Approches bio-informatiques appliquées aux technologies émergentes en génomique

Les études génétiques, telles que les études de liaison ou d’association, ont permis d’acquérir une plus grande connaissance sur l’étiologie de plusieurs maladies affectant les populations humaines. Même si une dizaine de milliers d’études génétiques ont été réalisées sur des centaines de maladies ou autres traits, une grande partie de leur héritabilité reste inexpliquée. Depuis une dizaine d’années, plusieurs percées dans le domaine de la génomique ont été réalisées. Par exemple, l’utilisation des micropuces d’hybridation génomique comparative à haute densité a permis de démontrer l’existence à grande échelle des variations et des polymorphismes en nombre de copies. Ces derniers sont maintenant détectables à l’aide de micropuce d’ADN ou du séquençage à haut débit. De plus, des études récentes utilisant le séquençage à haut débit ont permis de démontrer que la majorité des variations présentes dans l’exome d’un individu étaient rares ou même propres à cet individu. Ceci a permis la conception d’une nouvelle micropuce d’ADN permettant de déterminer rapidement et à faible coût le génotype de plusieurs milliers de variations rares pour un grand ensemble d’individus à la fois. Dans ce contexte, l’objectif général de cette thèse vise le développement de nouvelles méthodologies et de nouveaux outils bio-informatiques de haute performance permettant la détection, à de hauts critères de qualité, des variations en nombre de copies et des variations nucléotidiques rares dans le cadre d’études génétiques. Ces avancées permettront, à long terme, d’expliquer une plus grande partie de l’héritabilité manquante des traits complexes, poussant ainsi l’avancement des connaissances sur l’étiologie de ces derniers. Un algorithme permettant le partitionnement des polymorphismes en nombre de copies a donc été conçu, rendant possible l’utilisation de ces variations structurales dans le cadre d’étude de liaison génétique sur données familiales. Ensuite, une étude exploratoire a permis de caractériser les différents problèmes associés aux études génétiques utilisant des variations en nombre de copies rares sur des individus non reliés. Cette étude a été réalisée avec la collaboration du Wellcome Trust Centre for Human Genetics de l’University of Oxford. Par la suite, une comparaison de la performance des algorithmes de génotypage lors de leur utilisation avec une nouvelle micropuce d’ADN contenant une majorité de marqueurs rares a été réalisée. Finalement, un outil bio-informatique permettant de filtrer de façon efficace et rapide des données génétiques a été implémenté. Cet outil permet de générer des données de meilleure qualité, avec une meilleure reproductibilité des résultats, tout en diminuant les chances d’obtenir une fausse association.

Visions de libération du ‘dogmatisme’ musulman pour une meilleure gestion de la pluralité morale et religieuse en Occident : analyse comparative de la pensée de Muhammad Arkoun et de Tariq Ramadan sur les rapports entre tradition et modernité

Suite aux grands changements politiques, économiques et sociaux que l’Occident a connus depuis plus d’un siècle, de nombreux problèmes ont émergé, de nouveaux défis ont été lancés et plusieurs approches et solutions ont été avancées. L’avènement de la démocratie, un exploit humain inestimable, a plus ou moins règlementé la pluralité idéologique, pour permettre un exercice politique organisé. Aujourd’hui, dans le nouvel ordre mondial, c’est la pluralité morale et religieuse qui a besoin d’être gérée; un défi pour les institutions démocratiques et pour la société civile, afin de réaliser un mieux vivre-ensemble dans le dialogue, la compréhension et le compromis. Or, beaucoup de travail est encore à faire : dans un premier temps, à l’intérieur de chaque tradition religieuse; dans un deuxième temps, entre les différentes traditions; et dans un troisième temps, entre ces traditions et la modernité. Le ‘dogmatisme’ est au cœur de ces débats, qu’il soit d’ordre traditionnel ou moderne, il entrave la raison dans son processus de libération et d’émancipation. La problématique de ce mémoire concerne la gestion de la pluralité morale et religieuse en Occident. Dans ce travail, nous allons essayer de démontrer comment la libération du dogmatisme en général et la libération du ‘dogmatisme’ musulman, en particulier, peuvent contribuer à la réalisation d’un mieux vivre-ensemble en Occident. Pour ce faire, nous analyserons les projets de deux penseurs musulmans contemporains : Muhammad Arkoun et Tariq Ramadan. Notre recherche va essentiellement se pencher sur leurs attitudes vis-à-vis de la tradition et de la modernité, car, nous pensons que l’enjeu du ‘dogmatisme’ est lié aux rapports des musulmans à leur tradition et à la modernité. Selon nos deux penseurs, la libération du ‘dogmatisme’ musulman n’est possible qu’à condition de pouvoir changer à la fois notre rapport à la tradition et à la modernité. Arkoun pense que ce changement doit suivre le modèle de la libération occidentale, au moyen d’une critique subversive de la tradition islamique. Cependant, Ramadan opte pour une réforme radicale de la pensée islamique qui vise une critique globale de la tradition, mais, qui épargne les fondements de la foi : le ‘sacré’.

