David Hume on probability and the Gambler’s fallacy

Cette présentation examinera le degré de certitude qui peut être atteint dans le domaine scientifique. Le paradigme scientifique est composé de deux extrêmes; causalité et déterminisme d'un côté et probabilité et indéterminisme de l'autre. En faisant appel aux notions de Hume de la ressemblance et la contiguïté, on peut rejeter la causalité ou le hasard objectif comme étant sans fondement et non empirique. Le problème de l'induction et le sophisme du parieur proviennent d’une même source cognitif / heuristique. Hume décrit ces tendances mentales dans ses essais « Of Probability » et « Of the Idea of Necessary Connexion ». Une discussion sur la conception de la probabilité de Hume ainsi que d'autres interprétations de probabilité sera nécessaire. Même si la science glorifie et idéalise la causalité, la probabilité peut être comprise comme étant tout aussi cohérente. Une attitude probabiliste, même si elle est également non empirique, pourrait être plus avantageuse que le vieux paradigme de la causalité.

La réceptivité chez les adolescents agresseurs sexuels participant à une intervention de groupe basé sur la prévention de la récidive

Rapport de stage présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l’obtention de la Maîtrise (M.Sc.) en criminologie

Temps, culture et communication : pour une critique de la statistique culturelle

Comment fonder théoriquement des indicateurs culturels? Issue de problèmes méthodologiques reliés à l’étude des rapports entre le temps de travail et le temps libre, cette question émerge à la suite du constat du déficit théorique de la statistique culturelle. En effet, l’étude du temps libre, comme du temps de travail, nécessite de questionner les fondements de cette répartition, en même temps qu’elle exige d’analyser concrètement les pratiques sociales reliées à ces catégories. Or, les ana-lyses sur l’emploi du temps libre sont souvent fondées sur des statistiques à propos des activités culturelles, statistiques dont la portée explicative est singulièrement limitée. Bien que des statistiques sur certaines de ces activités existent au moins depuis le début du XXe siècle, c’est à partir des années 1970 que les besoins de connaissance reliés à la mise en œuvre des politiques culturelles stimulent la production de statistiques plus nombreuses et plus détaillées. Afin de donner des significations à cette masse de statistiques, il est nécessaire de délimiter les frontières de ce qui est culture et communication parmi toutes les autres activités sociales. L’élaboration de cadres conceptuels de la culture par l’UNESCO et d’autres agences statistiques tente de répondre à cette exigence, tandis que les projets d’indicateurs avancés cherchent à donner un sens à l’information statistique. Ces tentatives se caractérisent toutefois par la faiblesse de leur assise théorique, problème qui se manifeste de manière aiguë dans la définition d’indicateurs qui ont nécessairement une portée normative. La résolution de cette impasse de la statistique culturelle passe au moins par une clarification des concepts reliés à la notion de culture. À cette fin, la méthodologie de la recherche repose sur une analyse critique de certains documents fondamentaux qui ont conduit à la création du cadre conceptuel pour la statistique culturelle de l’UNESCO, ainsi que sur des textes phares de Fernand Dumont, Pierre Bourdieu et Jürgen Habermas, choisis pour leur capacité à penser les activités culturelles dans l’ensemble social selon leur temporalité. La notion de temporalité est elle-même examinée sous l’angle de plusieurs approches théoriques. Il ressort de cet examen que la différenciation du temps en temps abstrait et temps concret permet d’entrevoir que les pratiques culturelles pourraient être mesurées non seulement selon la quantité de temps social qui leur est dévolue, mais aussi comme un temps qui a une valeur marchande. Les acquis de l’analyse critique des cadres conceptuels de la statistique culturelle et des textes de Dumont, Bourdieu et Habermas servent de points d’appui pour l’élaboration d’un projet d’indicateurs culturels pour le compte de l’Observatoire de la culture et des communications du Québec (OCCQ). Ce système d’indicateurs a été élaboré selon une grille qui définit ce qu’est un indicateur culturel, son objectif et sa signification. Les indicateurs ont été choisis au cours d’un processus de consultation mené par l’OCCQ auprès des agents gouvernementaux concernés et des représentants des associations professionnelles des secteurs de la culture et des communications du Québec.

