La distribution ‘juste’ de la signature savante dans les collaborations de recherche multidisciplinaire en sciences de la santé

L’auteur qui appose son nom à une publication universitaire sera reconnu pour sa contribution à la recherche et devra également en assumer la responsabilité. Il existe divers types d’agencements pouvant être utilisés afin de nommer les auteurs et souligner l’ampleur de leur contribution à ladite recherche. Par exemple, les auteurs peuvent être nommés en ordre décroissant selon l’importance de leurs contributions, ce qui permet d’allouer davantage de mérite et de responsabilité aux premiers auteurs (à l’instar des sciences de la santé) ou bien les individus peuvent être nommés en ordre alphabétique, donnant une reconnaissance égale à tous (tel qu’on le note dans certains domaines des sciences sociales). On observe aussi des pratiques émergeant de certaines disciplines ou des champs de recherche (tel que la notion d’auteur correspondant, ou directeur de recherche nommé à la fin de la liste d’auteurs). En science de la santé, lorsque la recherche est de nature multidisciplinaire, il existe différentes normes et pratiques concernant la distribution et l’ordre de la signature savante, ce qui peut donner lieu à des désaccords, voire à des conflits au sein des équipes de recherche. Même si les chercheurs s’entendent pour dire que la signature savante devrait être distribué de façon ‘juste’, il n’y a pas de consensus sur ce que l’on qualifie de ‘juste’ dans le contexte des équipes de recherche multidisciplinaire. Dans cette thèse, nous proposons un cadre éthique pour la distribution juste de la signature savante dans les équipes multidisciplinaires en sciences de la santé. Nous présentons une critique de la documentation sur la distribution de la signature savante en recherche. Nous analysons les enjeux qui peuvent entraver ou compliquer une distribution juste de la signature savante tels que les déséquilibres de pouvoir, les conflits d’intérêts et la diversité de cultures disciplinaires. Nous constatons que les normes internationales sont trop vagues; par conséquent, elles n’aident pas les chercheurs à gérer la complexité des enjeux concernant la distribution de la signature savante. Cette limitation devient particulièrement importante en santé mondiale lorsque les chercheurs provenant de pays développés collaborent avec des chercheurs provenant de pays en voie de développement. Afin de créer un cadre conceptuel flexible en mesure de s’adapter à la diversité des types de recherche multidisciplinaire, nous proposons une approche influencée par le Contractualisme de T.M. Scanlon. Cette approche utilise le respect mutuel et la force normative de la raison comme fondation, afin de justifier l’application de principes éthiques. Nous avons ainsi développé quatre principes pour la distribution juste de la signature savante en recherche: le mérite, la juste reconnaissance, la transparence et la collégialité. Enfin, nous proposons un processus qui intègre une taxonomie basée sur la contribution, afin de délimiter les rôles de chacun dans le projet de recherche. Les contributions peuvent alors être mieux comparées et évaluées pour déterminer l’ordre de la signature savante dans les équipes de recherche multidisciplinaire en science de la santé.

Facteurs cognitifs liés à l'acquisition du lexique orthographique

La présente thèse a pour objectif d’étudier le rôle des facteurs cognitifs (traitement phonologique et visuoattentionnel et mémoire lexicale orthographique) dans l’acquisition des connaissances orthographiques implicites et explicites. Afin d’examiner les liens entre les différents facteurs cognitifs et les connaissances orthographiques, une étude longitudinale a été réalisée à l’aide d’un échantillon de 338 enfants suivis de la maternelle 5 ans à la fin de la deuxième année du primaire. À la fin de la maternelle, les enfants ont été évalués à l’aide d’une épreuve d’orthographe approchée et d’épreuves évaluant les facteurs cognitifs en jeu dans l’apprentissage du langage écrit (traitement phonologique, traitement visuoattentionnel et mémoire à court et à long terme). Les connaissances lexicales orthographiques explicites de ces mêmes enfants ont été évaluées en fin de première et de deuxième années. Le premier article de cette thèse rapporte les données d’une étude réalisée auprès des enfants scolarisés en maternelle 5 ans. Cette étude vise l’établissement d’un lien entre, d’une part, la capacité de traitement phonologique, visuoattentionnel et de mémoire lexicale orthographique et, d’autre part, les connaissances orthographiques implicites des enfants qui n’ont pas encore eu d’enseignement formel de l’écriture. Les résultats indiquent que, contrairement à ce qui a été longtemps avancé, la capacité de traitement phonologique n’est pas le seul facteur cognitif à intervenir, puisque la capacité de mémoire lexicale orthographique à long terme ainsi que la capacité visuoattentionnelle contribuent de façon importante et indépendante à l’acquisition des connaissances orthographiques implicites des enfants de la maternelle 5 ans. La mémoire lexicale orthographique est même le facteur qui apporte la plus forte contribution. La deuxième étude de cette thèse vise à déterminer, parmi les facteurs cognitifs évalués en maternelle, celui ou ceux qui permettent de prédire les connaissances orthographiques explicites ultérieures, c'est-à-dire celles de première et de deuxième années du primaire. Les résultats de cette deuxième étude indiquent que les préalables nécessaires à l’acquisition des connaissances orthographiques lexicales sont les capacités de traitement phonologique ainsi que les capacités de la mémoire à court et à long terme. La troisième étude de cette thèse a pour but de mettre en lumière le rôle prédictif que joue le niveau des connaissances orthographiques des enfants de maternelle quant au niveau ultérieur de leurs connaissances orthographiques en première et deuxième années, en lien avec les capacités cognitives qui sous-tendent l’apprentissage du langage écrit, en particulier le traitement phonologique, le traitement visuoattentionnel et la mémoire lexicale orthographique. Les résultats de cette dernière étude permettent de montrer que, parmi les facteurs évalués en maternelle, le niveau des connaissances orthographiques implicites apporte une contribution unique à l’ensemble du niveau des connaissances orthographiques ultérieures. L’influence des connaissances orthographiques précoces sur l’acquisition ultérieure n’est pas surprenante. En effet, la première étude avait montré que le niveau de ces connaissances est fonction non seulement de la capacité de mémoire orthographique lexicale mais également de la capacité de traitement phonologique et visuottentionnel. Les résultats issus de ces trois études présentent un intérêt non négligeable dans la compréhension de l’acquisition du langage écrit. En effet, ces recherches ont permis de montrer qu’avant même l’apprentissage formel de l’écrit, l’enfant témoigne de connaissances implicites non négligeables sur la langue écrite et que c’est à partir de ces connaissances que s’élaboreront ses connaissances explicites ultérieures. Ces connaissances sont tributaires de multiples facteurs parmi lesquels la capacité de mémoire lexicale orthographique, facteur cognitif dont la contribution n’avait pas été démontrée jusqu’à présent. Les résultats de cette recherche montrent qu’il est possible d’envisager des outils de dépistage précoce qui permettront d’identifier les enfants à risque de présenter des difficultés spécifiques d’apprentissage du langage écrit. Ce dépistage permettrait de mettre en place des interventions mieux ciblées et précoces, ce qui réduirait ainsi l’impact des difficultés sur les apprentissages scolaires.