Fonctionnement émotionnel et social des adolescents dépressifs, de leur fratrie et d’un groupe témoin : étude transversale

Réalisé sous la co-direction de Linda Booij, Catherine Herba et Patricia Garel

Influence de la variété de laitue (Lactuca sativa) sur le puceron (Nasonovia ribisnigri) et le parasitoïde (Aphidius ervi) dans le contexte d’une relation tritrophique

Plusieurs recherches sont effectuées sur la laitue commercialisée (Lactuca sativa L.), afin d’améliorer sa résistance aux ravageurs. L’objectif de cette étude est d’examiner les impacts de la résistance de la laitue sur le puceron de la laitue, Nasonovia ribisnigri (Mosley) (Hemiptera : Aphididae) et son parasitoïde, Aphidius ervi Haliday (Hymenoptera: Braconidae). La résistance de la laitue affecte négativement la valeur adaptative du puceron en augmentant sa mortalité et son temps de développement et en diminuant sa fécondité, sa taille et son poids. Cet impact sur la valeur adaptative du puceron affecte aussi négativement le parasitoïde qui s'y développe en diminuant le pourcentage d’émergence, la taille et le poids des adultes, et en diminuant la fécondité des femelles. La femelle parasitoïde estime de manière absolue la qualité de ses hôtes puisqu’elle peut discriminer entre des hôtes de bonne et de faible qualité, sans expérience préalable. L’acceptation des hôtes de bonne qualité est similaire lorsqu’ils sont présentés successivement à la femelle; l’estimation de la valeur des hôtes est donc adéquate dès la première rencontre. Cependant, cet estimé absolu est modifié par l'expérience, puisque la femelle peut changer son exploitation selon la qualité des agrégats rencontrés. Lorsque des hôtes de basse qualité sont présentés successivement, l’acceptation de la femelle augmente. Accepter des hôtes de mauvaise qualité pour l’oviposition peut être préférable que de risquer de ne pas pondre tous ses œufs. L’utilisation d’une estimation absolue et relative par A. ervi peut mener à une exploitation optimale des agrégats.

Et si on normalisait la folie?: Démarche de conscientisation face à la stigmatisation par le biais d'une intervention de groupe avec des individus vivant avec le trouble de personnalité limite.

Essai critique présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l’obtention du grade de M.Sc. en service social

Vers un marché du carbone au Québec : éléments de réflexion à la lumière de l'analyse économique du droit

Dans le cadre de la Western Climate Iniative, le Québec a déployé en 2012, un système de plafonnement et d’échange de droits d’émission de gaz à effet de serre (SPEDE). Il s’agit de l’un des premiers régimes de ce type en Amérique du Nord et celui-ci pourrait à terme, constituer l'un des maillons d’un marché commun du carbone à l’échelle du continent. Toutefois, le SPEDE appartient à une catégorie d’instruments économiques de protection de l’environnement encore peu connue des juristes. Il s’inscrit en effet dans la régulation économique de l’environnement et repose sur des notions tirées de la théorie économique, dont la rareté, la propriété et le marché. La thèse s’insère donc dans le dialogue entre juristes et économistes autour de la conception et de la mise en œuvre de ce type d’instrument. Afin d’explorer son architecture et de révéler les enjeux juridiques qui le traversent, nous avons eu recours à la méthode de l’analyse économique du droit. Celle-ci permet notamment de montrer les dynamiques d'incitation et d’efficacité qui sont à l'œuvre dans les règles qui encadrent le SPEDE. Elle permet également à donner un aperçu du rôle décisif joué par la formulation des règles de droit dans l’opérationnalisation des hypothèses économiques sous-jacentes à cette catégorie d’instrument. L’exploration est menée par l’entremise d’une modélisation progressive de l’échange de droits d’émission qui prend en compte les coûts de transaction. Le modèle proposé dans la thèse met ainsi en lumière, de manière générale, les points de friction qui sont susceptibles de survenir aux différentes étapes de l'échange de droits d'émission et qui peuvent faire obstacle à son efficacité économique. L’application du modèle aux règles du SPEDE a permis de contribuer à l’avancement des connaissances en donnant aux juristes un outil permettant de donner une cohérence et une intelligibilité à l’analyse des règles de l’échange. Elle a ainsi fourni une nomenclature des règles encadrant l’échange de droits d’émission. Cette nomenclature fait ressortir les stratégies de diversification de l’échange, d’institutionnalisation de ses modalités ainsi que les enjeux de la surveillance des marchés, dont celui des instruments dérivés adossés aux droits d’émission, dans un contexte de fragmentation des autorités de tutelle.

