La banque d'investissement et la conglomération du secteur financier : une multiplicité d'intérêts en quête d'équilibre

Jouant un rôle crucial pour l’efficience des marchés, la banque d’investissement contemporaine se caractérise par l’exercice d’une grande diversité d’activités aussi complexes qu’hétérogènes sous un même toit. Agissant tantôt auprès d’une clientèle de particuliers, d’entreprises, d’institutions financières, de fonds d’investissement ou de gouvernements, et tantôt pour son propre compte, elle compose avec une multitude d’intérêts divergents, ce qui soulève un certain questionnement quant à la portée de l’obligation de loyauté dont elle peut être tributaire envers ses clients. Les implications répétées des banques d’affaires dans la vague de récents scandales financiers ont inévitablement affecté la confiance que les épargnants témoignent envers l’intégrité de cette institution et des marchés financiers en général. Elles ont de plus contribué significativement à relancer le débat concernant la pertinence de contrôler, et même d’éliminer les conflits d’intérêts, un phénomène largement répandu au sein de la banque d’investissement. À titre de mécanismes préventifs, les solutions de marchés et l’autodiscipline des intermédiaires financiers sont imparfaits. La réglementation des conflits d’intérêts se justifie alors afin de pallier les défaillances du marché et de l’autorégulation. Pour autant qu’il maintienne sa réglementation dans un rapport efficience-équité acceptable, l’État est appelé à concevoir des normes de contrôle aux objectifs variés, allant de la réforme structurelle du secteur financier à l’élaboration de principes généraux devant servir de balises à la conduite des intermédiaires financiers. Ainsi, dans une industrie caractérisée par une forte conglomération, la réponse des législateurs semble s’articuler autour du traitement adéquat des conflits d’intérêts, traitement qui s’opère par divers mécanismes, dont la muraille Chine, la divulgation et le refus d’agir.

Nutrigenomics for Global Health: Ethical Challenges for Underserved Populations

Nutrigenomics covers disparate fields of nutrition science and has been defined in many different ways. In fact, this emerging field of science has multiple facets, many of which do not generate the same ethical issues. In particular, different ethical issues emerge concerning the extent to which nutrigenomics may actually improve global health, i.e., in terms of worldwide improvement of health, reduction of disparities, and protection against global threats that disregard national borders. Nutrigenomics raises many hopes and expectations on that score. However it remains unclear and controversial whether nutrigenomics studies and their actual or potential applications will actually benefit developing countries and their populations. Different forces may drive the choice of research priorities and shape the claims that are made when communicating the goals or the results of nutrigenomics studies and applications. This article proposes to assess expectations and claims in nutrigenomics, with respect to their respective potential impact on global health and the ethical issues they raise. Nutrigenomics is and should be more than premature claims and much debated promises about personalized nutritional interventions on individuals. Beyond questionable commercial claims, nutrigenomics is also knowledge about and recognition of the considerable impacts of underfeeding and malnutrition on the genome (and epigenome) integrity and stability. As such, nutrigenomics research is a valuable opportunity to revive and give strength to the debate about the unacceptable consequences of hunger and malnutrition worldwide, and to support a newly and potentially significant convergence in research priorities that could benefit both developed and developing countries.

Encountering the suffering other in illness narratives : between the memory of suffering and the suffering memory

Cette étude porte sur la dimension intersubjective de la souffrance qui affecte le rapport du souffrant à son corps, au temps et à l’espace vécus de même que son identité narrative et sa mémoire narrative. Mon argument principal est que la voix narrative constitue le rapport intersubjectif dans les récits de maladie que les proches écrivent sur leurs partenaires souffrant de cancer de cerveau ou de la maladie d’Alzheimer. Ma discussion est basée sur l’éthique, la phénoménologie, les théories de l’incorporation, les études des récits de vie, la sociologie et l’anthropologie médicales et la narratologie. L’objet de mon étude est l’expérience incorporée de la souffrance dans les récits de maladie et je me concentre sur la souffrance comme perte de la mémoire et du soi narratif. J’analyse le journal How Linda Died de Frank Davey et les mémoires de John Bayley, Iris: A Memoir of Iris Murdoch et Iris and Her Friends: A Memoir of Memory and Desire. J’explore comment les récits de maladie constituent le rapport éthique à l’Autre souffrant de la rupture de la mémoire. La discussion de la voix est située dans le contexte des récits de vie et se propose de dépasser les limites des approches sociologiques et anthropologiques de la voix dans les récits de maladie. Dans ce sens, dans un premier temps je porte mon attention sur des études narratologiques de la voix en indiquant leurs limites. Ma propre définition de la voix narrative est basée sur l’éthique dans la perspective d’Emmanuel Levinas et de Paul Ricœur, sur l’interprétation du temps, de la mémoire et de l’oubli chez St-Augustin et la discussion levinasienne de la constitution intersubjective du temps. J’avance l’idée que la “spontanéité bienveillante” (Ricœur, Soi-même comme un autre 222) articule la voix narrative et l’attention envers l’Autre souffrant qui ne peut plus se rappeler, ni raconter sa mémoire. En reformulant la définition augustinienne du temps qui met en corrélation les modes temporels avec la voix qui récite, j’avance l’idée que la voix est distendue entre la voix présente de la voix présente, la voix présente de la voix passée, la voix présente de la voix future. Je montre comment la voix du soignant est inscrite par et s’inscrit dans les interstices d’une voix interrompue, souffrante. Je définis les récits de vies comme des interfaces textuelles entre le soi et l’Autre, entre la voix du soi et la voix du souffrant, comme un mode de restaurer l’intégrité narrative de l’Autre.