Le sensemaking collectif dans une équipe virtuelle

Les équipes virtuelles font l’objet de beaucoup d’attention depuis près de deux décennies. Elles font désormais partie des organisations qui ont dû s’ajuster à l’internationalisation des marchés. Elles sont aussi de plus en plus présentes dans les universités qui mettent en place des cours en environnement virtuel pour préparer leurs étudiants aux nouvelles réalités du marché du travail. Elles sont aussi le fruit des modes nées sous l’impulsion de l’approche constructiviste de la pédagogie. Les recherches qui s’intéressent a elles ont des préoccupations principalement téléologiques et utilitaristes qui donnent le point de vue des gestionnaires et des enseignants sur le phénomène. Peu de recherches se sont penchées sur l’expérience vécue par les membres de ces équipes. Par ailleurs, la volonté de dégager les lois générales des équipes virtuelles amène les chercheurs à l’amputer d’une partie de sa complexité. Notre recherche propose d’observer la manière dont des étudiants ont vécu leur expérience de collaboration en équipe virtuelle. Nous adoptons une posture interprétative et une approche narrative pour observer leur «sensemaking». Cette perspective nous permet de tenir compte de la complexité du phénomène. Nos questions de recherche sont : comment les étudiants font-ils sens de leur collaboration? Comment le «sensemaking» individuel contribue-t-il à construire le «sensemaking» collectif? Nos résultats nous renseignent sur l’importance que revêt le «sensegiving», pour les équipes virtuelles, dans la création de «sensemaking» collectif.

Three essays on metamorphoses of social capital and associational culture in Eastern Europe

Ce triptyque d’essais présente le caractère versatile et évasif du concept moderne de capital social à plusieurs niveaux – global, national et régional, ainsi que dans le présent et dans le passé. Le premier article conteste l’hypothèse prédominante selon laquelle il y a une cohabitation entre l’engagement civique et la démocratie. Malgré sa validité au niveau général, la relation n’est pas confirmée si les catégories hétérogènes sont désagrégées. Pour les pays post-communistes de l'Europe, la relation entre le type de régime et la tendance de s'associer ressemble à celle des démocraties latines consolidées si la participation dans les associations volontaires est choisie comme mesure de la vitalité du capital social. Par conséquent, la vie civique moins intense ne prédit pas de difficultés pour la démocratie. Le deuxième article est une compilation originale de plus de 100 organisations classifiées selon les standards contemporains et une collection de présentations d'une douzaine d'organisations bulgares, les plus populaires depuis le XIXème siècle. Cette contribution importante à l’historiographie de la vie associative bulgare jusqu’à 1944 est le résultat d'un travail qui combine des entrevues avec des historiens et une recherche dans les archives. Le panoptique organisationnel sert de réfutation empirique de l’hypothèse qui attribue la faiblesse organisationnelle présente du poste-communisme à la pénurie de vie organisationnelle développée par le passé. ii Les mérites du troisième article sont doubles. Au niveau empirique on démontre que l’organisation culturelle la plus importante en Bulgarie a apparu comme une institution nationaliste imitant les organisations similaires des autres pays Européens. Elle s’est développée graduellement par une adaptation des expériences étrangères aux conditions locales. La collection des références bulgares est unique et représente le produit d’un travail méticuleux sur les documents et les entrevues. Au niveau abstrait, on confirme l’applicabilité de la théorie du transfert de la politique publique à un cas historique existant avant la théorie elle-même. Finalement, l’analyse détaillée des précurseurs du cabinet de lecture bulgare représente une contribution à la sociologie politique de l’histoire de la lecture. Mots clés: Europe de l’Est, poste-communisme, démocratie, société civile, engagement civique, organisations volontaires, troisième secteur, affiliation, transfert d'idées, apprentissage organisationnel.

