Étude de la régulation des activités transcriptionnelle, réplicative et de l’instabilité de la protéine régulatrice E2 des papillomavirus

Les papillomavirus sont de petits virus à ADN double brin qui infectent les cellules de l’épithélium de la peau et des muqueuses d’une variété de vertébrés causant des lésions bénignes telles des verrues. Certains de ces virus sont également associés au développement de lésions malignes, notamment le cancer du col utérin. La protéine régulatrice E2 des papillomavirus est impliquée dans diverses fonctions contribuant à l’établissement de l’infection par ces virus. Entre autre, E2 régule la transcription des gènes viraux, participe à l’initiation de la réplication de l’ADN viral en s’associant à l’hélicase virale E1 et est responsable du maintien et de la ségrégation de l’épisome viral au cours de la division cellulaire. Toutes ces activités sont attribuables à la capacité de E2 à s’associer au génome viral et à interagir avec des protéines virales et cellulaires. De plus, ces fonctions sont elles-mêmes régulées par des modifications post-traductionnelles de la protéine E2. Plusieurs études ont été réalisées afin de découvrir les mécanismes de régulation des fonctions de E2 mais le rôle exact des différents domaines de E2 dans ces contrôles reste à être défini. En premier lieu, nous nous sommes intéressés à l’interaction entre E2 et Brd4(L) qui avait été définie comme étant essentielle à la ségrégation de l’épisome. Plusieurs caractéristiques associées à la protéine Brd4(L) telles que sa capacité à lier les lysines acétylées des histones, son interaction avec le complexe Mediator et sa participation à l’activation de la transcription en formant un complexe avec pTEFb, nous ont permis d’émettre l’hypothèse que l’interaction E2-Brd4(L) est nécessaire à l’activité transcriptionnelle de E2. Nous avons démontré que la protéine Brd4(L) interagit avec le domaine de transactivation de E2 de divers types de papillomavirus. De plus, cette interaction implique les résidus de E2 essentiels à son activité transcriptionnelle. Ainsi, ces résultats proposent que l’association E2-Brd4(L) serve à la régulation de la transcription des gènes viraux. Dans un second temps, nos recherches se sont concentrées sur l’existence d’une interface de dimérisation au sein du domaine de transactivation de E2 et de son implication dans les activités transcriptionnelles et réplicatives de la protéine. Nos études ont aussi mis en évidence que l’intégrité de la structure de ce domaine contribue au bon fonctionnement de la réplication du génome viral. Cette découverte suggère que la dimérisation de E2 peut réguler l’initiation de la réplication et propose l’existence d’un niveau de régulation additionnel impliquant l’état de la structure quaternaire de la protéine E2 et une modulation de l’interaction entre E1 et E2 à cette étape du cycle viral. Finalement, l’étude de l’instabilité de la protéine E2 nous a permis de définir une région importante dans le domaine flexible de la protéine, nécessaire à sa dégradation par le protéasome. De plus, la présence de résidus conservés localisés dans ce domaine, sont associés à la dégradation et portent la signature d’un signal de localisation nucléaire de type PY-NLS, suggérant que la stabilité de la protéine E2 est régulée par sa localisation au sein de la cellule. Ces études démontrent l’existence de nouvelles stratégies de régulation des activités transcriptionnelle et réplicative de la protéine E2 des papillomavirus. La compréhension de ces mécanismes nous permet de mieux cerner les étapes favorisant l’établissement et la progression du cycle viral et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques contre les infections aux papillomavirus.

Les facteurs liés au cheminement judiciaire des incidents commis en contexte conjugal

