’importance de ce motif ne se restreint pas à MARCH1, mais serait généralisée à d’autres E3 ligases. Ce projet de recherche a permis de caractériser des mécanismes de régulation de MARCH1 ainsi que de découvrir divers éléments structuraux requis à sa fonction. Nos travaux ont permis de mieux comprendre les mécanismes de contrôle de la présentation antigénique par les molécules de CMH II.

Design pédagogique et jeux vidéo : recherche exploratoire pour le développement d’un modèle soutenant le design pédagogique dans les jeux vidéo non éducatifs

Le design pédagogique dans les jeux vidéo non éducatifs est une discipline en mal de définitions et de méthodes. Contrairement à celui que l’on trouve dans les écoles ou autres institutions de formation, le design pédagogique pour les jeux vidéo non éducatifs est fait par des designers de jeux qui n’ont souvent aucune formation en enseignement. Un modèle de design pédagogique pour les jeux vidéo non éducatifs est donc développé dans ce mémoire, à partir d’une recherche exploratoire utilisant l’analyse de contenu de jeux vidéo et les théories de la science de l’éducation. Étant donné les ressources limitées disponibles pour le développement du modèle, la présente recherche pourra servir de base à la construction d’un modèle plus élaboré sur un sujet semblable, offrira des pistes intéressantes de recherche sur l’enseignement par le jeu et pourra soutenir les designers de jeu lors de la planification du design pédagogique dans leurs jeux.

Recherche d'un neutrino lourd avec le détecteur ATLAS au LHC

Ce mémoire de maîtrise a pour objet une recherche de leptons lourds de quatrième génération avec les données prises par le détecteur ATLAS au LHC dans les collisions pp à $\sqrt{s}$ = 7 TeV et avec une luminosité intégrée de 1.02 fb$^{-1}$. Le processus étudié est la production au singulet de leptons lourds neutres de quatrième génération (N) par la voie du courant chargé suivi de la désintégration du celui-ci en un électron et un boson W : $ pp \to W \to N e \to e W e \to e e \nu_{\ell} \ell $ ($\ell$ = $e$ ou $\mu$), et dépend d'un paramètre de mélange $\xi^{2}$ avec un lepton léger. L'analyse passe par plusieurs étapes, soit l'utilisation de FeynRules pour construire le modèle pour ensuite générer des événements par MadGraph 5.1.2.4. Comme hypothèse de référence, on a choisi une masse de 100 GeV pour le lepton lourd neutre et $\xi_{Ne}^2$ = 0.19, donnant une section efficace de 0.312 pb pour une énergie au centre de masse de 7 TeV. Puisque la génération du signal s'est faite de manière privée à Montréal et non par la collaboration ATLAS, les résultats ne peuvent pas être reconnus officiellement. Sur la base de la simulation, avec des données correspondant à 1 fb$^{-1}$, la limite supérieure attendue à un niveau de confiance de $95\%$ sur la section efficace du signal est de 0.145 pb avec 0.294 pb pour un écart type($\sigma$) et 0.519 pb pour 2$\sigma$. La limite supérieure attendue à un niveau de confiance de $95\%$ sur $\xi_{Ne}^{2}$ de 0.09 pour une masse de 100 GeV.

Effets directs et aigus de médicaments insulinosensibilisateurs sur la cellule bêta des îlots pancréatiques : de l’outil de recherche à l’identification de la décélération métabolique comme mode d’action