Le modèle antarctique

Il existe actuellement des différends frontaliers entre les États circumpolaires-Nord qui entravent la bonne gouvernance de la région. Afin d'identifier des pistes de solution pour améliorer la gouvernance en Arctique et faciliter la coopération, nous analysons le processus qui a mené, à l'autre pôle, à la création du Traité sur l’Antarctique de 1959. Nous utilisons une approche néolibérale institutionnelle comme cadre théorique ainsi qu’une méthodologie basée sur le traçage de processus. Nous avons identifié quatre variables (les intérêts des États, le contexte politique, le leadership, et l’Année géophysique internationale [AGI]) que nous avons étudiés au cours de trois périodes historiques et dont l’évolution a contribué à la formation du régime antarctique. Les étapes menant à l'élaboration d'un régime identifié dans la théorie institutionnaliste dynamique de Frischmann s'appliquent aux différentes périodes que nous avons déterminées. La première période historique correspond à l'identification du problème d'interdépendance. Les États ont d’abord tenté d’assouvir leurs intérêts particuliers envers le continent antarctique par l’intermédiaire de stratégies individuelles. Le statut imprécis du continent antarctique caractérisé par des revendications territoriales conflictuelles, la volonté des superpuissances d’effectuer d’éventuelles revendications territoriales et le leadership exercé par les États-Unis ont toutefois permis de faire évoluer les États vers des stratégies coopératives. La deuxième période historique correspond à l'étape de la négociation de l’entente. Le leadership d’un groupe de scientifiques et des États-Unis ainsi que le contexte politique de la Guerre froide ont favorisé la cohésion des États intéressés par les affaires antarctiques et leur investissement dans une coopération multilatérale souple dans le cadre d’un événement ponctuel, l’AGI. La troisième période correspond à la mise en oeuvre de l’entente, soit l’AGI. Lors de cet événement, une entente tacite, un engagement d’honneur, qui suspendait les considérations territoriales en Antarctique, a été respectée par les parties. La coopération dans le cadre de l’AGI s’est avérée un succès. Les États se sont montrés satisfaits des gains que comportait la coopération scientifique dans un environnement pacifique. L’AGI a permis aux États d’expérimenter la coopération multilatérale et d’observer le comportement des autres participants au sein de l’institution. En raison de la satisfaction des États vis-à-vis la coopération dans le cadre de l'entente souple, l'élaboration du traité de 1959 a été facilitée. Notre étude nous a permis d’identifier des éléments clefs qui ont favorisé la formation du régime antarctique et qui pourraient servir d’inspiration pour l'élaboration de futurs régimes. La présence d’un leadership tout au long du processus a permis de promouvoir les avantages de la coopération sous différentes formes et de renforcer les relations entre les États présents dans les affaires antarctiques. La réalisation d'une entente souple dans le cadre de l'AGI, centrée autour des intérêts communs aux parties, comprenant un engagement d’honneur, permettant de mettre de côté les points de discorde, ont aussi été des points centraux dans la réussite et la poursuite de la coopération au-delà de l’AGI. Cette approche graduelle allant du droit souple vers le droit contraignant est sans aucun doute l’élément le plus important ayant facilité le rapprochement des différentes parties et éventuellement la création du Traité sur l’Antarctique.

