A proteome-wide strategy reveals a novel mechanism of control of cell cycle progression through modulation of cyclin mRNA stability

La quantité de données générée dans le cadre d'étude à grande échelle du réseau d'interaction protéine-protéine dépasse notre capacité à les analyser et à comprendre leur sens; d'une part, par leur complexité et leur volume, et d'un autre part, par la qualité du jeu de donnée produit qui semble bondé de faux positifs et de faux négatifs. Cette dissertation décrit une nouvelle méthode de criblage des interactions physique entre protéines à haut débit chez Saccharomyces cerevisiae, la complémentation de fragments protéiques (PCA). Cette approche est accomplie dans des cellules intactes dans les conditions natives des protéines; sous leur promoteur endogène et dans le respect des contextes de modifications post-traductionnelles et de localisations subcellulaires. Une application biologique de cette méthode a permis de démontrer la capacité de ce système rapporteur à répondre aux questions d'adaptation cellulaire à des stress, comme la famine en nutriments et un traitement à une drogue. Dans le premier chapitre de cette dissertation, nous avons présenté un criblage des paires d'interactions entre les protéines résultant des quelques 6000 cadres de lecture de Saccharomyces cerevisiae. Nous avons identifié 2770 interactions entre 1124 protéines. Nous avons estimé la qualité de notre criblage en le comparant à d'autres banques d'interaction. Nous avons réalisé que la majorité de nos interactions sont nouvelles, alors que le chevauchement avec les données des autres méthodes est large. Nous avons pris cette opportunité pour caractériser les facteurs déterminants dans la détection d'une interaction par PCA. Nous avons remarqué que notre approche est sous une contrainte stérique provenant de la nécessité des fragments rapporteurs à pouvoir se rejoindre dans l'espace cellulaire afin de récupérer l'activité observable de la sonde d'interaction. L'intégration de nos résultats aux connaissances des dynamiques de régulations génétiques et des modifications protéiques nous dirigera vers une meilleure compréhension des processus cellulaires complexes orchestrés aux niveaux moléculaires et structuraux dans les cellules vivantes. Nous avons appliqué notre méthode aux réarrangements dynamiques opérant durant l'adaptation de la cellule à des stress, comme la famine en nutriments et le traitement à une drogue. Cette investigation fait le détail de notre second chapitre. Nous avons déterminé de cette manière que l'équilibre entre les formes phosphorylées et déphosphorylées de l'arginine méthyltransférase de Saccharomyces cerevisiae, Hmt1, régulait du même coup sont assemblage en hexamère et son activité enzymatique. L'activité d'Hmt1 a directement un impact dans la progression du cycle cellulaire durant un stress, stabilisant les transcrits de CLB2 et permettant la synthèse de Cln3p. Nous avons utilisé notre criblage afin de déterminer les régulateurs de la phosphorylation d'Hmt1 dans un contexte de traitement à la rapamycin, un inhibiteur de la kinase cible de la rapamycin (TOR). Nous avons identifié la sous-unité catalytique de la phosphatase PP2a, Pph22, activé par l'inhibition de la kinase TOR et la kinase Dbf2, activé durant l'entrée en mitose de la cellule, comme la phosphatase et la kinase responsable de la modification d'Hmt1 et de ses fonctions de régulations dans le cycle cellulaire. Cette approche peut être généralisée afin d'identifier et de lier mécanistiquement les gènes, incluant ceux n'ayant aucune fonction connue, à tout processus cellulaire, comme les mécanismes régulant l'ARNm.

Strategy-proofness and essentially single-valued cores revisited

We consider general allocation problems with indivisibilities where agents' preferences possibly exhibit externalities. In such contexts many different core notions were proposed. One is the gamma-core whereby blocking is only allowed via allocations where the non-blocking agents receive their endowment. We show that if there exists an allocation rule satisfying ‘individual rationality’, ‘efficiency’, and ‘strategy-proofness’, then for any problem for which the gamma-core is non-empty, the allocation rule must choose a gamma-core allocation and all agents are indifferent between all allocations in the gamma-core. We apply our result to housing markets, coalition formation and networks.

Object allocation via deferred-acceptance: strategy-proofness and comparative statics

We study the problem of assigning indivisible and heterogenous objects (e.g., houses, jobs, offices, school or university admissions etc.) to agents. Each agent receives at most one object and monetary compensations are not possible. We consider mechanisms satisfying a set of basic properties (unavailable-type-invariance, individual-rationality, weak non-wastefulness, or truncation-invariance). In the house allocation problem, where at most one copy of each object is available, deferred-acceptance (DA)-mechanisms allocate objects based on exogenously fixed objects' priorities over agents and the agent-proposing deferred-acceptance-algorithm. For house allocation we show that DA-mechanisms are characterized by our basic properties and (i) strategy-proofness and population-monotonicity or (ii) strategy-proofness and resource-monotonicity. Once we allow for multiple identical copies of objects, on the one hand the first characterization breaks down and there are unstable mechanisms satisfying our basic properties and (i) strategy-proofness and population-monotonicity. On the other hand, our basic properties and (ii) strategy-proofness and resource-monotonicity characterize (the most general) class of DA-mechanisms based on objects' fixed choice functions that are acceptant, monotonic, substitutable, and consistent. These choice functions are used by objects to reject agents in the agent-proposing deferred-acceptance-algorithm. Therefore, in the general model resource-monotonicity is the «stronger» comparative statics requirement because it characterizes (together with our basic requirements and strategy-proofness) choice-based DA-mechanisms whereas population-monotonicity (together with our basic properties and strategy-proofness) does not.

