Impacts potentiels d’un changement climatique sur le pergélisol dans le nord canadien

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Détection des événements de "Minimum Bias" et neutrons avec les détecteurs ATLAS-MPX par simulations

Un réseau de seize détecteurs ATLAS-MPX a été mis en opération dans le détecteur ATLAS au LHC du CERN. Les détecteurs ATLAS-MPX sont sensibles au champ mixte de radiation de photons et d’électrons dans la caverne d’ATLAS et sont recouverts de convertisseurs de fluorure de lithium et de polyéthylène pour augmenter l’efficacité de détection des neutrons thermiques et des neutrons rapides respectivement. Les collisions à haute énergie sont dominées par des interactions partoniques avec petit moment transverse pT , associés à des événements de “minimum bias”. Dans notre cas la collision proton-proton se produit avec une énergie de 7 TeV dans le centre de masse avec une luminosité de 10³⁴cm⁻²s⁻¹ telle que fixée dans les simulations. On utilise la simulation des événements de "minimum bias" générés par PYTHIA en utilisant le cadre Athena qui fait une simulation GEANT4 complète du détecteur ATLAS pour mesurer le nombre de photons, d’électrons, des muons qui peuvent atteindre les détecteurs ATLASMPX dont les positions de chaque détecteur sont incluses dans les algorithmes d’Athena. Nous mesurons les flux de neutrons thermiques et rapides, générés par GCALOR, dans les régions de fluorure de lithium et de polyéthylène respectivement. Les résultats des événements de “minimum bias” et les flux de neutrons thermiques et rapides obtenus des simulations sont comparés aux mesures réelles des détecteurs ATLAS-MPX.

Cahier des charges fonctionnel pour la conception et l’évaluation des plans d’intervention

La politique québécoise de l’adaptation scolaire confirme que le plan d’intervention (PI) constitue l’outil privilégié pour répondre aux besoins des élèves handicapés ou en difficulté d’adaptation ou d’apprentissage. Toutefois, la recension des écrits nous informe que le plan d’intervention est encore loin d’être efficace. Le Ministère de l’Éducation, des Loisirs et des Sports du Québec (MELS, 2004) ainsi que l’Office of Special Education and Rehabilitative Services des U.S. department of Education (dans Eichler, 1999) ont bien identifié et présenté explicitement cinq à six fonctions du PI mais, aucun des deux organismes ne définit ce qu’est une fonction, à quoi elle sert, son importance relative et ce qu’elle implique. De plus, on retrouve, explicitement ou implicitement, soit dans le cadre de référence pour l’établissement des PI (MELS, 2004), soit dans la revue de la littérature, soit dans les milieux de pratique plusieurs autres fonctions que le PI remplit ou devrait remplir. Ce flou entourant le concept de fonction entraîne un manque de rigueur dans la conception des PI, car « lorsque la totalité des fonctions a été identifiée, elle permet le développement d’un produit répondant à l’usage attendu » (Langevin et coll., 1998). Il y a d’emblée une somme de fonctions qu’un PI remplit déjà et d’autres sûrement à remplir. Or, cela n’a pas été élucidé, précisé et validé. Le but de la présente recherche a été de définir les rôles du PI au regard des besoins de ses différents utilisateurs. Les objectifs spécifiques ont été les suivants, 1) Identifier les différents utilisateurs d’un PI, 2) Identifier les besoins des différents utilisateurs d’un PI, 3) Identifier les fonctions qu’un PI doit remplir afin de satisfaire les besoins de ses utilisateurs, 4) Créer un cahier des charges fonctionnel pour la conception et l’évaluation d’un PI, 5) Identifier certains coûts reliés à la conception d’un PI. Afin d’atteindre les objectifs précités, nous avons eu recours à la méthode de l’analyse de la valeur pédagogique (AVP) (Langevin, Rocque et Riopel, 2008). La méthode d’AVP comportait une analyse des besoins des différents utilisateurs potentiels, une analyse de la recension des écrits, une analyse des encadrements légaux, une analyse de produits types et une analyse écosystémique. En conclusion, nous avons identifié les différents utilisateurs potentiels d’un PI, identifié les différents besoins de ces utilisateurs, identifié les fonctions qu’un PI doit remplir pour satisfaire leurs besoins, crée un cahier des charges fonctionnel (CdCF) pour la conception et l’évaluation des PI et identifié certains coûts liés à la conception d’un PI. Le CdCF pourra servir à concevoir des PI et à évaluer leur efficience. Une partie du CdCF pourra aussi remplir un rôle prescriptif pour la conception d’outil de soutien à l’élaboration du PI. Enfin, le CdCF pourra servir à la formation et à la recherche en éducation.

