Typage de la classe génotypique du gène PRDM9 à partir de données de séquençage de Nouvelle Génération

Les positions des évènements de recombinaison s’agrègent ensemble, formant des hotspots déterminés en partie par la protéine à évolution rapide PRDM9. En particulier, ces positions de hotspots sont déterminées par le domaine de doigts de zinc (ZnF) de PRDM9 qui reconnait certains motifs d’ADN. Les allèles de PRDM9 contenant le ZnF de type k ont été préalablement associés avec une cohorte de patients affectés par la leucémie aigüe lymphoblastique. Les allèles de PRDM9 sont difficiles à identifier à partir de données de séquençage de nouvelle génération (NGS), en raison de leur nature répétitive. Dans ce projet, nous proposons une méthode permettant la caractérisation d’allèles de PRDM9 à partir de données de NGS, qui identifie le nombre d’allèles contenant un type spécifique de ZnF. Cette méthode est basée sur la corrélation entre les profils représentant le nombre de séquences nucléotidiques uniques à chaque ZnF retrouvés chez les lectures de NGS simulées sans erreur d’une paire d’allèles et chez les lectures d’un échantillon. La validité des prédictions obtenues par notre méthode est confirmée grâce à analyse basée sur les simulations. Nous confirmons également que la méthode peut correctement identifier le génotype d’allèles de PRDM9 qui n’ont pas encore été identifiés. Nous conduisons une analyse préliminaire identifiant le génotype des allèles de PRDM9 contenant un certain type de ZnF dans une cohorte de patients atteints de glioblastomes multiforme pédiatrique, un cancer du cerveau caractérisé par les mutations récurrentes dans le gène codant pour l’histone H3, la cible de l’activité épigénétique de PRDM9. Cette méthode ouvre la possibilité d’identifier des associations entre certains allèles de PRDM9 et d’autres types de cancers pédiatriques, via l’utilisation de bases de données de NGS de cellules tumorales.

Développement d'une nouvelle méthode de caractérisation tissulaire basée sur l'élastographie ultrasonore : application pour le dépistage précoce du cancer du sein

