Probabilité et temps de fixation à l’aide de processus ancestraux

Ce mémoire analyse l’espérance du temps de fixation conditionnellement à ce qu’elle se produise et la probabilité de fixation d’un nouvel allèle mutant dans des populations soumises à différents phénomènes biologiques en uti- lisant l’approche des processus ancestraux. Tout d’abord, l’article de Tajima (1990) est analysé et les différentes preuves y étant manquantes ou incomplètes sont détaillées, dans le but de se familiariser avec les calculs du temps de fixa- tion. L’étude de cet article permet aussi de démontrer l’importance du temps de fixation sur certains phénomènes biologiques. Par la suite, l’effet de la sé- lection naturelle est introduit au modèle. L’article de Mano (2009) cite un ré- sultat intéressant quant à l’espérance du temps de fixation conditionnellement à ce que celle-ci survienne qui utilise une approximation par un processus de diffusion. Une nouvelle méthode utilisant le processus ancestral est présentée afin d’arriver à une bonne approximation de ce résultat. Des simulations sont faites afin de vérifier l’exactitude de la nouvelle approche. Finalement, un mo- dèle soumis à la conversion génique est analysé, puisque ce phénomène, en présence de biais, a un effet similaire à celui de la sélection. Nous obtenons finalement un résultat analytique pour la probabilité de fixation d’un nouveau mutant dans la population. Enfin, des simulations sont faites afin de détermi- nerlaprobabilitédefixationainsiqueletempsdefixationconditionnellorsque les taux sont trop grands pour pouvoir les calculer analytiquement.

La construction du verdict de culpabilité : magistrature pénale et production de vérité judiciaire au Brésil

L’objectif de cette thèse est de comprendre de quelle manière le juge décide de la culpabilité de l’accusé, notamment dans les affaires de vol et de trafic de stupéfiants. En s’appuyant sur le programme ethnométhodologique et sur une enquête ethnographique, la recherche se penche sur l’ensemble de pratiques et raisonnements présents dans l’activité décisionnelle des juges, afin de rendre visibles les savoirs d’action mobilisés pour décider de la culpabilité. La thèse montre que la prise de décision est fortement marquée par la présomption de culpabilité qui découle d’un processus de catégorisation des justiciables en tant que « voleurs » et « trafiquants ». Ces catégories typiques sont associées à l’image de l’ennemi, c’est-à-dire, l’individu insoumis et incapable d’un modus vivendi commun (Jakobs, 2009). Prenant appui sur les analyses empiriques réalisées, l’étude fait une analogie entre la figure de l’ennemi et le concept d’homo sacer (Agamben, 1997; 2002) en proposant finalement que le verdict de culpabilité se construit à l’intérieur d’un « camp » - c’est-à-dire, un lieu de suspension de l’ordre juridique (Agamben, 1997) – qui se structure, paradoxalement, au sein même de la justice pénale. Mots-clés: sentencing ; vol ; trafic de stupéfiants ; verdict de culpabilité ; Brésil

Les bulles de masse négative dans un espace de de Sitter.

Nous étudions différentes situations de distribution de la matière d’une bulle de masse négative. En effet, pour les bulles statiques et à symétrie sphérique, nous commençons par l’hypothèse qui dit que cette bulle, étant une solution des équations d’Einstein, est une déformation au niveau d’un champ scalaire. Nous montrons que cette idée est à rejeter et à remplacer par celle qui dit que la bulle est formée d’un fluide parfait. Nous réussissons à démontrer que ceci est la bonne distribution de matière dans une géométrie Schwarzschild-de Sitter, qu’elle satisfait toutes les conditions et que nous sommes capables de résoudre numériquement ses paramètres de pression et de densité.

Of master Hongyi's last calligraphic work

Hongyi (1860-1942) est le maître de l’école bouddhiste appelée « Terre Pure » en Chine moderne. Dans l'histoire du bouddhisme chinois, il est le seul maître bouddhiste qui peut se classer parmi les plus grands calligraphes chinois. Dans l'histoire de la calligraphie chinoise, il est le premier moine-calligraphe qui allie sa foi bouddhiste avec son art calligraphique tout en appliquant des principes de la peinture occidentale à son travail de calligraphie. Son art serve bien sa croyance religieuse et n’est pas indépendent de celle-ci, ce qui est extraordinaire dans l’histoire calligraphique. Il utilise le concept bouddhiste de «une forme sans forme» pour interpréter la calligraphie chinoise, et propose une série de théories calligraphiques bouddhistes pour guider sa pratique. D’ailleurs, sa calligraphie ne sert qu'à retranscrire les textes bouddhistes classiques et contemporains. Ses œuvres illustrent donc l'influence du bouddhisme chinois sur la calligraphie chinoise. Traditionnellement, la dernière œuvre d'un calligraphe est souvent considérée comme son chef-d'œuvre en fonction de deux critères: sa technique et son contenu moral. En outre, quelques-unes des dernières œuvres de grands calligraphes ont survécu. La rareté les rend encore plus précieuses. Bei xin ji jiao («悲欣交集») est la dernière œuvre de Hongyi, qui a été achevée trois jours avant son nirvana. Ce mémoire sera d'étudier et d'analyser l'influence de sa pensée bouddhiste sur le contenu littéraire et la forme artistique de cette œuvre, et d’expliciter qu’elle guide pleinement vers l'état ultime de sa pratique bouddhiste au plus haut niveau de sa calligraphie.

