Quantitative ultrasound imaging during shear wave propagation for application related to breast cancer diagnosis

Dans le contexte de la caractérisation des tissus mammaires, on peut se demander ce que l’examen d’un attribut en échographie quantitative (« quantitative ultrasound » - QUS) d’un milieu diffusant (tel un tissu biologique mou) pendant la propagation d’une onde de cisaillement ajoute à son pouvoir discriminant. Ce travail présente une étude du comportement variable temporel de trois paramètres statistiques (l’intensité moyenne, le paramètre de structure et le paramètre de regroupement des diffuseurs) d’un modèle général pour l’enveloppe écho de l’onde ultrasonore rétrodiffusée (c.-à-d., la K-distribution homodyne) sous la propagation des ondes de cisaillement. Des ondes de cisaillement transitoires ont été générés en utilisant la mèthode d’ imagerie de cisaillement supersonique ( «supersonic shear imaging » - SSI) dans trois fantômes in-vitro macroscopiquement homogènes imitant le sein avec des propriétés mécaniques différentes, et deux fantômes ex-vivo hétérogénes avec tumeurs de souris incluses dans un milieu environnant d’agargélatine. Une comparaison de l’étendue des trois paramètres de la K-distribution homodyne avec et sans propagation d’ondes de cisaillement a montré que les paramètres étaient significativement (p < 0,001) affectès par la propagation d’ondes de cisaillement dans les expériences in-vitro et ex-vivo. Les résultats ont également démontré que la plage dynamique des paramétres statistiques au cours de la propagation des ondes de cisaillement peut aider à discriminer (avec p < 0,001) les trois fantômes homogènes in-vitro les uns des autres, ainsi que les tumeurs de souris de leur milieu environnant dans les fantômes hétérogénes ex-vivo. De plus, un modéle de régression linéaire a été appliqué pour corréler la plage de l’intensité moyenne sous la propagation des ondes de cisaillement avec l’amplitude maximale de déplacement du « speckle » ultrasonore. La régression linéaire obtenue a été significative : fantômes in vitro : R2 = 0.98, p < 0,001 ; tumeurs ex-vivo : R2 = 0,56, p = 0,013 ; milieu environnant ex-vivo : R2 = 0,59, p = 0,009. En revanche, la régression linéaire n’a pas été aussi significative entre l’intensité moyenne sans propagation d’ondes de cisaillement et les propriétés mécaniques du milieu : fantômes in vitro : R2 = 0,07, p = 0,328, tumeurs ex-vivo : R2 = 0,55, p = 0,022 ; milieu environnant ex-vivo : R2 = 0,45, p = 0,047. Cette nouvelle approche peut fournir des informations supplémentaires à l’échographie quantitative statistique traditionnellement réalisée dans un cadre statique (c.-à-d., sans propagation d’ondes de cisaillement), par exemple, dans le contexte de l’imagerie ultrasonore en vue de la classification du cancer du sein.

L’adoption intrafamiliale réalisée en Haïti par des Haïtiens québécois vivant à Montréal

La protection des enfants dans les pays en développement constitue encore aujourd’hui une problématique qui continue à alimenter la préoccupation et des débats sur l’avenir des enfants à l’échelle nationale et internationale. En dépit des interventions répétées des organismes internationaux œuvrant dans le domaine de la protection des enfants à travers le monde, les conditions socioéconomiques de millions d’enfants ne cessent d’empirer, laissant ainsi leur avenir dans une incertitude accablante. Le souci de secourir ces enfants a ouvert la voie à l’amplification du phénomène d’adoption internationale qui témoigne d’une forme de «solidarité» internationale en faveur des enfants à travers le monde mais qui finit par s’imposer comme une forme de protection sociale qui transcende les frontières nationales. En Haïti, la précarité des conditions de vie a permis la mise en action d’un ensemble de stratégies d’entraide se reposant sur des liens communautaires forts qui se veut une sorte de soupape pour amortir les impacts sur les membres de la famille, mais qui s’étend parfois sur toute la communauté. Dans cette dynamique, l’enfant bénéficie d’une attention soutenue. Ainsi, certains membres de la diaspora haïtienne en Amérique du Nord, plus précisément à Montréal ont procédé à l’adoption dans leur famille élargie en Haïti. L’objectif de cette recherche est donc de dégager une appréhension de l’adoption intrafamiliale en Haïti, plus particulièrement celle réalisée par des haïtiens vivants à Montréal. Mais de manière spécifique, nous visons à : 1) comprendre la nature des décisions d’adopter et sa spécificité en contexte d’adoption intrafamiliale chez les adoptants québécois originaires d’Haïti, 2) établir les étapes et le contexte des démarches d’adoption qui caractérisent les projets des adoptants haïtiens québécois et 3) comprendre dans quelle mesure la protection des enfants fait partie du désir d’adopter chez ces adoptants en dégageant leur point de vue. Cette recherche nous a permis de comprendre que l’adoption intrafamiliale en Haïti est marquée par une grande diversité de motivations tels que le désir d’enfants, le sauvetage des enfants, la redevance sociale, la réussite sociale de l’enfant, l’accès à l’éducation, le désengagement social, le souci de maintenir à distance l’esprit de clan et le don d’enfants. Si ces motifs visent pour la plupart à la protection de l’enfant, ils sont aussi en lien avec la culture haïtienne qui voit dans celui-ci une véritable lueur d’espoir pour l’amélioration des conditions de vie des parents dans leurs vieux jours.

