Développements et applications de méthodes computationnelles pour l'étude de l'agrégation des protéines amyloïdes

Les protéines sont au coeur de la vie. Ce sont d'incroyables nanomachines moléculaires spécialisées et améliorées par des millions d'années d'évolution pour des fonctions bien définies dans la cellule. La structure des protéines, c'est-à-dire l'arrangement tridimensionnel de leurs atomes, est intimement liée à leurs fonctions. L'absence apparente de structure pour certaines protéines est aussi de plus en plus reconnue comme étant tout aussi cruciale. Les protéines amyloïdes en sont un exemple marquant : elles adoptent un ensemble de structures variées difficilement observables expérimentalement qui sont associées à des maladies neurodégénératives. Cette thèse, dans un premier temps, porte sur l'étude structurelle des protéines amyloïdes bêta-amyloïde (Alzheimer) et huntingtine (Huntington) lors de leur processus de repliement et d'auto-assemblage. Les résultats obtenus permettent de décrire avec une résolution atomique les interactions des ensembles structurels de ces deux protéines. Concernant la protéine bêta-amyloïde (AB), nos résultats identifient des différences structurelles significatives entre trois de ses formes physiologiques durant ses premières étapes d'auto-assemblage en environnement aqueux. Nous avons ensuite comparé ces résultats avec ceux obtenus au cours des dernières années par d'autres groupes de recherche avec des protocoles expérimentaux et de simulations variés. Des tendances claires émergent de notre comparaison quant à l'influence de la forme physiologique de AB sur son ensemble structurel durant ses premières étapes d'auto-assemblage. L'identification des propriétés structurelles différentes rationalise l'origine de leurs propriétés d'agrégation distinctes. Par ailleurs, l'identification des propriétés structurelles communes offrent des cibles potentielles pour des agents thérapeutiques empêchant la formation des oligomères responsables de la neurotoxicité. Concernant la protéine huntingtine, nous avons élucidé l'ensemble structurel de sa région fonctionnelle située à son N-terminal en environnement aqueux et membranaire. En accord avec les données expérimentales disponibles, nos résultats sur son repliement en environnement aqueux révèlent les interactions dominantes ainsi que l'influence sur celles-ci des régions adjacentes à la région fonctionnelle. Nous avons aussi caractérisé la stabilité et la croissance de structures nanotubulaires qui sont des candidats potentiels aux chemins d'auto-assemblage de la région amyloïde de huntingtine. Par ailleurs, nous avons également élaboré, avec un groupe d'expérimentateurs, un modèle détaillé illustrant les principales interactions responsables du rôle d'ancre membranaire de la région N-terminal, qui sert à contrôler la localisation de huntingtine dans la cellule. Dans un deuxième temps, cette thèse porte sur le raffinement d'un modèle gros-grain (sOPEP) et sur le développement d'un nouveau modèle tout-atome (aaOPEP) qui sont tous deux basés sur le champ de force gros-grain OPEP, couramment utilisé pour l'étude du repliement des protéines et de l'agrégation des protéines amyloïdes. L'optimisation de ces modèles a été effectuée dans le but d'améliorer les prédictions de novo de la structure de peptides par la méthode PEP-FOLD. Par ailleurs, les modèles OPEP, sOPEP et aaOPEP ont été inclus dans un nouveau code de dynamique moléculaire très flexible afin de grandement simplifier leurs développements futurs.

Aux “marges sales” de la parole vive : les débats sur la langue dans le milieu théâtral québécois (1930-1968)

Des débats et interventions diverses sur les rapports entre langue et théâtre au Québec, on ne retient souvent que les polémiques ayant entouré, entre 1968 et 1973, la création des premières pièces de Michel Tremblay ainsi que les innombrables prises de position publiques de leur auteur. Dans une perspective sociohistorique, cet article cherche à montrer que — à partir des années 1930, tout particulièrement — une réflexion originale sur la langue au théâtre prend naissance dans un contexte où la critique tente de penser l’autonomie d’un théâtre québécois en émergence. D’où une vive attention à la façon de porter la parole vivante au théâtre (élocution, débit, accent), qu’il s’agit de faire échapper à l’influence de l’art oratoire et de l’éloquence profane ou sacrée. L’importance de la notion centrale de l’époque, le naturel à la scène, se manifeste ensuite sous d’autres formes, notamment à travers la promotion d’un théâtre réaliste, puis social. La dramaturgie et les positions de Marcel Dubé sur la question linguistique, affirmées dès les années 1950, sont exemplaires de cette évolution générale, qui s’inscrit en faux contre une perspective textualiste évacuant de l’oeuvre de théâtre la parole quotidienne, dans toute son imperfection et sa fragilité.

