Les rétractations et leurs conséquences sur la carrière des coauteurs : analyse bibliométrique des fraudes et des erreurs dans le domaine biomédical

Ces dernières années, la découverte de fraudes scientifiques majeures a créé des ondes de choc dans la communauté scientifique. Le nombre annuel de rétractations a considérablement augmenté, et la plupart sont dues à des cas de fraude. Bien qu’il soit généralement pris pour acquis que tous les coauteurs sont affectés par ces rétractations, l’objectif de cette étude est de vérifier cette présupposition empiriquement. Nous avons recensé toutes les rétractations du domaine biomédical (443) de 1996 à 2006 dans PubMed et mesuré, à l’aide du Web of Science (WOS), la productivité, l’impact et les pratiques de collaboration des coauteurs (1 818) sur une période de cinq ans avant et après la rétractation. Nos résultats montrent que les rétractations ont des conséquences sur la carrière des coauteurs, surtout au niveau du nombre de publications des années subséquentes. Cet impact est plus grand dans les cas de fraude, et pour les premiers auteurs.

Couplage entre les régions IIS4S5 et IIIS6 lors de l’activation du canal calcique CaV3.2

Le canal calcique dépendant du voltage de type-T CaV3.2 joue un rôle important dans l’excitabilité neuronale et dans la perception de la douleur. Le canal CaV3.2 partage une grande homologie structurale et fonctionnelle avec les canaux NaV. Ces deux types de canaux sont activés par de faibles dépolarisations membranaires et possèdent des cinétiques de temps d’activation et d’inactivation plus rapides que les canaux CaV de type-L. Les structures cristallines à haute résolution des canaux bactériens NaVAb (Payandeh et al. 2011; Payandeh et al. 2012) et NaVRh (Zhang et al. 2012) suggèrent que l’hélice amphiphile S4S5 du domaine II peut être couplée avec les résidus de l’hélice S6 dans le domaine II ainsi qu’avec des résidus de l’hélice homologue dans le domaine adjacent, soit le domaine III, et ce, durant l’activation du canal. Pour déterminer les résidus fonctionnellement couplés, durant l’activation du canal CaV3.2, une analyse cyclique de doubles mutants a été effectuée par substitution en glycine et alanine des résidus clés entre l’hélice S4S5 du domaine II et le segment S6 des domaines II et III. Les propriétés biophysiques ont été mesurées à l’aide de la technique de « cut-open » sur les ovocytes. Les énergies d’activation ont été mesurées pour 47 mutations ponctuelles et pour 14 paires de mutants. De grandes énergies de couplage (ΔΔGinteract > 2 kcal mol-1) ont été observées pour 3 paires de mutants introduites dans les IIS4S5/IIS6 et IIS4S5/IIIS6. Aucun couplage significatif n’a été observé entre le IIS4S5 et le IVS6. Nos résultats semblent démontrer que les hélices S4S5 et S6 provenant de deux domaines voisins sont couplées durant l’activation du canal calcique de type-T CaV3.2.

Étude de la Structure-Fonction du Prosegment et du domaine CHRD de la PCSK9 humaine