Nationalisme et cosmopolitisme chez Alfredo Casella (1883-1947)

Cette thèse a été réalisée en cotutelle entre l'Université de Montréal et l'École des Hautes Études en Sciences Sociales de Paris, sous la direction de Michel Duchesneau (UdeM) et Esteban Buch (EHESS). La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l'Université de Montréal (http://www.bib.umontreal.ca/MU).

Regulation of lipid metabolism in adipocytes and hepatocytes by hexarelin through scavenger receptor CD36

Les sécrétines de l’hormone de croissance (GHRPs) sont de petits peptides synthétiques capables de stimuler la sécrétion de l’hormone de croissance à partir de l’hypophyse via leur liaison au récepteur de la ghréline GHS-R1a. Le GHRP hexaréline a été utilisé afin d’étudier la distribution tissulaire de GHS-R1a et son effet GH-indépendant. Ainsi, par cette approche, il a été déterminé que l’hexaréline était capable de se lier à un deuxième récepteur identifié comme étant le récepteur scavenger CD36. Ce récepteur possède une multitude de ligands dont les particules oxLDL et les acides gras à longue chaîne. CD36 est généralement reconnu pour son rôle dans l’athérogénèse et sa contribution à la formation de cellules spumeuses suite à l’internalisation des oxLDL dans les macrophages/monocytes. Auparavant, nous avions démontré que le traitement des macrophages avec l’hexaréline menait à l’activation de PPARƔ via sa liaison à GHS-R1a, mais aussi à CD36. De plus, une cascade d’activation impliquant LXRα et les transporteurs ABC provoquait également une augmentation de l’efflux du cholestérol. Une stimulation de la voie du transport inverse du cholestérol vers les particules HDL entraînait donc une diminution de l’engorgement des macrophages de lipides et la formation de cellules spumeuses. Puisque CD36 est exprimé dans de multiples tissus et qu’il est également responsable du captage des acides gras à longue chaîne, nous avons voulu étudier l’impact de l’hexaréline uniquement à travers sa liaison à CD36. Dans le but d’approfondir nos connaissances sur la régulation du métabolisme des lipides par CD36, nous avons choisi des types cellulaires jouant un rôle important dans l’homéostasie lipidique n’exprimant pas GHS-R1a, soient les adipocytes et les hépatocytes. L’ensemble de mes travaux démontre qu’en réponse à son interaction avec l’hexaréline, CD36 a le potentiel de réduire le contenu lipidique des adipocytes et des hépatocytes. Dans les cellules adipeuses, l'hexaréline augmente l’expression de plusieurs gènes impliqués dans la mobilisation et l’oxydation des acides gras, et induit également l’expression des marqueurs thermogéniques PGC-1α et UCP-1. De même, hexaréline augmente l’expression des gènes impliqués dans la biogenèse mitochondriale, un effet accompagné de changements morphologiques des mitochondries; des caractéristiques observées dans les types cellulaires ayant une grande capacité oxydative. Ces résultats démontrent que les adipocytes blancs traités avec hexaréline ont la capacité de se transformer en un phénotype similaire aux adipocytes bruns ayant l’habileté de brûler les acides gras plutôt que de les emmagasiner. Cet effet est également observé dans les tissus adipeux de souris et est dépendant de la présence de CD36. Dans les hépatocytes, nous avons démontré le potentiel de CD36 à moduler le métabolisme du cholestérol. En réponse au traitement des cellules avec hexaréline, une phosphorylation rapide de LKB1 et de l’AMPK est suivie d’une phosphorylation inhibitrice de l’HMG-CoA réductase (HMGR), l’enzyme clé dans la synthèse du cholestérol. De plus, la liaison d'hexaréline à CD36 provoque le recrutement d’insig-2 à HMGR, l’étape d’engagement dans sa dégradation. La dégradation de HMGR par hexaréline semble être dépendante de l’activité de PPARƔ et de l’AMPK. Dans le but d’élucider le mécanisme d’activation par hexaréline, nous avons démontré d’une part que sa liaison à CD36 provoque une déphosphorylation de Erk soulevant ainsi l’inhibition que celui-ci exerce sur PPARƔ et d’autre part, un recrutement de l’AMPK à PGC-1α expliquant ainsi une partie du mécanisme d’activation de PPARƔ par hexaréline. Les résultats générés dans cette thèse ont permis d’élucider de nouveaux mécanismes d’action de CD36 et d'approfondir nos connaissances de son influence dans la régulation du métabolisme des lipides.

Modulation de l'apprentissage visuel par stimulation électrique transcrânienne à courant direct du cortex préfrontal

