Extradition et non-refoulement : la justice fondamentale en péril? Analyse du cas Németh c. Canada (Justice)

Dans Németh c. Canada (Justice) (2010), la Cour suprême vient à la conclusion qu’il est possible, pour le ministre de la Justice, d’autoriser l’extradition d’un réfugié dans la mesure où cette dernière n’est pas injuste ou tyrannique, et qu’elle ne vise pas à punir la personne pour des motifs de persécution. Le juge Cromwell précise qu’il n’est pas nécessaire de révoquer le statut de réfugié avant le processus d’extradition ; le ministre n’a qu’à démontrer que les clauses de cessation se trouvant dans la Loi sur l’immigration et la protection des réfugiés s’appliquent. Cela implique qu’il doit faire la preuve, selon la balance des probabilités, que les réfugiés n’ont plus de raison de craindre la persécution dans leur pays d’origine, en établissant qu’il y a un changement stable de circonstances. Toutefois, le processus actuel d’extradition n’assure pas pleinement les protections procédurales auxquelles ont droit les réfugiés, dans la mesure où la Loi sur l’extradition accorde un pouvoir discrétionnaire au ministre de décider, au cas par cas, qui devrait avoir droit à une audition orale pour étayer sa cause. Puisque la possibilité de persécution au retour reste une question empreinte de subjectivité et fait appel à la crédibilité, il est du devoir du ministre d’accorder une forme d'audition aux réfugiés afin d’offrir de solides garanties procédurales. Or, la Cour n’est pas allée jusqu’à prescrire un tel devoir. Dans ce mémoire, nous nous interrogeons sur l’étendue des protections procédurales qui devraient être accordées à un réfugié menacé d’extradition.

Brevets : rédaction et interprétation des revendications, validité et contrefaçon

Ce mémoire traite des brevets d'invention. Le premier volet dresse un portrait global de l'institution juridique du brevet, tout en en rappelant sommairement les fondements économique et philosophique. Après une brève présentation des conditions préalables à sa délivrance, nous discutons des composantes matérielles du brevet, soit la description de l’invention et les revendications. Une attention particulière est portée à la rédaction ainsi qu'à l'interprétation des revendications. Nous traitons ainsi de deux types de revendications spécialisées qui se sont développés avec l'usage, respectivement les revendications de type Jepson et Markush, pour ensuite recenser les principes d'interprétation des revendications que les tribunaux ont établis. Le deuxième volet traite de la validité et de la contrefaçon de brevet. Sur la question de la validité, nous abordons les principaux motifs pouvant entraîner l'invalidité du brevet, soit: l’ambiguïté, l'insuffisance de la divulgation, le double brevet, l'absence de nouveauté, l'évidence et l'absence d'utilité. Enfin, sur la question de la contrefaçon, nous examinons les circonstances dans lesquelles les actes commis par les tiers portent atteinte au monopole du titulaire de brevet. Pour ce faire, nous nous attardons à la portée des droits exclusifs qui sont reconnus à ce dernier. Tant en ce qui a trait à la validité qu'à la contrefaçon, nous recourons à des illustrations jurisprudentielles permettant de constater les incidences litigieuses afférentes, d'une part, aux motifs d'invalidité et, d'autre part, aux actes de contrefaçon.

Structure-fonction de MARCH1, une E3 ubiquitine ligase régulant la présentation antigénique par le CMH II