BA'S : The practice and law of bankers' acceptance

Au cours d'une transaction portant sur une acceptation bancaire (ci-après «BA» tel que dénommée dans le jargon juridique) différents types de relations peuvent s'établir entre les parties impliquées, certaines plus directes que d'autres. Dans une transaction donnée, à part le client et la banque, on peut trouver une ou plusieurs banques participantes et un ou plusieurs investisseurs, qui deviennent détenteurs de BA. La situation peut devenir complexe et les relations légales risquent de devenir assez compliquées. Cependant, il est important d'identifier si la relation s'est établie à travers l'instrument de BA, si elle existe par le biais d'une relation contractuelle ordinaire ou encore, si elle existe par le fait de la loi. Une bonne analyse des circonstances entourant la transaction, des facteurs connexes à la transaction et des droits et obligations qui existent entre les parties, sera nécessaire pour déterminer laquelle de la loi provinciale ou fédérale s'appliquera, et dans quelle mesure. Une fois accordée, la BA est gouvernée par la Loi sur les lettres de change. Toutes solutions apportées à un problème qui implique des BA, doivent, en principe, respecter la nature inhérente de la BA en tant qu'effet de commerce, gouverné par la loi fédérale. En matière de BA, c'est, soit la Loi sur les lettres de change soit la Loi sur les lettres et billets de dépôt (Depository Bills and Note Act) qui s'appliqueront à l'acte. Comme il existe des lois fédérales applicables à la BA, l'objet de notre étude est de déterminer si, et dans quelle circonstance la loi de la province, tel que le Code civil du Québec, trouvera application et éclaircira dans certains cas la disposition contenue dans la Loi sur les lettres de change, notamment lorsque les dispositions de ladite loi sont silencieuses ou ambigües. La solution la plus simple serait d'appliquer la loi provinciale aux matières qui ne sont pas traitées dans la loi, étant donné que les lois provinciales apportent souvent un complément à la législation fédérale. Cependant, la Loi sur les lettres de change contient des dispositions spéciales, tel que l'article 9 qui stipule : « 9. Les règles de la common law d'Angleterre, y compris en droit commercial, s'appliquent aux lettres, billets et chèques dans la mesure de leur compatibilité avec les dispositions expresses de la présente loi. » Cette disposition a crée une certaine confusion relativement à l'application du droit civil du Québec en matière de Lettres de change. En effet, il existe un doute quant à savoir si l'application de l'article 9 est une incorporation par référence qui exclue totalement l'application du droit civil. Cette question continue de se poser inexorablement dans la doctrine et la jurisprudence. Elle a en effet donné lieu à une série de théories quand au degré d'application de la common law en matière de lettres de change. Une revue de la jurisprudence dominante nous permet de conclure que les tribunaux ont accepté l'application du droit provinciale dans certaines questions impliquant les lettres de change. La question essentielle traitée lors de notre analyse est la suivante: lorsqu'un litige prend naissance dans une transaction de BA, quelle est la règle qui devra s'appliquer? Quel sera le droit qui gouvernera les problèmes émergeant dans une BA, celui du Code Civil du Québec ou celui de la common law d'Angleterre? Étant donne le nombre de cas qui sont portés devant les cours de justice en rapport avec des transactions de BA, comprendre quelle sera la loi applicable est d'une importance fondamentale. Pour répondre à cette question, nous commencerons par un examen de l'historique, du développement et de l'évolution de la BA. Afin de mieux comprendre la BA, nous débuterons par un bref survol des origines de cet instrument juridique. Dans le deuxième chapitre, nous analyserons la nature et le caractère légal de la BA. Cela constituera le cadre aux travers duquel nous pourrons identifier les règles et les principes qui s'appliquent aux différents aspects de la transaction de BA. Le chapitre trois fera l'objet d'un examen détaillé des mécanismes de l'opération de BA tout en étudiant de près les exigences imposées par la législation applicable. Après avoir examine l'aspect légal de la BA, nous procéderons au chapitre quatre, à l'étude de l'applicabilité de la loi provinciale relativement à certains aspects de la transaction de BA. A cet effet, nous examinerons les différentes approches de compréhension de la Loi sur les lettres de change et plus particulièrement la problématique rencontrée à l'article 9. Nous étudierons aussi l'application et l'interprétation de cette loi par les tribunaux du Québec au cours du siècle dernier. Les juges et les juristes se sont penchés sur les sens qu'a voulu donner le législateur lorsqu'il a stipulé dans l'article 9 «Le règles de la common law d'Angleterre, y compris en droit commercial, s appliquent aux lettres, billets et chèques dans la mesure de leur compatibilité avec les dispositions expresses de la présente loi ». Cette section doit-elle être appliquée à la lettre, nous obligeant à appliquer la common law d'Angleterre a chaque problème qui peut se poser en relation avec les lettres et les billets? Le Parlement a-t-il l'intention que cette disposition s'applique également au Québec, dont le droit privé est basé sur le système du Code Civil? Notre étude portera sur les différentes approches d'interprétation qui offrent une diversité de solutions au problème posé par l'article 9. Finalement, compte tenu des nouveaux développements législatifs, au chapitre cinq, nous proposons une méthode en vue de déterminer la loi applicable aux différents aspects de la transaction de BA. Notre analyse nous a conduit à adopter la solution proposée par la majorité des juristes, à la différence que notre approche de l'article 9 est basée sur des raisons de politique. Nous avons donc adopté la stricte dichotomie (en tant qu'effet négociable d'une part, et d'une sorte de contrat et de propriété de l'autre) en prenant en compte les difficultés inhérentes à déterminer quand l'un finit et l'autre commence. En conclusion, selon notre opinion, il existe deux solutions. Premièrement, il y a la possibilité que l'article 9 puisse être écarté. Dans ce cas, toutes les matières qui ne sont pas expressément évoquées dans la loi tomberont dans la compétence de la loi provinciale, comme c'est le cas dans d'autres types de législations fédérales. Dans ces situations, le droit civil du Québec joue un rôle supplétif dans les applications d'une loi fédérale au Québec. Deuxièmement, modifier l'article 9 plutôt que d'en écarter son application offre une autre possibilité. Incorporer la large stricte dichotomie dans l'article 9 nous semble être une solution préférable. La disposition pourrait se lire comme suit: « Les règles de la common law d'Angleterre incluant le droit commercial dans la mesure ou elles ne sont pas incompatibles avec les dispositions expresses de la Loi, s’appliquent aux lettres, billets, et chèques au sens stricte. Pour plus de certitude, les lettres et les billets au sens strict, incluent la forme, la délivrance et I’émission des lettres, billets, et chèques.» Ce type de changement se révélera être un pas important dans le but de clarifier la loi et déterminer l'équilibre à trouver entre l'application des lois fédérales et provinciales en matière de BA.

