Apport des technologies mobiles à l'amélioration des soins en cancérologie

Réalisé en cotutelle avec Claude Sicotte PhD Université de Montréal et le Pr. Étienne Minvielle École des Hautes Études en Santé Publique à Paris.

Représentation OWL de la ressource lexicale LVF et son utilisation dans le traitement automatique de la langue

Le dictionnaire LVF (Les Verbes Français) de J. Dubois et F. Dubois-Charlier représente une des ressources lexicales les plus importantes dans la langue française qui est caractérisée par une description sémantique et syntaxique très pertinente. Le LVF a été mis disponible sous un format XML pour rendre l’accès aux informations plus commode pour les applications informatiques telles que les applications de traitement automatique de la langue française. Avec l’émergence du web sémantique et la diffusion rapide de ses technologies et standards tels que XML, RDF/RDFS et OWL, il serait intéressant de représenter LVF en un langage plus formalisé afin de mieux l’exploiter par les applications du traitement automatique de la langue ou du web sémantique. Nous en présentons dans ce mémoire une version ontologique OWL en détaillant le processus de transformation de la version XML à OWL et nous en démontrons son utilisation dans le domaine du traitement automatique de la langue avec une application d’annotation sémantique développée dans GATE.

Approches bio-informatiques appliquées aux technologies émergentes en génomique

Les études génétiques, telles que les études de liaison ou d’association, ont permis d’acquérir une plus grande connaissance sur l’étiologie de plusieurs maladies affectant les populations humaines. Même si une dizaine de milliers d’études génétiques ont été réalisées sur des centaines de maladies ou autres traits, une grande partie de leur héritabilité reste inexpliquée. Depuis une dizaine d’années, plusieurs percées dans le domaine de la génomique ont été réalisées. Par exemple, l’utilisation des micropuces d’hybridation génomique comparative à haute densité a permis de démontrer l’existence à grande échelle des variations et des polymorphismes en nombre de copies. Ces derniers sont maintenant détectables à l’aide de micropuce d’ADN ou du séquençage à haut débit. De plus, des études récentes utilisant le séquençage à haut débit ont permis de démontrer que la majorité des variations présentes dans l’exome d’un individu étaient rares ou même propres à cet individu. Ceci a permis la conception d’une nouvelle micropuce d’ADN permettant de déterminer rapidement et à faible coût le génotype de plusieurs milliers de variations rares pour un grand ensemble d’individus à la fois. Dans ce contexte, l’objectif général de cette thèse vise le développement de nouvelles méthodologies et de nouveaux outils bio-informatiques de haute performance permettant la détection, à de hauts critères de qualité, des variations en nombre de copies et des variations nucléotidiques rares dans le cadre d’études génétiques. Ces avancées permettront, à long terme, d’expliquer une plus grande partie de l’héritabilité manquante des traits complexes, poussant ainsi l’avancement des connaissances sur l’étiologie de ces derniers. Un algorithme permettant le partitionnement des polymorphismes en nombre de copies a donc été conçu, rendant possible l’utilisation de ces variations structurales dans le cadre d’étude de liaison génétique sur données familiales. Ensuite, une étude exploratoire a permis de caractériser les différents problèmes associés aux études génétiques utilisant des variations en nombre de copies rares sur des individus non reliés. Cette étude a été réalisée avec la collaboration du Wellcome Trust Centre for Human Genetics de l’University of Oxford. Par la suite, une comparaison de la performance des algorithmes de génotypage lors de leur utilisation avec une nouvelle micropuce d’ADN contenant une majorité de marqueurs rares a été réalisée. Finalement, un outil bio-informatique permettant de filtrer de façon efficace et rapide des données génétiques a été implémenté. Cet outil permet de générer des données de meilleure qualité, avec une meilleure reproductibilité des résultats, tout en diminuant les chances d’obtenir une fausse association.