La fonction éthico-thérapeutique du discours philosophique : la contribution de Ludwig Wittgenstein à la lumière du modèle de la vie philosophique de Pierre Hadot

Réalisé en cotutelle avec L'École des hautes études en sciences sociales de Paris

L'ascendant du double dans Les Caves du Vatican et dans Les Faux-Monnayeurs d’André Gide : personnages et narration

Ce travail explore la dualité telle qu’elle se présente dans deux ouvrages d’André Gide, Les Caves du Vatican et Les Faux-Monnayeurs. Thème majeur de la littérature, le double ne cesse d’illustrer les différentes tensions qui se créent et se combattent chez une seule et même personne. Souvent représenté physiquement dans la littérature du XIXe siècle à la suite de la figure du Doppelgänger, le double chez Gide se complexifie : plus subtil, il se manifeste de manière psychologique. La dualité se présente de deux manières dans les écrits d’André Gide : chez les personnages et à travers la narration. Par l’étude des contradictions et des inconséquences des personnages, de la représentation de la dualité chez différents personnages, de leur dédoublement et de leurs doubles discours, il sera possible de constater à quel point les personnages structurent la dualité. L’analyse de l’identité des narrateurs, de leurs interventions et des figures de rhétorique qu’ils emploient permettra également de comprendre que plus ils se révèlent, plus ils se complexifient.

La notion d'enseignement parfait (yuanjiao) dans la pensée de Mou Zongsan (1909-1995)

Personnage central du néoconfucianisme contemporain, Mou Zongsan (1909-1995) a écrit un nombre impressionnant de livres philosophiques. Loin d’ignorer les penseurs d’autres courants, il les intègre à ses théories pour en utiliser les forces. Ainsi, il s’intéresse au concept d’enseignement parfait (yuanjiao圓教). Cette notion fut introduite par l’école bouddhique Tiantai (Tiantai天台). Après une classification de tous les enseignements bouddhiques, il fut conclu que l’enseignement parfait consiste en un enseignement complet reflétant parfaitement l’intention ultime du Bouddha. Mou considère quatre critères pour déterminer quelle doctrine est conforme à cette idée : la préservation de tout ce qui existe, la possibilité pour tous d’atteindre l’illumination, englober tout sans distinction et utiliser un langage qu’il qualifie de non analytique. Dans cette étude, nous allons examiner l’utilisation faite par Mou du concept d’enseignement parfait. Il démontre la nécessité pour l’être humain d’avoir un esprit qui saisit à la fois la sphère phénoménale et nouménale. De cette façon, tout ce qui compose la réalité, pur et impur, est conservé. Il emprunte ensuite le concept du summum bonum kantien, c’est-à-dire le ratio proportionnel entre la vertu et le bonheur, et le révise à l’aide de l’enseignement parfait. Le résultat est tout à fait étonnant : l’être humain possède l’intuition intellectuelle, normalement réservé à Dieu chez Kant, et est ainsi responsable de son propre bonheur grâce à l’accomplissement d’actions morales. Cependant, le bouddhisme ne fournirait pas le cadre théorique idéal pour la notion très importante du summum bonum puisque l’aspect moral n’y serait pas assez développé. Mou affirme que, malgré leur origine bouddhique, les critères qui définissent un enseignement parfait peuvent être appliqués à d’autres courants de pensée. Il propose donc le confucianiste Wang Longxi王龍溪 (Wang Ji王畿 1498- 1583), dont les théories correspondent aux caractéristiques de l’enseignement parfait, pour établir un concept du summum bonum novateur.