Alternative strategies for deciphering the genetic architecture of childhood Pre-B acute lymphoblastic leukemia

La leucémie lymphoblastique aigüe (LLA) est une maladie génétique complexe. Malgré que cette maladie hématologique soit le cancer pédiatrique le plus fréquent, ses causes demeurent inconnues. Des études antérieures ont démontrées que le risque à la LLA chez l’enfant pourrait être influencé par des gènes agissant dans le métabolisme des xénobiotiques, dans le maintient de l’intégrité génomique et dans la réponse au stress oxydatif, ainsi que par des facteurs environnementaux. Au cours de mes études doctorales, j’ai tenté de disséquer davantage les bases génétiques de la LLA de l’enfant en postulant que la susceptibilité à cette maladie serait modulée, au moins en partie, par des variants génétiques agissant dans deux voies biologiques fondamentales : le point de contrôle G1/S du cycle cellulaire et la réparation des cassures double-brin de l’ADN. En utilisant une approche unique reposant sur l’analyse d’une cohorte cas-contrôles jumelée à une cohorte de trios enfants-parents, j’ai effectué une étude d’association de type gènes/voies biologiques candidats. Ainsi, j’ai évaluer le rôle de variants provenant de la séquence promotrice de 12 gènes du cycle cellulaire et de 7 gènes de la voie de réparation de l’ADN, dans la susceptibilité à la LLA. De tels polymorphismes dans la région promotrice (pSNPs) pourraient perturber la liaison de facteurs de transcription et mener à des différences dans les niveaux d’expression des gènes pouvant influencer le risque à la maladie. En combinant différentes méthodes analytiques, j’ai évalué le rôle de différents mécanismes génétiques dans le développement de la LLA chez l’enfant. J’ai tout d’abord étudié les associations avec gènes/variants indépendants, et des essaies fonctionnels ont été effectués afin d’évaluer l’impact des pSNPs sur la liaison de facteurs de transcription et l’activité promotrice allèle-spécifique. Ces analyses ont mené à quatre publications. Il est peu probable que ces gènes de susceptibilité agissent seuls; j’ai donc utilisé une approche intégrative afin d’explorer la possibilité que plusieurs variants d’une même voie biologique ou de voies connexes puissent moduler le risque de la maladie; ces travaux ont été soumis pour publication. En outre, le développement précoce de la LLA, voir même in utero, suggère que les parents, et plus particulièrement la mère, pourraient jouer un rôle important dans le développement de cette maladie chez l’enfant. Dans une étude par simulations, j’ai évalué la performance des méthodes d’analyse existantes de détecter des effets fœto-maternels sous un design hybride trios/cas-contrôles. J’ai également investigué l’impact des effets génétiques agissant via la mère sur la susceptibilité à la LLA. Cette étude, récemment publiée, fût la première à démontrer que le risque de la leucémie chez l’enfant peut être modulé par le génotype de sa mère. En conclusions, mes études doctorales ont permis d’identifier des nouveaux gènes de susceptibilité pour la LLA pédiatrique et de mettre en évidence le rôle du cycle cellulaire et de la voie de la réparation de l’ADN dans la leucémogenèse. À terme, ces travaux permettront de mieux comprendre les bases génétiques de la LLA, et conduiront au développement d’outils cliniques qui amélioreront la détection, le diagnostique et le traitement de la leucémie chez l’enfant.

