HIV-1 Vpr induces the K48-linked polyubiquitination and proteasomal degradation of target cellular proteins to activate ATR and promote G2 arrest

HIV-1 viral protein R (Vpr) induces a cell cycle arrest at the G2/M phase by a mechanism involving the activation of the DNA damage sensor ATR. We and others recently showed that Vpr performs this function by subverting the activity of the DDB1-CUL4A (VPRBP) E3 ubiquitin ligase. Vpr could thus act as a connector between the E3 ligase and an unknown cellular factor whose ubiquitination would induce G2 arrest. While attractive, this model is solely based on the indirect observation that some mutants of Vpr retain their interaction with the E3 ligase but fail to induce G2 arrest. Using a tandem affinity purification approach, we observed that Vpr interacts with ubiquitinated cellular proteins and that this association requires the recruitment of an active E3 ligase given that depletion of VPRBP by RNA interference or overexpression of a dominant-negative mutant of CUL4A decreased this association. Importantly, G2-arrest-defective mutants of Vpr in the C-terminal putative substrate-interacting domain displayed decreased association with ubiquitinated proteins. We also found that inhibition of proteasomal activity increased this association and that the ubiquitin chains were at least in part constituted of classical K48 linkages. Interestingly, inhibition of K48 polyubiquitination specifically impaired Vpr-induced phosphorylation of H2AX, an early target of ATR, but did not affect UV-induced H2AX phosphorylation. Overall, our results provide direct evidence that association of Vpr with the DDB1-CUL4A (VPRBP) E3 ubiquitin ligase induces the K48-linked polyubiquitination of yet-unknown cellular proteins resulting in their proteasomal degradation and ultimately leading to activation of ATR and G2 arrest.

Computational prediction of neural progenitor cell fates

Understanding how stem and progenitor cells choose between alternative cell fates is a major challenge in developmental biology. Efforts to tackle this problem have been hampered by the scarcity of markers that can be used to predict cell division outcomes. Here we present a computational method, based on algorithmic information theory, to analyze dynamic features of living cells over time. Using this method, we asked whether rat retinal progenitor cells (RPCs) display characteristic phenotypes before undergoing mitosis that could foretell their fate. We predicted whether RPCs will undergo a self-renewing or terminal division with 99% accuracy, or whether they will produce two photoreceptors or another combination of offspring with 87% accuracy. Our implementation can segment, track and generate predictions for 40 cells simultaneously on a standard computer at 5 min per frame. This method could be used to isolate cell populations with specific developmental potential, enabling previously impossible investigations.

Pkd1 transgenic mice: Adult model of polycystic kidney disease with extrarenal and renal phenotypes

While high levels of Pkd1 expression are detected in tissues of patients with autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD), it is unclear whether enhanced expression could be a pathogenetic mechanism for this systemic disorder. Three transgenic mouse lines were generated from a Pkd1-BAC modified by introducing a silent tag via homologous recombination to target a sustained wild type genomic Pkd1 expression within the native tissue and temporal regulation. These mice specifically overexpressed the Pkd1 transgene in extrarenal and renal tissues from approximately 2- to 15-fold over Pkd1 endogenous levels in a copy-dependent manner. All transgenic mice reproducibly developed tubular and glomerular cysts leading to renal insufficiency. Interestingly, Pkd1(TAG) mice also exhibited renal fibrosis and calcium deposits in papilla reminiscent of nephrolithiasis as frequently observed in ADPKD. Similar to human ADPKD, these mice consistently displayed hepatic fibrosis and approximately 15% intrahepatic cysts of the bile ducts affecting females preferentially. Moreover, a significant proportion of mice developed cardiac anomalies with severe left ventricular hypertrophy, marked aortic arch distention and/or valvular stenosis and calcification that had profound functional impact. Of significance, Pkd1(TAG) mice displayed occasional cerebral lesions with evidence of ruptured and unruptured cerebral aneurysms. This Pkd1(TAG) mouse model demonstrates that overexpression of wildtype Pkd1 can trigger the typical adult renal and extrarenal phenotypes resembling human ADPKD.

