The Development, Validation and Implementation of a Broad-Based ADME Genotyping Assay into Research and Clinical Trials

Afin d’adresser la variabilité interindividuelle observée dans la réponse pharmacocinétique à de nombreux médicaments, nous avons créé un panel de génotypage personnalisée en utilisant des méthodes de conception et d’élaboration d’essais uniques. Celles-ci ont pour but premier de capturer les variations génétiques présentent dans les gènes clés impliqués dans les processus d'absorption, de distribution, de métabolisme et d’excrétion (ADME) de nombreux agents thérapeutiques. Bien que ces gènes et voies de signalement sont impliqués dans plusieurs mécanismes pharmacocinétiques qui sont bien connues, il y a eu jusqu’à présent peu d'efforts envers l’évaluation simultanée d’un grand nombre de ces gènes moyennant un seul outil expérimental. La recherche pharmacogénomique peut être réalisée en utilisant deux approches: 1) les marqueurs fonctionnels peuvent être utilisés pour présélectionner ou stratifier les populations de patients en se basant sur des états métaboliques connus; 2) les marqueurs Tag peuvent être utilisés pour découvrir de nouvelles corrélations génotype-phénotype. Présentement, il existe un besoin pour un outil de recherche qui englobe un grand nombre de gènes ADME et variantes et dont le contenu est applicable à ces deux modèles d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé un panel d’essais de génotypage de 3,000 marqueurs génétiques ADME qui peuvent satisfaire ce besoin. Dans le cadre de ce projet, les gènes et marqueurs associés avec la famille ADME ont été sélectionnés en collaboration avec plusieurs groupes du milieu universitaire et de l'industrie pharmaceutique. Pendant trois phases de développement de cet essai de génotypage, le taux de conversion pour 3,000 marqueurs a été amélioré de 83% à 97,4% grâce à l'incorporation de nouvelles stratégies ayant pour but de surmonter les zones d'interférence génomiques comprenant entre autres les régions homologues et les polymorphismes sous-jacent les régions d’intérêt. La précision du panel de génotypage a été validée par l’évaluation de plus de 200 échantillons pour lesquelles les génotypes sont connus pour lesquels nous avons obtenu une concordance > 98%. De plus, une comparaison croisée entre nos données provenant de cet essai et des données obtenues par différentes plateformes technologiques déjà disponibles sur le marché a révélé une concordance globale de > 99,5%. L'efficacité de notre stratégie de conception ont été démontrées par l'utilisation réussie de cet essai dans le cadre de plusieurs projets de recherche où plus de 1,000 échantillons ont été testés. Nous avons entre autre évalué avec succès 150 échantillons hépatiques qui ont été largement caractérisés pour plusieurs phénotypes. Dans ces échantillons, nous avons pu valider 13 gènes ADME avec cis-eQTL précédemment rapportés et de découvrir et de 13 autres gènes ADME avec cis eQTLs qui n'avaient pas été observés en utilisant des méthodes standard. Enfin, à l'appui de ce travail, un outil logiciel a été développé, Opitimus Primer, pour aider pour aider au développement du test. Le logiciel a également été utilisé pour aider à l'enrichissement de cibles génomiques pour d'expériences séquençage. Le contenu ainsi que la conception, l’optimisation et la validation de notre panel le distingue largement de l’ensemble des essais commerciaux couramment disponibles sur le marché qui comprennent soit des marqueurs fonctionnels pour seulement un petit nombre de gènes, ou alors n’offre pas une couverture adéquate pour les gènes connus d’ADME. Nous pouvons ainsi conclure que l’essai que nous avons développé est et continuera certainement d’être un outil d’une grande utilité pour les futures études et essais cliniques dans le domaine de la pharmacocinétique, qui bénéficieraient de l'évaluation d'une longue liste complète de gènes d’ADME.

