Rythme veille-sommeil et dimensions cliniques dans le trouble de personnalité limite à l’adolescence

Cette thèse examine le rythme veille-sommeil et son association avec l’instabilité émotionnelle, l’agressivité et l’impulsivité dans le trouble de personnalité limite (TPL) à l’adolescence. Dans un premier temps, la revue de la littérature sur les perturbations objectives du sommeil dans le TPL a mis en lumière plusieurs difficultés similaires, évaluées par polysomnographie, à celles observées dans la dépression adulte. De 1980 à 2010, aucune recherche n’a examiné le rythme veille-sommeil, aucune n’a étudié les adolescents TPL et plusieurs n’ont pas contrôlé l’état dépressif comme facteur de confusion. De ce constat, il s’avérait pertinent de mener une étude sur le rythme veille-sommeil dans le TPL à l’adolescence en l’absence de dépression co-occurrente. L’adolescence comportant plusieurs caractéristiques physiologiques, psychologiques et sociales, tenir compte des aspects développementaux était essentiel. Dans un second temps, un protocole de recherche fût mis en place à la Clinique des troubles de l’humeur et le recrutement a été réalisé auprès d’adolescents souffrant d’un TPL et sans état dépressif actuel. Ils devaient porter pendant plus de neuf jours (période comprenant deux fins de semaine) un actigraphe, appareil non invasif évaluant l’alternance veille-sommeil dans l’environnement naturel. L’abandon précoce au traitement étant prévalent chez les patients TPL, la fiabilité de l’étude a été examinée afin de déterminer les raisons favorisant et celles nuisant au recrutement et à la collecte des données. La réflexion sur les aspects méthodologiques de l’étude actigraphique a permis d’expliquer les limites de ce type de protocole. Dans un troisième temps, le rythme veille-sommeil des adolescents TPL (n=18) a été caractérisé et comparé à celui des jeunes ayant un trouble bipolaire (n=6), trouble psychiatrique partageant plusieurs manifestations communes avec le TPL, et à celui des adolescents sans trouble de santé mentale (n=20). Les résultats suggèrent que l’adolescent TPL passe plus de temps en éveil durant la période de repos que les jeunes appartenant aux deux autres groupes. De plus, les adolescents TPL présentent une plus grande variabilité inter journalière des heures de lever et du temps total de sommeil que les autres adolescents. Ils se réveillent une heure de plus, et dorment donc une heure supplémentaire, que les adolescents sans trouble mental lors des journées sans routine. Dans un quatrième temps, les analyses corrélationnelles entre les données actigraphiques et les scores aux questionnaires auto-rapportés évaluant l’instabilité émotionnelle, l’agressivité et l’impulsivité suggèrent que plus l’adolescent TPL passe du temps éveillé alors qu’il est au lit, plus il déclare présenter des comportements agressifs, surtout physiques, durant le jour. En résumé, cette thèse contribue à la littérature scientifique en explorant pour la première fois le rythme veille-sommeil et son lien avec les manifestations symptomatiques dans le TPL à l’adolescence. Les résultats suggèrent fortement l’importance d’évaluer et de traiter les problèmes du rythme veille-sommeil que présentent ces jeunes lors de la prise en charge.

Les ressources de pouvoir et l’influence sur les politiques publiques : le cas des associations patronales de l’industrie aérospatiale au Québec.

