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L’objectif de cette thèse est de déterminer l’étendue de la variabilité épigénétique, plus particulièrement du polymorphisme de méthylation de l’ADN, non liée à la variabilité génétique dans les populations asexuées en milieu naturel. Cette évaluation nous a permis de mieux cerner l’importance que peuvent avoir les processus épigénétiques en écologie et en évolution. Le modèle biologique utilisé est l’hybride clonal du complexe gynogénétique Chrosomus eos-neogaeus. Malgré une homogénéité génétique, une importante variabilité phénotypique est observée entre les hybrides d’une même lignée clonale mais retrouvés dans des environnements différents. L’influence des processus épigénétiques apporte une explication sur ce paradoxe. L’épigénétique se définit comme une modification de l’expression des gènes sans changement de la séquence d’ADN. La diversité des phénotypes peut entre autre s’expliquer par des patrons de méthylation différentiels des gènes et/ou des allèles des gènes entre les hybrides génétiquement identiques. La diversité des lignées épiclonales peut quant à elle s’expliquer par la colonisation de plusieurs lignées épiclonales, s’établir en réponse à l’environnement ou de façon aléatoire. Plusieurs méthodes seront utilisées afin de survoler le génome des hybrides clonaux pour mettre en évidence le polymorphisme de méthylation de l’ADN à l’échelle de l’individu et entre les individus de différentes populations.
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Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal
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L’apprentissage par projet est une méthode pédagogique importante dans le réseau des cégeps, particulièrement depuis la Réforme scolaire collégiale de 1993 (Piché & Lapostolle, 2009). Toutefois, la quantité d’études sur les conditions d’efficacité de cette méthode pédagogique, particulièrement les études longitudinales, est limitée dans le milieu collégial. La présente étude analyse le rôle de plusieurs variables issues de la recherche en psychologie organisationnelle. D’abord, on considère le rôle de deux variables de personnalité affectées par la complexité d’une tâche : l’orientation envers les buts (Dweck & Leggett, 1988) et le style de gestion des conflits (Rubin, Pruitt, & Kim, 1994). Deux variables processuelles sont aussi étudiées : les types de conflits (Jehn 1995, 1997) et la proactivité (Griffin, Neale, & Parker, 2007). À l’aide d’analyses de médiation (Preacher & Hayes, 2008), les résultats démontrent que les orientations envers les buts et les styles de gestion des conflits utiles aux tâches complexes le sont également dans un contexte de projet au collégial, favorisant la proactivité des étudiants. Pour les types de conflits, un examen de leur évolution dans le temps permet de conclure à un effet généralement négatif en raison de la forte association entre eux. Une explication possible est la présence de mésattribution (Simons & Peterson, 2000), c’est-à-dire que les conflits reliés à la tâche sont faussement interprétés comme des conflits interpersonnels.
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Ce mémoire propose de faire l’analyse épistémologique du pouvoir créateur de la sélection naturelle. L’objectif sera de déterminer en quelle mesure il est légitime ou non de lui attribuer un tel pouvoir. Pour ce faire, il sera question de savoir si l’explication sélectionniste peut répondre à la question de l’origine des formes structurelles du vivant. Au premier chapitre, nous verrons le raisonnement qui mena Darwin à accorder un pouvoir créateur à la sélection naturelle. Nous comprendrons alors qu’un cadre exclusivement darwinien n’est peut-être pas à même de répondre au problème de la nouveauté évolutionnaire. Au deuxième chapitre, nous verrons dans une perspective darwinienne qu’il est possible de conserver l’essence de la théorie darwinienne et d’accorder à la sélection naturelle un pouvoir créateur, bien que deux des piliers darwiniens fondamentaux doivent être remis en question. Au troisième chapitre, nous verrons dans une perspective postdarwinienne que le pouvoir cumulatif de la sélection naturelle n’est peut-être pas à même d’expliquer l’adaptation sur le plan individuel, ce qui remet lourdement en question le pouvoir créateur de la sélection naturelle. Nous comprendrons alors que le débat, entre partisans d’une vision positive et partisans d’une vision négative de la sélection naturelle, dépend peut-être d’un présupposé métaphysique particulier.
