Découverte d'inhibiteurs de la dihydrofolate réductase R67 impliquée dans la résistance au triméthoprime.

Le triméthoprime (TMP) est un antibiotique communément utilisé depuis les années 60. Le TMP est un inhibiteur de la dihydrofolate réductase (DHFR) bactérienne chromosomale. Cette enzyme est responsable de la réduction du dihydrofolate (DHF) en tétrahydrofolate (THF) chez les bactéries, qui lui, est essentiel à la synthèse des purines et ainsi, à la prolifération cellulaire. La résistance bactérienne au TMP est documentée depuis plus de 30 ans. Une des causes de cette résistance provient du fait que certaines souches bactériennes expriment une DHFR plasmidique, la DHFR R67. La DHFR R67 n'est pas affectée par le TMP, et peut ainsi remplacer la DHFR chromosomale lorsque celle-ci est inhibée par le TMP. À ce jour, aucun inhibiteur spécifique de la DHFR R67 est connu. En découvrant des inhibiteurs contre la DHFR R67, il serait possible de lever la résistance au TMP que la DHFR R67 confère aux bactéries. Afin de découvrir des inhibiteurs de DHFR R67, les approches de design à base de fragments et de criblage virtuel ont été choisies. L'approche de design à base de fragments a permis d'identifier sept composés simples et de faible poids moléculaire (fragments) inhibant faiblement la DHFR R67. À partir de ces fragments, des composés plus complexes et symétriques, inhibant la DHFR R67 dans l'ordre du micromolaire, ont été élaborés. Des études cinétiques ont montré que ces inhibiteurs sont compétitifs et qu'au moins deux molécules se lient simultanément dans le site actif de la DHFR R67. L'étude d'analogues des inhibiteurs micromolaires de la DHFR R67 a permis de déterminer que la présence de groupements carboxylate, benzimidazole et que la longueur des molécules influencent la puissance des inhibiteurs. Une étude par arrimage moléculaire, appuyée par les résultats in vitro, a permis d'élaborer un modèle qui suggère que les résidus Lys32, Gln67 et Ile68 seraient impliqués dans la liaison avec les inhibiteurs. Le criblage virtuel de la librairie de 80 000 composés de Maybridge avec le logiciel Moldock, et les essais d'inhibition in vitro des meilleurs candidats, a permis d'identifier quatre inhibiteurs micromolaires appartenant à des familles distinctes des composés précédemment identifiés. Un second criblage virtuel, d'une banque de 6 millions de composés, a permis d'identifier trois inhibiteurs micromolaires toujours distincts. Ces résultats offrent la base à partir de laquelle il sera possible de développer iv des composés plus efficaces et possédant des propriétés phamacologiquement acceptables dans le but de développer un antibiotique pouvant lever la résistance au TMP conféré par la DHFR R67.

Étude des maxima de champs gaussiens corrélés.

Ce mémoire porte sur l’étude des maxima de champs gaussiens. Plus précisément, l’étude portera sur la convergence en loi, la convergence du premier ordre et la convergence du deuxième ordre du maximum d’une collection de variables aléatoires gaussiennes. Les modèles de champs gaussiens présentés sont le modèle i.i.d., le modèle hiérarchique et le champ libre gaussien. Ces champs gaussiens diffèrent par le degré de corrélation entre les variables aléatoires. Le résultat principal de ce mémoire sera que la convergence en probabilité du premier ordre du maximum est la même pour les trois modèles. Quelques résultats de simulations seront présentés afin de corroborer les résultats théoriques obtenus.

