Genomic architecture of sickle cell disease clinical variation in children from West Africa : a case-control study design

Contexte : L’anémie falciforme ou drépanocytose est un problème de santé important, particulièrement pour les patients d’origine africaine. La variation phénotypique de l’anémie falciforme est problématique pour le suivi et le traitement des patients. L’architecture génomique responsable de cette variabilité est peu connue. Principe : Mieux saisir la contribution génétique de la variation clinique de cette maladie facilitera l’identification des patients à risque de développer des phénotypes sévères, ainsi que l’adaptation des soins. Objectifs : L’objectif général de cette thèse est de combler les lacunes relatives aux connaissances sur l’épidémiologie génomique de l’anémie falciforme à l’aide d’une cohorte issue au Bénin. Les objectifs spécifiques sont les suivants : 1) caractériser les profils d’expressions génomiques associés à la sévérité de l’anémie falciforme ; 2) identifier des biomarqueurs de la sévérité de l’anémie falciforme ; 3) identifier la régulation génétique des variations transcriptionelles ; 4) identifier des interactions statistiques entre le génotype et le niveau de sévérité associé à l’expression ; 5) identifier des cibles de médicaments pour améliorer l’état des patients atteints d’anémie falciforme. Méthode : Une étude cas-témoins de 250 patients et 61 frères et soeurs non-atteints a été menée au Centre de Prise en charge Médical Intégré du Nourrisson et de la Femme Enceinte atteints de Drépanocytose, au Bénin entre février et décembre 2010. Résultats : Notre analyse a montré que des profils d’expressions sont associés avec la sévérité de l’anémie falciforme. Ces profils sont enrichis de génes des voies biologiques qui contribuent à la progression de la maladie : l’activation plaquettaire, les lymphocytes B, le stress, l’inflammation et la prolifération cellulaire. Des biomarqueurs transcriptionnels ont permis de distinguer les patients ayant des niveaux de sévérité clinique différents. La régulation génétique de la variation de l’expression des gènes a été démontrée et des interactions ont été identifiées. Sur la base de ces résultats génétiques, des cibles de médicaments sont proposées. Conclusion: Ce travail de thèse permet de mieux comprendre l’impact de la génomique sur la sévérité de l’anémie falciforme et ouvre des perspectives de développement de traitements ciblés pour améliorer les soins offerts aux patients.

Leveraging noisy side information for disentangling of factors of variation in a supervised setting

Ce mémoire est composé de trois articles et présente les résultats de travaux de recherche effectués dans le but d'améliorer les techniques actuelles permettant d'utiliser des données associées à certaines tâches dans le but d'aider à l'entraînement de réseaux de neurones sur une tâche différente. Les deux premiers articles présentent de nouveaux ensembles de données créés pour permettre une meilleure évaluation de ce type de techniques d'apprentissage machine. Le premier article introduit une suite d'ensembles de données pour la tâche de reconnaissance automatique de chiffres écrits à la main. Ces ensembles de données ont été générés à partir d'un ensemble de données déjà existant, MNIST, auquel des nouveaux facteurs de variation ont été ajoutés. Le deuxième article introduit un ensemble de données pour la tâche de reconnaissance automatique d'expressions faciales. Cet ensemble de données est composé d'images de visages qui ont été collectées automatiquement à partir du Web et ensuite étiquetées. Le troisième et dernier article présente deux nouvelles approches, dans le contexte de l'apprentissage multi-tâches, pour tirer avantage de données pour une tâche donnée afin d'améliorer les performances d'un modèle sur une tâche différente. La première approche est une généralisation des neurones Maxout récemment proposées alors que la deuxième consiste en l'application dans un contexte supervisé d'une technique permettant d'inciter des neurones à apprendre des fonctions orthogonales, à l'origine proposée pour utilisation dans un contexte semi-supervisé.

Cross-sectoral variation in the volatility of plant-level idiosyncratic shocks

We estimate the volatility of plant–level idiosyncratic shocks in the U.S. manufacturing sector. Our measure of volatility is the variation in Revenue Total Factor Productivity which is not explained by either industry– or economy–wide factors, or by establishments’ characteristics. Consistent with previous studies, we find that idiosyncratic shocks are much larger than aggregate random disturbances, accounting for about 80% of the overall uncertainty faced by plants. The extent of cross–sectoral variation in the volatility of shocks is remarkable. Plants in the most volatile sector are subject to about six times as much idiosyncratic uncertainty as plants in the least volatile. We provide evidence suggesting that idiosyncratic risk is higher in industries where the extent of creative destruction is likely to be greater.