L’impact différencié de la satisfaction envers les bonis individuels et les bonis collectifs sur l’intention de rester des travailleurs du secteur des technologies de l’information et des communications (TIC)

L’objectif de ce mémoire est d’étudier l’impact différencié de la satisfaction envers les bonis individuels et les bonis collectifs sur l’intention de rester (au sein d’une entreprise donnée) des travailleurs du secteur des technologies de l’information et des communications. Afin d’étudier cette question, trois hypothèses de recherche ont été émises à l’aide des théories suivantes : 1- la théorie de l’agence, 2- la théorie des attentes et 3- la théorie de l’échange social de Blau (1964). Selon la première hypothèse, la satisfaction envers les bonis individuels contribue à accroître l’intention de rester des travailleurs du secteur des TIC. La seconde hypothèse avance que la satisfaction envers les bonis collectifs contribue à accroître l’intention de rester des travailleurs du secteur des TIC. Enfin, la dernière hypothèse soutient que la satisfaction envers les bonis individuels a un impact plus important sur l’intention de rester des travailleurs du secteur des TIC que la satisfaction envers les bonis collectifs. Les données utilisées pour valider nos hypothèses ont été recueillies dans le cadre d'une enquête portant sur « les relations entre la rémunération, la formation et le développement des compétences avec l’attraction et la rétention des employés clés ». Ces données de nature longitudinale, proviennent d'une entreprise canadienne du secteur des TIC. La population étudiée regroupe les nouveaux employés embauchés entre le 1er avril 2009 et le 30 septembre 2010. Nos résultats confirment l’Hypothèse 1 voulant que la satisfaction envers les bonis individuels contribue à accroître l’intention de rester des travailleurs du secteur des TIC. À l’inverse, ces résultats infirment l’Hypothèse 2. La satisfaction envers les bonis collectifs n’a donc pas d’impact significatif sur l’intention de rester. Malgré un problème de colinéarité, nos résultats suggèrent de confirmer l’Hypothèse 3 voulant que la satisfaction envers les bonis individuels ait un impact plus important sur l’intention de rester des travailleurs du secteur des TIC que la satisfaction envers les bonis collectifs. Les résultats indiquent également que le niveau de scolarité et l’engagement organisationnel ont un impact positif sur l’intention de rester des travailleurs. Les analyses longitudinales révèlent que les différences entre les caractéristiques des travailleurs expliquent davantage l’intention de rester, que les différences à travers les temps chez un même travailleur.

Élaboration de critères de design pour un outil de communication médecin-patient

Le système de santé d'aujourd'hui fait appel à de nombreuses technologies de l'information nommées TIS (Technologies de l’Information en Santé). Celles-ci ont donné naissance à de nouvelles formes d’interaction médecin-patient et ont complexifié l'approche thérapeutique dite
« centrée sur le patient ». Les TIS promettent une plus grande efficacité et l’augmentation de la satisfaction des patients par le biais d’une meilleure compréhension de la maladie pour le patient. Or, elles peuvent également devenir des sources de conflit pour le professionnel de la santé, étant donné leur utilisation en dehors des rencontres cliniques ainsi que leur tendance à agir comme des barrières communicationnelles lors des consultations. Cette recherche vise a étudier les critères de design nécessaires à la conception d’un TIS pouvant améliorer la relation médecin-patient et donc, faciliter la communication et améliorer l’alliance thérapeutique. L’étude utilise une approche centrée sur l’utilisateur et vise donc à comprendre les besoins et les attentes des médecins et des patients. En étudiant les nouvelles approches en santé et les TIS, il a été possible de comprendre le contexte et les besoins des utilisateurs en terme de communication. Ces derniers sont primordiaux au processus dit centré sur l’utilisateur. Le faible taux de rétention du discours du médecin devient une barrière communicationnelle importante, tout comme le temps pressurisé. La recherche nous montre que l’ajout d’un outil virtuel de vulgarisation peut, à l’aide de média visuels (tel que des modélisations, des animations 3D et des dessins), grandement aider la relation médecin-patient.