Voix de femmes

L’attention à la production littéraire des femmes est sûrement l’une des constantes les plus visibles de l’œuvre critique de Pierre Nepveu. Qu’on pense aux préfaces qu’il a signées pour des recueils de Nicole Brossard, France Théoret, Hélène Dorion, à ses lectures de Suzanne Jacob, Élise Turcotte, Marie Uguay, aux nombreux compte rendus qu’il leur consacre dans « La poésie immédiate » mais aussi de celles qu’il appelle « les recluses », Marie de l’Incarnation, Laure Conan, Emily Dickinson. Cette attention n’est cependant précédée d’aucune précaution historique ou salut idéologique, les écrits des femmes sont là d’emblée, porteurs non de leur poids institutionnel grandissant mais d’idées et de formes qui inspirent manifestement la réflexion de l’essayiste, sa pratique de la critique, sa vision de la littérature, du Québec, de l’Amérique. Plus qu’une influence, c’est cette prégnance du féminin que je voudrais donner à lire brièvement à travers quelques exemples tirés de « L’écologie du réel », « Intérieurs du Nouveau monde » et « Lectures des lieux ». [Introduction]

Dans le corps du texte

Écrire, décrire, inscrire : trois moments de réflexion qui me permettront, en guise d’introduction aux études de sept cas de figure, de circonscrire les contours du dossier « Polygraphies du corps dans le roman de femme contemporain ». À travers ces trois verbes à l’infinitif signalant le processus d’une pensée plutôt qu’un état de fait, il s’agira de répondre à un certain nombre de lieux communs en ce qui a trait à diverses formes d’imbrication du corps et de l’écriture des femmes, tout en insistant sur l’idée du corps — physique et textuel — comme espace perméable par lequel le sujet entre en résonance avec l’en-dehors. [Introduction]

Qu’est-ce qu’une théorie de la création et que peut-elle nous apprendre ?

Ce texte a été publié dans le livre : David Bélanger, Cassie Bérard et Benoit Doyon-Gosselin (dir.), Portrait de l'artiste en intellectuel : enjeux, dangers, questionnements, Montréal, Nota Bene, [2015].

Construction et déconstruction d’une borne temporelle. L’année 1980 dans « Spirale » et « Liberté »

La critique a très souvent divisé l’histoire littéraire québécoise en un avant et un après. Chez les auteurs les plus sévères, l’après se présente comme la suite endeuillée des années 1960, son prolongement moribond — topos que l’on retrouve aussi parfois dans la France de l’après mai 1968. L’après se situe donc dans un espace temporel aux contours imprécis. Il aurait un commencement — autour de 1980 — mais pas de fin, car il incarnerait le dénouement sous toutes ses formes, l’épuisement des signes de la culture, la morosité sociétale, la fin des idéologies. Le présent article interroge les présupposés d’une telle mise en récit de la littérature québécoise contemporaine et par là même de la fabrication de la borne temporelle de 1980. L’analyse porte plus précisément sur les dossiers que les revues « Spirale » et « Liberté » ont fait paraître en 1980. Elle vise certes à relever les figures de la fin, de la désillusion et du désenchantement, souvent associées au contexte politique entourant le premier référendum sur la souveraineté du Québec, mais aussi celles d’un certain ressourcement, porté entre autres par le discours féministe dans les pages du magazine culturel « Spirale ». L’examen des dossiers parus en 1980 tend à dégager d’un vaste ensemble de textes un récit minimal, lequel permet de mieux y cerner l’inscription, non pas de l’année 1980, mais des oeuvres et des réflexions sur la culture qu’elle a vu naître.