Les molécules classiques du CMH de classe II sont responsables de la présentation de peptides exogènes par les cellules présentatrices d’antigène aux lymphocytes T CD4+. Cette présentation antigénique est essentielle à l’établissement d’une réponse immunitaire adaptative. Cependant, la reconnaissance d’auto-antigènes ainsi que l’élimination des cellules du Soi sont des problèmes à l’origine de nombreuses maladies auto-immunes. Notamment, le diabète et la sclérose en plaque. D’éventuels traitements de ces maladies pourraient impliquer la manipulation de la présentation antigénique chez les cellules dont la reconnaissance et l’élimination engendrent ces maladies. Il est donc primordial d’approfondir nos connaissances en ce qui concerne les mécanismes de régulation de la présentation antigénique. La présentation antigénique est régulée tant au niveau transcriptionnel que post-traductionnel. Au niveau post-traductionnel, diverses cytokines affectent le processus. Parmi celles-ci, l’IL-10, une cytokine anti-inflammatoire, cause une rétention intracellulaire des molécules du CMH II. Son mécanisme d’action consiste en l’ubiquitination de la queue cytoplasmique de la chaîne bêta des molécules de CMH II. Cette modification protéique est effectuée par MARCH1, une E3 ubiquitine ligase dont l’expression est restreinte aux organes lymphoïdes secondaires. Jusqu’à tout récemment, il y avait très peu de connaissance concernant la structure et les cibles de MARCH1. Considérant son impact majeur sur la présentation antigénique, nous nous sommes intéressé à la structure-fonction de cette molécule afin de mieux caractériser sa régulation ainsi que les diverses conditions nécessaires à son fonctionnement. Dans un premier article, nous avons étudié la régulation de l’expression de MARCH1 au niveau protéique. Nos résultats ont révélé l’autorégulation de la molécule par formation de dimères et son autoubiquitination. Nous avons également démontré l’importance des domaines transmembranaires de MARCH1 dans la formation de dimères et l’interaction avec le CMH II. Dans un second article, nous avons investigué l’importance de la localisation de MARCH1 pour sa fonction. Les résultats obtenus montrent la fonctionnalité des motifs de localisation de la portion C-terminale de MARCH1 ainsi que la présence d’autres éléments de localisation dans la portion N-terminale de la protéine. Les nombreux mutants utilisés pour ce projet nous ont permis d’identifier un motif ‘‘VQNC’’, situé dans la portion cytoplasmique C-terminale de MARCH1, dont la valine est requise au fonctionnement optimal de la molécule. En effet, la mutation de la valine engendre une diminution de la fonction de la molécule et des expériences de BRET ont démontré une modification de l’orientation spatiale des queues cytoplasmiques. De plus, une recherche d’homologie de séquence a révélé la présence de ce même motif dans d’autres ubiquitines ligases, dont Parkin. Parkin est fortement exprimée dans le cerveau et agirait, entre autre, sur la dégradation des agrégats protéiques. La dysfonction de Parkin cause l’accumulation de ces agrégats, nommés corps de Lewy, qui entraînent des déficiences au niveau du fonctionnement neural observé chez les patients atteints de la maladie de Parkinson. La valine comprise dans le motif ‘’VQNC’’ a d’ailleurs été identifiée comme étant mutée au sein d’une famille où cette maladie est génétiquement transmise. Nous croyons que l’importance de ce motif ne se restreint pas à MARCH1, mais serait généralisée à d’autres E3 ligases. Ce projet de recherche a permis de caractériser des mécanismes de régulation de MARCH1 ainsi que de découvrir divers éléments structuraux requis à sa fonction. Nos travaux ont permis de mieux comprendre les mécanismes de contrôle de la présentation antigénique par les molécules de CMH II.

Des jeux de hasard et d'argent en détention? L'état de la situation dans les pénitenciers fédéraux du Québec

À la base, les jeux de hasard et d’argent (JHA) se révèlent pour la grande majorité des gens une activité ludique agréable. On les associe effectivement aux loisirs, puisqu’ils répondent pratiquement aux mêmes besoins, dont la curiosité, le divertissement, la détente, la socialisation et la reconnaissance (Chevalier, 2003; Chevalier & Papineau, 2007; Paradis & Courteau, 2003). En contrepartie, ils constituent tout de même un risque d’excès. Bien que personne ne soit vraiment à l’abri de la dépendance, les écrits scientifiques montrent que certains groupes se révèlent particulièrement à risque. Avec les personnes qui souffrent de troubles mentaux et toxicomaniaques (Walters, 1997), la population correctionnelle se trouve parmi les individus les plus susceptibles de présenter des problèmes liés au jeu pathologique (Abbott, McKenna, & Giles, 2005; Ashcroft, Daniels, & Hart, 2004; Lahn, 2005). Or, si plusieurs études informent sur les habitudes de jeu précarcérales des hommes condamnés à l’emprisonnement, peu renseignent sur ce qu’il advient de cette pratique à l’intérieur des établissements de détention. Malgré une interdiction formelle des services correctionnels, on reconnaît pourtant la présence des JHA en prison (Abbott et al., 2005; Lahn & Grabosky, 2003; Nixon, Leigh, & Grabosky, 2006; Williams, Royston, & Hagen, 2005; Lahn, 2005). Cependant, la plupart des études se contentent trop souvent de dresser un portrait purement descriptif des types de jeux et des formes de mises. Une meilleure compréhension de cette pratique intra-muros se révèle essentielle, ne serait-ce que si l’on tient compte de la proportion non négligeable de détenus aux prises avec une telle dépendance. Cette thèse entend donc améliorer la compréhension de cette pratique dans les établissements de détention fédéraux du Québec, en se basant sur l’opinion et l’expérience de 51 hommes qui y sont incarcérés. Des entrevues qualitatives en français ont été effectuées avec des détenus québécois de plus de 18 ans, purgeant une peine d’emprisonnement minimale de vingt-quatre mois. Les résultats obtenus suite à des analyses thématiques sont répartis dans trois articles scientifiques. Le premier article décrit le déroulement des JHA intra-muros et analyse l’influence du milieu carcéral sur l’accès à ces activités et leur signification. Contrairement à nos attentes, le règlement interdisant les paris ne s’avère pas un obstacle central à leur pratique. Des éléments liés au contexte correctionnel et à la sentence en restreignent davantage la participation. La disponibilité et les bienfaits habituellement retirés des JHA, comme le plaisir et l’excitation, s’avèrent beaucoup plus limités que ce que ces activités offrent habituellement dans la société libre. Le second article étudie les conséquences potentielles des JHA, de même que la façon dont les détenus y réagissent. À la base, le seul fait que ces activités impliquent obligatoirement un échange d’argent, de biens de valeur ou de services rendus engendre pour tous les joueurs un risque de contracter des dettes. Une analyse dynamique montre que certaines frictions se développent autour des JHA, qui s’expliquent toutefois mieux par les caractéristiques du milieu carcéral. Le dernier article aborde les motifs qui justifient la participation ou non de la population correctionnelle à des JHA durant leur incarcération. Il tient compte des habitudes de jeu au cours des douze mois qui ont précédé la détention, soit des non-joueurs, des joueurs récréatifs et des joueurs problématiques. Pour la plupart des détenus, les JHA servent d’alternative ludique à l’ennui, mais certains les utilisent également dans le but de s’intégrer, voire indirectement de se protéger. Fait encore plus intéressant, malgré la présence de joueurs dépendants parmi les hommes interviewés, aucune des motivations généralement associées au jeu pathologique n’a été rapportée pour justifier la pratique des JHA en prison. En somme, les JHA demeurent généralement sans conséquence dans les établissements de détention québécois, puisque très peu de détenus semblent dépasser leurs limites et s’endetter. Les conflits entourant ces activités apparaissent surtout sous forme de querelles, suite à des doutes sur l’intégrité d’un joueur ou une défaite non assumée. Les événements violents, comme des règlements de compte, faisant suite à des dettes impayées se révèlent exceptionnels. Les résultats de cette thèse montrent également que certains joueurs pathologiques, malgré l’opportunité de s’adonner à des JHA, s’abstiennent ou cessent de miser au cours de leur incarcération. Ces dernières données permettent de réfléchir sur le concept de dépendance et sur les éléments prometteurs pour le traitement des joueurs problématiques incarcérés.