Understanding the past to imagine the future : the history of industrial design practice in Alberta

La pratique du design industriel dans la province canadienne de l’Alberta est en pleine croissance. Ses activités sont principalement concentrées à Edmonton et à Calgary, qui sont les plus grandes villes de la province. On y trouve des studios de design de renom, des communautés de design complexes et des programmes universitaires de design bien établis. Cependant, la pratique du design industriel albertaine est sous-développée en comparaison avec celle du reste du Canada et il y a peu de recherches et de documentation sur le design industriel en Alberta. Dans ce projet de mémoire, la pratique du design industriel en Alberta a été explorée depuis une approche historique. Pour pallier le manque de documentation, la collecte de données a été faite par une recherche qualitative, des entretiens narratifs et une recherche quantitative statistique. Une base d’information historique sur le design industriel albertain a été établie puis située par rapport au développement de la pratique du design industriel ailleurs au Canada. Les facteurs, événements et tendances dans l’histoire de la pratique du design industriel en Alberta ont été identifiés. De plus, le développement de la pratique du design industriel de l’Alberta a été comparé à celui du Québec et de l’Ontario. Les retombées de cette étude indiquent que la pratique du design industriel en Alberta présente quatre domaines de spécialisations distincts se développant depuis les années 1980. La pratique du design industriel en Alberta est sous-développée en comparaison à celui du Québec et de l’Ontario, mais elle peut devenir plus compétitive, au niveau canadien, avec plus de soutien gouvernemental, de meilleures relations avec l’industrie manufacturière et les institutions académiques, une communauté de design plus unifiée et en portant une plus grande attention aux domaines les plus prometteurs de l’industrie. Ces informations supportent une meilleure compréhension de la pratique du design industriel en Alberta et pourront informer les praticiens, enseignants et administrateurs du domaine du design industriel dans la province. Finalement, le mémoire servira de base à d’autres projets de recherche sur les changements potentiels dans la pratique du design industriel en Alberta et l’étude du design canadien et des industries de design régionales.

The orphan nuclear receptor NR5A2 regulates peri-ovulatory events and their consequent luteinization in mice

Le récepteur nucléaire Nr5a2, également connu sous le nom de liver receptor homolog-1 (Lrh-1), est exprimé au niveau de l’ovaire chez la souris, exclusivement dans les cellules lutéales et de la granulosa. La perturbation de Nr5a2, spécifique aux cellules de la granulosa chez la souris à partir des follicules primaires dans la trajectoire du développement folliculaire a démontré que Nr5a2 est un régulateur clé de l’ovulation et de la fertilité chez la femelle. Notre hypothèse veut que Nr5a2 régule les évènements péri- et post-ovulatoires dans une séquence temporelle lors de la folliculogénèse. Afin d'étudier l’implication de Nr5a2 lors de l’ovulation et de la lutéinisation à différents stades du développement folliculaire, nous avons généré deux modèles de souris knockout spécifiques aux cellules de la granulosa pour Nr5a2: 1) Nr5a2Amhr2-/-, avec une réduction de Nr5a2 à partir des follicules primaires et subséquents; 2) Nr5a2Cyp19-/-, avec une réduction de Nr5a2 débutant au stade antral de développement en progressant. L’absence de Nr5a2 à partir des follicules antraux a résulté en une infertilité chez les femelles Nr5a2Cyp19-/-, de même qu’en des structures non-fonctionnelles similaires aux structures lutéales au niveau des ovaires, en une réduction des niveaux de progestérone synthétisée ainsi qu’en un échec dans le support d’une pseudo-gestation. La synthèse de progestérone a été entravée suite à l’absence de Nr5a2 par l’entremise d’une régulation à la baisse des gènes reliés au transport du cholestérol, Scarb1, StAR et Ldlr, démontré par qPCR. Les complexes cumulus-oocytes des femelles Nr5a2Cyp19-/- immatures super-stimulées ont subi une expansion in vivo, mais l’ovulation a été perturbée, possiblement par une régulation à la baisse du gène du récepteur de la progestérone (Pgr). Un essai d’expansion du cumulus in vitro a démontré une expansion défectueuse du cumulus chez les Nr5a2Amhr2-/-, associée à un dérèglement de la protéine des jonctions communicantes (Gja1; Cx43). Cependant, l’expansion du cumulus chez les Nr5a2Cyp19-/- n’a pas été autant affectée. Des résultats obtenus par qPCR ont démontré une régulation à la baisse dans l’expression des gènes Areg, Ereg, Btc et Tnfaip6 chez les deux modèles de cellules ovariennes knockout à 2h et 4h post hCG. Nous avons observé que 85% des oocytes, chez les deux génotypes mutants, peuvent subir une rupture de la vésicule germinative, confirmant leur capacité de maturation in vivo. La technique d’injection intra-cytoplasmique de spermatozoïdes a prouvé que les oocytes des deux génotypes mutants sont fertilisables et que 70% des embryons résultants ont poursuivi leur développement vers le stade de blastocyste, et ce, indépendamment du génotype. En conclusion, Nr5a2 régule la fertilité chez les femelles tout au long du processus du développement folliculaire. Il a été démontré que Nr5a2 est essentiel à la lutéinisation et que sa perturbation dans les cellules somatiques ovariennes ne compromet pas la capacité des oocytes à être fertilisés. En vue d’ensemble, nous avons fourni une investigation inédite et complète, utilisant de multiples modèles et techniques afin de déterminer les mécanismes par lesquels Nr5a2 régule les importants processus que sont l’expansion du cumulus, l’ovulation ainsi que la formation du corps jaune.

