Le chunking perceptif de la parole : sur la nature du groupement temporel et son effet sur la mémoire immédiate

Dans de nombreux comportements qui reposent sur le rappel et la production de séquences, des groupements temporels émergent spontanément, créés par des délais ou des allongements. Ce « chunking » a été observé tant chez les humains que chez certains animaux et plusieurs auteurs l’attribuent à un processus général de chunking perceptif qui est conforme à la capacité de la mémoire à court terme. Cependant, aucune étude n’a établi comment ce chunking perceptif s’applique à la parole. Nous présentons une recension de la littérature qui fait ressortir certains problèmes critiques qui ont nui à la recherche sur cette question. C’est en revoyant ces problèmes qu’on propose une démonstration spécifique du chunking perceptif de la parole et de l’effet de ce processus sur la mémoire immédiate (ou mémoire de travail). Ces deux thèmes de notre thèse sont présentés séparément dans deux articles. Article 1 : The perceptual chunking of speech: a demonstration using ERPs Afin d’observer le chunking de la parole en temps réel, nous avons utilisé un paradigme de potentiels évoqués (PÉ) propice à susciter la Closure Positive Shift (CPS), une composante associée, entre autres, au traitement de marques de groupes prosodiques. Nos stimuli consistaient en des énoncés et des séries de syllabes sans sens comprenant des groupes intonatifs et des marques de groupements temporels qui pouvaient concorder, ou non, avec les marques de groupes intonatifs. Les analyses démontrent que la CPS est suscitée spécifiquement par les allongements marquant la fin des groupes temporels, indépendamment des autres variables. Notons que ces marques d’allongement, qui apparaissent universellement dans la langue parlée, créent le même type de chunking que celui qui émerge lors de l’apprentissage de séquences par des humains et des animaux. Nos résultats appuient donc l’idée que l’auditeur chunk la parole en groupes temporels et que ce chunking perceptif opère de façon similaire avec des comportements verbaux et non verbaux. Par ailleurs, les observations de l’Article 1 remettent en question des études où on associe la CPS au traitement de syntagmes intonatifs sans considérer les effets de marques temporels. Article 2 : Perceptual chunking and its effect on memory in speech processing:ERP and behavioral evidence Nous avons aussi observé comment le chunking perceptif d’énoncés en groupes temporels de différentes tailles influence la mémoire immédiate d’éléments entendus. Afin d’observer ces effets, nous avons utilisé des mesures comportementales et des PÉ, dont la composante N400 qui permettait d’évaluer la qualité de la trace mnésique d’éléments cibles étendus dans des groupes temporels. La modulation de l’amplitude relative de la N400 montre que les cibles présentées dans des groupes de 3 syllabes ont bénéficié d’une meilleure mise en mémoire immédiate que celles présentées dans des groupes plus longs. D’autres mesures comportementales et une analyse de la composante P300 ont aussi permis d’isoler l’effet de la position du groupe temporel (dans l’énoncé) sur les processus de mise en mémoire. Les études ci-dessus sont les premières à démontrer le chunking perceptif de la parole en temps réel et ses effets sur la mémoire immédiate d’éléments entendus. Dans l’ensemble, nos résultats suggèrent qu’un processus général de chunking perceptif favorise la mise en mémoire d’information séquentielle et une interprétation de la parole « chunk par chunk ».

Les prostanoïdes contrôlent la circulation placentaire : implication dans la prééclampsie

