L’utilisation de la polarimétrie radar et de la décomposition de Touzi pour la caractérisation et la classification des physionomies végétales des milieux humides : le cas du Lac Saint-Pierre.

Les milieux humides remplissent plusieurs fonctions écologiques d’importance et contribuent à la biodiversité de la faune et de la flore. Même s’il existe une reconnaissance croissante sur l’importante de protéger ces milieux, il n’en demeure pas moins que leur intégrité est encore menacée par la pression des activités humaines. L’inventaire et le suivi systématique des milieux humides constituent une nécessité et la télédétection est le seul moyen réaliste d’atteindre ce but. L’objectif de cette thèse consiste à contribuer et à améliorer la caractérisation des milieux humides en utilisant des données satellites acquises par des radars polarimétriques en bande L (ALOS-PALSAR) et C (RADARSAT-2). Cette thèse se fonde sur deux hypothèses (chap. 1). La première hypothèse stipule que les classes de physionomies végétales, basées sur la structure des végétaux, sont plus appropriées que les classes d’espèces végétales car mieux adaptées au contenu informationnel des images radar polarimétriques. La seconde hypothèse stipule que les algorithmes de décompositions polarimétriques permettent une extraction optimale de l’information polarimétrique comparativement à une approche multipolarisée basée sur les canaux de polarisation HH, HV et VV (chap. 3). En particulier, l’apport de la décomposition incohérente de Touzi pour l’inventaire et le suivi de milieux humides est examiné en détail. Cette décomposition permet de caractériser le type de diffusion, la phase, l’orientation, la symétrie, le degré de polarisation et la puissance rétrodiffusée d’une cible à l’aide d’une série de paramètres extraits d’une analyse des vecteurs et des valeurs propres de la matrice de cohérence. La région du lac Saint-Pierre a été sélectionnée comme site d’étude étant donné la grande diversité de ses milieux humides qui y couvrent plus de 20 000 ha. L’un des défis posés par cette thèse consiste au fait qu’il n’existe pas de système standard énumérant l’ensemble possible des classes physionomiques ni d’indications précises quant à leurs caractéristiques et dimensions. Une grande attention a donc été portée à la création de ces classes par recoupement de sources de données diverses et plus de 50 espèces végétales ont été regroupées en 9 classes physionomiques (chap. 7, 8 et 9). Plusieurs analyses sont proposées pour valider les hypothèses de cette thèse (chap. 9). Des analyses de sensibilité par diffusiogramme sont utilisées pour étudier les caractéristiques et la dispersion des physionomies végétales dans différents espaces constitués de paramètres polarimétriques ou canaux de polarisation (chap. 10 et 12). Des séries temporelles d’images RADARSAT-2 sont utilisées pour approfondir la compréhension de l’évolution saisonnière des physionomies végétales (chap. 12). L’algorithme de la divergence transformée est utilisé pour quantifier la séparabilité entre les classes physionomiques et pour identifier le ou les paramètres ayant le plus contribué(s) à leur séparabilité (chap. 11 et 13). Des classifications sont aussi proposées et les résultats comparés à une carte existante des milieux humide du lac Saint-Pierre (14). Finalement, une analyse du potentiel des paramètres polarimétrique en bande C et L est proposé pour le suivi de l’hydrologie des tourbières (chap. 15 et 16). Les analyses de sensibilité montrent que les paramètres de la 1re composante, relatifs à la portion dominante (polarisée) du signal, sont suffisants pour une caractérisation générale des physionomies végétales. Les paramètres des 2e et 3e composantes sont cependant nécessaires pour obtenir de meilleures séparabilités entre les classes (chap. 11 et 13) et une meilleure discrimination entre milieux humides et milieux secs (chap. 14). Cette thèse montre qu’il est préférable de considérer individuellement les paramètres des 1re, 2e et 3e composantes plutôt que leur somme pondérée par leurs valeurs propres respectives (chap. 10 et 12). Cette thèse examine également la complémentarité entre les paramètres de structure et ceux relatifs à la puissance rétrodiffusée, souvent ignorée et normalisée par la plupart des décompositions polarimétriques. La dimension temporelle (saisonnière) est essentielle pour la caractérisation et la classification des physionomies végétales (chap. 12, 13 et 14). Des images acquises au printemps (avril et mai) sont nécessaires pour discriminer les milieux secs des milieux humides alors que des images acquises en été (juillet et août) sont nécessaires pour raffiner la classification des physionomies végétales. Un arbre hiérarchique de classification développé dans cette thèse constitue une synthèse des connaissances acquises (chap. 14). À l’aide d’un nombre relativement réduit de paramètres polarimétriques et de règles de décisions simples, il est possible d’identifier, entre autres, trois classes de bas marais et de discriminer avec succès les hauts marais herbacés des autres classes physionomiques sans avoir recours à des sources de données auxiliaires. Les résultats obtenus sont comparables à ceux provenant d’une classification supervisée utilisant deux images Landsat-5 avec une exactitude globale de 77.3% et 79.0% respectivement. Diverses classifications utilisant la machine à vecteurs de support (SVM) permettent de reproduire les résultats obtenus avec l’arbre hiérarchique de classification. L’exploitation d’une plus forte dimensionalitée par le SVM, avec une précision globale maximale de 79.1%, ne permet cependant pas d’obtenir des résultats significativement meilleurs. Finalement, la phase de la décomposition de Touzi apparaît être le seul paramètre (en bande L) sensible aux variations du niveau d’eau sous la surface des tourbières ouvertes (chap. 16). Ce paramètre offre donc un grand potentiel pour le suivi de l’hydrologie des tourbières comparativement à la différence de phase entre les canaux HH et VV. Cette thèse démontre que les paramètres de la décomposition de Touzi permettent une meilleure caractérisation, de meilleures séparabilités et de meilleures classifications des physionomies végétales des milieux humides que les canaux de polarisation HH, HV et VV. Le regroupement des espèces végétales en classes physionomiques est un concept valable. Mais certaines espèces végétales partageant une physionomie similaire, mais occupant un milieu différent (haut vs bas marais), ont cependant présenté des différences significatives quant aux propriétés de leur rétrodiffusion.