Cette recherche vise à mieux comprendre la mobilisation des ressources de pouvoir, par les associations patronales, dans le but d’influencer les politiques publiques, plus précisément dans le secteur de l’aérospatiale. Dans un premier temps, cette recherche tente de répondre à notre première question de recherche qui s’attarde à l’impact de la logique de représentation sur la détermination du champ d’intervention en matière de politiques publiques. Dans un deuxième temps, notre seconde question de recherche tente de cerner comment les associations patronales utilisent leurs ressources de pouvoir dans le but d’influencer les politiques publiques. D’un angle théorique, cette recherche s’inscrit dans le courant des travaux néo-institutionnalistes. Tout d’abord, les associations patronales sont perçues comme étant des «entrepreneurs institutionnels» capables d’influencer leur environnement institutionnel (Campbell, 2004 ; Streeck et Thelen, 2005 ; Crouch, 2005). Plus précisément, nous constatons également que les employeurs et leurs associations sont en mesure de mobiliser plusieurs leviers de pouvoir pour influencer, à leur avantage, les développements politiques et économiques des sociétés capitalistes (Traxler et Huemer, 2007). D’un angle empirique, notre recherche vise trois objectifs : cerner les logiques de représentation des associations patronales; identifier quels types de ressources sont à la disposition des associations patronales; analyser comment s’exerce le lien entre les ressources de pouvoir (internes et externes) et l’influence potentielle sur les politiques publiques (commerciales et du travail). Afin de rencontrer nos objectifs de recherche, nous avons utilisé la technique de l’étude de cas. Cette méthode qualitative est l’un des meilleurs moyens pour analyser un phénomène inconnu car elle fournit des données en profondeur. Cette recherche suit les recommandations de Merriem (1998) qui propose de mener la recherche en trois grandes étapes : la préparation, la collecte des données et l’interprétation. Nous avons recueilli nos données à l’aide d’entrevues semi-dirigées, conduites à l’hiver 2012. Ces entrevues ont été menées auprès de représentants des associations patronales du secteur de l’aérospatiale. Nous avons effectué une analyse qualitative des données en fonction de notre revue de littérature et nos propositions de recherche. Dans cette perspective, nous avons utilisé la technique de l’appariement logique de Yin (1994) qui consistait à comparer nos observations avec nos propositions de recherche. Enfin, il faut mentionner que cette méthode de recherche (étude de cas) comporte une importante limite de recherche : la généralisation. Effectivement, nous pouvons difficilement généraliser les résultats de notre recherche à une autre population, considérant les nombreuses particularités du secteur de l’aérospatiale. Toutefois, cette recherche a tout de même contribué à enrichir les connaissances sur l’acteur patronal organisé au Canada.

Mise à l’essai et évaluation qualitative d’une intervention inspirée de la pédagogie narrative destinée aux infirmières soignant des personnes âgées en état confusionnel aigu

Les personnes âgées occupent une proportion importante des lits dans les centres hospitaliers de soins de courte durée québécois et leur présence est en augmentation. Parmi ces personnes, plusieurs présentent un état confusionnel aigu (ÉCA), voire un délirium, au cours de leur hospitalisation. Les soins infirmiers qu’elles requièrent sont complexes et les études portant sur la formation continue des infirmières tiennent peu compte de cette réalité. Les approches utilisées dans les études sont surtout centrées sur l’acquisition de connaissances et d’habiletés techniques et négligent les aspects créatifs, relationnels, critiques, réflexifs et éthiques essentiels à une prestation de soins infirmiers de qualité. On y retrouve également peu d’informations sur la conception de l’intervention éducative et sur son évaluation. C’est dans cette perspective que le but de l’étude était de mettre à l’essai et d’évaluer qualitativement le processus et les résultats d’une intervention éducative auprès d’infirmières soignant des personnes âgées hospitalisées en ÉCA. Plus particulièrement, ce sont les conditions facilitant et contraignant l’intervention, les aspects les plus utiles pour la pratique, les différents savoirs exprimés et les résultats de soins perçus par les participantes qui étaient recherchés. C’est en s’inspirant de la pédagogie narrative de Diekelmann (2001) et des savoirs infirmiers de Chinn et Kramer (2008) que l’intervention a été conçue et évaluée. La description d’expériences de soins vécues par les infirmières et la création d’un environnement d’apprentissage favorisant l’interprétation, en groupe, de ces expériences à l’aide d’informations théoriques et empiriques caractérisent la pédagogie narrative à la base de cette intervention. Pour atteindre le but, une étude de cas a été retenue. La stratégie d’échantillonnage par choix raisonné a permis de sélectionner des participantes travaillant sur les trois quarts de travail, ayant différents niveaux de formation et une expérience comme infirmière variant de huit mois à 36 ans, dont l’âge variait de 23 à 64 ans. L’échantillon, composé de 15 infirmières soignant fréquemment des personnes en ÉCA et travaillant sur des unités de soins chirurgicaux cardiologiques et orthopédiques, était réparti dans trois groupes égaux de cinq participantes. L’intervention éducative comprenait quatre journées de formation offertes à intervalle de trois semaines pour une durée totale de 12 semaines. Au cours de chacune de ces journées, les participantes devaient effectuer un travail écrit réflexif concernant une situation de soins vécue avec une personne en ÉCA et, par la suite, partager, interpréter et s'interroger sur ces situations en faisant des liens avec des informations théoriques et empiriques sur l’ÉCA dans le cadre d’un atelier de groupe. Une triangulation de méthodes de collecte de données, incluant des notes de terrain de l’investigatrice, les travaux réflexifs des participantes, des questionnaires complétés par les participantes après chaque journée de formation et une entrevue individuelle avec chaque participante réalisée par une intervieweuse externe à la fin de l’intervention, a permis de décrire la mise à l’essai de l’intervention et d’évaluer qualitativement son processus et ses résultats. Une analyse de contenu des données qualitatives intra et inter participante a été effectuée. La mise à l’essai de l’intervention a mis en évidence l’importance de tenir compte des besoins variés des participantes et d’ajuster l’intervention éducative d’un groupe à l’autre, notamment eu égard aux contenus théoriques et empiriques sur l’ECA. L’évaluation du processus souligne que l’intervention a été facilitée par les attitudes et la diversité des expériences des participantes, ainsi que par l’utilisation de situations de soins réelles permettant d’intégrer la théorie dans la pratique. L’accès à de nouveaux outils d’évaluation des personnes en ÉCA a été perçu particulièrement utile par les participantes. Quant à l’évaluation des résultats, elle a permis de rendre visibles de nombreux savoirs empiriques, éthiques et esthétiques et certains savoirs personnels et émancipatoires exprimés par les participantes. Les participantes ont, entre autres, réalisé des évaluations plus approfondies des personnes en ÉCA, ont réduit ou évité les mesures de contrôle physiques des personnes atteintes et ont impliqué davantage les familles dans les soins. L’évaluation a aussi permis de décrire certains résultats perçus par les participantes sur le bien-être physique et psychologique des personnes soignées et sur les familles. Les personnes en ECA étaient, entre autres, rassurées, plus calmes et soulagées et les familles moins inquiètes et davantage impliquées dans les soins. Les résultats de l’étude mettent en évidence l’applicabilité d’une intervention éducative narrative basée sur un cadre de référence en sciences infirmières et son utilité pour la formation continue dans les milieux de soins. L’étude ouvre la porte à des possibilités de transfert de l’intervention à d’autres populations d’infirmières soignant des clientèles ayant des besoins complexes, notamment en gériatrie, en oncologie ou en soins palliatifs. Des études visant à évaluer l’intervention auprès d’un échantillon plus important et à explorer ses effets sur les personnes soignées et leurs familles sont proposées.