Le traitement visuel répété d’un visage inconnu entraîne une suppression de l’activité neuronale dans les régions préférentielles aux visages du cortex occipito-temporal. Cette «suppression neuronale» (SN) est un mécanisme primitif hautement impliqué dans l’apprentissage de visages, pouvant être détecté par une réduction de l’amplitude de la composante N170, un potentiel relié à l’événement (PRE), au-dessus du cortex occipito-temporal. Le cortex préfrontal dorsolatéral (CPDL) influence le traitement et l’encodage visuel, mais sa contribution à la SN de la N170 demeure inconnue. Nous avons utilisé la stimulation électrique transcrânienne à courant direct (SETCD) pour moduler l’excitabilité corticale du CPDL de 14 adultes sains lors de l’apprentissage de visages inconnus. Trois conditions de stimulation étaient utilisées: inhibition à droite, excitation à droite et placebo. Pendant l’apprentissage, l’EEG était enregistré afin d’évaluer la SN de la P100, la N170 et la P300. Trois jours suivant l’apprentissage, une tâche de reconnaissance était administrée où les performances en pourcentage de bonnes réponses et temps de réaction (TR) étaient enregistrées. Les résultats indiquent que la condition d’excitation à droite a facilité la SN de la N170 et a augmentée l’amplitude de la P300, entraînant une reconnaissance des visages plus rapide à long-terme. À l’inverse, la condition d’inhibition à droite a causé une augmentation de l’amplitude de la N170 et des TR plus lents, sans affecter la P300. Ces résultats sont les premiers à démontrer que la modulation d’excitabilité du CPDL puisse influencer l’encodage visuel de visages inconnus, soulignant l’importance du CPDL dans les mécanismes d’apprentissage de base.

Mécanismes d'action des antioestrogènes totaux

Le cancer du sein est le cancer qui a la plus forte fréquence au Canada. En 2012, on estime que 23 200 nouveaux cas de cancer du sein seront diagnostiqués. Deux tiers des tumeurs mammaires expriment ou surexpriment le récepteur des oestrogènes α (ERα). De même, les oestrogènes sont importants pour la croissance de ces tumeurs. La présence des récepteurs hormonaux est un critère qui détermine le choix de la thérapie; à cet égard, le ciblage des récepteurs des oestrogènes par les antioestrogènes a pour but d’inactiver ces récepteurs et diminuer leur contribution à la croissance tumorale. Les antioestrogènes sont des inhibiteurs compétitifs de ERα. Tamoxifene est le médicament le plus utilisé pour traiter les tumeurs mammaires ER+ de tous les stades, avant ou après la ménopause. Tamoxifene est antioestrogène partiel ou SERM qui a un profile mixte d’activités agonistes et antagonistes. Fulvestrant ou ICI 182, 780 est un antioestrogène de type total ou SERD dépourvu de toute activité agoniste. Ce composé est utilisé en clinique chez les femmes après la ménopause ayant des tumeurs mammaires avancées. Fulvestrant constitue, donc, une deuxième ligne thérapeutique en cas de rechute après à un traitement par Tamoxifene. Afin de comprendre le potentiel thérapeutique de Fulvestrant, il est primordial d’étudier son impact sur ERα. Actuellement, la polyubiquitination et la dégradation de ERα sont les mécanismes les plus connus pour expliquer l’inactivation de ERα par Fulvestrant. Par ailleurs, en utilisant des modèles cellulaires ER+ et ER-; nous avons montré que les antioestrogènes totaux induisent une insolubilité de ERα indépendamment de leur capacité à induire sa dégradation. L’insolubilité corrèle avec l’association de ERα avec la matrice nucléaire et avec l’inhibition de sa transactivation. L’hélice H12 du domaine de liaison du ligand joue un rôle important dans l’insolubilité et l’inactivation de ERα par les antioestrogènes totaux. Par ailleurs, les antioestrogènes totaux se distinguent par leur capacité à induire la SUMOylation de ERα par SUMO1 et SUMO2/3. La SUMOylation est rapide et précède la dégradation de ERα dans cellules ER+. À l’aide de dérivés de l’antioestrogène total ICI 164, 384, nous avons montré que la chaine latérale des antioestrogènes totaux est à la base de l’induction de la SUMOylation et de l’inactivation de ERα. De plus, la SUMOylation semble être une marque d’inhibition, car la déSUMOylation restaure une activité de ERα en présence des antioestrogènes totaux. L’hélice H12 du LBD et le domaine de liaison à l’ADN sont requis pour l’induction de la SUMOylation. La recherche de protéines impliquées dans l’inactivation et dans la SUMOylation a permis d’identifier le facteur de remodelage de la chromatine ACF dans le même complexe que ERα. De manière similaire à la SUMOylation, le recrutement de ACF est précoce et constitue une propriété spécifique des antioestrogènes totaux. D’autre part, Fulvestrant induit le recrutement de ACF au niveau du promoteur du gène cible des oestrogènes pS2, ce qui suggère une contribution du remodelage de la chromatine dans les mécanismes d’action des antioestrogènes totaux. La surexpression de la DéSUMOylase SENP1 abolit le recrutement de ACF ce qui indique un rôle de la SUMOylation dans le recrutement de ACF. De même, l’hélice H12 du LBD de ERα constitue un lien entre l’inactivation de ERα et le recrutement de ACF. L’insolubilité, la SUMOylation et l'interaction du complexe ACF sont le reflet des mécanismes d’action des antioestrogènes totaux. Ces observations peuvent être utilisées comme des critères fonctionnels pour identifier d’autres composés avec de meilleures propriétés pharmacologiques que Fulvestrant.