Les stratégies d'intervention de l'Association des Paysans de Vallue (APV) dans le développement local

Ce mémoire porte sur le mouvement de l’Association des Paysans de Vallue (APV), qui a vu le jour après la chute de la dictature des Duvalier en Haïti en 1986. La recherche vise à cerner les stratégies mises en œuvre par l’APV dans le développement local, la portée et les impacts de ses initiatives locales sur les conditions de vie des paysans et sur leur relation avec le territoire de Vallue. Elle vise également à identifier les modes de participation des paysans dans la dynamique de développement local qui est implantée par l’APV à Vallue. Après avoir présenté une brève revue de littérature sur le développement local en Haïti, nous évoquons les problèmes confrontés par les paysans et les stratégies qu’ils ont développées en vue de trouver des moyens de survie. Pour comprendre et étudier l’expérience de l’APV à Vallue, nous nous sommes inspirés des perspectives théoriques portant sur le développement local et sur les stratégies d’intervention. La recherche est de type qualitatif ; elle est articulée autour de dix-sept (17) entretiens réalisés avec les vingt-et-un (21) participants recrutés à Vallue. Les résultats de la recherche indiquent que l’APV a su orchestrer des stratégies variées pour réaliser un développement qui est ancré localement et qui répond aux besoins des paysans. En misant sur l’éducation, la sensibilisation, la négociation, la concertation, le partenariat et en mobilisant des ressources locales et externes, l’APV a su réaliser des interventions qui provoquent tout un changement de mentalité et une conscience collective chez les paysans qui développent de nouvelles manières de faire dans l’éducation de leurs enfants et dans la protection de l’environnement de la zone. La route construite par l’association rend Vallue accessible et ouverte, ce qui facilite le développement et permet l’organisation d’une activité comme la foire de la montagne qui met en valeur les produits locaux et la culture locale. L’APV a su apporter des éléments de solution aux problèmes confrontés par les paysans et ses interventions ont des impacts sur leurs conditions de vie et sur leur relation avec le territoire de Vallue. Ils s’identifient mieux au territoire et développent toute une fierté par rapport à leur espace. En outre, la participation des paysans tant dans les élections, la prise de décision et les projets, constitue un élément important. Toutefois, cette participation comporte certaines limites liées au niveau d’éducation des membres de certains groupes. Enfin, il importe de souligner qu’à travers le dernier chapitre de la recherche nous dégageons les points de convergence et de divergence entre la partie théorique et la partie empirique.