Le diabète de type 2 (DT2) apparaît lorsque la sécrétion d’insuline par les cellules β des îlots du pancréas ne parvient plus à compenser la résistance à l’insuline des organes cibles. Parmi les médicaments disponibles pour traiter le DT2, deux classes agissent en améliorant la sensibilité à l’insuline : les biguanides (metformine) et les thiazolidinediones (pioglitazone et rosiglitazone). Des études suggèrent que ces médicaments protègent également la fonction des cellules β. Dans le but d’identifier des mécanismes par lesquels les médicaments insulinosensibilisateurs protègent les cellules β, nous avons étudié les effets aigus de la metformine et de la pioglitazone sur le métabolisme et la fonction des cellules INS 832/13, sécrétrices d’insuline et des îlots pancréatiques isolés de rats. Nous avons aussi validé in vivo avec des rats Wistar les principales observations obtenues en présence de pioglitazone grâce à des clamps glucidiques et par calorimétrie indirecte. Le traitement aigu des cellules β avec de la pioglitazone ou de la metformine inhibe la sécrétion d’insuline induite par le glucose en diminuant la sensibilité des cellules au glucose (inhibition en présence de concentrations intermédiaires de glucose seulement). Dans les mêmes conditions, les traitements inhibent aussi plusieurs paramètres du métabolisme mitochondrial des nutriments et, pour la pioglitazone, du métabolisme des lipides. Les composés affectent le métabolisme en suivant un patron d’inhibition similaire à celui observé pour la sécrétion d’insuline, que nous avons nommé « décélération métabolique ». La capacité de la pioglitazone à inhiber la sécrétion d’insuline et à ralentir le métabolisme mitochondrial de façon aigüe se confirme in vivo. En conclusion, nous avons identifié la décélération métabolique de la cellule β comme nouveau mode d’action pour les médicaments insulinosensibilisateurs. La décélération métabolique causée par les agents insulinosensibilisateurs les plus utilisés semble provenir d’une inhibition du métabolisme mitochondrial et pourrait être impliquée dans les bienfaits de ceux-ci dans un contexte de stress métabolique. Le fait que les deux agents insulinosensibilisateurs étudiés agissent à la fois sur la sensibilité à l’insuline et sur la sécrétion d’insuline, les deux composantes majeures du DT2, pourrait expliquer pourquoi ils sont parmi les agents antidiabétiques les plus efficaces. La décélération métabolique est une approche thérapeutique à considérer pour le traitement du DT2 et d’autres maladies métaboliques.

Définition des interactions entre l’immunité innée et adaptative pendant l’infection aiguë par le virus de l’hépatite C (VHC)

La majorité des individus exposés au virus de l’hépatite C (VHC) développent une infection chronique. Une réponse immunitaire adaptative forte et soutenue est associée avec la guérison spontanée du VHC, mais les mécanismes sous-jacents demeurent mal définis. Le rôle des cellules NK et des cellules dendritiques (DC) dans la guérison spontanée du VHC est encore méconnu. Les cellules NK sont la population effectrice la plus importante de l’immunité innée car elles tuent les cellules infectées et sécrètent diverses cytokines. Les DC reconnaissent des agents infectieux et elles sont les premières à initier et réguler l’immunité adaptative. Les cellules NK et les DC interagissent également entre elles afin de réguler l’immunité innée et adaptative. L’hypothèse du projet de doctorat est que l'activité des cellules NK pendant la phase aiguë de l'infection par le VHC module la fonction des DC afin que ces dernières puissent générer une réponse immunitaire adaptative capable d'éliminer le VHC. Le premier objectif était d’établir une corrélation entre l'activité des cellules NK et l'évolution de l'infection au VHC. Nous avons observé une augmentation de la cytotoxicité, mais une diminution de la sécrétion de cytokines par les cellules NK chez les patients chroniques et qui ont résolu spontanément pendant la phase aiguë en comparaison aux contrôles non infectés, démontrant alors une dissociation entre ces deux fonctions. Nos résultats suggèrent que les cellules NK sont activées pendant la phase aiguë indépendamment de l’évolution de l’infection. Le deuxième objectif était d’établir une corrélation entre le phénotype et la fonction des DC, et l'évolution de l'infection. Nous avons d’abord observé que les DC plasmacytoïdes de tous les patients infectés ont un phénotype plus immature que les contrôles, et que ce phénotype est plus prononcé chez les patients ayant résolu spontanément. De plus, en réponse à des stimulations, nous avons observé que pendant la phase aiguë précoce, les DC myéloïdes (mDC) de tous les patients infectés indépendamment de l’évolution de l’infection produisent davantage de cytokines en comparaison aux contrôles. Cependant, cette hyperréactivité n’est pas soutenue au cours de l’évolution chronique. Le troisième objectif était d’établir une corrélation entre les interactions NK/DC et l’évolution de l’infection. Nous avons étudié la capacité des cellules NK à lyser les DC potentiellement tolérogéniques, ainsi que la capacité des DC matures à activer les cellules NK, et nous avons observé aucune différence entre les patients infectés et les contrôles. Finalement, nous avons démontré pour la première fois la capacité des DC immatures à inhiber la fonction des cellules NK. En conclusion, nous avons démontré que les cellules NK sont activées pendant la phase aiguë de l’infection par le VHC indépendamment de l’évolution de l’infection. De plus, la capacité des cellules NK à éliminer les DC potentiellement tolérogéniques est intacte. Finalement, les mDC sont hyperréactives pendant la phase aiguë de l’infection, mais cette hyperréactivité n’est pas soutenue avec la persistance de l’infection. Cette perte d’hyperréactivité des mDC ne semble pas affecter la capacité des DC à activer les cellules NK, mais elle pourrait jouer un rôle dans l’inefficacité de l’immunité adaptative à éliminer le VHC.

