On Recurrent and Deep Neural Networks

L'apprentissage profond est un domaine de recherche en forte croissance en apprentissage automatique qui est parvenu à des résultats impressionnants dans différentes tâches allant de la classification d'images à la parole, en passant par la modélisation du langage. Les réseaux de neurones récurrents, une sous-classe d'architecture profonde, s'avèrent particulièrement prometteurs. Les réseaux récurrents peuvent capter la structure temporelle dans les données. Ils ont potentiellement la capacité d'apprendre des corrélations entre des événements éloignés dans le temps et d'emmagasiner indéfiniment des informations dans leur mémoire interne. Dans ce travail, nous tentons d'abord de comprendre pourquoi la profondeur est utile. Similairement à d'autres travaux de la littérature, nos résultats démontrent que les modèles profonds peuvent être plus efficaces pour représenter certaines familles de fonctions comparativement aux modèles peu profonds. Contrairement à ces travaux, nous effectuons notre analyse théorique sur des réseaux profonds acycliques munis de fonctions d'activation linéaires par parties, puisque ce type de modèle est actuellement l'état de l'art dans différentes tâches de classification. La deuxième partie de cette thèse porte sur le processus d'apprentissage. Nous analysons quelques techniques d'optimisation proposées récemment, telles l'optimisation Hessian free, la descente de gradient naturel et la descente des sous-espaces de Krylov. Nous proposons le cadre théorique des méthodes à région de confiance généralisées et nous montrons que plusieurs de ces algorithmes développés récemment peuvent être vus dans cette perspective. Nous argumentons que certains membres de cette famille d'approches peuvent être mieux adaptés que d'autres à l'optimisation non convexe. La dernière partie de ce document se concentre sur les réseaux de neurones récurrents. Nous étudions d'abord le concept de mémoire et tentons de répondre aux questions suivantes: Les réseaux récurrents peuvent-ils démontrer une mémoire sans limite? Ce comportement peut-il être appris? Nous montrons que cela est possible si des indices sont fournis durant l'apprentissage. Ensuite, nous explorons deux problèmes spécifiques à l'entraînement des réseaux récurrents, à savoir la dissipation et l'explosion du gradient. Notre analyse se termine par une solution au problème d'explosion du gradient qui implique de borner la norme du gradient. Nous proposons également un terme de régularisation conçu spécifiquement pour réduire le problème de dissipation du gradient. Sur un ensemble de données synthétique, nous montrons empiriquement que ces mécanismes peuvent permettre aux réseaux récurrents d'apprendre de façon autonome à mémoriser des informations pour une période de temps indéfinie. Finalement, nous explorons la notion de profondeur dans les réseaux de neurones récurrents. Comparativement aux réseaux acycliques, la définition de profondeur dans les réseaux récurrents est souvent ambiguë. Nous proposons différentes façons d'ajouter de la profondeur dans les réseaux récurrents et nous évaluons empiriquement ces propositions.

Éthique et acculturation. Positions de Montréalais d'origine congolaise sur l'interruption de grossesse.

Avec la participation de 38 Montréalais d'origine congolaise, dont 21 femmes et 17 hommes

De la réception filmique à la participation ludique : prolégomènes d’une étude sur l’énonciation vidéoludique

Ce mémoire étudie la dynamique communicationnelle et interactionnelle entre un joueur et un système de jeu par l’entremise des théories de l’énonciation et de la cognition. Par une analyse des jeux vidéo d’horreur en perspective à la première personne, il s’agit de conceptualiser une spirale heuristique de l’énonciation à partir des principes théoriques du Cycle Magique (Arsenault et Perron, 2009). Le propos se focalise sur la manière dont le joueur expérimente et traite les propositions ludiques et les propositions ludodiégétiques. L’intérêt est d’observer comment la valeur réflexive des marques de jeu et des marques de jouabilité sert à départager des relations d’attribution entre des formulations énonciatives (textuelles, verbales, visuelles, sonores ou procédurales) et des agents énonciatifs. Cette recherche rend compte, d’une part, de la gestion cognitive des faits énonciatifs et, d’autre part, de la modulation de leurs valeurs d’immédiateté-hypermédiateté et de leurs rapports de liaison/déliaison avec les agents énonciatifs. Il est expliqué que cette activité cognitive du joueur dirige la schématisation d’attitudes interactionnelles servant à structurer la signification – ludique ou narrative – des propositions ludiques générées au cours de l’activité de jeu. L’analyse cible des processus de mise en phase performative et de mise en phase méta-systémique ludique permettant la détermination de vecteurs d’immersion. En fonction du caractère d’opacité ou de transparence des vecteurs, il est question d’indiquer comment la posture d’expérience du joueur oscille entre un continuum immersif qui polarise une expérience systémique et une expérience diégétisée.