Le Brésil et le MERCOSUR : étude des stratégies de recherche de l'autonomie et de la puissance

Ce mémoire a pour objet de recherche le Marché commun du Sud (MERCOSUR) et le Brésil. La problématique est de comprendre pourquoi les États membres du MERCOSUR ne sont pas, à ce jour, parvenus à la création d’un marché commun dans le Cône Sud. Pour ce faire, nous pensons qu’en plus des causes généralement admises dans la littérature (asymétries, divergences d’intérêts et obstacles au niveau économique), il faut davantage mettre l’accent sur l’augmentation de la puissance du Brésil et les stratégies de recherche de l’autonomie. Les hypothèses avancées sont les suivantes : (1) la stratégie de recherche de l’autonomie par la participation a favorisée la création ainsi que l’approfondissement du MERCOSUR durant ses premières années d’existence; (2) la montée en puissance du Brésil et la stratégie de recherche de l’autonomie par la diversification qui en découle ont réduit l’importance du MERCOSUR pour le Brésil et miné l’approfondissement de cette institution d’intégration économique. Pour ce faire, nous analyserons en parallèle les différentes stratégies de recherche de l’autonomie ainsi que l’évolution du MERCOSUR. Nous utiliserons le PIB comme principal indicateur économique afin de témoigner de la montée en puissance du Brésil entre 1990 et 2012.

Aménagement du cadre dans la psychothérapie de groupe d'orientation analytique auprès des adolescents

Essai doctoral présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l'obtention du grade de Doctorat (D.Psy.) en psychologie clinique

Différents procédés statistiques pour détecter la non-stationnarité dans les séries de précipitation

Ce mémoire a pour objectif de déterminer si les précipitations convectives estivales simulées par le modèle régional canadien du climat (MRCC) sont stationnaires ou non à travers le temps. Pour répondre à cette question, nous proposons une méthodologie statistique de type fréquentiste et une de type bayésien. Pour l'approche fréquentiste, nous avons utilisé le contrôle de qualité standard ainsi que le CUSUM afin de déterminer si la moyenne a augmenté à travers les années. Pour l'approche bayésienne, nous avons comparé la distribution a posteriori des précipitations dans le temps. Pour ce faire, nous avons modélisé la densité \emph{a posteriori} d'une période donnée et nous l'avons comparée à la densité a posteriori d'une autre période plus éloignée dans le temps. Pour faire la comparaison, nous avons utilisé une statistique basée sur la distance d'Hellinger, la J-divergence ainsi que la norme L2. Au cours de ce mémoire, nous avons utilisé l'ARL (longueur moyenne de la séquence) pour calibrer et pour comparer chacun de nos outils. Une grande partie de ce mémoire sera donc dédiée à l'étude de l'ARL. Une fois nos outils bien calibrés, nous avons utilisé les simulations pour les comparer. Finalement, nous avons analysé les données du MRCC pour déterminer si elles sont stationnaires ou non.