Dégradation des membres de la famille du LDLR par la convertase PCSK9 : troisième locus de l'hypercholestérolémie familiale

Les maladies cardiovasculaires (MCV) sont les principales causes de mortalité et de morbidité à travers le monde. En Amérique du Nord, on estime à 90 millions le nombre d’individus ayant une ou plusieurs MCV, à près de 1 million le nombre de décès reliés par année et à 525 milliards de dollars les coûts directs et indirects en 2010. En collaboration avec l’équipe du Dre. Boileau, notre laboratoire a récemment identifié, le troisième locus impliqué dans l’hypercholestérolémie familiale. Une étude publiée dans le New Engl J Med a révélé que l’absence de la convertase PCSK9 réduit de 88% le risque de MCV, corrélé à une forte réduction du taux de cholestérol plasmatique (LDL-C). Il fut démontré que PCSK9 lie directement le récepteur aux lipoprotéines de faible densité (LDLR) et, par un mécanisme méconnu, favorise sa dégradation dans les endosomes/lysosomes provoquant ainsi une accumulation des particules LDL-C dans le plasma. Dans cet ouvrage, nous nous sommes intéressés à trois aspects bien distincts : [1] Quels sont les cibles de PCSK9 ? [2] Quelle voie du trafic cellulaire est impliquée dans la dégradation du LDLR par PCSK9 ? [3] Comment peut-on inhiber la fonction de PCSK9 ? [1] Nous avons démontré que PCSK9 induit la dégradation du LDLR de même que les récepteurs ApoER2 et VLDLR. Ces deux membres de la famille du LDLR (fortes homologies) sont impliqués notamment dans le métabolisme des lipides et de la mise en place de structures neuronales. De plus, nous avons remarqué que la présence de ces récepteurs favorise l’attachement cellulaire de PCSK9 et ce, indépendamment de la présence du LDLR. Cette étude a ouvert pour la première fois le spectre d’action de PCSK9 sur d’autres protéines membranaires. [2] PCSK9 étant une protéine de la voie sécrétoire, nous avons ensuite évalué l’apport des différentes voies du trafic cellulaire, soit extra- ou intracellulaire, impliquées dans la dégradation du LDLR. À l’aide de milieux conditionnées dérivés d’hépatocytes primaires, nous avons d’abord démontré que le niveau extracellulaire de PCSK9 endogène n’a pas une grande influence sur la dégradation intracellulaire du LDLR, lorsqu’incubés sur des hépatocytes provenant de souris déficientes en PCSK9 (Pcsk9-/-). Par analyses de tri cellulaire (FACS), nous avons ensuite remarqué que la surexpression de PCSK9 diminue localement les niveaux de LDLR avec peu d’effet sur les cellules voisines. Lorsque nous avons bloqué l’endocytose du LDLR dans les cellules HepG2 (lignée de cellules hépatiques pour l’étude endogène de PCSK9), nous n’avons dénoté aucun changement des niveaux protéiques du récepteur. Par contre, nous avons pu démontrer que PCSK9 favorise la dégradation du LDLR par l’intermédiaire d’une voie intracellulaire. En effet l’interruption du trafic vésiculaire entre le réseau trans-Golgien (RTG) et les endosomes (interférence à l’ARN contre les chaînes légères de clathrine ; siCLCs) prévient la dégradation du LDLR de manière PCSK9-dépendante. [3] Par immunobuvardage d’affinité, nous avons identifié que la protéine Annexine A2 (AnxA2) interagit spécifiquement avec le domaine C-terminal de PCSK9, important pour son action sur le LDLR. Plus spécifiquement, nous avons cartographié le domaine R1 (acides aminés 34 à 108) comme étant responsable de l’interaction PCSK9AnxA2 qui, jusqu’à présent, n’avait aucune fonction propre. Finalement, nous avons démontré que l’ajout d’AnxA2 prévient la dégradation du LDLR induite par PCSK9. En somme, nos travaux ont pu identifier que d’autres membres de la famille du LDLR, soit ApoER2 et VLDLR, sont sensibles à la présence de PCSK9. De plus, nous avons mis en évidence que l’intégrité du trafic intracellulaire est critique à l’action de PCSK9 sur le LDLR et ce, de manière endogène. Finalement, nous avons identifié l’Annexine A2 comme unique inhibiteur naturel pouvant interférer avec la dégradation du LDLR par PCSK9. Il est indéniable que PCSK9 soit une cible de premier choix pour contrer l’hypercholestérolémie afin de prévenir le développement de MCV. Cet ouvrage apporte donc des apports considérables dans notre compréhension des voies cellulaires impliquées, des cibles affectées et ouvre directement la porte à une approche thérapeutique à fort potentiel.

Étude structurale du mode de liaison des protéines Whirly de plantes à l’ADN monocaténaire

