Statistical potentials for evolutionary studies

Les séquences protéiques naturelles sont le résultat net de l’interaction entre les mécanismes de mutation, de sélection naturelle et de dérive stochastique au cours des temps évolutifs. Les modèles probabilistes d’évolution moléculaire qui tiennent compte de ces différents facteurs ont été substantiellement améliorés au cours des dernières années. En particulier, ont été proposés des modèles incorporant explicitement la structure des protéines et les interdépendances entre sites, ainsi que les outils statistiques pour évaluer la performance de ces modèles. Toutefois, en dépit des avancées significatives dans cette direction, seules des représentations très simplifiées de la structure protéique ont été utilisées jusqu’à présent. Dans ce contexte, le sujet général de cette thèse est la modélisation de la structure tridimensionnelle des protéines, en tenant compte des limitations pratiques imposées par l’utilisation de méthodes phylogénétiques très gourmandes en temps de calcul. Dans un premier temps, une méthode statistique générale est présentée, visant à optimiser les paramètres d’un potentiel statistique (qui est une pseudo-énergie mesurant la compatibilité séquence-structure). La forme fonctionnelle du potentiel est par la suite raffinée, en augmentant le niveau de détails dans la description structurale sans alourdir les coûts computationnels. Plusieurs éléments structuraux sont explorés : interactions entre pairs de résidus, accessibilité au solvant, conformation de la chaîne principale et flexibilité. Les potentiels sont ensuite inclus dans un modèle d’évolution et leur performance est évaluée en termes d’ajustement statistique à des données réelles, et contrastée avec des modèles d’évolution standards. Finalement, le nouveau modèle structurellement contraint ainsi obtenu est utilisé pour mieux comprendre les relations entre niveau d’expression des gènes et sélection et conservation de leur séquence protéique.

Traduction statistique par recherche locale

La traduction statistique vise l’automatisation de la traduction par le biais de modèles statistiques. Dans ce travail, nous relevons un des grands défis du domaine : la recherche (Brown et al., 1993). Les systèmes de traduction statistique de référence, tel Moses (Koehn et al., 2007), effectuent généralement la recherche en explorant l’espace des préfixes par programmation dynamique, une solution coûteuse sur le plan computationnel pour ce problème potentiellement NP-complet (Knight, 1999). Nous postulons qu’une approche par recherche locale (Langlais et al., 2007) peut mener à des solutions tout aussi intéressantes en un temps et un espace mémoire beaucoup moins importants (Russell et Norvig, 2010). De plus, ce type de recherche facilite l’incorporation de modèles globaux qui nécessitent des traductions complètes et permet d’effectuer des modifications sur ces dernières de manière non-continue, deux tâches ardues lors de l’exploration de l’espace des préfixes. Nos expériences nous révèlent que la recherche locale en traduction statistique est une approche viable, s’inscrivant dans l’état de l’art.

Les manifestations orales de la maladie de Crohn chez les enfants et les adolescents