L’état de santé perçu et les incapacités en Afrique subsaharienne : différences socioéconomiques et de genre

Bien que la relation entre l’état de santé perçu et les mesures de santé physique et mentale soit bien documentée dans les pays développés, très peu d’études ont examiné cette association dans le monde en développement, particulièrement en Afrique subsaharienne. De même, les études menées dans divers contextes sociaux ont documenté que les femmes et les personnes de plus faible statut socioéconomique (SSÉ) sont les plus susceptibles de porter un lourd fardeau des incapacités et de la mauvaise santé perçue, mais il n’est pas connu si ces associations existent aussi dans les pays africains. L'objectif général de cette recherche doctorale était d’aboutir à une meilleure compréhension de la stratification sociale de la santé en Afrique subsaharienne. Plus spécifiquement, cette étude visait à: 1) Examiner les associations entre la santé perçue et les mesures de santé physique et mentale (maladies chroniques, incapacités et dépression) parmi les adultes à Ouagadougou, Burkina Faso, et évaluer comment ces associations varient selon le sexe, le niveau d’éducation et l'âge; 2) Analyser les différences en matière d’incapacité cognitive et physique entre les hommes et les femmes âgés de 50 ans et plus à Ouagadougou et évaluer la mesure dans laquelle les différences observées pourraient être attribuables aux inégalités de genre en matière de conditions sociales et de santé à travers le cycle de vie; 3) Examiner la relation entre le SSÉ et une multitude de mesures d’incapacités parmi les adultes âgés de 18 ans et plus dans 18 pays d’Afrique subsaharienne et déterminer si les différences socioéconomiques dans les incapacités sont caractérisées par une divergence, convergence ou stabilité à travers l’âge. Les résultats de nos analyses sont présentés sous forme de trois articles scientifiques, qui se sont appuyés sur les données de l'Enquête santé réalisée en 2010 dans l'Observatoire de Population de Ouagadougou (OPO) et de la World Health Survey réalisée en 2002-2004 par l’OMS. Dans le premier article, nous avons trouvé que la mauvaise santé perçue était fortement associée aux maladies chroniques et aux incapacités, mais pas à la dépression. L’effet des incapacités sur la mauvaise santé perçue s’intensifiait avec l’âge et avec la diminution du niveau d’éducation. Par contre, l’effet des maladies chroniques semblait diminuer avec l’âge. Aucune variation selon le sexe n’était observée dans les associations de la santé perçue avec les maladies chroniques, les incapacités et la dépression. Ces résultats suggèrent que les différentes sous-populations définies selon le niveau d'éducation et l'âge pondèrent différemment les composantes de santé dans la santé perçue à Ouagadougou. Les résultats du second article indiquaient que le genre féminin était positivement associé à des niveaux plus élevés de détérioration cognitive et de mobilité réduite. L'excès des femmes dans ces incapacités était seulement partiellement expliqué par les inégalités de genre dans l’état nutritionnel, le statut matrimonial et, dans une moindre mesure, l'éducation. Ces résultats suggèrent que l’amélioration de l'état nutritionnel et des opportunités d'éducation à travers le cycle de vie pourrait prévenir la détérioration cognitive et la mobilité réduite et réduire partiellement l'excès féminin dans ces incapacités. Dans le troisième article, nous avons montré que le manque d'éducation était positivement associé à des niveaux plus élevés d'incapacités, et le différentiel d’état de santé fonctionnel entre les différents niveaux d'éducation restait stable à travers l'âge. Ces résultats suggèrent qu’en Afrique subsaharienne, comparativement aux individus hautement éduqués, les personnes faiblement éduquées ont moins de ressources économiques et sociales et de saines habitudes de vie qui ont des effets bénéfiques, constants sur la santé fonctionnelle selon l’âge.

El español de los inmigrantes de los Andes bolivianos en el Norte Grande de Chile : convergencias y divergencias dialectales en el marco de una situación de contacto

Cette thèse a été financée par le Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (numéro de référence 767-2010-1310)

«Grandir comme aidant» : pour mieux comprendre la réalité des adolescents qui sont des aidants naturels auprès d'un parent dépendant.