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L'ère numérique dans laquelle nous sommes entrés apporte une quantité importante de nouveaux défis à relever dans une multitude de domaines. Le traitement automatique de l'abondante information à notre disposition est l'un de ces défis, et nous allons ici nous pencher sur des méthodes et techniques adaptées au filtrage et à la recommandation à l'utilisateur d'articles adaptés à ses goûts, dans le contexte particulier et sans précédent notable du jeu vidéo multi-joueurs en ligne. Notre objectif est de prédire l'appréciation des niveaux par les joueurs. Au moyen d'algorithmes d'apprentissage machine modernes tels que les réseaux de neurones profonds avec pré-entrainement non-supervisé, que nous décrivons après une introduction aux concepts nécessaires à leur bonne compréhension, nous proposons deux architectures aux caractéristiques différentes bien que basées sur ce même concept d'apprentissage profond. La première est un réseau de neurones multi-couches pour lequel nous tentons d'expliquer les performances variables que nous rapportons sur les expériences menées pour diverses variations de profondeur, d'heuristique d'entraînement, et des méthodes de pré-entraînement non-supervisé simple, débruitant et contractant. Pour la seconde architecture, nous nous inspirons des modèles à énergie et proposons de même une explication des résultats obtenus, variables eux aussi. Enfin, nous décrivons une première tentative fructueuse d'amélioration de cette seconde architecture au moyen d'un fine-tuning supervisé succédant le pré-entrainement, puis une seconde tentative où ce fine-tuning est fait au moyen d'un critère d'entraînement semi-supervisé multi-tâches. Nos expériences montrent des performances prometteuses, notament avec l'architecture inspirée des modèles à énergie, justifiant du moins l'utilisation d'algorithmes d'apprentissage profonds pour résoudre le problème de la recommandation.
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Les concepts d’écosystèmes et de communautés sont centraux aux explications en écologie ainsi qu’à plusieurs débats environnementaux. Cependant, depuis l’introduction de ces concepts, leur statut ontologique est controversé (c'est-à-dire un écosystème a-t-il une existence à part entière au-delà de l’existence de ses parties constituantes?). Alors que certains favorisent une interprétation épistémique de ces concepts, d’autres défendent plutôt que ces unités écologiques fassent partie intégrante du monde naturel. Dans le cadre de ce mémoire, j’argumente que la meilleure manière d’appréhender cette question ontologique est de comprendre que les communautés ainsi que les écosystèmes sont des mécanismes. Plus précisément, je propose que les écosystèmes et les communautés soient des ensembles d’entités et d’activités organisés de manière à exhiber de manière régulière des phénomènes précis. Les entités sont les composantes de ces mécanismes (ex : espèce, niche écologique) alors que les activités sont les relations causales produisant des changements (ex : photosynthèse, prédation). Finalement, les phénomènes que ces mécanismes produisent sont les propriétés émergentes propres au niveau d’organisation des communautés et des écosystèmes (ex. : pH, Biomasse). En utilisant l’approche manipulationniste développée par James Woodward (2003, 2004, 2010), j’argumente qu’il est possible d’identifier les composantes causales des écosystèmes et des communautés ainsi que leurs relations. Puisqu’il est possible de manipuler empiriquement et de manière contrefactuelle de différentes manières les communautés et les écosystèmes (Penn 2003; Swenson et Wilson 2000), je conclus que nous pouvons affirmer de manière robuste (Wimsatt 2007) que ces entités existent réellement.