Correlates of protective immunity against hepatitis C virus

Le virus de l’hépatite C (VHC) infecte ~185 millions d’individus dans le monde. Malgré le développement des nouvelles thérapies dirigées contre le VHC, on compte deux millions de nouvelles infections chaque année, en particulier dans les pays sous-développés et les populations marginalisées. Comme pour la plupart des virus à infection chronique, le développement d’un vaccin prophylactique efficace est limité par le manque de caractérisation des déterminants de la mémoire immunitaire protectrice lors des épisodes de réinfection naturelle chez les êtres humains. Le VHC représente un modèle unique au sein des virus à infection chronique pour étudier l’immunité protectrice. En effet ~30% des patients infectés par le VHC peuvent être guéris suite à un premier épisode d’infection spontanément. Dans cette thèse, nous avons étudié l’immunité protectrice contre le VHC dans une cohorte d’utilisateurs de drogues par injection qui sont à risque d’être infectés ou réinfectés. Notre hypothèse est que la majorité des patients qui ont résolu une première infection par le VHC sont protégés contre le développement d’une infection chronique s’ils sont réexposés. Cette immunité protectrice est associée à la présence des cellules T CD4 et CD8 polyfonctionnelles qui possèdent des fréquences, magnitudes et avidités élevées. La capacité protectrice des cellules T mémoire contre les séquences variables du VHC est dépendante de la diversité et flexibilité du répertoire de leurs récepteurs de cellules T (TCR), qui reconnaissent les séquences variables des épitopes ciblés. Notre premier objectif était de définir et détailler les déterminants de l’immunité protectrice conférée par les cellules T spécifiques du VHC. Nos résultats ont montré que la protection pendant l’épisode de réinfection était associée à une augmentation de la magnitude et du spectre des réponses spécifiques par les cellules T CD4 et CD8 polyfonctionnelles, ainsi que par l’apparition d’une population de cellules T tétramère+ CD8+ effectrices qui expriment faiblement le marqueur CD127 (CD127lo) lors du pic de la réponse. Chez les patients qui ont développé une infection chronique pendant l’épisode de réinfection, nous avons observé une expansion très limitée des cellules T CD4 et CD8. Le séquençage des épitopes ciblés par les cellules T CD8 chez ces patients qui sont non-protégés a montré que les séquences de ces épitopes sont différentes des séquences de référence qui étaient utilisées pour tous les essais immunologiques de cette étude. Le deuxième objectif était d’analyser la dynamique du répertoire des TCRs des cellules T CD8 spécifiques chez les patients protégés versus les patients non-protégés. Nos résultats ont montré que le répertoire des cellules T CD8 spécifiques est plus focalisé que chez les patients protégés. En plus, nous avons observé que les clonotypes qui forment le répertoire chez les patients protégés sont distincts de ceux chez les patients non-protégés. Ces clonotypes chez les patients protégés ont montré de plus grandes avidité et polyfonctionnalité que leurs homologues chez les patients non-protégés. En conclusion, nos résultats suggèrent que la protection contre le développement d’une infection chronique pendant l’épisode de réinfection par le VHC est associée à une augmentation de la magnitude, du spectre et de la fonctionnalité des réponses des cellules T spécifiques, ainsi qu’à un répertoire des TCRs plus focalisé composé des clonotypes distincts qui possèdent de plus grandes avidité et polyfonctionnalité que chez les patients non-protégés. L’homologie des séquences des souches virales entre les différents épisodes de l’infection est un déterminant majeur de l’établissement d’une protection efficace. Ces résultats ont donc des implications très importantes pour le développement d’un vaccin prophylactique contre le VHC et d’autres virus à infection chronique.