Exposition à la violence conjugale et adaptation de l’enfant : analyse des variables médiatrices et examen des profils individuels

L’exposition à la violence conjugale est une forme répandue de mauvais traitement psychologique envers l’enfant dont les conséquences néfastes sont maintenant bien connues. Les enfants ne sont pas tous affectés de la même manière par la violence conjugale et peuvent présenter différents profils d’adaptation. Des recherches de plus en plus nombreuses suggèrent l’importance de variables médiatrices qui permettent d’établir le lien entre l’exposition à la violence conjugale et l’adaptation de l’enfant. Toutefois, peu d’études permettent encore de préciser les relations entre ces variables, ni de connaître la pertinence de ces variables pour un profil d’adaptation particulier. Cette thèse, comprenant deux études empiriques, visait deux objectifs principaux. La première étude avait pour objectif d’examiner les liens entre le point de vue de l’enfant sur la violence conjugale et sur ses relations familiales, deux facteurs reconnus comme des médiateurs entre la violence conjugale et l’adaptation de l’enfant. Il était prévu que le point de vue de l’enfant sur la violence, pouvant se refléter par le blâme que l’enfant s’attribue pour la violence, sa perception de menace et sa peur d’être abandonné par ses parents, prédit son point de vue sur ses relations familiales, étudié sous l’angle de la parentification et des conflits de loyauté de l’enfant. Cette étude a été menée auprès de 79 enfants âgés de 8 à 12 ans et vivant avec leur mère dans un refuge pour femmes violentées. Les résultats révèlent que le blâme et la peur d’abandon prédisent la parentification et que la peur d’abandon prédit aussi les conflits de loyauté. L’objectif de la deuxième étude était de dégager des profils d’adaptation parmi les enfants exposés à la violence conjugale et d’identifier les facteurs qui leur sont associés. Ces facteurs renvoient à l’expérience de violence de l’enfant, à son point de vue sur la violence, à la qualité de la relation mère-enfant et à la parentification. Cette étude a été menée auprès de 116 enfants âgés entre 8 et 12 ans vivant en maison d’hébergement pour femmes victimes de violence conjugale ou fréquentant d’autres organismes offrant des services aux familles confrontées à la violence conjugale. Les résultats révèlent la présence de quatre profils d’adaptation : troubles extériorisés seulement, troubles intériorisés seulement, troubles à la fois extériorisés et intériorisés et absence de problème apparent. Ces quatre profils se distinguent selon la présence d’abus physique envers l’enfant, la qualité de la relation mère-enfant, le point de vue de l’enfant sur la violence et le degré de parentification de l’enfant. Les résultats sont discutés en fonction de l’apport respectif des parents et de l’enfant dans le développement de la parentification et des conflits de loyauté chez l’enfant exposé à la violence conjugale. La discussion souligne également la variabilité des manifestations de la détresse des enfants exposés à la violence conjugale. Les facteurs associés aux différents profils d’adaptation laissent entrevoir les besoins des enfants appartenant à un profil particulier et permettent de suggérer des liens entre ces facteurs.

La prévention du suicide en milieu carcéral : analyse d'un programme de soutien par les pairs

Rapport de stage présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l'obtention du grade de Maître ès sciences (M.Sc.) en criminologie

Apprentissage automatique pour la détection de relations d'affaire

Les documents publiés par des entreprises, tels les communiqués de presse, contiennent une foule d’informations sur diverses activités des entreprises. C’est une source précieuse pour des analyses en intelligence d’affaire. Cependant, il est nécessaire de développer des outils pour permettre d’exploiter cette source automatiquement, étant donné son grand volume. Ce mémoire décrit un travail qui s’inscrit dans un volet d’intelligence d’affaire, à savoir la détection de relations d’affaire entre les entreprises décrites dans des communiqués de presse. Dans ce mémoire, nous proposons une approche basée sur la classification. Les méthodes de classifications existantes ne nous permettent pas d’obtenir une performance satisfaisante. Ceci est notamment dû à deux problèmes : la représentation du texte par tous les mots, qui n’aide pas nécessairement à spécifier une relation d’affaire, et le déséquilibre entre les classes. Pour traiter le premier problème, nous proposons une approche de représentation basée sur des mots pivots c’est-à-dire les noms d’entreprises concernées, afin de mieux cerner des mots susceptibles de les décrire. Pour le deuxième problème, nous proposons une classification à deux étapes. Cette méthode s’avère plus appropriée que les méthodes traditionnelles de ré-échantillonnage. Nous avons testé nos approches sur une collection de communiqués de presse dans le domaine automobile. Nos expérimentations montrent que les approches proposées peuvent améliorer la performance de classification. Notamment, la représentation du document basée sur les mots pivots nous permet de mieux centrer sur les mots utiles pour la détection de relations d’affaire. La classification en deux étapes apporte une solution efficace au problème de déséquilibre entre les classes. Ce travail montre que la détection automatique des relations d’affaire est une tâche faisable. Le résultat de cette détection pourrait être utilisé dans une analyse d’intelligence d’affaire.