Communication et animalité : cartographie d'un commerce

Thèse réalisée en co-tutelle avec le Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris.

Étude taphonomique des assemblages fauniques de la formation géologique Mursi et du membre A de la Formation Shungura, Éthiopie

La formation géologique Mursi est datée à plus de 4 millions d’années, ce qui correspond à la période de l’émergence présumée des australopithèques, premiers hominines présentant une bipédie incontestable. La collection faunique Mursi (N=201) est comparée à celle du membre A de la Formation Shungura (N=300) sur une base taphonomique. La taphonomie est la science dédiée aux modes de formation des fossiles ainsi qu’aux traces laissées par ceux-ci. L’objectif principal de ce mémoire est de vérifier quelles sont les différences et ressemblances entre ces deux assemblages fossiles et d’en tirer des interprétations paléoenvironnementales. Pour chacun des agents taphonomiques (météorisation, piétinement, etc.), les fossiles sont gradés en fonction de stades prédéfinis tirés des écrits scientifiques. Finalement, malgré quelques différences (action des carnivores, intempérisation) on constate que les assemblages sont assez semblables et que, comme prédit par les reconstructions paléoenvironnementales préexistantes, leur lien à l’eau est assez bien démontré (groupes de Voorhies, abrasion).

Préservation du patrimoine dans un « univers numérique » : les défis de l’évaluation en archivistique, le point de vue de Daniel J. Caron.

Ce travail a été réalisé à l’EBSI, Université de Montréal, dans le cadre du cours SCI6112 – Évaluation des archives donné au trimestre d’Hiver 2013 par Yvon Lemay

Perceptions et discours d’adolescents en difficultés de comportement face à leur consommation d’alcool et de drogue