Les manifestations orales de la maladie de Crohn sont bien établies chez les adultes. Toutefois, aucune étude ne s’est concentrée sur les manifestations orales pathologiques chez la population infantile. En ce qui concerne la santé dentaire, très peu d’études ont évalué la prévalence de carie chez les patients atteints de la maladie de Crohn. Les objectifs de cette étude sont de décrire les manifestations orales des enfants et des adolescents atteints de la maladie de Crohn et tout lien possible avec le stade de la maladie (active ou rémission) ainsi que de déterminer s’il existe un lien entre la prévalence de carie et le score de potentiel cariogène de la diète des patients. Hypothèses • Les manifestations buccodentaires décrites chez les adultes sont présentes chez les enfants et adolescents du groupe de Ste-Justine. • Il existe différentes manifestations propres à la population infantile. • L’indice carieux des enfants atteints de la maladie de Crohn est supérieur à celui des enfants en bonne santé. • L’indice de potentiel cariogène est élevé chez les patients atteints de la maladie de Crohn • Le stade de la maladie influence la prévalence des manifestations. Méthodologie Un certificat d’éthique à la recherche fut obtenu de l’hôpital Ste-Justine. Sur 40 patients recrutés, 21 sujets (9 filles, 12 garçons) âgés de 5,1 à 17,3 ans ont participé à l’étude de type transversale. Un questionnaire médical, un examen buccal complet, l’analyse des journaux alimentaires ainsi qu’une revue des dossiers médicaux a permis d’établir la prévalence des lésions pathologiques, la prévalence de carie (indice CAO) et le score de potentiel cariogène (SPC) selon la méthode du Dre Monique Julien. Résultats Les analyses statistiques démontrent: • Aucune différence significative entre le CAO des patients atteints de la maladie et celui du groupe contrôle. • Aucune manifestation orale autre que celles présentées dans la littérature. • 57% des patients ont rapporté avoir eu des ulcères buccaux au cours de la maladie. • Les patients en phase active ne sont pas différents de ceux en rémission en ce qui concerne les manifestations orales, le CAO et le SPC. • Les enfants qui prennent du méthotrexate ont un CAO plus élevé. • Les patients qui ont plus de caries n’ont pas nécessairement une diète plus cariogène. Conclusion Selon les résultats de notre étude, nous n’avons pas observé de manifestations orales propre à la population infantile. De plus, les enfants atteints de la maladie ne semblent pas être un groupe à risque de carie dentaire. Davantage d’études sont nécessaires sur les manifestations orales de la maladie de Crohn chez la population pédiatrique.

Investigating active transportation to and from school : identification of predictors and health benefits

Funding support for this doctoral thesis has been provided by the Canadian Institutes of Health Research-Public Health Agency of Canada, QICSS matching grant, and la Faculté des études supérieures et postdoctorales-Université de Montréal.

Effets de l'application de charges aux membres inférieurs sur le patron de marche des personnes hémiparétiques chroniques

Placer une charge au niveau du membre inférieur est une approche sans fondement scientifique, utilisée par les cliniciens, pour renforcer certains muscles clés de la marche. Cette étude a déterminé les modifications du patron de marche lors de l’ajout d’une charge à la cheville parétique ou non parétique chez des personnes ayant une hémiparésie suite à un accident vasculaire cérébral et a comparé les résultats à ceux d’un groupe témoin. Il est supposé qu’une charge placée à la jambe parétique/non dominante (charge ipsilatérale) augmenterait les efforts (moments et puissance) à la hanche parétique/non dominante lors de l’oscillation et qu’une charge placée controlatéralement augmenterait les efforts lors de la phase d’appui principalement pour les abducteurs de hanche stabilisant le bassin dans le plan frontal. La marche avec et sans charge de cinq individus hémiparétiques chroniques et 5 personnes en santé a été analysée en laboratoire par l’enregistrement des forces de réaction du sol et des mouvements des membres inférieurs. Ces informations ont permis de calculer les paramètres temps-distance, les angles à la hanche parétique/non dominante et au tronc, les moments nets, les puissances et le travail mécanique à la hanche parétique/non dominante. Des tests statistiques non-paramétriques ont servi à déterminer l’effet de la condition, avec charge (ipsi- et controlatérale) ou sans charge et à comparer les résultats entre les deux groupes. L’ajout d’une charge n’a pas modifié la vitesse de marche des sujets. Les phases d’appui et d’oscillation étaient rendus plus symétriques par la charge, même si peu de différences apparaissaient dans le plan sagittal avec ou sans la charge. Dans le plan frontal, le moment abducteur de hanche des sujets hémiparétiques a diminué avec la charge controlatérale, tandis qu'il a augmenté chez les sujets en santé. L’utilisation d’une stratégie posturale ou dynamique au tronc pourrait expliquer la différence de l’effet de la charge sur le moment abducteur à la hanche. Au vu de ces résultats, il est nécessaire de poursuivre l’évaluation de cette approche de renforcement musculaire spécifique à la tâche avant d’en recommander son utilisation.