Modeling High-Dimensional Audio Sequences with Recurrent Neural Networks

Cette thèse étudie des modèles de séquences de haute dimension basés sur des réseaux de neurones récurrents (RNN) et leur application à la musique et à la parole. Bien qu'en principe les RNN puissent représenter les dépendances à long terme et la dynamique temporelle complexe propres aux séquences d'intérêt comme la vidéo, l'audio et la langue naturelle, ceux-ci n'ont pas été utilisés à leur plein potentiel depuis leur introduction par Rumelhart et al. (1986a) en raison de la difficulté de les entraîner efficacement par descente de gradient. Récemment, l'application fructueuse de l'optimisation Hessian-free et d'autres techniques d'entraînement avancées ont entraîné la recrudescence de leur utilisation dans plusieurs systèmes de l'état de l'art. Le travail de cette thèse prend part à ce développement. L'idée centrale consiste à exploiter la flexibilité des RNN pour apprendre une description probabiliste de séquences de symboles, c'est-à-dire une information de haut niveau associée aux signaux observés, qui en retour pourra servir d'à priori pour améliorer la précision de la recherche d'information. Par exemple, en modélisant l'évolution de groupes de notes dans la musique polyphonique, d'accords dans une progression harmonique, de phonèmes dans un énoncé oral ou encore de sources individuelles dans un mélange audio, nous pouvons améliorer significativement les méthodes de transcription polyphonique, de reconnaissance d'accords, de reconnaissance de la parole et de séparation de sources audio respectivement. L'application pratique de nos modèles à ces tâches est détaillée dans les quatre derniers articles présentés dans cette thèse. Dans le premier article, nous remplaçons la couche de sortie d'un RNN par des machines de Boltzmann restreintes conditionnelles pour décrire des distributions de sortie multimodales beaucoup plus riches. Dans le deuxième article, nous évaluons et proposons des méthodes avancées pour entraîner les RNN. Dans les quatre derniers articles, nous examinons différentes façons de combiner nos modèles symboliques à des réseaux profonds et à la factorisation matricielle non-négative, notamment par des produits d'experts, des architectures entrée/sortie et des cadres génératifs généralisant les modèles de Markov cachés. Nous proposons et analysons également des méthodes d'inférence efficaces pour ces modèles, telles la recherche vorace chronologique, la recherche en faisceau à haute dimension, la recherche en faisceau élagué et la descente de gradient. Finalement, nous abordons les questions de l'étiquette biaisée, du maître imposant, du lissage temporel, de la régularisation et du pré-entraînement.

Analyse cinématique 3D de la coordination des articulations de l'épaule par l'entremise du rythme scapulo-huméral

L'épaule est souvent affectée par des troubles musculo-squelettiques. Toutefois, leur évaluation est limitée à des mesures qualitatives qui nuisent à la spécificité et justesse du diagnostic. L'analyse de mouvement tridimensionnel pourrait complémenter le traitement conventionnel à l'aide de mesures quantitatives fonctionnelles. L'interaction entre les articulations de l'épaule est estimée par le rythme scapulo-huméral, mais la variabilité prononcée qu'il affiche nuit à son utilisation clinique. Ainsi, l'objectif général de cette thèse était de réduire la variabilité de la mesure du rythme scapulo-huméral. L'effet de la méthode de calcul du rythme scapulo-huméral et des conditions d'exécution du mouvement (rotation axiale du bras, charge, vitesse, activité musculaire) ont été testées. La cinématique des articulations de l'épaule a été calculé par chaîne cinématique et filtre de Kalman étendu sur des sujets sains avec un système optoélectronique. La méthode usuelle de calcul du rythme scapulo-huméral extrait les angles d'élévation gléno-humérale et de rotation latérale scapulo-thoracique. Puisque ces angles ne sont pas co-planaires au thorax, leur somme ne correspond pas à l'angle d'élévation du bras. Une nouvelle approche de contribution articulaire incluant toutes les rotations de chaque articulation est proposée et comparée à la méthode usuelle. La méthode usuelle surestimait systématiquement la contribution gléno-humérale par rapport à la méthode proposée. Ce nouveau calcul du rythme scapulo-huméral permet une évaluation fonctionnelle dynamique de l'épaule et réduit la variabilité inter-sujets. La comparaison d'exercices de réadaptation du supra-épineux contrastant la rotation axiale du bras a été réalisée, ainsi que l'effet d'ajouter une charge externe. L'exercice «full-can» augmentait le rythme scapulo-huméral et la contribution gléno-humérale ce qui concorde avec la fonction du supra-épineux. Au contraire, l'exercice «empty-can» augmentait la contribution scapulo-thoracique ce qui est associé à une compensation pour éviter la contribution gléno-humérale. L'utilisation de charge externe lors de la réadaptation du supra-épineux semble justifiée par un rythme scapulo-huméral similaire et une élévation gléno-humérale supérieure. Le mouvement de l'épaule est souvent mesuré ou évalué en condition statique ou dynamique et passive ou active. Cependant, l'effet de ces conditions sur la coordination articulaire demeure incertain. La comparaison des ces conditions révélait des différences significatives qui montrent l'importance de considérer les conditions de mouvement pour l'acquisition ou la comparaison des données.

Études des premières étapes d’oligomérisation de la région Non-Aβ Component de l’a-synucléine et de Aβ1-40

Les protéines amyloïdes sont retrouvées sous forme de fibres dans de nombreuses maladies neurodégénératives. En tentant d’élucider le mécanisme de fibrillation, les chercheurs ont découvert que cette réaction se fait par un phénomène de nucléation passant par des oligomères. Il semblerait que ces espèces soient la principale cause de la toxicité observée dans les cellules des patients atteints d’amyloïdose. C’est pourquoi un intérêt particulier est donc porté aux premières étapes d’oligomérisation. Dans ce mémoire, nous nous intéressons à une séquence d’acide aminé fortement hydrophobe de l’α-synucléine appelée composante non β -amyloïde (Non-Amyloid β Component ou NAC). Cette dernière est retrouvée sous forme de fibres dans les corps et les neurites de Lewy des patients atteints de la maladie de Parkinson. De plus, elle constitue une composante minoritaire des fibres impliquées dans la maladie d’Alzheimer. Nous avons observé les changements structuraux qui ont lieu pour le monomère, le dimère et le trimère de la séquence NAC de l’α-synucléine. Nous nous sommes aussi intéressés aux conséquences structurelles observées dans des oligomères hétérogènes qui impliqueraient, Aβ1−40. Pour cela nous utilisons des dynamiques moléculaires, d’échange de répliques couplées au potentiel gros-grain, OPEP. Nous constatons une disparition des hélices α au profit des feuillets β , ainsi que le polymorphisme caractéristique des fibres amyloïdes. Certaines régions se sont démarquées par leurs capacités à former des feuillets β . La disparition de ces régions lorsque NAC est combinée à Aβ laisse entrevoir l’importance de l’emplacement des résidus hydrophobes dans des structures susceptibles de former des fibres amyloïdes.