The importance of language : the impact of linguistic vitality on intergroup tensions

Cette thèse vise à mieux comprendre les tensions ethniques. Ceci est fait en explorant, dans une étude en quatre parties, l'une de ses caractéristiques les plus importantes mais sévèrement négligées: la langue. S’inspirant des traditions de recherche de la sociolinguistique, de la psychologie sociale et de la science politique, cette thèse fournit une analyse en profondeur de l'influence de la langue sur les relations intergroupes. Elle le fait, spécifiquement, en se concentrant sur l'influence que la vitalité linguistique, la santé sociale d'une langue, a sur les tensions sociales. Cette thèse propose un cadre théorique dans lequel le niveau de vitalité linguistique contribue à générer des griefs culturels qui ont une incidence par la suite sur les relations intergroupes. Le premier article explore la relation macro entre la vitalité linguistique et l'intensité des conflits intergroupes. Les résultats, dérivés de données de l'Atlas UNESCO des langues en danger dans le monde et du projet Minorities at Risk (MAR), démontrent une relation curvilinéaire où les niveaux bas et élevé de vitalité linguistique génèrent une intensité inférieure au niveau modéré de vitalité. Ces résultats confirment que la vitalité linguistique est un déterminant important des tensions ethniques fondées sur la langue d'une manière générale, mais encore davantage pour les pays ayant plusieurs minorités linguistiques. Le deuxième article explore l'influence de la vitalité linguistique sur la confiance politique. Il utilise des données de l'Atlas UNESCO des langues en danger dans le monde ainsi que des données du European Social Survey (ESS). Les résultats soutiennent un modèle de médiation dans lequel la vitalité linguistique influence positivement la confiance politique d'une manière directe ainsi qu’indirectement par le biais de la discrimination perçue. Le troisième article cherche à isoler la séquence socio-psychologique qui relie la vitalité linguistique aux tensions intergroupes. Des données de sondage originales ont été recueillies auprès de francophones du Québec, de l'Ontario, du Nouveau-Brunswick et du Manitoba. Les résultats d’analyses de régression multiple soutiennent une séquence socio-psychologique dans laquelle la menace endogroupe influence les attitudes envers l’exogroupe par le biais de la menace perçue comme étant causée par l’exogroupe. Ainsi, ces constats soulignent l'importance des perceptions de la vitalité linguistique pour les attitudes intergroupes. Le quatrième article, produit en collaboration avec Patrick Fournier et Veronica Benet-Martinez, utilise un protocole expérimental pour déterminer le rôle causal de la vitalité linguistique sur les attitudes intergroupes. Les résultats démontrent que le type d'information, positif ou négatif, au sujet de la vitalité linguistique influence les perceptions de menace envers une langue. Cependant, les résultats quant à l'impact de l’information à propos de la vitalité linguistique sur les attitudes envers l’exogroupe, l’appui à la souveraineté et l'identité subjective sont moins évidents. Cette thèse permet de mieux comprendre les tensions intergroupes en démontrant le rôle important que joue la vitalité linguistique sur des phénomènes macros ainsi que sur les attitudes des individus.

Effet de la classe ou expériences scolaires? : étude sur l'élaboration et la variation des aspirations scolaires réalistes des étudiant(e)s canadien(ne)s au regard des études universitaires

Cette thèse a été réalisée, entre autres, grâce à une subvention reçue du Fonds de recherche du Québec – Société et culture et de son partenaire le ministère de l’Éducation, du Loisir et du Sport (MELS) Les analyses contenues dans cette thèse ont été réalisées au Centre interuniversitaire québécois de statistiques sociales (CIQSS), membre du Réseau canadien des centres de données de recherche (RCCDR). Les activités du CIQSS sont rendues possibles grâce à l’appui financier du CRSHC, des IRSC, de la FCI, de Statistique Canada, du FRQSC ainsi que de l’ensemble des universités québécoises qui participent à leur financement. Les idées exprimées dans ce texte sont celles des auteurs et non celles des partenaires financiers.

