Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.

Sélection de gènes de référence pour la normalisation des expériences de PCR quantitative dans un modèle de dysfonction diastolique de lapin

La dysfonction diastolique du ventricule gauche (DDVG) réfère à une rigidité ainsi qu’à des troubles de relaxation au niveau de ce ventricule pendant la phase de la diastole. Nos connaissances sur les mécanismes moléculaires sous-jacents de cette pathologie demeurent limités. Les analyses géniques sont indispensables afin de bien identifier les voies par lesquelles cette maladie progresse. Plusieurs techniques de quantification de l’expression génique sont disponibles, par contre la RT-qPCR demeure la méthode la plus populaire vu sa haute sensibilité et de ses coûts modérés. Puisque la normalisation occupe un aspect très important dans les expériences de RT-qPCR, nous avons décidé de sélectionner des gènes montrant une haute stabilité d’expression dans un modèle de DDVG de lapin. Nous avons alors exposé 18 lapins blancs soit à une diète normale (n=7) ou bien à une diète hypercholestérolémiante additionnée de vitamine D2 (n=11). La DDVG a été évaluée par des mesures échocardiographiques. L’expression de l’ARNm de dix gènes communément utilisés dans la littérature comme normalisateur (Gapdh, Hprt1, Ppia, Sdha, Rpl5, Actb, Eef1e1, Ywhaz, Pgk1, et G6pd) a été mesurée par RT-qPCR. L’évaluation de leur stabilité a été vérifiée par les algorithmes de geNorm et Normfinder. Sdha et Gapdh ont obtenu les meilleurs scores de stabilité (M<0.2) et ont été suggérés par le geNorm, comme meilleure combinaison. Par contre, l’utilisation de Normfinder mène à la sélection d’Hprt1 et Rpl5 comme meilleure combinaison de gènes de normalisation (0.042). En normalisant par ces deux combinaisons de gènes, l’expression de l’ARNm des peptides natriurétiques de type A et B (Anp et Bnp), de la protéine chimiotactique des monocytes-1 (Mcp-1) et de la sous unité Nox-2 de la NADPH oxydase ont montré des augmentations similaires chez le groupe hypercholestérolémique comparé au groupe contrôle (p<0.05). Cette augmentation d’expressions a été corrélée avec plusieurs paramètres échocardiographiques de DDVG. À notre connaissance, c’est la première étude par laquelle une sélection de gènes de référence a été réalisée dans un modèle de lapin développant une DDVG.

Programme en partenariat pour la prévention des troubles musculosquelettiques dans une pharmacie communautaire: étude exploratoire

Introduction La santé est considérée comme un idéal, un objectif et un but à atteindre; pour l'améliorer, certains ergothérapeutes utilisent les approches habilitantes. Ces dernières démontrent des résultats positifs pour la prévention des troubles musculosquelettiques (TMS). Objectif L’objectif de cette recherche est de mesurer les effets d'un programme en partenariat pour la prévention des TMS dans une pharmacie communautaire. Méthodologie Un devis mixte (quantitatif, qualitatif et descriptif) avant-après avec un groupe témoin non équivalent est utilisé. Le recrutement des participants se fait sur une base volontaire. Ceux-ci sont âgés de 18 ans et plus (groupe expérimental (n = 18) et témoin (n = 17)) et occupent trois titres d'emplois distincts. Différentes mesures via des questionnaires et des entrevues sont prises avant et après l’intervention. L’intervention, quant à elle, comprend trois rencontres élaborées à partir des concepts de l’ergonomie. Résultats En lien avec les connaissances acquises et la mobilisation, une diminution des sensations douloureuses est constatée chez les participants du groupe expérimental. De même, pour ceux-ci, une tendance à la généralisation des connaissances est notée. Conclusion Inspirée des principes de la prévention, de l’ergonomie et de l’habilitation, cette recherche, malgré ses limites, permet de mieux documenter les effets d'un programme en partenariat en entreprise de services pour la prévention des TMS.

Polymères de coordination et éponge cristalline : de nouveaux matériaux pour la conversion de l’énergie solaire et la résolution de la structure cristalline de composés huileux.