Approches générales de résolution pour les problèmes multi-attributs de tournées de véhicules et confection d'horaires

Thèse réalisée en cotutelle entre l'Université de Montréal et l'Université de Technologie de Troyes

Function of the immunoregulatory CD4-CD8- T cells in the context of autoimmune diabetes

La tolérance immunitaire dépend de la distinction entre le soi et le non soi par le système immunitaire. Un bris dans la tolérance immunitaire mène à l'auto-immunité, qui peut provoquer la destruction des organes, des glandes, des articulations ou du système nerveux central. Le diabète auto-immun, également connu sous le nom diabète juvénile et diabète de type 1, résulte d'une attaque auto-immune sur les cellules β pancréatiques sécrétrices d’insuline, localisées au niveau des îlots de Langerhans du pancréas. Bien que le diabète auto-immun soit traitable par une combinaison d’injections quotidiennes d’insuline d’origine exogène, de régime et d'exercices, beaucoup de complications chroniques peuvent se manifester chez les patients, y compris, mais non limitées à, la cécité, les maladies cardiovasculaires, l’insuffisance rénale et l'amputation. En raison des nombreuses complications liées au diabète auto-immun à long terme, la recherche continue afin de mieux comprendre tous les facteurs impliqués dans la progression de la maladie dans le but de développer de nouvelles thérapies qui empêcheront, renverseront et/ou traiteront cette maladie. Un rôle primordial dans la génération et l'entretien de la tolérance immunitaire a été attribué au nombre et à la fonction des sous-populations de cellules régulatrices. Une de ces populations est constituée de cellules T CD4-CD8- (double négatives, DN), qui ont été étudiées chez la souris et l'humain pour leur contribution à la tolérance périphérique, à la prévention des maladies et pour leur potentiel associé à la thérapie cellulaire. En effet, les cellules de T DN sont d'intérêt thérapeutique parce qu'elles montrent un potentiel immunorégulateur antigène-spécifique dans divers cadres expérimentaux, y compris la prévention du diabète auto-immun. D’ailleurs, en utilisant un système transgénique, nous avons démontré que les souris prédisposées au diabète auto-immun présentent peu de cellules T DN, et que ce phénotype contribue à la susceptibilité au diabète auto-immun. En outre, un transfert des cellules T DN est suffisant pour empêcher la progression vers le diabète chez les souris prédisposées au diabète auto-immun. Ces résultats suggèrent que les cellules T DN puissent présenter un intérêt thérapeutique pour les patients diabétiques. Cependant, nous devons d'abord valider ces résultats en utilisant un modèle non-transgénique, qui est plus physiologiquement comparable à l'humain. L'objectif principal de cette thèse est de définir la fonction immunorégulatrice des cellules T DN, ainsi que le potentiel thérapeutique de celles-ci dans la prévention du diabète auto-immun chez un modèle non-transgénique. Dans cette thèse, on démontre que les souris résistantes au diabète auto-immun présentent une proportion et nombre absolu plus élevés de cellules T DN non-transgéniques, lorsque comparées aux souris susceptibles. Cela confirme une association entre le faible nombre de cellules T DN et la susceptibilité à la maladie. On observe que les cellules T DN éliminent les cellules B activées in vitro par une voie dépendante de la voie perforine et granzyme, où la fonction des cellules T DN est équivalente entre les souris résistantes et prédisposées au diabète auto-immun. Ces résultats confirment que l'association au diabète auto-immun est due à une insuffisance en terme du nombre de cellules T DN, plutôt qu’à une déficience fonctionnelle. On démontre que les cellules T DN non-transgéniques éliminent des cellules B chargées avec des antigènes d'îlots, mais pas des cellules B chargées avec un antigène non reconnu, in vitro. Par ailleurs, on établit que le transfert des cellules T DN activées peut empêcher le développement du diabète auto-immun dans un modèle de souris non-transgénique. De plus, nous observons que les cellules T DN migrent aux îlots pancréatiques, et subissent une activation et une prolifération préférentielles au niveau des ganglions pancréatiques. D'ailleurs, le transfert des cellules T DN entraîne une diminution d'auto-anticorps spécifiques de l'insuline et de cellules B de centres germinatifs directement dans les îlots, ce qui corrèle avec les résultats décrits ci-dessus. Les résultats présentés dans cette thèse permettent de démontrer la fonction des cellules T DN in vitro et in vivo, ainsi que leur potentiel lié à la thérapie cellulaire pour le diabète auto-immun.

A mitochondrial perspective on striated muscle physiopathology: insights from sepsis, denervation, and dystrophinopathies.

La mitochondrie est de plus en plus reconnue pour sa contribution à la dégénerescence musculaire. Les dysfonctions mitochondriales, en plus de causer une défaillance énergétique, contribuent à la signalisation apoptotique, stimule la production de ROS et peuvent induire une surcharge calcique. Ces caractéristiques sont tous reliées à certains types de myopathies. Cette thèse met en lumières comment certaines dysfonctions mitochondriales peuvent intervenir dans la pathogenèse de diverses myopathies. Nous démontrons que les dysfonctions mitochondriales sont impliqués dans l’atrophie dû à la perte d’innervation. Par contre, la désensabilisation de l’ouverture du pore mitochondrial de transition de perméabilité, via ablation génétique de cyclophiline-D, ne prévient ni la signalisation apoptotique mitochondrial ni l’atrophie. Nous avons aussi observé des dysfonctions mitochondriales dans le muscle atteint de dystrophie musculaire de Duchenne qui furent améliorés suite à une transfection de PGC1-α, laquelle résulta aussi en une amélioration de la pathologie. Finalement, nous démontrons que le recyclage de mitochondrie par les voies de mitophagies et de contrôles de la qualité impliquant Parkin et possiblement d’autres voies de signalisation inconnues sont cruciales au recouvrement cardiaqe lors d’un choc septique.

