Regulation of BAP1 tumor suppressor complex by post-translational modifications

Le régulateur transcriptionnel BAP1 est une déubiquitinase nucléaire (DUB) dont le substrat est l’histone H2A modifiée par monoubiquitination au niveau des residus lysines 118 et 119 (K118/K119). Depuis les dernières années, BAP1 emerge comme un gene suppresseur de tumeur majeur. En effet, BAP1 est inactivé dans un plethore de maladies humaines héréditaires et sporadiques. Cependant, malgré l’accumulation significative des connaissances concernant l’occurrence, la pénétrance et l’impact des défauts de BAP1 sur le développement de cancers, ses mécanismes d’action et de régulation restent très peu compris. Cette étude est dédiée à la caractérisation moléculaire et fonctionnelle du complexe multi-protéique de BAP1 et se présente parmi les premiers travaux décrivant sa régulation par des modifications post-traductionnelles. D’abord, nous avons défini la composition du corps du complexe BAP1 ainsi que ses principaux partenaires d’interaction. Ensuite, nous nous sommes spécifiquement intéressés a investiguer d’avantage deux principaux aspects de la régulation de BAP1. Nous avons d’abord décrit l’inter-régulation entre deux composantes majeures du complexe BAP1, soit HCF-1 et OGT. D’une manière très intéressante, nous avons trouvé que le cofacteur HCF-1 est un important régulateur des niveaux protéiques d’OGT. En retour, OGT est requise pour la maturation protéolytique de HCF-1 en promouvant sa protéolyse par O-GlcNAcylation, un processus de régulation très important pour le bon fonctionnement de HCF-1. D’autre part, nous avons découvert un mécanisme unique de régulation de BAP1 médiée par l’ubiquitine ligase atypique UBE2O. en effet, UBE2O se caractérise par le fait qu’il s’agit aussi bien d’une ubiquitine conjuratrice et d’une ubiquitine ligase. UBE2O, multi-monoubiquitine BAP1 au niveau de son domaine NLS et promeut son exclusion du noyau, le séquestrant ainsi dans le cytoplasme. De façon importante, nos travaux ont permis de mettre de l’emphase sur le rôle de l’activité auto-catalytique de chacune de ces enzymes, soit l’activité d’auto-déubiquitination de BAP1 qui est requise pour la maintenance de sa localisation nucléaire ainsi que l’activité d’auto-ubiquitination d’UBE2O impliquée dans son transport nucléo-cytoplasmique. De manière significative, nous avons trouvé que des défauts au niveau de l’auto-déubiquitination de BAP1 due à des mutations associées à certains cancers indiquent l’importance d’une propre regulation de cette déubiquitinase pour les processus associés à la suppression de tumeurs.

Influence de la culture organisationnelle et du type de leadership sur la satisfaction au travail des infirmières soignantes

La moyenne pancanadienne des infirmières qui quittent leur emploi dans la première année d’embauche est de 19,9% (O’Brien-Pallas, 2010). Ce taux représente un coût important puisqu’on estime que l’embauche d’une nouvelle infirmière engendre des frais de formation de l’ordre de 30 000$ (Hayes, 2007). Le présent mémoire repose sur l’idée que le leadership des infirmières chefs et la nature de leurs interventions de gestion jouent un rôle important dans la rétention des infirmières sur les unités ce qui, à son tour, contribue à l’amélioration et au maintien d’un environnement de travail sain qui favorise l’adaptation aux changements organisationnels et opérationnels (Cummings, 2005). Selon une perspective environnementale d’analyse des systèmes organisationnels, cette situation implique que le bon fonctionnement de l’établissement de santé dépend de la capacité à « acquérir et maintenir les ressources », (Pfeffer, 2003 p.2) incluant les ressources humaines. L’objectif de ce mémoire est d’analyser l’influence de la culture organisationnelle et du type de leadership des infirmières chefs sur deux variables soit l’intention de quitter le poste actuel et la qualité perçue du milieu des infirmières soignantes. Cette étude quantitative s’appuie sur un devis corrélationnel. Afin d’assurer la représentativité, un échantillonnage probabiliste a été utilisé. Le biostatisticien de l’Ordre des Infirmières et Infirmiers du Québec (OIIQ) a fourni les noms et coordonnées de 1000 infirmières qui travaillent sur les unités de soins des quatre hôpitaux ciblés par l’étude. L’analyse des données a permis d’identifier quatre relations causales. Une relation a ainsi été établie entre la culture organisationnelle et le type de leadership utilisé. Ensuite une relation a été établie entre la culture organisationnelle et la qualité perçue du milieu. La relation suivante est entre le type de leadership utilisé et la qualité perçue du milieu par les infirmières soignantes. Finalement, l’effet médiateur du leadership résonnant entre la culture organisationnelle et la qualité perçue du milieu a été démontré. Des suggestions d’améliorations aux niveaux organisationnel et académiques ainsi que des recommandations au niveau de la gestion et de la pratique infirmière découlent de l’analyse des données.

