Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation.

Modernizing Mount Royal Park : Montréal’s Jungle in the 1950s

Durant les années 1950, les autorités municipales, sous la pression du département de la police, ont demandé le déboisement d’une section du parc du Mont-Royal. Cette section, communément appelée la « Jungle » et principalement composée de broussailles, de buissons et d’arbres, était fréquentée par une clientèle considérée comme indésirable. Cette dernière comprenait, essentiellement, des alcooliques, des voyous, des pervers, et, surtout, des homosexuels. Leur éradication s’est alors déployée selon un plan en trois étapes qui avait pour objectif de simplifier les techniques de surveillance utilisées par le département de la police. D’abord, une augmentation de l’éclairage, puis, le déboisement de la « Jungle », et, finalement, la construction d’une route, aujourd’hui connue sous le nom de Camillien-Houde. Le parc devenait ainsi plus accessible et plus sécuritaire. Les coupes, que l’on a appelées les « coupes de la moralité », ont eu un effet considérable sur l’environnement et la composition écologique du parc, donnant, entre autres, aux Montréalais, l’impression que le parc était devenu chauve (ce qui lui conféra d’ailleurs le surnom de Mont Chauve). Les transformations du parc du Mont-Royal n’étaient cependant pas limitées à sa Jungle. En fait, des modifications furent aussi mises en application dans d’autres sections considérées comme sous-développées. La métamorphose du parc et de sa « Jungle » était un acte de développement caractéristique de l’ère moderniste de la planification du Montréal d’après-guerre. La re-planification du parc du Mont-Royal témoigne ainsi d’une volonté sans bornes des autorités d’instaurer la moralité et la modernité dans la ville, volonté qui aura pour conséquence d’altérer la composition écologique du parc. C’est ce qui sera à l’origine d’une campagne nommée « Save-the-Mountain Movement », qui a cherché à empêcher la modernisation de l’espace et milité pour la réhabilitation du parc en tant que boisé paisible.

Les cultes domestiques dans la Grèce antique : catalogue raisonné d’autels domestiques

Si la religion grecque a fait l’objet de nombreuses études, les informations concernant les rites domestiques se font plus discrètes. Nous avons donc tenté de présenter les traces archéologiques de ses cultes domestiques en nous concentrant sur un élément bien précis, les autels. Nous vous proposons donc dans ce mémoire de présenter un catalogue raisonné des autels domestiques de la Grèce antique. Celui-ci répertorie 140 autels domestiques, qu’ils soient de types fixes (construits) ou portatifs (arulae). Une analyse quantitative et qualitative des informations colligées dans le catalogue fait suite à ce dernier. Nous pouvons tirer quelques conclusions partielles suite à l’analyse de notre catalogue. Il est possible d’affirmer qu’il existe beaucoup plus d’autels portatifs que d’autels fixes. Les arulae n’ont pour la plupart pas été trouvés in situ, contrairement aux autels construits. La grande majorité des autels se trouvent dans la cour de la demeure ou contre un mur extérieur de la maison. Les autels portatifs, eux se retrouvent aussi dans diverses pièces de la maison, dont la pastas. La majorité des autels portatifs sont faits de terre-cuite, alors que les fixes sont tous faits de différentes pierres. Peu importe le type, la majorité des autels sont rectangulaires plutôt que circulaires. Très peu d’autels sont dédiés spécifiquement à un dieu et ceux attribués à Zeus Herkeios le sont seulement par leur position dans la cour de la demeure et non à cause d’un décor ou d’objets affiliés. Les autels autant portatifs que fixes peuvent porter un décor, allant d’une simple moulure à un riche décor rappelant les grands autels monumentaux des sanctuaires. Certains sont par contre nus et ont même des faces non travaillées. Nous détaillons dans la dernière section le cas de Zeus Ktésios et Zeus Kataibatès, comme nous possédons beaucoup d’informations pertinentes sur ces deux divinités et nous pouvons donc nous attarder sur leur culte. Il est par contre difficile de recréer des rites domestiques complets. Pour ce faire, il faudrait avoir accès aux catalogues complets des artéfacts retrouvés sur chaque site. Nous pourrions ainsi créer des assemblages et mettre en liens ces objets et les autels et tenter d’interpréter et de reconstituer ces différents rites domestiques.