Complexité des homomorphismes de graphes avec listes

Les problèmes de satisfaction de contraintes, qui consistent à attribuer des valeurs à des variables en respectant un ensemble de contraintes, constituent une large classe de problèmes naturels. Pour étudier la complexité de ces problèmes, il est commode de les voir comme des problèmes d'homomorphismes vers des structures relationnelles. Un axe de recherche actuel est la caractérisation des classes de complexité auxquelles appartient le problème d'homomorphisme, ceci dans la perspective de confirmer des conjectures reliant les propriétés algébriques des structures relationelles à la complexité du problème d'homomorphisme. Cette thèse propose dans un premier temps la caractérisation des digraphes pour lesquels le problème d'homomorphisme avec listes appartient à FO. On montre également que dans le cas du problèmes d'homomorphisme avec listes sur les digraphes télescopiques, les conjectures reliant algèbre et complexité sont confirmées. Dans un deuxième temps, on caractérise les graphes pour lesquels le problème d'homomorphisme avec listes est résoluble par cohérence d'arc. On introduit la notion de polymorphisme monochromatique et on propose un algorithme simple qui résoud le problème d'homomorphisme avec listes si le graphe cible admet un polymorphisme monochromatique TSI d'arité k pour tout k ≥ 2.

Étude comparative de la morphologie du plancher pelvien des femmes âgées continentes et avec incontinence urinaire

But: Cette étude a pour but de comparer : a)la morphologie du plancher pelvien (PP), du col vésical et du sphincter urogénital strié (SUS) par IRM et b) la fonction du PP par palpation digitale (PERFECT scheme) chez les femmes âgées continentes ou avec incontinence urinaire à l’effort (IUE) et mixte (IUM). Méthode: Les femmes ont appris à contracter correctement leur PP et la fonction de leur PP a été évaluée. Une séance d’IRM dynamique 3T a suivi. Résultats: 66 femmes ont participé à l’étude. Les groupes étaient similaires en âge, IMC, nombre d’accouchements vaginaux et d’hystérectomie. La validité et la fidélité des différentes mesures anatomiques utilisées ont été confirmées au début de cette étude. Afin de contrôler l’effet potentiel de la taille du bassin sur les autres paramètres, les femmes ont été appariées par la longueur de leur inlet pelvien. Les femmes avec IUM ont un PP plus bas et un support des organes pelviens plus faible, selon leurs ligne M, angle LPC/Ligne H et hauteur de la jonction urétro-vésicale (UV). Les femmes avec IUE ont un PP similaire à celui des continentes, mais présentent plus d’ouverture du col vésical et un angle UV postérieur plus large au repos que les autres groupes. Il n’y a aucune différence de morphologie du SUS entre les groupes. De plus, selon les résultats du PERFECT scheme, les femmes avec IU ont une force du PP plus faible que les continentes. Les femmes avec IUM montrent aussi une faible élévation des muscles du PP à la contraction. Les femmes avec IUE ont, quant à elle, un problème de coordination à la toux. Conclusion: Les déficits causant l’IUE et l’IUM sont différents, mais supportent tous le rationnel des exercices du PP pour le traitement de l’IUE et l’IUM. Ces résultats supportent le besoin de traitements de rééducation spécifiques aux déficits de chacun des types d’IU.