La conversion entre intimité et publicité : essai d'imagination sociologique

Avec ce mémoire, j’ai souhaité cerner ce qui serait le propre d’une conversion, soit ce que j’ai appelé un processus de trans-formation. Avec ce concept original, j’ai voulu orienter le regard de l’observateur vers les points de basculement de l’intimité à la publicité qui caractérisent les conversions. Pour ce faire, il m’est apparu fertile de mobiliser et de réhabiliter l’étude des valeurs, un thème classique en sociologie. Des valeurs portées par des individus aux valeurs publiques, la notion de « valeur » recèle le potentiel heuristique nécessaire pour étudier les conversions à différentes échelles d’analyse et par-delà des qualifications a priori religieuses, politiques, sexuelles, etc. Avec cette perspective théorique pragmatique inspirée par Dewey et articulée à la sensibilité aux positions sociales des cultural studies, je me suis donné les moyens d’analyser la façon dont change au cours d’une vie ce à quoi les gens tiennent. Cette représentation dynamique de la conversion vient ajouter des éléments de compréhension à un phénomène trop souvent appréhendé à la lumière de « lectures préférées » modernes et coloniales qui demandaient à être subverties pour redonner place à l’exercice de l’imagination sociologique. Les apports du concept de trans-formation sont illustrés à partir de la comparaison de quatre études de cas individuels : Paul Claudel, un écrivain converti au catholicisme ; Michelle Blanc, une transsexuelle québécoise ; Joe Loya, un Mexican American qui modifie ses conceptions du bien et du mal en isolement carcéral ; et Mlle Pigut qui est devenue « vegan ».

Quand _Refus global_ devient "Refus global" : l'histoire d'une réception partielle

Refus global, le recueil, n’est pas « Refus global », le texte rédigé par Paul-Émile Borduas et cosigné par 15 membres du groupe automatiste. Partant de cette distinction entre le recueil automatiste et son texte éponyme et du constat selon lequel la partie éclipse le tout dans le discours critique, cette thèse a pour objectif d’expliquer l’occultation du recueil dans l’histoire sociale et artistique québécoise. À partir de l’étude de la réception de 1948 à 2008, j’interroge la constitution du récit commun entourant l’œuvre, duquel le recueil est exclu. Il s’agit donc de mettre au jour les obstacles qui se sont présentés dans le parcours de réception du recueil, nuisant à la formation d’un discours unifié et cohérent à son sujet et l’empêchant de s’inscrire dans l’histoire. Dégagés de l’étude du corpus composé de 639 objets sémiotiques secondaires (OSS, selon le concept proposé par Brigitte Louichon), les obstacles à la réception du recueil relèvent à la fois de facteurs pragmatiques, telles la composition hétérogène de l’œuvre ou sa disponibilité; de facteurs institutionnels ou historiographiques, comme la disciplinarisation du champ culturel ou l’impact du récit de la Révolution tranquille sur l’histoire littéraire; et de facteurs humains, reposant sur le rôle des auteurs et de certains critiques dans l’accueil réservé à l’œuvre. Les différentes étapes de la réception sont ainsi considérées : de l’horizon d’attente (Jauss) à la réception productive (Link), en passant par la publication, les premières critiques, les rééditions, les lectures savantes, l’historicisation et l’entrée de l’œuvre dans la mémoire à titre de symbole ou d’hypotexte. Or, plutôt qu’à ce parcours de réception exemplaire, c’est son envers qui est interrogé ici, c’est-à-dire les difficultés et les déviations de la réception du recueil Refus global. Cette thèse est divisée en trois parties. La première, théorique et méthodologique, situe mon propos dans les domaines de l’histoire culturelle et des études de réception, et présente diverses considérations concernant la constitution du corpus et le traitement des données. La deuxième aborde l’horizon d’attente et la première réception, moment crucial pour la survie de l’œuvre, comme l’ont montré Hans Robert Jauss et Daniel Chartier. On y observe notamment l’effet de verrou (Cambron) qu’a le renvoi de Borduas sur la constitution du récit de réception, de même que les critères éthiques et esthétiques en fonction desquels s’est opérée la hiérarchisation des composantes du recueil. La troisième partie couvre la réception subséquente (1950-2008). À l’étude des obstacles empêchant l’intégration du recueil dans l’histoire s’ajoute alors l’étude des réceptions parallèles, parcellaires et autonomes dont a bénéficié Refus global pour survivre – ponctuellement et partiellement – en dehors du récit commun formé autour de « Refus global ». Avec les différentes catégories d’OSS (directs, indirects, hypertextuels, métacritiques et parcellaires), ces trois types de réception font partie des outils heuristiques développés dans le but d’expliquer la réception partielle dont a fait l’objet le recueil. Selon l’approche quantitative et environnementaliste de l’histoire culturelle, Refus global est envisagé comme un microcosme de la culture, dans lequel certaines œuvres sont retenues et d’autres négligées. L’analyse d’un corpus critique large et varié permet ainsi de saisir non seulement les phénomènes conduisant à la consécration du texte éponyme ou à l’oubli relatif du recueil, mais aussi les tendances critiques, les parutions marginales, les critiques isolées, etc. qui, enfouies dans les angles morts de la réception, offrent au recueil et à ses composantes des voies de contournement du discours dominant. En somme, l’étude de la réception du recueil Refus global a permis à la fois de déplacer la focalisation critique depuis « Refus global » vers Refus global, de développer des outils pour envisager la réception d’œuvres marginalisées et de mettre en évidence des critères privilégiés dans la constitution de l’histoire et de la mémoire culturelles québécoises depuis 1948.