Au cours de la grossesse, une perfusion placentaire adéquate est indispensable au bon développement du fœtus. Dans certaines maladies comme la prééclampsie, celle-ci est altérée, compromettant ainsi la vie du fœtus, mais aussi celle de sa mère. Le retrait du placenta mène à la disparition des symptômes de la prééclampsie, suggérant un rôle central de ce dernier dans la maladie. Le placenta étant dépourvu d’innervation autonome, le tonus vasculaire placentaire doit être sous le contrôle de facteurs humoraux et tissulaires. Les vaisseaux placentaires sont très réactifs aux prostanoïdes. Le rapport thromboxane A2 (TXA2)/prostacycline (PGI2) est fortement augmenté dans les placentas de grossesses avec prééclampsie. De plus, le taux d’isoprostane, marqueur du stress oxydatif, est accru dans les placentas de femmes avec prééclampsie. Finalement, la prééclampsie s’accompagne d’un stress oxydatif placentaire marqué. Les espèces réactives de l’oxygène sont connues d’une part, pour oxyder l’acide arachidonique (AA), formant ainsi des isoprostanes et d’autre part, pour augmenter la production de TXA2 dans différents tissus, suite à l’activation des cyclooxygénases (COXs). Nous proposons que : 1. les prostanoïdes sont parmi les molécules endogènes qui contrôlent le tonus vasculaire placentaire. 2. la maladie modifie la réponse aux isoprostanes dans les vaisseaux placentaires. 3. l’induction d’un stress oxydatif placentaire entraîne une réponse vasoactive par activation de la voie du métabolisme de l’AA. Nous avons tout d’abord montré, dans des placentas obtenus de grossesses normotensives, que l’U-46619, un mimétique de la TXA2, de même que l’isoprostane, 8-iso-prostaglandine E2 (8-isoPGE2), ont augmenté fortement la pression de perfusion dans les cotylédons perfusés in vitro et la tension dans les anneaux d’artères chorioniques suspendus dans des bains à organe isolé. En revanche, dans les artères chorioniques de placentas obtenus de grossesses avec prééclampsie, ces réponses étaient modifiées puisque la réponse maximale à l’U-46619 était augmentée et celle à la 8-isoPGE2 diminuée. D’autre part, nous avons montré que les réponses maximales aux deux prostanoïdes étaient augmentées dans les vaisseaux placentaires de grossesse normale ou avec prééclampsie issus d’une délivrance prématurée par rapport à ceux d’une délivrance à terme. Ceci suggère une évolution de la réactivité des artères placentaires au cours du 3e trimestre de grossesse. En outre, les vaisseaux placentaires ont répondu aux prostanoïdes de façon semblable qu’ils aient été issus d’un accouchement vaginal ou d’une césarienne élective. Ceci indique que les prostanoïdes placentaires n’interviennent pas dans le processus de délivrance. D’un autre côté, l’utilisation de bloqueurs spécifiques des récepteurs TP à la TXA2, le SQ29,548 et l’ICI192,605, et des récepteurs EP à la prostaglandine E2, l’AH6809, nous ont permis de mettre en évidence le fait que l’U-46619 et la 8-isoPGE2 pouvaient agir de façon non-sélective sur l’un ou l’autre des récepteurs. Ces résultats supportent donc nos 2 premières hypothèses : les prostanoïdes font partie des molécules endogènes qui peuvent contrôler le tonus vasculaire placentaire et la prééclampsie modifie la réponse aux isoprostanes dans les artères chorioniques d’une manière compatible avec l’augmentation de la production de ces substances qui elle, est probablement le résultat du stress oxydatif. En revanche, en ce qui concerne les substances capables de jouer la contrepartie vasodilatatrice, l’utilisation d’un inhibiteur des synthases de monoxyde d’azote, le L-NAME, et celle d’inhibiteurs des COXs, l’ibuprofène, l’indométacine et le N-2PIA, ne nous a pas permis de mettre en évidence un quelconque rôle du monoxyde d’azote ou des prostanoïdes vasodilatatrices à ce niveau. Finalement, nous avons montré que l’induction d’un stress oxydatif dans les cotylédons perfusés in vitro et les artères chorioniques entraînait une vasoconstriction marquée. Celle-ci semble résulter de l’action des prostanoïdes puisqu’un blocage des récepteurs TP ou des COXs diminuait significativement la réponse maximale au peroxyde d’hydrogène. Les prostanoïdes impliquées dans la réponse au stress oxydatif proviendraient essentiellement d’une activation des COXs puisque l’étude ne nous permet pas de conclure à une quelconque implication des isoprostanes dans cette réponse. Ces observations confirment donc notre hypothèse que, dans le placenta, le stress oxydatif possède des propriétés vasoactives par activation du métabolisme de l’AA. En résumé, les résultats obtenus dans les placentas de grossesses normotensives et avec prééclampsie suggèrent que les prostanoïdes sont des molécules d’importance dans la régulation du tonus vasculaire placentaire. Le fait que la prééclampsie modifie la réponse aux prostanoïdes pourrait expliquer pourquoi la perfusion placentaire est altérée chez ces patientes. En outre, il apparaît évident qu’il existe un lien étroit entre le stress oxydatif et la voie de synthèse des prostanoïdes placentaires. Cependant d’autres études sont nécessaires pour mieux comprendre la nature de ce lien, qui pourrait, d’une certaine façon, jouer un rôle important dans le développement de la prééclampsie.