L’excès des particules de LDL dans le sang constitue un facteur de risque majeur dans le développement des maladies cardiovasculaires. Dans ce contexte, nous étudions la protéine PCSK9 qui favorise directement ce facteur de risque. Cette protéine est sécrétée en majorité au niveau du foie par les hépatocytes et possède la capacité de reconnaître et de lier le récepteur LDLR. Le rôle premier de ce dernier est d’éliminer les particules de LDL circulant dans le plasma. Ainsi, lorsque la PCSK9 forme un complexe avec le LDLR et l’amène à la dégradation, la conséquence directe de la diminution des ces récepteurs est une accumulation malsaine des particules LDL dans le plasma. L’importante implication de la PCSK9 dans le métabolisme des lipides nous a menés vers des recherches de caractérisation de cette protéine ainsi que dans l’étude de son mode d’action. La PCSK9 est composée de trois domaines et notre intérêt s’est porté sur l’étude structure-fonction des deux domaines dont la fonction était inconnue, soit le domaine en N-terminal : le prodomaine et de son domaine en C-terminal : CHRD. Le premier article présenté dans cette thèse révèle l’importance d’une région acide (acide aminés 33-58) régulatrice de l’activité de la PCSK9 localisée en N-terminal du prodomaine ainsi que l’effet du pH acide, équivalent à celui des endosomes tardifs, qui accroît la capacité de la PCSK9 à induire la dégradation du LDLR. Le deuxième article dissèque davantage la structure de la PCSK9 et met en lumière la différence des prérequis structurels de la région ‘’Hinge’’ ainsi que du module M2, composant du domaine CHRD, dans la voie intracellulaire et la voie extracellulaire d’activité de la PCSK9. La mutation R434W localisée dans la région ‘’Hinge’’ résulte dans une inhibition totale de l’activité intracellulaire de la PCSK9 tandis que son activité extracellulaire est réduite à ~70%. Contrairement, la perte du module M2 du domaine CHRD est bien tolérée par la PCSK9 lors de son activité intracellulaire mais totalement inhibitrice pour son activité extracellulaire. Le troisième article se distingue en présentant une nouvelle stratégie d’inhibition de l’activité de la PCSK9 en utilisant une chimère composée de la fraction Fc de l’immunoglobuline IgG1 humaine couplée avec le prodomaine de la PCSK9. La protéine fusion Fcpro lie directement la PCSK9, crée un encombrement structurel qui résulte dans une régulation négative l’activité de la PCSK9. En résumé, nous présentons dans cette thèse, trois manuscrits qui apportent une contribution à la connaissance des composantes structurelles de la PCSK9 et leur implication dans le rôle de la protéine en tant que régulateur négatif du LDLR.

La nature des représentations sociales des enseignantes du primaire à l’égard du domaine de l’univers social et de son enseignement : étude de cas à la Commission scolaire de l’Or-et-des-Bois.

Cette recherche vise à mettre en lumière la nature des représentations sociales des enseignantes du primaire au sein d’une commission scolaire québécoise à l’égard des disciplines liées au domaine de l’univers social, et aussi de l’enseignement de celles-ci. La recherche a pris naissance à la suite de nombreuses interventions dans les classes du primaire en tant que superviseur de stage et de discussions avec les enseignantes relatives à l’enseignement des sciences humaines. Ce projet repose ses fondements sur le constat suivant : l’apprentissage au primaire des savoirs et des compétences en univers social est déficient et ne répond pas complètement aux attentes prescrites par le ministère de l’Éducation, du Loisir et du Sport. Les enseignantes du primaire n’enseignent que très peu les savoirs et les compétences en univers social au Québec; ainsi, les élèves arrivent peu outillés au secondaire. Des recherches antérieures ont permis de cibler certains facteurs permettant d’expliquer cet état de fait. Or, nous supposions qu’il existait d’autres raisons pouvant expliquer ce phénomène et nous croyions que l’analyse des représentations sociales des enseignantes pourrait apporter des informations importantes dans l’analyse de cette problématique. Cette analyse des représentations sociales est basée sur les travaux et les théories relatives au noyau central (Abric, 1994a). Elle fut construite autour d’une recherche exploratoire au sein d’une commission scolaire en région où 21 enseignantes ont été interviewées. Utilisant une méthodologie qualitative avec une approche s’adressant plus particulièrement aux sciences de l’éducation (Merriam, 1998), les résultats de la recherche nous permettent d’identifier trois facteurs déterminants dans la création des représentations sociales des enseignantes à l’égard de l’histoire, de la géographie et de l’éducation à la citoyenneté. Ces facteurs amènent également les enseignantes à modeler leurs approches pédagogiques et didactiques quant à l’enseignement de l’univers social au primaire. Cette recherche a d’ailleurs permis de mieux comprendre la création des représentations sociales des enseignantes quant aux disciplines associées aux sciences humaines et permis de cibler plusieurs facteurs déterminants de cette réticence à enseigner cette matière aux élèves.