Development of a Phase Separation Strategy in Macrocyclization Reactions

La réaction de macrocyclisation est une transformation fondamentale en chimie organique de synthèse. Le principal défi associcé à la formation de macrocycles est la compétition inhérente avec la réaction d’oligomérisation qui mène à la formation de sousproduits indésirables. De plus, l’utilisation de conditions de dilutions élevées qui sont nécessaires afin d’obtenir une cyclisation “sélective”, sont souvent décourageantes pour les applications à l’échelle industrielle. Malgré cet intérêt pour les macrocycles, la recherche visant à développer des stratégies environnementalement bénignes, qui permettent d’utiliser des concentrations normales pour leur synthèse, sont encore rares. Cette thèse décrit le développement d’une nouvelle approche générale visant à améliorer l’efficacité des réactions de macrocyclisation en utilisant le contrôle des effets de dilution. Une stratégie de “séparation de phase” qui permet de réaliser des réactions à des concentrations plus élevées a été developpée. Elle se base sur un mélange de solvant aggrégé contrôlé par les propriétés du poly(éthylène glycol) (PEG). Des études de tension de surface, spectroscopie UV et tagging chimique ont été réalisées afin d’élucider le mécanisme de “séparation de phase”. Il est proposé que celui-ci fonctionne par diffusion lente du substrat organique vers la phase ou le catalyseur est actif. La nature du polymère co-solvant joue donc un rôle crutial dans le contrôle de l’aggrégation et de la catalyse La stratégie de “séparation de phase” a initiallement été étudiée en utilisant le couplage oxidatif d’alcynes de type Glaser-Hay co-catalysé par un complexe de cuivre et de nickel puis a été transposée à la chimie en flux continu. Elle fut ensuite appliquée à la cycloaddition d’alcynes et d’azotures catalysée par un complexe de cuivre en “batch” ainsi qu’en flux continu.

L'anticipation syndicale des restructurations d'entreprise : une étude de cas dans le secteur de la fabrication et l'emballage de verre

Au cours des dernières années, la mondialisation des marchés a radicalement modifié les activités économiques des entreprises et le tissu productif à travers la planète. Les restructurations deviennent dès lors des options avantageuses pour les entreprises afin de demeurer concurrentielles. Alors qu’auparavant les restructurations consistaient essentiellement en une réduction d’effectifs dans un site considéré peu rentable, elles sont aujourd’hui polymorphes: fermeture de site, délocalisations, sous-traitance, ouverture de nouvelles unités au pays et hors pays, relocalisation et fusions-acquisitions (Rouleau, 2000) et (AgirE, 2008). Or, les restructurations posent un problème pour l’action syndicale qui doit composer avec ces processus complexes en raison de leur caractère multidimensionnel, multi niveaux et multi acteurs. Les réponses syndicales aux restructurations s’élaborent toujours dans un contexte d’asymétrie de pouvoirs dans la mesure où l’employeur est maître des dimensions spatiales et temporelles des restructurations. L'anticipation syndicale des restructurations apparaît être une stratégie innovante qui permet aux syndicats de réduire ou mieux, de prévenir les conséquences négatives qui découlent des restructurations. Cette recherche a pour objectif d’examiner les facteurs influençant l’anticipation des restructurations en vue d’en dégager les conditions se rattachant à un tel exercice pour les syndicats. À cette fin, deux modèles d'analyse ont été mobilisés. En premier lieu, les ressources de pouvoir syndicales de Lévesque et Murray (2003) permettent d'expliquer l'anticipation syndicale des restructurations dans la mesure où la capacité d'action du syndicat local constitue un facteur qui ne dépend que du syndicat lui-même. Puis, le modèle d'analyse d'AgirE (2008) permet d'expliquer l'espace et le temps d'action alloués au syndicat par l'employeur pour anticiper les restructurations. Les variables indépendantes provenant de ce modèle d'analyse sont les suivantes: les caractéristiques de l'entreprise, les caractéristiques du territoire et la stratégie patronale de restructuration. Cette présente recherche a été réalisée sous la forme d'une étude de cas. Il s'agit ici de l'étude d'un cas critique d'anticipation syndicale d'une restructuration ayant eu cours en 2004-2005 dans une usine du secteur manufacturier québécois. Des entrevues ont été effectuées auprès de représentants syndicaux de l'usine, d'un ex-cadre de l'usine et de deux intervenants importants du milieu communautaire. Les résultats de notre recherche montrent sans équivoque que la capacité d'action du syndicat local est un facteur-clé qui a permis d'expliquer l'anticipation stratégique et opérationnelle de la restructuration interne ayant eu lieu dans l'usine de fabrication et d'emballage de verre. En dépit des caractéristiques de l'entreprise et de la stratégie patronale de restructuration défavorable à l'implication syndicale, le syndicat local a su lui-même se créer un espace d'action lui ayant permis de sauver l'établissement d'une possible fermeture à moyen-long terme. Les caractéristiques territoriales favorables à une action concertée entre les différents acteurs du territoire où est située l'usine se sont également avérées une condition importante pour l'anticipation syndicale de la restructuration. Mots-clés: (1) anticipation, (2) mondialisation, (3) Québec, (4) restructuration, (5) secteur manufacturier , (6) stratégie, (7) syndicat

Epistemic deontologism and the voluntarist strategy against doxastic involuntarism

According to the deontological conception of epistemic justification, a belief is justified when it is our obligation or duty as rational creatures to believe it. However, this view faces an important objection according to which we cannot have such epistemic obligations since our beliefs are never under our voluntary control. One possible strategy against this argument is to show that we do have voluntary control over some of our beliefs, and that we therefore have epistemic obligations. This is what I call the voluntarist strategy. I examine it and argue that it is not promising. I show how the voluntarist attempts of Carl Ginet and Brian Weatherson fail, and conclude that it would be more fruitful for deontologists to look for a different strategy.