Essays on bootstrap in econometrics

Ma thèse est composée de trois essais sur l'inférence par le bootstrap à la fois dans les modèles de données de panel et les modèles à grands nombres de variables instrumentales #VI# dont un grand nombre peut être faible. La théorie asymptotique n'étant pas toujours une bonne approximation de la distribution d'échantillonnage des estimateurs et statistiques de tests, je considère le bootstrap comme une alternative. Ces essais tentent d'étudier la validité asymptotique des procédures bootstrap existantes et quand invalides, proposent de nouvelles méthodes bootstrap valides. Le premier chapitre #co-écrit avec Sílvia Gonçalves# étudie la validité du bootstrap pour l'inférence dans un modèle de panel de données linéaire, dynamique et stationnaire à effets fixes. Nous considérons trois méthodes bootstrap: le recursive-design bootstrap, le fixed-design bootstrap et le pairs bootstrap. Ces méthodes sont des généralisations naturelles au contexte des panels des méthodes bootstrap considérées par Gonçalves et Kilian #2004# dans les modèles autorégressifs en séries temporelles. Nous montrons que l'estimateur MCO obtenu par le recursive-design bootstrap contient un terme intégré qui imite le biais de l'estimateur original. Ceci est en contraste avec le fixed-design bootstrap et le pairs bootstrap dont les distributions sont incorrectement centrées à zéro. Cependant, le recursive-design bootstrap et le pairs bootstrap sont asymptotiquement valides quand ils sont appliqués à l'estimateur corrigé du biais, contrairement au fixed-design bootstrap. Dans les simulations, le recursive-design bootstrap est la méthode qui produit les meilleurs résultats. Le deuxième chapitre étend les résultats du pairs bootstrap aux modèles de panel non linéaires dynamiques avec des effets fixes. Ces modèles sont souvent estimés par l'estimateur du maximum de vraisemblance #EMV# qui souffre également d'un biais. Récemment, Dhaene et Johmans #2014# ont proposé la méthode d'estimation split-jackknife. Bien que ces estimateurs ont des approximations asymptotiques normales centrées sur le vrai paramètre, de sérieuses distorsions demeurent à échantillons finis. Dhaene et Johmans #2014# ont proposé le pairs bootstrap comme alternative dans ce contexte sans aucune justification théorique. Pour combler cette lacune, je montre que cette méthode est asymptotiquement valide lorsqu'elle est utilisée pour estimer la distribution de l'estimateur split-jackknife bien qu'incapable d'estimer la distribution de l'EMV. Des simulations Monte Carlo montrent que les intervalles de confiance bootstrap basés sur l'estimateur split-jackknife aident grandement à réduire les distorsions liées à l'approximation normale en échantillons finis. En outre, j'applique cette méthode bootstrap à un modèle de participation des femmes au marché du travail pour construire des intervalles de confiance valides. Dans le dernier chapitre #co-écrit avec Wenjie Wang#, nous étudions la validité asymptotique des procédures bootstrap pour les modèles à grands nombres de variables instrumentales #VI# dont un grand nombre peu être faible. Nous montrons analytiquement qu'un bootstrap standard basé sur les résidus et le bootstrap restreint et efficace #RE# de Davidson et MacKinnon #2008, 2010, 2014# ne peuvent pas estimer la distribution limite de l'estimateur du maximum de vraisemblance à information limitée #EMVIL#. La raison principale est qu'ils ne parviennent pas à bien imiter le paramètre qui caractérise l'intensité de l'identification dans l'échantillon. Par conséquent, nous proposons une méthode bootstrap modifiée qui estime de facon convergente cette distribution limite. Nos simulations montrent que la méthode bootstrap modifiée réduit considérablement les distorsions des tests asymptotiques de type Wald #$t$# dans les échantillons finis, en particulier lorsque le degré d'endogénéité est élevé.

Dissecting the dynamic of Noc2p and its partners in pre-60S particles maturation

Plusieurs études ont permis la caractérisation de la structure et de la fonction du ribosome. En ce qui attrait à la biogénèse du ribosome, nombreux aspects restent à être découverts et compris de façon plus dynamique. En effet, cette biogénèse englobe une variété de voies de modifications et d’assemblages requises pour la maturation des ARNr et pour leurs liaisons avec les protéines ribosomales. De ce fait, les protéines Noc ont été caractérisées comme des facteurs d’assemblages et ont permis la découverte d’une des premières indications sur l’ordre spatio-temporel de la maturation du ribosome. Ainsi, en utilisant la levure comme modèle, notre objectif est d’étudier d’avantage l’échange des complexes composés des protéines Noc ainsi que leur localisation intranucléaire. Ainsi, la nature des interactions de Noc2p avec Noc1p et Noc3p et l’influence de l’arrêt du transport intranucléaire ont été étudiés en utilisant des promoteurs inductibles, la microscopie à fluorescence, des immunobuvardages, qRT-PCR et des purifications par affinité.

