La génomique évolutive mitochondriale révèle des échanges génétiques et la ségrégation chez les Gloméromycètes

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes microscopiques du sol qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes naturels et que l’on retrouve dans tous les habitats de la planète. Ils vivent en relation symbiotique avec la vaste majorité des plantes terrestres. Ils sont des biotrophes obligatoires, c'est-à-dire qu'ils ne peuvent croître qu'en présence d'une plante hôte. Cette symbiose permet entre autres à la plante d'acquérir des nutriments supplémentaires, en particulier du phosphore et du nitrate. Malgré le fait que cette symbiose apporte des services importants aux écosystèmes, la richesse des espèces, la structure des communautés, ainsi que la diversité fonctionnelle des CMA sont mal connues et l'approfondissement des connaissances dans ces domaines dépend d’outils de diagnostic moléculaire. Cependant, la présence de polymorphisme nucléaire intra-isolat combiné à un manque de données génomiques dans différents groupes phylogénétique de ces champignons complique le développement de marqueurs moléculaires et la détermination de l'affiliation évolutive à hauts niveaux de résolution (c.a.d. entre espèces génétiquement similaires et/ou isolats de la même espèce). . Pour ces raisons, il semble une bonne alternative d’utiliser un système génétique différent en ciblant le génome mitochondrial, qui a été démontré homogène au sein d'un même isolat de CMA. Cependant, étant donné le mode de vie particulier de ces organismes, une meilleure compréhension des processus évolutifs mitochondriaux est nécessaire afin de valoriser l'utilisation de tels marqueurs dans des études de diversité et en génétique des populations. En ce sens, mon projet de doctorat consistait à investiguerétudier: i) les vecteurs de divergences inter-isolats et -espèces génétiquement rapprochéesphylogénétiquement apparentées, ii) la plasticité des génomes mitochondriaux, iii) l'héritabilité mitochondriale et les mécanismes potentiels de ségrégation, ainsi que iv) la diversité mitochondriale intra-isolat in situ. À l'aide de la génomique mitochondriale comparative, en utilisant le séquençage nouvelle génération, on a démontré la présence de variation génétique substantielle inter-isolats et -espèces, engendrées par l'invasion d'éléments mobiles dans les génomes mitochondriaux des CMA, donnant lieu à une évolution moléculaire rapide des régions intergéniques. Cette variation permettait de développer des marqueurs spécifiques à des isolats de la même espèce. Ensuite, à l'aide d'une approche analytique par réseaux de gènes sur des éléments mobiles, on a été en mesure de démontrer des évènements de recombinaisons homologues entre des haplotypes mitochondriaux distincts, menant à des réarrangements génomiques. Cela a permis d'ouvrir les perspectives sur la dynamique mitochondriale et l'hétéroplasmie dans un même isolatsuggère une coexistence de différents haplotypes mitochondriaux dans les populations naturelles et que les cultures monosporales pourraient induirent une sous-estimation de la diversité allélique mitochondriale. Cette apparente contradiction avec l'homogénéité mitochondriale intra-isolat généralement observée, a amené à investiguer étudier les échanges génétiques à l'aide de croisements d'isolats génétiquement distincts. Malgré l'observation de quelques spores filles hétéroplasmiques, l'homoplasmie était le statut par défaut dans toutes les cultures monosporales, avec un biais en faveur de l'un des haplotypes parentaux. Ces résultats suggèrent que la ségrégation opère durant la formation de la spore et/ou le développement de la coloniedu mycélium. De plus, ils supportent la présence d'une machinerie protéique de ségrégation mitochondriale chez les CMAAMF, où l'ensemble des gènes impliqués dans ce mécanisme ont été retrouvé et sont orthologues aux autres champignons. Finalement, on est revenue aux sources avecon a étudié le polymorphisme mitochondrial intra-isolat à l'aide d'une approche conventionnelle de PCR en utilisant une Taq polymérase de haute fidélité, suivie de clonage et de séquençage Sanger, sur deux isolats de R. irregularis. Cela a permis l'observation d'hétéroplasmie in situ, ainsi que la co-expression de variantes de variantes de protéines'ARNm dans une souche in vitro. Les résultats suggèrent que d'autres études basées sur le séquençage nouvelle génération aurait potentiellement ignorée cette variation, offrant ainsi plusieurs nouveaux arguments permettant de considérer les CMA comme des organismes possédant une population de génomes mitochondriaux et nucléaires distincts.