La violence conjugale est un phénomène criminel fréquent au Québec. En 2008, les infractions commises en contexte conjugal représentaient plus de 20 % des crimes contre la personne signalés à la police (Ministère de la Sécurité publique, 2010). L’intervention policière et judiciaire en contexte conjugal est complexe, notamment en raison du lien unissant l’agresseur et la victime. Bien que le pouvoir discrétionnaire des intervenants judiciaires en contexte conjugal ait été grandement limité au cours des dernières décennies, ceux-ci bénéficient toujours d’une certaine latitude dans leur décision de poursuivre, ou non, différentes étapes du processus judiciaire. Au fil du temps, plusieurs études se sont intéressées aux éléments influençant la prise de décision en contexte conjugal. Cependant, celles-ci ne portent généralement que sur une seule étape du processus et certains facteurs décisionnels n’ont jamais été testés empiriquement. C’est notamment le cas des éléments liés aux stéréotypes de la violence conjugale. Certains auteurs mentionnent que les incidents qui ne correspondent pas au stéréotype de l’agresseur masculin violentant une victime qualifiée d’irréprochable et d’innocente font l’objet d’un traitement judiciaire plus sommaire, mais ces affirmations ne reposent, à notre connaissance, sur aucune donnée empirique. Cette étude tente de vérifier cette hypothèse en examinant l’impact de ces éléments sur cinq décisions policières et judiciaires. À partir d’une analyse de contenu quantitative de divers documents liés au cheminement judiciaire de 371 incidents commis en contexte conjugal sur le territoire du Centre opérationnel Nord du Service de police de la Ville de Montréal en 2008, la thèse examine l’utilisation du pouvoir discrétionnaire dans le traitement judiciaire de ces incidents. Elle comporte trois objectifs spécifiques. Le premier objectif permet la description du cheminement judiciaire des incidents commis en contexte conjugal. Nos résultats indiquent que ceux-ci font l’objet d’un traitement plus punitif puisqu’ils font plus fréquemment l’objet de procédures à la cour que les autres types de crimes. Cette judiciarisation plus systématique pourrait expliquer le faible taux de condamnation de ceux-ci (17,2 %). Le second objectif permet la description des principales caractéristiques de ces incidents. La majorité implique des gestes de violence physique et les policiers interviennent généralement auprès de conjoints actuels. La plupart des victimes rapportent la présence de violences antérieures au sein du couple et le tiers veulent porter plainte contre le suspect. Finalement, 78 % des incidents impliquent un agresseur masculin et une victime féminine et 14,29 % des victimes sont soupçonnées d’avoir posé le premier geste hostile ou violent lors de l’incident. Le dernier objectif permet l’identification des principaux éléments associés aux décisions prises en contexte conjugal. Les résultats confirment l’hypothèse selon laquelle les incidents n’impliquant pas un agresseur masculin et une victime féminine ou ceux dont les policiers soupçonnent la victime d’avoir posé le premier geste hostile ou violent font l’objet d’un traitement judiciaire plus sommaire. En outre, la majorité des facteurs décisionnels étudiés perdent de leur influence au cours du processus judiciaire et les décisions prises précédemment influencent fortement les décisions subséquentes. Finalement, le désir de porter plainte de la victime n’influence pas directement les décisions des intervenants judiciaires.

Étude des manifestations d’une pensée critique visée, stimulée et manifestée, chez des étudiants en formation initiale en enseignement de l’éducation physique et à la santé

L’école et les programmes de formation à l’enseignement ont connu beaucoup de transformations au cours des dernières décennies. Ces changements sont notamment associés au mouvement de la professionnalisation de l’enseignement qui met l’accent, entre autres, sur l’importance de développer une réflexivité critique chez les futurs enseignants à travers des cours théoriques et des stages. Dans cette optique, le Ministère de l’éducation, des loisirs et du sport (MELS) et les institutions universitaires ont la responsabilité d’interpréter les caractéristiques propres à une pensée critique et de les intégrer à la formation initiale des enseignants. Cependant, bien que le concept de pensée critique ait fait l’objet de nombreuses recherches théoriques et empiriques depuis les travaux sur la pensée réfléchie de Dewey, il n’existe toujours pas une définition consensuelle du concept. Néanmoins les philosophes « classiques » (Ennis, McPeck, Paul, Siegel, Lipman) s’entendent pour soutenir qu’une pensée critique présuppose un doute méthodique qui conduit à la mobilisation d’habiletés et d’attitudes intellectuelles complexes, reliées à l’évaluation des faits et des situations. De leur côté, des épistémologues issus du champ de la psychologie développementale (King & Kitchener, Kuhn, Perry, et d’autres) ont élaboré des modèles de développement d’une pensée critique basés sur l’identification de stades. L’un des plus récents modèles est issu des sciences de l’éducation (Daniel et al.) et sera utilisé comme grille pour analyser nos données. Il présuppose quatre modes de pensée (logique, métacognitif, créatif et responsable) et leur complexification à partir de trois perspectives épistémologiques (égocentrisme, relativisme et intersubjectivité). La présente étude, de nature qualitative, cherche à d’identifier la réflexivité (simple ou critique) visée par les textes officiels du MELS, stimulée par l’Université de Montréal (UdeM) dans le cadre de la formation initiale des étudiants inscrits en Éducation physique et à la santé (ÉPS) et manifestée par ces étudiants en fin de formation. Pour ce faire, nous avons eu recours à une analyse de contenu, et à une analyse basée sur le modèle développemental de Daniel et ses collègues. Ces analyses ont été conduites sur le référentiel de compétences du MELS, sur les indicateurs de compétences et les consignes de rédaction des rapports synthèses de l’UdeM, ainsi que sur des verbatim d’entrevues individuelles et de groupe et sur les rapports synthèses des participants (au nombre de neuf). Les résultats d’analyse du référentiel de compétences et des indicateurs de compétences montrent que les réflexivités visée et stimulée sont de l’ordre d’une pensée réfléchie mais pas nécessairement d’une pensée critique. Parallèlement, la réflexivité manifestée par les stagiaires lors des entrevues ainsi que dans leurs rapports synthèse s’est révélée être de l’ordre d’une pensée réfléchie pas nécessairement critique même si des manifestations d’une pensée critique ont occasionnellement pu être observées.