Regulation of gene expression in the dinoflagellate Lingulodinium polyedrum

Les dinoflagellés sont des eucaryotes unicellulaires que l’on retrouve autant en eau douce qu’en milieu marin. Ils sont particulièrement connus pour causer des fleurs d’algues toxiques nommées ‘marée-rouge’, ainsi que pour leur symbiose avec les coraux et pour leur importante contribution à la fixation du carbone dans les océans. Au point de vue moléculaire, ils sont aussi connus pour leur caractéristiques nucléaires uniques, car on retrouve généralement une quantité immense d’ADN dans leurs chromosomes et ceux-ci sont empaquetés et condensés sous une forme cristalline liquide au lieu de nucléosomes. Les gènes encodés par le noyau sont souvent présents en multiples copies et arrangés en tandem et aucun élément de régulation transcriptionnelle, y compris la boite TATA, n’a encore été observé. L’organisation unique de la chromatine des dinoflagellés suggère que différentes stratégies sont nécessaires pour contrôler l’expression des gènes de ces organismes. Dans cette étude, j’ai abordé ce problème en utilisant le dinoflagellé photosynthétique Lingulodinium polyedrum comme modèle. L. polyedrum est d’un intérêt particulier, car il a plusieurs rythmes circadiens (journalier). À ce jour, toutes les études sur l’expression des gènes lors des changements circadiens ont démontrées une régulation à un niveau traductionnel. Pour mes recherches, j’ai utilisé les approches transcriptomique, protéomique et phosphoprotéomique ainsi que des études biochimiques pour donner un aperçu de la mécanique de la régulation des gènes des dinoflagellés, ceci en mettant l’accent sur l’importance de la phosphorylation du système circadien de L. polyedrum. L’absence des protéines histones et des nucléosomes est une particularité des dinoflagellés. En utilisant la technologie RNA-Seq, j’ai trouvé des séquences complètes encodant des histones et des enzymes modifiant les histones. L polyedrum exprime donc des séquences conservées codantes pour les histones, mais le niveau d’expression protéique est plus faible que les limites de détection par immunodétection de type Western. Les données de séquençage RNA-Seq ont également été utilisées pour générer un transcriptome, qui est une liste des gènes exprimés par L. polyedrum. Une recherche par homologie de séquences a d’abord été effectuée pour classifier les transcrits en diverses catégories (Gene Ontology; GO). Cette analyse a révélé une faible abondance des facteurs de transcription et une surprenante prédominance, parmi ceux-ci, des séquences à domaine Cold Shock. Chez L. polyedrum, plusieurs gènes sont répétés en tandem. Un alignement des séquences obtenues par RNA-Seq avec les copies génomiques de gènes organisés en tandem a été réalisé pour examiner la présence de transcrits polycistroniques, une hypothèse formulée pour expliquer le manque d’élément promoteur dans la région intergénique de la séquence de ces gènes. Cette analyse a également démontré une très haute conservation des séquences codantes des gènes organisés en tandem. Le transcriptome a également été utilisé pour aider à l’identification de protéines après leur séquençage par spectrométrie de masse, et une fraction enrichie en phosphoprotéines a été déterminée comme particulièrement bien adapté aux approches d’analyse à haut débit. La comparaison des phosphoprotéomes provenant de deux périodes différentes de la journée a révélée qu’une grande partie des protéines pour lesquelles l’état de phosphorylation varie avec le temps est reliées aux catégories de liaison à l’ARN et de la traduction. Le transcriptome a aussi été utilisé pour définir le spectre des kinases présentes chez L. polyedrum, qui a ensuite été utilisé pour classifier les différents peptides phosphorylés qui sont potentiellement les cibles de ces kinases. Plusieurs peptides identifiés comme étant phosphorylés par la Casein Kinase 2 (CK2), une kinase connue pour être impliquée dans l’horloge circadienne des eucaryotes, proviennent de diverses protéines de liaison à l’ARN. Pour évaluer la possibilité que quelques-unes des multiples protéines à domaine Cold Shock identifiées dans le transcriptome puissent moduler l’expression des gènes de L. polyedrum, tel qu’observé chez plusieurs autres systèmes procaryotiques et eucaryotiques, la réponse des cellules à des températures froides a été examinée. Les températures froides ont permis d’induire rapidement un enkystement, condition dans laquelle ces cellules deviennent métaboliquement inactives afin de résister aux conditions environnementales défavorables. Les changements dans le profil des phosphoprotéines seraient le facteur majeur causant la formation de kystes. Les phosphosites prédits pour être phosphorylés par la CK2 sont la classe la plus fortement réduite dans les kystes, une découverte intéressante, car le rythme de la bioluminescence confirme que l’horloge a été arrêtée dans le kyste.

Certain problems concerning polynomials and transcendental entire functions of exponential type

Soit $\displaystyle P(z):=\sum_{\nu=0}^na_\nu z^{\nu}$ un polynôme de degré $n$ et $\displaystyle M:=\sup_{|z|=1}|P(z)|.$ Sans aucne restriction suplémentaire, on sait que $|P'(z)|\leq Mn$ pour $|z|\leq 1$ (inégalité de Bernstein). Si nous supposons maintenant que les zéros du polynôme $P$ sont à l'extérieur du cercle $|z|=k,$ quelle amélioration peut-on apporter à l'inégalité de Bernstein? Il est déjà connu [{\bf \ref{Mal1}}] que dans le cas où $k\geq 1$ on a $$(*) \qquad |P'(z)|\leq \frac{n}{1+k}M \qquad (|z|\leq 1),$$ qu'en est-il pour le cas où $k < 1$? Quelle est l'inégalité analogue à $(*)$ pour une fonction entière de type exponentiel $\tau ?$ D'autre part, si on suppose que $P$ a tous ses zéros dans $|z|\geq k \, \, (k\geq 1),$ quelle est l'estimation de $|P'(z)|$ sur le cercle unité, en terme des quatre premiers termes de son développement en série entière autour de l'origine. Cette thèse constitue une contribution à la théorie analytique des polynômes à la lumière de ces questions.