Linguistic imperialism : a study of language and yoruba rituals in Wole Soyinka’s Death and the king’s horseman

L’objectif de ce mémoire est de démontrer le rôle important de la langue dans la pièce de théâtre Death and the King’s Horseman par l’auteur nigérian Wole Soyinka. Le premier chapitre traite les implications de l'écriture d'un texte postcolonial dans la langue anglaise et revisite les débats linguistiques des années 1950 et 1960. En plus de l'anglais, ce mémoire observe l'utilisation d'autres formes de communication telles que l'anglais, le pidgin nigérian, les dialectes locaux et les métaphores Yoruba. Par conséquent, l'intersection entre la langue et la culture devient évidente à travers la description des rituels. La dernière partie de ce mémoire explore l'objectif principal de Soyinka de créer une «essence thrénodique». Avec l'utilisation de masques rituels, de la danse et de la musique, il développe un type de dialogue qui dépasse les limites de la forme écrite et est accessible seulement à ceux qui sont équipés de sensibilités culturelles Yoruba.

Contribution de modèle demande-contrôle-soutien à la variation des concentrations de cortisol salivaire

L’objectif principal de ce mémoire est d’approfondir les connaissances à propos de l’impact des stresseurs organisationnels sur la concentration du cortisol salivaire. Plus précisément, nous étudierons la contribution des modèles demande-contrôle de Karasek (1979) et demande-contrôle-soutien de Karasek et Theorell (1990) à la variation du cortisol salivaire chez les individus. Les associations entre les composantes principales de chacun des modèles (demandes psychologiques, latitude décisionnelle et soutien social), mais également les effets d’interaction inclus dans ces modèles, c’est-à-dire de l’effet modérateur de la latitude décisionnelle et du soutien social, seront étudiés. L’axe HPS a été associé aux symptômes de la santé mentale (Abelson et al., 2007; Havermans et al., 2011; Vreeburg et al., 2009b, 2010, 2013; Staufenbiel, 2013) ainsi qu’aux stresseurs en milieu de travail (Chida et Steptoe, 2009). À l’heure actuelle, le cortisol salivaire serait un indicateur de l’axe hypothalamo-pituito-surrénalien (HPS) le plus prometteur pour mesurer la réponse physiologique face à un événement stressant ou à un stress chronique (Maïna et al., 2009). Les données proviennent de l’étude SALVEO, menée par l’Équipe de recherche sur le travail et la santé mentale de l’Université de Montréal. Les résultats des analyses multiniveaux ne soutiennent pas l’implication du modèle demande-contrôle-soutien sur la concentration de cortisol. En effet, elles ne permettent pas de conclure que les effets, autant principaux que d’interaction, du modèle demande-contrôle-soutien expliquent la variation dans les concentrations de cortisol. La consommation de tabac est significativement reliée à la concentration de cortisol salivaire et doit être prise en considération dans les études futures. Par conséquent, ces résultats suggèrent que d’autres recherches sont nécessaires pour comprendre comment les stresseurs du travail s’incorporent à l’individu au niveau physiologique. Des connaissances approfondies de ces associations permettraient de mieux comprendre les associations entre le stress à long terme et les effets sur la santé, c’est-à-dire, comment les tensions au travail affectent la santé mentale à long terme (Karhula et al., 2015).

Contributions of local, lateral and contextual habitat variables to explaining variation in fisheries productivity metrics in the littoral zone of a reservoir

Puisque l’altération des habitats d’eau douce augmente, il devient critique d’identifier les composantes de l’habitat qui influencent les métriques de la productivité des pêcheries. Nous avons comparé la contribution relative de trois types de variables d’habitat à l’explication de la variance de métriques d’abondance, de biomasse et de richesse à l’aide de modèles d’habitat de poissons, et avons identifié les variables d’habitat les plus efficaces à expliquer ces variations. Au cours des étés 2012 et 2013, les communautés de poissons de 43 sites littoraux ont été échantillonnées dans le Lac du Bonnet, un réservoir dans le Sud-est du Manitoba (Canada). Sept scénarios d’échantillonnage, différant par l’engin de pêche, l’année et le moment de la journée, ont été utilisés pour estimer l’abondance, la biomasse et la richesse à chaque site, toutes espèces confondues. Trois types de variables d’habitat ont été évalués: des variables locales (à l’intérieur du site), des variables latérales (caractérisation de la berge) et des variables contextuelles (position relative à des attributs du paysage). Les variables d’habitat locales et contextuelles expliquaient en moyenne un total de 44 % (R2 ajusté) de la variation des métriques de la productivité des pêcheries, alors que les variables d’habitat latérales expliquaient seulement 2 % de la variation. Les variables les plus souvent significatives sont la couverture de macrophytes, la distance aux tributaires d’une largeur ≥ 50 m et la distance aux marais d’une superficie ≥ 100 000 m2, ce qui suggère que ces variables sont les plus efficaces à expliquer la variation des métriques de la productivité des pêcheries dans la zone littorale des réservoirs.