Conflits sur un navire de croisière : étude descriptive

Cette étude vise à comprendre les motifs qui peuvent s’avérer source de conflits dans une situation où il est le plus inattendu : les navires de croisières. Nous analysons les constructions de la propagande de vente de croisières avec l’utilisation des mythes marins. Nous nous questionnons ensuite sur la relation entre l’être humain et la mer à partir de la grande diversité mythologique entourant celle-ci ainsi que l’expérience empirique de la vie sur un navire de croisière (également sur un paquebot, cargo et bateau militaire). Dans ce contexte touristique, nous abordons le thème de la rencontre de l’Autre : l’Autre étant les personnes habitant les destinations visitées, les touristes, et principalement, les employés sur le navire responsables du service à la clientèle. Enfin, nous analysons plusieurs conflits représentatifs vécus à bord d’une croisière afin de comprendre les structures conflictuelles ; l’espace, la subordination, les jeux de rôle, les classes sociales, etc.

Méthodologie pour la synthèse combinatoire d’azapeptides: application à la synthèse d’analogues aza-GHRP-6 en tant que ligands du récepteur CD36

Les azapeptides sont des mimes peptidiques où le carbone alpha d’un ou de plusieurs acides aminés est remplacé par un atome d’azote. Cette modification tend à stabiliser une conformation en repliement beta en raison de la répulsion électronique entre les paires d’électrons libres des atomes d’azote adjacents et de la géométrie plane de l’urée. De plus, le résidu semicarbazide a une meilleure résistance face aux protéases en plus d’être chimiquement plus stable qu’une liaison amide. Bien que les propriétés des azapeptides en fassent des mimes peptidiques intéressants, leurs méthodes de synthèses font appel à la synthèse laborieuse d’hydrazines substituées en solution. Le peptide sécréteur d’hormone de croissance 6 (GHRP-6, His-D-Trp-Ala-Trp-D-Phe-Lys-NH2) est un hexapeptide synthétique qui possède une affinité pour deux récepteurs distincts: les récepteurs GHS-R1a et CD36. Les travaux effectués au cours de mon doctorat qui seront détaillés dans cet ouvrage visent à atteindre deux objectifs: (1) le développement d’analogues du peptide GHRP-6 sélectif à un seul récepteur et (2) la mise au point d’une nouvelle méthodologie pour la synthèse combinatoire d’azapeptides. En réponse au premier objectif, la synthèse parallèle de 49 analogues aza-GHRP-6 a été effectuée et certains candidats sélectifs au récepteur CD36 ont été identifiés. L’étude de leurs propriétés anti-angiogéniques, effectuée par nos collaborateurs, a également permis d’identifier des candidats intéressants pour le traitement potentiel de la dégénérescence maculaire liée à l’âge. Une nouvelle approche pour la synthèse combinatoire d’azapeptides, faisant appel à l’alkylation et la déprotection chimiosélective d’une sous-unité semicarbazone ancrée sur support solide, a ensuite été développée. La portée de cette méthodologie a été augmentée par la découverte de conditions permettant l’arylation régiosélective de cette sous-unité semicarbazone, donnant accès à treize nouveaux dérivés aza-GHRP-6 possédant des résidus aza-arylglycines aux positions D-Trp2 et Trp4. L’élaboration de conditions propices à l’alkylation et la déprotection chimiosélective de la semicarbazone a donné accès à une variété de chaînes latérales sur l’acide aminé « aza » préalablement inaccessibles. Nous avons, entre autres, démontré qu’une chaîne latérale propargyl pouvait être incorporée sur l’acide aminé « aza ». Tenant compte de la réactivité des alcynes, nous avons ensuite élaboré des conditions réactionnelles permettant la formation in situ d’azotures aromatiques, suivie d’une réaction de cycloaddition 1,3-dipolaire sur support solide, dans le but d’obtenir des mimes de tryptophane. Sept analogues du GHRP-6 ont été synthétisés et testés pour affinité au récepteur CD36 par nos collaborateurs. De plus, nous avons effectué une réaction de couplage en solution entre un dipeptide possédant un résidu aza-propargylglycine, du paraformaldehyde et une variété d’amines secondaires (couplage A3) afin d’accéder à des mimes rigides d’aza-lysine. Ces sous-unités ont ensuite été incorporées sur support solide afin de générer sept nouveaux azapeptides avec des dérivés aza-lysine à la position Trp4 du GHRP-6. Enfin, une réaction de cyclisation 5-exo-dig a été développée pour la synthèse de N-amino imidazolin-2-ones en tant que