Intervenants sociaux et médication psychiatrique : pratiques et accueil réservé à la Gestion autonome de la médication en santé mentale

La recherche en santé mentale reconnaît plusieurs habiletés aux travailleurs sociaux. Cependant, lorsqu’il est question de médication, élément central du plan de traitement en santé mentale, on constate que l’on attribue surtout aux travailleurs sociaux le rôle de veiller à l’observance de ce traitement. Pourtant, la recherche scientifique montre que prendre des médicaments est une expérience complexe et comporte des impacts psychosociaux. Pour les intervenants sociaux, ce contexte constitue une opportunité d’explorer avec les personnes qu’ils accompagnent, les différentes facettes de cette expérience. Cette opportunité n’est pas seulement remarquée par les professionnels mais aussi par des voix de la marge, celles de personnes qui ont vécu un problème de santé mentale et qui ont vu la médication entrer dans leur vie. C’est à partir de cette perspective que l’approche de la Gestion autonome de la médication (GAM) a été élaborée et permet de considérer les dimensions expérientielles et psychosociales de la prise de médicaments. La GAM propose, par des pratiques d’accompagnement individuel ou de groupe, de soutenir l’usager pour qu’il puisse porter un regard critique sur sa médication, s’assurer que celle-ci soit bien au service de sa qualité de vie et apporter des changements en conséquence. Cette étude réalisée auprès de 19 intervenants sociaux ayant participé à une formation sur la GAM, s’intéresse à leurs pratiques en lien avec la médication psychiatrique et à l’accueil qu’ils ont réservé à la GAM. Un état des connaissances par rapport à l’intervention sociale et la médication y est présenté ainsi qu’une description détaillée de la GAM. Des conclusions sont tirées sur la formation GAM et sur la formation des travailleurs sociaux.

La gouvernance des réseaux de politique publique : le cas du programme VIH en Haïti

Cette thèse concerne la gouvernance des réseaux de politique publique. Elle cherche à mieux comprendre le phénomène par l’analyse des caractéristiques du réseau d’acteurs impliqués, les défis qui se posent relativement au processus de gouverne, et l’influence qui en résulte pour les interventions. Le cadre d’analyse s’appuie essentiellement sur deux théories de la sociologie des organisations, en l’occurrence la théorie de l’acteur stratégique (Crozier et Friedberg 1977), et la théorie des réseaux de politique publique (Rhodes 1997). Il s’agit d’une étude de cas portant sur le programme VIH/Sida en Haïti, celui-ci étant documenté à partir de données d’entretiens, d’observations et de groupes de discussion. Les résultats de la recherche sont structurés en quatre articles. Le premier article rend compte de l’étape préliminaire, mais non moins importante, de la recherche, c’est-à-dire le travail de terrain. Il présente les défis méthodologiques et éthiques inhérents à la rencontre entre chercheur et participants pour la coconstruction des savoirs, notamment dans le contexte de la recherche en santé mondiale. Le deuxième article analyse les caractéristiques du réseau d’acteurs et montre la nécessité de prendre en compte les attributs propres des acteurs en plus de la structure de leurs interactions pour comprendre la gouvernance des réseaux de politique publique. La plupart des analyses, surtout celles s’appuyant sur l’approche réseau, cherchent à comprendre comment la structure des relations entre les acteurs influence la gouverne, le contenu ou les résultats de politiques. Or, dans le cas du programme VIH en Haïti, il apparaît que ce sont en réalité les attributs des acteurs en termes de ressources et de pouvoir, qui orientent leurs interactions avec les autres acteurs. Le troisième article présente un cadre d’analyse et illustre, à partir de celui-ci, l’influence des outils et des structures, ainsi que du contexte sociopolitique et économique sur la gouvernance du programme VIH/Sida en Haïti. Il argumente ensuite sur les défis que cela pose à la coordination des interventions et à la mise en place des relations de partenariat au sein du réseau d’acteurs. Le quatrième article se penche sur l’émergence de besoins nouveaux chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) et met en lumière la faiblesse des processus de planification à les cibler. Il renouvelle l’intérêt de l’approche participative, notamment dans le contexte des pays en développement, où il devient crucial d’adapter les interventions au contexte local en utilisant le potentiel et les ressources des communautés. L’étude a donc permis de montrer : 1) les liens qui existent entre les attributs des acteurs, la configuration particulière de leurs interactions et le processus de gouverne; 2) les défis qui résultent de l’influence des outils et structures mis en place, ainsi que des facteurs socioéconomiques et politiques sur le processus de gouverne, et enfin; 3) le lien qui existe entre le mode de gouvernance – via la participation - et la prise en compte des besoins émergents des PVVIH.