Le chemin qui marche : la pensée et le geste d'écriture chez Benjamin Fondane

Benjamin Fondane est un penseur et un artiste du XXe siècle qui demeure encore relativement méconnu de la communauté universitaire. Pourtant, son œuvre poétique et ses essais révèlent une démarche atypique et une vision concrète de la dualité humaine et de la pratique de la pensée. « Le mal des fantômes », poème central de l’œuvre de Fondane, est une incarnation imagée du mal-être psychique de l’humain qui pressent que ses réflexes intellectuels, tels la raison et l’esprit de non-contradiction, créent une rupture avec son expérience intime du monde, brigue une portion du réel. L’étude de la figure du fantôme (qui est la figure de la hantise dans la tradition littéraire) ainsi que de l’économie discursive de la traversée maritime qui se déploient dans ce poème nous permet d’interroger les astuces rhétoriques que Fondane met en place afin de contrecarrer ce malaise. À travers l’expérience scripturale et la lecture, il est à la recherche d’une nouvelle disposition de l’activité réflexive qui serait davantage solidaire de l’existence humaine. C’est grâce au geste de l’écriture que sa pensée voyage, se meut, retrouve sa vivacité et, par là même, ses pouvoirs de mutation. Se pencher sur la mise en œuvre de la réflexion chez Benjamin Fondane permet de poser un regard sensible sur les propres rapports que nous entretenons avec notre activité intellectuelle, scripturale et notre pensée.

Élaboration d’un modèle d’article de dictionnaire de collocations du lexique scientifique transdisciplinaire pour l’aide à la rédaction de textes scientifiques

Cette recherche constitue une première étape dans l’élaboration d’un dictionnaire de collocations du lexique scientifique transdisciplinaire (LST), conçu pour aider des étudiants ou des chercheurs dans la rédaction de discours scientifiques ou universitaires, quel que soit leur domaine d’études. Elle a permis de concevoir deux modèles originaux d’articles de dictionnaire donnant accès aux collocations de termes nominaux et verbaux caractéristiques du LST. Les modèles d’articles sont ensuite appliqués à la description d’un échantillon de termes nominaux : analyse, caractéristique, figure, hypothèse, rapport et résultat; et verbaux : décrire et étudier. Les articles conçus dans ce mémoire offrent un accès convivial aux collocations du LST en situation de rédaction. Ils ont l’avantage de proposer une organisation cohérente de ce lexique sur les plans syntaxique et sémantique. En outre, ils permettent de présenter les termes du LST dans des contextes variés, ce qui peut contribuer au développement de la compétence lexicale.

Développement, mise à l'essai et évaluation d'une intervention de pratique réflexive avec des infirmières oeuvrant auprès de personnes âgées hospitalisées

Cette recherche visait à développer, mettre à l’essai et évaluer les effets d’une intervention de pratique réflexive (IPR) avec des infirmières œuvrant auprès d’aînés hospitalisés. Fondée sur la théorie du Human Caring de Watson (1979) et sur le modèle de réflexion structurée de Johns (2006), l’étude a été réalisée au moyen d’un devis mixte. Le développement et la mise à l’essai de l’IPR ont été réalisés au moyen d’une approche qualitative de type recherche-action. L’évaluation de l’intervention a été effectuée à l’aide d’une approche qualitative et d’une approche quantitative de type quasi-expérimental avec groupe de comparaison (GC). Au terme de l’IPR, les infirmières étaient invitées à décrire les retombées perçues de cette intervention, soit les habiletés et les savoirs infirmiers développés suite à une pratique réflexive (PR), ainsi que leur perception de la PR comme moyen d’amélioration de leur pratique professionnelle. De plus, comparativement à un GC, trois hypothèses étaient formulées : les infirmières du groupe expérimental (GE) ayant bénéficié d’une IPR amélioreraient significativement leurs attitudes et leurs connaissances à l’égard des aînés; identifieraient davantage d’interventions infirmières adaptées à la clientèle âgée hospitalisée, et obtiendraient un niveau de réflexion supérieur. L’étude a été effectuée auprès de 43 infirmières (GE = 22; GC = 21) travaillant dans un centre hospitalier universitaire. L’IPR s’est déroulée sur une période de 22 semaines. Elle comprenait huit ateliers thématiques d’une durée de 75 minutes chacun, dispensés aux trois semaines, combinés à des lectures et à des exercices individuels. L’IPR portait sur trois thèmes centraux du séjour hospitalier des aînés : la médication, la mobilisation et la planification du congé. Des données qualitatives et quantitatives ont été colligées par le biais de questionnaires ouverts (vignettes, écrit réflexif) et standardisés (Kogan’s Attitudes Toward Old People Scale, Palmore’s Facts on Aging Quiz) pré et post intervention pour les deux groupes. Les infirmières du GE ont également complété un questionnaire sur l’expérience de la PR et certaines d’entre elles ont participé à des groupes de discussion focalisée. Une analyse de contenu thématique, selon l’approche de Miles et Huberman (2003), a été réalisée sur les données qualitatives, alors que des tests de classement de Wilcoxon ont été effectués sur les données quantitatives. Les résultats soulignent que les infirmières ont développé différentes habiletés nécessaires à une PR telles que l’introspection, l’ouverture aux autres et l’analyse critique. Les participantes reconnaissent que l’IPR leur a notamment permis de développer des savoirs empirique, éthique, esthétique, personnel et émancipatoire. De plus, elles perçoivent que l’IPR est un moyen d’amélioration de la pratique professionnelle puisqu’elle peut, entre autres, contrer la routinisation des soins. Par ailleurs, comparativement au GC, les infirmières du GE ont amélioré significativement leurs attitudes et leurs connaissances à l’égard des aînés. Cependant, aucune différence significative entre le GE et le GC n’a été révélée suite à l’IPR quant au nombre d’interventions adaptées aux situations vécues par les aînés hospitalisés et au niveau de réflexion atteint. Les hypothèses de recherche ont ainsi été partiellement soutenues. Cette étude démontre le potentiel d’une IPR comme approche de développement professionnel novateur qui valorise l’expérience des infirmières, tout en leur permettant de modifier positivement leurs attitudes à l’égard des aînés et d’ajuster leurs connaissances aux besoins de cette clientèle hautement fragile et vulnérable.