Trois soupirs pour ensemble sonate pour piano et un souvenir du présent pour orchestre À la recherche d'un langage personnel

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l'Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

Le Rôle de la volonté dans l’acte de la recherche de la vérité chez Thomas d’Aquin

Dans la philosophie de Thomas d’Aquin, les puissances principales de l’âme, l’intelligence et la volonté, interagissent dans les activités humaines. Une des activités les plus importantes est identifiée par le docteur comme étant la recherche de la vérité. Cette recherche s’inscrit dans la finalité ultime de l’homme. La vérité, en tant que bien de l’intelligence, est voulue par la volonté qui est un appétit rationnel. Ainsi, selon le Dominicain « la volonté veut que l’intelligence intellige ». Puisque la vérité n’est pas le seul bien proposé au libre arbitre, la volonté doit choisir de poursuivre cette fin au détriment d’autres biens concurrents. Elle doit pour se faire perfectionner les puissances de l’âme par le biais d’habitus et de vertus en plus d’éviter les vices qui conduisent à l’erreur. La recherche de la vérité est, selon Thomas d’Aquin, un acte moral.

Construction et validation de filtres de recherche bibliographique pour soutenir la prise de décisions basée sur les évidences : le cas de la sécurité des patients.

Les filtres de recherche bibliographique optimisés visent à faciliter le repérage de l’information dans les bases de données bibliographiques qui sont presque toujours la source la plus abondante d’évidences scientifiques. Ils contribuent à soutenir la prise de décisions basée sur les évidences. La majorité des filtres disponibles dans la littérature sont des filtres méthodologiques. Mais pour donner tout leur potentiel, ils doivent être combinés à des filtres permettant de repérer les études couvrant un sujet particulier. Dans le champ de la sécurité des patients, il a été démontré qu’un repérage déficient de l’information peut avoir des conséquences tragiques. Des filtres de recherche optimisés couvrant le champ pourraient s’avérer très utiles. La présente étude a pour but de proposer des filtres de recherche bibliographique optimisés pour le champ de la sécurité des patients, d’évaluer leur validité, et de proposer un guide pour l’élaboration de filtres de recherche. Nous proposons des filtres optimisés permettant de repérer des articles portant sur la sécurité des patients dans les organisations de santé dans les bases de données Medline, Embase et CINAHL. Ces filtres réalisent de très bonnes performances et sont spécialement construits pour les articles dont le contenu est lié de façon explicite au champ de la sécurité des patients par leurs auteurs. La mesure dans laquelle on peut généraliser leur utilisation à d’autres contextes est liée à la définition des frontières du champ de la sécurité des patients.

Indexation et classification de la musique : approches d'analyse musicale, descripteurs et plateformes de recherche.

Travail réalisé à l'École de bibliothéconomie et des sciences de l'information (EBSI), Université de Montréal, sous la direction de Mme Audrey Laplante dans le cadre du cours SCI6850 Recherche individuelle, à l'automne 2012.