Méthodologie de conversion de dictionnaires spécialisés en dictionnaires d’apprentissage : application au domaine de l’informatique

This work describes a methodology for converting a specialized dictionary into a learner’s dictionary. The dictionary to which we apply our conversion method is the DiCoInfo, Dictionnaire fondamental de l’informatique et de l’Internet. We focus on changes affecting the presentation of data categories. What is meant by specialized dictionary for learners, in our case, is a dictionary covering the field of computer science and Internet meeting our users’ needs in communicative and cognitive situations. Our dictionary is aimed at learners’ of the computing language. We start by presenting a detailed description of four dictionaries for learners. We explain how the observations made on these resources have helped us in developing our methodology.In order to develop our methodology, first, based on Bergenholtz and Tarp’s works (Bergenholtz 2003; Tarp 2008; Fuertes Olivera and Tarp 2011), we defined the type of users who may use our dictionary. Translators are our first intended users. Other users working in the fields related to translation are also targeted: proofreaders, technical writers, interpreters. We also determined the use situations of our dictionary. It aims to assist the learners in solving text reception and text production problems (communicative situations) and in studying the terminology of computing (cognitive situations). Thus, we could establish its lexicographical functions: communicative and cognitive functions. Then, we extracted 50 articles from the DiCoInfo to which we applied a number of changes in different aspects: the layout, the presentation of data, the navigation and the use of multimedia. The changes were made according to two fundamental parameters: 1) simplification of the presentation; 2) lexicographic functions (which include the intended users and user’s situations). In this way, we exploited the widgets offered by the technology to update the interface and layout. Strategies have been developed to organize a large number of lexical links in a simpler way. We associated these links with examples showing their use in specific contexts. Multimedia as audio pronunciation and illustrations has been used.

Étude de l'oligomérisation et de la fonction de canaux ioniques par spectroscopie de fluorescence et fluorométrie en voltage imposé

La fonction des canaux ioniques est finement régulée par des changements structuraux de sites clés contrôlant l’ouverture du pore. Ces modulations structurales découlent de l’interaction du canal avec l’environnement local, puisque certains domaines peuvent être suffisamment sensibles à des propriétés physico-chimiques spécifiques. Les mouvements engendrés dans la structure sont notamment perceptibles fonctionnellement lorsque le canal ouvre un passage à certains ions, générant ainsi un courant ionique mesurable selon le potentiel électrochimique. Une description détaillée de ces relations structure-fonction est cependant difficile à obtenir à partir de mesures sur des ensembles de canaux identiques, puisque les fluctuations et les distributions de différentes propriétés individuelles demeurent cachées dans une moyenne. Pour distinguer ces propriétés, des mesures à l’échelle de la molécule unique sont nécessaires. Le but principal de la présente thèse est d’étudier la structure et les mécanismes moléculaires de canaux ioniques par mesures de spectroscopie de fluorescence à l’échelle de la molécule unique. Les études sont particulièrement dirigées vers le développement de nouvelles méthodes ou leur amélioration. Une classe de toxine formeuse de pores a servi de premier modèle d’étude. La fluorescence à l’échelle de la molécule unique a aussi été utilisée pour l’étude d’un récepteur glutamate, d’un récepteur à la glycine et d’un canal potassique procaryote. Le premier volet porte sur l’étude de la stœchiométrie par mesures de photoblanchiment en temps résolu. Cette méthode permet de déterminer directement le nombre de monomères fluorescents dans un complexe isolé par le décompte des sauts discrets de fluorescence suivant les événements de photoblanchiment. Nous présentons ici la première description, à notre connaissance, de l’assemblage dynamique d’une protéine membranaire dans un environnement lipidique. La toxine monomérique purifiée Cry1Aa s’assemble à d’autres monomères selon la concentration et sature en conformation tétramérique. Un programme automatique est ensuite développé pour déterminer la stœchiométrie de protéines membranaires fusionnées à GFP et exprimées à la surface de cellules mammifères. Bien que ce système d’expression soit approprié pour l’étude de protéines d’origine mammifère, le bruit de fluorescence y est particulièrement important et augmente significativement le risque d’erreur dans le décompte manuel des monomères fluorescents. La méthode présentée permet une analyse rapide et automatique basée sur des critères fixes. L’algorithme chargé d’effectuer le décompte des monomères fluorescents a été optimisé à partir de simulations et ajuste ses paramètres de détection automatiquement selon la trace de fluorescence. La composition de deux canaux ioniques a été vérifiée avec succès par ce programme. Finalement, la fluorescence à l’échelle de la molécule unique est mesurée conjointement au courant ionique de canaux potassiques KcsA avec un système de fluorométrie en voltage imposé. Ces enregistrements combinés permettent de décrire la fonction de canaux ioniques simultanément à leur position et densité alors qu’ils diffusent dans une membrane lipidique dont la composition est choisie. Nous avons observé le regroupement de canaux KcsA pour différentes compositions lipidiques. Ce regroupement ne paraît pas être causé par des interactions protéine-protéine, mais plutôt par des microdomaines induits par la forme des canaux reconstitués dans la membrane. Il semble que des canaux regroupés puissent ensuite devenir couplés, se traduisant en ouvertures et fermetures simultanées où les niveaux de conductance sont un multiple de la conductance « normale » d’un canal isolé. De plus, contrairement à ce qui est actuellement suggéré, KcsA ne requiert pas de phospholipide chargé négativement pour sa fonction. Plusieurs mesures indiquent plutôt que des lipides de forme conique dans la phase cristalline liquide sont suffisants pour permettre l’ouverture de canaux KcsA isolés. Des canaux regroupés peuvent quant à eux surmonter la barrière d’énergie pour s’ouvrir de manière coopérative dans des lipides non chargés de forme cylindrique.