Development and evaluation of a research-based prosthodontic clinical record

Introduction: Bien que l'importance de transférer les données de la recherche à la pratique a été largement démontrée, ce processus est toujours lent et fait face à plusieurs défis tels que la conceptualisation des évidences, la validité interne et externe de la recherche scientifique et les coûts élevés de la collecte de grandes quantités de données axées sur le patient. Les dossiers dentaires des patients contiennent des renseignements valables qui donneraient aux chercheurs cliniques une opportunité d'utiliser un large éventail d'informations quantitatives ou qualitatives. La standardisation du dossier clinique permettrait d’échanger et de réutiliser des données dans différents domaines de recherche. Objectifs: Le but de cette étude était de concevoir un dossier patient axé sur la recherche dans le domaine de la prosthodontie amovible à la clinique de premier cycle de l’Université de Montréal. Méthodes: Cette étude a utilisé des méthodes de recherche-action avec 4 étapes séquentielles : l'identification des problèmes, la collecte et l'interprétation des données, la planification et l’évaluation de l'action. Les participants de l'étude (n=14) incluaient des professeurs, des chercheurs cliniques et des instructeurs cliniques dans le domaine de la prosthodontie amovible. La collecte des données a été menée à l’aide d’une revue de littérature ciblée et complète sur les résultats en prosthodontie ainsi que par le biais de discussions de groupes et d’entrevues. Les données qualitatives ont été analysées en utilisant QDA Miner 3.2.3. Résultats: Les participants de l'étude ont soulevé plusieurs points absents au formulaire actuel de prosthodontie à la clinique de premier cycle. Ils ont partagé leurs idées pour la conception d'un nouveau dossier-patient basé sur 3 objectifs principaux: les objectifs cliniques, éducatifs et de recherche. Les principaux sujets d’intérêt en prosthodontie amovibles, les instruments appropriés ainsi que les paramètres cliniques ont été sélectionnés par le groupe de recherche. Ces résultats ont été intégrés dans un nouveau formulaire basé sur cette consultation. La pertinence du nouveau formulaire a été évaluée par le même groupe d'experts et les modifications requises ont été effectuées. Les participants de l'étude ont convenu que le cycle de recherche-action doit être poursuivi afin d'évaluer la faisabilité d’implémentation de ce dossier modifié dans un cadre universitaire. Conclusion: Cette étude est une première étape pour développer une base de données dans le domaine de la prothodontie amovible. La recherche-action est une méthode de recherche utile dans ce processus, et les éducateurs académiques sont bien placés pour mener ce type de recherche.