Un projet de recherche exempté d’évaluation éthique : Réflexions et questionnements sur l’article 2.1 de l’Énoncé de politique des trois Conseils

Étude de cas / Case study

Un projet de recherche exempté d’évaluation éthique : une suggestion de clarification sur le processus d’évaluation éthique

Lettre à l'éditeur / Letter to the Editor

" 2ème Prix du concours ""La recherche en environnement et son apport à la société"""

Gabrielle Soucy s'est méritée le 2ème prix du concours d'affiches intitulé « La recherche en environnement et son apport à la société » organisé dans le cadre du colloque. Elle a reçu une bourse d'étude de 250$. Le titre de son affiche : Évaluation des impacts potentiels sur la santé humaine dûs à l'émission de plusieurs substances dans la régions des Grands Lacs (GL) et du bassin du Saint-Laurent.

L’impact de la commercialisation de la recherche académique sur les responsabilités du chercheur biomédical

Nous assistons depuis quelques années à une commercialisation de la recherche académique. Celle-ci est principalement due à une déficience marquée du financement public. Par conséquent,  les universités se tournent vers d’autres sources de financement, tels les brevets et l’industrie privée. En parallèle, les gouvernements et les organismes subventionnaires favorisent cette commercialisation par la promotion de programmes de partenariats université-industrie et par la mise en place de stratégies pour l’innovation et le transfert des technologies. Prenant comme modèle le chercheur académique dans le domaine de la santé, nous avons évalué l’impact de cette commercialisation sur les responsabilités du chercheur envers la science et la société. Ce nouveau mode de fonctionnement comporte certes des avantages. Par exemple, il résulte en une injection de fonds nouveaux pour la recherche, un développement des infrastructures universitaires et  un transfert de technologies plus efficace, permettant ainsi à la population de bénéficier plus rapidement des bienfaits de la recherche. Cependant, notre réflexion révèle que cette commercialisation comporte aussi des impacts négatifs sur la recherche académique. En effet, on observe l’apparition de conflits d’intérêts pour le chercheur. En plus de constituer une menace pour la sécurité de la population, ces situations causent l’effritement du lien de confiance entre la société et les chercheurs académiques, lien qui est essentiel pour assurer la progression du savoir humain. La commercialisation porte aussi atteinte à la liberté académique, effet que l’on peut observer tant au plan de l’orientation des recherches qu’à celui de la diffusion de ses résultats. Or, la liberté académique est une valeur fondamentale qui a été défendue depuis le Moyen Âge comme étant essentielle pour la progression du savoir humain. Le potentiel commercial devient un facteur dans l’évaluation des projets de recherche académique alors que, traditionnellement, l’avancement des connaissances la guidait essentiellement. Ainsi, la recherche appliquée devient favorisée au détriment de la recherche fondamentale. Ce virage commercial peut bénéficier à la société à court terme mais, à long terme, l’évolution de la société est menacée. La recherche appliquée et la recherche fondamentale sont toutes deux essentielles à l’avancement de la société, apportant chacune leur lot de bénéfices pour cette dernière. La commercialisation de la recherche académique ne doit donc pas résulter en une diminution progressive de la recherche fondamentale au profit de la recherche appliquée.  Bien que les chercheurs académiques soient conscients de l’importance de préserver la recherche fondamentale, cette protection ne peut s’opérer sans le support actif des organismes subventionnaires, des gouvernements et de la société en général.

"5ème Prix du concours ""La recherche en environnement et son apport à la société"""

Amissi Manirabona s'est mérité le 5ème prix du concours d'affiches intitulé « La recherche en environnement et son apport à la société » organisé dans le cadre du colloque. Il a reçu une bourse d'étude de 50$. Le titre de son affiche : Les crimes contre l'environnement commis par les sociétés canadiennes à l'étranger : Pourquoi le droit canadien devrait-il recevoir une application extraterritoriale ?

Spamming en Cyberespace : à la recherche du caractère obligatoire de l'autoréglementation (prix Lex Electronica)

Prix Lex Electronica