Expérience subjective et différences individuelles dans l'intégration d'informations visuelle et kinesthésique

L’expérience subjective accompagnant un mouvement se construit a posteriori en intégrant différentes sources d’informations qui s’inter-influencent à différents moments tant avant qu’après le mouvement. Cette expérience subjective est interprétée par un modèle d’attribution bayésien afin de créer une expérience d’agentivité et de contrôle sur les mouvements de son propre corps. Afin de déterminer l’apport de l’interaction entre les paramètres considérés par le modèle d’attribution et d’investiguer la présence de disparités inter-individuelles dans la formation de l’expérience subjective du mouvement, une série de 90 pulsations simples de stimulation magnétique transcrânienne (SMT) sur le cortex moteur primaire (M1) suivi de multiples questions sur l’expérience subjective reliée au mouvement provoqué a été effectuée chez 20 participants normaux. Les données objectives du mouvement ont été recueillies par électromyographie (EMG) et capture du mouvement. Un modèle de régression a entre autres été effectué pour chaque participant afin de voir quelle proportion du jugement subjectif pouvait être expliqué par des indices objectifs et cette proportion variait grandement entre les participants. Les résultats de la présente étude indiquent la présence d’une capacité individuelle à se former des jugements subjectifs reflétant adéquatement la réalité comme en témoigne la cohérence entre les différentes mesures d’acuité et plusieurs variables mesurant l’expérience subjective.

Histoire(s) et historiographie du cinéma en France : 1896-1953

Thèse de doctorat effectuée en cotutelle au Département d’histoire de l’art et d’études cinématographiques de la Faculté des arts et des sciences de l'Université de Montréal et à la Section d’histoire et esthétique du cinéma de la Faculté des lettres de l'Université de Lausanne.

Development of a multi-gene PCR assay for the prediction of the response to hormone therapy in breast cancer

Deux tiers des cancers du sein expriment des récepteurs hormonaux ostrogéniques (tumeur ER-positive) et la croissance de ces tumeurs est stimulée par l’estrogène. Des traitements adjuvant avec des anti-estrogènes, tel que le Tamoxifen et les Inhibiteurs de l’Aromatase peuvent améliorer la survie des patientes atteinte de cancer du sein. Toutefois la thérapie hormonale n’est pas efficace dans toutes les tumeurs mammaires ER-positives. Les tumeurs peuvent présenter avec une résistance intrinsèque ou acquise au Tamoxifen. Présentement, c’est impossible de prédire quelle patiente va bénéficier ou non du Tamoxifen. Des études préliminaires du laboratoire de Dr. Mader, ont identifié le niveau d’expression de 20 gènes, qui peuvent prédire la réponse thérapeutique au Tamoxifen (survie sans récidive). Ces marqueurs, identifié en utilisant une analyse bioinformatique de bases de données publiques de profils d’expression des gènes, sont capables de discriminer quelles patientes vont mieux répondre au Tamoxifen. Le but principal de cette étude est de développer un outil de PCR qui peut évaluer le niveau d’expression de ces 20 gènes prédictif et de tester cette signature de 20 gènes dans une étude rétrospective, en utilisant des tumeurs de cancer du sein en bloc de paraffine, de patients avec une histoire médicale connue. Cet outil aurait donc un impact direct dans la pratique clinique. Des traitements futiles pourraient être éviter et l’indentification de tumeurs ER+ avec peu de chance de répondre à un traitement anti-estrogène amélioré. En conséquence, de la recherche plus appropriée pour les tumeurs résistantes au Tamoxifen, pourront se faire.