Le premier volet de ce travail portera sur l’expérience acquise lors d’un stage d’étude à Tokyo, au Japon, dans le groupe de recherche du Pr. Makoto Fujita, une sommité d’envergure internationale dans le domaine de l’auto-assemblage. En continuité avec les plus récents travaux du Pr. Fujita, des systèmes poreux auto-assemblés présentant des cavités fonctionnalisées ont été développés dans le but d’encapsuler des acides gras afin d’en déterminer la structure cristalline. Ces éponges ont été caractérisées par des techniques courantes telles que la spectroscopie à résonance magnétique nucléaire 1H, 13C{1H} et Cosy, la spectrométrie de masse, l’analyse élémentaire, la microscopie optique infrarouge ainsi que la diffraction des rayons X. Une autre approche employée pour obtenir de meilleures propriétés spectroscopiques fut la synthèse de dendrimères métalliques de génération 0. Un nouveau ligand de type 1,3,5-triazine a été synthétisé par une réaction typique de cyclisation de nitrile en présence catalytique d’hydrure de sodium. Des espèces mono-, bis- et trinucléaire de Ru(II) furent synthétisés ainsi que deux espèces hétérométalliques de Ru(II)/Pt(II) et de Ru(II)/Os(II). Tous les complexes obtenus furent caractérisés par spectroscopie à résonance magnétique nucléaire (1H, 13C{1H} et Cosy) à l’état liquide, par spectroscopie de masse à haute résolution et par analyse élémentaire. La génération de dihydrogène à partir de l’espèce hétérométallique a été étudiée. Les propriétés optiques et électroniques ont été analysées par spectroscopie UV-Vis, par analyse de la luminescence, du temps de vie de luminescence, par des analyses de rendement quantique ainsi que par des analyses de voltampérométrie cyclique à balayage. Finalement, dans le but d’améliorer les propriétés spectroscopiques d’absorption de complexes métalliques, nous avons synthétisé une série de polymères homo- et hétérométalliques, intégrant des ligands de type bis(2,2’:6,2’’-terpyridine). Les complexes générés furent caractérisés par diverses techniques tel que la spectroscopie à résonance magnétique nucléaire (1H, 13C{1H} et Cosy) à l’état liquide, par spectroscopie de masse à haute résolution ainsi que par analyse élémentaire. Les propriétés optiques et électroniques ont été analysées par spectroscopie UV-Vis, par analyse de la luminescence, du temps de vie de luminescence, par des analyses de rendement quantique ainsi que par des analyses de voltampérométrie cyclique à balayage.

Facteurs socioéconomiques associés à l’usage des médicaments psychotropes chez les hommes et les femmes âgés de 65 à 74 ans vivant dans la communauté : l’étude internationale sur la mobilité des personnes âgées (IMIAS).

Objectif de l’étude : Estimer l'association entre la position socioéconomique et l'utilisation des médicaments psychotropes dans cinq populations différentes chez les personnes âgées de 65-74 ans. Méthode : L'échantillon d'étude était composé de 1995 personnes avec des données issues de la première vague de collecte de 2012 faite par l’International Mobility in Aging Study (IMIAS). Il se composait de 401 participants de Saint- Hyacinthe (Québec), 398 de Kingston (Ontario), 394 personnes âgées de Tirana (Albanie), 400 de Manizales (Colombie) et 402 de Natal (Brésil). Tous les médicaments psychotropes consommés pendant les 15 derniers jours ont été identifiés au cours d'une visite à domicile et codés selon la classification ATC. Les médicaments psychotropes inclus étaient les anxiolytiques, sédatifs et hypnotiques (ASH), les antidépresseurs (ADP) et les analgésiques/antiépileptiques/antiParkinson (AEP). Les associations entre la prévalence de la consommation des médicaments psychotropes et l'éducation, le revenu et l’occupation ont été estimés avec des ratios de prévalence (RP) obtenus en ajustant une régression de Poisson et en utilisant le modèle comportemental de Andersen et Newman sur l'utilisation des services de santé et en contrôlant les besoins (les maladies chroniques et la dépression), les facteurs prédisposants (âge et sexe) ainsi que les facteurs facilitants (en utilisant le site d'étude en tant que mandataire des facteurs lié au système de santé et à l'environnement). Résultats : Les personnes âgées vivant dans les sites canadiens consommaient plus de médicaments psychotropes que celles vivant dans les sites à l'extérieur du Canada, elles consommaient moins d’ASH à Manizales et ne consommaient pas d’ADP en Albanie. Les inégalités socioéconomiques varient selon les sites. Dans les sites canadiens, le faible niveau socioéconomique était associée à une plus grande consommation de médicaments psychotropes : en particulier, les personnes à faible niveau d’instruction consommaient plus d’antidépresseurs et celles à faible revenu consommaient plus d’AEP. Dans les sites de recherche d'Amérique latine, les personnes âgées de niveau d’instruction et de revenu élevé consommaient plus antidépresseurs et celles avec des occupations manuelles consommaient plus d’analgésiques/antiépileptiques/antiParkinson. À Tirana (Albanie), il n'y avait pas de consommation de médicaments antidépresseurs, mais la consommation d’ASH était plus élevée chez les personnes à faible revenu. Les analyses multivariées du modèle final cache les différences entre les sites qui se sont révélées dans les analyses spécifiques au niveau du Canada, de l’Amérique Latine et d’Albanie. Conclusion : Il existe des inégalités socioéconomiques liées à la consommation des médicaments psychotropes chez les personnes âgées. Ces inégalités varient selon les sites. L'utilisation des médicaments psychotropes était plus fréquente chez les personnes les moins instruites et les plus pauvres au Canada alors que l'inverse était vrai dans les sites d'Amérique latine. L'Albanie était caractérisée par une absence de consommation d'antidépresseurs alors qu’il y avait une plus grande utilisation des anxiolytiques, sédatifs et hypnotiques dans les groupes à faible revenu.