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la femme. Il demeure la cause de mortalité la plus importante chez les femmes âgées entre 35 et 55 ans. Au Canada, plus de 20 000 nouveaux cas sont diagnostiqués chaque année. Les études scientifiques démontrent que l'espérance de vie est étroitement liée à la précocité du diagnostic. Les moyens de diagnostic actuels comme la mammographie, l'échographie et la biopsie comportent certaines limitations. Par exemple, la mammographie permet de diagnostiquer la présence d’une masse suspecte dans le sein, mais ne peut en déterminer la nature (bénigne ou maligne). Les techniques d’imagerie complémentaires comme l'échographie ou l'imagerie par résonance magnétique (IRM) sont alors utilisées en complément, mais elles sont limitées quant à la sensibilité et la spécificité de leur diagnostic, principalement chez les jeunes femmes (< 50 ans) ou celles ayant un parenchyme dense. Par conséquent, nombreuses sont celles qui doivent subir une biopsie alors que leur lésions sont bénignes. Quelques voies de recherche sont privilégiées depuis peu pour réduire l`incertitude du diagnostic par imagerie ultrasonore. Dans ce contexte, l’élastographie dynamique est prometteuse. Cette technique est inspirée du geste médical de palpation et est basée sur la détermination de la rigidité des tissus, sachant que les lésions en général sont plus rigides que le tissu sain environnant. Le principe de cette technique est de générer des ondes de cisaillement et d'en étudier la propagation de ces ondes afin de remonter aux propriétés mécaniques du milieu via un problème inverse préétabli. Cette thèse vise le développement d'une nouvelle méthode d'élastographie dynamique pour le dépistage précoce des lésions mammaires. L'un des principaux problèmes des techniques d'élastographie dynamiques en utilisant la force de radiation est la forte atténuation des ondes de cisaillement. Après quelques longueurs d'onde de propagation, les amplitudes de déplacement diminuent considérablement et leur suivi devient difficile voir impossible. Ce problème affecte grandement la caractérisation des tissus biologiques. En outre, ces techniques ne donnent que l'information sur l'élasticité tandis que des études récentes montrent que certaines lésions bénignes ont les mêmes élasticités que des lésions malignes ce qui affecte la spécificité de ces techniques et motive la quantification de d'autres paramètres mécaniques (e.g.la viscosité). Le premier objectif de cette thèse consiste à optimiser la pression de radiation acoustique afin de rehausser l'amplitude des déplacements générés. Pour ce faire, un modèle analytique de prédiction de la fréquence de génération de la force de radiation a été développé. Une fois validé in vitro, ce modèle a servi pour la prédiction des fréquences optimales pour la génération de la force de radiation dans d'autres expérimentations in vitro et ex vivo sur des échantillons de tissu mammaire obtenus après mastectomie totale. Dans la continuité de ces travaux, un prototype de sonde ultrasonore conçu pour la génération d'un type spécifique d'ondes de cisaillement appelé ''onde de torsion'' a été développé. Le but est d'utiliser la force de radiation optimisée afin de générer des ondes de cisaillement adaptatives, et de monter leur utilité dans l'amélioration de l'amplitude des déplacements. Contrairement aux techniques élastographiques classiques, ce prototype permet la génération des ondes de cisaillement selon des parcours adaptatifs (e.g. circulaire, elliptique,…etc.) dépendamment de la forme de la lésion. L’optimisation des dépôts énergétiques induit une meilleure réponse mécanique du tissu et améliore le rapport signal sur bruit pour une meilleure quantification des paramètres viscoélastiques. Il est aussi question de consolider davantage les travaux de recherches antérieurs par un appui expérimental, et de prouver que ce type particulier d'onde de torsion peut mettre en résonance des structures. Ce phénomène de résonance des structures permet de rehausser davantage le contraste de déplacement entre les masses suspectes et le milieu environnant pour une meilleure détection. Enfin, dans le cadre de la quantification des paramètres viscoélastiques des tissus, la dernière étape consiste à développer un modèle inverse basé sur la propagation des ondes de cisaillement adaptatives pour l'estimation des paramètres viscoélastiques. L'estimation des paramètres viscoélastiques se fait via la résolution d'un problème inverse intégré dans un modèle numérique éléments finis. La robustesse de ce modèle a été étudiée afin de déterminer ces limites d'utilisation. Les résultats obtenus par ce modèle sont comparés à d'autres résultats (mêmes échantillons) obtenus par des méthodes de référence (e.g. Rheospectris) afin d'estimer la précision de la méthode développée. La quantification des paramètres mécaniques des lésions permet d'améliorer la sensibilité et la spécificité du diagnostic. La caractérisation tissulaire permet aussi une meilleure identification du type de lésion (malin ou bénin) ainsi que son évolution. Cette technique aide grandement les cliniciens dans le choix et la planification d'une prise en charge adaptée.

Les capitaines des troupes de la Marine de 1683 à 1739 : la carrière militaire en Nouvelle-France

En 1683, la monarchie française expédie en Nouvelle-France trois compagnies d’infanterie de la Marine afin de mettre un terme à la guerre contre les Iroquois qui menace la colonie sous juridiction de la Marine. Ce premier contingent se montrant incapable de mater l’ennemi, le roi envoie d’autres compagnies dirigées par des officiers qui détiennent soit une expérience dans le service de la Marine ou dans les régiments d’infanterie. La guerre dorénavant ouverte avec les colonies britanniques, force l’enracinement de ce corps d’armée au Canada. Les administrateurs vont l’appeler troupes de la Marine. Un autre facteur d’enracinement est la permission que les autorités royales accordent aux nobles de la colonie canadienne de s’engager dans le corps d’officiers. Les Canadiens y deviennent majoritaires quelques décennies plus tard. Plusieurs de ces officiers, notamment nés en colonie ont fait l’objet de biographies. Quelques études se sont penchées sur le corps d’officiers en tant qu’acteur social. Cependant, l’ensemble de la carrière militaire d’un officier des troupes de la Marine en Nouvelle-France n’a jamais été abordé. Les capitaines, étant parvenus au sommet de la hiérarchie des troupes de la Marine avant 1739, constituent le sujet de cette recherche. Ce sera donc les grandes étapes de leur expérience militaire coloniale que l’on tentera d’approfondir tout en prenant en considération le lieu de naissance de l’officier, ce qui nous permet dégager certaines tendances relatives à la carrière d’officiers militaires dans la société d’Ancien Régime.