Découverte d'inhibiteurs de la dihydrofolate réductase R67 impliquée dans la résistance au triméthoprime.

Le triméthoprime (TMP) est un antibiotique communément utilisé depuis les années 60. Le TMP est un inhibiteur de la dihydrofolate réductase (DHFR) bactérienne chromosomale. Cette enzyme est responsable de la réduction du dihydrofolate (DHF) en tétrahydrofolate (THF) chez les bactéries, qui lui, est essentiel à la synthèse des purines et ainsi, à la prolifération cellulaire. La résistance bactérienne au TMP est documentée depuis plus de 30 ans. Une des causes de cette résistance provient du fait que certaines souches bactériennes expriment une DHFR plasmidique, la DHFR R67. La DHFR R67 n'est pas affectée par le TMP, et peut ainsi remplacer la DHFR chromosomale lorsque celle-ci est inhibée par le TMP. À ce jour, aucun inhibiteur spécifique de la DHFR R67 est connu. En découvrant des inhibiteurs contre la DHFR R67, il serait possible de lever la résistance au TMP que la DHFR R67 confère aux bactéries. Afin de découvrir des inhibiteurs de DHFR R67, les approches de design à base de fragments et de criblage virtuel ont été choisies. L'approche de design à base de fragments a permis d'identifier sept composés simples et de faible poids moléculaire (fragments) inhibant faiblement la DHFR R67. À partir de ces fragments, des composés plus complexes et symétriques, inhibant la DHFR R67 dans l'ordre du micromolaire, ont été élaborés. Des études cinétiques ont montré que ces inhibiteurs sont compétitifs et qu'au moins deux molécules se lient simultanément dans le site actif de la DHFR R67. L'étude d'analogues des inhibiteurs micromolaires de la DHFR R67 a permis de déterminer que la présence de groupements carboxylate, benzimidazole et que la longueur des molécules influencent la puissance des inhibiteurs. Une étude par arrimage moléculaire, appuyée par les résultats in vitro, a permis d'élaborer un modèle qui suggère que les résidus Lys32, Gln67 et Ile68 seraient impliqués dans la liaison avec les inhibiteurs. Le criblage virtuel de la librairie de 80 000 composés de Maybridge avec le logiciel Moldock, et les essais d'inhibition in vitro des meilleurs candidats, a permis d'identifier quatre inhibiteurs micromolaires appartenant à des familles distinctes des composés précédemment identifiés. Un second criblage virtuel, d'une banque de 6 millions de composés, a permis d'identifier trois inhibiteurs micromolaires toujours distincts. Ces résultats offrent la base à partir de laquelle il sera possible de développer iv des composés plus efficaces et possédant des propriétés phamacologiquement acceptables dans le but de développer un antibiotique pouvant lever la résistance au TMP conféré par la DHFR R67.

Analyse comparative de l'équivalence terminologique en corpus parallèle et en corpus comparable : application au domaine du changement climatique