Caractéristiques communautaires et issues de grossesse chez les Inuits du Québec

Les Inuits sont le plus petit groupe autochtone au Canada. Les femmes inuites présentent des risques beaucoup plus élevés d’issues de grossesse défavorables que leurs homologues non autochtones. Quelques études régionales font état d’une mortalité fœtale et infantile bien plus importante chez les Inuits canadiens par rapport aux populations non autochtones. Des facteurs de risque tant au niveau individuel que communautaire peuvent affecter les issues de grossesse inuites. Les relations entre les caractéristiques communautaires et les issues de grossesse inuites sont peu connues. La compréhension des effets des facteurs de risque au niveau communautaire peut être hautement importante pour le développement de programmes de promotion de la santé maternelle et infantile efficaces, destinés à améliorer les issues de grossesse dans les communautés inuites. Dans une étude de cohorte de naissance reposant sur les codes postaux et basée sur les fichiers jumelés des mortinaissances/naissances vivantes/mortalité infantile, pour toutes les naissances survenues au Québec de 1991 à 2000, nous avons évalué les effets des caractéristiques communautaires sur les issues de grossesse inuites. Lorsque cela est approprié et réalisable, des données sur les issues de grossesse d’un autre groupe autochtone majeur, les Premières Nations, sont aussi présentées. Nous avons tout d'abord évalué les disparités et les tendances temporelles dans les issues de grossesse et la mortalité infantile aux niveaux individuel et communautaire chez les Premières Nations et les Inuits par rapport à d'autres populations au Québec. Puis nous avons étudié les tendances temporelles dans les issues de grossesse pour les Inuits, les Premières Nations et les populations non autochtones dans les régions rurales et du nord du Québec. Les travaux concernant les différences entre milieu rural et urbain dans les issues de grossesse chez les peuples autochtones sont limités et contradictoires, c’est pourquoi nous avons examiné les issues de grossesse dans les groupes dont la langue maternelle des femmes est l’inuktitut, une langue les Premières Nations ou le français (langue majoritairement parlée au Québec), en fonction de la résidence rurale ou urbaine au Québec. Finalement, puisqu'il y avait un manque de données sur la sécurité des soins de maternité menés par des sages-femmes dans les communautés éloignées ou autochtones, nous avons examiné les issues de grossesse en fonction du principal type de fournisseur de soins au cours de l'accouchement dans deux groupes de communautés inuites éloignées. Nous avons trouvé d’importantes et persistantes disparités dans la mortalité fœtale et infantile parmi les Premières Nations et les Inuits comparativement à d'autres populations au Québec en se basant sur des évaluations au niveau individuel ou communautaire. Une hausse déconcertante de certains indicateurs de mortalité pour les naissances de femmes dont la langue maternelle est une langue des Premières Nations et l’inuktitut, et pour les femmes résidant dans des communautés peuplées principalement par des individus des Premières Nations et Inuits a été observée, ce qui contraste avec quelques améliorations pour les naissances de femmes dont la langue maternelle est une langue non autochtone et pour les femmes résidant dans des communautés principalement habitées par des personnes non autochtones en zone rurale ou dans le nord du Québec. La vie dans les régions urbaines n'est pas associée à de meilleures issues de grossesse pour les Inuits et les Premières Nations au Québec, malgré la couverture d'assurance maladie universelle. Les risques de mortalité périnatale étaient quelque peu, mais non significativement plus élevés dans les communautés de la Baie d'Hudson où les soins de maternité sont prodigués par des sages-femmes, en comparaison des communautés de la Baie d'Ungava où les soins de maternité sont dispensés par des médecins. Nos résultats sont peu concluants, bien que les résultats excluant les naissances extrêmement prématurées soient plus rassurants concernant la sécurité des soins de maternité dirigés par des sages-femmes dans les communautés autochtones éloignées. Nos résultats indiquent fortement le besoin d’améliorer les conditions socio-économiques, les soins périnataux et infantiles pour les Inuits et les peuples des Premières Nations, et ce quel que soit l’endroit où ils vivent (en zone éloignée au Nord, en milieu rural ou urbain). De nouvelles données de surveillance de routine sont nécessaires pour évaluer la sécurité et améliorer la qualité des soins de maternité fournis par les sages-femmes au Nunavik.