Au miroir de la déclamation : la voix de la lecture touchante dans la nouvelle du second XVIIe siècle

Fondé sur les équivalences entre le code de la déclamation théâtrale et celui de la lecture touchante théorisés en 1707 par Jean-Léonor Le Gallois de Grimarest dans son Traité du récitatif, ainsi que sur les considérations de plusieurs traités de rhétorique et d’art dramatique du XVIIe siècle, cet article cherche à définir quelques éléments clés de la poétique vocale de la nouvelle française de la seconde moitié du XVIIe siècle. À travers l’analyse comparée des nouvelles Floridon (1657) de Segrais et Philadelphe (1687) de Girault de Sainville et de la tragédie Bajazet (1672) de Racine, il met en évidence l’importance et la forte charge pathétique du dialogue et des figures de rhétorique, deux procédés vocaux fondateurs communs aux deux genres, replaçant ainsi la voix au cœur des pratiques d’écriture aussi bien que de lecture de la nouvelle de l’âge classique.

La qualité au détriment de l’équité ? Du commerce équitable à une nouvelle définition de la qualité

Full Text / Article complet

Ollivier : le baroque au féminin (vers une nouvelle esthétique du roman haïtien)

L’oeuvre d’Ollivier présente plusieurs caractéristiques pouvant être qualifiées de « baroques ». Cette étude examine le rôle que jouent les personnages féminins dans la construction du baroque dans « Mère-Solitude » et « Les urnes scellées ». Par ailleurs, pour mieux évaluer l’évolution de l’esthétique du roman haïtien telle qu’elle se manifeste dans ce baroque chez Ollivier, cette lecture cherche à faire ressortir l’écart qui se manifeste par rapport à la représentation du personnage féminin dans l’esthétique du réalisme merveilleux. Ainsi apparaît-il que le féminin participe à l’élaboration d’un univers imaginaire déchiffrable, sensé et porteur d’espoir, dans le réalisme merveilleux, alors que le baroque crée des « urnes scellées » impénétrables à travers lesquelles s’exprime l’angoisse devant l’inconstance du monde, un monde insaisissable, insensé. Le baroque apparaît alors, chez Ollivier, comme une esthétique de l’incertain et du questionnement qui déconstruit les discours rassurants par une technique de fabrication d’images incongruës.

Une nouvelle méthode pour estimer la torsion géométrique en scoliose idiopathique de l’adolescent