Sensibilité des cellules leucémiques aux immunoconjugués anti-CD33

La leucémie myéloïde aigue (LMA), cancer du sang causé par une prolifération excessive des précurseurs myéloïdes à un stade précoce de maturation, est associée à une survie variant entre 20 et 30% à cinq ans en dépit des traitements de chimiothérapie les plus intensifs. L’antigène CD33 est exprimé chez les cellules malignes dans 90% des LMA ce qui en fait une cible de choix pour le développement d’immunoconjugué (IC). Trois IC composés d’un anticorps monoclonal anti-CD33 couplé à la maytansine, une toxine s’attaquant aux fuseaux mitotiques, ont été créés. Nous avons étudié l’effet de ces IC sur des cellules primaires et des lignées cellulaires LMA et étudier les mécanismes pouvant expliquer différents niveaux de sensibilité. Les études effectuées ont permis de déterminer que le niveau d’expression du CD33 n’explique pas la variation de sensibilité face aux IC. Il a été démontré que les IC anti-CD33 sont internalisés rapidement par la cellule et que le conjugué est retrouvé au niveau de l’endosome en premier lieu. Il a été confirmé que le lysosome est essentiel à l’effet anti-mitotique induit par le conjugué. Aussi, il est proposé que la protéine SOCS3 pourrait jouer un rôle dans la résistance aux IC anti-CD33 en dirigeant le complexe IC-CD33-SOCS3 vers le protéasome et ainsi empêcher la libération du composé toxique par le lysosome. Nous avons aussi conclu que les variations d’agent de liaison et l’augmentation du nombre de molécules toxiques entre les 3 IC n’ont pas été suffisantes pour augmenter leur efficacité à éliminer les cellules LMA. L’évaluation de ces IC ainsi que l’identification des mécanismes de résistance permettra de cibler les patients les plus susceptibles de bénéficier de ce type de traitement et potentiellement d’identifier de nouvelles voies pour améliorer l’efficacité des traitements.

Impossible Identification : Contemporary Art, Politics and the Palestinians in Israel

Quel est le sens donné à l’art par la minorité palestinienne d’Israël dans un contexte où l’État se définit uniquement en termes ethno-nationaux et religieux ? Les écrits sur l’art en contextes coloniaux et postcoloniaux ont tendance à considérer l’art comme une ressource de revendication identitaire face à une situation de domination. Autrement dit, l’art est souvent présenté comme un acte politique de reconnaissance à travers l’affirmation d’une contre-identité. Suite à un travail intensif de terrain ethnographique dans la région, cette recherche démontre que pour les artistes palestiniens en Israël, l’aspect politique de l’art ne vient pas de sa capacité à exprimer des revendications identitaires. À travers l’observation des pratiques et l’analyse des discours des artistes, elle remet en question la relation présumée entre l'art et l'identité. Plus concrètement, elle analyse les pratiques d’un groupe d’artistes issus d’une minorité nationale indigène dont le travail artistique constitue une interruption des régimes spatiotemporels d'identification. L’aspect politique du travail des artistes palestiniens en Israël s’exprime à travers un processus de désidentification, un refus de réduire l’art à des catégories identitaires dominantes. Les œuvres de ces artistes permettent l’expression d’une rupture esthétique, manifestant un « ayant lieu » politique qui se trouve entre l'art et le non-art. Il s’agit d’un espace qui permet la rupture de l’ordre sensible de la société israélienne à travers l’affirmation et la vérification d’une égalité qui existe déjà.