Plusieurs travaux de recherche ont porté sur la consommation des adolescents. À partir d’une analyse secondaire qualitative de 30 entrevues menées auprès d’adolescents présentant des difficultés de comportements, ce mémoire vise à explorer le discours d’adolescents qui présentent des difficultés de comportements par rapport à leur perception de leur consommation et aux facteurs qui ont pu l’influencer. Le premier chapitre de ce mémoire rend compte de la diversité des facteurs d’influence jouant un rôle dans la consommation de drogue ou d’alcool d’adolescents qui présentent des difficultés de comportements selon la littérature recensée. Dans un premier temps les différents contextes de vie des jeunes sont explorés. L’approche bioécologique a pour avantage de replacer l’adolescent dans son environnement global incluant les différents niveaux d’influence. En outre, les représentations sociales, permettent de mettre en avant la perception des principaux concernés. Le deuxième chapitre consacré à la méthodologie, se base sur une collecte de données qualitatives. Le troisième chapitre expose les résultats de cette recherche qui révèlent que les jeunes participants à cette étude sont en mesure d’identifier des influences dans les différents niveaux, même si le macrosystème n’est pas présent dans leur discours. Sur le plan de la fréquence de consommation, deux profils de consommation se distinguent, l’un concerne les jeunes qui ont commencé à consommer plus tôt et dont la consommation a diminué et ceux qui débuté leur consommation plus tard et dont la consommation a augmenté. Le quatrième chapitre de ce mémoire expose de manière schématique les écrits scientifiques avec le discours des adolescents et identifie également quelques notions clefs qui ressortent du discours des adolescents.

Caractérisation phénotypique et génotypique de Campylobacter jejuni et évaluation d’une stratégie de contrôle de la colonisation du poulet de chair par ce pathogène alimentaire

Campylobacter jejuni est l’agent causal de la campylobactériose, infection bactérienne importante en santé publique. Un des vecteurs de transmission de C. jejuni pour l’humain est le poulet via la chaîne alimentaire. Les mécanismes impliqués dans colonisation caecale commensale des oiseaux par C. jejuni sont toujours peu caractérisés, bien qu’une meilleure compréhension de ces mécanismes puisse apporter des solutions pour le contrôle du pathogène à la ferme. Cette étude avait pour buts de caractériser les propriétés phénotypiques et les facteurs génétiques impliqués dans la colonisation du poulet par C. jejuni et d’identifier de nouveaux mécanismes impliqués dans cette association. Des souches, issues d’élevages conventionnels échantillonnés en 2003 et en 2008 ainsi que d’élevages biologiques, ont été caractérisées afin d’obtenir leur profil de résistance aux antibiotiques, leur autoagglutination et leur chimiotactisme. Les souches des élevages conventionnels ont de plus été caractérisées pour leur capacité à adhérer et envahir une culture primaire de cellules caecales de poulet. Une puce à ADN a été développée pour détecter la présence de 254 gènes et variants associés à la colonisation des poulets ainsi qu’à la résistance aux antibiotiques chez les souches issues d’élevages conventionnels. Les propriétés phénotypiques et la présence de certains gènes chez les souches ont par la suite été comparées. Finalement, des souches ayant des caractéristiques différentes ont été utilisées dans un modèle de colonisation du poulet pour évaluer l’efficacité d’un nouvel additif alimentaire à base d’acides organiques et d’huiles essentielles sur le contrôle de C. jejuni. Les propriétés phénotypiques des souches étaient très variées et n’étaient pas corrélées entre elles, à l’exception de l’adhésion et de l’invasion. L’analyse génétique a révélé que le contenu en gènes des souches était variable, notamment au niveau des gènes de l’enveloppe bactérienne, au flagelle, aux récepteurs du chimiotactisme et à la résistance à l’arsenic. Les souches de 2003 et de 2008 étaient semblables lorsque leur contenu en gènes ainsi que leurs propriétés phénotypiques étaient comparés. Des gènes possiblement associés à un fort ou un faible potentiel de colonisation ont été identifiés. L’additif alimentaire a diminué la contamination des carcasses bien qu’une augmentation de la colonisation intestinale ait été observée pour certaines souches. La moitié des lots de poulets d’origine biologique étaient positifs pour C. jejuni. Les souches issues de ce type d’élevage étaient peu résistantes aux antibiotiques et possédaient des phénotypes variés. Cette étude a permis de mieux définir les caractéristiques importantes de C. jejuni qui sont associées à la colonisation intestinale du poulet. Elle a établi pour la première fois au Canada la présence du pathogène dans les élevages de poulets biologiques. Cette étude fait partie des quelques études qui décrivent la présence des gènes de colonisation et de résistance aux antibiotiques dans une collection de souches issues uniquement du poulet. Elle a également remis en doute l’importance de certains gènes dans la colonisation. La caractérisation exhaustive des souches a également permis d’identifier de nouveaux gènes possiblement associés à la colonisation de poulet par C. jejuni. Finalement, elle a indiqué que l’utilisation d’un mélange d’huiles essentielles et d’acide organique encapsulés pouvait être efficace pour réduire la contamination des carcasses de poulet par C. jejuni et que son effet était souche-dépendant.