Les plantes doivent assurer la protection de trois génomes localisés dans le noyau, les chloroplastes et les mitochondries. Si les mécanismes assurant la réparation de l’ADN nucléaire sont relativement bien compris, il n’en va pas de même pour celui des chloroplastes et des mitochondries. Or il est important de bien comprendre ces mécanismes puisque des dommages à l’ADN non ou mal réparés peuvent entraîner des réarrangements dans les génomes. Chez les plantes, de tels réarrangements dans l’ADN mitochondrial ou dans l’ADN chloroplastique peuvent conduire à une perte de vigueur ou à un ralentissement de la croissance. Récemment, notre laboratoire a identifié une famille de protéines, les Whirly, dont les membres se localisent au niveau des mitochondries et des chloroplastes. Ces protéines forment des tétramères qui lient l’ADN monocaténaire et qui accomplissent de nombreuses fonctions associées au métabolisme de l’ADN. Chez Arabidopsis, deux de ces protéines ont été associées au maintien de la stabilité du génome du chloroplaste. On ignore cependant si ces protéines sont impliquées dans la réparation de l’ADN. Notre étude chez Arabidopsis démontre que des cassures bicaténaires de l’ADN sont prises en charge dans les mitochondries et les chloroplastes par une voie de réparation dépendant de très courtes séquences répétées (de cinq à cinquante paires de bases) d’ADN. Nous avons également montré que les protéines Whirly modulent cette voie de réparation. Plus précisément, leur rôle serait de promouvoir une réparation fidèle de l’ADN en empêchant la formation de réarrangements dans les génomes de ces organites. Pour comprendre comment les protéines Whirly sont impliquées dans ce processus, nous avons élucidé la structure cristalline d’un complexe Whirly-ADN. Nous avons ainsi pu montrer que les Whirly lient et protègent l’ADN monocaténaire sans spécificité de séquence. La liaison de l’ADN s’effectue entre les feuillets β de sous-unités contiguës du tétramère. Cette configuration maintient l’ADN sous une forme monocaténaire et empêche son appariement avec des acides nucléiques de séquence complémentaire. Ainsi, les protéines Whirly peuvent empêcher la formation de réarrangements et favoriser une réparation fidèle de l’ADN. Nous avons également montré que, lors de la liaison de très longues séquences d’ADN, les protéines Whirly peuvent s’agencer en superstructures d’hexamères de tétramères, formant ainsi des particules sphériques de douze nanomètres de diamètre. En particulier, nous avons pu démontrer l’importance d’un résidu lysine conservé chez les Whirly de plantes dans le maintien de la stabilité de ces superstructures, dans la liaison coopérative de l’ADN, ainsi que dans la réparation de l’ADN chez Arabidopsis. Globalement, notre étude amène de nouvelles connaissances quant aux mécanismes de réparation de l’ADN dans les organites de plantes ainsi que le rôle des protéines Whirly dans ce processus.

RNA recurrent motifs : identification and characterization

La détermination de la structure tertiaire du ribosome fut une étape importante dans la compréhension du mécanisme de la synthèse des protéines. Par contre, l’élucidation de la structure du ribosome comme tel ne permet pas une compréhension de sa fonction. Pour mieux comprendre la nature des relations entre la structure et la fonction du ribosome, sa structure doit être étudiée de manière systématique. Au cours des dernières années, nous avons entrepris une démarche systématique afin d’identifier et de caractériser de nouveaux motifs structuraux qui existent dans la structure du ribosome et d’autres molécules contenant de l’ARN. L’analyse de plusieurs exemples d’empaquetage de deux hélices d’ARN dans la structure du ribosome nous a permis d’identifier un nouveau motif structural, nommé « G-ribo ». Dans ce motif, l’interaction d’une guanosine dans une hélice avec le ribose d’un nucléotide d’une autre hélice donne naissance à un réseau d’interactions complexes entre les nucléotides voisins. Le motif G-ribo est retrouvé à 8 endroits dans la structure du ribosome. La structure du G-ribo possède certaines particularités qui lui permettent de favoriser la formation d’un certain type de pseudo-nœuds dans le ribosome. L’analyse systématique de la structure du ribosome et de la ARNase P a permis d’identifier un autre motif structural, nommé « DTJ » ou « Double-Twist Joint motif ». Ce motif est formé de trois courtes hélices qui s’empilent l’une sur l’autre. Dans la zone de contact entre chaque paire d’hélices, deux paires de bases consécutives sont surenroulées par rapport à deux paires de bases consécutives retrouvées dans l’ARN de forme A. Un nucléotide d’une paire de bases est toujours connecté directement à un nucléotide de la paire de bases surenroulée, tandis que les nucléotides opposés sont connectés par un ou plusieurs nucléotides non appariés. L’introduction d’un surenroulement entre deux paires de bases consécutives brise l’empilement entre les nucléotides et déstabilise l’hélice d’ARN. Dans le motif DTJ, les nucléotides non appariés qui lient les deux paires de bases surenroulées interagissent avec une des trois hélices qui forment le motif, offrant ainsi une stratégie élégante de stabilisation de l’arrangement. Pour déterminer les contraintes de séquences imposées sur la structure tertiaire d’un motif récurrent dans le ribosome, nous avons développé une nouvelle approche expérimentale. Nous avons introduit des librairies combinatoires de certains nucléotides retrouvés dans des motifs particuliers du ribosome. Suite à l’analyse des séquences alternatives sélectionnées in vivo pour différents représentants d’un motif, nous avons été en mesure d’identifier les contraintes responsables de l’intégrité d’un motif et celles responsables d’interactions avec les éléments qui forment le contexte structural du motif. Les résultats présentés dans cette thèse élargissent considérablement notre compréhension des principes de formation de la structure d’ARN et apportent une nouvelle façon d’identifier et de caractériser de nouveaux motifs structuraux d’ARN.

Platanthera blephariglottis : une espèce indicatrice de l’intégrité écologique des tourbières ombrotrophes au Québec

Ce mémoire visait à déterminer si la platanthère à gorge frangée (Platanthera blephariglottis var. blephariglottis), une orchidée, est une espèce indicatrice de l’intégrité écologique des tourbières ombrotrophes. Les indicateurs d’intégrité écologique sont des outils indispensables pour évaluer efficacement les composantes d’un écosystème. Les résultats indiquent que l’abondance de la platanthère est fortement liée à l’indice de qualité floristique (FQAI). Le FQAI est aussi un excellent prédicateur de la présence de l’espèce, avec un taux de succès à 87%. D’autre part, l’abondance de l’orchidée est négativement affectée par les activités anthropiques et la matrice environnante. D’un point de vue descriptif, les habitats renfermant une grande abondance d’orchidées sont caractérisés par une faible microtopographie de surface et un recouvrement important de bryophytes et d’éricacées de petite taille. Globalement, ce mémoire a montré que la platanthère renferme un potentiel pour être indicatrice de l’intégrité écologique des tourbières ombrotrophes au Québec.