Les déterminants de l'épuisement professionnel et des troubles musculosquelettiques et leur cooccurrence chez les policiers

Ce mémoire est rédigé dans le cadre d’une recherche multidisciplinaire visant à développer de meilleurs outils d’intervention et politiques en santé mentale au travail. L’objectif principal de cette étude était de cibler les déterminants de l’épuisement professionnel et des troubles musculosquelettiques et leur cooccurrence chez une population policière. Un échantillon de 410 policiers du Service de Police de Montréal (SPVM) a été sondé à l’aide d’un questionnaire basé sur des outils standardisés en santé mentale au travail. Les conditions organisationnelles, variables indépendantes de cette étude, ont été identifiées à partir de modèles théoriques validés. L’analyse segmentée de chacun des grands concepts (latitude décisionnelle, soutien social au travail, demandes, justice distributive et sur engagement) révèle que l’effet des conditions organisationnelles ne se manifeste pas également sur chacune des trois dimensions de l’épuisement professionnel (l’épuisement émotionnel, le cynisme et l’efficacité professionnelle). De plus, on observe que les trois formes de récompenses de justice distributive tirées du modèle « Déséquilibre-Efforts-Récompenses » (Siegrist, 1996) ne sont pas distribuées également selon les dimensions de l’épuisement professionnel. Selon nos données, la justice distributive d’estime de soi et le sur engagement s’avèrent significatifs dans tous les cas en regard des dimensions de l’épuisement professionnel et de son indice global. Finalement, nos résultats révèlent que la justice distributive d’estime de soi a un lien significatif sur la cooccurrence de l’épuisement professionnel et des troubles musculosquelettiques. Par contre, on note que des outils de recherche plus spécifiques permettraient une analyse approfondie de l’effet des conditions organisationnelles sur les troubles musculosquelettiques et sur l’effet de cooccurrence entre les deux problèmes à l’étude.

Increased brain lactate is central to the development of brain edema in rats with chronic liver disease

The pathogenesis of brain edema in patients with chronic liver disease (CLD) and minimal hepatic encephalopathy (HE) remains undefined. This study evaluated the role of brain lactate, glutamine and organic osmolytes, including myo-inositol and taurine, in the development of brain edema in a rat model of cirrhosis.Six-week bile-duct ligated (BDL) rats were injected with (13)C-glucose and de novo synthesis of lactate, and glutamine in the brain was quantified using (13)C nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR). Total brain lactate, glutamine, and osmolytes were measured using (1)H NMR or high performance liquid chromatography. To further define the interplay between lactate, glutamine and brain edema, BDL rats were treated with AST-120 (engineered activated carbon microspheres) and dichloroacetate (DCA: lactate synthesis inhibitor).Significant increases in de novo synthesis of lactate (1.6-fold, p<0.001) and glutamine (2.2-fold, p<0.01) were demonstrated in the brains of BDL rats vs. SHAM-operated controls. Moreover, a decrease in cerebral myo-inositol (p<0.001), with no change in taurine, was found in the presence of brain edema in BDL rats vs. controls. BDL rats treated with either AST-120 or DCA showed attenuation in brain edema and brain lactate. These two treatments did not lead to similar reductions in brain glutamine.Increased brain lactate, and not glutamine, is a primary player in the pathogenesis of brain edema in CLD. In addition, alterations in the osmoregulatory response may also be contributing factors. Our results suggest that inhibiting lactate synthesis is a new potential target for the treatment of HE.