Les travaux entrepris dans le cadre de la présente thèse portent sur l’analyse de l’équivalence terminologique en corpus parallèle et en corpus comparable. Plus spécifiquement, nous nous intéressons aux corpus de textes spécialisés appartenant au domaine du changement climatique. Une des originalités de cette étude réside dans l’analyse des équivalents de termes simples. Les bases théoriques sur lesquelles nous nous appuyons sont la terminologie textuelle (Bourigault et Slodzian 1999) et l’approche lexico-sémantique (L’Homme 2005). Cette étude poursuit deux objectifs. Le premier est d’effectuer une analyse comparative de l’équivalence dans les deux types de corpus afin de vérifier si l’équivalence terminologique observable dans les corpus parallèles se distingue de celle que l’on trouve dans les corpus comparables. Le deuxième consiste à comparer dans le détail les équivalents associés à un même terme anglais, afin de les décrire et de les répertorier pour en dégager une typologie. L’analyse détaillée des équivalents français de 343 termes anglais est menée à bien grâce à l’exploitation d’outils informatiques (extracteur de termes, aligneur de textes, etc.) et à la mise en place d’une méthodologie rigoureuse divisée en trois parties. La première partie qui est commune aux deux objectifs de la recherche concerne l’élaboration des corpus, la validation des termes anglais et le repérage des équivalents français dans les deux corpus. La deuxième partie décrit les critères sur lesquels nous nous appuyons pour comparer les équivalents des deux types de corpus. La troisième partie met en place la typologie des équivalents associés à un même terme anglais. Les résultats pour le premier objectif montrent que sur les 343 termes anglais analysés, les termes présentant des équivalents critiquables dans les deux corpus sont relativement peu élevés (12), tandis que le nombre de termes présentant des similitudes d’équivalence entre les corpus est très élevé (272 équivalents identiques et 55 équivalents non critiquables). L’analyse comparative décrite dans ce chapitre confirme notre hypothèse selon laquelle la terminologie employée dans les corpus parallèles ne se démarque pas de celle des corpus comparables. Les résultats pour le deuxième objectif montrent que de nombreux termes anglais sont rendus par plusieurs équivalents (70 % des termes analysés). Il est aussi constaté que ce ne sont pas les synonymes qui forment le groupe le plus important des équivalents, mais les quasi-synonymes. En outre, les équivalents appartenant à une autre partie du discours constituent une part importante des équivalents. Ainsi, la typologie élaborée dans cette thèse présente des mécanismes de l’équivalence terminologique peu décrits aussi systématiquement dans les travaux antérieurs.

Des relations entre les structures musicales et les contextes sociaux dans un répertoire de "sessions" instrumentales irlandaises

La version intégrale de ce mémoire [ou de cette thèse] est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU)

Nature et origine évolutive de la religion : conciliation des perspectives anthropologique et psychobiologique

La religion est un phénomène culturel universel et un sujet d'étude central en anthropologie. Pourtant, on constate un manque flagrant de consensus sur sa définition et son origine dans les manuels d'introduction et les dictionnaires d'anthropologie. Des hypothèses et des modèles explorant cette question sont toutefois disponibles depuis une vingtaine d'années du côté de la psychobiologie. Le présent projet cherche à déterminer si la définition et les explications de la religion que propose l'anthropologie sont compatibles, en tout ou en partie, avec les données et modèles de la psychobiologie. Une synthèse des hypothèses psychobiologiques est d'abord présentée; elle sert de point de comparaison analytique avec les théories anthropologiques de la religion. Deux de ces théories, celles de Edward Burnett Tylor ([1874] 1889) et Clifford Geertz ([1966] 2010), sont résumées et ensuite analysées en rapport avec leur définition de la religion, leurs éléments universels (explicites et implicites) et leurs principes théoriques. Ces deux auteurs sont reconnus pour leur influence majeure dans ce domaine et ils s'appuient sur des fondements théoriques opposés. L'analyse démontre que seule la théorie de Tylor confirme l'hypothèse de ce mémoire, à l'effet que certaines conceptions et explications anthropologiques de la religion sont compatibles avec les explications psychobiologiques. Malgré tout, une conciliation de l'ensemble des sources analysées et l'esquisse d'un modèle sur la nature et l'origine évolutive de la religion semblent se dessiner.