nouveaux mimes peptidiques. Leur fonctionnalisation par une série de groupements benzyliques à la position 4 de l’hétérocycle a été rendue possible grâce à un couplage Sonogashira précédant la réaction de cyclisation. Les propriétés conformationnelles de cette nouvelle famille de composés ont été étudiées par cristallographie aux rayons X et spectroscopie RMN d’un tétrapeptide modèle. L’activité biologique de deux mimes peptidiques, possédant un résidu N-amino-4-méthyl- et 4-benzyl-imidazolin-2-one à la position Trp4 du GHRP-6, a aussi été examinée. L’ensemble de ces travaux devrait contribuer à l’avancement des connaissances au niveau des facteurs structurels et conformationnels requis pour le développement d’azapeptides en tant que ligands du récepteur CD36. De plus, les résultats obtenus devraient encourager davantage l’utilisation d’azapeptides comme peptidomimétiques grâce à leur nouvelle facilité de synthèse et la diversité grandissante au niveau de la chaîne latérale des acides aminés « aza ».

Influence et facteurs incitatifs de la participation des parents dans un programme d’éducation à la nutrition implanté en milieu scolaire : Petits cuistots – Parents en réseaux

Au cours de leur croissance, les jeunes sont exposés à des facteurs de risques de maladies associés aux habitudes de vie, notamment celles alimentaires. Les interventions scolaires mises en place en vue de modifier leurs comportements nutritionnels sont plus efficaces lorsque les parents prennent part aux activités. Toutefois, les travaux réalisés dans ce domaine font état d’un faible taux de participation des parents dans les activités proposées. Les recherches effectuées sur la participation parentale dans les interventions d’éducation nutritionnelle à l’école, révèlent des lacunes importantes quant à la définition du concept. L’investissement parental y est défini par la fréquence d’apparition des parents à l’école et le rôle de ceux-ci dans les interventions; ce qui constitue, à notre avis, une vision réductionniste des dimensions du concept. De plus, ces études répertoriées dans la littérature mettent l’emphase sur la proportion de parents participants et l’influence de celle-ci quant aux effets sur les enfants, sans se préoccuper de ce qui pourrait expliquer leur implication aux activités proposées. L’objectif de cette thèse est de documenter les mécanismes qui sous-tendent la participation des parents dans les programmes de promotion de la santé dispensés en milieu scolaire. Plus spécifiquement, notre étude vise à identifier la relation entre les différentes dimensions de l’implication parentale et les comportements alimentaires des enfants suite à l’exposition de ces derniers à un projet d’éducation à la nutrition mis en place dans huit écoles primaires de milieux défavorisés de Montréal, le Projet PC-PR, tout en appréciant l’influence de certaines caractéristiques familiales sur ce lien. Puis, explorer la relation entre des facteurs qui motivent les parents à participer et l’investissement de ces derniers dans le projet. La présente recherche est conduite grâce à une analyse secondaire de données d’un échantillon de parents d’enfants fréquentant les écoles qui participent au projet PC-PR (N=502). La participation parentale est conceptualisée en quatre dimensions faisant référence à la notion du mésosystème proposée par Bronfenbrenner (1979), alors que les motifs d’implication sont définis en s’inspirant des travaux de Hoover-Dempsey et Sandler (1995, 1997). Des analyses descriptives, bivariées et multivariées sont effectuées. L’analyse du discours des parents montre une association positive entre la participation parentale aux activités (soit l’investissement à la maison, la communication et la connaissance intermilieu) et le développement de comportements alimentaires des enfants. Des effets modérateurs de certaines variables familiales (la langue, le nombre d’enfants à la maison, l’âge et l’opinion du parent sur la nécessité que l’enfant sache faire à manger) sur cette relation sont aussi identifiés. Les raisons qui poussent un parent à participer (la compréhension du rôle, le sentiment de compétence et les occasions offertes par les ateliers) sont liées à la participation de ce dernier aux activités de cuisine-nutrition. Les résultats de cette recherche contribuent non seulement à l’avancement des connaissances dans le domaine, mais servent de prémisses à une réflexion visant à mieux orienter les interventions en promotion de la santé.