Étude-pilote portant sur une intervention de groupe auprès de femmes souffrant d’hyperphagie boulimique et l’évaluation de ses effets potentiels

Cette étude porte sur une intervention de groupe basée sur la thérapie cognitivo-comportementale pour l’hyperphagie boulimique (HB), dont les effets potentiels sur la qualité de vie reliée au poids, la fréquence et la sévérité des crises de boulimie, les symptômes dépressifs, l’image corporelle et le poids corporel ont été mesurés, et le degré d’acceptation par les participantes a été documenté. Ainsi, 11 femmes avec un surplus de poids et répondant aux critères diagnostiques de l’HB ont été recrutées du printemps 2012 à l’hiver 2013, dans la région de Montréal. Le programme comportant huit séances hebdomadaires était dispensé par une nutritionniste et une psychothérapeute. La qualité de vie reliée au poids (Impact of Weight on Quality of Life), la fréquence des crises de boulimie (rappel des sept derniers jours), la sévérité des crises de boulimie (Binge Eating Scale), les symptômes dépressifs (Inventaire de Beck pour la dépression), l’insatisfaction corporelle (Body Shape Questionnaire) et le poids corporel ont été mesurés avant et à la fin de l’intervention. Puis, un questionnaire pour mesurer l’acceptation par les participantes était soumis au terme du programme. Le taux de participation aux séances était aussi colligé. Les résultats montrent que notre programme a permis une amélioration significative du score global de la qualité de vie reliée au poids de 8,4 ± 13,3, ainsi qu’en termes d’estime de soi et de travail. Aussi, une diminution significative de la fréquence des crises de boulimie de 2,1 ± 2,1 jours, de la sévérité des crises de boulimie dont le score a diminué de 10,9 ± 7,7, des symptômes dépressifs dont le score a diminué de 8,3 ± 5,7 et de l’insatisfaction corporelle dont le score a diminué de 32,8 ± 17,1, ont été observées. Toutefois, il n’y a pas eu de perte de poids au terme de l’intervention. Puis, le programme a été bien accepté par les participantes tel que démontré par le taux de participation aux séances de 93,8 % et la satisfaction mesurée par l’appréciation des divers éléments du programme de 4,6 sur 5 et la pertinence de ceux-ci de 4,8 sur 5. Ces données suggèrent que l’intervention de groupe semble être prometteuse pour améliorer les symptômes et conséquences de l’HB, à l’exception du poids.