La construction de l’identité personnelle et sociale des jeunes parents lors de la fondation d'une famille

Cette étude a pour but spécifique de comprendre le processus de transformation et de construction de l’identité tant personnelle que sociale chez les jeunes parents suite à l’entrée en parentalité, et ce par l’impact qu’a l’événement (devenir parent) sur la perception de soi dans les diverses sphères de l’intime. Cette étude se distingue par son intérêt envers les jeunes couples qui ont grandi avec un modèle parental plus traditionnel, mais difficile à reproduire avec les changements sociaux, dont l'entrée des femmes sur le marché du travail. L'étude a été réalisé à l'aide d'entretiens semi-dirigés auprès de dix participants (cinq couples) répondant aux critères suivants: le couple de parents devait être hétérosexuel et vivre ensemble, les participants devaient être âgés entre 27 et 32 ans, leur premier enfant devait avoir entre 2 et 4 ans, ils devaient résider à l'extérieur de la métropole et au moins un des membres du couple devait avoir un diplôme universitaire. L'étude confirme l'idée que pour les pères, l'environnement familial est un agent motivateur dans l'idée de fonder leur propre famille, mais plusieurs vivent un choc quant au niveau de sacrifices nécessaires à faire en tant que parents. Toutefois, le choc identitaire le plus grand a été vécu par les femmes. Plusieurs d'entre elles ont ressenti une véritable confusion face aux différentes pressions sociales quant au rôle qu'elles ont à jouer en tant que mères ou travailleuses et ont ressenti de la culpabilité lorsqu'elles ont fait leur choix identitaire. C'est également le cercle social des femmes qui a été le plus modifié suite à l'arrivée de leur premier enfant, ces dernières s'entourant de collègues (femmes) qui vivent la même situation, tout en ayant moins de temps à offrir à leurs amis et familles suite à l'arrivée de l'enfant.

Le suivi des jeunes contrevenants dans la communauté : les interventions favorisant la généralisation des acquis suite au Programme alternatives à la violence

Rapport de stage présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l’obtention du grade de maîtrise (M. Sc.)en criminologie

Étude comparée de la formation initiale des enseignants du primaire au Québec et en Finlande

Depuis les années 1980, la formation des enseignants a fait l’objet de réformes majeures dans la plupart des sociétés développées, souvent en étant directement articulée à un processus de «professionnalisation» (Tardif, Lessard & Gauthier, 1998). La professionnalisation de l’enseignement est aujourd’hui considérée comme un mouvement international (OCDE, 2005). Dans cette recherche de maîtrise, nous analysons la mise en œuvre de la professionnalisation et son articulation à l’organisation des programmes de formation des enseignants du primaire dans deux contextes : Finlande et Québec. L’intérêt d’une comparaison du Québec avec la Finlande découle des enquêtes PISA 2000, 2003, et 2006, qui ont permis de faire reconnaître le système éducatif finlandais comme l’exemple d’un système performant qui combine avec succès la qualité, l’équité et la cohésion sociale (Sahlberg, 2007). Or, parmi les nombreuses raisons présentées pour expliquer ce succès, une des plus importantes serait la formation des enseignants. En Finlande les enseignants réalisent une formation initiale de 5 ans. Mais au Québec les enseignants sont aussi hautement éduqués : ils réalisent une formation universitaire de 4 ans après deux années d’études pré-universitaires. Dans les deux contextes, les enseignants complètent 17 ans de scolarité. Quelles sont les similitudes et les différences entre les programmes de formation des enseignants du primaire en Finlande et au Québec? Comment et en quoi ce processus de professionnalisation, comme tendance internationale, a-t-il marqué les systèmes de formation d’enseignants finlandais et québécois ? Peut-on dégager, à partir de cette comparaison, des éléments d’un système de formation à l’enseignement de meilleure qualité pour le Québec?

Cancer du sein : Une vision innovatrice de la physiothérapie

Travail d'intégration réalisé dans le cadre du cours PHT-6113.

Le développement d’une grille d’évaluation du risque d’agression physique en communauté. L’implantation de G.E.R.A.C. à l’Urgence-Psychosociale-Justice.

Rapport de stage présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l’obtention du grade de maîtrise en criminologie (option intervention).