Le processus de passage à l'acte violent chez les femmes

Objectif : Ce mémoire avait pour objectif de comprendre le processus par lequel les femmes en arrivent à commettre un acte violent. Plus spécifiquement, de connaître le sens que les femmes donnent à leur violence, de quelle façon elles reconstruisent le processus qui les a menées à cet acte et de quelle façon elles l’intègrent dans le cours de leur vie. Méthode : Pour atteindre cet objectif, 24 entrevues semi-structurées ont été réalisées auprès de femmes détenues ou prévenues ayant commis un acte de violence. Les participantes étaient rencontrées à la Maison Tanguay ou au secteur féminin du Centre de détention de Québec. Par la suite, les entrevues furent retranscrites et les données obtenues traitées à l’aide du programme NVivo. Nous avons analysé ces données selon le processus proposé par la théorisation ancrée. Résultats: Les résultats ont permis d’établir un modèle représentant le processus de passage à l’acte violent chez les femmes. Ce modèle se déroule en quatre phases. La première phase concerne le portrait de vie des participantes de l’enfance à l’âge adulte. Cette phase met principalement l’accent sur les difficultés vécues par les participantes et leurs stratégies d’adaptation. La deuxième phase est relative à la période précédant le délit. Elle comprend deux volets soit, l’entrée dans le processus qui réfère aux mois ou semaines précédant le délit et la phase aiguë qui réfère aux jours ou aux instants précédant le délit. La troisième phase concerne le déroulement de délit. Cette phase est divisée en deux profils différents, selon le type de violence utilisée soit, expressive ou utilitaire. Ces deux profils se distinguent quant aux circonstances, aux motifs, aux émotions et dans le recours, ou non, à des stratégies alternatives à la violence. Enfin, la dernière phase du modèle se concentre sur la période succédant l’acte de violence.

Derrida et Bergson : dialogue médiat sur la question de l'immédiat

Si le rapport entre Derrida et Bergson n’a pas fait l’objet de nombreuses études, les commentaires existants témoignent à peu près tous d’une vision commune : entre les deux philosophes, les divergences peuvent être atténuées, voire dissoutes, par la considération de convergences plus fondamentales. Les pages qui suivent seront l’occasion pour nous de faire contrepoids à cette vulgate interprétative. Sans nier l’existence de points de contact entre Derrida et Bergson, nous voudrions en effet montrer qu’un important désaccord subsiste entre eux au sujet de la possibilité de l’intuition. Alors que Derrida met en cause les doctrines intuitionnistes, Bergson érige l’intuition en méthode philosophique. Le présent mémoire prendra pour fil conducteur les motifs de cette discorde. Réduit à sa plus simple expression, l’objectif que nous y poursuivrons sera de montrer que les pensées bergsonienne et derridienne, lorsque mises en dialogue, révèlent un désaccord partiel qui permet de réfléchir de façon féconde sur la possibilité de l’intuition. Pour être plus exact, nous caresserons ici une triple ambition : i/ cerner étroitement l’objet du litige entre Derrida et Bergson, trop peu souligné par les commentateurs, et dont nous montrons qu’il s’articule à une entente partielle ; ii/ tirer au clair les diverses raisons qui amènent l’un à s’en prendre à l’intuition, l’autre à embrasser la méthode intuitive ; iii/ établir que certains arguments de Bergson, bien qu’ils connaissent un regain d’intérêt depuis quelques années, paraissent lacunaires lorsqu’on les confronte à différentes objections.