Désambiguisation de sens par modèles de contextes et son application à la Recherche d’Information

Il est connu que les problèmes d'ambiguïté de la langue ont un effet néfaste sur les résultats des systèmes de Recherche d'Information (RI). Toutefois, les efforts de recherche visant à intégrer des techniques de Désambiguisation de Sens (DS) à la RI n'ont pas porté fruit. La plupart des études sur le sujet obtiennent effectivement des résultats négatifs ou peu convaincants. De plus, des investigations basées sur l'ajout d'ambiguïté artificielle concluent qu'il faudrait une très haute précision de désambiguation pour arriver à un effet positif. Ce mémoire vise à développer de nouvelles approches plus performantes et efficaces, se concentrant sur l'utilisation de statistiques de cooccurrence afin de construire des modèles de contexte. Ces modèles pourront ensuite servir à effectuer une discrimination de sens entre une requête et les documents d'une collection. Dans ce mémoire à deux parties, nous ferons tout d'abord une investigation de la force de la relation entre un mot et les mots présents dans son contexte, proposant une méthode d'apprentissage du poids d'un mot de contexte en fonction de sa distance du mot modélisé dans le document. Cette méthode repose sur l'idée que des modèles de contextes faits à partir d'échantillons aléatoires de mots en contexte devraient être similaires. Des expériences en anglais et en japonais montrent que la force de relation en fonction de la distance suit généralement une loi de puissance négative. Les poids résultant des expériences sont ensuite utilisés dans la construction de systèmes de DS Bayes Naïfs. Des évaluations de ces systèmes sur les données de l'atelier Semeval en anglais pour la tâche Semeval-2007 English Lexical Sample, puis en japonais pour la tâche Semeval-2010 Japanese WSD, montrent que les systèmes ont des résultats comparables à l'état de l'art, bien qu'ils soient bien plus légers, et ne dépendent pas d'outils ou de ressources linguistiques. La deuxième partie de ce mémoire vise à adapter les méthodes développées à des applications de Recherche d'Information. Ces applications ont la difficulté additionnelle de ne pas pouvoir dépendre de données créées manuellement. Nous proposons donc des modèles de contextes à variables latentes basés sur l'Allocation Dirichlet Latente (LDA). Ceux-ci seront combinés à la méthodes de vraisemblance de requête par modèles de langue. En évaluant le système résultant sur trois collections de la conférence TREC (Text REtrieval Conference), nous observons une amélioration proportionnelle moyenne de 12% du MAP et 23% du GMAP. Les gains se font surtout sur les requêtes difficiles, augmentant la stabilité des résultats. Ces expériences seraient la première application positive de techniques de DS sur des tâches de RI standard.

Imputation en présence de données contenant des zéros

L’imputation simple est très souvent utilisée dans les enquêtes pour compenser pour la non-réponse partielle. Dans certaines situations, la variable nécessitant l’imputation prend des valeurs nulles un très grand nombre de fois. Ceci est très fréquent dans les enquêtes entreprises qui collectent les variables économiques. Dans ce mémoire, nous étudions les propriétés de deux méthodes d’imputation souvent utilisées en pratique et nous montrons qu’elles produisent des estimateurs imputés biaisés en général. Motivé par un modèle de mélange, nous proposons trois méthodes d’imputation et étudions leurs propriétés en termes de biais. Pour ces méthodes d’imputation, nous considérons un estimateur jackknife de la variance convergent vers la vraie variance, sous l’hypothèse que la fraction de sondage est négligeable. Finalement, nous effectuons une étude par simulation pour étudier la performance des estimateurs ponctuels et de variance en termes de biais et d’erreur quadratique moyenne.