Modification des propriétés optiques de nanofils à base de GaN par plasma N2/O2

Une sonde électrostatique de Langmuir cylindrique a été utilisée pour caractériser une post-décharge d’un plasma d’ondes de surface de N2-O2 par la mesure de la densité des ions et électrons ainsi que la température des électrons dérivée de la fonction de distribution en énergie des électrons (EEDF). Une densité maximale des électrons au centre de la early afterglow de l’ordre de 1013 m-3 a été déterminée, alors que celle-ci a chuté à 1011 m-3 au début de la late afterglow. Tout au long du profil de la post-décharge, une densité des ions supérieure à celle des électrons indique la présence d’un milieu non macroscopiquement neutre. La post-décharge est caractérisée par une EEDF quasi maxwellienne avec une température des électrons de 0.5±0.1 eV, alors qu’elle grimpe à 1.1 ±0.2 eV dans la early afterglow due à la contribution des collisions vibrationnelles-électroniques (V-E) particulièrement importantes. L’ajout d’O2 dans la décharge principale entraîne un rehaussement des espèces chargées et de la température des électrons suivi d’une chute avec l’augmentation de la concentration d’O2. Le changement de la composition électrique de la post-décharge par la création de NO+ au détriment des ions N2+ est à l’origine du phénomène. Le recours à cette post-décharge de N2 pour la modification des propriétés d’émission optique de nanofils purs de GaN et avec des inclusions d’InGaN a été étudié par photoluminescence (PL). Bien que l’émission provenant des nanofils de GaN et de la matrice de GaN recouvrant les inclusions diminue suite à la création de sites de recombinaison non radiatifs, celle provenant des inclusions d’InGaN augmente fortement. Des mesures de PL par excitation indiquent que cet effet n’est pas attribuable à un changement de l’absorption de la surface de GaN. Ceci suggère un recuit dynamique induit par la désexcitation des métastables de N2 suite à leur collision à la surface des nanofils et la possibilité de passiver les défauts de surface tels que des lacunes d’azote par l’action d’atomes de N2 réactifs provenant de la post-décharge. L’incorporation d’O2 induit les mêmes effets en plus d’un décalage vers le rouge de la bande d’émission des inclusions, suggérant l’action des espèces d’O2 au sein même des nanostructures.

Les patterns de Christopher Alexander appliqués aux cuisines domiciliaires modernes

La présente recherche traite des conflits d’aménagement pouvant être décelés dans les cuisines domiciliaires modernes. L’ajout d’objets mécanisés au rituel alimentaire quotidien a su changer la dynamique du lieu. En effet, l’architecture des cuisines modernes en Occident présente de grandes contradictions. Basées sur des standards architecturaux, les cuisines modulaires ne reflètent pas la variété et l’unicité des aliments auxquels les cuisines sont dédiées. Les cuisines devraient être le miroir de la vivacité naturelle des aliments et des échanges humains que la nourriture génère à travers le plaisir et le partage. Dans l’espoir de proposer des outils afin de rééquilibrer la dynamique de cette pièce, un cadre théorique basé sur les théories architecturales de l’architecte et mathématicien anglais Christopher Alexander a été établi. Supportant la présente recherche, ces théories architecturales s’inspirent de la structure et de la composition des choses de la nature et des monuments anciens afin d’établir des balises d’aménagement simples et équilibrées (qualité de vie, patterns, configuration des événements, configurations de l’espace, ...). Ces théories ont aidé à concevoir une formule d’ateliers participatifs qui visent à outiller les occupants, qui sont très souvent des non-professionnels du domaine de l’architecture et du design. Ces ateliers proposent un cheminement bien encadré qui permet aux participants de retravailler leur espace de cuisine respectif selon leurs goûts et leurs besoins. En fournissant un plan de l’étage où se situe la cuisine, quelques crayons, règles et autres matériel de dessin, les participants ont pour tâche de réaménager leur cuisine en un espace de cuisine idéal. La deuxième étape, qui elle se réalise en équipe avec tous les occupants participants de la demeure, consiste à réduire l’ampleur des changements afin d’arriver à un résultat réaliste. L’enthousiasme noté tout au long de ce processus a ainsi permis de confirmer que les non-professionnels du domaine de l’architecture et du design peuvent développer un intérêt marqué pour l’amélioration de leurs interactions quotidiennes, avec l’espace et entre les occupants, lorsque bien accompagnés dans cette tâche. Grâce aux propos et aux plans recueillis durant les séances d’ateliers participatifs ainsi qu’à l’analyse de ces données, une série d’interprétations ont émergé. Les données ont notamment démontrées l’influence positive de l’utilisation des patterns d’Alexander. L’analyse permet, en outre, de noter les tendances d’aménagement ayant émergé de l’utilisation des patterns dans les espaces de cuisine : définitivement, les cuisines se sont transformées en espace de vie partagé et polyvalent. Finalement, la présente recherche se conclut grâce à une série de recommandations qui traitent de la structure des cuisines, des ateliers participatifs et des patterns. Tout d’abord, l’impact de ces notions sur les espaces retravaillés par les participants est impressionnant. Les espaces sont bien organisés, vastes et, surtout, reflètent les occupants qui y vivent au quotidien. De plus, ayant démontré la facilité d’utilisation et la polyvalence des patterns, il a été jugé que certains aspects devraient être améliorés tels que l’actualisation de certains patterns, le prolongement du processus d’ateliers, le perfectionnement de la méthode et la diffusion des résultats.