Optimisation de l’administration des médicaments chez les enfants transplantés grâce à la pharmacocinétique de population

Ce travail de thèse porte sur l’application de la pharmacocinétique de population dans le but d’optimiser l’utilisation de certains médicaments chez les enfants immunosupprimés et subissant une greffe. Parmi les différents médicaments utilisés chez les enfants immunosupprimés, l’utilisation du busulfan, du tacrolimus et du voriconazole reste problématique, notamment à cause d’une très grande variabilité interindividuelle de leur pharmacocinétique rendant nécessaire l’individualisation des doses par le suivi thérapeutique pharmacologique. De plus, ces médicaments n’ont pas fait l’objet d’études chez les enfants et les doses sont adaptées à partir des adultes. Cette dernière pratique ne prend pas en compte les particularités pharmacologiques qui caractérisent l’enfant tout au long de son développement et rend illusoire l’extrapolation aux enfants des données acquises chez les adultes. Les travaux effectués dans le cadre de cette thèse ont étudié successivement la pharmacocinétique du busulfan, du voriconazole et du tacrolimus par une approche de population en une étape (modèles non-linéaires à effets mixtes). Ces modèles ont permis d’identifier les principales sources de variabilités interindividuelles sur les paramètres pharmacocinétiques. Les covariables identifiées sont la surface corporelle et le poids. Ces résultats confirment l’importance de tenir en compte l’effet de la croissance en pédiatrie. Ces paramètres ont été inclus de façon allométrique dans les modèles. Cette approche permet de séparer l’effet de la mesure anthropométrique d’autres covariables et permet la comparaison des paramètres pharmacocinétiques en pédiatrie avec ceux des adultes. La prise en compte de ces covariables explicatives devrait permettre d’améliorer la prise en charge a priori des patients. Ces modèles développés ont été évalués pour confirmer leur stabilité, leur performance de simulation et leur capacité à répondre aux objectifs initiaux de la modélisation. Dans le cas du busulfan, le modèle validé a été utilisé pour proposer par simulation une posologie qui améliorerait l’atteinte de l’exposition cible, diminuerait l’échec thérapeutique et les risques de toxicité. Le modèle développé pour le voriconazole, a permis de confirmer la grande variabilité interindividuelle dans sa pharmacocinétique chez les enfants immunosupprimés. Le nombre limité de patients n’a pas permis d’identifier des covariables expliquant cette variabilité. Sur la base du modèle de pharmacocinétique de population du tacrolimus, un estimateur Bayesien a été mis au point, qui est le premier dans cette population de transplantés hépatiques pédiatriques. Cet estimateur permet de prédire les paramètres pharmacocinétiques et l’exposition individuelle au tacrolimus sur la base d’un nombre limité de prélèvements. En conclusion, les travaux de cette thèse ont permis d’appliquer la pharmacocinétique de population en pédiatrie pour explorer les caractéristiques propres à cette population, de décrire la variabilité pharmacocinétique des médicaments utilisés chez les enfants immunosupprimés, en vue de l’individualisation du traitement. Les outils pharmacocinétiques développés s’inscrivent dans une démarche visant à diminuer le taux d'échec thérapeutique et l’incidence des effets indésirables ou toxiques chez les enfants immunosupprimés suite à une transplantation.

La légende urbaine des snuff movies : histoire, théorie, esthétiques, technologies

La présente étude propose une analyse historique de la légende urbaine des snuff movies. En premier lieu, elle se penche sur l’émergence de cette rumeur dans le paysage médiatique américain des années 70 tout en focalisant sur certains objets filmiques l’ayant crédibilisée, principalement les stag et les mondo movies. Ce mémoire analyse par la suite l’influence majeure de deux événements sur l’implantation de la légende urbaine dans l’imaginaire collectif, soit l’assassinat de Sharon Tate et la circulation du film de Zapruder. Après avoir étudié la persistance de la rumeur, cet essai focalise sur la promotion et l’exploitation de Snuff (1976) en plus de proposer une analyse de ce long métrage. Ensuite, il se penche sur deux types de représentations du snuff dans le cinéma de fiction ainsi que leurs impacts sur l’authentification de la légende urbaine. Il est d’abord question des mises en scène du snuff dans le cinéma populaire qui s’inspirent de la rumeur pour ensuite l’actualiser. Sont ensuite étudiées les représentations du snuff à titre de faux documents, soit ces œuvres qui tentent par divers procédés de se faire passer pour de véritables films clandestins et, de ce fait, authentifient l’objet auquel ils se réfèrent. Puisque cette étude analyse l’évolution médiatique de la légende urbaine, elle se conclut sur son déplacement du cinéma vers Internet et de sa nouvelle crédibilisation grâce aux vidéos macabres, à la pornographie juvénile et au récent cas Magnotta.

Essays in partial identification and applications to treatment effects and policy evaluation.