Culture organisationnelle et santé mentale au travail

Cette thèse doctorale poursuit l’objectif de mieux comprendre le rôle joué par la culture organisationnelle en tant que déterminant des problèmes de santé mentale dans la main-d’œuvre. Ceci, dans un contexte où les organisations font face à plusieurs défis importants pouvant affecter leur survie et pérennité, mais surtout face aux coûts directs et indirects reliés à ce type de problèmes qui ne cessent d’augmenter. Cette thèse fut également inspirée par les nombreuses limites constatées à la suite d’une revue de la littérature sur la santé mentale au travail, alors que les principaux modèles sur le stress professionnel (e.g. modèle demandes-contrôle de Karasek (1979), modèle demandes-contrôle-soutien de Karasek et Theorell (1990), le modèle du Déséquilibre Efforts-Récompenses de Siegrist (1996) et le modèle Demandes-Ressources de Demerouti et al., (2001)) et guidant la recherche sur le sujet, ne tiennent pas compte du contexte organisationnel élargi dans lequel se vit le travail. Un élément bien précis du contexte organisationnel est le cœur de cette thèse soit la culture organisationnelle. En effet, la culture organisationnelle joue-t-elle un rôle dans le développement et/ou l’aggravation de problèmes de santé mentale dans la main-d’œuvre? Si oui ce rôle existe, alors comment et sous quelles conditions la culture organisationnelle est-elle susceptible de protéger ou de fragiliser la santé mentale des individus? Dans le but de mieux comprendre le rôle joué par la culture organisationnelle en matière de santé mentale au travail, nous avons eu recours à un modèle théorique intégrateur exposant les relations entre la culture organisationnelle, les conditions de l’organisation du travail et la santé mentale. Cette articulation théorique est présentée sous forme d’article dans le cadre de cette thèse. De ce modèle découle deux grandes hypothèses. La première est à l’effet que les conditions de l’organisation du travail sont associées à la détresse psychologique et à l’épuisement professionnel une fois tenu en compte la culture organisationnelle. La seconde hypothèse induite par le modèle proposé, pose que les conditions de l’organisation du travail médiatisent la relation entre la culture organisationnelle et les problèmes de santé mentale au travail. Ces hypothèses de recherche furent testées à partir de données transversales obtenues dans le cadre du projet de recherche SALVEO de l’Équipe de Recherche sur le Travail et la Santé Mentale (ERTSM) de l’Université de Montréal. Les résultats obtenus sont présentés sous forme de deux articles, soumis pour publication, lesquels constituent les chapitres 5 et 6 de cette thèse. Dans l’ensemble, le modèle théorique proposé obtient un soutient empirique important et tend à démontrer que la culture organisationnelle joue indirectement sur la détresse psychologique de par son influence sur les conditions de l’organisation du travail. Pour l’épuisement professionnel, les résultats démontrent que la culture organisationnelle influence directement et indirectement les problèmes de santé mentale au travail. Les résultats corroborent l’importance de développer de nouveaux modèles théoriques pour mieux inclure des facteurs reliés à l’organisation et au contexte organisationnel plus large afin d’avoir un portrait complet de la problématique de la santé mentale au travail. Cette thèse conclue sur les implications de ces résultats pour la recherche, et pour les retombées pratiques pour la gestion des ressources humaines.