Le développement et la mise à l’essai d’une formation sur l’évaluation et la gestion du risque de violence à l’aide de la grille DASAfr. auprès d’intervenants dans le domaine de la psychiatrie légale

Rapport de stage présenté à la Faculté des sciences infirmières en vue de l'obtention du grade de Maître ès sciences (M.Sc.) en sciences infirmières option formation

Les approches de synthèse exploratoire dans le domaine de la santé

Contexte: Les approches de synthèse exploratoire (ou scoping studies) font actuellement l’objet de confusion dans leur appellation, définition et but. Elles continuent aussi de manquer de description méthodologique suffisante ou de détails sur le processus de l’analyse de données. Objectif : Cette synthèse exploratoire fait le point des connaissances sur les approches de synthèse exploratoire utilisées en santé. Plus spécifiquement, ses objectifs sont : 1) d’examiner le volume et l’étendue des synthèses exploratoires ainsi que les domaines d’étude dans lesquels elles ont été conduites; 2) de faire l’inventaire de leurs définitions, buts, forces et faiblesses; et 3) et de faire l’inventaire des approches méthodologiques existantes. Méthodes : Une recherche systématique des synthèses exploratoires a été entreprise jusqu’en avril 2014 dans les bases de données Medline, PubMed, ERIC, PsycINFO, CINAHL, EMBASE, EBM Reviews/Cochrane. Des critères d’inclusion et d’exclusion ont été appliqués afin de ne retenir que des études de langue française et anglaise présentant des définitions, méthodes et écarts de connaissances sur les synthèses exploratoires, ainsi que celles les comparant à d’autres types de revues de littérature. Deux reviseurs ont examiné de façon indépendante les références pertinentes. Une grille d’extraction des données a été conçue afin de recueillir pour chacune des études, les données contextuelles, les étapes méthodologiques ainsi que les définitions, buts et limites des synthèses exploratoires. Les données ont été répertoriées et classées afin de dresser un portrait global des approches de synthèses exploratoires dans un format narratif et tabulaire. Résultats : Sur deux cent cinquante-deux références identifiées, quatre-vingt-douze références pertinentes ont été retenues. Les synthèses exploratoires ont été publiées par 6 pays dans 10 domaines d’études et 73 journaux. Elles ont pour finalité d’être à la fois un support aux connaissances, une aide à la décision et un préalable à une revue systématique de littérature. Cinq auteurs ont été cités en référence et huit autres ont publié sur leur méthodologie. Elles ont 3 étapes importantes de réalisation dont la revue de littérature, la consultation des parties prenantes et la synthèse globale avec ou sans validation des résultats. Les synthèses exploratoires utilisent une méthode systématique, pas toujours exhaustive et sans évaluation formelle des études incluses Des notions claires portant sur leur définition, buts, forces et faiblesses ont été identifiées. Conclusion : Nous suggérons que de nouvelles études soient entreprises afin d’asseoir complètement cette méthode et dégager des lignes directrices pour les chercheurs qui s’y intéresseront.