Apprendre à composer sainement avec les technologies de l'information et de la communication (TIC): le soutien de l'entourage des jeunes dans ses fonctions d'accompagnement et d'éducation aux médias numériques

Essai critique de stage d'intervention présenté à la faculté des arts et des sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise ès sciences (M. Sc.) en service social

Assessing the Social Acceptability of New Technologies: Gaps and Tensions Between Science and Regulation

Article

Deep learning of representations and its application to computer vision

L’objectif de cette thèse par articles est de présenter modestement quelques étapes du parcours qui mènera (on espère) à une solution générale du problème de l’intelligence artificielle. Cette thèse contient quatre articles qui présentent chacun une différente nouvelle méthode d’inférence perceptive en utilisant l’apprentissage machine et, plus particulièrement, les réseaux neuronaux profonds. Chacun de ces documents met en évidence l’utilité de sa méthode proposée dans le cadre d’une tâche de vision par ordinateur. Ces méthodes sont applicables dans un contexte plus général, et dans certains cas elles on tété appliquées ailleurs, mais ceci ne sera pas abordé dans le contexte de cette de thèse. Dans le premier article, nous présentons deux nouveaux algorithmes d’inférence variationelle pour le modèle génératif d’images appelé codage parcimonieux “spike- and-slab” (CPSS). Ces méthodes d’inférence plus rapides nous permettent d’utiliser des modèles CPSS de tailles beaucoup plus grandes qu’auparavant. Nous démontrons qu’elles sont meilleures pour extraire des détecteur de caractéristiques quand très peu d’exemples étiquetés sont disponibles pour l’entraînement. Partant d’un modèle CPSS, nous construisons ensuite une architecture profonde, la machine de Boltzmann profonde partiellement dirigée (MBP-PD). Ce modèle a été conçu de manière à simplifier d’entraînement des machines de Boltzmann profondes qui nécessitent normalement une phase de pré-entraînement glouton pour chaque couche. Ce problème est réglé dans une certaine mesure, mais le coût d’inférence dans le nouveau modèle est relativement trop élevé pour permettre de l’utiliser de manière pratique. Dans le deuxième article, nous revenons au problème d’entraînement joint de machines de Boltzmann profondes. Cette fois, au lieu de changer de famille de modèles, nous introduisons un nouveau critère d’entraînement qui donne naissance aux machines de Boltzmann profondes à multiples prédictions (MBP-MP). Les MBP-MP sont entraînables en une seule étape et ont un meilleur taux de succès en classification que les MBP classiques. Elles s’entraînent aussi avec des méthodes variationelles standard au lieu de nécessiter un classificateur discriminant pour obtenir un bon taux de succès en classification. Par contre, un des inconvénients de tels modèles est leur incapacité de générer deséchantillons, mais ceci n’est pas trop grave puisque la performance de classification des machines de Boltzmann profondes n’est plus une priorité étant donné les dernières avancées en apprentissage supervisé. Malgré cela, les MBP-MP demeurent intéressantes parce qu’elles sont capable d’accomplir certaines tâches que des modèles purement supervisés ne peuvent pas faire, telles que celle de classifier des données incomplètes ou encore celle de combler intelligemment l’information manquante dans ces données incomplètes. Le travail présenté dans cette thèse s’est déroulé au milieu d’une période de transformations importantes du domaine de l’apprentissage à réseaux neuronaux profonds qui a été déclenchée par la découverte de l’algorithme de “dropout” par Geoffrey Hinton. Dropout rend possible un entraînement purement supervisé d’architectures de propagation unidirectionnel sans être exposé au danger de sur- entraînement. Le troisième article présenté dans cette thèse introduit une nouvelle fonction d’activation spécialement con ̧cue pour aller avec l’algorithme de Dropout. Cette fonction d’activation, appelée maxout, permet l’utilisation de aggrégation multi-canal dans un contexte d’apprentissage purement supervisé. Nous démontrons comment plusieurs tâches de reconnaissance d’objets sont mieux accomplies par l’utilisation de maxout. Pour terminer, sont présentons un vrai cas d’utilisation dans l’industrie pour la transcription d’adresses de maisons à plusieurs chiffres. En combinant maxout avec une nouvelle sorte de couche de sortie pour des réseaux neuronaux de convolution, nous démontrons qu’il est possible d’atteindre un taux de succès comparable à celui des humains sur un ensemble de données coriace constitué de photos prises par les voitures de Google. Ce système a été déployé avec succès chez Google pour lire environ cent million d’adresses de maisons.