Sensibilité cérébrale à la lumière en fonction du vieillissement et d’aspects physiologiques fonctionnels de l’œil

Outre ses effets sur le système visuel classique permettant la formation des images, la lumière agit sur plusieurs fonctions « non-visuelles ». Celles-ci incluent la constriction pupillaire, la température corporelle, la sécrétion hormonale, le cycle veille-sommeil, la vigilance et les performances cognitives. Les fonctions non-visuelles sont préférentiellement sensibles aux lumières à longueurs d’ondes courtes (lumière bleue) en comparaison aux longueurs d’ondes plus longues (lumière verte). Il est proposé que le vieillissement s’accompagne d’une diminution de la sensibilité des fonctions non-visuelles à la lumière. Cette recherche vise à évaluer les effets de l’âge sur la constriction pupillaire et la sensibilité cérébrale à la lumière lors de l’exécution de tâche cognitive. Deux groupes de sujets, 16 jeunes (18-30 ans) et 14 âgés (55-70 ans), ont suivis un protocole de pupillométrie visant à mesurer la dynamique pupillaire lors d’exposition à des lumières bleues et vertes monochromatiques de trois intensités différentes. Les résultats ont montré davantage de constriction en bleu qu’en vert et des effets plus importants suivant l’augmentation de l’intensité lumineuse. Nos résultats ne montrent cependant pas de différence d’âge sur la constriction pupillaire à la lumière suggérant la préservation de cette réponse non-visuelle. Dans un deuxième temps, les mêmes sujets ont exécuté une tâche cognitive en imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf) tandis qu’ils étaient maintenus dans la noirceur, ou exposés à des lumières bleues. Les résultats ont montré une diminution des effets de la lumière avec l’âge dans le thalamus, l’amygdale, l’insula et l’aire ventrale tegmentale, régions engagées dans la vigilance, l’attention et les processus émotionnels. Les modifications qui s’opèrent sur les différentes fonctions non-visuelles avec l’âge ne semblent pas homogènes. Ces résultats corroborent les évidences animales qui montrent différents seuils de sensibilités à la lumière et la présence de réseaux neuronaux partiellement indépendants pour les diverses réponses non-visuelles. De plus, ils sont les premiers à démontrer que les effets neuronaux stimulants de la lumière bleue sur la cognition sont diminués avec l’âge. Les recherches devront évaluer si cette diminution de sensibilité influence les performances cognitives au cours du vieillissement. Enfin, un raffinement de nos connaissances permettra de mieux adapter l’environnement lumineux avec l’âge.

Le discours muséal à travers l'exposition des collections de quatre musées d'art : Montréal, Québec, Joliette et Sherbrooke

Les musées d’art sont des lieux privilégiés pour contempler les productions artistiques du passé et d’aujourd’hui. En vertu de leur mandat, ceux-ci ont la tâche difficile de concilier leurs fonctions de délectation et d’éducation du public. Certains favorisent une approche plutôt que l’autre, mais tous portent un regard subjectif sur ce qu’ils exposent. Même si les oeuvres semblent être disposées naturellement dans les salles, tout ce qui relève de la conception et de la réalisation des expositions est savamment construit et résulte d’un parti-pris de la part du musée. En fonction de ses choix, c’est-à-dire de ce qu’elle présente ou non et comment elle le fait, l’institution muséale participe à la définition de ce qu’est l’art et influence la signification des oeuvres. En conséquence, chaque musée est producteur d’un discours qui véhicule notamment sa vision de l’histoire de l’art et ses valeurs institutionnelles. Ce discours est produit tant par les écrits qui sont installés auprès des oeuvres que par l’ensemble du dispositif muséographique qui les entoure. Ce mémoire explore, à travers l’analyse comparative de quatre musées des beaux-arts québécois, les éléments constitutifs d’un tel discours ainsi que les relations qui s’instaurent entre les différentes composantes du discours muséal et ce qui est montré dans leurs salles d’exposition.