Services aux adultes handicapés physiques : enquête auprès des bibliothèques publiques québécoises

Les services aux usagers des bibliothèques représentent un sujet fondamental en bibliothéconomie. Or, les usagers sont un groupe hétérogène à qui l’on doit offrir les mêmes services ou, à tout le moins, la possibilité d’obtenir des services répondant à leurs besoins en matière d’adaptation des lieux et des services. Malheureusement, les bibliothèques publiques ont parfois du mal à rendre un service adapté adéquat et les personnes concernées connaissent souvent mal les services dont elles pourraient bénéficier. Pourtant, les personnes handicapées font partie intégrante des usagers et leur présence augmente, notamment à cause du vieillissement de la population et d’une meilleure capacité d’établir des diagnostics. Notons que ces citoyens revendiquent de plus en plus leur autonomie et le fait de pouvoir profiter des mêmes services que le reste de la population. Ceci est d’autant plus vrai depuis l’apparition d’aides techniques et des outils technologiques tels les ordinateurs, les tablettes, les logiciels, etc. qui leur permettent de vivre leur vie à part entière. Aussi, les bibliothèques et leurs gestionnaires doivent impérativement s’assurer que l’accueil de ces usagers « comme les autres », mais aux besoins particuliers, sera assuré convenablement. Puisqu’il manque d’études concernant les services offerts aux personnes handicapées dans les bibliothèques publiques du Québec, nous avons décidé de procéder à une enquête, par le biais d’un questionnaire électronique administré aux employés de bibliothèques dont les fonctions sont de participer aux services aux usagers. Les réponses obtenues ont permis de dresser un portrait de la situation actuelle en matière de services aux personnes adultes handicapées dans les bibliothèques publiques québécoises et d’avancer certaines recommandations. Les résultats devraient aider les responsables de bibliothèques à déterminer où et comment concentrer leurs efforts pour rendre leurs établissements plus accueillants pour les personnes ayant des incapacités. Plus précisément, les objectifs de la recherche étaient les suivants : 1. Recenser les services offerts par les bibliothèques publiques québécoises aux usagers adultes handicapés. 2. Recenser les éléments d’accessibilité présents dans les infrastructures des bibliothèques publiques québécoises. 3. Évaluer l’impact de certaines caractéristiques des bibliothèques sur l’offre de services aux usagers adultes handicapés et les éléments reliés à l’accessibilité. 4. Comparer les résultats des enquêtes précédentes (Bibliothèque nationale du Canada 1976 ; Bergeron 1987) pour mettre en évidence les recommandations qui ont été appliquées et celles qui ne l’ont pas été.

Étude des déterminants moléculaires de la signalisation des récepteurs couplés aux protéines G et développement d'outils pour l'étude de l'effecteur bêta-arrestine.

Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) constituent la plus grande famille de protéines membranaires du génome humain. Ils transmettent les signaux extracellulaires provenant de plusieurs stimuli comme les odeurs, les ions, les hormones et les neurotransmetteurs, à l'intérieur des cellules. En se liant aux RCPGs, ces molécules contribuent à la stabilisation des changements conformationnels activateurs qui se propagent jusqu'au domaine intracellulaire des récepteurs. Ces derniers engagent ensuite un ou plusieurs effecteurs, comme les protéines G hétérotrimériques et les β-arrestines (βarrs), qui activent une cascade d'événements moléculaires menant à la réponse cellulaire.Récemment, la publication de structures cristallines de RCPGs liant des ligands diffusibles a offert une opportunité de raffiner à une résolution atomique les modèles des mécanismes de transduction des signaux. Dans la première partie de cette thèse, nous avons donc exploré les déterminants de la signalisation du récepteur prototypique β2-adrénergique (β2AR), induite par les β-bloqueurs. En ne tenant compte que de leur efficacités sur le β2AR dans les voies de l'adénylate cyclase (AC) et des protéines kinases activées par les facteurs mitogéniques (MAPK), les β-bloqueurs peuvent être classés en 3 groupes distincts (agoniste inverse AC / agoniste MAPK, antagoniste neutre AC / agoniste MAPK et agoniste inverse AC / agoniste inverse MAPK). Afin de déterminer le lien entre leur efficacité et leur mode de liaison, nous avons réalisé des expériences d'arrimages moléculaires in silico entre des β-bloqueurs de chacun des groupes et la structure cristalline du β2AR liée au carazolol. De manière intéressante, les ligands à l'intérieur d'un groupe partagent un mode de liaison, alors que ceux des ligands entre les groupes divergent, suggérant que le mode de liaison des β-bloqueurs pourrait être utilisé pour prédire leur l'efficacité. En accord avec cette hypothèse, nous avons prédit et confirmé l'efficacité agoniste MAPK du carazolol, un inverse agoniste AC du β2AR se liant au récepteur de manière similaire au groupe inverse agoniste AC / agoniste MAPK. De manière intéressante, le groupement aryl des ligands agonistes inverses agonistes AC / agoniste MAPK, le seul groupement chimique variable de ce groupe, est prédite pour lier la région des 3e et 5e hélices transmembranaires (TM3 et TM5). Nous avons donc émis l'hypothèse que cette région pourrait être un déterminant de l'efficacité de ces ligands. En accord avec cette dernière, la mutation de 2 résidus (T118I, S203A) localisés proches du site de liaison des groupements aryls des β-bloqueurs, prévient l'efficacité agoniste inverse de l'ICI-118551 sur la voie de l'AC sans affecter l'efficacité d'un agoniste, indiquant que cette région est importante pour la transmission de l'effet agoniste inverse, du moins sur la voie de l'AC. Les βarrs sont des protéines d'échafaudage qui coordonnent la formation de complexes avec plusieurs dizaines d'effecteurs de signalisation. Originalement identifiées pour leur rôle dans la désensibilisation et l'internalisation des RCPGs, elles sont aussi d'importants effecteurs de la signalisation des RCPGs indépendante des protéines G hétérotrimériques. Cependant, contrairement aux protéines G hétérotrimériques, il n'existe que peu d'outils pour les étudier. Ainsi, la deuxième partie de la thèse est dédiée au développement d'outils pour l'étude des βarrs. À cette fin, nous avons d'abord tenté de transposer une méthode de mesure de l'interaction entre 2 protéines par la technologie de transfert d'énergie de bioluminescence par résonance (BRET) en microscopie et chez des souris transgéniques afin de mesurer de manière subcellulaire et dans un contexte natif l'engagement de la βarr à des RCPGs. Ainsi, nous avons établi les preuves de principe que le BRET peut être utilisé pour localiser l'interaction entre la βarr et le récepteur de la vasopressine de type 2 (V2R) sur une cellule au microscope et pour détecter l'interaction entre la βarr et le β2AR sur des tissus de souris transgéniques exprimant ces protéines fusionnées avec des partenaires BRET. Finalement, il n'existe aucun inhibiteur pharmacologique ciblant les βarrs. Ainsi, grâce à la combinaison d'approches de criblage virtuel sur un modèle de la structure des βarrs et d'essais de validation cellulaire, nous avons développé un inhibiteur pharmacologique des βarrs. À l'aide de cet outil, nous avons confirmé l'implication des βarrs dans l'activation des MAPK par le V2R, mais aussi montré un nouveau rôle des βarrs dans le recyclage du β2AR. Les connaissances et outils développés dans cette thèse permettront de mieux comprendre les déterminants moléculaires de la signalisation des RCPGs et entre autres, grâce à des nouvelles approches pour étudier le rôle cellulaire et physiologique des βarrs.

Imagerie par susceptibilité magnétique appliquée aux seins

Le manuscrit suivant porte sur le développement d’une méthodologie de cartographie de la susceptibilité magnétique. Cette méthodologie a été appliquée au niveau des seins à des fins de détection de microcalcifications. Afin de valider ces algorithmes, un fantôme numérique ainsi qu’un fantôme réel ont été créés. À l’aide de ces images, les paramètres modifiables de notre méthodologie ont été ajustés. Par la suite, les problèmes reliés à l’imagerie du sein ont été explorés, tel la présence de gras ainsi que la proximité des poumons. Finalement, des images in vivo, acquises à 1.5 et 7.0 Tesla ont été analysées par notre méthodologie. Sur ces images 1.5T, nous avons réussi à observer la présence de microcalcifications. D’un autre côté, les images 7.0T nous ont permis de présenter un meilleur contraste que les images standards de magnitude.