Dynamic Facility Location with Modular Capacities : Models, Algorithms and Applications in Forestry

Les décisions de localisation sont souvent soumises à des aspects dynamiques comme des changements dans la demande des clients. Pour y répondre, la solution consiste à considérer une flexibilité accrue concernant l’emplacement et la capacité des installations. Même lorsque la demande est prévisible, trouver le planning optimal pour le déploiement et l'ajustement dynamique des capacités reste un défi. Dans cette thèse, nous nous concentrons sur des problèmes de localisation avec périodes multiples, et permettant l'ajustement dynamique des capacités, en particulier ceux avec des structures de coûts complexes. Nous étudions ces problèmes sous différents points de vue de recherche opérationnelle, en présentant et en comparant plusieurs modèles de programmation linéaire en nombres entiers (PLNE), l'évaluation de leur utilisation dans la pratique et en développant des algorithmes de résolution efficaces. Cette thèse est divisée en quatre parties. Tout d’abord, nous présentons le contexte industriel à l’origine de nos travaux: une compagnie forestière qui a besoin de localiser des campements pour accueillir les travailleurs forestiers. Nous présentons un modèle PLNE permettant la construction de nouveaux campements, l’extension, le déplacement et la fermeture temporaire partielle des campements existants. Ce modèle utilise des contraintes de capacité particulières, ainsi qu’une structure de coût à économie d’échelle sur plusieurs niveaux. L'utilité du modèle est évaluée par deux études de cas. La deuxième partie introduit le problème dynamique de localisation avec des capacités modulaires généralisées. Le modèle généralise plusieurs problèmes dynamiques de localisation et fournit de meilleures bornes de la relaxation linéaire que leurs formulations spécialisées. Le modèle peut résoudre des problèmes de localisation où les coûts pour les changements de capacité sont définis pour toutes les paires de niveaux de capacité, comme c'est le cas dans le problème industriel mentionnée ci-dessus. Il est appliqué à trois cas particuliers: l'expansion et la réduction des capacités, la fermeture temporaire des installations, et la combinaison des deux. Nous démontrons des relations de dominance entre notre formulation et les modèles existants pour les cas particuliers. Des expériences de calcul sur un grand nombre d’instances générées aléatoirement jusqu’à 100 installations et 1000 clients, montrent que notre modèle peut obtenir des solutions optimales plus rapidement que les formulations spécialisées existantes. Compte tenu de la complexité des modèles précédents pour les grandes instances, la troisième partie de la thèse propose des heuristiques lagrangiennes. Basées sur les méthodes du sous-gradient et des faisceaux, elles trouvent des solutions de bonne qualité même pour les instances de grande taille comportant jusqu’à 250 installations et 1000 clients. Nous améliorons ensuite la qualité de la solution obtenue en résolvent un modèle PLNE restreint qui tire parti des informations recueillies lors de la résolution du dual lagrangien. Les résultats des calculs montrent que les heuristiques donnent rapidement des solutions de bonne qualité, même pour les instances où les solveurs génériques ne trouvent pas de solutions réalisables. Finalement, nous adaptons les heuristiques précédentes pour résoudre le problème industriel. Deux relaxations différentes sont proposées et comparées. Des extensions des concepts précédents sont présentées afin d'assurer une résolution fiable en un temps raisonnable.

Dynamic epigenetic changes in immune responses to infection in human dendritic cells

La méthylation de l'ADN est une marque épigénétique importante chez les mammifères. Malgré le fait que la méthylation de la cytosine en 5' (5mC) soit reconnue comme une modification épigénétique stable, il devient de plus en plus reconnu qu'elle soit un processus plus dynamique impliquant des voies de méthylation et de déméthylation actives. La dynamique de la méthylation de l'ADN est désormais bien caractérisée dans le développement et dans le fonctionnement cellulaire des mammifères. Très peu est cependant connu concernant les implications régulatrices dans les réponses immunitaires. Pour se faire, nous avons effectué des analyses du niveau de transcription des gènes ainsi que du profilage épigénétique de cellules dendritiques (DCs) humaines. Ceux-ci ont été faits avant et après infection par le pathogène Mycobacterium tuberculosis (MTB). Nos résultats fournissent le premier portrait génomique du remodelage épigénétique survenant dans les DCs en réponse à une infection bactérienne. Nous avons constaté que les changements dans la méthylation de l'ADN sont omniprésents, identifiant 3,926 régions différentiellement méthylées lors des infections par MTB (MTB-RDMs). Les MTB-RDMs montrent un chevauchement frappant avec les régions génomiques marquées par les histones associées avec des régions amplificatrices. De plus, nos analyses ont révélées que les MTB-RDMs sont activement liées par des facteurs de transcription associés à l'immunité avant même d'être infecté par MTB, suggérant ces domaines comme étant des éléments d'activation dans un état de dormance. Nos données suggèrent que les changements actifs dans la méthylation jouent un rôle essentiel pour contrôler la réponse cellulaire des DCs à l'infection bactérienne.