Structure et interactions de bulles d'espace-temps en relativité générale

Nous analysons des bulles d'espace-temps d'épaisseur finie en relativité générale. Les conditions d'énergie sont utilisées afin d'obtenir un ensemble de critères permettant de restreindre la structure du bord de la bulle. Dans le cas des bulles statiques et à symétrie sphérique, nous obtenons quatre inégalités différentielles équivalentes aux trois conditions d'énergie les plus communes. Nous montrons qu'elles sont équivalentes à un ensemble de deux inégalités différentielles simples lorsque le potentiel gravitationnel effectif a une forme particulière. Nous paramétrons alors l'espace-temps de manière à rendre la vérification de ces inégalités plus simple lorsqu'il sera question de bulles d'espace-temps. Nous traitons en particulier quatre formes de bulles, toutes caractérisées par un extérieur de type Schwarzschild de Sitter. Nous montrons que notre méthode donne les bons résultats lorsque la limite où l'épaisseur de la bulle tend vers zéro est prise. Nous terminons par un traitement succinct du problème d'une onde gravitationnelle se propageant dans un nuage de bulles d'espace-temps.

Technique de visualisation pour l’identification de l’usage excessif d’objets temporaires dans les traces d’exécution

De nos jours, les applications de grande taille sont développées à l’aide de nom- breux cadres d’applications (frameworks) et intergiciels (middleware). L’utilisation ex- cessive d’objets temporaires est un problème de performance commun à ces applications. Ce problème est appelé “object churn”. Identifier et comprendre des sources d’“object churn” est une tâche difficile et laborieuse, en dépit des récentes avancées dans les tech- niques d’analyse automatiques. Nous présentons une approche visuelle interactive conçue pour aider les développeurs à explorer rapidement et intuitivement le comportement de leurs applications afin de trouver les sources d’“object churn”. Nous avons implémenté cette technique dans Vasco, une nouvelle plate-forme flexible. Vasco se concentre sur trois principaux axes de con- ception. Premièrement, les données à visualiser sont récupérées dans les traces d’exécu- tion et analysées afin de calculer et de garder seulement celles nécessaires à la recherche des sources d’“object churn”. Ainsi, des programmes de grande taille peuvent être vi- sualisés tout en gardant une représentation claire et compréhensible. Deuxièmement, l’utilisation d’une représentation intuitive permet de minimiser l’effort cognitif requis par la tâche de visualisation. Finalement, la fluidité des transitions et interactions permet aux utilisateurs de garder des informations sur les actions accomplies. Nous démontrons l’efficacité de l’approche par l’identification de sources d’“object churn” dans trois ap- plications utilisant intensivement des cadres d’applications framework-intensive, inclu- ant un système commercial.

Le grenadier tunisien (Punica granatum) stimule le transport de glucose dans les cellules musculaires C2C12 via la voie insulino-dépendante de l’Akt et la voie insulino-indépendante de l’AMPK