Transfusions de globules rouges aux soins intensifs pédiatriques : épidémiologie et déterminants

Les transfusions de globules rouges (GR) sont fréquentes aux soins intensifs pédiatriques (SIP). Cependant, il n’y a pas de donnée récente sur les pratiques transfusionnelles aux SIP. Les objectifs de notre étude étaient 1) de décrire les pratiques transfusionnelles aux SIP du CHU Sainte-Justine en y déterminant la fréquence des transfusions de GR et en caractérisant les déterminants de ces transfusions, 2) de comparer ces pratiques avec celles observées il y a dix ans, et 3) d’évaluer le degré d’adhérence à la recommandation principale d’une large étude randomisée contrôlée, l’étude TRIPICU, laquelle proposait une pratique précise chez les patients stabilisés. Nous avons réalisé une étude monocentrique prospective observationnelle d’une durée d’un an. L’information requise a été extraite des dossiers médicaux. Les déterminants des transfusions ont été recherchés quotidiennement jusqu’à la première transfusion pour les cas transfusés, ou jusqu’à la sortie des SIP pour les cas non transfusés. Les justifications des transfusions déclarées par les médecins traitants ont été compilées à l’aide d’un questionnaire. Il y a eu 913 admissions consécutives durant la période d’étude, dont 842 ont été retenues. Au moins une transfusion a été donnée à 144 patients (17.1%). Le taux moyen d’hémoglobine avant la première transfusion était de 77.3±27.2 g/L. Les déterminants d’un premier événement transfusionnel à l’analyse multivariée étaient le jeune âge (< 12 mois), la présence d’une cardiopathie congénitale, un nadir d’hémoglobine ≤ 70 g/L, la gravité de la maladie, et certaines dysfonctions d’organe. Les trois justifications de transfusions les plus fréquemment évoquées par les médecins étaient une hémoglobine basse, un transport en oxygène insuffisant et une instabilité hémodynamique. La recommandation principale de l’étude TRIPICU a été appliquée dans 96.4% des premiers événements transfusionnels. En conclusion, les transfusions de GR sont fréquentes aux SIP. Jeune âge, cardiopathie congénitale, hémoglobine basse, gravité de la maladie et certaines dysfonctions d’organes sont des déterminants significatifs de transfusions de GR aux SIP. La plupart des premiers événements transfusionnels furent prescrits en accord avec les récentes recommandations.

Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements

La duplication est un des évènements évolutifs les plus importants, car elle peut mener à la création de nouvelles fonctions géniques. Durant leur évolution, les génomes sont aussi affectés par des inversions, des translocations (incluant des fusions et fissions de chromosomes), des transpositions et des délétions. L'étude de l'évolution des génomes est importante, notamment pour mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués, les types d'évènements qui sont les plus fréquents et quels étaient les contenus en gènes des espèces ancestrales. Afin d'analyser ces différents aspects de l'évolution des génomes, des algorithmes efficaces doivent être créés pour inférer des génomes ancestraux, des histoires évolutives, des relations d'homologies et pour calculer les distances entre les génomes. Dans cette thèse, quatre projets reliés à l'étude et à l'analyse de l'évolution des génomes sont présentés : 1) Nous proposons deux algorithmes pour résoudre des problèmes reliés à la duplication de génome entier : un qui généralise le problème du genome halving aux pertes de gènes et un qui permet de calculer la double distance avec pertes. 2) Nous présentons une nouvelle méthode pour l'inférence d'histoires évolutives de groupes de gènes orthologues répétés en tandem. 3) Nous proposons une nouvelle approche basée sur la théorie des graphes pour inférer des gènes in-paralogues qui considère simultanément l'information provenant de différentes espèces afin de faire de meilleures prédictions. 4) Nous présentons une étude de l'histoire évolutive des gènes d'ARN de transfert chez 50 souches de Bacillus.