Méthodes rapides et efficaces pour la résolution numérique d'équations de type Hamilton-Jacobi avec application à la simulation de feux de forêt

Cette thèse est divisée en trois chapitres. Le premier explique comment utiliser la méthode «level-set» de manière rigoureuse pour faire la simulation de feux de forêt en utilisant comme modèle physique pour la propagation le modèle de l'ellipse de Richards. Le second présente un nouveau schéma semi-implicite avec une preuve de convergence pour la solution d'une équation de type Hamilton-Jacobi anisotrope. L'avantage principal de cette méthode est qu'elle permet de réutiliser des solutions à des problèmes «proches» pour accélérer le calcul. Une autre application de ce schéma est l'homogénéisation. Le troisième chapitre montre comment utiliser les méthodes numériques des deux premiers chapitres pour étudier l'influence de variations à petites échelles dans la vitesse du vent sur la propagation d'un feu de forêt à l'aide de la théorie de l'homogénéisation.

La scène musicale populaire autochtone au Québec : dynamiques relationnelles et identitaires

La musique, pour les Autochtones au Québec, joue un rôle fondamental pour l’expression et la consolidation identitaire, la mise en relation interpersonnelle, interculturelle et spirituelle ainsi que pour exercer un pouvoir d’action et de transformation sur soi et le milieu environnant. Cette thèse dresse un panorama de la scène musicale populaire autochtone contemporaine au Québec, en s’attardant plus particulièrement au milieu algonquien du Nord, tout en démontrant un lien de continuité évident avec le sens des traditions musicales et des rassemblements ancestraux. La musique populaire autochtone y est considérée comme un mode d’affirmation identitaire et de relation au monde, la scène de la musique populaire autochtone au Québec comme un réseau relationnel, et les événements musicaux comme des points de rencontre et de convergence (foyers) d’une communauté autochtone s’y reconnaissant et s’y reliant de façons différenciées. Le cadre théorique arrime les concepts de scène dans le contexte de culture populaire, des politiques/poétiques de l’identité, d’intersubjectivité, de résonance, de nomadisme, d’ontologie relationnelle, de poétiques de l’habiter (of dwelling), d’indigénisation et de transformation des identités et des modes d'être au monde autochtones dans le contexte contemporain. Selon les traditions algonquiennes, les actes musicaux servent à s’identifier en tant que personne particulière et membre d’une collectivité et du cosmos ainsi qu’à entretenir des relations avec les autres personnes du cosmos (humains et non humains) afin de vivre bien et de se donner du pouvoir sur soi et son environnement. Cette thèse démontre que les musiques populaires contemporaines et ses événements associés, bien que sous d’autres formes, poursuivent ce sens relationnel et identitaire des traditions musicales ancestrales et de leurs contextes de manifestation. Le réseau contemporain de la scène musicale populaire autochtone est ainsi formé d’espaces investis par les Autochtones de différentes nations, où ils se créent un chez-nous, un « espace à nous » et se redéfinissent des identités. Chanter, notamment dans leur langue, est ainsi un acte d’« habitation » du monde, de cohabitation, de communication, une inscription identitaire dans un environnement ainsi habité et senti.