L'évaluation systématique de la lombalgie selon les données probantes.

Les illustrations accompagnant le texte ont été dessinées par monsieur Mathieu Gagnon.

La théorie kantienne du mal comme manière de penser : la gravité du mensonge à soi-même

Le présent mémoire de maîtrise se propose d’approfondir l’interprétation kantienne du penchant au mal comme une manière de penser, en supposant qu’il est possible de décrire cette forme de pensée et d’en dériver une image de l’homme moralement mauvaise. Pour ce faire, la présente étude comprend le penchant au mal moral comme une manière de penser qui opère dans un double mouvement : premièrement, comme une inversion de l’ordre moral qui permet à l’agent de subordonner le bon principe au mauvais et, deuxièmement, comme un détournement qui permet à l’agent d’étouffer la voix de sa conscience afin de s’auto persuader que ses intentions égoïstes sont justes. C’est dans ce double mouvement que la présente étude trouve sa structure.

Homéostasie des histones en réponse au dommage à l’ADN et étude d’inhibiteurs de désacétylases d’importance clinique

La chromatine possède une plasticité complexe et essentielle pour répondre à différents mécanismes cellulaires fondamentaux tels la réplication, la transcription et la réparation de l’ADN. Les histones sont les constituants essentiels de la formation des nucléosomes qui assurent le bon fonctionnement cellulaire d’où l’intérêt de cette thèse d’y porter une attention particulière. Un dysfonctionnement de la chromatine est souvent associé à l’émergence du cancer. Le chapitre II de cette thèse focalise sur la répression transcriptionnelle des gènes d’histones par le complexe HIR (HIstone gene Repressor) en réponse au dommage à l'ADN chez Saccharomyces cerevisiae. Lors de dommage à l’ADN en début de phase S, les kinases du point de contrôle Mec1, Tel1 et Rad53 s’assurent de bloquer les origines tardives de réplication pour limiter le nombre de collisions potentiellement mutagéniques ou cytotoxiques entre les ADN polymérases et les lésions persistantes dans l'ADN. Lorsque la synthèse totale d’ADN est soudainement ralentie par le point de contrôle, l’accumulation d'un excès d'histones nouvellement synthétisées est néfaste pour les cellules car les histones libres se lient de manière non-spécifique aux acides nucléiques. L'un des mécanismes mis en place afin de minimiser la quantité d’histones libres consiste à réprimer la transcription des gènes d'histones lors d'une chute rapide de la synthèse d'ADN, mais les bases moléculaires de ce mécanisme étaient très mal connues. Notre étude sur la répression des gènes d’histones en réponse aux agents génotoxiques nous a permis d’identifier que les kinases du point de contrôle jouent un rôle dans la répression des gènes d’histones. Avant le début de mon projet, il était déjà connu que le complexe HIR est requis pour la répression des gènes d’histones en phase G1, G2/M et lors de dommage à l’ADN en phase S. Par contre, la régulation du complexe HIR en réponse au dommage à l'ADN n'était pas connue. Nous avons démontré par des essais de spectrométrie de masse (SM) que Rad53 régule le complexe HIR en phosphorylant directement une de ses sous-unités, Hpc2, à de multiples résidus in vivo et in vitro. La phosphorylation d’Hpc2 est essentielle pour le recrutement aux promoteurs de gènes d’histones du complexe RSC (Remodels the Structure of Chromatin) dont la présence sur les promoteurs des gènes d'histones corrèle avec leur répression. De plus, nous avons mis à jour un nouveau mécanisme de régulation du complexe HIR durant la progression normale à travers le cycle cellulaire ainsi qu'en réponse aux agents génotoxiques. En effet, durant le cycle cellulaire normal, la protéine Hpc2 est très instable durant la transition G1/S afin