Développement et caractérisation de dérivés dipyrrométhène pour des applications dans le domaine du photovoltaïque

Ce projet de recherche mené en collaboration industrielle avec St-Jean Photochimie Inc. / PCAS Canada vise le développement et la caractérisation de dérivés dipyrrométhène pour des applications dans le domaine du photovoltaïque. La quête du récoltage des photons se situant dans le proche-infrarouge a été au centre des modifications structurales explorées afin d’augmenter l’efficacité de conversion des cellules solaires de type organique et à pigments photosensibles. Trois familles de composés intégrant le motif dipyrrométhène ont été synthétisées et caractérisées du point de vue spectroscopique, électrochimique, structural ainsi que par modélisation moléculaire afin d’établir des relations structures-propriétés. La première famille comporte six azadipyrrométhènes au potentiel de coordination tétradentate sur des centres métalliques. Le développement d’une nouvelle voie synthétique asymétrique combinée à l’utilisation d’une voie symétrique classique ont permis d’obtenir l’ensemble des combinaisons de substituants possibles sur les aryles proximaux incluant les noyaux 2-hydroxyphényle, 2-méthoxyphényle et 2- pyridyle. La modulation du maximum d’absorption dans le rouge a pu être faite entre 598 et 619 nm. De même, la présence de groupements méthoxyle ou hydroxyle augmente l’absorption dans le violet (~410 nm) tel que démontré par modélisation. La caractérisation électrochimique a montré que les dérivés tétradentates étaient en général moins stables aux processus redox que leur contre-parti bidentate. La deuxième famille comporte dix dérivés BODIPY fusionnés de façon asymétrique en position [b]. L’aryle proximal a été modifié de façon systématique afin de mieux comprendre l’impact des substituents riches en électron et de la fusion de cycles aromatiques. De plus, ces dérivés ont été mis en relation avec une vaste série de composés analogues. Les résultats empiriques ont montré que les propriétés optoélectroniques de la plateforme sont régies par le degré de communication électronique entre l’aryle proximal, le pyrrole sur lequel il est attaché et le noyau indolique adjacent à ce dernier. Les maximums d’absorption dans le rouge sont modulables entre 547 et 628 nm et la fluorescence des composés se situe dans le proche- infrarouge. L’un des composé s’est révélé souhaitable pour une utilisation en photovoltaïque ainsi qu’à titre de sonde à pH. La troisième famille comporte cinq complexes neutres de RuII basés sur des polypyridines et portant un ligand azadipyrrométhène cyclométalé. Les composés ont montré une forte absorption de photons dans la région de 600 à 800 nm (rouge à proche- infrarouge) et qui a pu être étendue au-delà de 1100 nm dans le cas des dérivés portant un ligand terpyridine. L’analyse des propriétés optoélectroniques de façon empirique et théorique a montré un impact significatif de la cyclométalation et ouvert la voie pour leur étude en tant que photosensibilisateurs en OPV et en DSSC. La capacité d’un des complexes à photo-injecter un électron dans la bande de conduction du semi-conducteur TiO2 a été démontré en collaboration avec le groupe du Pr Gerald J. Meyer à University of North Carolina at Chapel Hill, premier pas vers une utilisation dans les cellules solaires à pigments photosensibles. La stabilité des complexes en solution s’est toutefois avérée problématique et des pistes de solutions sont suggérées basées sur les connaissances acquises dans le cadre de cette thèse.

Développement d'un curriculum et d'un modèle de l'apprenant orientés vers un domaine multidisciplinaire : l'informatique quantique

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

MyHouse : un système de négociation multi-critères dans le commerce électronique, appliqué au domaine du courtage immobilier

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Segmentation hiérarchique du domaine sémantique pour l'accélération d'un modèle de langage

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rôle des boucles interhélicales du domaine I dans la formation de pores transmembranaires par la toxine insecticide Cry1Aa du bacille de Thuringe

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Déterminants moléculaires de la sensibilité à la flécainide des canaux potassiques voltage dépendants

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Étude in vivo du rôle du domaine extracellulaire de la polycystine-1

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.