Étude des discours experts sur la régulation et la criminalisation du trafic d'organes

La présente recherche décrit et examine la problématique posée par le trafic d’organes, de tissus et de cellules d’origine humaine, ainsi que les modes de régulation envisagés au niveau mondial pour lutter contre ce trafic, appréhendés sous l’angle de l’analyse de plusieurs conventions et protocoles internationaux et de leurs recommandations. Nous avons sélectionné, analysé et comparé les discours les plus significatifs de quatre types d’organisations internationales, les associations médicales internationales, l’Organisation des Nations Unies, l’Organisation mondiale de la Santé et le Conseil de l’Europe. Nous avons cherché à connaître leur point de vue sur la commercialisation des organes humains et plus spécifiquement sur le trafic des organes humains, à travers 17 textes que ces acteurs ont produit de 1987 jusqu’en 2014. L’analyse de ces discours experts révèle que la perspective éthique domine l’ensemble des documents. Elle met en évidence les convergences des discours sur la nécessité d’adopter une double stratégie fondée à la fois sur la prévention et la criminalisation du trafic d’organes ainsi que sur l’analyse du lien existant entre la pénurie croissante d’organes et l’avènement du trafic d’organes. Les discours sur la régulation et la criminalisation ont évolué vers un degré de précision et de complexification de la notion du trafic d’organes, une notion qui reste encore peu consensuelle dans sa définition. Quant aux stratégies, il faut observer que l’évolution des discours est assez significative et inégale à ce chapitre. C’est surtout dans les discours experts produits à partir des années 2000 que nous retrouvons des propositions plus concrètes sur les stratégies. La régulation des transactions financières, notamment par les balises de pratiques médicales et celles des intermédiaires, ainsi que les prescriptions entourant le consentement forment les deux types de stratégies les plus souvent mises de l’avant par les experts, toutes organisations confondues. Au fil de l’analyse des textes sur la régulation il est possible d’entrevoir des nuances et des brèches dans le principe d’interdiction de la commercialisation des organes humains, plus précisément en ce qui concerne les types d’organes, de tissus ou de cellules.

Sí, señor, soy colombiana de pura cepa, et toi? : las formas de tratamiento del español colombiano en Montreal

Le présent travail décrit –pour la première fois– l’état actuel de la langue espagnole parlée par la communauté colombienne à Montréal sur les formes de s’adresser aux autres en langage pronominal ou nominal et la courtoisie verbale. Dans le but de réaliser cette étude, un travail de terrain a été effectué à l’aide d’un questionnaire et des entrevues orales semi-dirigées adressés à 30 informateurs. L’analyse des données, nous a permis d’établir quelques premières comparaisons entre la façon de parler des habitants de la Colombie et des Colombiens résidant à Montréal et d’identifier quelques-uns des changements linguistiques principaux dans cette communauté parlante, notamment, les variations reliées aux formes de s’adresser aux autres et aux actes de courtoisie affectés par l’influence du français et de l’anglais. L’analyse effectuée tient compte autant les aspects linguistiques, pragmatiques et sociaux que les attitudes linguistiques des interviewés. De cette façon, les résultats mettent en lumière une nouvelle description sur la dynamique de l’usage des formes de s’adresser aux autres de locuteurs originaires de trois zones dialectales représentatives de la Colombie : la région andine orientale, la région andine occidentale et la zone côtière du Caraïbe. Ensemble avec d’autres études précédentes sur la formes de s’adresser aux autres, ce travail constitue une meilleure compréhension de la réalité linguistique de l’espagnol des Colombiens unilingues, bilingues et trilingues.

GeoGebraTUTOR : développement d’un système tutoriel autonome pour l’accompagnement d’élèves en situation de résolution de problèmes de démonstration en géométrie plane et genèse d’un espace de travail géométrique idoine

Travaux d'études doctorales réalisées conjointement avec les travaux de recherches doctorales de Nicolas Leduc, étudiant au doctorat en génie informatique à l'École Polytechnique de Montréal.

Signification et pratiques interdisciplinaires : le cas d'une équipe de soins à domicile

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.