Défense et illustration de l'infinitisme épistémique

Ce mémoire se concentre sur le problème de la régression épistémique. Il s’agit d’un problème très important puisqu’il remet en question la possibilité de la justification. Nous nous intéresserons aux détails de ce problème, ainsi qu’aux réponses qui lui sont offertes. Traditionnellement, deux réponses sont concurrentes : le fondationnalisme et le cohérentisme. La première propose d’arrêter la régression à un fondement, alors que la seconde propose de s’intéresser à la cohérence partagée par les croyances. Toutefois, le but de notre mémoire est de présenter et de défendre une troisième solution : l’infinitisme. Introduite dans les années 1990 par Peter Klein, l’infinitisme est une des plus récentes théories de la justification et, malgré son intérêt, elle est encore très peu défendue. Cette théorie propose de résoudre le problème de la régression en basant la justification des croyances sur des séries infinies et non répétitives de raisons. Cette idée est intéressante, car l’infinitisme renverse le problème d’origine, puisque les régressions infinies sont généralement perçues comme étant un problème pour la connaissance et la source du scepticisme. Notre objectif est de montrer que l’infinitisme est la meilleure solution possible au problème de la régression. Pour ce faire, nous faisons la synthèse des principaux arguments pour l’infinitisme. Cela nous permettra de distinguer trois types d’infinitisme pour ensuite retenir un de ces types, une forme impure d’infinitisme, comme étant le meilleur. Finalement, nous confronterons l’infinitisme à ces critiques pour montrer qu’il s’agit d’une théorie de la justification qui est réellement viable.

Les traductions du Daode jing (道德經) de Julien (1842), Duyvendak (1953) et Mathieu (2008) : intentions, interventions, fonctionnalité

Étude de maîtrise sponsorisée par le Fonds québécois de recherche Société et Culture (gouvernement du Québec), le programme Renforcement du secteur langagier au Canada (gouvernement du Canada), ainsi que par diverses bourses octroyées par l'Université de Montréal.

Loquit, ridet, et vincit : l’intégration du toscan dans la commedeja pe ‘mmuseca et sa mise en musique : une forme de résistance contre la domination étrangère

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

Harmonisation des langues africaines transfrontalières par les TIC pour un enseignement-apprentissage plus efficient : le cas du Peul

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de l'harmonisation des langues africaines transfrontalières à tradition écrite émergente au moyen des Technologies de l’information et de la communication.

El enfoque intercultural e interdisciplinar en la enseñanza de ELE : "La Ciudad de las Bestias" (2002) de Isabel Allende.

Ce travail se propose de démontrer la pertinence de l’utilisation du roman La Cité des Bêtes (Isabel Allende, 2002) comme recours pédagogique dans l’enseignement de l’espagnol langue étrangère (ELE) au niveau intermédiaire (B2) et dans un contexte scolaire multiculturel. Dans ce cadre, l’enseignement d’une langue étrangère vise à l’acquisition linguistique et à l’exploration d’une culture différente afin de favoriser la découverte des valeurs de l’autre et son intégration critique, attitude indispensable en vue du développement identitaire de l’individu au sein de sociétés exposées de l’intérieur et de l’extérieur au contact entre cultures. Le roman sélectionné facilite l’accès à des thématiques interdisciplinaires au sein des programmes collégiaux du Québec et encourage une attitude d’ouverture par rapport à la découverte d’autres cultures et valeurs, dans une perspective de disponibilité au questionnement des certitudes culturelles de l’étudiant, conformément aux positions des études interculturelles contemporaines. L’appartenance de l’œuvre au courant littéraire du Réalisme magique permet aussi d’introduire l’exploration de thématiques culturelles spécifiques au monde hispanique. Après un survol de la place de l’interculturalité et de l’interdisciplinarité dans l’enseignement d’ELE, le mémoire analyse la contribution spécifique du roman sélectionné à ces dimensions, pour ensuite procéder à la présentation d’exercices orientés à la pratique et la consolidation de la connaissance grammaticale et du vocabulaire, et au développement d’une sensibilité interculturelle dans les étudiants, à travers des activités individuelles et de groupe élaborées à partir des perspectives du texte.

Etude des déterminants génétiques des psychoses à début précoce. Génétique de la schizophrénie et hypothèse glutamatergique