La présente recherche s’intéresse aux adolescents qui sont des aidants naturels auprès d’un parent aux prises avec une maladie chronique dans un contexte où, d’une part, de plus en plus de soins doivent désormais être assumés par les personnes atteintes elles-mêmes et par leurs familles (Guberman et coll., 2005) et, d’autre part, les services destinés aux aidants naturels ont encore de la difficulté à concevoir les enfants et les adolescents comme étant des aidants (Charles, Stainton et Marshall, 2012). Les jeunes aidants adoptent des tâches et des rôles qui ne sont pas toujours adaptés à leur âge (Earley et Cushway, 2002), ce qui peut compromettre leur développement psycho-social (Sieh et coll., 2010 ; Davey et coll., 2005 ; Pedersen et Revenson, 2005). En parlant des jeunes aidants, il est important de considérer le caregiving sur un continuum selon lequel tous les jeunes sont impliqués, d’une façon ou d’une autre, dans les aspects de la prise en charge d’un parent malade, mais qu’une proportion plus petite adopte un rôle de jeune aidant, ce qui signifie que leur implication est exagérée, que le temps consacré à l’aide ainsi que la nature de celle-ci ne correspondent pas à leur âge ni à leur stade de développement, et qu’il y a des restrictions importantes ayant des impacts négatifs sur leur vie (Becker, 2007). Notre recherche part ainsi de l’interrogation sur la façon dont cette réalité est vécue par les adolescents et dont elle est perçue et interprétée par les intervenants de différents milieux de pratique dans le contexte québécois. Cette recherche s’appuie sur le cadre théorique de la reconnaissance tel que proposé par Honneth. En effet, en nous appuyant sur la littérature disponible, on peut présumer que l’attention portée aux jeunes aidants est un enjeu central de leur réalité. En conséquence, il est de notre avis qu’il faut mieux comprendre les enjeux de cette reconnaissance dont la plupart des recherches parlent, mais qui restent peu étudiés en lien avec les jeunes aidants. Ce cadre conceptuel servira de porte d’entrée pour analyser quatre entrevues semi-dirigées avec des adolescents âgés de 15 à 19 ans, ainsi que sept entrevues semi-dirigées avec des intervenants de divers milieux de pratique. Les résultats de cette recherche suggèrent la présence de trois dynamiques de reconnaissance décrivant des enjeux différents entourant la réalité des jeunes aidants. Celles-ci mettent en évidence que les conséquences auxquelles les jeunes aidants peuvent être confrontés proviennent moins de leur rôle d’aidant que de la dimension relationnelle en ce qui concerne leur réalité. En outre, au croisement des regards entre les adolescents et les intervenants, un point de divergence se dégage et semble faire obstacle à notre manière de considérer l’aide qui devrait être apportée en ce qui concerne ce phénomène. Il apparaît que, pour les intervenants, l’amélioration de la situation des jeunes aidants passe, entre autres, par le soutien qui devrait être apporté aux parents, tandis que les adolescents mettent un accent particulier sur la manière dont leur contribution est non seulement valorisée dans la sphère familiale, mais également soutenue par les intervenants entourant leur famille.

Le "sacré noir" chez Georges Bataille et Hubert Aquin

Thèse de doctorat réalisée en cotutelle entre l'Université Paris IV Sorbonne et l'Université de Montréal

Phylogénie et biogéographie du genre Bauhinia s.l. (Leguminosae)