L’adaptation des services de santé à l’égard de personnes migrantes : cas des services infirmiers en première ligne

Comment s’adaptent des organisations lorsqu’elles font face à des changements qui les dépassent? De cette question a émergé une recherche voulant comprendre comment et pourquoi des organisations de santé décident d’adapter (ou non) leurs services aux besoins et aux caractéristiques des populations migrantes accueillies sur leur territoire. Pour y répondre, cette thèse s’est intéressée à la gouvernance multiniveaux appliquée aux organisations de santé fournissant des services à des populations migrantes. Dans un contexte de régionalisation de l’immigration, la dynamique du processus migratoire est de mieux en mieux documentée, mais les capacités organisationnelles d’adaptation le sont beaucoup moins. Nous avons réalisé une étude de cas multiples à l’aide d’entrevues semi-directives auprès d’acteurs provenant de deux CSSS montéregiens (région au sud de Montréal, Québec) et des paliers locaux, régionaux et nationaux. Les résultats de cette étude ont permis (1) de mettre en évidence les différents acteurs impliqués dans ce processus d’adaptation, dont des acteurs de connectivité; (2) de cerner huit leviers d’action, divisés en trois catégories de leviers : administratif, émergent et d’habilitation. La possible imbrication de ces trois catégories de leviers facilite l’apparition de structures de connectivité, légitimant ainsi l’adaptation de l’organisation; et (3) de montrer l’ambigüité de l’adaptation à travers des facteurs d’influence qui favorisent ou entravent le processus d’adaptation à plusieurs niveaux de la gouvernance. Cette thèse est construite autour de quatre articles. Le premier, de nature conceptuelle, permet de circonscrire les concepts d’adaptation et de gouvernance multiniveaux à travers la lentille des théories de la complexité. Nous campons ainsi notre sujet dans une problématique liée à la vulnérabilité et la migration tout en appréhendant l’adaptation du système et son opérationnalisation au niveau local. Il en ressort un cadre conceptuel avec six propositions de recherches. Le second article permet quant à lui de comprendre les jeux des acteurs au sein d’une organisation de santé et à travers son Environnement. Le rôle spécifique d’acteurs de connectivité y est révélé. C’est dans un troisième article que nous nous intéressons davantage aux différents leviers d’action, analysés selon trois catégories : administrative, émergente et d’habilitation. Les acteurs peuvent les solliciter afin de d’adapter leurs pratiques au contexte particulier de la prise en charge de patients migrants. Un passage des acteurs aux structures de connectivité est alors rendu possible via un espace : la gouvernance multiniveaux. Enfin, le quatrième et dernier article s’articule autour de l’analyse des différents facteurs pouvant influencer l’adaptation d’une organisation de santé, en lien avec son Environnement. Il en ressort principalement que les facteurs identifiés sont pour beaucoup des leviers d’action (cf. article3) qui à travers le temps, et par récursivité, deviennent des facteurs d’influence. De plus, le type d’interdépendance développé par les acteurs a tendance soit à façonner un Environnement « stable », laissant reposer les besoins d’adaptation sur les acteurs opérationnels; soit à façonner un Environnement plus « accidenté », reposant davantage sur des interactions diversifiées entre les acteurs d’une gouvernance multiniveaux. De cette adéquation avec l’Environnement à façonner découle l’ambigüité de s’adapter ou non pour une organisation.

Un criblage ciblant de nouveaux facteurs impliqués dans l’assemblage mitotique des chromosomes dans le nématode C. elegans