La scoliose idiopathique de l’adolescent (SIA) est une déformation tridimensionnelle (3D) de la colonne vertébrale. Pour la plupart des patients atteints de SIA, aucun traitement chirurgical n’est nécessaire. Lorsque la déformation devient sévère, un traitement chirurgical visant à réduire la déformation est recommandé. Pour déterminer la sévérité de la SIA, l’imagerie la plus utilisée est une radiographie postéroantérieure (PA) ou antéro-postérieure (AP) du rachis. Plusieurs indices sont disponibles à partir de cette modalité d’imagerie afin de quantifier la déformation de la SIA, dont l’angle de Cobb. La conduite thérapeutique est généralement basée sur cet indice. Cependant, les indices disponibles à cette modalité d’imagerie sont de nature bidimensionnelle (2D). Celles-ci ne décrivent donc pas entièrement la déformation dans la SIA dû à sa nature tridimensionnelle (3D). Conséquemment, les classifications basées sur les indices 2D souffrent des mêmes limitations. Dans le but décrire la SIA en 3D, la torsion géométrique a été étudiée et proposée par Poncet et al. Celle-ci mesure la tendance d’une courbe tridimensionnelle à changer de direction. Cependant, la méthode proposée est susceptible aux erreurs de reconstructions 3D et elle est calculée localement au niveau vertébral. L’objectif de cette étude est d’évaluer une nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique par l’approximation de longueurs d’arcs locaux et par paramétrisation de courbes dans la SIA. Une première étude visera à étudier la sensibilité de la nouvelle méthode présentée face aux erreurs de reconstructions 3D du rachis. Par la suite, deux études cliniques vont présenter la iv torsion géométrique comme indice global et viseront à démontrer l’existence de sous-groupes non-identifiés dans les classifications actuelles et que ceux-ci ont une pertinence clinique. La première étude a évalué la robustesse de la nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique chez un groupe de patient atteint de la SIA. Elle a démontré que la nouvelle technique est robuste face aux erreurs de reconstructions 3D du rachis. La deuxième étude a évalué la torsion géométrique utilisant cette nouvelle méthode dans une cohorte de patient avec des déformations de type Lenke 1. Elle a démontré qu’il existe deux sous-groupes, une avec des valeurs de torsion élevées et l’autre avec des valeurs basses. Ces deux sous-groupes possèdent des différences statistiquement significatives, notamment au niveau du rachis lombaire avec le groupe de torsion élevée ayant des valeurs d’orientation des plans de déformation maximales (PMC) en thoraco-lombaire (TLL) plus élevées. La dernière étude a évalué les résultats chirurgicaux de patients ayant une déformation Lenke 1 sous-classifiées selon les valeurs de torsion préalablement. Cette étude a pu démontrer des différences au niveau du PMC au niveau thoraco-lombaire avec des valeurs plus élevées en postopératoire chez les patients ayant une haute torsion. Ces études présentent une nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique et présentent cet indice quantitativement. Elles ont démontré l’existence de sous-groupes 3D basés sur cet indice ayant une pertinence clinique dans la SIA, qui n’étaient pas identifiés auparavant. Ce projet contribue dans la tendance actuelle vers le développement d’indices 3D et de classifications 3D pour la scoliose idiopathique de l’adolescent.

Perspective sur une nouvelle fédération : le cas de la Somalie

Éditorial du 13 janvier 2016 - Observatoire des fédérations

La Seconde introduction à la Nouvelle présentation de la doctrine de la science de Fichte (1797-1798)

La doctrine de la science de Fichte a été – et est encore aujourd’hui – l’objet de nombreuses incompréhensions et confusions. Cela, selon l’aveu même de l’auteur, tient à la nature de cette philosophie, qui exige du lecteur un effort tout à fait particulier d’entrée en matière, voire un réel engagement. C’est à cette voie d’accès à la doctrine de la science que nous nous intéresserons ici, à travers l’analyse du texte où Fichte s’en explique le mieux : la Seconde introduction à la Nouvelle présentation de la doctrine de la science de 1797-1798. Par là, il nous sera également possible d’éclairer les concepts, fondamentaux, d’intuition intellectuelle et de Moi, tels qu’ils apparaissent à ce moment crucial du développement de la Wissenschaftslehre.

Le standpoint theory : en faveur d’une nouvelle méthode épistémologique

Cet article est avant tout une présentation générale du standpoint theory mais vise tout particulièrement à souligner la relation épistémologique qui unit cette théorie féministe à la théorie marxiste. Ainsi il y sera démontré que l’expérience de l’oppression, et donc de la souffrance qui l’accompagne, est en mesure de représenter un avantage épistémique que les groupes subissant l’oppression peuvent tourner à leur avantage. Il sera donc question d’un nouveau type d’objectivité délaissant le concept de neutralité en faveur d’une subjectivité pleinement assumée.