The effectiveness of scoliosis screening programs: methods for systematic review and expert panel recommendations formulation

Background: Literature on scoliosis screening is vast, however because of the observational nature of available data and methodological flaws, data interpretation is often complex, leading to incomplete and sometimes, somewhat misleading conclusions. The need to propose a set of methods for critical appraisal of the literature about scoliosis screening, a comprehensive summary and rating of the available evidence appeared essential. METHODS: To address these gaps, the study aims were: i) To propose a framework for the assessment of published studies on scoliosis screening effectiveness; ii) To suggest specific questions to be answered on screening effectiveness instead of trying to reach a global position for or against the programs; iii) To contextualize the knowledge through expert panel consultation and meaningful recommendations. The general methodological approach proceeds through the following steps: Elaboration of the conceptual framework; Formulation of the review questions; Identification of the criteria for the review; Selection of the studies; Critical assessment of the studies; Results synthesis; Formulation and grading of recommendations in response to the questions. This plan follows at best GRADE Group (Grades of Recommendation, Assessment, Development and Evaluation) requirements for systematic reviews, assessing quality of evidence and grading the strength of recommendations. CONCLUSIONS: In this article, the methods developed in support of this work are presented since they may be of some interest for similar reviews in scoliosis and orthopaedic fields.

Rest-activity cycle disturbances in the acute phase of moderate to severe traumatic brain injury

Background. Sleep-wake disturbances are among the most persistent sequelae after traumatic brain injury (TBI) and probably arise during the hospital stay following TBI. These disturbances are characterized by difficulties sleeping at night and staying awake during the day. Objective. The aim of the present study was to document rest-activity cycle consolidation in acute moderate/severe TBI using actigraphy and to assess its association with injury severity and outcome. Methods. In all, 16 hospitalized patients (27.1 ± 11.3 years) with moderate/severe TBI wore actigraphs for 10 days, starting in the intensive care unit (ICU) when continuous sedation was discontinued and patients had reached medical stability. Activity counts were summed for daytime (7:00-21:59 hours) and nighttime periods (22:00-6:59 hours). The ratio of daytime period activity to total 24-hour activity was used to quantify rest-activity cycle consolidation. An analysis of variance was carried out to characterize the evolution of the daytime activity ratio over the recording period. Results. Rest-activity cycle was consolidated only 46.6% of all days; however, a significant linear trend of improvement was observed over time. Greater TBI severity and longer ICU and hospital lengths of stay were associated with poorer rest-activity cycle consolidation and evolution. Patients with more rapid return to consolidated rest-activity cycle were more likely to have cleared posttraumatic amnesia and have lower disability at hospital discharge. Conclusions. Patients with acute moderate/ severe TBI had an altered rest-activity cycle, probably reflecting severe fragmentation of sleep and wake episodes, which globally improved over time. A faster return to rest-activity cycle consolidation may predict enhanced brain recovery.

The role of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) virus structural and non-structural proteins in virus pathogenesis.

Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) is an economically devastating viral disease affecting the swine industry worldwide. The etiological agent, PRRS virus (PRRSV), possesses a RNA viral genome with nine open reading frames (ORFs). The ORF1a and ORF1b replicase-associated genes encode the polyproteins pp1a and pp1ab, respectively. The pp1a is processed in nine non-structural proteins (nsps): nsp1a, nsp1b, and nsp2 to nsp8. Proteolytic cleavage of pp1ab generates products nsp9 to nsp12. The proteolytic pp1a cleavage products process and cleave pp1a and pp1ab into nsp products. The nsp9 to nsp12 are involved in virus genome transcription and replication. The 30 end of the viral genome encodes four minor and three major structural proteins. The GP2a, GP3 and GP4 (encoded by ORF2a, 3 and 4), are glycosylated membrane associated minor structural proteins. The fourth minor structural protein, the E protein (encoded by ORF2b), is an unglycosylated membrane associated protein. The viral envelope contains two major structural proteins: a glycosylated major envelope protein GP5 (encoded by ORF5) and an unglycosylated membrane M protein (encoded by ORF6). The third major structural protein is the nucleocapsid N protein (encoded by ORF7). All PRRSV non-structural and structural proteins are essential for virus replication, and PRRSV infectivity is relatively intolerant to subtle changes within the structural proteins. PRRSV virulence is multigenic and resides in both the non-structural and structural viral proteins. This review discusses the molecular characteristics, biological and immunological functions of the PRRSV structural and nsps and their involvement in the virus pathogenesis.