Le diabète est reconnu comme un problème majeur de santé publique causant des conséquences humaines et économiques redoutables. La phytothérapie s’offre comme une nouvelle avenue thérapeutique pour le contrôle de la glycémie. Le grenadier, Punica granatum, a servi de remède contre le diabète dans le système Unani de la médecine pratiquée en Inde et au Moyen Orient. Des études ont démontré un effet hypoglycémiant des extraits de grenadier via divers mécanismes notamment par une amélioration de la sensibilité à l’insuline et la régénération des cellules béta-pancréatiques. Cependant, aucune étude n’a démontré à ce jour, l’effet de grenadier sur le transport de glucose dans le muscle, étape cruciale dans la régulation de l’homéostasie glucidique postprandiale. De plus, l’effet de la maturation sur le potentiel antidiabétique du fruit de grenadier n’a pas été étudié. Ainsi, le but de ce projet est d’évaluer l’effet antidiabétique des extraits de grenadier sur le transport de glucose dans les cellules musculaires C2C12 en fonction de la variété et du stade de maturation du fruit et d’élucider les mécanismes d’action. Le choix des variétés du grenadier tunisien (Espagnoule [EP] et Gabsi [GB]) a été orienté pour leur pouvoir antioxydant et leur consommation locale. Deux parties de la plante ont été utilisées, les fleurs et les fruits à 3 stades de maturation soit 2, 4 et 6 mois. Les résultats ont montré que seule la variété du grenadier Gabsi stimule significativement le transport de glucose par rapport au contrôle (DMSO), et ceci sans être toxique. Cet effet est plus prononcé au stade de fruit mûr (à 6 mois) que celui de la fleur. De plus, l’extrait de fleurs stimule la voie insulino-indépendante de l’AMPK et augmente le niveau d’expression des transporteurs spécifiques de glucose (GLUT-4). Par contre, l’extrait de fruits mûrs, en plus de ces deux mécanismes, active fortement aussi la voie insulino-dépendante de l’AKT. En conclusion, cette étude présente un nouveau mécanisme d’action antidiabétique de grenadier (plus particulièrement du fruit mûr) qui est dépendant de la variété.

Cognitive deficits in alcoholism

Contexte : Les répercussions de l’alcool au niveau des fonctions cognitives sont bien documentées. Certaines hypothèses suggèrent que l’alcool affecte des fonctions cognitives spécifiques alors que d’autres avancent l’hypothèse de déficits diffus. Cependant, une ambigüité persiste concernant quelles fonctions cognitives sont le plus touchées par l’alcool, et à quel point la durée d’abstinence affecte la récupération cognitive. Nous avons procédé à une des premières méta-analyses qui s’intéresse aux différentes fonctions cognitives touchées par la consommation problématique d’alcool et à la durée d’abstinence requise pour une récupération au niveau des cognitions. Méthodes : Une recherche de la littérature a permis d’identifier 62 études évaluant les cognitions chez les personnes présentant des troubles liés à l’utilisation d’alcool. Les estimations de la taille d’effet ont été calculées avec la Comprehensive Meta Analysis –V2 pour les 12 domaines cognitifs suivants : quotient intellectuel, fluidité verbale/langage, vitesse de traitement de l’information, mémoire de travail, attention, résolution de problème/fonctions exécutives, inhibition/impulsivité, apprentissage verbal, mémoire verbale, apprentissage visuel, mémoire visuelle, habiletés visuo-spatiales. Parmi ces 12 domaines cognitifs, 3 estimations de la taille d’effet ont été calculées selon les durées d’abstinences suivantes : court- (<1 mois), moyen- (2 à 12 mois) et long- (>1 an) termes. Résultats : Les résultats ont révélé la présence de dysfonctions modérées dans 11 domaines cognitifs durant l’abstinence à court terme, et dans 10 domaines cognitifs pour le moyen-terme. Des dysfonctions cognitives minimales furent notées durant l’abstinence à long-terme. Conclusions : Ces résultats révèlent des déficits cognitifs significatifs et diffus durant la première année d’abstinence. Déficits qui se normalisent après un an. Ces résultats soutiennent l’hypothèse de déficits cognitifs diffus reliés à l’alcoolisme et suggèrent que la cognition devrait faire partie intégrante du traitement d’alcoolisme.