Vers des aménagements multifonctionnels en zone d'intensification agricole : portée et limites des politiques et pratiques québécoises

Certains territoires caractérisés par une concentration et une intensification de l’agriculture se trouvent aujourd’hui devant des défis environnementaux et sociaux, notamment en ce qui a trait à la qualité des cadres de vie. À cet effet, une panoplie de mesures agroenvironnementales et de cohabitation (lois, programmes, etc.) sont aujourd’hui à la disposition des professionnels de l’aménagement au Québec. Cette recherche s’interroge sur le potentiel de ces outils à réintroduire le caractère multifonctionnel des territoires, c'est-àdire à assurer la prise en compte simultanée de plusieurs fonctions. Pour ce faire, la mise en oeuvre hypothétique de scénarios d’aménagement multifonctionnel issus d’une recherche antérieure est utilisée comme test. La première étape identifie et analyse les outils favorisant la multifonctionnalité des territoires agricoles et formule des hypothèses quant aux blocages qui pourraient limiter la mise en oeuvre des scénarios multifonctionnels. La deuxième étape teste ces hypothèses en faisant intervenir des groupes de discussion rassemblant divers professionnels de l’aménagement à l’échelle supra locale (municipalité régionale de comté). Les résultats témoignent du potentiel des projets d’aménagement conçus à l’échelle du territoire, notamment ceux visant des regroupements de producteurs. Toutefois, l’étude montre que les blocages ne tiennent pas seulement aux caractéristiques des outils en place, mais aussi à la réticence des professionnels à prendre en compte la notion de cadre de vie en zone d’intensification agricole. Quant à l’utilité pour le monde de la pratique de scénarios d’aménagement multifonctionnel issus d’une recherche universitaire, elle s’en trouverait grandement accrue dans un contexte où les professionnels de l’aménagement participeraient à leur construction.

La comorbidité chez les joueurs pathologiques en traitement

Plusieurs études telles que le NESARC ont démontré la comorbidité chez les joueurs pathologiques dans la population générale et dans des échantillons cliniques. Le jeu pathologique se présente souvent avec des troubles comorbides tels que les toxicomanies, les troubles de l’humeur, les troubles anxieux et les troubles de la personnalité. Cette étude a été réalisée auprès de 40 joueurs pathologiques admis en traitement au Centre Dollard-Cormier, Institut universitaire sur les dépendances à Montréal. Les objectifs étaient d’évaluer : la consommation d’alcool et de drogues, la présence d’une détresse psychologique caractérisée par des symptômes et des syndromes cliniques ainsi que par des troubles de la personnalité et la prévalence du trouble de l’ÉSPT dans l’échantillon. L’ICJE a été utilisé pour évaluer la gravité du jeu. Les autres troubles ont été mesurés à travers l’IGT, l’AUDIT, le MCMI-III, le QÉT et l’ÉMST. Les résultats montrent que 65 % des participants présentent une consommation problématique d’alcool (25 % actuellement, 40 % dans le passé), 27,5 % une consommation problématique de drogues; 52,5 %, un diagnostic probable d’au moins un syndrome clinique (surtout anxiété et dépression), 55 %, un diagnostic probable d’au moins un trouble de la personnalité; 30 %, des symptômes du trouble d’ÉSPT et 17,5 %, un diagnostic probable du trouble. Alors, la comorbidité est présente chez les joueurs pathologiques de l’échantillon. Il est essentiel de l’identifier pour mieux répondre aux besoins particuliers de l’individu et l’aider avec les symptômes qui aggravent le problème de jeu et augmentent le risque de récidive.

Statistiques appliquées en chirurgie cardiaque adulte : analyses de survie et applications du “propensity score”