Le potentiel des technologies de l’information et des communications pour le renforcement de la résilience organisationnelle lors des opérations d’évacuation : é́tude de cas de la ville de New York

Lorsque les ouragans entrent en contact avec l'environnement bâti et naturel, les autorités publiques n'ont parfois d'autre choix que de déclarer l'évacuation obligatoire de la population située en zone à risque. En raison de l'imprévisibilité du déroulement d'une catastrophe et des comportements humains, les opérations d'évacuation sont confrontées à une incertitude significative. Les expériences passées ont montré que les technologies de l'information et des communications (TIC) ont le potentiel d'améliorer l'état de l'art en gestion des évacuations. Malgré cette reconnaissance, les recherches empiriques sur ce sujet sont à ce jour limitées. La présente étude de cas de la ville de New York explore comment l'intégration des TIC dans la planification opérationnelle des organisations ayant des responsabilités en matière de transport peut améliorer leurs réponses aux événements et influencer le succès global du système de gestion des catastrophes. L'analyse est basée sur les informations recueillies au moyen d'entretiens semi-dirigés avec les organisations de transport et de gestion des catastrophes de la ville de New York ainsi qu’avec des experts du milieu universitaire. Les résultats mettent en lumière le potentiel des TIC pour la prise de décision en interne. Même s’il est largement reconnu que les TIC sont des moyens efficaces d'échanger de l'information en interne et entre les organisations, ces usages sont confrontés à certaines contraintes technologique, organisationnelle, structurelle et systémique. Cette observation a permis d'identifier les contraintes vécues dans les pratiques usuelles de gestion des systèmes urbains.

Étude comparative des moyens de paiement

L’époque où il n'existait qu'un choix restreint de modes de paiement est à présent révolue. En effet, de l'apparition de la monnaie fiduciaire aux trente glorieuses, ils n’avaient que très peu évolué. Or, depuis quelques décennies, nous assistons à l’apparition de nombreux moyens de paiement, tous plus différents les uns des autres. Notre présente étude a non seulement pour objectif d’en confronter les principaux en vue d’identifier le plus adéquat face à une situation donnée, mais aussi et surtout de discuter de l’anonymat que ces derniers procurent ou non. Pour ce faire, nous avons d’abord présenté chacun de ces moyens tout en en définissant les fonctionnements et les technologies. Par la suite, une comparaison par l'entremise d'une analyse indépendante a été réalisée sur la base d’éléments précis tels que la protection de la vie privée ou encore les propriétés ACID. Des critères omme la confiance des utilisateurs (sécurité) et les attentes qu'ont les institutions financières vis-à-vis de ces derniers ont aussi été considérés. Et enfin, trois méthodes de paiement qui sont en réalité des approches-solutions pour pallier aux problèmes liés à l’anonymat que présentent certains principaux moyens de paiement connus, ont été présentées à leur tour. Ainsi, le premier système de paiement proposé est axé sur les comptes bancaires anonymes, tandis que le second est, lui inspiré du système des jetons; Si bien qu’une combinaison de ces deux approches a conduit à une troisième, afin d’en regrouper les avantages.

Élaboration d’un modèle de gestion de risques pour le transfert des technologies médicales dans le nouveau bâtiment du projet de modernisation au CHU Sainte-Justine.

Rapport de stage présenté à la Faculté de médecine en vue de l'obtention du grade de Maître ès sciences appliquées (M.Sc.A.) en génie biomédical, option génie clinique.