Modèle de confiance et ontologie probabiliste pilotés par réseaux bayésiens pour la gestion des accords de services dans l’environnement de services infonuagiques

L’infonuage est un nouveau paradigme de services informatiques disponibles à la demande qui a connu une croissance fulgurante au cours de ces dix dernières années. Le fournisseur du modèle de déploiement public des services infonuagiques décrit le service à fournir, le prix, les pénalités en cas de violation des spécifications à travers un document. Ce document s’appelle le contrat de niveau de service (SLA). La signature de ce contrat par le client et le fournisseur scelle la garantie de la qualité de service à recevoir. Ceci impose au fournisseur de gérer efficacement ses ressources afin de respecter ses engagements. Malheureusement, la violation des spécifications du SLA se révèle courante, généralement en raison de l’incertitude sur le comportement du client qui peut produire un nombre variable de requêtes vu que les ressources lui semblent illimitées. Ce comportement peut, dans un premier temps, avoir un impact direct sur la disponibilité du service. Dans un second temps, des violations à répétition risquent d'influer sur le niveau de confiance du fournisseur et sur sa réputation à respecter ses engagements. Pour faire face à ces problèmes, nous avons proposé un cadre d’applications piloté par réseau bayésien qui permet, premièrement, de classifier les fournisseurs dans un répertoire en fonction de leur niveau de confiance. Celui-ci peut être géré par une entité tierce. Un client va choisir un fournisseur dans ce répertoire avant de commencer à négocier le SLA. Deuxièmement, nous avons développé une ontologie probabiliste basée sur un réseau bayésien à entités multiples pouvant tenir compte de l’incertitude et anticiper les violations par inférence. Cette ontologie permet de faire des prédictions afin de prévenir des violations en se basant sur les données historiques comme base de connaissances. Les résultats obtenus montrent l’efficacité de l’ontologie probabiliste pour la prédiction de violation dans l’ensemble des paramètres SLA appliqués dans un environnement infonuagique.

La lutte pour la reconnaissance des Québécoises de 2e génération portant le voile

Ce mémoire vise à comprendre l’expérience de vie des jeunes Québécoises de 2e génération portant le voile islamique, qui ont vécu le débat sur la charte de la laïcité au Québec en 2012. Un des articles de ce projet de loi visait à interdire le port des signes religieux «ostentatoires» par les employés de la fonction publique. Une vague de protestation a animé les membres des minorités religieuses visées et une apparition, quoique marginale, des Québécois de 2e génération a commencé à émerger. À travers le concept de lutte pour la reconnaissance tel que théorisé par Honneth et celui de stigmate amené par Goffman et élaboré par Göle, j’ai tenté de comprendre l’expérience de lutte pour la reconnaissance entamée par des Québécoises porteuses d’un signe religieux stigmatisé. Le concept d’hybridité m’a permis également de comprendre la richesse identitaire de ces jeunes qui se manifeste notamment dans l’articulation de leurs revendications. J’ai ainsi mené 13 entrevues semi dirigées sur le mode du récit de vie avec des jeunes femmes âgées entre 19 et 27 ans, nées au Québec et portant le voile islamique.

Gouverner à plusieurs : la protection sociale au Canada et au Québec

Peu de fédérations ont autant de débats et de conflits que le Canada autour du respect de la division des pouvoirs et des revenus. La mise en œuvre de ces principes constitutionnels ne va en effet jamais de soi. Pour la protection sociale, ces interrogations mettent en cause respectivement le partage des compétences, la distribution des revenus dans la fédération, et les grandes orientations de politiques sociales à privilégier pour l’ensemble du pays et dans chaque province. C’est presque toujours le Québec qui se retrouve au cœur des tensions existentielles qui animent la fédération canadienne.