Bauhinia s.l. est le plus vaste genre de la tribu des Cercideae (Ceasalpinioideae, Leguminoseae), avec plus de 300 espèces. Il présente une distribution pantropicale et une grande variabilité morphologique. Ces deux caractéristiques ont limité les études taxonomiques sur le genre complet, résultant en plusieurs études taxonomiques de certains groupes seulement. En 1987, Wunderlin et al. proposent une vaste révision taxonomique de la tribu des Cercideae, basée sur des données morphologiques, et divisent le genre Bauhinia en quatre sous-genres. En 2005, Lewis et Forest publient une nouvelle classification préliminaire basée sur des données moléculaires, mais sur un échantillonnage taxonomique restreint. Leurs conclusions remettent en question le monophylétisme du genre Bauhinia et suggèrent plutôt la reconnaissance de huit genres au sein du grade Bauhinia s.l. Afin de vérifier les hypothèses de Lewis et Forest, et obtenir une vision plus claire de l’histroire de Bauhinia s.l., nous avons séquencé deux régions chloroplastiques (trnL-trnF et matK-trnK) et deux régions nucléaires (Leafy et Legcyc) pour un vaste échantillonnage représentatif des Cercideae. Une première phylogénie de la tribu a tout d’abord été réalisée à partir des séquences de trnL-trnF seulement et a confirmé le non-monoplylétisme de Bauhinia s.l., avec l’inclusion du genre Brenierea, traditionnellement reconnu comme genre frère de Bauhinia s.l. Afin de ne pas limiter notre vision de l’histoire évolutive des Cercideae à un seul type de données moléculaires et à une seule région, une nouvelle série d’analyse a été effectuée, incluant toutes les séquences chloroplastiques et nucléaires. Une phylogénie individuelle a été reconstruite pour chacune des régions du génome, et un arbre d’espèce ainsi qu’un arbre de supermatrice ont été reconstruits. Bien que certaines contradictions apparaissent entre les phylogénies, les grandes lignes de l’histoire des Cercideae ont été résolues. Bauhinia s.l. est divisée en deux lignées : les groupes Phanera et Bauhinia. Le groupe Bauhinia est constitué des genres Bauhinia s.s., Piliostigma et Brenierea. Le groupe Phanera est constitué des genres Gigasiphon, Tylosema, Lysiphyllum, Barklya, Phanera et Schnella. Les genres Cercis, Adenolobus et Griffonia sont les groupes-frères du clade Bauhinia s.l. Au minimum un événement de duplication de Legcyc a été mis en évidence pour la totalité de la tribu des Cercideae, excepté Cercis, mais plusieurs évènements sont suggérés à la fois par Legcyc et Leafy. Finalement, la datation et la reconstruction des aires ancestrales de la tribu ont été effectuées. La tribu est datée de 49,7 Ma et est originaire des régions tempérées de l’hémisphère nord, probablement autour de la mer de Thétys. La tribu s’est ensuite dispersée vers les régions tropicales sèches de l’Afrique, où la séparation des groupes Bauhinia et Phanera a eu lieu. Ces deux groupes se sont ensuite dispersés en parallèle vers l’Asie du sud-est au début du Miocène. À la même période, une dispersion depuis l’Afrique de Bauhinia s.s. a permis la diversification des espèces américaines de ce genre, alors que le genre Schnella (seul genre américain du groupe Phanera) est passé par l’Australie afin de rejoindre le continent américain. Cette dispersion vers l’Australie sera également à l’origine des genres Lysiphyllum et Barklya

Globalization and the collective action of the socially excluded in France : At the heart of the margins?

In this article, we consider the changing relationships between French ‘have-not’ movements (the unemployed, the homeless, undocumented persons) and the main organizations involved in the alter-globalization field from 1995 to 2005. We demonstrate how the building of the global space of protest in France was punctuated by two moments. The first corresponds to the gradual convergence of social actors around the issue of globalization, translated into a renewal of activists’ discourses, the development of multiple scales of mobilizations and a functional division of tasks among actors. The second moment corresponds more to the crystallization of divisions among them. These divisions are articulated around different conceptions of what the struggle's aims should be (a fight against liberalism or an alternative experiment) and differences regarding the sense of belonging to the global space of protest (transnational networks or national territory). The history of convergence placed the have-nots at the heart of alter-globalist mobilizations, whereas the history of divergence translated into a ‘decentering’ of the place of the have-nots within this space. Their progressive marginalization also reveals the transformations of struggles against globalization in France.