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On assiste en Géorgie, entre 1989 et 1994, à deux conflits civils couplés d’une violence politique majeure. L’Ossétie du Sud et l’Abkhazie, soit deux des trois régions dotées d’un statut autonome à l’intérieur de la Géorgie pendant la période soviétique, sont le théâtre de ces conflits. Les affrontements violents sont par ailleurs évités dans le cas de l’Adjarie, cette troisième région dotée d’un statut autonome. Les raisons de cette relative paix adjar ne sont pas évidentes à saisir à prime abord, surtout lorsqu’on observe la situation chaotique dans laquelle se trouve la Géorgie au moment de la chute de l’URSS. Il apparaît ainsi adéquat de se pencher plus spécifiquement sur l’Adjarie, en tant que région de la Géorgie, qui a certes entretenu de fortes tensions avec l’État géorgien nouvellement indépendant, mais sans pour autant que ces tensions politiques ne basculent en un conflit ouvert. Étant donné la similarité qui caractérise les territoires de l’Abkhazie et de l’Adjarie, les arguments géopolitiques ou encore les arguments concernant les structures institutionnelles n’apportent qu’une explication partielle. C’est plutôt un argument identitaire mettant de l’avant la relation entre les groupes qui apparaît déterminant pour expliquer l’absence de conflit en Adjarie.
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Cette thèse étudie la stabilité et l’instabilité politique des régimes hybrides. Elle pose la question suivante : dans quelles conditions l’autorité des élites au pouvoir est-elle reconnue ou contestée? Notre réponse s’articule en lien avec le caractère inclusif ou exclusif de la coalition dirigeante : c’est-à-dire, l’alliance stratégique des élites dirigeantes avec les groupes sociaux dominants. L’inclusion de ces derniers favorise le consentement et la stabilité; leur exclusion entraîne l’affrontement et l’instabilité politique. Sa composition dépend (i) du degré de violence organisée extra-légale et (ii) du degré de pénétration de l’État sur le territoire et dans l’économie. La première variable permet d’identifier quel groupe social au sein de l’État (militaires) ou du régime (partis d’opposition) est dominant et influence les formes de communication politique avec les élites dirigeantes. La deuxième variable permet d’identifier quel groupe social au sein de l’État (fonctionnaires) ou de la société (chefs locaux) est dominant et oriente les rapports entre les régions et le pouvoir central. L’apport de la recherche est d’approfondir notre compréhension des institutions politiques dans les régimes hybrides en mettant l’accent sur l’identité des groupes sociaux dominants dans un contexte donné. La thèse propose un modèle simple, flexible et original permettant d’appréhender des relations causales autrement contre-intuitives. En ce sens, la stabilité politique est également possible dans un pays où l’État est faible et/ou aux prises avec des mouvements de rébellion; et l’instabilité dans un contexte inverse. Tout dépend de la composition de la coalition dirigeante. Afin d’illustrer les liens logiques formulés et d’exposer les nuances de notre théorie, nous employons une analyse historique comparative de la coalition dirigeante en Malaisie (1957-2010), en Indonésie (1945-1998), au Sénégal (1960-2010) et au Paraguay (1945-2008). La principale conclusion est que les deux variables sont incontournables. L’une sans l’autre offre nécessairement une explication incomplète des alliances politiques qui forgent les conditions de stabilité et d'instabilité dans les régimes hybrides.
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La perception de mouvements est associée à une augmentation de l’excitabilité du cortex moteur humain. Ce système appelé « miroir » sous-tendrait notre habileté à comprendre les gestes posés par une tierce personne puisqu’il est impliqué dans la reconnaissance, la compréhension et l’imitation de ces gestes. Dans cette étude, nous examinons de quelle façon ce système miroir s’implique et se latéralise dans la perception du chant et de la parole. Une stimulation magnétique transcrânienne (TMS) à impulsion unique a été appliquée sur la représentation de la bouche du cortex moteur de 11 participants. La réponse motrice engendrée a été mesurée sous la forme de potentiels évoqués moteurs (PÉMs), enregistrés à partir du muscle de la bouche. Ceux-ci ont été comparés lors de la perception de chant et de parole, dans chaque hémisphère cérébral. Afin d’examiner l’activation de ce système moteur dans le temps, les impulsions de la TMS ont été envoyées aléatoirement à l’intérieur de 7 fenêtres temporelles (500-3500 ms). Les stimuli pour la tâche de perception du chant correspondaient à des vidéos de 4 secondes dans lesquelles une chanteuse produisait un intervalle ascendant de deux notes que les participants devaient juger comme correspondant ou non à un intervalle écrit. Pour la tâche de perception de la parole, les participants regardaient des vidéos de 4 secondes montrant une personne expliquant un proverbe et devaient juger si cette explication correspondait bien à un proverbe écrit. Les résultats de cette étude montrent que les amplitudes des PÉMs recueillis dans la tâche de perception de chant étaient plus grandes après stimulation de l’hémisphère droit que de l’hémisphère gauche, surtout lorsque l’impulsion était envoyée entre 1000 et 1500 ms. Aucun effet significatif n’est ressorti de la condition de perception de la parole. Ces résultats suggèrent que le système miroir de l’hémisphère droit s’active davantage après une présentation motrice audio-visuelle, en comparaison de l’hémisphère gauche.