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel, c’est-à-dire pas uniquement entre deux paires de bases adjacentes. Le nombre de séquences générées par la grammaire de graphes est plus petit que ceux des méthodes basées sur la structure secondaire classique. Cela suggère l’importance du contexte pour la relation entre la séquence et la structure, d’où l’utilisation d’une grammaire de graphes contextuelle plus expressive que les grammaires hors-contexte. Les grammaires de graphes que nous avons développées ne tiennent compte que de la structure tertiaire et négligent les interactions de groupes chimiques spécifiques avec des éléments extra-moléculaires, comme d’autres macromolécules ou ligands. Dans un deuxième temps et pour tenir compte de ces interactions, nous avons développé un modèle qui tient compte de la position des groupes chimiques à la surface des structures tertiaires. L’hypothèse étant que les groupes chimiques à des positions conservées dans des séquences prédéterminées actives, qui sont déplacés dans des séquences inactives pour une fonction précise, ont de plus grandes chances d’être impliqués dans des interactions avec des facteurs. En poursuivant avec l’exemple de la boucle E, nous avons cherché les groupes de cette boucle qui pourraient être impliqués dans des interactions avec des facteurs d'élongation. Une fois les groupes identifiés, on peut prédire par modélisation tridimensionnelle les séquences qui positionnent correctement ces groupes dans leurs structures tertiaires. Il existe quelques modèles pour adresser ce problème, telles que des descripteurs de molécules, des matrices d’adjacences de nucléotides et ceux basé sur la thermodynamique. Cependant, tous ces modèles utilisent une représentation trop simplifiée de la structure d’ARN, ce qui limite leur applicabilité. Nous avons appliqué notre modèle sur les structures tertiaires d’un ensemble de variants d’une séquence d’une instance du Sarcin-Ricin d’un ribosome bactérien. L’équipe de Wool à l’université de Chicago a déjà étudié cette instance expérimentalement en testant la viabilité de 12 variants. Ils ont déterminé 4 variants viables et 8 létaux. Nous avons utilisé cet ensemble de 12 séquences pour l’entraînement de notre modèle et nous avons déterminé un ensemble de propriétés essentielles à leur fonction biologique. Pour chaque variant de l’ensemble d’entraînement nous avons construit des modèles de structures tertiaires. Nous avons ensuite mesuré les charges partielles des atomes exposés sur la surface et encodé cette information dans des vecteurs. Nous avons utilisé l’analyse des composantes principales pour transformer les vecteurs en un ensemble de variables non corrélées, qu’on appelle les composantes principales. En utilisant la distance Euclidienne pondérée et l’algorithme du plus proche voisin, nous avons appliqué la technique du « Leave-One-Out Cross-Validation » pour choisir les meilleurs paramètres pour prédire l’activité d’une nouvelle séquence en la faisant correspondre à ces composantes principales. Finalement, nous avons confirmé le pouvoir prédictif du modèle à l’aide d’un nouvel ensemble de 8 variants dont la viabilité à été vérifiée expérimentalement dans notre laboratoire. En conclusion, les grammaires de graphes permettent de modéliser la relation entre la séquence et la structure d’un élément structural d’ARN, comme la boucle E contenant le motif Sarcin-Ricin du ribosome. Les applications vont de la correction à l’aide à l'alignement de séquences jusqu’au design de séquences ayant une structure prédéterminée. Nous avons également développé un modèle pour tenir compte des interactions spécifiques liées à une fonction biologique donnée, soit avec des facteurs environnants. Notre modèle est basé sur la conservation de l'exposition des groupes chimiques qui sont impliqués dans ces interactions. Ce modèle nous a permis de prédire l’activité biologique d’un ensemble de variants de la boucle E du ribosome qui se lie à des facteurs d'élongation.

Novel non phospholipid liposomes with high sterol content : development and characterization

Les liposomes sont des nanovecteurs polyvalents et prometteurs quant à leur utilisation dans plusieurs domaines. Il y a une décennie, un nouveau type de liposome constitué d’amphiphiles monoalkylés et de stérols est né fortuitement dans notre groupe. Ils sont nommés Stérosomes puisqu’ils contiennent une grande proportion de stérols, entre 50 et 70 mol %. Les objectifs de cette thèse sont de développer de nouvelles formulations de Stérosomes ayant des caractéristiques spécifiques et d’acquérir une compréhension plus profonde des règles physicochimiques qui dictent leur comportement de phase. Nous avons spécifiquement examiné le rôle de motifs moléculaires des stérols, de la charge interfaciale et de la capacité à former des liaisons H dans les interactions intermoléculaires menant à l’autoassemblage. Le comportement de phase a été caractérisé par calorimétrie différentielle à balayage (DSC), par spectroscopie infrarouge (IR) et par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire du deutérium (²H NMR). Premièrement, nous avons établi certaines corrélations entre la structure des stérols, leur tendance à former des bicouches fluides en présence d'amphiphile monoalkylé et la perméabilité des grandes vésicules unilamellaires (LUV) formées. La nature des stérols module les propriétés de mélange avec de l’acide palmitique (PA). Les stérols portant une chaîne volumineuse en position C17 sont moins aptes à induire des bicouches fluides que ceux qui ont une chaîne plus simple, comme celle du cholestérol. Un grand ordre de la chaîne alkyle de PA est un effet commun à tous les stérols investigués. Il a été démontré que la perméabilité des LUV peut être contrôlée en utilisant des stérols différents. Cependant, ces stérols n’ont aucun impact significatif sur la sensibilité des Stérosomes au pH. Afin de créer des liposomes qui sont sensibles au pH et qui ont une charge positive à la surface, des Stérosomes composés de stéarylamine et de cholestérol (Chol) ont été conçus et caractérisés. Il a été conclu que l’état de protonation de l’amine, dans ce travail, ou du groupe carboxylique, dans un travail précédent, confère une sensibilité au pH et détermine la charge à la surface du liposome. Les premiers Stérosomes complètement neutres ont été fabriqués en utilisant un réseau de fortes liaisons H intermoléculaires. Le groupe sulfoxyde est capable de former de fortes liaisons H avec le cholestérol et les molécules d’eau. Une bicouche fluide métastable a été obtenue, à la température de la pièce, à partir d'un mélange équimolaire d’octadécyl méthyl sulfoxyde (OMSO) et de Chol. Ce comportement distinct a permis d’extruder le mélange pour former des LUV à la température de la pièce. Après 30 h, le temps de vie de la phase métastable, des Stérosomes stables et imperméables existaient toujours sous une forme solide. Un diagramme de température-composition a été proposé afin de résumer le comportement de phase des mélanges d’OMSO/Chol. Finalement, nous avons élaboré des Stérosomes furtifs en incorporant du polyéthylène glycol (PEG) avec une ancre de cholestérol (PEG-Chol) à l’interface de Stérosomes de PA/Chol. Jusqu’à 20 mol % de PEG-Chol peut être introduit sans perturber la structure de la bicouche. La présence du PEG-Chol n’a aucun impact significatif sur la perméabilité de la LUV. L'encapsulation active de la doxorubicine, un médicament contre le cancer, a été réalisée malgré la faible perméabilité de ces LUV et la présence du PEG à l’interface. L’inclusion de PEG a modifié considérablement les propriétés de l’interface et a diminué la libération induite par la variation de pH observée avec des LUV nues de PA/Chol. Cette formulation inédite est potentiellement utile pour l’administration intraveineuse de médicaments.