Déploiement automatique d’une application de routage téléphonique d’une langue source vers une langue cible

Les modèles de compréhension statistiques appliqués à des applications vocales nécessitent beaucoup de données pour être entraînés. Souvent, une même application doit pouvoir supporter plusieurs langues, c’est le cas avec les pays ayant plusieurs langues officielles. Il s’agit donc de gérer les mêmes requêtes des utilisateurs, lesquelles présentent une sémantique similaire, mais dans plusieurs langues différentes. Ce projet présente des techniques pour déployer automatiquement un modèle de compréhension statistique d’une langue source vers une langue cible. Ceci afin de réduire le nombre de données nécessaires ainsi que le temps relié au déploiement d’une application dans une nouvelle langue. Premièrement, une approche basée sur les techniques de traduction automatique est présentée. Ensuite une approche utilisant un espace sémantique commun pour comparer plusieurs langues a été développée. Ces deux méthodes sont comparées pour vérifier leurs limites et leurs faisabilités. L’apport de ce projet se situe dans l’amélioration d’un modèle de traduction grâce à l’ajout de données très proche de l’application ainsi que d’une nouvelle façon d’inférer un espace sémantique multilingue.

Modélisation bayésienne avec des splines du comportement moyen d'un échantillon de courbes

Cette thèse porte sur l'analyse bayésienne de données fonctionnelles dans un contexte hydrologique. L'objectif principal est de modéliser des données d'écoulements d'eau d'une manière parcimonieuse tout en reproduisant adéquatement les caractéristiques statistiques de celles-ci. L'analyse de données fonctionnelles nous amène à considérer les séries chronologiques d'écoulements d'eau comme des fonctions à modéliser avec une méthode non paramétrique. Dans un premier temps, les fonctions sont rendues plus homogènes en les synchronisant. Ensuite, disposant d'un échantillon de courbes homogènes, nous procédons à la modélisation de leurs caractéristiques statistiques en faisant appel aux splines de régression bayésiennes dans un cadre probabiliste assez général. Plus spécifiquement, nous étudions une famille de distributions continues, qui inclut celles de la famille exponentielle, de laquelle les observations peuvent provenir. De plus, afin d'avoir un outil de modélisation non paramétrique flexible, nous traitons les noeuds intérieurs, qui définissent les éléments de la base des splines de régression, comme des quantités aléatoires. Nous utilisons alors le MCMC avec sauts réversibles afin d'explorer la distribution a posteriori des noeuds intérieurs. Afin de simplifier cette procédure dans notre contexte général de modélisation, nous considérons des approximations de la distribution marginale des observations, nommément une approximation basée sur le critère d'information de Schwarz et une autre qui fait appel à l'approximation de Laplace. En plus de modéliser la tendance centrale d'un échantillon de courbes, nous proposons aussi une méthodologie pour modéliser simultanément la tendance centrale et la dispersion de ces courbes, et ce dans notre cadre probabiliste général. Finalement, puisque nous étudions une diversité de distributions statistiques au niveau des observations, nous mettons de l'avant une approche afin de déterminer les distributions les plus adéquates pour un échantillon de courbes donné.

Confesser un homicide : le rôle de l’enquêteur et de la preuve

Les chercheurs s’étant penchés sur les facteurs influençant la décision du suspect de confesser son crime ont mis en évidence que deux facteurs sont principalement influents : la force de la preuve (Des Lauriers-Varin et St-Yves, 2006; Moston et al., 1992) et la conduite de l’enquêteur (Holmberg et Christianson, 2002; Kebell et al., 2005). Par contre, les contradictions entre ces études ont apporté davantage de confusion que de réponses à la pratique. Cette étude vise donc à explorer l’incidence de ces deux facteurs sur l’inclination du suspect à confesser son crime et les possibles interactions entre eux. Pour ce faire, 50 enregistrements vidéo d’interrogatoires d’homicide furent visionnés et les données furent soumises à des analyses statistiques et qualitatives. Les résultats d’une régression logistique démontrent que la conduite de l’enquêteur est le facteur prédominant pour prédire l’obtention d’aveux du suspect en contrôlant pour l’effet des variables statiques et de la preuve. Également, les résultats mettent en évidence qu’en augmentant les attitudes et comportements associés à une conduite « positive », l’enquêteur augmentait les probabilités d’aveux du suspect. De plus, les résultats indiquent que l’augmentation du nombre d’éléments de preuves est associée à une plus grande démonstration de « rapport de force » de la part de l’enquêteur. Les résultats sont discutés en relation à l’effet des principaux facteurs sur les schémas et dynamiques prenant place entre l’enquêteur et le suspect.