La division cellulaire est un processus fondamental des êtres vivants. À chaque division cellulaire, le matériel génétique d'une cellule mère est dupliqué et ségrégé pour produire deux cellules filles identiques; un processus nommé la mitose. Tout d'abord, la cellule doit condenser le matériel génétique pour être en mesure de séparer mécaniquement et également le matériel génétique. Une erreur dans le niveau de compaction ou dans la dynamique de la mitose occasionne une transmission inégale du matériel génétique. Il est suggéré dans la littérature que ces phénomènes pourraient causé la transformation des cellules cancéreuses. Par contre, le mécanisme moléculaire générant la coordination des changements de haut niveau de la condensation des chromosomes est encore incompris. Dans les dernières décennies, plusieurs approches expérimentales ont identifié quelques protéines conservées dans ce processus. Pour déterminer le rôle de ces facteurs dans la compaction des chromosomes, j'ai effectué un criblage par ARNi couplé à de l'imagerie à haute-résolution en temps réel chez l'embryon de C. elegans. Grâce à cette technique, j'ai découvert sept nouvelles protéines requises pour l'assemblage des chromosomes mitotiques, incluant la Ribonucléotide réductase (RNR) et Topoisomérase II (topo-II). Dans cette thèse, je décrirai le rôle structural de topo-II dans l'assemblage des chromosomes mitotiques et ces mécanismes moléculaires. Lors de la condensation des chromosomes, topo-II agit indépendamment comme un facteur d'assemblage local menant par la suite à la formation d'un axe de condensation tout au long du chromosome. Cette localisation est à l'opposé de la position des autres facteurs connus qui sont impliqués dans la condensation des chromosomes. Ceci représente un nouveau mécanisme pour l'assemblage des chromosomes chez C. elegans. De plus, j'ai découvert un rôle non-enzymatique à la protéine RNR lors de l'assemblage des chromosomes. Lors de ce processus, RNR est impliqué dans la stabilité des nucléosomes et alors, permet la compaction de haut niveau de la chromatine. Dans cette thèse, je rapporte également des résultats préliminaires concernant d'autres nouveaux facteurs découverts lors du criblage ARNi. Le plus important est que mon analyse révèle que la déplétion des nouvelles protéines montre des phénotypes distincts, indiquant la fonction de celles-ci lors de l'assemblage des chromosomes. Somme toute, je conclus que les chromosomes en métaphase sont assemblés par trois protéines ayant des activités différentes d'échafaudage: topoisomérase II, les complexes condensines et les protéines centromériques. En conclusion, ces études prouvent le mécanisme moléculaire de certaines protéines qui contribuent à la formation des chromosomes mitotiques.

Les perceptions de personnes atteintes de troubles mentaux suite à une formation de gestion de comportements agressifs adaptée par et pour leurs membres de familles

Les écrits rapportent qu’entre 10% et 40% des personnes atteintes de troubles mentaux ont présenté des comportements agressifs depuis l’établissement du diagnostic, et qu’entre 50% et 65% de ces comportements sont perpétrés envers les membres de la famille (Estroff et al., 1998). Or, les aidants naturels se sentent fréquemment démunis devant le comportement impulsif et agressif de leur proche atteint d’un trouble de santé mentale (Bonin & Lavoie-Tremblay, 2010) et la majorité des proches aidants ne reçoivent pas de soutien professionnel (Doornbos, 2001). À cet effet, une équipe de chercheurs et d’organismes communautaires ont mis sur pied un projet de formation adaptée par et pour les familles relativement à la gestion des comportements agressifs de leur proche atteint d’un trouble de santé mentale s’appuyant sur l’approche OMEGA communautaire (Bonin et al., 2011). La présente recherche est inspirée du modèle de Fresan et ses collaborateurs (2007), qui inclut les familles et leur proche atteint dans la prévention de la rechute et le rétablissement de ce dernier. Cette étude avait donc pour but de décrire et analyser, par un devis mixte, les perceptions de l’agressivité, du fonctionnement familial ainsi que de l’observance au traitement médical de personnes atteintes de troubles mentaux, suite à une formation de gestion des comportements agressifs adaptée par et pour des membres de familles, et suivie par leur proche aidant. Des questionnaires auto-administrés ont été remis et complétés par 25 personnes atteintes et comprenaient trois instruments qui étaient : 1. un questionnaire sociodémographique; 2. le Basis-24 (Eisen, 2007) permettant d’évaluer la condition mentale de la personne atteinte; 3. l’Échelle de perception de l’agressivité permettant de mesurer la fréquence et le niveau des comportements agressifs (De Benedictis et al., 2011); et 4. l'Échelle du fonctionnement familial permettant de mesurer le fonctionnement familial (Epstein, Baldwin, & Bishop, 1983). Des questions supplémentaires au questionnaire portaient sur l’observance au traitement médical et sur les changements observés. Des analyses descriptives et corrélationnelles bivariées ont été réalisées pour analyser les données quantitatives. Par la suite, des entrevues individuelles ont été réalisées auprès de huit personnes atteintes de troubles mentaux dont le membre de famille avait suivi la formation de gestion des comportements agressifs. La méthode d’analyse classique de Miles et Huberman (2003) a été utilisée pour réaliser l’analyse des données. L’analyse des données a permis de dégager les perceptions des personnes atteintes de troubles mentaux au regard de la formation de gestion des comportements agressifs que leur membre de famille avait suivi. Ainsi, le programme de formation OMÉGA adaptée par et pour les familles permettrait d’une part de diminuer l’agressivité et, d’autre part, d’améliorer le climat familial. De plus, selon les personnes atteintes, leur membre de famille était plus à l’écoute et faisait moins preuve d’intrusion, ce qui diminuaient les conflits et favorisaient une meilleure dynamique familiale. Cette étude a mis en évidence qu’il est nécessaire d’impliquer les familles dans les programmes de prévention de la rechute de la maladie mentale dans les soins de première ligne. Cette étude contribue ainsi à l’amélioration des connaissances sur la dynamique famille-patient et sur le rétablissement des personnes atteintes de troubles mentaux. Aussi, cette recherche propose des recommandations pour la recherche, la pratique, la formation et la gestion en sciences infirmières.