Simulation de profils de gravure et de dépôt à l’échelle du motif pour l’étude des procédés de microfabrication utilisant une source plasma de haute densité à basse pression

En lien avec l’avancée rapide de la réduction de la taille des motifs en microfabrication, des processus physiques négligeables à plus grande échelle deviennent dominants lorsque cette taille s’approche de l’échelle nanométrique. L’identification et une meilleure compréhension de ces différents processus sont essentielles pour améliorer le contrôle des procédés et poursuivre la «nanométrisation» des composantes électroniques. Un simulateur cellulaire à l’échelle du motif en deux dimensions s’appuyant sur les méthodes Monte-Carlo a été développé pour étudier l’évolution du profil lors de procédés de microfabrication. Le domaine de gravure est discrétisé en cellules carrées représentant la géométrie initiale du système masque-substrat. On insère les particules neutres et ioniques à l’interface du domaine de simulation en prenant compte des fonctions de distribution en énergie et en angle respectives de chacune des espèces. Le transport des particules est effectué jusqu’à la surface en tenant compte des probabilités de réflexion des ions énergétiques sur les parois ou de la réémission des particules neutres. Le modèle d’interaction particule-surface tient compte des différents mécanismes de gravure sèche telle que la pulvérisation, la gravure chimique réactive et la gravure réactive ionique. Le transport des produits de gravure est pris en compte ainsi que le dépôt menant à la croissance d’une couche mince. La validité du simulateur est vérifiée par comparaison entre les profils simulés et les observations expérimentales issues de la gravure par pulvérisation du platine par une source de plasma d’argon.

Survivances de Sarah Kofman

Cette thèse propose une analyse de la question de la survivance – notion ayant retenu l’attention de penseurs issus de différentes disciplines tels que Janine Altounian, Jacques Derrida et Georges Didi-Huberman – dans l’œuvre de Sarah Kofman, plus particulièrement dans son récit autobiographique intitulé Rue Ordener, rue Labat, paru en 1994. Quatre grandes orientations guident ce travail dont l’approche théorique se situe à la croisée de la littérature, de la philosophie, de la psychanalyse, de l’histoire (tant sociale que de l’art) et du juridique. Premièrement, nous nous intéressons à ce qu’implique non seulement le fait d’« échapper à la mort », en observant les moyens mis en œuvre pour y parvenir, mais aussi celui de « continuer à vivre » après l’événement de la Shoah. Deuxièmement, nous étudions les différentes manifestations de « la survivance active de l’enfant en nous » (J.-B. Pontalis) de même que celle de « l’objet perdu » dans le travail de deuil impossible, encore autrement « interminable », qui a pris corps dans l’œuvre de Sarah Kofman. Troisièmement, nous abordons la « survivance » au sens du Nachleben d’Aby Warburg et repérons la trace des autres écrits de la philosophe, elliptiquement condensés dans son récit par la reprise de thèmes, le retour de sujets antérieurement évoqués. Quatrièmement, nous interrogeons la locution pronominale « se survivre » et la portée de ses compléments : « dans son œuvre », « dans son témoignage », « dans les mémoires ». Parmi les points qui sont analysés en profondeur dans les chapitres de cette thèse, notons les motifs du ressentiment, du double tragique, du pardon et de l’oubli, de la « disgrâce », de la honte et de la culpabilité, ainsi que les différentes modalités de la survivance – la capacité d’adaptation et le rôle des mères, la lecture, le rire, les arts visuels – mises en œuvre par Sarah Kofman. Dans cette « œuvre-vie » (Pleshette DeArmitt), ce corpus singulier et unique, il s’est toujours agi de ceci, quoi qu’il lui en coûta : « affirmer sans cesse la survie », selon l’expression de Derrida.