Reconsidérer les interactions entre l’écoulement, le transport de sédiments en charge de fond et la morphologie en rivière à lit de graviers : approches, échelles et analyses

L'objectif ultime en géomorphologie fluviale est d'expliquer les formes des cours d'eau et leur évolution temporelle et spatiale. La multiplication des études nous a mené à la réalisation que les systèmes géomorphologiques sont complexes. Les formes observées sont plus que la somme des processus individuels qui les régissent en raison d’interactions et de rétroactions non-linéaires à de multiples échelles spatiales et temporelles. Dans ce contexte, le but général de la thèse est de proposer et de tester de nouvelles avenues de recherche afin de mieux appréhender la complexité des dynamiques fluviales en utilisant des approches méthodologiques et analytiques mettant l’accent sur les interactions entre l’écoulement, le transport de sédiments en charge fond et la morphologie du lit en rivière graveleuse. Cette orientation découle du constat que les paradigmes actuels en géomorphologie fluviale n’arrivent pas à expliquer adéquatement la variabilité naturelle du transport en charge de fond ainsi que des formes du lit qui en résultent. Cinq pistes de réflexion sont développées sous forme d’articles basés sur des études de cas : 1. L'intégration des échelles de variation de l'écoulement permet d’insérer la notion de structures turbulentes dans des pulsations de plus grande échelle et d'améliorer la compréhension de la variabilité du transport de sédiments. 2. La quantification des taux de changement de l’écoulement (accélération /décélération) au cours d’une crue permet d’expliquer la variabilité des flux de transport en charge fond autant que la magnitude de l’écoulement. 3. L’utilisation de techniques de mesures complémentaires révèle une nouvelle dynamique du lit des rivières graveleuses, la dilatation et la contraction du lit suite à une crue. 4. La remise en cause du fait généralement accepté que le transport en charge de fond est corrélé positivement à l'intensité des modifications morphologiques en raison d’un problème associé aux échelles différentes des processus en cause. 5. L’approche systémique des dynamiques fluviales par l’utilisation d’analyses multivariées permet d’appréhender la complexité des dynamiques de rétroactions linéaires et non-linéaires dans l’évolution d’un chenal et d’illustrer l’importance de l’historique récent des changements géomorphologiques en réponse aux crues. Cette thèse se veut une avancée conceptuelle issue d'une profonde réflexion sur les approches classiques que l'on utilise en géomorphologie fluviale depuis plusieurs décennies. Elle est basée sur un jeu de données unique récolté lors du suivi intensif de 21 évènements de crue dans un petit cours d’eau à lit de graviers, le ruisseau Béard (Québec). Le protocole expérimental axé sur la simultanéité des mesures de l’écoulement, de la morphologie du lit et du transport de sédiments en charge de fond a permis de centrer la recherche directement sur les interactions entre les processus plutôt que sur les processus individuels, une approche rarement utilisée en géomorphologie fluviale. Chacun des chapitres illustre un nouveau concept ou une nouvelle approche permettant de résoudre certaines des impasses rencontrées actuellement en géomorphologie fluviale. Ces travaux ont des implications importantes pour la compréhension de la dynamique des lits de rivières et des habitats fluviaux et servent de point de départ pour de nouveaux développements.

Algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux

L’inférence de génomes ancestraux est une étape essentielle pour l’étude de l’évolution des génomes. Connaissant les génomes d’espèces éteintes, on peut proposer des mécanismes biologiques expliquant les divergences entre les génomes des espèces modernes. Diverses méthodes visant à résoudre ce problème existent, se classant parmis deux grandes catégories : les méthodes de distance et les méthodes de synténie. L’état de l’art des distances génomiques ne permettant qu’un certain répertoire de réarrangements pour le moment, les méthodes de synténie sont donc plus appropriées en pratique. Nous proposons une méthode de synténie pour la reconstruction de génomes ancestraux basée sur une définition relaxée d’adjacences de gènes, permettant un contenu en gène inégal dans les génomes modernes causé par des pertes de gènes de même que des duplications de génomes entiers (DGE). Des simulations sont effectuées, démontrant une capacité de former une solution assemblée en un nombre réduit de régions ancestrales contigües par rapport à d’autres méthodes tout en gardant une bonne fiabilité. Des applications sur des données de levures et de plantes céréalières montrent des résultats en accord avec d’autres publications, notamment la présence de fusion imbriquée de chromosomes pendant l’évolution des céréales.