Dans cette thèse, je me suis interessé à l’identification partielle des effets de traitements dans différents modèles de choix discrets avec traitements endogènes. Les modèles d’effets de traitement ont pour but de mesurer l’impact de certaines interventions sur certaines variables d’intérêt. Le type de traitement et la variable d’intérêt peuvent être défini de manière générale afin de pouvoir être appliqué à plusieurs différents contextes. Il y a plusieurs exemples de traitement en économie du travail, de la santé, de l’éducation, ou en organisation industrielle telle que les programmes de formation à l’emploi, les techniques médicales, l’investissement en recherche et développement, ou l’appartenance à un syndicat. La décision d’être traité ou pas n’est généralement pas aléatoire mais est basée sur des choix et des préférences individuelles. Dans un tel contexte, mesurer l’effet du traitement devient problématique car il faut tenir compte du biais de sélection. Plusieurs versions paramétriques de ces modèles ont été largement étudiées dans la littérature, cependant dans les modèles à variation discrète, la paramétrisation est une source importante d’identification. Dans un tel contexte, il est donc difficile de savoir si les résultats empiriques obtenus sont guidés par les données ou par la paramétrisation imposée au modèle. Etant donné, que les formes paramétriques proposées pour ces types de modèles n’ont généralement pas de fondement économique, je propose dans cette thèse de regarder la version nonparamétrique de ces modèles. Ceci permettra donc de proposer des politiques économiques plus robustes. La principale difficulté dans l’identification nonparamétrique de fonctions structurelles, est le fait que la structure suggérée ne permet pas d’identifier un unique processus générateur des données et ceci peut être du soit à la présence d’équilibres multiples ou soit à des contraintes sur les observables. Dans de telles situations, les méthodes d’identifications traditionnelles deviennent inapplicable d’où le récent développement de la littérature sur l’identification dans les modèles incomplets. Cette littérature porte une attention particuliere à l’identification de l’ensemble des fonctions structurelles d’intérêt qui sont compatibles avec la vraie distribution des données, cet ensemble est appelé : l’ensemble identifié. Par conséquent, dans le premier chapitre de la thèse, je caractérise l’ensemble identifié pour les effets de traitements dans le modèle triangulaire binaire. Dans le second chapitre, je considère le modèle de Roy discret. Je caractérise l’ensemble identifié pour les effets de traitements dans un modèle de choix de secteur lorsque la variable d’intérêt est discrète. Les hypothèses de sélection du secteur comprennent le choix de sélection simple, étendu et généralisé de Roy. Dans le dernier chapitre, je considère un modèle à variable dépendante binaire avec plusieurs dimensions d’hétérogéneité, tels que les jeux d’entrées ou de participation. je caractérise l’ensemble identifié pour les fonctions de profits des firmes dans un jeux avec deux firmes et à information complète. Dans tout les chapitres, l’ensemble identifié des fonctions d’intérêt sont écrites sous formes de bornes et assez simple pour être estimées à partir des méthodes d’inférence existantes.

Les pratiques parentales maternelles et la symptomatologie des enfants victimes d’agression sexuelle d’âge préscolaire