La compétence métaorthographique d'élèves dyslexiques francophones du primaire

L’expertise en orthographe requiert le développement de plusieurs types de connaissances et la possibilité d’y recourir volontairement, que l’on nomme compétence métaorthographique. Comme les élèves dyslexiques (ÉD) éprouvent d’importantes difficultés en orthographe, les objectifs de ce travail sont 1) de dresser un portrait de la compétence métaorthographique de 30 ÉD québécois, 2) de la comparer à celle d’élèves de même âge (n=25) ainsi qu’à celle d’élèves plus jeunes de même compétence écrite (n=24) et 3) d’établir des liens entre cette compétence métaorthographique et la compétence orthographique. Pour ce faire, trois tâches étaient demandées aux participants : 1) repérer et 2) corriger des erreurs orthographiques, puis 3) expliciter les motifs des corrections apportées. Les résultats indiquent que les ÉD obtiennent des résultats inférieurs aux deux groupes contrôles et que la compétence orthographique est liée à la compétence métaorthographique.

Impact de l’expression de l’isoforme p35 de la chaîne invariante humaine chez des souris déficientes en CD74 endogène

La chaîne invariante (Ii ; CD74) est une protéine membranaire de type II qui joue un rôle majeur dans la présentation antigénique. Dans le réticulum endoplasmique (RE), Ii favorise l’assemblage du CMH II et prévient la liaison indésirable de polypeptides. Grâce à son motif di-leucine, la chaîne invariante cible le CMH II dans les endosomes. Une fois dans ces compartiments acides, Ii est dégradé, permettant la liaison de peptides de forte affinité qui seront ensuite présentés aux cellules T CD4+. Chez les souris déficientes en Ii murin (mIi), le CMH II présente une conformation non compacte typique des molécules vides ou liées faiblement à un peptide. Le transport du CMH II est aberrant ce qui conduit à une réduction de son expression en surface ainsi qu’à un défaut de présentation antigénique. De plus, Ii diversifie le répertoire de peptides et assure la sélection thymique des cellules T CD4+. Enfin, il a un rôle dans la maturation des cellules B et les souris déficientes en Ii présentent des nombres réduits de cellules B matures folliculaires (FO). L’isoforme mineure humaine p35 (Iip35) n’existe pas chez la souris et possède une extension cytoplasmique de 16 acides aminés contenant un motif R-x-R de rétention dans le RE. La sortie du RE est conditionnelle à la liaison du CMH II qui permet de masquer le motif de rétention. Iip35 agit comme dominant et impose la rétention aux autres isoformes d’Ii. Cependant, le rôle physiologique du motif R-x-R et, plus globalement, celui d’Iip35, demeurent nébuleux. Pour mieux cerner la fonction d’Iip35, nous avons généré des souris transgéniques (Tg) exprimant l’isoforme humaine Iip35 et avons analysé la conformation et le trafic du CMH II, la sélection thymique et la maturation des cellules B ainsi que la présentation antigénique. Nos résultats ont démontré qu’Iip35 favorise l’assemblage du CMH II dans le RE. Il induit également une conformation compacte du CMH II et augmente l’expression du CMH II en surface. De plus, Iip35 cible le CMH II dans les endosomes où un peptide de forte affinité se lie dans la niche peptidique. Par ailleurs, Iip35 diversifie le répertoire de peptides et rétablit totalement la sélection des cellules T CD4+ ainsi que le niveau d’expression du TCR de ces dernières. Iip35 restaure également la présentation antigénique de l’ovalbumine dont la présentation requiert l’expression d’Ii. Par contre, Iip35 rétablit la présentation des superantigènes mais à un niveau moindre que celui des souris sauvages. Ensuite, Iip35 permet le rétablissement de la sélection des cellules iNKT démontrant qu’il assiste la présentation des lipides par les molécules CD1d. Enfin, les résultats ont démontré qu’Iip35 restaure le développement des cellules B matures folliculaires (FO) mais pas celui des cellules B de la zone marginale. Ceci suggère qu’Iip35 est capable d’induire le développement des cellules FO sans stimulation préalable par le MIF (macrophage migration inhibitory factor). Ainsi, l’ensemble de ces résultats démontre qu’Iip35 est fonctionnel et assure la majorité des fonctions d’Ii. Cependant, Iip35 ne remplace pas mIi endogène concernant la maturation des cellules B MZ suggérant qu’il pourrait avoir un rôle de régulateur.