Modélisation toxicocinétique du benzo(a)pyrène et 3-hydroxybenzo(a)pyrène pour l’interprétation des données de surveillance biologique de l’exposition chez les travailleurs

De nombreux travailleurs sont exposés aux hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP). Le benzo(a)pyrène (BaP) fait partie de ce groupe de polluants. Cette substance a été classée cancérogène reconnu chez l’humain. Pour évaluer l'exposition aux HAP cancérogènes, plusieurs chercheurs ont proposé d’utiliser la mesure du 3-hydroxybenzo(a)pyrène (3-OHBaP) dans l’urine des travailleurs exposés. Dans le cadre du présent projet, deux approches de modélisation ont été développées et appliquées pour permettre une meilleure compréhension de la toxicocinétique du BaP et son biomarqueur d’intérêt actuel, le 3-OHBaP, et pour aider à interpréter les résultats de surveillance biologique. Un modèle toxicocinétique à plusieurs compartiments a été développé sur la base des données préalablement obtenues sur le rat par notre groupe. Selon le modèle, le BaP injecté par voie intraveineuse est rapidement distribué du sang vers les tissus (t½ ≈ 4 h), avec une affinité particulière pour les poumons et les composantes lipidiques des tissus. Le BaP est ensuite distribué vers la peau et le foie. Au foie, le BaP est promptement métabolisé et le 3-OHBaP est formé avec une demi-vie de ≈ 3 h. Le métabolisme pulmonaire du BaP a également été pris en compte, mais sa contribution à la cinétique globale du BaP a été jugée négligeable. Une fois formé, le 3-OHBaP est distribué vers les différents organes presque aussi rapidement que la molécule mère (t½ ≈ 2 h). Le profil temporel du 3-OHBaP dans le rein montre une accumulation transitoire en raison de la différence observée entre le taux d’entrée (t½ = 28 min) et le taux de sortie (t½ = 4,5 h). La clairance totale de 3-OHBaP du corps est principalement gouvernée par le taux de transfert de la bile vers le tractus gastro-intestinal (t½ ≈ 4 h). Le modèle toxicocinétique à plusieurs compartiments a réussi à simuler un ensemble indépendant de profils urinaires publiés sur le 3-OHBaP. Ce modèle toxicocinétique à compartiments s'est avéré utile pour la determination des facteurs biologiques déterminants de la cinétique du BaP et du 3-OHBaP. Par la suite, un modèle pharmacocinétique à base physiologique (PCBP) reproduisant le devenir du BaP et du 3-OHBaP chez le rat a été construit. Les organes (ou tissus) représentés comme des compartiments ont été choisis en fonction de données expérimentales obtenues in vivo chez le rat. Les coefficients de partition, les coefficients de perméabilité, les taux de métabolisation, les paramètres d'excrétion, les fractions absorbées et les taux d'absorption pour différentes voies d’exposition ont été obtenus directement à partir des profils sanguins, tissulaires, urinaires et fécaux du BaP et du 3-OHBaP. Les valeurs de ces derniers paramètres ont été calculées par des procédures Monte-Carlo. Des analyses de sensibilité ont ensuite été réalisées pour s’assurer de la stabilité du modèle et pour établir les paramètres les plus sensibles de la cinétique globale. Cette modélisation a permis d’identifier les facteurs déterminants de la cinétique: 1) la sensibilité élevée des paramètres de la métabolisation hépatique du BaP et du 3-OHBaP ainsi que du taux d'élimination; 2) la forte distribution du BaP dans les poumons par rapport à d'autres tissus; 3) la distribution considérable du BaP dans les tissus adipeux et le foie; 4) la forte distribution du 3-OHBaP dans les reins; 5) le transfert limité du BaP par la diffusion tissulaire dans les poumons; 6) le transfert limité du 3-OHBaP par la diffusion tissulaire dans les poumons, les tissus adipeux et les reins; 7) la recirculation entéro-hépatique significative du 3-OHBaP. Suite à des analyses de qualité des ajustements des équations du modèle aux données observées, les probabilités que les simulations reproduisent les données expérimentales par pur hasard se sont avérées toujours inférieures à 10% pour les quatre voies d’exposition : intraveineuse, orale, cutanée et respiratoire. Nous avons extrapolé les modèles cinétiques du rat à l’humain afin de se doter d’un outil permettant de reconstituer les doses absorbées chez des travailleurs exposés dans diverses industries à partir de mesures de l'évolution temporelle du 3-OHBaP dans leur urine. Les résultats de ces modélisations ont ensuite été comparés à ceux de simulations obtenues avec un modèle toxicocinétique à compartiment unique pour vérifier l’utilité comparative d’un modèle simple et complexe. Les deux types de modèle ont ainsi été construits à partir de profils sanguins, tissulaires, urinaires et fécaux du BaP et du 3-OHBaP sur des rats exposés. Ces données ont été obtenues in vivo par voie intraveineuse, cutanée, respiratoire et orale. Ensuite, les modèles ont été extrapolés à l’humain en tenant compte des déterminants biologiques essentiels des différences cinétiques entre le rat et l’humain. Les résultats ont montré que l'inhalation n'était pas la principale voie d'exposition pour plusieurs travailleurs étudiés. Les valeurs de concentrations de BaP dans l’air utilisées afin de simuler les profils d’excrétion urinaire chez les travailleurs étaient différentes des valeurs de concentrations de BaP mesurées dans l’air. Une exposition au BaP par voie cutanée semblait mieux prédire les profils temporels observés. Finalement, les deux types de modélisation se sont avérés utiles pour reproduire et pour interpréter les données disponibles chez des travailleurs.