Principe de finalité, protection des renseignements personnels et secteur public : étude sur la gouvernance des structures en réseau

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université de Montréal et l'Université Panthéon-Assas Paris II

Le travail de l’orthopédagogue quant au dépistage, à la référence et à la prise en charge d’un trouble spécifique d’apprentissage en lecture

Les difficultés reliées à la lecture constituent 80% des motifs de référence en orthopédagogie. Parfois, ces difficultés sont les précurseurs du trouble d’apprentissage le plus commun soit le trouble spécifique d’apprentissage en lecture (TSAL). Cette recherche porte sur le travail des orthopédagogues en lien avec les trois grandes étapes reliées au TSAL : (1) son dépistage, (2) son évaluation orthopédagogique et sa référence en neuropsychologie et finalement (3) sa prise en charge ainsi que sa rééducation en lien avec les recommandations neuropsychologiques. La collecte de données a été réalisée grâce à des entrevues avec trois orthopédagogues travaillant au primaire et autour d’un cas d’élève atteint de TSAL. Chacune des trois orthopédagogues a présenté un cas d’élève et a décrit sa pratique. Lors des rencontres, chaque participante a également remis au chercheur le dossier de l’élève contenant le rapport neuropsychologique confirmant le diagnostic. Les résultats de cette recherche indiquent que les signes précurseurs observés par les trois orthopédagogues ainsi que leurs interventions rééducatives sont très semblables. Toutefois, les outils d’évaluation utilisés diffèrent de l’une à l’autre tant en ce qui a trait au choix qu’à la manière de les utiliser. Les trois orthopédagogues optent pour la référence en neuropsychologie dans le but ultime de dresser un portrait global de leur élève quant à leurs habiletés cognitives et déficitaires pouvant être attribuables à un TSAL. Le rapport du neuropsychologue sert alors à confirmer l’impression diagnostique des orthopédagogues. Les résultats de notre étude montrent que les orthopédagogues entament de façon précoce les interventions rééducatives et offrent simultanément les mesures adaptatives relatives aux difficultés observées chez l’élève. Avec l’arrivée du diagnostic de TSAL, et les recommandations proposées dans le rapport neuropsychologique, les orthopédagogues valident et peuvent à l’occasion bonifier leurs interventions ou mesures. De plus, elles les officialisent en les ajoutant, si ce n’est pas déjà fait, au plan d’intervention de l’élève. Les interventions rééducatives et les mesures adaptées mises en place par les trois orthopédagogues sont également comparées à celles proposées par les neuropsychologues et analysées à la lumière de celles reconnues comme étant efficaces et profitables selon la littérature. Nos résultats mettent en évidence la grande similitude qui existe entre les interventions appliquées par les orthopédagogues, celles proposées par les neuropsychologues ainsi que celles répertoriées dans la littérature.

Identification et caractérisation de gènes chez Salmonella enterica sérovar Typhi impliqués dans l’interaction avec les macrophages humains.