Les vidéos de gay bashing : des agresseurs à YouTube

La recherche portera sur la montée des vidéos de gay bashing depuis 2013. Par vidéo de gay bashing, nous entendons des vidéos documentant l’abus physique ou verbal d’individus perçus par les agresseurs comme étant gais, lesbiennes, bisexuels, transgenres ou queer, mais nous nous concentrerons spécifiquement sur des vidéos montrant des agressions envers des hommes. Ces vidéos peuvent être enregistrées par les agresseurs eux-mêmes ou par des témoins de la scène. Il s’agira de situer cette montée dans un contexte politique de retour de lois et sentiments anti-LGBT dans les pays d’où proviennent certaines des vidéos étudiées et par rapport aux différentes théories anthropologiques et socio-historiques concernant les sources et motivations derrière les actes de violence homophobe. Le corpus se composera de trois vidéos venant de Russie («Putin’s Crackdown on LGBT Teens un Russia»), de Lybie («Gay torture and violent in Lybia») et des États-Unis («Attack at gay pride event in Detroit»). L’analyse du corpus se fera en trois temps : d’abord l’analyse de la forme et du contenu des vidéos en tant que tels, ensuite, l’analyse de leur circulation et des différents utilisateurs qui distribuent les vidéos en ligne, et, finalement, l’analyse de la réception des vidéos en portant attention aux commentaires des utilisateurs. Il s’agira de montrer comment les vidéos de gay-bashing effectuent une rupture par rapport à une vision de YouTube, et autres médias sociaux, comme libérateurs et comme lieux d’expression de soi (particulièrement pour les membres des communautés LGBT) et les transforment en lieux d’une humiliation triplée par l’enregistrement de l’humiliation physique et sa diffusion sur le web. Il s’agira ensuite de voir comment la circulation et la redistribution de ces vidéos par différents groupes et utilisateurs les instrumentalisent selon différents agendas politiques et idéologiques, pour finalement se questionner, en s’inspirant du triangle de l’humiliation de Donald Klein, sur le rôle ambivalent du témoin (physique ou virtuel) dont la présence est nécessaire pour qu’il y ait humiliation. Finalement, nous nous intéresserons aux vidéos de témoignages de gay-bashing, vidéos faites par les victimes elles-mêmes, racontant leur traumatisme à la caméra, renouant ainsi avec les vidéos de coming out sous la forme de l’aveu et de la spectacularisation du soi. La présente recherche sera également l’occasion de développer des outils théoriques et méthodologiques propres aux nouveaux médias et aux nouvelles formes et contenus qui s’y développent.

Sí, señor, soy colombiana de pura cepa, et toi? : las formas de tratamiento del español colombiano en Montreal

Le présent travail décrit –pour la première fois– l’état actuel de la langue espagnole parlée par la communauté colombienne à Montréal sur les formes de s’adresser aux autres en langage pronominal ou nominal et la courtoisie verbale. Dans le but de réaliser cette étude, un travail de terrain a été effectué à l’aide d’un questionnaire et des entrevues orales semi-dirigées adressés à 30 informateurs. L’analyse des données, nous a permis d’établir quelques premières comparaisons entre la façon de parler des habitants de la Colombie et des Colombiens résidant à Montréal et d’identifier quelques-uns des changements linguistiques principaux dans cette communauté parlante, notamment, les variations reliées aux formes de s’adresser aux autres et aux actes de courtoisie affectés par l’influence du français et de l’anglais. L’analyse effectuée tient compte autant les aspects linguistiques, pragmatiques et sociaux que les attitudes linguistiques des interviewés. De cette façon, les résultats mettent en lumière une nouvelle description sur la dynamique de l’usage des formes de s’adresser aux autres de locuteurs originaires de trois zones dialectales représentatives de la Colombie : la région andine orientale, la région andine occidentale et la zone côtière du Caraïbe. Ensemble avec d’autres études précédentes sur la formes de s’adresser aux autres, ce travail constitue une meilleure compréhension de la réalité linguistique de l’espagnol des Colombiens unilingues, bilingues et trilingues.

L'ambiguïté politique d'Internet : lecture de « La démocratie Internet : promesses et limites » de Dominique Cardon

Compte rendu du livre « La démocratie Internet » de Dominique Cardon (Seuil, collection « La république des idées », 2010).

Introduction

Ce que nous sommes, en tant qu’êtres humains et en tant que sociétés, est profondément façonné par les formes de production et de circulation du savoir : comprendre ces formes, être capable de les analyser et d’en repérer les enjeux, n’est pas qu’une question de compétences techniques ou disciplinaires, c’est en fait la clé pour avoir une prise sur notre monde. Le numérique a engendré une transformation profonde des modèles de production et de circulation des contenus que nous connaissons depuis le XVIIIe siècle. Le web, en particulier, a déterminé un bouleversement majeur du sens même des contenus : nous étions dans une économie de la rareté, nous sommes aujourd’hui dans une surabondance d’informations. [...]