Entre modernité et tradition : le cas du yoga du Cachemire à Montréal

Le yoga est une pratique ancestrale qui a connu une effervescence phénoménale ces quarante dernières années. S’insérant dans un monde en changement où l’individu et son rapport à son environnement ne sont plus perçus de la même manière, le yoga est une pratique qui véhicule un concept flexible et malléable, ajustable à une société occidentale en changement. Le Québec, et plus spécifiquement Montréal où s'est effectuée notre ethnographie, porte une histoire religieuse encore fortement présente où l’on découvre une effervescence de nouvelles pratiques depuis la Révolution tranquille des années soixante. C’est dans ce cadre que nous avons découvert le yoga cachemirien qui se base sur la tradition du sivaïsme tantrique non-duel du Cachemire. Cette pratique est encore peu connue dans le monde du yoga, bien qu’elle soit déjà bien installée comme objet d’étude dans les milieux académiques (Inde, France, Angleterre, Italie, États-Unis et Canada). Ce yoga se dit « traditionnel » à cause de son orientation non-duelle qui fait écho à l’enseignement délivré dans les tantras de cette tradition. Par ailleurs, cette pratique, majoritairement basée sur le senti et l’exploration tactile, ne porte pas les caractéristiques des yogas type ashtanga, Iyengar ou hatha, disponibles sur le marché. Notre exploration ethnographique s’est donc portée sur le vécu des membres de ce groupe et sur la pratique et le discours de l’enseignant. Les membres, majoritairement d’origine québécoise, appréhendent cette approche et cette sotériologie avec un vécu religieux culturel spécifiquement identifiable, que ce soit au niveau du corps, des idées ou de la formulation qu’ils en font. L’enseignant, quant à lui, présente la pratique comme l’application directe et vécue de la doctrine délivrée dans les tantras de la tradition du sivaïsme cachemirien. La pratique du yoga cachemirien se veut donc traditionnelle tout en s’acculturant au contexte contemporain dans lequel l’enseignement se délivre. Il est alors pertinent de comprendre la dynamique qui se génère dans ce processus de transposition traditionnelle au sein d’un contexte contemporain. C’est donc ce processus de construction/ transformation que nous allons tenter d’expliquer; celui-ci semble s’établir entre continuité traditionnelle et rupture d’éléments redéfinis et réinventés. Nous verrons que dans cette dynamique, observée tant dans le discours que la pratique, les limites ne sont pas aussi hermétiques qu'il n'y paraît : les concepts d’identité culturelle et de temporalité s’entrechoquent, se construisent les unes sur les autres dans un mouvement incessant et vivant.

Applications du processus ancestral avec recombinaison et conversion en génétique statistique

Les diagrammes de transitions d'états ont été réalisés avec le logiciel Latex.

Méthode numérique d'estimation du mouvement des masses molles

L’analyse biomécanique du mouvement humain en utilisant des systèmes optoélectroniques et des marqueurs cutanés considère les segments du corps comme des corps rigides. Cependant, le mouvement des tissus mous par rapport à l'os, c’est à dire les muscles et le tissu adipeux, provoque le déplacement des marqueurs. Ce déplacement est le fait de deux composantes, une composante propre correspondant au mouvement aléatoire de chaque marqueur et une composante à l’unisson provoquant le déplacement commun des marqueurs cutanés lié au mouvement des masses sous-jacentes. Si nombre d’études visent à minimiser ces déplacements, des simulations ont montré que le mouvement des masses molles réduit la dynamique articulaire. Cette observation est faite uniquement par la simulation, car il n'existe pas de méthodes capables de dissocier la cinématique des masses molles de celle de l’os. L’objectif principal de cette thèse consiste à développer une méthode numérique capable de distinguer ces deux cinématiques. Le premier objectif était d'évaluer une méthode d'optimisation locale pour estimer le mouvement des masses molles par rapport à l’humérus obtenu avec une tige intra-corticale vissée chez trois sujets. Les résultats montrent que l'optimisation locale sous-estime de 50% le déplacement des marqueurs et qu’elle conduit à un classement de marqueurs différents en fonction de leur déplacement. La limite de cette méthode vient du fait qu'elle ne tient pas compte de l’ensemble des composantes du mouvement des tissus mous, notamment la composante en unisson. Le second objectif était de développer une méthode numérique qui considère toutes les composantes du mouvement des tissus mous. Plus précisément, cette méthode devait fournir une cinématique similaire et une plus grande estimation du déplacement des marqueurs par rapport aux méthodes classiques et dissocier ces composantes. Le membre inférieur est modélisé avec une chaine cinématique de 10 degrés de liberté reconstruite par optimisation globale en utilisant seulement les marqueurs placés sur le pelvis et la face médiale du tibia. L’estimation de la cinématique sans considérer les marqueurs placés sur la cuisse et le mollet permet d'éviter l’influence de leur déplacement sur la reconstruction du modèle cinématique. Cette méthode testée sur 13 sujets lors de sauts a obtenu jusqu’à 2,1 fois plus de déplacement des marqueurs en fonction de la méthode considérée en assurant des cinématiques similaires. Une approche vectorielle a montré que le déplacement des marqueurs est surtout dû à la composante à l’unisson. Une approche matricielle associant l’optimisation locale à la chaine cinématique a montré que les masses molles se déplacent principalement autour de l'axe longitudinal et le long de l'axe antéro-postérieur de l'os. L'originalité de cette thèse est de dissocier numériquement la cinématique os de celle des masses molles et les composantes de ce mouvement. Les méthodes développées dans cette thèse augmentent les connaissances sur le mouvement des masses molles et permettent d’envisager l’étude de leur effet sur la dynamique articulaire.