Approches bio-informatiques appliquées aux technologies émergentes en génomique

Les études génétiques, telles que les études de liaison ou d’association, ont permis d’acquérir une plus grande connaissance sur l’étiologie de plusieurs maladies affectant les populations humaines. Même si une dizaine de milliers d’études génétiques ont été réalisées sur des centaines de maladies ou autres traits, une grande partie de leur héritabilité reste inexpliquée. Depuis une dizaine d’années, plusieurs percées dans le domaine de la génomique ont été réalisées. Par exemple, l’utilisation des micropuces d’hybridation génomique comparative à haute densité a permis de démontrer l’existence à grande échelle des variations et des polymorphismes en nombre de copies. Ces derniers sont maintenant détectables à l’aide de micropuce d’ADN ou du séquençage à haut débit. De plus, des études récentes utilisant le séquençage à haut débit ont permis de démontrer que la majorité des variations présentes dans l’exome d’un individu étaient rares ou même propres à cet individu. Ceci a permis la conception d’une nouvelle micropuce d’ADN permettant de déterminer rapidement et à faible coût le génotype de plusieurs milliers de variations rares pour un grand ensemble d’individus à la fois. Dans ce contexte, l’objectif général de cette thèse vise le développement de nouvelles méthodologies et de nouveaux outils bio-informatiques de haute performance permettant la détection, à de hauts critères de qualité, des variations en nombre de copies et des variations nucléotidiques rares dans le cadre d’études génétiques. Ces avancées permettront, à long terme, d’expliquer une plus grande partie de l’héritabilité manquante des traits complexes, poussant ainsi l’avancement des connaissances sur l’étiologie de ces derniers. Un algorithme permettant le partitionnement des polymorphismes en nombre de copies a donc été conçu, rendant possible l’utilisation de ces variations structurales dans le cadre d’étude de liaison génétique sur données familiales. Ensuite, une étude exploratoire a permis de caractériser les différents problèmes associés aux études génétiques utilisant des variations en nombre de copies rares sur des individus non reliés. Cette étude a été réalisée avec la collaboration du Wellcome Trust Centre for Human Genetics de l’University of Oxford. Par la suite, une comparaison de la performance des algorithmes de génotypage lors de leur utilisation avec une nouvelle micropuce d’ADN contenant une majorité de marqueurs rares a été réalisée. Finalement, un outil bio-informatique permettant de filtrer de façon efficace et rapide des données génétiques a été implémenté. Cet outil permet de générer des données de meilleure qualité, avec une meilleure reproductibilité des résultats, tout en diminuant les chances d’obtenir une fausse association.

Les macrophages d’ascendance européenne et africaine répondent différemment aux infections bactériennes

Des études antérieures démontrent que les descendants de peuples européens et africains présentent des différences de susceptibilité à certaines maladies infectieuses. Ces différences suggèrent des variations interpopulationnelles de la réponse immunitaire qui résultent probablement de l’adaptation de ces individus aux pathogènes de leur environnement. Nous avons caractérisé la réponse immunitaire chez des descendants de peuples européens et africains à des infections bactériennes. Nous avons infecté des macrophages dérivés de monocytes de 30 Américains d’origine africaine (Africains) et de 31 Américains d’origine européenne (Européens) avec les pathogènes intracellulaires Listeria monocytogenes et Salmonella typhimurium pendant 4 heures, puis nous avons mesuré le niveau d’expression pangénomique des cellules infectées et non infectées par séquençage de l’ARNm. Nous avons estimé le niveau de contrôle de l’infection par les macrophages à 2, 4 et 24 heures post-infection en évaluant le taux de survie des bactéries. Nous avons observé que les Africains présentent significativement moins de bactéries intracellulaires après 4 et 24 heures que les Européens, suggérant que les Africains contrôlent mieux les infections bactériennes. Nous avons identifié des différences interpopulationnelles dans le niveau de sécrétion des cytokines et dans le niveau d’expression de certains gènes, ce qui suggère que les Africains modulent une réponse inflammatoire plus forte que les Européens. Nous avons démontré que plusieurs de ces gènes ont subi des évènements de sélection positive récents seulement chez les Européens. Notre étude a identifié plusieurs gènes candidats susceptibles d’influencer le cours des infections bactériennes chez les humains. Nos résultats indiquent que les différences dans la progression des maladies infectieuses entre les populations européennes et africaines seraient le résultat de la sélection naturelle.