de permettre la transcription des gènes d’histones et la production d'un pool d'histones néo-synthétisées juste avant l'initiation de la réplication de l’ADN. Toutefois, Hpc2 n'est instable que pour une brève période de temps durant la phase S. Ces résultats suggèrent qu'Hpc2 est une protéine clef pour la régulation de l'activité du complexe HIR et la répression des gènes d’histones lors du cycle cellulaire normal ainsi qu'en réponse au dommage à l’ADN. Dans le but de poursuivre notre étude sur la régulation des histones, le chapitre III de ma thèse concerne l’analyse globale de l’acétylation des histones induite par les inhibiteurs d’histone désacétylases (HDACi) dans les cellules normales et cancéreuses. Les histones désacétylases (HDACs) sont les enzymes qui enlèvent l’acétylation sur les lysines des histones. Dans plusieurs types de cancers, les HDACs contribuent à l’oncogenèse par leur fusion aberrante avec des complexes protéiques oncogéniques. Les perturbations causées mènent souvent à un état silencieux anormal des suppresseurs de tumeurs. Les HDACs sont donc une cible de choix dans le traitement des cancers engendrés par ces protéines de fusion. Notre étude de l’effet sur l’acétylation des histones de deux inhibiteurs d'HDACs de relevance clinique, le vorinostat (SAHA) et l’entinostat (MS-275), a permis de démontrer une augmentation élevée de l’acétylation globale des histones H3 et H4, contrairement à H2A et H2B, et ce, autant chez les cellules normales que cancéreuses. Notre quantification en SM de l'acétylation des histones a révélé de façon inattendue que la stœchiométrie d'acétylation sur la lysine 56 de l’histone H3 (H3K56Ac) est de seulement 0,03% et, de manière surprenante, cette stœchiométrie n'augmente pas dans des cellules traitées avec différents HDACi. Plusieurs études de H3K56Ac chez l’humain présentes dans la littérature ont rapporté des résultats irréconciliables. Qui plus est, H3K56Ac était considéré comme un biomarqueur potentiel dans le diagnostic et pronostic de plusieurs types de cancers. C’est pourquoi nous avons porté notre attention sur la spécificité des anticorps utilisés et avons déterminé qu’une grande majorité d’anticorps utilisés dans la littérature reconnaissent d’autres sites d'acétylation de l’histone H3, notamment H3K9Ac dont la stœchiométrie d'acétylation in vivo est beaucoup plus élevée que celle d'H3K56Ac. De plus, le chapitre IV fait suite à notre étude sur l’acétylation des histones et consiste en un rapport spécial de recherche décrivant la fonction de H3K56Ac chez la levure et l’homme et comporte également une évaluation d’un anticorps supposément spécifique d'H3K56Ac en tant qu'outil diagnostic du cancer chez l’humain.

La culture d’entreprise : une comparaison de deux compagnies d’assurances à partir d’une approche interactionnelle.

Ce mémoire se veut une étude comparative de deux compagnies d'assurances à partir d’une approche interactionnelle. L'analyse de la vie organisationnelle au sein de ces deux compagnies d'assurances m'a permis de montrer que les discours sur les valeurs culturelles contenues dans les publications de ces compagnies d'assurances étaient souvent en contradiction avec les actions, les discours et les pratiques que les dirigeants mettent de l’avant au quotidien. Ces divergences résultent du fait que les dirigeants semblent construire leurs organisations sur des modes de fonctionnement, des processus et des critères de gestion d'entreprise propres aux compagnies axées sur le seul profit économique. Comme j’essaye de le montrer dans ce mémoire, les valeurs qui sont cultivées dans une organisation sont pourtant aussi importantes pour assurer le bon fonctionnement d’une compagnie que les produits et services que les compagnies d’assurances proposent à leurs clients.