Le braconnage dans le Parc national de l'île de La Réunion

La faune et la flore de l’île de La Réunion atteignent un niveau d’endémisme très élevé avec le tiers de sa surface encore recouverte par des forêts naturelles. Ces conditions exceptionnelles ont favorisé, en 2007, la création du Parc National de La Réunion qui couvre 40 % du territoire. Parmi les différentes atteintes à l’environnement dans les aires du Parc national, le braconnage est devenu, au cours des deux dernières décennies, un phénomène très préoccupant pour les différents acteurs locaux et régionaux qui s’occupent de la gestion de ce problème. Plusieurs espèces braconnées sont actuellement menacées et les dégâts occasionnés par les braconniers sont visibles dans le paysage réunionnais. Ce projet de recherche vise à répondre à la question de recherche suivante : De quelle façon se manifeste le braconnage (les motivations, la fréquence, les techniques, les lieux) dans le Parc national de La Réunion et comment les différents acteurs réagissent-ils face à la pratique du braconnage? La méthodologie de cette recherche repose sur une démarche combinant l’approche exploratoire et l’étude de cas. Les données qualitatives et quantitatives que nous avons utilisées pour cette étude ont été collectées par une recherche bibliographique, une collection de données statistiques, et par des entrevues (exploratoires, semi-dirigées, individuelles non-structurées) réalisées sur le terrain. Les résultats obtenus nous ont permis de constater que le braconnage à La Réunion est un phénomène ancré dans la culture locale et une conséquence directe du contexte économique actuel. Notre recherche a relevé deux catégories de braconniers : les braconniers occasionnels (touristes et braconniers du dimanche) et les braconniers professionnels. Le braconnage de type occasionnel est très largement répandu dans la population, car il s’inscrit dans une continuité des traditions. Le braconnage de type professionnel où le braconnier prélève de façon systématique dans la nature à des fins monétaires, est pratiqué par peu de gens, mais il occasionne de lourdes pertes contrairement au braconnage de type occasionnel. Les différentes méthodes mises en place par les divers acteurs impliqués dans la gestion du braconnage ont été répertoriées et examinées. Tandis que le poinçonnage des plants de vanille et le marquage des tangues sont efficaces, la délation des braconniers et les visites éducatives restent des pistes à explorer, et les conférences rééducatives des braconniers ainsi que la vente de permis de chasse au tangue ont démontré une faible efficacité. Des recommandations pour améliorer la dynamique entre les acteurs impliqués dans la gestion du braconnage ont été données par plusieurs de ces acteurs interrogés au cours de cette recherche.

Effet d’une pré-sollicitation maximale isométrique des muscles stabilisateurs sur la coordination intermusculaire lors d’un exercice pluriarticulaire épuisant.

Introduction: Les stratégies d’optimisation de la performance chez les athlètes sont de plus en plus exploitées par les entraîneurs et préparateurs physiques. La potentialisation de post- activation (PAP) est reconnue comme étant un phénomène pouvant mener à une augmentation des performances. L’objectif de la présente étude était de donc décrire les effets d’une pré-sollicitation à la hanche sur la coordination inter-musculaire et la performance au cours d’un exercice épuisant. Méthodes: Six athlètes de patins de vitesse de courte piste (3 de sexe masculin et 3 de sexe féminin; âge: 20.2 ± 2.8 ans; moyenne±écart-type) ont exécuté aléatoirement un exercice qui consistait en 2 séries de 9 blocs de squats sautés maximaux, entre-coupés d’un squat isométrique d’une durée de 5 secondes sans pré-sollicitation préalable (CON) et avec une tâche de pré-sollicitation unilatérale de squat isométrique (EXP) contre une barre fixe de 2x3 secondes. Le pic de puissance moyen, l’amplitude et la fréquence moyenne d’EMG, et la vitesse et l’accélération angulaires des premiers et derniers blocs étaient enregistrés. Résultats: La pré-sollicitation isométrique maximale des membres inférieurs n’a pas amélioré de manière significative la performance de sauts et la coordination des muscles stabilisateurs à la hanche. La fréquence spectrale moyenne a néanmoins témoigné de l’implication de stratégies compensatoires du membre inférieur gauche en réponse à la fatigue. Conclusion: La pré-sollicitation des stabilisateurs à la hanche n’augmenterait pas la performance de squats répétés. Par contre, la fréquence moyenne du grand fessier et du tibial antérieur gauche ont suggéré meilleure résistance à la fatigue des muscles du membre inférieur non-dominant avec une pré-sollicitation. Les résultats de la présente étude indiquent donc la pertinence de considérer la pré-sollicitation dans un objectif de performance et de réadaptation sachant que l’asymétrie est omniprésente chez les athlètes et qu’elle est impliquée dans le taux élevé de blessures enregistré chez cette population.