Social Policy Reforms in Turkey : Uses of Europe

Ce mémoire analyse trois réformes majeures de politique sociale en Turquie, en deux domaines: emploi et sécurité social. En utilisant l'approche "Usage de l'Europe", ce mémoire developpe une analyse empirique et apporte une explication théorique de ces changements qui ont été introduits au cours du processus d'adhésion de la Turquie à l'Union européenne. "Les usages de l'Europe" est une approche d'européanisation qui se concentre sur le rôle des acteurs domestiques, au sein des États membres et candidats, ainsi que de leur utilisation des ressources de l'Union européenne. Les études de cas utilisées dans cette thèse démontrent l'introduction de changements au niveau de l'État-providence; ainsi, l'approche originelle est suppléée par des concepts provenant de la littérature sur la politique partisane, les institutions formelles et l'héritage des politiques. Cette recherche utilise la méthode de l'analyse de processus pour suivre la réforme des règlements du travail par la voie de reconstitution des droits individuels des travailleurs et de l'Agence d'emploi en Turquie jusqu'en 2003, ainsi que la transformation du système de sécurité sociale en 2008. Ces trois réformes représentent des changements majeurs tant sur le plan institutionnel que politique en Turquie depuis 2001. Afin de comprendre "les usages de l'Europe" dans ces réformes politiques, l'analyse empirique questionne, si, quand et comment les acteurs turcs ont utilisé les ressources, les références et les développements politiques de l'Union européenne lors de ce processus dynamique de réforme. Les réformes du système de sécurité sociale, des règlements du travail, en plus de la reconstitution de l'Agence d'emploi étaient à l'ordre du jour en Turquie depuis les années 1990. La réforme des règlements du travail ont entraîné l'introduction des accommodements flexibles au travail et une révision de la Loi du travail permettant l'établissement d'une législation de la sécurité d'emploi. La reconstitution de l'Agence d'emploi visait à remplacer la vieille institution défunte par une institution moderne afin d'introduire des politiques d'activation. La réforme de sécurité sociale comprend les pensions de retraite, le système de santé ainsi que l'administration des institutions de sécurité sociale. Les principaux résultats révèlent que la provision des ressources de l'Union européenne en Turquie a augmenté à partir de la reconnaissance de sa candidature en 1999 et ce, jusqu'au lancement des négociations pour son adhésion en 2005; ce qui fut une occasion favorable pour les acteurs domestiques impliqués dans les processus de réformes. Cependant, à l'encontre de certaines attentes originelles de l'approche de "les usages de l'Europe", les résultats de cette recherche démontrent que le temps et le sort de "les usages de l'Europe" dépendent des intérêts des acteurs domestiques, ainsi de leurs stratégies tout au long de ce processus de réforme, plutôt que des phases du processus ou la quantité des ressources fournies par l'Union européenne.

Study of baleen whales’ ecology and interaction with maritime traffic activities to support management of a complex socio-ecological system

Thesis written in co-mentorship with Robert Michaud.

L'absorption des recours pour atteinte illicite prévus à la Charte des droits et libertés de la personne par le régime de responsabilité civile de droit commun

Dans une séquence d'arrêts rendus à partir de 1996, la Cour suprême du Canada établit que les recours pour « atteinte illicite » prévus à l'article 49 de la Charte des droits et libertés de la personne doivent être soumis au régime de responsabilité civile de droit commun. La Cour suprême indique à cette occasion que, pour qu’il y ait atteinte illicite à un droit, la violation de ce droit devra être qualifiée de fautive. Cette qualification pourra être démontrée par « la transgression d’une norme de conduite jugée raisonnable dans les circonstances selon le droit commun » ou, « comme c’est le cas pour certains droits », lorsqu’un comportement transgresse « […] une norme dictée par la Charte elle-même ». Dans le premier cas, la notion de faute absorbe la notion d’illicéité, alors que dans le deuxième cas elle se dissout dans l’illicite (ce qui en fait une faute objective in abstracto). Or, dans ce dernier cas, la Cour suprême du Canada, en 2008, dans l’arrêt Ciment du Saint-Laurent, a indiqué que la faute constitue une obligation de moyens, qui s’évalue selon le critère de la personne prudente et diligente. Il ne peut donc s’agir d’une obligation de résultats. Il serait donc maintenant difficile de concilier cette caractérisation de la faute avec la politique adoptée par la Cour suprême en matière de Charte. Puisque le texte de la Charte contient lui-même les conditions matérielles et formelles dans lesquelles il sera possible de conclure à l’existence d’une atteinte illicite, il serait souhaitable, aux fins d’assurer la cohérence du droit, que la méthode de convergence des recours entre le Code et la Charte soit délaissée afin de reconnaître la pleine autonomie matérielle des recours prévus à la Charte, ce qui, du même coup, aurait pour effet de ne pas dénaturer la notion de faute. De plus, alors que la Cour suprême établissait dans ces arrêts qu’une atteinte illicite ne comporte pas un préjudice en soi, l’auteure soutien que le dommage causé à un droit comporte toujours un préjudice inhérent, que le droit se doit de sanctionner.