SCHIZOPHRÉNIE : Accompagner un itinérant dans son traitement

Pour information, contactez Mark Bédard au mark.bedard@umontréal.ca

Guide de transition vers l'âge adulte

Marie-Josée Lemieux Chef du service de santé, responsable des soins infirmiers Direction des services de réadaptation aux adolescents, Centre jeunesse de Montréal - Institut universitaire courriel: marie-josee.lemieux@cjm-iu.qc.ca téléphone: 514-356-4457 site web de l’organisme: http://www.cjm-iu.qc.ca/

L’exclusion sociale des personnes ayant une trisomie 21

Personne contact: Karina McEwen (karina.mcewen@umontreal.ca); Partenaire ayant participé: Regroupement pour la trisomie 21 (RT21)

Adaptation transculturelle et validation du questionnaire Upper Limb Functional Index (ULFI) pour la population canadienne française

Les troubles musculo-squelettiques du membre supérieur (TMS-MS) peuvent avoir un impact négatif sur l'autonomie d’une personne. À ce jour, il n’existe pas d’outils en français évaluant les limitations d'activités et les restrictions de participation, disposant de bonnes propriétés métrologiques et d'applicabilité dans un contexte clinique marqué par des contraintes de temps. L’Upper Limb Functional Index (ULFI), qui présente de bonnes qualités métrologiques et applicabilité clinique adéquate, s'avère un outil intéressant pour les ergothérapeutes de par son approche centrée sur la personne. Toutefois, il n'était disponible qu'en anglais et en espagnol. La présente recherche, constituée de deux études, visait à adapter l’ULFI à la population canadienne française et à évaluer ses propriétés métrologiques et son applicabilité clinique. La première étude a examiné sa cohérence interne, sa validité convergente et son applicabilité clinique auprès de 50 patients bilingues atteints de TMS-MS. La seconde étude visait à analyser sa fidélité test-retest et sa sensibilité au changement auprès de 60 patients francophones. Les résultats ont révélé que l'ULFI-CF possède des propriétés métrologiques solides : une cohérence interne élevée (α de Cronbach = 0,93), une excellente fidélité test-retest (CCI = 0,87-0,95), une excellente validité convergente (r = 0,70-0,85) et une sensibilité au changement de bonne à excellente (tailles d'effet = 0,49-0,88 et r = 0,64 pour la section 1). L'ULFI-CF démontre également une bonne applicabilité clinique. En conclusion, l’ULFI-CF s’avère un outil pertinent pour les cliniciens œuvrant auprès d’une clientèle canadienne française souffrant d'un TMS-MS dans un contexte clinique marqué par des contraintes de temps.

Le développement positif des jeunes en contexte sportif parascolaire : évaluation du programme d’intervention psychosociale Bien dans mes Baskets