Caractérisation de la fonction des complexes histone déacétylases Rpd3S et Set3C

La chromatine est essentielle au maintien de l’intégrité du génome, mais, ironiquement, constitue l’obstacle principal à la transcription des gènes. Plusieurs mécanismes ont été développés par la cellule pour pallier ce problème, dont l’acétylation des histones composant les nucléosomes. Cette acétylation, catalysée par des histones acétyl transférases (HATs), permet de réduire la force de l’interaction entre les nucléosomes et l’ADN, ce qui permet à la machinerie transcriptionnelle de faire son travail. Toutefois, on ne peut laisser la chromatine dans cet état permissif sans conséquence néfaste. Les histone déacétylases (HDACs) catalysent le clivage du groupement acétyle pour permettre à la chromatine de retrouver une conformation compacte. Cette thèse se penche sur la caractérisation de la fonction et du mécanisme de recrutement des complexes HDACs Rpd3S et Set3C. Le complexe Rpd3S est recruté aux régions transcrites par une interaction avec le domaine C-terminal hyperphosphorylé de Rpb1, une sous-unité de l’ARN polymérase II. Toutefois, le facteur d’élongation DSIF joue un rôle dans la régulation de cette association en limitant le recrutement de Rpd3S aux régions transcrites. L’activité HDAC de Rpd3S, quant à elle, dépend de la méthylation du résidu H3K36 par l’histone méthyltransférase Set2. La fonction du complexe Set3C n’est pas clairement définie. Ce complexe est recruté à la plupart de ses cibles par l’interaction entre le domaine PHD de Set3 et le résidu H3K4 di- ou triméthylé. Un mécanisme indépendant de cette méthylation, possiblement le même que pour Rpd3S, régit toutefois l’association de Set3C aux régions codantes des gènes les plus transcrits. La majorité de ces résultats ont été obtenus par la technique d’immunoprécipitation de la chromatine couplée aux biopuces (ChIP-chip). Le protocole technique et le design expérimental de ce type d’expérience fera aussi l’objet d’une discussion approfondie.

Caractérisation de l’ubiquitin-fold modifier (UFM1) dans un modèle C. elegans

L’ubiquitin-fold modifier (UFM1) fait partie de la classe 1 de la famille de protéine ubiquitin-like (Ubl). UFM1 et Ub ont très peu d’homologie de séquence, mais partagent des similarités remarquables au niveau de leur structure tertiaire. Tout comme l’Ub et la majorité des autres Ubls, UFM1 se lie de façon covalente à ses substrats par l’intermédiaire d’une cascade enzymatique. Il est de plus en plus fréquemment rapporté que les protéines Ubls sont impliquées dans des maladies humaines. Le gène Ufm1 est surexprimé chez des souris de type MCP développant une ischémie myocardique et dans les îlots de Langerhans de patients atteints du diabète de type 2. UFM1 et ses enzymes spécifiques, UBA5, UFL1 et UFC1, sont conservés chez les métazoaires et les plantes suggérant un rôle important pour les organismes multicellulaires. Le Caenorhabditis elegans est le modèle animal le plus simple utilisé en biologie. Sa morphologie, ses phénotypes visibles et ses lignées cellulaires ont été décrits de façon détaillée. De plus, son cycle de vie court permet de rapidement observer les effets de certains gènes sur la longévité. Ce modèle nous permet de facilement manipuler l’expression du gène Ufm1 et de mieux connaître ses fonctions. En diminuant l’expression du gène ufm-1 chez le C.elegans, par la technique de l’ARN interférence par alimentation, nous n’avons observé aucun problème morphologique grave. Les vers ressemblaient aux vers sauvages et possédaient un nombre de progéniture normal. Cependant, les vers sauvage exposés à l’ARNi d’ufm-1 vivent significativement moins longtemps que les contrôles et ce, de façon indépendante de la voie de signalisation de l’insuline/IGF. Chez le C. elegans la longévité et la résistance au stress cellulaire sont intimement liées. Nous n’avons remarqué aucun effet d’ufm-1 sur le stress thermal, osmotique ou oxydatif, mais il est requis pour la protection contre le stress protéotoxique. Il est également nécessaire au maintien de l’intégrité neuronale au cours du vieillissement des animaux. L’ensemble de nos données nous renseigne sur les fonctions putatives du gène Ufm1.

Rôle des centrosomes dans la régulation du point de contrôle en G2/M en réponse aux dommages à l'ADN