Postures littéraires et modernité dans les chroniques sur les régions d'Arthur Buies

Dans notre étude, nous cherchons à démontrer qu'Arthur Buies se présente comme le témoin d'une forme de modernité dans ses chroniques sur les régions qui sont publiées dans les années 1870 dans divers journaux puis rassemblées en trois recueils. En effet, nous nous appuyons sur l'idée qu'il observerait sensiblement les mêmes traits dans ses chroniques rurales que dans ses chroniques urbaines. Nous pensons aussi que les postures littéraires (Jérôme Meizoz) qu'il adopte permettent à Buies de transmettre - de manière formelle - sa vision de la modernité. Au terme de la recherche, il ressort que Buies, conscient de ce qu'est la modernité, juge qu'elle ne se trouve pas inéluctablement dans les villes. Pour lui, Paris et San Francisco sont modernes, alors que Québec ne l'est pas. De plus, pour lui, il existe bel et bien une forme de modernité dans les chroniques rurales, puisqu'il y observe sensiblement les mêmes traits que ceux qu'il relevait dans ses chroniques sur Paris et San Francisco. Aussi, Buies est-il convaincu que la colonisation au Québec stagne. Il en vient à ce constat lorsqu'il la compare à celle se produisant simultanément aux États-Unis. Toutefois, il remarque un certain progrès au cours de la décennie, insuffisant, selon lui, pour compenser l'absence de chemin de fer sur la rive nord du Saint-Laurent. Nous concluons, à partir de nos analyses, que les postures littéraires que Buies choisit - particulièrement celle du flâneur et celle du géographe - lui permettent de véhiculer les traits de la modernité dans l'écriture même de ses chroniques.

Soin des corps, soin des âmes : genre et pouvoirs dans les hôpitaux de France et de Nouvelle-France aux XVIIe et XVIIIe siècles.

Thèse réalisée en cotutelle avec l'université Clermont 2 (Clermont-Ferrand, France)

Les Iroquoiens de Droulers/Tsiionhiakwatha et le cristal de quartz

Parmi la grande quantité de témoins culturels découverts sur le site Droulers/Tsiionhiakwatha (BgFn-1), la pierre taillée et polie forme un assemblage bien modeste. Les Iroquoiens de Droulers ont habité un village semi-permanent daté du Sylvicole supérieur, plus précisément entre l’an 1430 et 1500 ap. J.-C. Ils ont fabriqués des grattoirs, des pointes de flèches, des forets, des polissoirs et des meules à mains, en plus d’outils en quartz hyalin dont la fonction n’est pas bien définie. Parmi les 3595 objets lithiques, nous trouvons 18 outils et 1085 déchets de taille en cristal, ce qui représente près de 30% du total. Le quartz hyalin fut utilisé durant la préhistoire québécoise, mais jamais en aussi grande quantité que sur Droulers. Nous présentons la chaîne opératoire du quartz hyalin, de son extraction à son rejet sur les sites archéologiques. Nous explorons également son utilisation et sa symbolique chez les habitants du village Droulers, une enquête basée sur des données archéologiques et ethnographiques des Amérindiens actuels et de ceux de la période de Contact du nord-est de l’Amérique du nord.

Un fjord, une rivière, un lac et des ruisseaux : variabilité culturelle paléohistorique sur le bassin hydrographique de la rivière Saguenay (Québec, Canada)

En archéologie, l’identification des identités culturelles spécifiques pose souvent problème. Cependant, lorsqu’on en arrive à la fin de la Paléohistoire et plus particulièrement au cours de la Protohistoire, les vestiges archéologiques trouvent alors des alliées sous la forme de sources littéraires et iconographiques qui documentent tant bien que mal la géographie humaine de l’époque. Sur le bassin hydrographique de la rivière Saguenay, quelques-unes de ces mentions révèlent que se trouvaient au cours de la Protohistoire un certain nombre de groupes distincts parmi lesquels des Iroquoiens du Saint-Laurent, des Montagnais de Tadoussac, des Kakouchacks et autres groupes du Nord. Les vestiges archéologiques des 393 sites archéologiques qui comptent au moins une composante de la Protohistoire ou de la Paléohistoire récente sur le bassin hydrographique de la rivière Saguenay ont été mis à contribution afin de déterminer si ce qui est mentionné où illustré dans les documents historiques est vérifiable du point de vue archéologique. Que ce soit les vestiges céramiques, lithiques, ostéologiques ou autres, ceux-ci ont en effet révélé certaines tendances qui ne peuvent s’expliquer que par des trames culturelles spécifiques. Après avoir constaté la présence de cette mosaïque culturelle au cours de la Protohistoire, le défi était de déterminer depuis quand celle-ci s’était mise en place et surtout d’en identifier les causes. Si l’environnement très variable qui caractérise le bassin hydrographique de la rivière Saguenay (incluant le lac Saint-Jean) a certes joué un rôle, d’autres événements ou comportements ont assurément contribué à diversifier les populations. Parmi ceux-ci, il y a la provenance des populations qui fréquentaient la rivière et ses affluents, les axes de circulations qu’ils empruntaient dans le cadre de leur cycle saisonnier, de même que le contexte des échanges qui se pratiquaient à l’échelle pan-bassin hydrographique. Tous ces aspects ont assurément joué un rôle dans la détermination de ce qu’était une population des basses terres du lac Saint-Jean versus une population du Bas-Saguenay.