Les enfants victimes d’agression sexuelle (AS) peuvent présenter divers problèmes psychologiques (Beitchman, Zucker, Hood, DaCosta et al., 1991; Briere & Elliott, 1994). Ces difficultés peuvent d’ailleurs perdurer jusqu’à l’âge adulte (Putnam, 2003). Afin de favoriser le rétablissement de ces enfants et prévenir le cycle intergénérationnel de la maltraitance sexuelle, il est important de s’intéresser aux facteurs de protection pouvant diminuer leurs séquelles. Les pratiques parentales représentent un facteur clé dans le développement de l’enfant de façon générale (Campbell, 1995) et peuvent jouer un rôle important dans la capacité des victimes à s’adapter à l’AS qu’elles ont subie (Ullman, 2003; Yancey & Hansen, 2010). Des pratiques parentales moins étudiées dans ce domaine de recherche ont été examinées dans la présente étude, soit le contrôle psychologique (CP), le contrôle limitatif (CL) et le soutien de l’autonomie (SA). Par ailleurs, l’évaluation des variables pouvant être liées à la conduite parentale et des impacts de celle-ci sur le développement de l’enfant permettra de mieux comprendre les difficultés que peuvent présenter ces familles et d’intevenir adéquatement auprès de celles-ci. Les objectifs de cette thèse étaient : 1) de valider une grille de codification des comportements parentaux auprès d’enfants d’âge préscolaire, 2) de documenter le lien entre le CP, le CL, un concept que nous avons proposé dans la présente étude, et le SA afin de clarifier des incohérences conceptuelles et des failles méthodologiques notées dans les études passées, 3) de comparer les pratiques parentales de mères d’enfants victimes d’AS avec celles de mères dont l’enfant n’a pas vécu d’AS, 4) d’examiner le lien entre les mauvais traitements et les événements traumatiques subis par les mères, leur détresse psychologique et leurs pratiques parentales et 5) d’évaluer la relation entre les pratiques parentales et l’adaptation psychologique des enfants de l’échantillon. Un échantillon formé de 22 enfants d’âge préscolaire victimes d’AS recrutés au Centre d’expertise Marie-Vincent (CEMV) et de 79 enfants n’ayant pas vécu un tel événement recrutés dans des Centres de la petite enfance (CPE) de milieux défavorisés de Montréal, de même que leurs mères, a participé à l’étude. La détresse psychologique des mères, les mauvais traitements subis dans leur l’enfance, les expériences traumatiques vécues avant et après 18 ans et les comportements inductifs et coercitifs ont été mesurés à l’aide de questionnaires auto-rapportés par la mère. Les mères et les éducateurs-trices de garderie ont aussi complété un questionnaire sur la symptomatologie de l’enfant. Finalement, une grille de codification des comportements parentaux a permis de mesurer les pratiques des mères et ce, lors d’une procédure d’observation. Les résultats démontrent que la grille élaborée présente des qualités psychométriques satisfaisantes. Par ailleurs, les corrélations entre les échelles principales de la grille de même que les résultats de l’analyse factorielle révèlent que le CP, le CL et le SA constituent des construits indépendants, tel que prévu. La comparaison des comportements maternels montre que les mères d’enfants victimes d’AS présentent des pratiques similaires à celles des mères dont l’enfant n’a pas subi d’AS. De plus, des liens ont été obtenus entre les expériences traumatiques et les mauvais traitements passés de la mère, sa détresse psychologique et les pratiques qu’elle adopte envers son enfant. Finalement, l’utilisation de stratégies inductives est associée marginalement à moins de troubles extériorisés chez l’enfant alors que l’utilisation de stratégies coercitives est reliée à plus de troubles intériorisés, selon l’éducateur-trice de l’enfant. Afin d’augmenter les possibilités que l’enfant se développe de façon optimale et de prévenir la transmission intergénérationnelle des mauvais traitements sexuels, il est important de comprendre le fonctionnement et les pratiques parentales des mères non-agresseurs. Les résultats de cette étude ont permis de mieux documenter la conduite des mères d’enfants victimes d’AS. Par ailleurs, des explications sont proposées concernant les facteurs distincts associés à l’utilisation d’une conduite centrée sur l’enfant (inductive) versus sur le parent (coercitive). L’identification de ceux-ci peut permettre une prévention et une intervention plus adéquate auprès de ces familles et est d’autant plus cruciale compte tenu de l’impact négatif de certaines pratiques sur l’adaptation de l’enfant, tel que démontré dans la présente recherche.

Effet d'un traitement intra-utérin de céphapirine sur les performances en reproduction des vaches laitières

La reproduction est un pilier majeur de la productivité des fermes laitières. Dans ce contexte, il est pertinent d’identifier à l’avance les animaux à risque d’avoir des performances en reproduction sous-optimales, surtout si un traitement efficace est disponible pour améliorer ces performances. Les endométrites clinique et subclinique sont des conditions définies selon leur impact sur les performances en reproduction subséquentes et donc, des outils très intéressants de surveillance de la santé utérine. Le premier objectif de cette étude était de déterminer simultanément des seuils diagnostiques pour les endométrites clinique (diagnostiquée par le Metricheck) et subclinique (diagnostiquée par la cytologie endométriale ou par l’estérase leucocytaire) selon leur impact sur les performances en reproduction à la première saillie. L’écoulement vaginal purulent a été identifié comme seuil pour l’endométrite clinique, alors que les seuils identifiés pour l’endométrite subclinique ont été un pourcentage de polymorphonucléaires de 6% à la cytologie et une « forte quantité de leucocytes » à l’estérase leucocytaire. Le second objectif de l’étude était d’évaluer l’effet d’un traitement intra-utérin de céphapirine sur les performances à la première saillie des animaux sains et atteints d’endométrite. Aucun effet du traitement n’a été observé chez les vaches saines ou atteintes d’endométrite clinique, alors qu’une tendance à l’amélioration des performances a été associée au traitement chez celles atteintes d’endométrite subclinique. L’anovulation post-partum prolongée pourrait altérer l’efficacité du traitement de céphapirine, surtout chez les vaches atteintes d’endométrite clinique.

