D��veloppement de méthodes d'assemblage de génomes de novo adaptées aux bactéries endosymbiotes

Le but de ce projet était de d��velopper des méthodes d'assemblage de novo dans le but d'assembler de petits génomes, principalement bactériens, à partir de données de séquençage de nouvelle-génération. Éventuellement, ces méthodes pourraient être appliquées à l'assemblage du génome de StachEndo, une Alpha-Protéobactérie inconnue endosymbiote de l'amibe Stachyamoeba lipophora. Suite à plusieurs analyses préliminaires, il fut observé que l’utilisation de lectures Illumina avec des assembleurs par graphe DeBruijn produisait les meilleurs résultats. Ces expériences ont également montré que les contigs produits à partir de différentes tailles de k-mères étaient complémentaires pour la finition des génomes. L’ajout de longues paires de lectures chevauchantes se montra essentiel pour la finition complète des grandes répétitions génomiques. Ces méthodes permirent d'assembler le génome de StachEndo (1,7 Mb). L'annotation de ce génome permis de montrer que StachEndo possède plusieurs caractéristiques inhabituelles chez les endosymbiotes. StachEndo constitue une espèce d'intérêt pour l'étude du d��veloppement endosymbiotique.

Prevalence et caracterisation de Staphylococcus aureus resistant a la methicilline d'origine aviaire au Quebec

Le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) est un enjeu majeur en santé publique. Il est responsable d���une grande variété d���infections. Les “Livestock Associated-MRSA” (LA-MRSA) sont des SARM ayant comme origine les animaux de production tels le porc ou la volaille. Ils constituent un risque de transmission à l’humain via la chaîne alimentaire. Les LA-MRSA peuvent former du biofilm ce qui augmente leur tolérance aux stress environnementaux. Le biofilm est partiellement régulé par le système Agr. Il n’existe aucune donnée sur les ‘LA-MRSA’ d���origine aviaire au Québec. Les objectifs de ce projet étaient : (i) de d��terminer la prévalence de ces SARM dans la viande de poulet et le poulet à griller de la province de Québec et (ii) de caractériser les isolats retrouvés. La collecte d���échantillons s’est effectuée dans 43 épiceries (309 cuisses et pilons de poulet) et dans deux abattoirs (échantillons nasaux et f��caux de 200 poulets) de la Montérégie. La prévalence de SARM a été évaluée à 1.29% (IC 95%: 0.35-3.28) et 0% dans la viande et les oiseaux respectivement. Les isolats testés se sont révélés résistants aux bêta-lactamines (n=15), à la tétracycline (n=10), à l’oxytétracycline (n=10), à la spectinomycine (n=10) et à la tobramycine (n=1). Le typage a révélé deux clones différents (ST398-V, n=10; et ST8-IVa ’USA300’, n=5). La présence de gènes de résistance aux antibiotiques (blaZ, blaR, blaI, erm(A), lnu(A), aad(D), fosB, tet(K), tet(L) et spc) ainsi que plusieurs gènes codant pour l’évasion du système immunitaire (IEC), la production de toxines ou encore pour la production de biofilm ont aussi été d��tectés. Une forte production de biofilm a été observée pour la majorité des isolats (n=11) à l’exception de certains isolats ST398. Le taux d���expression du système Agr n’a révélé aucune différence particulière entre les SARM testés. Pour conclure, nos données indiquent une faible prévalence de SARM chez la volaille et la viande de poulet. Les isolats ont été catégorisés en deux génotypes, dont un portant plus de gènes de résistance aux antibiotiques (ST398) et l’autre possédant plus de gènes de virulence (ST8).

François-Xavier Garneau et Jules Michelet : figures du peuple

La collection « Cahiers de recherche » (anciennement «Rapports de recherche») est publiée sous la responsabilité du Centre d���études québécoises du D��partement d���études françaises de l’Université de Montréal. Elle présente des recherches en cours, des bibliographies, des index ou d���autres types de travaux analogues sur la littérature québécoise, réalisés par des chercheurs, étudiants ou professeurs du D��partement d���études françaises.

Le sacrifice d'Iphigénie : l'interartialité spectaculaire dans la peinture française au 18e siècle

Pour respecter les droits d���auteur, la version électronique de ce mémoire a été d��pouillée de documents visuels. La version intégrale du mémoire a été d��posée à la Division de la gestion des documents et des archives.

L’ontologie des vertus dans l’Inquiry (1726) de Hutcheson

Hutcheson fonde sa théorie morale sur un « sens moral ». Ce sens nous permet de faire des distinctions morales (bien et mal). Cette théorie donnera lieu à un d��bat sur la réalité des valeurs morales. Selon certains commentateurs, nos distinctions morales portent sur des faits moraux réels que l’on peut connaître empiriquement grâce à notre sens moral. Inversement, certains soutiendront que le sens moral ne produit pas de connaissance morale. Les jugements moraux issus de ce sens sont des réponses émotionnelles plus ou moins fiables que l’on ressent face à des motivations qui nous semblent être vertueuses. Nous montrerons que, selon Hutcheson, nos jugements moraux sont bien des réponses émotionnelles, mais qu’ils ont néanmoins un critère d���objectivité. Notre sens moral, grâce à la Providence divine, a pour fonction de préserver le bien-être de l’humanité. Cette fonction du sens moral sert de critère pour évaluer le bon fonctionnement de ce sens moral.