Systematic construction of models for the exchange hole of density functional theory.

Dans ce travail, nous étendons le nombre de conditions physiques actuellement con- nues du trou d’échange exact avec la dérivation de l’expansion de quatrième ordre du trou d’échange sphérique moyenne exacte. Nous comparons les expansions de deux- ième et de quatrième ordre avec le trou d’échange exact pour des systèmes atomiques et moléculaires. Nous avons constaté que, en général, l’expansion du quatrième ordre reproduit plus fidèlement le trou d’échange exact pour les petites valeurs de la distance interélectronique. Nous démontrons que les ensembles de base de type gaussiennes ont une influence significative sur les termes de cette nouvelle condition, en étudiant com- ment les oscillations causées par ces ensembles de bases affectent son premier terme. Aussi, nous proposons quatre modèles de trous d’échange analytiques auxquels nous imposons toutes les conditions actuellement connues du trou d’échange exact et la nou- velle présentée dans ce travail. Nous évaluons la performance des modèles en calculant des énergies d’échange et ses contributions à des énergies d’atomisation. On constate que les oscillations causeés par les bases de type gaussiennes peuvent compromettre la précision et la solution des modèles.

Le possible absolu et le possible ordonné chez Jean Duns Scot

Pour Jean Duns Scot (1265/66-1308), tout ce qui n’est pas contradictoire par essence peut être réalisé (possibilité synchronique). Cet aspect du possible, largement documenté dans la littérature récente, s’explique par la théologie scotiste où Dieu pense tout ce dont l’essence n’est pas contradictoire et peut, par sa toute- puissance, immédiatement poser chacun de ces possibles dans l’existence. On découvre néanmoins un deuxième ordre du possible chez Scot : comme le passé est nécessaire en tant que réalisé, le critère de non-contradiction à l’existant déjà réalisé s’ajoute ainsi au critère de non-contradiction de l’essence du possible à être. J’aimerais ici montrer que, pour Scot, le possible n’est pas que non-contradiction de l’essence de l’étant à être, mais que ce qui a été réalisé est aussi fonction du possible dans la mesure où il pose l’ordre à respecter quant à ce qui peut encore advenir.

La québécité comme élément fondateur d'une pensée musicale électroacoustique

Le projet de recherche-création proposé survole la québécité à travers un pan majeur de l’étude des Amériques : le territoire. L’adoption du territoire québécois, de son espace, et de sa densité – effectué à la fois sous un axe méridional (le Saint-Laurent) et septentrional (le Nord) –, s’effectue dans mon corpus acousmatique à travers l’utilisation de concepts théoriques établis par plusieurs figures québécoises et internationales. La description des sources d'inspiration du cycle d’œuvres acousmatique proposé, étant principalement issues de sphères extramusicales — la démarche de divers artistes et chercheurs québécois ayant contribué à l’émergence poétique de mon corpus tels que Pierre Perrault, René Derouin, Daniel Chartier, et Louis-Edmond Hamelin — y tient une place importante. La portion musicale est effectuée de façon analytique à l’aide de deux méthodes propres au genre électroacoustique – analyse typologique de Pierre Schaeffer, et fonctionnelle de Stéphane Roy –, qui, à travers l’œuvre de certains compositeurs de musiques électroniques internationaux permettent de souligner la pluralité des conceptions territoriales et le réseau sémantique universel sous-jacent, laissant place à une lecture plus large de cette thématique. La méthodologie proposée permet donc à la fois de cerner l’universel – modèles naturels, références psychoacoustiques –, le local – utilisation de poèmes québécois, référents animaux ou anecdotiques précis tels que des cris d’oiseaux et des prises sonores du Saint-Laurent –, et la relation dichotomique entre la nature et la culture dans mon corpus, afin qu’émerge un discours musical cohérent basé sur le territoire québécois.