Le genre bactérien Salmonella regroupe plus de 2500 sérovars, mais peu sont responsables de pathologies humaines. Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi) est reconnu pour son importance médicale à travers le globe. S. Typhi cause la fièvre typhoïde chez l’Homme, une maladie infectieuse létale caractérisée par la dissémination systémique de la bactérie vers des organes du système réticulo-endothélial. La fièvre typhoïde représente un fardeau pour la santé mondiale, notamment auprès des pays en développement où les conditions sanitaires sont désuètes. La situation se complique davantage par l’apparition de souches résistantes aux antibiotiques. De plus, les deux vaccins licenciés sont d’efficacité modérée, présentent certaines contraintes techniques et ne sont pas appropriés pour les jeunes enfants et nourrissons. La phase systémique de l’infection par Salmonella repose sur sa survie dans les macrophages du système immunitaire. Dans ce compartiment intracellulaire, la bactérie module les défenses antimicrobiennes grâce à de multiples facteurs de virulence encodés dans son génome. Les mécanismes moléculaires sollicités sont complexes et finement régulés. Malgré les progrès scientifiques réalisés précédemment, plusieurs incompréhensions persistent au sujet de l’adaptation de ce pathogène dans les macrophages de l’hôte. Pour mieux concevoir les déterminants génétiques de S. Typhi impliqués dans l’interaction avec ces cellules, une stratégie de sélection négative a été appliquée afin de vérifier systématiquement l’effet direct des gènes pendant l’infection. En premier temps, une librairie de mutants par transposon chez S. Typhi a été créée pour l’infection de macrophages humains en culture. Après 24 heures d’infection, la présence des mutants fut évaluée simultanément par analyse sur des biopuces de Salmonella. Au total, 130 gènes ont été sélectionnés pour leur contribution potentielle auprès des macrophages infectés. Ces gènes comptaient des composantes d’enveloppe bactérienne, des éléments fimbriaires, des portions du flagelle, des régulateurs, des facteurs de pathogenèse et plusieurs protéines sans fonction connue. En deuxième temps, cette collection de gènes a dirigé la création de 28 mutants de délétion définie chez S. Typhi. Les capacités d’entrée et de réplication intracellulaire de ces mutants au sein des macrophages humains ont été caractérisées. D’abord, les macrophages ont été co-infectés avec les mutants en présence de la souche sauvage, pour vérifier la compétitivité de chacun d’eux envers cette dernière. Ensuite, les mutants ont été inoculés individuellement chez les macrophages et leur infectivité fut mesurée comparativement à celle de la souche sauvage. Sommairement, 26 mutants ont présenté des défauts lorsqu’en compétition, tandis que 14 mutants se sont montrés défectueux lorsque testés seuls. Par ailleurs, 12 mutants ont exposé une déficience lors de l’infection mixte et individuelle, incluant les mutants acrA, exbDB, flhCD, fliC, gppA, mlc, pgtE, typA, waaQGP, STY1867-68, STY2346 et SPI-4. Notamment, 35 nouveaux phénotypes défectueux d’entrée ou de survie intracellulaire chez Salmonella ont été révélés par cette étude. Les données générées ici offrent plusieurs nouvelles pistes pour élucider comment S. Typhi manipule sa niche intracellulaire, menant à l’infection systémique. Les gènes décrits représentent des cibles potentielles pour atténuer la bactérie chez l’humain et pourraient contribuer au développement de meilleures souches vaccinales pour immuniser contre la fièvre typhoïde.

Tactical Vehicle Routing Planning with Application to Milk Collection and Distribution

De nombreux problèmes pratiques qui se posent dans dans le domaine de la logistique, peuvent être modélisés comme des problèmes de tournées de véhicules. De façon générale, cette famille de problèmes implique la conception de routes, débutant et se terminant à un dépôt, qui sont utilisées pour distribuer des biens à un nombre de clients géographiquement dispersé dans un contexte où les coûts associés aux routes sont minimisés. Selon le type de problème, un ou plusieurs dépôts peuvent-être présents. Les problèmes de tournées de véhicules sont parmi les problèmes combinatoires les plus difficiles à résoudre. Dans cette thèse, nous étudions un problème d’optimisation combinatoire, appartenant aux classes des problèmes de tournées de véhicules, qui est liée au contexte des réseaux de transport. Nous introduisons un nouveau problème qui est principalement inspiré des activités de collecte de lait des fermes de production, et de la redistribution du produit collecté aux usines de transformation, pour la province de Québec. Deux variantes de ce problème sont considérées. La première, vise la conception d’un plan tactique de routage pour le problème de la collecte-redistribution de lait sur un horizon donné, en supposant que le niveau de la production au cours de l’horizon est fixé. La deuxième variante, vise à fournir un plan plus précis en tenant compte de la variation potentielle de niveau de production pouvant survenir au cours de l’horizon considéré. Dans la première partie de cette thèse, nous décrivons un algorithme exact pour la première variante du problème qui se caractérise par la présence de fenêtres de temps, plusieurs dépôts, et une flotte hétérogène de véhicules, et dont l’objectif est de minimiser le coût de routage. À cette fin, le problème est modélisé comme un problème multi-attributs de tournées de véhicules. L’algorithme exact est basé sur la génération de colonnes impliquant un algorithme de plus court chemin élémentaire avec contraintes de ressources. Dans la deuxième partie, nous concevons un algorithme exact pour résoudre la deuxième variante du problème. À cette fin, le problème est modélisé comme un problème de tournées de véhicules multi-périodes prenant en compte explicitement les variations potentielles du niveau de production sur un horizon donné. De nouvelles stratégies sont proposées pour résoudre le problème de plus court chemin élémentaire avec contraintes de ressources, impliquant dans ce cas une structure particulière étant donné la caractéristique multi-périodes du problème général. Pour résoudre des instances de taille réaliste dans des temps de calcul raisonnables, une approche de résolution de nature heuristique est requise. La troisième partie propose un algorithme de recherche adaptative à grands voisinages où de nombreuses nouvelles stratégies d’exploration et d’exploitation sont proposées pour améliorer la performances de l’algorithme proposé en termes de la qualité de la solution obtenue et du temps de calcul nécessaire.