L'objectif principal de ce travail est d’étudier en profondeur certaines techniques biostatistiques avancées en recherche évaluative en chirurgie cardiaque adulte. Les études ont été conçues pour intégrer les concepts d'analyse de survie, analyse de régression avec “propensity score”, et analyse de coûts. Le premier manuscrit évalue la survie après la réparation chirurgicale de la dissection aigüe de l’aorte ascendante. Les analyses statistiques utilisées comprennent : analyses de survie avec régression paramétrique des phases de risque et d'autres méthodes paramétriques (exponentielle, Weibull), semi-paramétriques (Cox) ou non-paramétriques (Kaplan-Meier) ; survie comparée à une cohorte appariée pour l’âge, le sexe et la race utilisant des tables de statistiques de survie gouvernementales ; modèles de régression avec “bootstrapping” et “multinomial logit model”. L'étude a démontrée que la survie s'est améliorée sur 25 ans en lien avec des changements dans les techniques chirurgicales et d’imagerie diagnostique. Le second manuscrit est axé sur les résultats des pontages coronariens isolés chez des patients ayant des antécédents d'intervention coronarienne percutanée. Les analyses statistiques utilisées comprennent : modèles de régression avec “propensity score” ; algorithme complexe d'appariement (1:3) ; analyses statistiques appropriées pour les groupes appariés (différences standardisées, “generalized estimating equations”, modèle de Cox stratifié). L'étude a démontrée que l’intervention coronarienne percutanée subie 14 jours ou plus avant la chirurgie de pontages coronariens n'est pas associée à des résultats négatifs à court ou long terme. Le troisième manuscrit évalue les conséquences financières et les changements démographiques survenant pour un centre hospitalier universitaire suite à la mise en place d'un programme de chirurgie cardiaque satellite. Les analyses statistiques utilisées comprennent : modèles de régression multivariée “two-way” ANOVA (logistique, linéaire ou ordinale) ; “propensity score” ; analyses de coûts avec modèles paramétriques Log-Normal. Des modèles d’analyse de « survie » ont également été explorés, utilisant les «coûts» au lieu du « temps » comme variable dépendante, et ont menés à des conclusions similaires. L'étude a démontrée que, après la mise en place du programme satellite, moins de patients de faible complexité étaient référés de la région du programme satellite au centre hospitalier universitaire, avec une augmentation de la charge de travail infirmier et des coûts.

Processus d'implantation d'une mesure législative favorisant la sécurité des patients : le cas de la Loi 113 au Québec

Au Québec, la Loi 113 a été adoptée en 2002 pour réduire l’incidence et les conséquences des événements indésirables survenus en cours de soins de santé. Cette loi oblige à effectuer plusieurs modifications tant au niveau administratif que clinique, notamment, la création de comités de gestion du risque, l’établissement de politiques pour la divulgation aux patients et la déclaration systématique des événements indésirables dans les institutions hospitalières. Cependant, la capacité de ces établissements à implanter les mesures requises par la loi a été mise en doute par certains auteurs. L’objectif de cette thèse a été d’étudier le processus d’implantation de la loi 113 à partir d’un cadre théorique intégrant les approches dites de développement organisationnel, institutionnelle et politique. Pour cela, nous avons mené une étude de cas multiples, chaque cas étant représenté par un type d’hôpital qualifié dans le contexte de notre étude de « petit », « grand » et « universitaire ». Les procédures de cueillette des données ont consisté en des entrevues avec des administrateurs et des professionnels de santé, des séances d’observation de comités de gestion des risques, et une analyse de documents issus des secteurs administratifs de chaque institution. Les résultats suggèrent une implantation progressive et variable de la loi d’un hôpital à l’autre et la présence de conflits entre les pratiques professionnelles ou organisationnelles et les nouvelles normes légales. Ces dernières semblent avoir été adoptées au niveau administratif, tandis que les normes professionnelles et organisationnelles ont continué à prédominer au niveau clinique, une situation ayant entraîné un climat de méfiance entre les milieux administratif et clinique, plus particulièrement parmi les médecins de chaque établissement hospitalier. Les résultats de notre étude indiquent également que les stratégies ayant le plus contribué au changement résultent d’une forte légitimité et du leadership des principaux agents de changement, comme la gouverne et le gestionnaire de risque, et de la gestion avisée de l’environnement organisationnel. Cependant, malgré les efforts continus mobilisés au sein de chaque établissement pour implanter la loi, on a pu constater la persistance d’une résistance de certains acteurs clefs. En conclusion, l’implication et la contribution des détenteurs d’enjeux internes et externes de l’organisation sont nécessaires pour aboutir à une vision commune et aligner les différentes interventions afin d’assurer le succès de l’implantation de la loi.

L'entretien motivationnel chez les jeunes faisant partie d'un gang de rue

Rapport de stage présenté à l'école de Criminologie de la Faculté des arts et sciences en vue de l'obtention du grade de Maître ès sciences (M.Sc.) en criminologie.