Les troubles schizophréniques (SCZ) ont une forte héritabilité, de l’ordre de 80%, mais, une très faible part du risque génétique a été identifiée. La plupart des études ont considéré l’implication de polymorphismes fréquents, chacun ayant un effet relativement faible individuellement, alors que les études de variants du nombre de copies (CNVs) ainsi que les études d’anomalies chromosomiques ont pointé l’implication possible de variants rares et de novo à une forte pénétrance. Dans une première partie, nous présentons une synthèse sur les facteurs génétiques dans la SCZ, puis une revue des arguments en faveur de l’implication d’anomalies du système glutamatergique dans la SCZ, domaine sur lequel s’est centré notre travail. Notre travail s’inscrit dans un projet plus vaste, Synapse to Disease (S2D) ayant pour objectif de séquencer 1000 gènes synaptiques dans des cohortes de patients atteints de schizophrénie ou de troubles du spectre autistique. Nous avons exploré en particulier le système glutamatergique et les récepteurs NMDA. Dans un premier article, nous montrons une association d’une mutation troncante de novo de la kinésine 17, impliquée dans le transport de la sous-unité GRIN2B des récepteurs NMDA. Dans un second article, nous explorons les mutations rares et de novo dans les sous-unités des récepteurs NMDA et montrons l’association de mutation de novo dans GRIN2A et GRIN2B avec des cas de SCZ et d’autisme. Nos résultats renforcent l’idée qu’une part des cas de schizophrénie pourrait être due à l’implication de mutations rare à effet majeur, hypothèse alternative mais non exclusive à l’hypothèse d’interactions entre variants génétiques fréquents à effet mineur.

Une littérature sous tension : poétique du fragmentaire dans l'oeuvre de Pierre Michon

Ce mémoire porte sur la poétique du fragmentaire dans trois ouvrages de Pierre Michon, soit "Trois auteurs", "Maîtres et serviteurs" et "Corps du roi". Plus qu’une préoccupation d’ordre formel, le fragmentaire y apparaît avant tout comme un champ de tensions, qui se manifeste à la fois sur le plan narratif, discursif et énonciatif. Une approche essentiellement poétique, à la jonction de la linguistique, de la rhétorique et de la narratologie, permet de réfléchir au fragmentaire dans ses effets, mais aussi dans ses affects. La recherche s’articule autour de trois grands axes : la généricité, la discontinuité et la représentation. Dans un premier temps, le fragmentaire est abordé par le prisme de la généricité, qui se traduit, dans l’œuvre de Michon, par une oscillation constante entre le biographique et le romanesque. La tension entre continuité et discontinuité est ensuite étudiée : marquée par les répétitions et variations, elle se manifeste à la fois sur le plan formel (le recueil) et stylistique (la syntaxe, les figures de style). Cette tension est également à comprendre sur le plan temporel, par une prédilection pour l’instant plutôt que pour la durée. Finalement, ce mémoire interroge la répercussion du fragmentaire sur la notion de représentation, qui subit alors un infléchissement : le récit n’est plus envisagé comme représentation, mais comme figuration, cette notion étant à comprendre à la fois comme posture énonciative et dans son rapport à l’image. La figuration est étudiée à partir des scènes romanesques essaimées dans les récits du corpus.

Carbon metabolism in transgenic roots with altered levels of hexokinase and triosephosphate isomerase and growing under different nitrogen status

Ce projet a pour but d’évaluer la capacité de la voie des pentoses phosphates (VPP) dans les racines transgéniques de pomme de terre (Solanum tuberosum) modifiées pour exprimer différents niveaux de l'hexokinase (HK) et de la triosephosphate isomérase cytosolique (cTPI). Dans les racines, la VPP alimente la voie de l’assimilation de l’azote en equivalents réducteurs et permet donc la biosynthèse des acides aminés. Le glucose-6-phosphate produit par l’HK est consommé par la partie oxydative de la VPP catalysée par la glucose-6-phosphate déshydrogénase (G6PDH) et la 6-phosphogluconate déshydrogénase (6PGDH). Les changements dans l'expression de HK et cTPI peuvent affecter le fonctionnement de la VPP et les mécanismes qui sont liés à l’utilisation des équivalents réducteurs produits par la VPP, comme l'assimilation de l’azote et la synthèse des acides aminés. Afin d’évaluer l’effet des manipulations génétiques de l’HK et de la cTPI sur l’assimilation de l’azote, nous avons cultivé les racines transgéniques sur des milieux contenant des concentrations élevées (7 mM) ou basses (0,7 mM) de nitrate d’ammonium comme source d’azote. Les résultats montrent que la culture sur un milieu riche en azote induit les activités G6PDH et 6PGDH. Les données montrent que la capacité de la VPP est plus grande avec des niveaux élevés en HK ou en cTPI. Nous avons aussi pu démontrer une plus grande activité spécifique de l’HK dans les conditions pauvres en azote. Ces données ont été complémentées par des mesures des pools d’acides aminés dans les racines transgéniques cultivées sur différents niveaux d’azote. Aucune tendance notable des pools d’acides aminés n’a été remarquée dans les racines modifiées pour leur contenu en HK suggèrant que la manipulation de HK n’affecte pas l'assimilation de l’azote. Dans les racines transgéniques modifiées pour la cTPI, les ratios Gln/Glu et Asn/Asp sont plus élevés chez les clones antisens, indiquant une assimilation de l’azote plus élevée. Ces résultats ont démontré l'activation de l'assimilation de l’azote chez les clones antisens cTPI dans les conditions élevées et basses d’azote alors que la manipulation de l’HK n’affecte pas l’assimilation de l’azote.