L’objectif général de cette thèse était d’explorer le développement personnel de jeunes à risque de délinquance et de décrochage scolaire à travers leur participation à un programme d’intervention psychosociale nommé « Bien dans mes Baskets » (BdmB). Ce programme utilise le basketball parascolaire comme outil d’intervention et il a comme particularité qu’une bonne partie de ses entraineurs-intervenants détiennent une formation professionnelle en travail social ou domaines connexes. Cette thèse présente les résultats de trois études faisant partie d’un projet de recherche plus vaste portant sur l’évaluation du programme BdmB. Une première étude a exploré le processus de transfert, à d’autres domaines d’activités, des habiletés de vie ciblées par le programme BdmB. Des entretiens semi-directifs ont été réalisés auprès de 14 anciens participants et sept anciennes participantes du programme. Nos résultats suggèrent que trois principaux facteurs semblent avoir joué un rôle dans le processus de transfert des habiletés de vie développées au sein de BdmB, soit la présence de contextes favorisant l’apprentissage expérientiel, la valeur relative accordée aux différents domaines d’activités et la trajectoire de vie. Il ressort également de nos données qu’au-delà du processus de transfert sur une base individuelle, il est possible qu’un transfert puisse s’opérer dans la communauté. L’objectif de la deuxième étude était d’explorer comment et dans quelle mesure les expériences au sein de BdmB ont pu servir de levier au processus d’empowerment. Des entretiens semi-directifs ont été réalisés auprès de sept anciennes participantes de BdmB. Nos résultats suggèrent que la pratique sportive, combinée à une intervention psychosociale, peut contribuer au développement d’un plus grand contrôle sur sa vie. Cette amélioration serait la résultante cumulative de divers apprentissages, dont le développement et le transfert d’habiletés de vie et la capacité à résister aux influences externes négatives présentes dans leurs milieux de vie respectifs, ainsi que l’impact positif des expériences vécues au sein de BdmB sur la persévérance scolaire et les aspirations professionnelles. Une troisième étude avait pour objectif d’évaluer l’impact du programme BdmB sur le sentiment d’appartenance à l’école et la perception de soutien social. Un devis quasi expérimental a été utilisé pour évaluer l’impact du programme auprès des athlètes-étudiants(es) actuels. Le groupe d’intervention était composé des athlètes-étudiants de BdmB et les groupes de comparaison étaient constitués des étudiants de la même école ne participant pas au programme et pratiquant ou non un autre sport. Les individus ont été sondés à deux reprises à l’aide d’un questionnaire auto administré sur une période de deux années scolaires. Les résultats de l’étude indiquent que le groupe BdmB a développé un meilleur sentiment d’appartenance et a perçu un meilleur soutien social par rapport aux groupes de comparaison.

Empéripolèse des cellules de lymphomes humains Ramos par les fibroblastes.

Le fichier vidéo en format .avi accompagne mon document et correspond à l'annexe II. C'est une vidéomicroscopie dont la légende est mise en annexe II.

Évaluation objective de la douleur chronique secondaire à l’arthrose chez le chat

La prévalence de l’arthrose féline augmente fortement avec l’âge atteignant plus de 80% des chats de plus de 11 ans. L'arthrose induit une douleur chronique s’exprimant par des changements de comportements et une diminution de la mobilité. Il n'existe aucun outil validé pour évaluer la douleur chronique associée à l’arthrose chez le chat. Conséquemment, aucun traitement ciblant cette douleur n’a pu être validé. Notre hypothèse de recherche est que la douleur arthrosique chez le chat induit des handicaps fonctionnels, des changements neurophysiologiques et un état d'hypersensibilité qu'il faut évaluer pour quantifier de manière fiable cette douleur et ses répercussions sur la qualité de vie de l'animal. Nos objectifs étaient 1) de développer des outils adaptés aux chats mesurant les handicaps fonctionnels grâce à des outils cinématiques, cinétiques et de suivi de l'activité motrice ; 2) de caractériser les changements fonctionnels et neurophysiologiques secondaires à la douleur arthrosique et de tester avec ces outils un traitement analgésique à base d'anti-inflammatoire non stéroïdien ; 3) de développer une technique adaptée aux chats pouvant caractériser la présence du phénomène de sensibilisation centrale à l'aide d'une évaluation de la sommation temporelle mécanique ; 4) de tester la possibilité de mesurer le métabolisme glucidique cérébral par tomographie d’émission par positrons comme marqueur des changements supraspinaux secondaires à la chronicisation de la douleur. Grâce au développement d’outils de mesure de douleur chronique objectifs, sensibles et répétables nous avons caractérisé la douleur chez les chats arthrosiques. Ils présentent des signes de boiterie quantifiée par une diminution de l’amplitude de l’articulation ou par une diminution de la force verticale d’appui au sol et une diminution de l’activité motrice quotidienne. Ces deux derniers outils ont permis de démontrer qu’un anti-inflammatoire non stéroïdien (le méloxicam) administré pendant quatre semaines réduit la douleur arthrosique. De plus, grâce au développement de tests sensoriels quantitatifs et à l'utilisation d'imagerie cérébrale fonctionnelle, nous avons démontré pour la première fois que la douleur arthrosique conduisait à des modifications du système nerveux central chez le chat. Particulièrement, les chats arthrosiques développent le phénomène de sensibilisation centrale mis en évidence par un seuil de retrait aux filament de von Frey diminué (mesure réflexe) mais aussi par une facilitation de la sommation temporelle mécanique (mesure tenant compte de la composante cognitive et émotionnelle de la douleur). L'augmentation du métabolisme cérébral dans le cortex somatosensoriel secondaire, le thalamus et la substance grise périaqueducale, souligne aussi l'importance des changements liés à la chronicisation de la douleur. Un traitement analgésique adapté à l’arthrose permettra d’améliorer la qualité de vie des chats atteints, offrira une option thérapeutique valide aux praticiens vétérinaires, et profitera aux propriétaires qui retrouveront un chat actif et sociable. La découverte de l'implication du phénomène de sensibilisation central combiné à l'investigation des changements cérébraux secondaires à la douleur chronique associée à l'arthrose par imagerie fonctionnelle ouvre de nouvelles avenues de recherche chez le chat (développement et/ou validation de traitements adaptés à l'état d'hypersensibilité) et les humains (potentiel modèle naturel de douleur chronique associée à l'arthrose).