Les expériences sociales et universitaires d’étudiants internationaux au Québec, le cas de l’Université de Montréal : comprendre leur persévérance aux études

Notre recherche a pour objet la persévérance aux études supérieures d’étudiants internationaux à l’Université de Montréal (UdeM) inscrits en programme de recherche (maîtrise et doctorat). L’objectif général de cette étude est d’explorer leurs conditions de vie et d’études afin de tendre vers une compréhension approfondie leur persévérance à l’UdeM. Constatant l’augmentation des migrations étudiantes, nous avons choisi de nous intéresser aux expériences sociales et universitaires d’étudiants internationaux. Des étudiants en mobilité internationale arrivent dans un pays et une université qu’ils ne connaissent pas ou peu et dans une nouvelle ville et une nouvelle culture qui leur sont souvent étrangères. Toutefois, nous ignorons beaucoup des conditions de vie et d’études des étudiants internationaux aux cycles supérieurs alors qu’ils jouent un rôle clé au chapitre des performances économique et scientifique des pays et institutions qui les accueillent. Dès lors, nous voulons comprendre comment des étudiants internationaux inscrits en programmes de recherche (maîtrise et doctorat) persévèrent à l’Université de Montréal. Cette thèse expose donc les points relatifs aux conditions d’accueil, d’intégration et de formation d’étudiants internationaux inscrits en programme de recherche à l’Université de Montréal. Nous partons des contextes canadiens et québécois de l’internationalisation de l’enseignement supérieur pour analyser la trame de l’expérience desdits étudiants, depuis les conditions scolaires, sociales et personnelles de leurs milieux d’accueil. Ainsi, la thèse nous plonge dans l’univers de ces étudiants et présente de nombreux points d’intérêt et une contribution à la sociologie de l’enseignement supérieur. Nous avons analysé les aspects relatifs aux caractéristiques des étudiants susceptibles de favoriser ou compromettre leur persévérance (Tinto, 1993) et les expériences scolaires et sociales de ces étudiants et le sens qu’ils donnent à ces expériences (Dubet, 1994; Rochex, 1995) et, enfin, nous avons exploré les trois temps de l’affiliation (Coulon, 1997). La question de recherche est la suivante : quels sont les aspects associés aux caractéristiques des étudiants (Tinto), à leurs expériences sociales (Dubet) et à l’apprentissage du métier d’étudiant (Coulon) susceptibles d’influencer la persévérance aux études chez les étudiants internationaux ? En ce qui concerne la méthodologie, cette recherche est de type exploratoire et repose sur une démarche d’investigation qualitative. Notre étude s’est attachée à décrire le cheminement scolaire des étudiants internationaux, nous avons tenté de tirer du sens de données institutionnelles mises à disposition. Des entretiens auprès de huit étudiants internationaux ont été réalisés. Nous proposons un survol des facteurs freinant ou favorisant la poursuite des études. Finalement, l’analyse compréhensive des entretiens suggère une forte capacité de résilience et l’importance d’une solidarité entre étudiants internationaux, en dépit de l’absence de bourses d’études ou d’autres soutiens financiers. Concernant leur intégration sociale et académique, si le Canada est décrit comme une société accueillante, les étudiants internationaux ont encore à surmonter des barrières culturelles et linguistiques, ils souffrent également d’un manque d’amitiés interculturelles faisant en sorte qu’ils ressentent un malaise général. Les échos de leurs récits suggèrent également l’importance des interactions de qualité avec leurs directions de recherche. Les étudiants internationaux ont besoin du soutien intellectuel, moral et financier de leur direction de recherche. Ces dernières sont souvent et systématiquement décrites comme première, voire unique, source d’informations. Elles sont aussi reconnues comme favorisant la persévérance aux études. Dans un tout autre ordre de déterminant, les étudiants internationaux mentionnent également que leur bien-être (physique et psychologique) dépend également de leur alimentation et la pratique de leur religion. Par exemple, certains sont véritablement en lutte pour accepter une alimentation totalement différente de celle de chez eux. De toute évidence, l’alimentation, la langue et la religion sont décrites comme véhicule de maintien de leur identité culturelle, au Canada et ce maintien est important pour leur bien-être et leur confort général dans le pays d’accueil. La recherche a permis de rendre plus audible la vie universitaire et sociale de ces étudiants jusque-là méconnue au Québec et à Montréal. L’approche exploratoire et compréhensive a montré que les migrations pour études répondent avant tout à des choix individuels liés à des aspirations sociales et professionnelles élevées. Mais, la décision de persévérer dépend de l’interrelation entre les stratégies individuelles et les contraintes migratoires, économiques et sociales. La thèse contribue à une meilleure compréhension de l’expérience des étudiants internationaux, notamment en montrant comment leur persévérance s’accompagne d’une fragilité et ces connaissances sont importantes pour les universités qui cherchent à accroître leur place sur le marché international de l’enseignement supérieur.