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L’étude proposée dans ce mémoire porte sur le processus de visite des adolescents de 14-16 ans au Musée des beaux-arts de Montréal. Je mobilise principalement les concepts de « médiateurs » et « médiations », entendus selon la définition proposée par Hennion (1988, 2000). En effet, Hennion propose de voir la médiation non comme un pont entre deux entités, vision commune de la médiation, mais comme un processus en construction. Ainsi, le médiateur est un élément qui va capter l’attention du jeune visiteur et la médiation est l’action qui va se développer dans cette relation médiateur-visiteur. L’analyse vise plus particulièrement à identifier les médiateurs qui agissent durant cette visite et à comprendre les médiations qui se mettent en place. Cette étude a été réalisée au moyen d’entrevues semi-structurées et d’observations participantes, auprès de six adolescents, âgés de 14 à 16 ans. Une première entrevue permettait de connaître les antécédents de ces jeunes à l’égard des musées et de comprendre suite à quelles mises en condition ils se rendaient à l’exposition. Une observation, par groupe de deux participants, a ensuite été menée lors de l’exposition du Musée des beaux-arts de Montréal : Il était une fois l’impressionnisme. Une histoire de l’impressionnisme : chefs-d’œuvre de la peinture française du Clark. Ces observations ont permis de repérer les moments qui ont capté l’attention des participants durant leur visite. Enfin, une seconde entrevue a été l’occasion de revenir sur leur expérience de visite et de dégager les médiations qui se sont mises en place. Sur les bases de ce terrain, ce mémoire met en avant un ensemble de médiateurs (les autres visiteurs, l’environnement physique, l’œuvre et le récit) et de médiations (rêver, comprendre, se projeter, admirer, comparer et refuser) qui se sont développées chez ces adolescents. Suite à cela, ce mémoire propose une explication du processus de visite tel qu’analysé chez ces adolescents à travers la représentation de la « spirale coquillage ». Cette représentation souligne le fait que le processus de visite n’est pas un phénomène linéaire mais se fait par la confrontation des antécédents de l’adolescent avec sa nouvelle expérience de visite. Il s’agit donc d’un processus circulaire qui se base sur ses antécédents pour construire progressivement de nouvelles strates, qui conditionneront ses prochaines expériences au musée.
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Six courts récits, qui peuvent n’en former qu’un, se penchent sur les possibilités de la voix narrative (à la troisième personne, au « je », au « nous », au « tu »). Ils réfléchissent sur l’acte de création comme construction et sur les effets de la narration. Pour preuve, le dernier texte reprend intégralement le premier. Le fantastique surgit au moment de l’hésitation du lecteur devant la nature des faits qui lui sont présentés. C’est avec les différentes instances que composent les destinateurs et les destinataires du récit que ce texte joue. La voix narrative, dans un texte fantastique, a une grande importance et doit créer une tension chez le lecteur, qui n’arrivera pas à trouver une explication pour certains aspects du récit. Le narrateur, souvent au « je », se confond avec un personnage. À l’aide de l’analyse du déroulement de l’intrigue et des procédés narratifs utilisés dans trois nouvelles : La Vénus d’Ille (Mérimée), Apparition (Maupassant), Ligeia (Poe), nous cherchons à montrer le rôle du narrateur dans le texte fantastique.