Assessment of meat authenticity using bioinformatics, targeted peptide biomarkers and high-resolution mass spectrometry

In recent years, we observed a significant increase of food fraud ranging from false label claims to the use of additives and fillers to increase profitability. Recently in 2013, horse and pig DNA were detected in beef products sold from several retailers. Mass spectrometry has become the workhorse in protein research and the detection of marker proteins could serve for both animal species and tissue authentication. Meat species authenticity will be performed using a well defined proteogenomic annotation, carefully chosen surrogate tryptic peptides and analysis using a hybrid quadrupole-Orbitrap mass spectrometer. Selected mammalian meat samples were homogenized, proteins were extracted and digested with trypsin. The samples were analyzed using a high-resolution mass spectrometer. The chromatography was achieved using a 30 minutes linear gradient along with a BioBasic C8 100 × 1 mm column at a flow rate of 75 µL/min. The mass spectrometer was operated in full-scan high resolution and accurate mass. MS/MS spectra were collected for selected proteotypic peptides. Muscular proteins were methodically analyzed in silico in order to generate tryptic peptide mass lists and theoretical MS/MS spectra. Following a comprehensive bottom-up proteomic analysis, we were able to detect and identify a proteotypic myoglobin tryptic peptide [120-134] for each species with observed m/z below 1.3 ppm compared to theoretical values. Moreover, proteotypic peptides from myosin-1, myosin-2 and -hemoglobin were also identified. This targeted method allowed a comprehensive meat speciation down to 1% (w/w) of undesired product.

Utilisation d’agrafes chirurgicales dans le suivi de tumeurs hépatiques appliquée à des traitements de radiochirurgie stéréotaxique par CyberKnife

Des avancements récents dans le domaine de la radiothérapie stéréotaxique permettent à un nombre grandissant de patients de recevoir un traitement non-invasif pour le cancer du foie. L’une des méthodes utilisées consiste à suivre le mouvement de la tumeur à l’aide de marqueurs radio-opaques insérés dans le foie grâce au système de suivi de l’appareil de traitement CyberKnife. Or, l’insertion de ces marqueurs est parfois trop invasive pour certains patients souffrant de maladie du foie avancée. Ces patients ont souvent un historique de chirurgie qui permet d’utiliser les agrafes chirurgicales déjà présentes dans leur foie dans le but de suivre leur tumeur. Cette nouvelle approche au traitement des tumeurs du foie est investiguée dans cette étude afin d’en déterminer les paramètres optimaux pour une meilleure pratique thérapeutique. L’expérimentation sur fantôme anthropomorpique a permis de conclure que le contraste des agrafes dans leur milieu augmente lors de l’augmentation des paramètres d’imagerie (kilovoltage et milliampérage de l’appareil de radiographie). D’autre part, l’erreur commise par le système CyberKnife dans l’identification des agrafes pour le suivi a été mesurée comme étant supérieure à celle sur l’emplacement des marqueurs radiologiques de platine (environ 1 mm contre moins de 1 mm). Cette erreur est considérée comme acceptable dans le contexte de ce type de traitement particulier. Enfin, une analyse gamma de l’impact dosimétrique du suivi par agrafes a montré qu’il était approximativement équivalent à celui par marqueurs de platine. De ces observations on conclue que le traitement des tumeurs du foie avec suivi des agrafes chirurgicales est valide et peut être amélioré suivant certaines recommandations cliniques.

Modèles et méthodes pour la planification de la récolte forestière

Ce projet de recherche a été réalisé avec la collaboration de FPInnovations. Une part des travaux concernant le problème de récolte chilien a été effectuée à l'Instituto Sistemas Complejos de Ingeniería (ISCI) à Santiago (Chili).