Les centrosomes sont les centres organisateurs des microtubules et jouent un rôle crucial dans l’organisation du fuseau bipolaire pendant la mitose. Plus récemment, le rôle des centrosomes dans la régulation de l’entrée en mitose a été mis en évidence. Les centrosomes semblent également contribuer à l’activation du point de contrôle en G2/M en réponse aux lésions de l’ADN en servant de point de rencontre pour les régulateurs du cycle cellulaire et les gènes de réponse aux dommages à l’ADN. L’amplification du nombre de centrosomes est une caractéristique des cellules tumorales mais de façon intéressante, elle constitue aussi une réponse des cellules aux dommages à l’ADN. Les mécanismes qui régulent l’homéostasie et la dynamique des centrosomes sont encore mal compris. Pour mieux comprendre le rôle des centrosomes dans la régulation du point de contrôle en G2/M en réponse aux dommages à l’ADN, le recrutement et/ou l’activation au niveau des centrosomes des kinases impliquées dans les voies de signalisation de ce point de contrôle ont été étudiés par immunofluorescence indirecte sur cellules HeLaS3 ou par Western blot sur des fractions enrichies en centrosomes. Nos résultats montrent que les kinases ATM, ATR, CHK1 et CHK2 sont actives dans les centrosomes de cellules en phase G2. En réponse à l’activation du point de contrôle en G2/M, les formes actives de ces kinases diminuent au niveau des centrosomes. Pour identifier de nouveaux acteurs centrosomaux potentiellement impliqués dans la régulation de ce point de contrôle, une analyse comparative des protéomes de centrosomes purifiés a également été réalisée par spectrométrie de masse. Pour étudier plus particulièrement la fonction de CHK2 au niveau des centrosomes, nous avons développer des outils moléculaires qui serviront à déterminer le rôle de la sous population de CHK2 localisée aux centrosomes 1) dans la régulation de l’entrée en mitose au cours d’un cycle normal 2) dans l’activation et la stabilité du point de contrôle en G2/M en réponse aux lésions l’ADN et 3) dans l’homéostasie et la dynamiques des centrosomes en réponse aux dommages à l’ADN. Cette étude permettra de mieux comprendre la fonction des centrosomes dans la réponse cellulaire au stress génotoxiques anti-cancereux et de révéler de nouvelles fonctions potentielles pour la kinase CHK2.

Effet des probiotiques Lactobacillus helveticus RO052 et Bifidobacterium longum RO175 sur la dépression post-infarctus du myocarde chez le rat

Nous avons déjà démontré que les probiotiques réduisaient l'apoptose observée dans le système limbique après un infarctus du myocarde (IM), suggérant un rôle anti-dépresseur potentiel des probiotiques. Cette étude a été conçue pour déterminer si les probiotiques pouvaient atténuer le comportement dépressif observé après un infarctus du myocarde. Un autre objectif visait à démontrer qu’une altération de la barrière intestinale pourrait avoir lieu lors d’un IM et que les probiotiques pourraient empêcher cette altération de la perméabilité intestinale. Méthodes: Des rats mâles Sprague-Dawley ont reçu des probiotiques (1 milliard de cellules bactériennes vivantes de Lactobacillus helveticus R0052 et Bifidobacterium longum R0175) ou le véhicule tous les jours en dilution dans leur eau, débutant 1 semaine avant l'induction d'une ischémie myocardique. Un infarctus a ensuite été induit chez la moitié des rats, par l'occlusion de l'artère coronaire antérieure gauche (40 minutes) suivie d'une reperfusion. Les rats témoins, l'autre moitié de la cohorte, ont été soumis à la même procédure sans occlusion coronarienne. Une semaine après l'infarctus, les animaux ont été resoumis au traitement préalable jusqu'au moment du sacrifice. Le comportement dépressif a été évalué par trois tests soit: l'interaction sociale, le test de nage forcée et le test d'évitement passif. Résultats: Les résultats obtenus indiquent qu'en absence d'infarctus, les probiotiques n'ont pas d'effet significatif. Toutefois, en dépit de taille similaire IM, des rats traités avec des probiotiques, ont démontré davantage d'interactions sociales et une meilleure performance dans le test de nage forcée et d'évitement passif, comparativement à des rats du groupe IM sans probiotique (p<0,05). Conclusion: Les probiotiques atténuent le comportement dépressif observé après infarctus du myocarde par un mécanisme qui pourrait impliquer l'intégrité des intestins.

Rôle de la CuZn superoxyde dismutase dans la néovascularisation en réponse à l'ischémie

L’athérosclérose est à l’origine d’importantes obstructions vasculaires. La sévérité de l’ischémie tissulaire provoquée par l’athérosclérose dépend en partie de la capacité de l’organisme à former de nouveaux vaisseaux (néovascularisation). Les mécanismes de néovascularisation sont modulés par la balance oxydo-réductive. Une exacerbation du stress oxydant est retrouvée dans tous les facteurs de risque cardiovasculaire, et en particulier lors du vieillissement. Au niveau vasculaire, la CuZnSOD est la principale enzyme antioxydante. Cependant, son rôle spécifique dans le vieillissement vasculaire et dans le développement de nouveaux vaisseaux en réponse à l’ischémie n’est pas connu. Nos hypothèses de recherche sont: 1) qu’une absence de CuZnSOD diminue la néovascularisation réparatrice en réponse à l’ischémie 2) que cette diminution de la néovascularisation est dûe au vieillissement de la vasculature affectant à la fois les cellules endothéliales matures et les cellules progénitrices endothéliales. Nous avons démontré qu’une déficience en CuZnSOD diminue significativement la néovascularisation en réponse à l’ischémie. Cette diminution de néovascularisation est associée à une augmentation du stress oxydant et une réduction de la biodisponibilité du NO. La déficience en CuZnSOD réduit significativement le nombre de EPCs (moelle, rate). De plus, ces EPCs présentent une augmentation significative des niveaux de stress oxydant, une diminution de la production de NO et une capacité réduite à migrer et à s’intégrer à un réseau tubulaire. Fait important, il iv est possible d’améliorer la néovascularisation des souris déficientes en CuZnSOD par une supplémentation en EPCs provenant de souris contrôles. Nous avons également démontré que la récupération du flot sanguin suivant l’ischémie est significativement réduite par l’âge. À la fois chez les jeunes et les vieilles souris, la déficience en CuZnSOD mène à une réduction additionnelle de la néovascularisation. Fait intéressant, le potentiel néovasculaire des jeunes souris déficiente en CuZnSOD est similaire à celui des vieilles souris contrôles. Les niveaux de stress oxydant sont également augmentés de façon similaire dans ces deux groupes de souris. L’âge et la déficience en CuZnSOD sont tous deux associés à une réduction du nombre d’EPCs isolées de la moelle et de la rate. L’effet de l’âge seul sur la fonction des EPCs est modeste. Par contre, la déficience en CuZnSOD en condition de vieillissement est associée à d’importants effets délétères sur l’activité fonctionnelle des EPCs. En résumé, nos résultats suggèrent que la protection contre le stress oxydant par la CuZnSOD est essentielle pour préserver la fonction des EPCs et la néovascularisation réparatrice en réponse à l’ischémie. Le défaut de néovascularisation observé en absence de CuZnSOD est associé à un vieillissement vasculaire accéléré. Nos résultats suggèrent que dans le contexte du vieillissement, la CuZnSOD a un rôle encore plus important pour limiter les niveaux de stress oxydant, préserver la fonction des EPCs et maintenir l’intégrité des tissus ischémiques.