Modélisation de l'influence de la fragmentation des habitats sur le risque de prédation chez le caribou forestier

Les populations du caribou forestier (Rangifer tarandus caribou) sont en déclin sur l’ensemble de leur aire de répartition en Amérique du Nord. Il s’avère que la prédation, amplifiée par l’exploitation forestière, en est la principale cause. Ce projet consiste à mettre en place un outil d'aide à la décision, permettant de modéliser les changements du risque de prédation chez le caribou forestier durant la succession forestière, et ce, selon différents scénarios d'aménagement forestier simulés sur la Côte-Nord du Québec, Canada. Ces scénarios, simulés de 2000 à 2150, sont caractérisés par (i) des coupes limitées aux blocs de protection et de remplacement, (ii) des coupes étendues sur le paysage, et finalement (iii) par l'absence de coupe dès 2000. Un modèle basé sur l'individu (MBI) permet de modéliser les déplacements simultanés du caribou forestier, de l'orignal (Alces alces) et du loup gris (Canis lupus) afin d'évaluer le risque de prédation selon les scénarios. En général, le risque de prédation est plus important lorsque les coupes sont limitées aux blocs de protection et de remplacement. En effet, il semble que ces blocs augmentent les probabilités de rencontre entre les proies et leurs prédateurs. Toutefois, certains résultats ne reflètent pas la littérature, ce qui montre la nécessité d'améliorer le MBI. Certaines recommandations visent finalement à bonifier ce MBI pour permettre l'analyse de la viabilité à long terme du caribou forestier en fonction de différents scénarios d'aménagement forestier.

Nature et paysage dans la littérature artistique et dévotionnelle à l'époque de la Contre-Réforme

À l’aide des écrits d’humanistes chrétiens, ayant exercé un contrôle sur la pratique des arts après le Concile de Trente, nous tenterons d’expliquer le développement du genre paysager en peinture. Le cardinal Federico Borromeo, Louis Richeôme ainsi que Jean Calvin figurent parmi les théologiens qui ont contribué à cette littérature chrétienne influente. Nous nous servirons surtout de l’historiographie récente afin de prouver le rôle essentiel joué par la pensée chrétienne dans le développement de la représentation de la nature en art. Prenant appui sur certaines études importantes, nous analyserons des exemples tant picturaux qu’architecturaux qui reflètent cette influence chrétienne sur la perception de la nature. Au préalable, nous tenterons de dresser un portrait de l’environnement culturel et religieux dans lequel ces humanistes chrétiens ont vécu et développé leur pensée. Notre objectif sera de prouver que l’humanisme chrétien a joué un rôle important pour l’essor du paysage à l’époque de la Contre-Réforme. Les sources contemporaines ainsi que leur interprétation par les historiens et les historiens d’art modernes permettront de mieux comprendre le rôle joué par la pensée chrétienne au sein de ce développement artistique.