La génomique évolutive mitochondriale révèle des échanges génétiques et la ségrégation chez les Gloméromycètes

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes microscopiques du sol qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes naturels et que l’on retrouve dans tous les habitats de la planète. Ils vivent en relation symbiotique avec la vaste majorité des plantes terrestres. Ils sont des biotrophes obligatoires, c'est-à-dire qu'ils ne peuvent croître qu'en présence d'une plante hôte. Cette symbiose permet entre autres à la plante d'acquérir des nutriments supplémentaires, en particulier du phosphore et du nitrate. Malgré le fait que cette symbiose apporte des services importants aux écosystèmes, la richesse des espèces, la structure des communautés, ainsi que la diversité fonctionnelle des CMA sont mal connues et l'approfondissement des connaissances dans ces domaines dépend d’outils de diagnostic moléculaire. Cependant, la présence de polymorphisme nucléaire intra-isolat combiné à un manque de données génomiques dans différents groupes phylogénétique de ces champignons complique le développement de marqueurs moléculaires et la détermination de l'affiliation évolutive à hauts niveaux de résolution (c.a.d. entre espèces génétiquement similaires et/ou isolats de la même espèce). . Pour ces raisons, il semble une bonne alternative d’utiliser un système génétique différent en ciblant le génome mitochondrial, qui a été démontré homogène au sein d'un même isolat de CMA. Cependant, étant donné le mode de vie particulier de ces organismes, une meilleure compréhension des processus évolutifs mitochondriaux est nécessaire afin de valoriser l'utilisation de tels marqueurs dans des études de diversité et en génétique des populations. En ce sens, mon projet de doctorat consistait à investiguerétudier: i) les vecteurs de divergences inter-isolats et -espèces génétiquement rapprochéesphylogénétiquement apparentées, ii) la plasticité des génomes mitochondriaux, iii) l'héritabilité mitochondriale et les mécanismes potentiels de ségrégation, ainsi que iv) la diversité mitochondriale intra-isolat in situ. À l'aide de la génomique mitochondriale comparative, en utilisant le séquençage nouvelle génération, on a démontré la présence de variation génétique substantielle inter-isolats et -espèces, engendrées par l'invasion d'éléments mobiles dans les génomes mitochondriaux des CMA, donnant lieu à une évolution moléculaire rapide des régions intergéniques. Cette variation permettait de développer des marqueurs spécifiques à des isolats de la même espèce. Ensuite, à l'aide d'une approche analytique par réseaux de gènes sur des éléments mobiles, on a été en mesure de démontrer des évènements de recombinaisons homologues entre des haplotypes mitochondriaux distincts, menant à des réarrangements génomiques. Cela a permis d'ouvrir les perspectives sur la dynamique mitochondriale et l'hétéroplasmie dans un même isolatsuggère une coexistence de différents haplotypes mitochondriaux dans les populations naturelles et que les cultures monosporales pourraient induirent une sous-estimation de la diversité allélique mitochondriale. Cette apparente contradiction avec l'homogénéité mitochondriale intra-isolat généralement observée, a amené à investiguer étudier les échanges génétiques à l'aide de croisements d'isolats génétiquement distincts. Malgré l'observation de quelques spores filles hétéroplasmiques, l'homoplasmie était le statut par défaut dans toutes les cultures monosporales, avec un biais en faveur de l'un des haplotypes parentaux. Ces résultats suggèrent que la ségrégation opère durant la formation de la spore et/ou le développement de la coloniedu mycélium. De plus, ils supportent la présence d'une machinerie protéique de ségrégation mitochondriale chez les CMAAMF, où l'ensemble des gènes impliqués dans ce mécanisme ont été retrouvé et sont orthologues aux autres champignons. Finalement, on est revenue aux sources avecon a étudié le polymorphisme mitochondrial intra-isolat à l'aide d'une approche conventionnelle de PCR en utilisant une Taq polymérase de haute fidélité, suivie de clonage et de séquençage Sanger, sur deux isolats de R. irregularis. Cela a permis l'observation d'hétéroplasmie in situ, ainsi que la co-expression de variantes de variantes de protéines'ARNm dans une souche in vitro. Les résultats suggèrent que d'autres études basées sur le séquençage nouvelle génération aurait potentiellement ignorée cette variation, offrant ainsi plusieurs nouveaux arguments permettant de considérer les CMA comme des organismes possédant une population de génomes mitochondriaux et nucléaires distincts.