Mass spectrometry as a tool to dissect the role of chromatin assembly factors in regulating nucleosome assembly

L'assemblage des nucléosomes est étroitement couplée à la synthèse des histones ainsi qu’à la réplication et la réparation de l’ADN durant la phase S. Ce processus implique un mécanisme de contrôle qui contribue soigneusement et de manière régulée à l’assemblage de l’ADN en chromatine. L'assemblage des nucléosomes durant la synthèse de l’ADN est crucial et contribue ainsi au maintien de la stabilité génomique. Cette thèse décrit la caractérisation par spectrométrie de masse(SM) des protéines jouant un rôle critique dans l’assemblage et le maintien de la structure chromatinienne. Plus précisément, la phosphorylation de deux facteurs d’assemblage des nucléosome, le facteur CAF-1, une chaperone d’histone qui participe à l'assemblage de la chromatine spécifiquement couplée à la réplication de l'ADN, ainsi que le complexe protéique Hir, jouant de plus un rôle important dans la régulation transcriptionelle des gènes d’histones lors de la progression normale du cycle cellulaire et en réponse aux dommages de l'ADN, a été examiné. La caractérisation des sites de phosphorylation par SM nécéssite la séparation des protéines par éléctrophorèse suivi d’une coloration a l’argent. Dans le chapitre 2, nous demontrons que la coloration à l’argent induit un artéfact de sulfatation. Plus précisément, cet artéfact est causé par un réactif spécifiquement utilisé lors de la coloration. La sulfatation présente de fortes similitudes avec la phosphorylation. Ainsi, l’incrément de masse observé sur les peptides sulfatés et phosphorylés (+80 Da) nécéssite des instruments offrant une haute résolution et haute précision de masse pour différencier ces deux modifications. Dans les chapitres 3 et 4, nous avons d’abord démontré par SM que Cac1, la plus grande sous-unité du facteur CAF-1, est cible de plusieurs sites de phosphorylation. Fait intéréssant, certains de ces sites contiennent des séquences consensus pour les kinases Cdc7-Dbf4 et CDKs. Ainsi, ces résultats fournissent les premières évidences que CAF-1 est potentiellement régulé par ces deux kinases in vivo. La fonction de tous les sites de phosphorylation identifiés a ensuite été évaluée. Nous avons démontré que la phosphorylation de la Ser-503, un site consensus de la DDK, est essentielle à la répréssion transcriptionelle des gènes au niveau des télomères. Cependant, cette phosphorylation ne semble pas être nécéssaire pour d’autres fonctions connues de CAF-1, indiquant que le blocage de la phsophorylation de Cac1 Ser-503 affecte spécifiquement la fonction de CAF-1 aux structures hétérochromatiques des télomères. Ensuite, nous avons identifiés une intéraction physique entre CAF-1 et Cdc7-Dbf4. Des études in vitro ont également demontré que cette kinase phosphoryle spécifiquement Cac1 Ser-503, suggérant un rôle potential pour la kinase Cdc7-Dbf4 dans l’assemblage et la stabilité de la structure hétérochromatique aux télomères. Finalement, les analyses par SM nous ont également permi de montrer que la sous-unité Hpc2 du complexe Hir est phosphorylée sur plusieurs sites consensus des CDKs et de Cdc7-Dbf4. De plus, la quantification par SM d’un site spécifique de phosphorylation de Hpc2, la Ser-330, s’est révélée être fortement induite suite à l’activation du point de contrôle de réplication (le “checkpoint”) suite au dommage a l’ADN. Nous montrons que la Ser-330 de Hpc2 est phopshorylée par les kinases de point de contrôle de manière Mec1/Tel1- et Rad53-dépendante. Nos données préliminaires suggèrent ainsi que la capacité du complex Hir de réguler la répréssion transcriptionelle des gènes d'histones lors de la progression du cycle cellulaire normal et en réponse au dommage de l'ADN est médiée par la phosphorylation de Hpc2 par ces deux kinases. Enfin, ces deux études mettent en évidence l'importance de la spectrométrie de masse dans la caractérisation des sites de phosphorylation des protéines, nous permettant ainsi de comprendre plus précisement les mécanismes de régulation de l'assemblage de la chromatine et de la synthèse des histones.