L’importance de la coopération de TRAF1 et LSP1 en aval du récepteur 4-1BB(CD137) pour la survie des lymphocytes

4-1BB (CD137) est un membre de la superfamille TNFR qui est impliqué dans la transmission des signaux de survie aux lymphocytes. TRAF1 est une protéine adaptatrice qui est recrutée par 4-1BB et autres TNFRs et est caractérisée par une expression très restreinte aux lymphocytes, cellules dendritiques et certaines cellules épithéliales. TRAF1 est nécessaire pour l’expansion et la survie des cellules T mémoire en présence d'agonistes anti-4-1BB in vivo. De plus, TRAF1 est requise en aval de 4-1BB pour activer (phosphoryler) la MAP kinase Erk impliquée dans la régulation de la molécule pro-apoptotique Bim. Suite à l’activation du récepteur 4-1BB, TRAF1 et ERK sont impliqués dans la phosphorylation de Bim et la modulation de son expression. L’activation et la régulation de TRAF1 et Bim ont un rôle important dans la survie des cellules T CD8 mémoires. Dans cette étude, nous avons utilisé une approche protéomique afin de pouvoir identifier de nouveaux partenaires de liaison de TRAF1. Utilisant cette stratégie, nous avons identifié que LSP1 (Leukocyte Specific Protein 1) est recruté dans le complexe de signalisation 4-1BB de manière TRAF1 dépendante. Une caractérisation plus poussée de l’interaction entre TRAF1 et LSP1 a montré que LSP1 lie la région unique N-terminal de TRAF1 de façon indépendante de la région conservée C-terminal. À l’instar des cellules T déficientes en TRAF1, les cellules T déficientes en LSP1 ne sont pas capables d’activer ERK en aval de 4-1BB et par conséquent ne peuvent pas réguler Bim. Ainsi, TRAF1 et LSP1 coopèrent en aval de 4-1BB dans le but d’activer ERK et réguler en aval les niveaux de Bim dans les cellules T CD8. Selon la littérature, le récepteur 4-1BB n’est pas exprimé à la surface des cellules B murines, mais le récepteur 4-1BB favorise la prolifération et la survie des cellules B humaines. Cependant, il est important d'étudier l'expression du récepteur 4-1BB dans les cellules B murines afin de disposer d'un modèle murin et de prédire la réponse clinique à la manipulation de 4-1BB. En utilisant différentes stimulations de cellules B murines primaires, nous avons identifié que le récepteur 4-1BB est exprimé à la surface des cellules B de souris suite à une stimulation avec le LPS (Lipopolysaccharides). Une caractérisation plus poussée a montré que le récepteur 4-1BB est induit dans les cellules B murines d'une manière dépendante de TLR4 (Toll Like Receptor 4). Collectivement, notre travail a démontré que la stimulation avec le LPS induit l’expression du récepteur 4-1BB à la surface des cellules B murines, menant ainsi à l'induction de TRAF1. De plus, TRAF1 et LSP1 coopèrent en aval de 4-1BB pour activer la signalisation de la Map kinase ERK dans les cellules B murines de manière similaire aux cellules T. Les cellules B déficientes en TRAF1 et les cellules B déficientes en LSP1 ne sont pas en mesure d'activer la voie ERK en aval de 4-1BB et montrent un niveau d’expression du récepteur significativement diminué comparé aux cellules B d’une souris WT. Ainsi, TRAF1 et LSP1 sont nécessaires pour une expression maximale du récepteur 4-1BB à la surface cellulaire de cellules B murines et coopèrent en aval de 4-1BB afin d'activer la cascade ERK dans les cellules B murines.

La protection de la vie privée au temps de la biosécurité

Cette thèse s’intéresse à la protection de la vie privée informationnelle dans le contexte de la biosécurité. La biosécurité se définit comme le processus qui vise à prendre en charge, dans une optique de sécurité nationale, les menaces et dangers que représentent les épidémies de maladies infectieuses pour la santé des populations humaines et la sécurité de l’État. Notre projet remet en question l’idée selon laquelle la conduite des activités de surveillance de la santé publique implique nécessairement une diminution de la protection offerte aux renseignements personnels sur la santé. Nos recherches tendent à démontrer que la conciliation de la surveillance de la santé et la protection de la vie privée est non seulement possible, mais qu’elle est surtout nécessaire. Nous portons plus précisément notre attention sur le cas de la collecte et de l’utilisation de renseignements dépersonnalisés sur la santé par les systèmes de surveillance syndromique. Bien calibrée et soigneusement réglementée, cette forme novatrice et particulière de surveillance offrirait le double avantage de réduire les risques d’atteintes à la vie privée des individus et d’augmenter de manière considérable l’efficacité des capacités étatiques en matière de détection des épidémies.

Un cadre d'application pour la visualisation des métriques orientées objet

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Analyse des traces d'exécution pour la vérification des protocoles d'interaction dans les systèmes multiagents

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Étude du mécanisme impliqué dans la protection des spermatozoïdes de mammifères par le jaune d'oeuf

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Phase d'activation transitoire et analyse spectrale en sommeil : utilisation pour la qualification des mécanismes d'éveil chez l'enfant Tourette

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.