La rotonde des Valois : une lecture warburgienne

Ce mémoire vise à élargir l’interprétation du monument funéraire d’Henri II et Catherine de Médicis (1565-70) maintenant aménagé à la Basilique Saint-Denis à Paris, une œuvre que l’historiographie attribue conjointement au Primatice et à Germain Pilon. Fortement marquée par une perspective panosfkienne, la fortune critique de ce tombeau a privilégié des approches, qu’elles soient historicistes ou iconographiques, qui ont eu pour effet d’oblitérer la médialité du dispositif dans lequel le tombeau devait originellement paraître, soit la chapelle des Valois, mieux connue sous le nom de « rotonde des Valois ». Le présent travail se penche sur ce dispositif particulier en reformulant une approche propice à développer des outils méthodologiques adaptés au médium de la sculpture. De plus, il propose une hypothèse d’interprétation en liaison avec la commanditaire du tombeau, Catherine de Médicis. Nous verrons en effet que la construction d’une chapelle funéraire renforçait l’identification à la reine antique Artémise, ainsi que cela était suggéré dans un ouvrage composé par l’apothicaire de la reine, Nicolas Houel. Dans un contexte hostile aux prises de pouvoir féminin, Catherine se serait ainsi servie d’une fable amoureuse pour faciliter la construction de sa persona politique. Le mémoire s’attache plus précisément à examiner comment l’image traduit cette opération de refiguration du soi. Aussi, il s’inspire de l’importante réflexion menée ces dernières années en histoire de l’art et en anthropologie autour de la pensée d’Aby Warburg et s’applique à inscrire l’interprétation de l’image dans le champ de sa figurabilité.

Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.

Étude sur les fonctions in vivo des GEFs DOCK chez les mammifères

Dock1 (aussi nommé Dock180) est le membre prototypique de la famille Dock d’activateurs des petites GTPases de la famille Rho. Dock1 agit au sein d’une voie de signalisation conservée au cours de l’évolution et des études génétiques ont démontré que les orthologues de Dock1, myoblast city (mbc) chez la drosophile et Ced-5 chez le nématode, activent Rac dans divers processus biologiques. Notamment, mbc est un important régulateur de la fusion des myoblastes lors de la formation des fibres musculaires de drosophile. Mbc est aussi essentiel à la migration collective d’un groupe de cellules, appelées cellules de bordures, lors de leur migration dans la chambre de l’oeuf suite à l’activation de récepteurs à activité tyrosine kinase (RTK). La migration collective des cellules de bordures récapitule certains des événements observés lorsque des cellules tumorales envahissent le tissu environnant lors de la formation de métastases. Chez les mammifères, des études réalisées en lignées cellulaires suggèrent que Dock1 est aussi un régulateur du cytosquelette lors de la migration cellulaire. De plus, certaines études ont démontré que la voie Dock1/Rac agit en aval de RTKs lors de l’invasion de cellules de glioblastome. Néanmoins, les fonctions in vivo de Dock1 chez les mammifères demeurent méconnues et le but de cette thèse est d’identifier et de caractériser certaines de ses fonctions. Guidés par la fonction de mbc, nous démontrons dans l’objectif no 1 un rôle essentiel pour ce gène au cours du développement embryonnaire grâce à la caractérisation d’une souris Dock1 knock-out. Des défauts sévères de fusion des myoblastes sont observés en absence de l’expression de Dock1 et ils contribuent à la réduction de la masse musculaire des souris mutantes. De plus, nous avons constaté une contribution du gène Dock5, un membre de la famille Dock proche de Dock1, au développement des fibres musculaires. Dans l’objectif no 2, nous avons observé que des hauts niveaux d’expression de DOCK1 corrèlent avec un mauvais pronostic chez les patientes atteintes de cancer du sein possédant une forte expression du gène codant pour le RTK HER2. Une surexpression ou une amplification du locus codant pour le récepteur HER2 est associée à près de 20% des cas de cancer du sein. Les cancers de ces patientes développent fréquemment des métastases et sont associés à un mauvais pronostic. Des études biochimiques ont révélé que DOCK1 interagit avec le récepteur HER2 dans des cellules de cancer du sein. De plus, DOCK1 est essentiel à l’activation de RAC et à la migration cellulaire induite par HER2 dans ces cellules. L’utilisation d’un modèle de cancer du sein médié par HER2 chez la souris combiné avec l’inactivation du gène Dock1 dans les glandes mammaires, nous a permis d’identifier Dock1 et Rac comme de nouveaux effecteurs de la croissance tumorale et de la formation de métastases régulées par l’oncogène HER2. Nous concluons que l’utilisation de différents modèles de souris knock-out pour le gène Dock1 nous a permis d’identifier des fonctions clés de ce gène. Tout comme son orthologue mbc, Dock1 joue un rôle important lors du développement embryonnaire en régulant notamment la fusion des myoblastes. Nos études ont également contribué à démontrer un important degré de conservation des mécanismes moléculaires de fusion entre les espèces. De plus, DOCK1 agit en aval du RTK HER2 et son expression dans les cellules épithéliales de glandes mammaires contribue au développement tumoral et à la formation de métastases induits par cet oncogène.