Territoires émergents de citoyenneté pour des jeunes des Premières Nations du Québec : contraintes et ouvertures de dialogues aux voix/es multiples

Les territoires et les relations sociospatiales liés au vivre-ensemble entre Autochtones et non-Autochtones au Québec sont en transformation. Ces bouleversements prennent place dans de nouveaux lieux de rencontre où s’ancrent des expériences de subjectivation politique et de citoyenneté. Le Wapikoni mobile, un atelier de création audiovisuelle qui visite les communautés des Premières Nations du Québec pour offrir une formation aux jeunes de 15 à 30 ans, semble s’inscrire dans ces processus. Depuis 2004, le Wapikoni mobile dénombre 2400 participants, 500 courts-métrages réalisés et une soixantaine de prix remportés. Ces vidéos de jeunes des Premières Nations sont projetées dans différents évènements au Québec et à l’étranger ; des lieux où les réalisateurs sont parfois invités à prendre la parole. Cette recherche étudie les pratiques, les relations et les lieux liés à ces actes de parole en personne, afin de dégager les transformations sociopolitiques auxquelles ils participent. Elle montre que les parcours de ces personnes sont limités par les contextes politicoéconomiques locaux, nationaux et mondiaux, mais qu’ils permettent néanmoins l’appropriation de lieux et l’apparition de relations qui reterritorialisent les espaces de représentation(s) et de visibilité. Ces mutations sont provoquées par la mise en place de dialogues aux voix et aux voies multiples qui participent à la formation de territoires émergents de citoyenneté.

Les patterns de Christopher Alexander appliqués aux cuisines domiciliaires modernes

La présente recherche traite des conflits d’aménagement pouvant être décelés dans les cuisines domiciliaires modernes. L’ajout d’objets mécanisés au rituel alimentaire quotidien a su changer la dynamique du lieu. En effet, l’architecture des cuisines modernes en Occident présente de grandes contradictions. Basées sur des standards architecturaux, les cuisines modulaires ne reflètent pas la variété et l’unicité des aliments auxquels les cuisines sont dédiées. Les cuisines devraient être le miroir de la vivacité naturelle des aliments et des échanges humains que la nourriture génère à travers le plaisir et le partage. Dans l’espoir de proposer des outils afin de rééquilibrer la dynamique de cette pièce, un cadre théorique basé sur les théories architecturales de l’architecte et mathématicien anglais Christopher Alexander a été établi. Supportant la présente recherche, ces théories architecturales s’inspirent de la structure et de la composition des choses de la nature et des monuments anciens afin d’établir des balises d’aménagement simples et équilibrées (qualité de vie, patterns, configuration des événements, configurations de l’espace, ...). Ces théories ont aidé à concevoir une formule d’ateliers participatifs qui visent à outiller les occupants, qui sont très souvent des non-professionnels du domaine de l’architecture et du design. Ces ateliers proposent un cheminement bien encadré qui permet aux participants de retravailler leur espace de cuisine respectif selon leurs goûts et leurs besoins. En fournissant un plan de l’étage où se situe la cuisine, quelques crayons, règles et autres matériel de dessin, les participants ont pour tâche de réaménager leur cuisine en un espace de cuisine idéal. La deuxième étape, qui elle se réalise en équipe avec tous les occupants participants de la demeure, consiste à réduire l’ampleur des changements afin d’arriver à un résultat réaliste. L’enthousiasme noté tout au long de ce processus a ainsi permis de confirmer que les non-professionnels du domaine de l’architecture et du design peuvent développer un intérêt marqué pour l’amélioration de leurs interactions quotidiennes, avec l’espace et entre les occupants, lorsque bien accompagnés dans cette tâche. Grâce aux propos et aux plans recueillis durant les séances d’ateliers participatifs ainsi qu’à l’analyse de ces données, une série d’interprétations ont émergé. Les données ont notamment démontrées l’influence positive de l’utilisation des patterns d’Alexander. L’analyse permet, en outre, de noter les tendances d’aménagement ayant émergé de l’utilisation des patterns dans les espaces de cuisine : définitivement, les cuisines se sont transformées en espace de vie partagé et polyvalent. Finalement, la présente recherche se conclut grâce à une série de recommandations qui traitent de la structure des cuisines, des ateliers participatifs et des patterns. Tout d’abord, l’impact de ces notions sur les espaces retravaillés par les participants est impressionnant. Les espaces sont bien organisés, vastes et, surtout, reflètent les occupants qui y vivent au quotidien. De plus, ayant démontré la facilité d’utilisation et la polyvalence des patterns, il a été jugé que certains aspects devraient être améliorés tels que l’actualisation de certains patterns, le prolongement du processus d’ateliers, le perfectionnement de la méthode et la diffusion des résultats.