Développement de nouvelles formulations d’antifongiques et évaluation de l’activité sur Candida spp. et Aspergillus spp.

Les travaux effectués dans le cadre de cette thèse de doctorat avaient pour but de mettre au point des nouvelles formulations d’antifongiques sous forme de nanoparticules polymériques (NP) en vue d’améliorer l’efficacité et la spécificité des traitements antifongiques sur des souches sensibles ou résistantes de Candida spp, d’Aspergillus spp et des souches de Candida albicans formant du biofilm. Dans la première partie de ce travail, nous avons synthétisé et caractérisé un polymère à base de polyester-co-polyéther branché avec du poly(éthylène glycol) (PEG-g-PLA). En plus d’être original et innovant, ce co-polymère a l’avantage d’être non-toxique et de posséder des caractéristiques de libération prolongée. Trois antifongiques couramment utilisés en clinique et présentant une biodisponibilité non optimale ont été choisis, soient deux azolés, le voriconazole (VRZ) et l’itraconazole (ITZ) et un polyène, l’amphotéricine B (AMB). Ces principes actifs (PA), en plus des problèmes d’administration, présentent aussi d’importants problèmes de toxicité. Des NP polymériques encapsulant ces PA ont été préparées par une technique d’émulsion huile-dans-l’eau (H/E) suivie d’évaporation de solvant. Une fois fabriquées, les NP ont été caractérisées et des particules de d’environ 200 nm de diamètre ont été obtenues. Les NP ont été conçues pour avoir une structure coeur/couronne avec un coeur constitué de polymère hydrophobe (PLA) et une couronne hydrophile de PEG. Une faible efficacité de chargement (1,3% m/m) a été obtenue pour la formulation VRZ encapsulé dans des NP (NP/VRZ). Toutefois, la formulation AMB encapsulée dans des NP (NP/AMB) a montré des taux de chargement satisfaisants (25,3% m/m). En effet, le caractère hydrophobe du PLA a assuré une bonne affinité avec les PA hydrophobes, particulièrement l’AMB qui est le plus hydrophobe des agents sélectionnés. Les études de libération contrôlée ont montré un relargage des PA sur plusieurs jours. La formulation NP/AMB a été testée sur un impacteur en cascade, un modèle in vitro de poumon et a permis de démontrer le potentiel de cette formulation à être administrée efficacement par voie pulmonaire. En effet, les résultats sur l’impacteur en cascade ont montré que la majorité de la formulation s’est retrouvée à l’étage de collecte correspondant au niveau bronchique, endroit où se situent majoritairement les infections fongiques pulmonaires. Dans la deuxième partie de ces travaux, nous avons testé les nouvelles formulations d’antifongiques sur des souches planctoniques de Candida spp., d’Aspergillus spp. et des souches de Candida albicans formant du biofilm selon les procédures standardisées du National Committee for Clinical Laboratory Standards (NCCLS). Les souches choisies ont démontré des résistances aux azolés et aux polyènes. Les études d’efficacité in vitro ont permis de prouver hors de tout doute que les nouvelles formulations offrent une efficacité nettement améliorée comparée à l’agent antifongique libre. Pour mettre en lumière si l’amélioration de l’efficacité antifongique était due à une internalisation des NP, nous avons évalué le comportement des NP avec les cellules de champignons. Nous avons procédé à des études qualitatives de microscopie de fluorescence sur des NP marquées avec de la rhodamine (Rh). Tel qu’attendu, les NP ont montré une localisation intracellulaire. Pour exclure la possibilité d’une simple adhésion des NP à la surface des levures, nous avons aussi confirmé leur internalisation en microscopie confocale de fluorescence. Il est important de noter que peu d’études à ce jour ont mis l’accent sur l’élaboration de nouvelles formulations d’antifongiques à base de polymères non toxiques destinées aux traitements des mycoses, donnant ainsi une grande valeur et originalité aux travaux effectués dans cette thèse. Les résultats probants obtenus ouvrent la voie vers une nouvelle approche pour contourner les problèmes de résistances fongiques, un problème de plus en plus important dans le domaine de l’infectiologie.