Chroniques de maux (de l’extrême ordinaire) ; suivi de Attaques à vide : bousculer la situation théâtrale au confluent de l’humour et de l’invective dans la pièce Rouge Gueule d’Étienne Lepage

Alice au pays des merveilles et Nietzsche n'ont en commun ni la dentelle ni la chanson. Quelque chose de beaucoup plus fort les unit toutefois; nous le découvrirons peut-être ce jour où voleront les cochons. Ou à la fin de cette pièce, selon le bon vouloir des principaux-ales intéressé-e-s. Pendant ce temps, du fin fond de leur enclos, ils et elles n'en peuvent plus d'attendre. Leur salut ? L'heure du glas ? Leur heure de gloire ? Grands incapables, pugilistes décadents qui se tuent à ne pas se tuer, se déchaînent dans le verbiage, s'érigeant malgré eux contre toute forme de verve. Combattre cet Autre qui s'immisce insidieusement en soi et qui conduit à la perte du moi. C'est dans une folle lucidité que les égos se dérangent sans échanger, s'attaquent sans s'atteindre, hurlent sans être entendus, dans l'espoir, peut-être, de se réveiller in the land of Nod. Comme l’indique le titre, Chroniques de maux (de l’extrême ordinaire) met en scène une suite de chroniques dans lesquelles les principaux-ales intéressé-e-s témoignent de leur mal-être, et ce, à travers l’exploration de lieux communs. La dramaturgie tente, entre autres, de mettre en place une poésie de l’invective et de l’humour; une esthétique du trash-talking et de la logorrhée. Une importance particulière est accordée au rythme et au langage. L’atmosphère alterne résolument lourdeur et ludisme. La pièce Rouge Gueule, d'Étienne Lepage, présente une mécanique visant manifestement à « attaquer » l'Autre, qu’il s’agisse d’un personnage ou du lecteur-spectateur. Les attaques se perpètrent d'une part par un humour cru, influencé par la culture populaire, le trivial; un humour qui fonctionne de manière plutôt classique en convoquant des procédés aisément repérables et sans cesse réutilisés par l'auteur. D’autre part, la mécanique de « combat » se manifeste par l'invective, ainsi que par une violence caractérisée, du début à la fin, par un manque dans la motivation des actions. Ainsi, l’étude Attaques à vide. Bousculer la situation théâtrale au confluent de l’humour et la violence s’intéresse à Rouge Gueule, aux relations qu'entretiennent l’humour et l'univers brutal de la pièce, dans la perspective où l’humour est inextricablement lié à la violence. Une attention particulière est portée sur le personnage type de Lepage de même que sur l’esthétique de « l'arsenal » trash. Cette dernière est analysée afin de mieux circonscrire les attaques : sont-elles des moyens, et le cas échéant, pour parvenir à quelle fin puisque la fable, et donc la « quête », dans le théâtre contemporain est souvent remise en question. Cette étude verra comment les attaques « à vide », sont, chez Lepage, la force motrice de ce que Hans-Thies Lehmann nomme la « situation théâtrale ».

Contribution différentielle de Neuroligine‐1 et d’EphA4 à la régulation du sommeil