From "This is my body" to the Church in the twenty-first century: the Last Supper as the decisive moment and criterion of a renewed ecclesiology

Certains symptômes sont les indicateurs incontestés des très graves problèmes que connaît l’Église. S’ils existent aussi dans des confessions et des religions diverses, seuls seront examinés ici ceux qui concernent l’Église catholique. Parmi les plus significatifs figurent un fort déclin dans la participation à des activités religieuses comme les célébrations eucharistiques dominicales, surtout chez les jeunes, une pénurie presque catastrophique de prêtres ordonnés, une perte de prestige et d’influence de l’enseignement dispensé par l’Église. Ces symptômes varient en intensité selon les pays, mais les statistiques indiquent qu’ils se multiplient. Nombre de ces problèmes sont attribuables à l’extrême vélocité de changements qui surviennent partout et à l’apparente inaptitude de l’Église à s’adapter, en raison notamment de son attachement à la pensée néo-scolastique et à la tradition tridentine. Cette fidélité absolue à une tradition vieille de quatre cents ans l’empêche de se faire à un environnement en évolution rapide et radicale. Des changements appropriés s’imposent pratiquement partout dans l’Église. Or, pour que ceux-ci soient efficaces et respectueux de la nature propre de l’Église, la tradition est un guide qui ne suffit pas. S’appuyant sur les termes de l’encyclique Ecclesia de Eucharistia, « le moment décisif où elle (l’Église) a pris forme est certainement celui où a eu lieu l’institution de l’Eucharistie, dans la chambre à l’étage », la thèse présentée suit le plus près possible l’interprétation donnée aux paroles de Jésus, ceci est mon corps, telles qu’elles ont été prononcées la première fois. Selon cette évidence, il est permis d’affirmer que les caractéristiques définitoires de l’Église provenant de ces mots sont agape, unité, service. Tel doit être le principe directeur des changements. C’est sur une telle base que sont décrits les secteurs où les changements s’imposent ainsi que les aspects visés. Ces changements comprennent les points suivants : liturgie, sacrements, catéchèse, mystagogie, théologie, structure, gouvernance de l’Église et ses enseignements, évangélisation. Ces secteurs exigent des efforts sérieux dans la préparation des personnes touchées par ces changements et dans l’attention portée à l’exigence primordiale voulant qu’agape, unité et service soient les principes actifs et évidents régissant l’Église.

Analyse bibliométrique des revues Canadian Journal of Communication et Communication 1974-2005