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Ce mémoire analyse trois réformes majeures de politique sociale en Turquie, en deux domaines: emploi et sécurité social. En utilisant l'approche "Usage de l'Europe", ce mémoire developpe une analyse empirique et apporte une explication théorique de ces changements qui ont été introduits au cours du processus d'adhésion de la Turquie à l'Union européenne. "Les usages de l'Europe" est une approche d'européanisation qui se concentre sur le rôle des acteurs domestiques, au sein des États membres et candidats, ainsi que de leur utilisation des ressources de l'Union européenne. Les études de cas utilisées dans cette thèse démontrent l'introduction de changements au niveau de l'État-providence; ainsi, l'approche originelle est suppléée par des concepts provenant de la littérature sur la politique partisane, les institutions formelles et l'héritage des politiques. Cette recherche utilise la méthode de l'analyse de processus pour suivre la réforme des règlements du travail par la voie de reconstitution des droits individuels des travailleurs et de l'Agence d'emploi en Turquie jusqu'en 2003, ainsi que la transformation du système de sécurité sociale en 2008. Ces trois réformes représentent des changements majeurs tant sur le plan institutionnel que politique en Turquie depuis 2001. Afin de comprendre "les usages de l'Europe" dans ces réformes politiques, l'analyse empirique questionne, si, quand et comment les acteurs turcs ont utilisé les ressources, les références et les développements politiques de l'Union européenne lors de ce processus dynamique de réforme. Les réformes du système de sécurité sociale, des règlements du travail, en plus de la reconstitution de l'Agence d'emploi étaient à l'ordre du jour en Turquie depuis les années 1990. La réforme des règlements du travail ont entraîné l'introduction des accommodements flexibles au travail et une révision de la Loi du travail permettant l'établissement d'une législation de la sécurité d'emploi. La reconstitution de l'Agence d'emploi visait à remplacer la vieille institution défunte par une institution moderne afin d'introduire des politiques d'activation. La réforme de sécurité sociale comprend les pensions de retraite, le système de santé ainsi que l'administration des institutions de sécurité sociale. Les principaux résultats révèlent que la provision des ressources de l'Union européenne en Turquie a augmenté à partir de la reconnaissance de sa candidature en 1999 et ce, jusqu'au lancement des négociations pour son adhésion en 2005; ce qui fut une occasion favorable pour les acteurs domestiques impliqués dans les processus de réformes. Cependant, à l'encontre de certaines attentes originelles de l'approche de "les usages de l'Europe", les résultats de cette recherche démontrent que le temps et le sort de "les usages de l'Europe" dépendent des intérêts des acteurs domestiques, ainsi de leurs stratégies tout au long de ce processus de réforme, plutôt que des phases du processus ou la quantité des ressources fournies par l'Union européenne.
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Cette thèse traite de la structure électronique de supraconducteurs telle que déterminée par la théorie de la fonctionnelle de la densité. Une brève explication de cette théorie est faite dans l’introduction. Le modèle de Hubbard est présenté pour pallier à des problèmes de cette théorie face à certains matériaux, dont les cuprates. L’union de deux théories donne la DFT+U, une méthode permettant de bien représenter certains systèmes ayant des électrons fortement corrélés. Par la suite, un article traitant du couplage électron- phonon dans le supraconducteur NbC1−xNx est présenté. Les résultats illustrent bien le rôle de la surface de Fermi dans le mécanisme d’appariement électronique menant à la supraconductivité. Grâce à ces résultats, un modèle est développé qui permet d’expliquer comment la température de transition critique est influencée par le changement des fré- quences de vibration du cristal. Ensuite, des résultats de calcul d’oscillations quantiques obtenus par une analyse approfondie de surfaces de Fermi, permettant une comparaison directe avec des données expérimentales, sont présentés dans deux articles. Le premier traite d’un matériau dans la famille des pnictures de fer, le LaFe2P2. L’absence de su- praconductivité dans ce matériau s’explique par la différence entre sa surface de Fermi obtenue et celle du supraconducteur BaFe2As2. Le second article traite du matériau à fermions lourds, le YbCoIn5. Pour ce faire, une nouvelle méthode efficace de calcul des fréquences de Haas-van Alphen est développée. Finalement, un dernier article traitant du cuprate supraconducteur à haute température critique YBa2Cu3O6.5 est présenté. À l’aide de la DFT+U, le rôle de plusieurs ordres magnétiques sur la surface de Fermi est étudié. Ces résultats permettent de mieux comprendre les mesures d’oscillations quan- tiques mesurées dans ce matériau.