Identification et caractérisation de gènes chez Salmonella enterica sérovar Typhi impliqués dans l’interaction avec les macrophages humains.

Le genre bactérien Salmonella regroupe plus de 2500 sérovars, mais peu sont responsables de pathologies humaines. Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi) est reconnu pour son importance médicale à travers le globe. S. Typhi cause la fièvre typhoïde chez l’Homme, une maladie infectieuse létale caractérisée par la dissémination systémique de la bactérie vers des organes du système réticulo-endothélial. La fièvre typhoïde représente un fardeau pour la santé mondiale, notamment auprès des pays en développement où les conditions sanitaires sont désuètes. La situation se complique davantage par l’apparition de souches résistantes aux antibiotiques. De plus, les deux vaccins licenciés sont d’efficacité modérée, présentent certaines contraintes techniques et ne sont pas appropriés pour les jeunes enfants et nourrissons. La phase systémique de l’infection par Salmonella repose sur sa survie dans les macrophages du système immunitaire. Dans ce compartiment intracellulaire, la bactérie module les défenses antimicrobiennes grâce à de multiples facteurs de virulence encodés dans son génome. Les mécanismes moléculaires sollicités sont complexes et finement régulés. Malgré les progrès scientifiques réalisés précédemment, plusieurs incompréhensions persistent au sujet de l’adaptation de ce pathogène dans les macrophages de l’hôte. Pour mieux concevoir les déterminants génétiques de S. Typhi impliqués dans l’interaction avec ces cellules, une stratégie de sélection négative a été appliquée afin de vérifier systématiquement l’effet direct des gènes pendant l’infection. En premier temps, une librairie de mutants par transposon chez S. Typhi a été créée pour l’infection de macrophages humains en culture. Après 24 heures d’infection, la présence des mutants fut évaluée simultanément par analyse sur des biopuces de Salmonella. Au total, 130 gènes ont été sélectionnés pour leur contribution potentielle auprès des macrophages infectés. Ces gènes comptaient des composantes d’enveloppe bactérienne, des éléments fimbriaires, des portions du flagelle, des régulateurs, des facteurs de pathogenèse et plusieurs protéines sans fonction connue. En deuxième temps, cette collection de gènes a dirigé la création de 28 mutants de délétion définie chez S. Typhi. Les capacités d’entrée et de réplication intracellulaire de ces mutants au sein des macrophages humains ont été caractérisées. D’abord, les macrophages ont été co-infectés avec les mutants en présence de la souche sauvage, pour vérifier la compétitivité de chacun d’eux envers cette dernière. Ensuite, les mutants ont été inoculés individuellement chez les macrophages et leur infectivité fut mesurée comparativement à celle de la souche sauvage. Sommairement, 26 mutants ont présenté des défauts lorsqu’en compétition, tandis que 14 mutants se sont montrés défectueux lorsque testés seuls. Par ailleurs, 12 mutants ont exposé une déficience lors de l’infection mixte et individuelle, incluant les mutants acrA, exbDB, flhCD, fliC, gppA, mlc, pgtE, typA, waaQGP, STY1867-68, STY2346 et SPI-4. Notamment, 35 nouveaux phénotypes défectueux d’entrée ou de survie intracellulaire chez Salmonella ont été révélés par cette étude. Les données générées ici offrent plusieurs nouvelles pistes pour élucider comment S. Typhi manipule sa niche intracellulaire, menant à l’infection systémique. Les gènes décrits représentent des cibles potentielles pour atténuer la bactérie chez l’humain et pourraient contribuer au développement de meilleures souches vaccinales pour immuniser contre la fièvre typhoïde.

La musique, l’auditeur et la radio des années trente : histoire et répertoire de la Radio Suisse romande

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).