A proteome-wide strategy reveals a novel mechanism of control of cell cycle progression through modulation of cyclin mRNA stability

La quantité de données générée dans le cadre d'étude à grande échelle du réseau d'interaction protéine-protéine dépasse notre capacité à les analyser et à comprendre leur sens; d'une part, par leur complexité et leur volume, et d'un autre part, par la qualité du jeu de donnée produit qui semble bondé de faux positifs et de faux négatifs. Cette dissertation décrit une nouvelle méthode de criblage des interactions physique entre protéines à haut débit chez Saccharomyces cerevisiae, la complémentation de fragments protéiques (PCA). Cette approche est accomplie dans des cellules intactes dans les conditions natives des protéines; sous leur promoteur endogène et dans le respect des contextes de modifications post-traductionnelles et de localisations subcellulaires. Une application biologique de cette méthode a permis de démontrer la capacité de ce système rapporteur à répondre aux questions d'adaptation cellulaire à des stress, comme la famine en nutriments et un traitement à une drogue. Dans le premier chapitre de cette dissertation, nous avons présenté un criblage des paires d'interactions entre les protéines résultant des quelques 6000 cadres de lecture de Saccharomyces cerevisiae. Nous avons identifié 2770 interactions entre 1124 protéines. Nous avons estimé la qualité de notre criblage en le comparant à d'autres banques d'interaction. Nous avons réalisé que la majorité de nos interactions sont nouvelles, alors que le chevauchement avec les données des autres méthodes est large. Nous avons pris cette opportunité pour caractériser les facteurs déterminants dans la détection d'une interaction par PCA. Nous avons remarqué que notre approche est sous une contrainte stérique provenant de la nécessité des fragments rapporteurs à pouvoir se rejoindre dans l'espace cellulaire afin de récupérer l'activité observable de la sonde d'interaction. L'intégration de nos résultats aux connaissances des dynamiques de régulations génétiques et des modifications protéiques nous dirigera vers une meilleure compréhension des processus cellulaires complexes orchestrés aux niveaux moléculaires et structuraux dans les cellules vivantes. Nous avons appliqué notre méthode aux réarrangements dynamiques opérant durant l'adaptation de la cellule à des stress, comme la famine en nutriments et le traitement à une drogue. Cette investigation fait le détail de notre second chapitre. Nous avons déterminé de cette manière que l'équilibre entre les formes phosphorylées et déphosphorylées de l'arginine méthyltransférase de Saccharomyces cerevisiae, Hmt1, régulait du même coup sont assemblage en hexamère et son activité enzymatique. L'activité d'Hmt1 a directement un impact dans la progression du cycle cellulaire durant un stress, stabilisant les transcrits de CLB2 et permettant la synthèse de Cln3p. Nous avons utilisé notre criblage afin de déterminer les régulateurs de la phosphorylation d'Hmt1 dans un contexte de traitement à la rapamycin, un inhibiteur de la kinase cible de la rapamycin (TOR). Nous avons identifié la sous-unité catalytique de la phosphatase PP2a, Pph22, activé par l'inhibition de la kinase TOR et la kinase Dbf2, activé durant l'entrée en mitose de la cellule, comme la phosphatase et la kinase responsable de la modification d'Hmt1 et de ses fonctions de régulations dans le cycle cellulaire. Cette approche peut être généralisée afin d'identifier et de lier mécanistiquement les gènes, incluant ceux n'ayant aucune fonction connue, à tout processus cellulaire, comme les mécanismes régulant l'ARNm.