La médecine génomique en santé internationale : le rôle des projets internationaux de science ouverte en génomique

Certaines applications thérapeutiques de la médecine génomique sont susceptibles de mener à une amélioration considérable de la santé des populations des pays en développement dans les années à venir. La mise en place de politiques d’innovation efficaces demeure toutefois cruciale afin d’assurer la réalisation des promesses de la révolution génomique. Dans le domaine biomédical, la commercialisation des fruits de la recherche s’est établie comme le paradigme dominant au sein du système d’innovation. Plusieurs études récentes ont cependant démontré que l’emphase mise sur la commercialisation et la protection de la propriété intellectuelle a donné lieu à des résultats décevants. Certains acteurs du système d’innovation avancent donc désormais qu’il est nécessaire d’aller au-delà de la commercialisation de la recherche et de mettre en place des politiques basées sur le paradigme de la valorisation de la recherche, qui favorise l’atteinte d’objectifs sociaux ainsi qu’économiques. L’objectif de notre mémoire est de documenter l’impact des politiques d’innovation de projets internationaux de science ouverte en génomique médicale sur le développement des capacités en recherche et développement en génomique et l’accès à la médecine génomique dans les pays en développement. Nous avons ainsi réalisé une étude de cas impliquant quatre projets internationaux de science ouverte en génomique médicale. Les résultats de notre étude de cas ont démontré que ces projets jouent un rôle important dans le développement des capacités en recherche et en développement en génomique dans les pays en développement, mais qu’ils y jouent un rôle beaucoup plus limité sur le plan de l’accès aux applications de la médecine génomique.

3D registration of MR and X-ray spine images using an articulated model.

Présentation: Cet article a été publié dans le journal : Computerised medical imaging and graphics (CMIG). Le but de cet article est de recaler les vertèbres extraites à partir d’images RM avec des vertèbres extraites à partir d’images RX pour des patients scoliotiques, en tenant compte des déformations non-rigides due au changement de posture entre ces deux modalités. À ces fins, une méthode de recalage à l’aide d’un modèle articulé est proposée. Cette méthode a été comparée avec un recalage rigide en calculant l’erreur sur des points de repère, ainsi qu’en calculant la différence entre l’angle de Cobb avant et après recalage. Une validation additionelle de la méthode de recalage présentée ici se trouve dans l’annexe A. Ce travail servira de première étape dans la fusion des images RM, RX et TP du tronc complet. Donc, cet article vérifie l’hypothèse 1 décrite dans la section 3.2.1.

Patient-specific model of a scoliotic torso for surgical planning

A method for the construction of a patient-specific model of a scoliotic torso for surgical planning via inter- patient registration is presented. Magnetic Resonance Images (MRI) of a generic model are registered to surface topography (TP) and X-ray data of a test patient. A partial model is first obtained via thin-plate spline registration between TP and X-ray data of the test patient. The MRIs from the generic model are then fit into the test patient using articulated model registration between the vertebrae of the generic model’s MRIs in prone position and the test patient’s X-rays in standing position. A non-rigid deformation of the soft tissues is performed using a modified thin-plate spline constrained to maintain bone rigidity and to fit in the space between the vertebrae and the surface of the torso. Results show average Dice values of 0.975 ± 0.012 between the MRIs following inter-patient registration and the surface topography of the test patient, which is comparable to the average value of 0.976 ± 0.009 previously obtained following intra-patient registration. The results also show a significant improvement compared to rigid inter-patient registration. Future work includes validating the method on a larger cohort of patients and incorporating soft tissue stiffness constraints. The method developed can be used to obtain a geometric model of a patient including bone structures, soft tissues and the surface of the torso which can be incorporated in a surgical simulator in order to better predict the outcome of scoliosis surgery, even if MRI data cannot be acquired for the patient.