Régulation de l'expression de PPARγ dans l'arthrose

L’arthrose (OA) est une maladie dégénérative très répondue touchant les articulations. Elle est caractérisée par la destruction progressive du cartilage articulaire, l’inflammation de la membrane synoviale et le remodelage de l’os sous chondral. L’étiologie de cette maladie n’est pas encore bien définie. Plusieurs études ont été menées pour élucider les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le développement de l’OA. Les effets protecteurs du récepteur activé par les proliférateurs de peroxysomes gamma (PPARγ) dans l'OA sont bien documentés. Il a été démontré que PPARγ possède des propriétés anti-inflammatoires et anti-cataboliques. Aussi, plusieurs stimuli ont été impliqués dans la régulation de l’expression de PPARγ dans différents types cellulaires. Cependant, les mécanismes exacts responsables de cette régulation ainsi que le profil de l’expression de ce récepteur au cours de la progression de l’OA ne sont pas bien connus. Dans la première partie de nos travaux, nous avons essayé d’élucider les mécanismes impliqués dans l’altération de l’expression de PPARγ dans cette maladie. Nos résultats ont confirmé l’implication de l’interleukine-1β (IL-1β), une cytokine pro-inflammatoire, dans la réduction de l’expression de PPARγ au niveau des chondrocytes du cartilage articulaire. Cet effet coïncide avec l'induction de l’expression du facteur de transcription à réponse précoce de type 1 (Egr-1). En plus, la diminution de l'expression de PPARγ a été associée au recrutement d'Egr-1 et la réduction concomitante de la liaison de Sp1 au niveau du promoteur de PPARγ. Dans la deuxième partie de nos travaux, nous avons évalué le profil d’expression de ce récepteur dans le cartilage au cours de la progression de cette maladie. Le cochon d’inde avec OA spontanée et le chien avec OA induite par rupture du ligament croisé antérieur (ACLT) deux modèles animaux d’OA ont été utilisés pour suivre l’expression des trois isoformes de PPARs : PPAR alpha (α), PPAR béta (β) et PPAR gamma (γ) ainsi que la prostaglandine D synthase hématopoïétique (H-PGDS) et la prostaglandine D synthase de type lipocaline (L-PGDS) deux enzymes impliquées dans la production de l’agoniste naturel de PPARγ, la 15-Deoxy-delta(12,14)-prostaglandine J(2) (15d-PGJ2). Nos résultats ont démontré des changements dans l’expression de PPARγ et la L-PGDS. En revanche, l’expression de PPARα, PPARβ et H-PGDS est restée stable au fil du temps. La diminution de l’expression de PPARγ dans le cartilage articulaire semble contribuer au développement de l’OA dans les deux modèles animaux. En effet, le traitement des chondrocytes par de siRNA dirigé contre PPARγ a favorisé la production des médiateurs arthrosiques tels que l'oxyde nitrique (NO) et la métalloprotéase matricielle de type 13 (MMP-13), confirmant ainsi le rôle anti-arthrosique de ce récepteur. Contrairement à ce dernier, le niveau d'expression de la L-PGDS a augmenté au cours de la progression de cette maladie. La surexpression de la L-PGDS au niveau des chondrocytes humains a été associée à la diminution de la production de ces médiateurs arthrosiques, suggérant son implication dans un processus de tentative de réparation. En conclusion, l’ensemble de nos résultats suggèrent que la modulation du niveau d’expression de PPARγ, de la L-PGDS et d’Egr-1 au niveau du cartilage articulaire pourrait constituer une voie thérapeutique potentielle dans le traitement de l’OA et probablement d’autres formes d'arthrite.

Tombés entre les mailles du filet : expériences de vulnérabilisation chez les jeunes en situation de rue avec antécédents de placement

Les jeunes avec antécédents de placement sont surreprésentés parmi les jeunes adultes qui ont vécu un passage à la rue. Ce qui pourrait être interprété par certains comme un naufrage est vécu par d’autres comme une opportunité : l’expérience de la rue que font les jeunes est façonnée par leurs expériences antérieures. L’objectif de cette recherche était de combler un trou dans les connaissances concernant l’articulation entre l’expérience de placement et l’expérience de rue chez les jeunes. À partir de la méthodologie des récits de vie, j’ai rencontré six jeunes adultes en situation de rue qui, durant l’enfance ou l’adolescence, avaient fait l’objet d’un retrait du milieu familial en vertu de la Loi sur la protection de la jeunesse au Québec. Leur trajectoire a été étudiée sous l’angle de la « vulnérabilisation », un processus double d’appauvrissement matériel et de refoulement vers une position sociale dévalorisée. Les jeunes de mon étude ont vécu trois formes de vulnérabilisation dans le contexte du placement : la déliaison familiale, la disqualification professionnelle et sociale, et la stigmatisation. Les jeunes ont répondu à ces dynamiques en acceptant et en intériorisant la vulnérabilité, en la niant ou en la refusant, ou encore en la rationalisant et en la négociant. Cette étude permet de mieux comprendre l’articulation entre l’expérience du placement et celle de la rue chez les jeunes. Les résultats sont utiles pour informer d’autres études, ainsi que pour éclairer les pratiques auprès de cette population spécifique.