Le sommeil est un besoin vital et le bon fonctionnement de l’organisme dépend de la quantité et de la qualité du sommeil. Le sommeil est régulé par deux processus : un processus circadien qui dépend de l’activité des noyaux suprachiasmatiques de l’hypothalamus et qui régule le moment durant lequel nous allons dormir, et un processus homéostatique qui dépend de l’activité neuronale et se reflète dans l’intensité du sommeil. En effet, le sommeil dépend de l’éveil qui le précède et plus l’éveil dure longtemps, plus le sommeil est profond tel que mesuré par des marqueurs électroencéphalographiques (EEG). Des études ont montré que le bon fonctionnement de ces deux processus régulateurs du sommeil dépend de la plasticité synaptique. Ainsi, les éléments synaptiques régulant la communication et la force synaptique sont d’importants candidats pour agir sur la physiologie de la régulation du sommeil. Les molécules d’adhésion cellulaire sont des acteurs clés dans les mécanismes de plasticité synaptique. Elles régulent l’activité et la maturation des synapses. Des études ont montré que leur absence engendre des conséquences similaires au manque de sommeil. Le but de ce projet de thèse est d’explorer l’effet de l’absence de deux familles de molécule d’adhésion cellulaire, les neuroligines et la famille des récepteur Eph et leur ligand les éphrines dans les processus régulateurs du sommeil. Notre hypothèse est que l’absence d’un des membres de ces deux familles de molécule affecte les mécanismes impliqués dans le processus homéostatique de régulation du sommeil. Afin de répondre à notre hypothèse, nous avons étudié d’une part l’activité EEG chez des souris mutantes n’exprimant pas Neuroligine‐1 (Nlgn1) ou le récepteur EphA4 en condition normale et après une privation de sommeil. D’autre part, nous avons mesuré les changements moléculaires ayant lieu dans ces deux modèles après privation de sommeil. Au niveau de l’activité EEG, nos résultats montrent que l’absence de Nlgn1 augmente la densité des ondes lentes en condition normale et augment l’amplitude et la pente des ondes lentes après privation de sommeil. Nlgn1 est nécessaire au fonctionnement normal de la synchronie corticale, notamment après une privation de sommeil, lui attribuant ainsi un rôle clé dans l’homéostasie du sommeil. Concernant le récepteur EphA4, son absence affecte la durée du sommeil paradoxal ainsi que l’activité sigma qui dépendent du processus circadien. Nos résultats suggèrent donc que ce récepteur est un élément important dans la régulation circadienne du sommeil. Les changements transcriptionnels en réponse à la privation de sommeil des souris n’exprimant pas Nlgn1 et EphA4 ne sont pas différents des souris sauvages. Toutefois, nous avons montré que la privation de sommeil affectait la distribution des marques épigénétiques sur le génome, tels que la méthylation et l’hydroxyméthylation, et que l’expression des molécules régulant ces changements est modifiée chez les souris mutantes pour le récepteur EphA4. Nos observations mettent en évidence que les molécules d’adhésion cellulaire, Nlgn1 et le récepteur EphA4, possèdent un rôle important dans les processus homéostatique et circadien du sommeil et contribuent de manière différente à la régulation du sommeil.

L’ontologie des vertus dans l’Inquiry (1726) de Hutcheson

Hutcheson fonde sa théorie morale sur un « sens moral ». Ce sens nous permet de faire des distinctions morales (bien et mal). Cette théorie donnera lieu à un débat sur la réalité des valeurs morales. Selon certains commentateurs, nos distinctions morales portent sur des faits moraux réels que l’on peut connaître empiriquement grâce à notre sens moral. Inversement, certains soutiendront que le sens moral ne produit pas de connaissance morale. Les jugements moraux issus de ce sens sont des réponses émotionnelles plus ou moins fiables que l’on ressent face à des motivations qui nous semblent être vertueuses. Nous montrerons que, selon Hutcheson, nos jugements moraux sont bien des réponses émotionnelles, mais qu’ils ont néanmoins un critère d’objectivité. Notre sens moral, grâce à la Providence divine, a pour fonction de préserver le bien-être de l’humanité. Cette fonction du sens moral sert de critère pour évaluer le bon fonctionnement de ce sens moral.

La nécessité d'une multiplicité de concepts de gène en biologie

Le concept de gène est central en biologie. Certains ont avancé (Ruse (1971, 1976)) que la génétique classique pouvait être réduite à la génétique moléculaire. Dans le même ordre d'idée, Richard Dawkins, dans The Extended Phenotype, offre une double définition de son concept de gène qui présuppose qu'il soit possible d'opérer cette réduction. Nous comptons montrer que la génétique moléculaire et la génétique des populations ont chacune leurs problématiques propres en reconstituant l'histoire de la génétique depuis Darwin. Ensuite, nous expliciterons la position de Dawkins et soulignerons les contradictions auxquelles il parvient en raison de cette réduction infondée. À la suite de quoi, nous nous attarderons aux nouvelles découvertes moléculaires qui montrent qu'il n'est pas possible d'opérer la réduction d'un des concepts à l'autre. Nous terminerons en soulignant que la thèse génocentriste de Dawkins n'est pas mise en péril par l'abandon de la réduction, mais qu'il est nécessaire de tempérer ces prétentions. La conclusion globale de ce mémoire est qu'il est possible d'admettre le concept de Dawkins, mais pas la manière dont il l'utilise. Le concept est bon, il n'est tout simplement pas dans le bon cadre théorique.