Inference for nonparametric high-frequency estimators with an application to time variation in betas

We consider the problem of conducting inference on nonparametric high-frequency estimators without knowing their asymptotic variances. We prove that a multivariate subsampling method achieves this goal under general conditions that were not previously available in the literature. We suggest a procedure for a data-driven choice of the bandwidth parameters. Our simulation study indicates that the subsampling method is much more robust than the plug-in method based on the asymptotic expression for the variance. Importantly, the subsampling method reliably estimates the variability of the Two Scale estimator even when its parameters are chosen to minimize the finite sample Mean Squared Error; in contrast, the plugin estimator substantially underestimates the sampling uncertainty. By construction, the subsampling method delivers estimates of the variance-covariance matrices that are always positive semi-definite. We use the subsampling method to study the dynamics of financial betas of six stocks on the NYSE. We document significant variation in betas within year 2006, and find that tick data captures more variation in betas than the data sampled at moderate frequencies such as every five or twenty minutes. To capture this variation we estimate a simple dynamic model for betas. The variance estimation is also important for the correction of the errors-in-variables bias in such models. We find that the bias corrections are substantial, and that betas are more persistent than the naive estimators would lead one to believe.

Étude exploratoire sur les origines du peuplement de l’île de Madagascar : une approche de craniométrie comparative appliquée sur des populations modernes

Les origines du peuplement de l’île de Madagascar ne sont encore que partiellement explorées à l’heure actuelle. Différentes populations ont contribué au peuplement de l’île, de nombreuses théories sur les origines de ce peuplement ont émergé et varient grandement selon les sources consultées. Selon l’archéologie et l’anthropologie culturelle, l’arrivée des premiers peuples remonterait à deux millénaires avant notre ère et plusieurs strates de vagues migratoires venues d’Afrique et d’Asie se sont succédées. Pour une vision complète du peuplement de toute l’île, ce sont les études en linguistique et en génétique qui ont donné les meilleures pistes en s’orientant vers une origine à prédominance indonésienne plutôt qu’africaine. Il reste cependant à confronter ces données diverses à celles issues de l’approche phénotypique, qui est peu utilisée. Mon objectif est donc d’explorer cette hypothèse à partir des données craniométriques, et ainsi de tester les modèles de peuplement proposés grâce à d’autres approches. Cet échantillon malgache (N=207) a été subdivisé sur la base de diverses données (géographie, ethnies et affiliations linguistiques). Après des analyses intra-groupe et intergroupes, ce dernier a été comparé à d’autres données craniométriques personnelles et publiées (N=1184). Deux types d’approches statistiques (multivariées classiques et issues de l’approche de la génétique des populations ou RMET) ont été utilisées afin d’obtenir des paramètres diversifiés et complémentaires. Les résultats issus des deux approches tendent vers une origine mixte (Afrique et Asie), dont la prépondérance varie en fonction de la région et du sexe. En effet, les hommes malgaches ont une origine triple (sud de l’Asie du Sud-est, sud de l’Afrique et côtes sud-est africaines), alors que les femmes ont plutôt une origine double (Afrique et Asie) selon l’approche multivariée classique. D’après les analyses RMET, on note que les individus des régions du nord et de l’est de l’île se rapprochent des populations de Tanzanie et les Malgaches présentent des similarités avec les populations indiennes. De plus, on remarque que les Malgaches du groupe nord présentent par rapport aux autres groupes un degré d’hétérogénéité plus élevé (Fst). Ce phénomène est dû probablement à des apports de populations plus diverses dès le début du peuplement de l’île dans cette région. Cette étude, basée sur un petit échantillon, confirme néanmoins les thèses antérieures sur la diversité du peuplement malgache et de plus elle démontre que les composantes prédominantes (Afrique ou Asie) varient selon les régions et le sexe.