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La vaccination ADN à l’aide de plasmides codant pour des autoantigènes s’est avérée efficace dans la protection contre plusieurs maladies auto-immunes. Le but de ce mémoire était dans un premier temps d’établir si un protocole de vaccination ADN composé de 3 injections de pCMV-CTLA-4-NP et de pVR-IL-12 à deux semaines d’intervalle avait un effet protecteur contre le développement d’une hépatite auto-immune chez la souris TTR-NP, un modèle murin transgénique de la maladie et précédemment développé au laboratoire. Dans un deuxième temps, le but était d’élucider, le cas échéant, les mécanismes sous-tendant la protection conférée par la vaccination ADN. Les hypothèses initiales étaient qu’une protection allait effectivement être conférée par la vaccination ADN et que celle-ci pouvait être attribuable à une déviation de la réponse typiquement Th1 de la maladie vers une réponse Th2, à un épuisement des cellules immunitaires et/ou à l’activation et à l’induction de prolifération de cellules régulatrices. Les résultats montrent que la vaccination ADN induit une protection transitoire contre le développement d’infiltrations lymphocytaires au foie. Cette protection se ferait via un épuisement des cellules CD4+, CD8+ et CD19+ se retrouvant à la rate et exprimant PD 1 dans une plus forte proportion à 3 mois, et ne serait médiée ni par les lymphocytes T régulateurs CD4+CD25+FoxP3+, ni par les cellules CD8+FoxP3+. Une déviation de la réponse Th1 vers une réponse Th2 demeure une explication supplémentaire plausible à la protection conférée mais nécessiterait une caractérisation en situation plus physiologique avant de pouvoir inférer sur son implication réelle. La vaccination ADN n’influe ni sur la présence d’autoanticorps, ni sur les niveaux d’alanine aminotransférase, deux marqueurs de la maladie.
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Les facteurs psychologiques tels que l'hypnose, l'émotion, le stress et l’attention exercent un effet modulant puissant sur la nociception et la douleur. Toutefois, l’influence de l'attention sur la nociception et la douleur, ainsi que les mécanismes neuronaux sous-jacents, ne sont pas clairs. La littérature actuelle sur la modulation attentionnelle des réponses spinales nociceptives, telles que mesurées par le réflexe RIII, et de la perception de l’intensité de la douleur est discordante et souvent contradictoire. Ce mémoire fournit un nouveau cadre pour examiner la modulation du réflexe RIII et de la douleur par l’attention. Une tâche de discrimination sensorielle a été décomposée en trois composantes attentionnelles : la vigilance, l’orientation, et le contrôle exécutif. Auparavant, la nature multidimensionnelle de l’attention fut largement ignorée dans la littérature. Nous démontrons que les composantes attentionnelles ont des effets modulatoires distincts sur la nociception et la douleur et suggérons que ceci représente une partie de la confusion présente dans la littérature. En prenant compte du stress indépendamment, nous démontrons, pour la première fois, que le stress inhibe la modulation attentionnelle du réflexe RIII ce qui indique une interaction et dissociation de la modulation des réponses nociceptives par l’attention et le stress. Ces résultats importants clarifient, en grande partie, les contradictions dans la littérature, puisque les tâches cognitives produisent souvent des augmentations du stress ce qui confond l’interprétation des résultats. De plus, la tâche de discrimination inclut des stimuli visuels et somatosensoriels et révèle que l’influence de l'attention sur la douleur est spatialement spécifique tandis que la modulation attentionnelle de la nociception est spécifique à la modalité des stimuli, au moins en ce qui concerne les modalités examinées. A partir de ces résultats, un nouveau modèle de la modulation attentionnelle des processus de la douleur, basée sur les composantes attentionnelles, a été proposé. Celui-ci est appuyé par la littérature et fournit une explication systématique et intégratrice des résultats antérieurement contradictoires. De plus, à partir de ce modèle, plusieurs mécanismes neuronaux ont été proposés pour sous-tendre la modulation attentionnelle de la nociception et de la douleur.