L’objectif de cette étude est de saisir une image des éléments explicitement reconnaissables de la recherche en communication visibles dans les revues savantes Canadian Journal of Communication et dans Communication de 1974 à 2005. Il s’agit d’une analyse bibliométrique des articles publiés par les chercheurs d’institutions canadiennes et de leurs références bibliographiques. La bibliométrie est « l’application de méthodes statistiques aux livres et aux autres moyens de communication » (Pritchard, 1969: 348-349). C’est la première fois qu’une analyse de ce type est tentée dans ce corpus particulier. Nous nous sommes appuyés sur des postulats théoriques provenant de la sociologie des sciences et des études en communication scientifique. L’idée maîtresse est la suivante : l’activité scientifique est un « continuum de création de nouvelles connaissances » (Vassallo, 1999), dont l’organisation est basée sur l’échange d’information (Price, 1963; Crane, 1972), qui se traduit en reconnaissance sociale, en autorité scientifique, et constitue un investissement pour l’acquisition de crédibilité (Merton, 1938; Hagstrom, 1965; Bourdieu, 1975; Latour et Woolgar, 1986). À partir de l’analyse des articles, nous identifions s’ils sont le résultat de recherches empiriques ou fondamentales, ou le produit d’une réflexion critique. Il s’agit aussi de détecter les approches méthodologiques et les techniques d’investigation utilisées, ainsi que les sujets qui y sont abordés par les chercheurs. Nous détectons également les principaux lieux de recherche (universités et types de départements). Nous analysons aussi les thématiques des articles. Enfin, nous analysons des références bibliographiques des articles afin de cerner les sources d’idées qui y sont décelables. Notre corpus principal comporte 1154 articles et 12 840 titres de documents en référence. L’analyse bibliométrique des articles révèle ainsi une recherche canadienne en communication d’emblée qualitative, intéressée pour les spécificités historiques, le contexte social et la compréhension des interrelations sous-jacentes aux phénomènes de communication, en particulier, au Canada et au Québec. Au cœur de ces études se distingue principalement l’application de l’analyse de contenu qualitative dans les médias en général. Cependant, à partir de 1980, l’exploration du cinéma, de l’audiovisuel, des nouvelles technologies de l’information et de la communication, ainsi que la multiplication des sujets de recherche, annoncent un déplacement dans l’ordre des intérêts. Communication et le CJC, se distinguent cependant par l’origine linguistique des chercheurs qui y publient ainsi que dans les thématiques. L’analyse des références bibliographiques, et de leurs auteurs, met en relief l’intérêt partagé des chercheurs d’institutions universitaires canadiennes pour les agences de réglementation et les politiques gouvernementales canadiennes s’appuyant souvent sur l’analyse de documents législatifs et de rapports de diverses commissions d’enquête du gouvernement canadien. L’analyse révèle aussi les principales inspirations théoriques et méthodologiques des chercheurs. Parmi les plus citées, on voit Innis, McLuhan, Habermas, Tuchman, Bourdieu, Foucault, Raboy, et Rogers. Mais ces références évoluent dans le temps. On voit aussi une distinction relativement claire entre les sources citées par la recherche francophone et la recherche anglophone.

The prevalence of congenital amusia

L’amusie congénitale est un trouble neurogénétique qui se caractérise par une inhabileté à acquérir des habiletés musicales de base, telles que la perception musicale et la reconnaissance musicale normales, malgré une audition, un développement du langage et une intelligence normaux (Ayotte, Peretz & Hyde, 2002). Récemment, une éude d’aggrégation familiale a démontré que 39% des membres de familles d’individus amusiques démontrent le trouble, comparativement à 3% des membres de familles d’individus normaux (Peretz et al., 2007). Cette conclusion est intéressante puisqu’elle démontre une prévalence de l’amusie congénitale dans la population normale. Kalmus et Fry (1980) ont évalué cette prévalence à 4%, en utilisant le Distorted Tunes Test (DTT). Par contre, ce test présente certaines lacunes méthodologiques et statistiques, telles un effet plafond important, ainsi que l’usage de mélodies folkloriques, désavantageant les amusiques puisque ceux-ci ne peuvent pas assimiler ces mélodies correctement. L’étude présente visait à réévaluer la prévalence de l’amusie congénitale en utilisant un test en ligne récemment validé par Peretz et ses collègues (2008). Mille cent participants, d’un échantillon homogène, ont complété le test en ligne. Les résultats démontrent une prévalence globale de 11.6%, ainsi que quatre profiles de performance distincts: pitch deafness (1.5%), pitch memory amusia (3.2%), pitch perception amusia (3.3%), et beat deafness (3.3%). La variabilité des résultats obtenus avec le test en ligne démontre l’existence de quatre types d’amusies avec chacune une prévalence individuelle, indiquant une hétérogénéité dans l’expression de l’amusie congénitale qui devra être explorée ultérieurement.

Indicateurs de durabilité urbaine selon une approche épidémiologique : la ville de Maringá, au Brésil

Les analyses spatiales et statistiques ont été réalisées avec les logiciels ArcView et SPSS

Mediators of the effects of past corporal punishment experiences on the intent to use corporal punishment

Les analyses statistiques ont été réalisées avec le logiciels SPSS 11.0(Statistical Package for Social Sciences) et AMOS 6 (Analysis of Moment Structures. La base de données de l'étude a été crée et receuillie par Caroline Despatie en collaboration avec Dr. Dianne Casoni.