Dear DTCA, Please Don’t Deceive Me, Don’t Play on My Fantasy

Travail créatif / Creative Work

Rôle du facteur de transcription PITX1 dans les pathogenèses de l'ostéoporose et des maladies parodontales

L’ostéoporose est une maladie caractérisée par une faible masse osseuse et une détérioration du tissu osseux. Cette condition entraîne une plus grande fragilité osseuse et des risques de fractures. Plusieurs études ont associé l’ostéoporose à la faible densité osseuse des mandibules, à la perte d’attache parodontale, à l’augmentation de la hauteur de la crête alvéolaire et à la chute des dents. Cette étude vise à comprendre les mécanismes sous-jacents cette perte osseuse. En effet, au cours du développement des souris, PITX1 joue un rôle clé dans l'identité des membres postérieurs et dans le bon développement des mandibules et des dents. Son inactivation complète chez la souris mène à un phénotype squelettique sévère. Tandis que, son inactivation partielle provoque des symptômes apparentés à l'arthrose avec une augmentation de la masse osseuse au niveau de l’os cortical et de l’os trabéculaire. Inversement, une étude antérieure chez des jumelles monozygotiques discordantes pour l’ostéoporose, montrent une augmentation d’environ 8.6 fois du niveau d’expression du gène Pitx1 chez la jumelle ostéoporotique. Collectivement, ces données nous ont poussés à investiguer sur le rôle du facteur de transcription PITX1 dans le métabolisme osseux normal et pathologique. Dans ce contexte, des souris transgéniques Col1α1-Pitx1 sur-exprimant Pitx1 spécifiquement dans le tissu osseux sous le promoteur du collagène de type-I (fragment 2.1kpb) ont été générées et phénotypiquement caractérisées. Ces résultats ont révelé que les souris transgéniques Col1α1-Pitx1 présentaient un phénotype similaire à celui des patients ostéoporotiques accompagné d'une perte de dents et des problèmes dentaires et parodontaux. De plus, cette étude a révélé que la surexpression de Pitx1 induit une altération de l’homéostasie osseuse via l’inactivation de la voie de signalisation Wnt/β-caténine canonique. Cette hypothèse a été appuyée par le fait que le traitement des souris transgéniques Col1α1-Pitx1 avec du chlorure de lithium, un activateur de la voie Wnt canonique, prévient le phénotype ostéoporotique chez ces souris. Finalement, cette étude établit un rôle crucial de PITX1 dans la régulation de la masse osseuse et une implication possible dans l’ostéoporose et les maladies parodontales via l’inactivation de la voie de signalisation Wnt/β-caténine canonique.

Algorithmique et complexité des systèmes à compteurs

Réalisé en cotutelle avec l'École normale supérieure de Cachan – Université Paris-Saclay

Aquin cruciverbiste

Dans son premier numéro, Le Trait a publié un texte dans lequel je parlais à brûle-pourpoint d'Hubert Aquin, comme d'un auteur déjà connu du public français, ou tout au moins qui devrait l'être, à l'instar de Pasolini avec lequel je !'acoquinais : deux larrons flanquant de part et d'autre un Christ devenu introuvable... L'aventure continue. Non que j'aie l'intention, en récidivant, de trancher qui des deux serait le bon ou le mauvais larron. En ce qui me concerne ils étaient tous deux, larrons marrons, de fieffés coquins. Ceci dit, on s'en doute, sur un ton sympathique. Seulement, on m'a fait savoir que le « faquin » québécois n'est pas aussi connu que son homonyme italien (je ne parle plus du « corsaire enragé ») et qu'il vaut donc la peine de présenter l'autre Aquin au lecteur français. Je m'exécuterai, par le biais du style. [...]